sp|Q9SJA1|UBP19_ARATH ----> Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 19
Intron 1 GTAAGTTTTT ... GCTTTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.23 | 147 | 37 | 33 |
| A2 | 19.31 | 140 | 23 | 44 |
| A3 | 18.92 | 135 | 22 | 41 |
| A4 | 20 | 126 | 25 | 38 |
| A5 | 21.89 | 91 | 21 | 30 |
| A6 | 20 | 10 | 5 | 0 |
| A7 | 17.43 | 45 | 5 | 14 |
| A8 | 23.08 | 5 | 2 | 1 |
| A9 | 20.88 | 36 | 4 | 15 |
| A10 | 24.09 | 52 | 11 | 22 |
>TRINITY_DN119616_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoformTTATTCTCTAAAAAACACCAAAAACATGAACATGAAATGGATATATGCAACGAAGTGAGTGTGTCCTTCCTTCGATGTCGCACGCGAGAAAATCCAAAACCGCTGGGGCTCTTTGCTCTCGCACAGAAGGAAGAAGGAGAAGAAAAATAGTGGTTCGTCCTGAAGATATACACACAAAATATACACCTCCTTCCACTTTT
ATAAATTCGAAGTAGATGCATGACGCGGGCGGATATGTGGATGTATCCACACTGTTACCGTACTTCATAACAGCTTTGCTGCTCTGCATTGGCATTGCGAACCTCTTCAAGCTCACGGCCTCTAAGTACCTCTACCCTCTCGGATTCGAAGCTGAGGAACACGGCCCAGCCGTGATTAAAAAACCTCTCCAGATGGATTC
CTCCATGCATGTCTGTGCTGTATGTCAGGAGCCTGGACCCATGCGCTGTTCTCGATGCAAGGCGGCACGTTATTGCTCATCGGCATGCCAAACCAAGCATTGGAATCAAGGTCACAAACTAGATTGTAGAGCAGCTACAGATTCTGCTGGCGGGGACTTTAAAAATAATGCCCGCAATTCGTCCAGTGCATTTGGAACTA
GGAATAAATATGATTGTTTGGCAAAAGCTTCTGACACTGGAGTACCATTGGCAGCCTCCAGTGGAGGCTCTAATGGCATATTGACAAAGGCTAAAAAGGTATTGTTTCCATATGAAACATTTGTGGAGCTTTTCAACTGGAACAAGCTAAGGCTGCCACCATGTGGGCTGATCAATTGTGGGAACAGCTGCTTTGCAAAT
GTTGTGCTTCAGTGCCTAACGTACACAAGGCCACTTGTAGCTTATTTGCTAGAATCAAATCATGCACATACATGTGTAAGGAACGATTGGTGTTTTTTATGTGAGCTTCAAAATCATGTTCAGAGGGTTAGCCAAAGTGAAGAACCATTCTCACCATTAGGAATACTCTCTCGTATACCCAAAATGAGTGGAAGTCTTGG
ATATGGAAGGCAAGAAGATGCTCATGAGTTCATGAGGGTTGCAATTGATTCAATGCAATCTATCTGTCTTGATGAGGTTGGAGGAGAGAAGGCAGTAGATCCTGATACCCGTGAGACCACACTTATATATCATATTTTTGGGGGGCATCTTCAGTCCCAGGTGAAATGTACACAATGCCTCCGGGTTTCAAATCGATATG
AGAATATGATGGATCTTAATGTTGAAATTCAAGGAGATGTGGCATCTTTGGAGGATGCGCTGGAGCAGTTTACTGCACTTGAATGGCTGGATGGGGAAAATAGATATAAGTGTGATGGATGCGATGCTTATGTGAAGGCATTGAAACGACTTACTGTCCATCAGGCTCCTAATATTCTTACAATTGCACTAAAACGATTT
CAGACTGGGAGGTTTGGCAAGCTGAACAAGAGAGTAACATTCCCTGAAACACTGGATTTGTCACCTTACGTGAGTGGAAAGGGAAACGGTTTGCATATATACAAGCTTTATGCTGTTGTAGTGCACGTCGATATGCTTAATGCCTCCTTTTTTGGGCATTATGTTTGTTATGTAAAGGATCTGTATGGATCATGGTATAG
AATAGATGACTGCAAAGTTAAGAGAGTTGAACTAGAGGACGTATTATCTGAAAGAGCTTATATGCTTCTATATAGCAGATTATCTGTTCGATTCCCCTCAATTTCTGCTGATAGCCCAAACTCTGCAGTCATAAAAGAGGCAAAATGTGATTTTAATCACAGTTCATCTCTTGTTCACAATCAGTCTCATTTTACATCAT
GTAGGACTGATGGGTATCTATCCAGTCCCTTTGAAGTGGTAGAGTCCCTCAGGAGCAATCTTGGTAATGCACAGGAAGCTACTAATGAAAAGATTGAAGTTTTGGACAGCCTTACAAGCAGTGATGAGCTAAGAAATATGCAGAAATCAGATTTAATGACAGGATCTTTAAGTAGTTGTGATGTGGATATGGTGGCTGTG
GATATGACATCTGAAGCATCAGGATTGCTAACTAGTAATTCAAGTTGTTCAGAAGAGTCATCAACAAAAGCTGGAGAAAAGAGCCTGAATACAGTTCATTCCTCCCTTTCTGAACCCAAACCACTGAATACATCCTTGAATAGGAGTTCTTCGTGTCCCTCTCTTTTGGCAATGAAGCAGAGTCTACCTATGGATGATAT
AAATGAAAGAGCCAACACATTTGACCCAATGGCAGGCTTAGTTTTCTTCCCTCAGGCTAGGTTAGATAATGGAAAATGGAGTTGCTCAGTTTCAAAGCATTCACATTTAGATGACCCGAGGATCAGTGATTTGACTGAAGGTGATACAAGCAGGATTTCTACTGTTCAGAACTGTGATTTAGATGTACTTGGCGCAGAAA
ACATGGATTGTGGCTATGAAGTAACACAACTCTCTACTGAAAATTCCAGAGACAACTTTCGTAGTTTTCTTAACGAATATGCTATAAATGGAGTTGTGGATAATTCTTCACAATGGATTCCAGCTGCTATGGATATAACACCATTTTCTTGTGACAATGGTGGGGCTCCACTGAATTCGTCTGTGCATGCCTGCCTTCCT
ACAGCTACATACAAAAATCAACATGGAATTGTTCTGGACTGCAGTGATTCATGTGGTCAGGCTGGAAAGATTGACAATATTTCTGATGCTGATATGATAGAGAAAGAAAATGATGCAGGGGATGAACTTCGTAAACAGGAAGGTTCTTCCAGGCAAATGATTAGGAATGATTCTCAGCTTGGCATGCCATGTGTTGCTGC
TCAATCATTAGAGACACAACCAAGAATATTCAATAAGGATGAAGACTTTGTTGACTCCCAATTTAATTTGACATTGGCAACAGATAATGATGTAATGTCATGTGAATCAATTAGAGATGCAGAGGTATTTCCTACTGAGGATGGCATGGTGGATAGTGTTGCAGCTTCTATATCAGAATTAAGGTCATGTGCACACCAGC
ACCCAAAGGAACACAGTGATACATGTGAAGATGAACAGAATGGATGTTTGGAGAATACACAGGGTGCAATGTTAGAAGGTTCTGCTTTTGCTCCTGAGTTTTCTGTTAGCCCAGTAGATTCTGCCAAAATTGTCACTACGTGTAGTAATGGTGAACCGATTAGTACACAAGCAAAGAAAGCTGTAAAATCGAAGACTACA
TTTACTCCAGGTTTTTTGAACAGACCTTCAAGATTGTATCCTGTGACCCGTTCTATTCCATCTCAAGATGTTACAAATCATTCATCAAGTGGGGATTGTTCCTCGCGCAAAGACTCTTATTCGCTTGCTGATGGTGCCAAGTTGGTGACTTCAACTTCTGTTCAGTTTGATTTGGAATCTAGAACTCATTTAGCTGCTTC
TTCACATGAAAACTCTTCTACCCCTGTACATGGGTCGAAGGTGGTGACTCCAGTTTTTACTGAATTTGACATGGATTCCAGAGCTGAGACAATAGCTTCTCTTTCACGTGAAGCAGCTAAAAGTCAAACAGGGAACACCATAAAAACAAAGCCCTTATTTGCTCCTGGTTTTCTGAATAGGACAACCAGGTCACAGGATG
TAACTGGCTCTAAGGCTCCGCAGAAGAATGATTGCAGTGCAACTGGCTTTGTTGCAATGCAAAAAAATGTGGTGGGAGATGGGACATCTGGTATTGGTCAATTTGACGCAAATGCTTGCAAGCCAATATTAGGTCAGTCTGGAATGTTTGTAGTACAAAATCACAATGCAGAGAAGAATGGATTAGGGAGCTCTCATTCA
AATGAGAAGGACGTAACATTTAAAGCAAGAAAGAGGGCTTTGAGCTCAGAGTCTTTGCACACTGAACAAGGAAGCTCCCTAACTCTGAATGCAAATGGAAAGATGGGTGTCACAGGGCAGAAACAAGGGCGTAATGAAAGCTGCTCTTGTGGATCACAGCGCAAGTGGAAGAAATGTTGTGGAAGGACTGATGTGCATAG
AAATGTATCAGCGAGGTGAACATTGTTTCTCATATATGCAATGGAACAGAGTCTGCAAATTGATTGGTGGCAAACAAATTTTGCAGTAGCCATGACCAGAAACAATTGGACATTAAAGTCATGTGGAACAAATTTGTCGACGACCAGAAACAATTGGTCATGTATGCACTTGTGGAGAATTTGATATCCTAGTAGTGTCT
GCATAAACATGCATTTAATCTTCATTCCGAGGGCATGCCACTATCTATGACAAACAAGTCAACTGAGGTGAGGGAAATGTATGCTGCTATTGAATATCCTTACAACTAGAGAAGTAATGATGTTTCCCAAATAGTCCAATGCTCCTATTATGTGTAGATGTCGACAGTTCAAAAGAGACATTTGCCTTCTATGAATCCTT
TAAATGATTGGGTTCCATTAAAAGAGTTCAAAAGAGTCATTTGCTTTTAATGAATCCCTTTGAATTATTGGATTCTATTAAAAATTCTTTTGAAGTAGATCATCATGACCTTTGTGTAAACGACAGTGGGATTTTGCCTTGCAAGTCTTATTATCTTGTAGGACATTCCGATGATGTTGACGAGTTCCAATTAGCTTCTT
TGAAGGAAATTAATGAACACTCTTTTGATAGTTTTAGGAGTCAAAAGATCACTAATGATCTTTTTGGTAGCTGACATGATTGAAACTGCAGTGGTTTCCTGGAAGTAATTGGTTGGAATTAGTCCAACATTGAAATATACCTTGAAAAATTCAAAATACGTTAGGATTATACTTTGGACGAGCTTTGGATTAAGATAGAA
TGTTCTCTCCCTTCAGATAAAGGATAACTCTCTTCATGCAAAAGACTCGTCTTCCAATTCATGTTATTGTAATTGCTTAATGCTTTTGGGAAGTTCTCAAATGACCAGCCTGTTCGTAGTATTTGGATGCTTTTCTTCGTCTCAATAAAAGACTGATTTCCTTTCTTC
>TRINITY_DN119616_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTCATCGGCATGCCAAACCAAGCATTGGAATCAAGGTCACAAACTAGATTGTAGAGCAGCTACAGATTCTGCTGGCGGGGACTTTAAAAATAATGCCCGCAATTCGTCCAGTGCATTTGGAACTAGGAATAAATATGATTGTTTGGCAAAAGCTTCTGACACTGGAGTACCATTGGCAGCCTCCAGTGGAGGCTCTAATG
GCATATTGACAAAGGCTAAAAAGGTATTGTTTCCATATGAAACATTTGTGGAGCTTTTCAACTGGAACAAGCTAAGGCTGCCACCATGTGGGCTGATCAATTGTGGGAACAGCTGCTTTGCAAATGTTGTGCTTCAGTGCCTAACGTACACAAGGCCACTTGTAGCTTATTTGCTAGAATCAAATCATGCACATACATGT
GTAAGGAACGATTGGTGTTTTTTATGTGAGCTTCAAAATCATGTTCAGAGGGTTAGCCAAAGTGAAGAACCATTCTCACCATTAGGAATACTCTCTCGTATACCCAAAATGAGTGGAAGTCTTGGATATGGAAGGCAAGAAGATGCTCATGAGTTCATGAGGGTTGCAATTGATTCAATGCAATCTATCTGTCTTGATGA
GGTTGGAGGAGAGAAGGCAGTAGATCCTGATACCCGTGAGACCACACTTATATATCATATTTTTGGGGGGCATCTTCAGTCCCAGgtaagtttttaatgtatctgcatgtcttatgactgtttattcatcgtgtctctttcccaaatcaggtgaattgttcgtttagatatggaaaaatttcattcatttgctttcacag
GTGAAATGTACACAATGCCTCCGGGTTTCAAATCGATATGAGAATATGATGGATCTTAATGTTGAAATTCAAGGAGATGTGGCATCTTTGGAGGATGCGCTGGAGCAGTTTACTGCACTTGAATGGCTGGATGGGGAAAATAGATATAAGTGTGATGGATGCGATGCTTATGTGAAGGCATTGAAACGACTTACTGTCCA
TCAGGCTCCTAATATTCTTACAATTGCACTAAAACGATTTCAGACTGGGAGGTTTGGCAAGCTGAACAAGAGAGTAACATTCCCTGAAACACTGGATTTGTCACCTTACGTGAGTGGAAAGGGAAACGGTTTGCATATATACAAGCTTTATGCTGTTGTAGTGCACGTCGATATGCTTAATGCCTCCTTTTTTGGGCATT
ATGTTTGTTATGTAAAGGATCTGTATGGATCATGGTATAGAATAGATGACTGCAAAGTTAAGAGAGTTGAACTAGAGGACGTATTATCTGAAAGAGCTTATATGCTTCTATATAGCAGATTATCTGTTCGATTCCCCTCAATTTCTGCTGATAGCCCAAACTCTGCAGTCATAAAAGAGGCAAAATGTGATTTTAATCAC
AGTTCATCTCTTGTTCACAATCAGTCTCATTTTACATCATGTAGGACTGATGGGTATCTATCCAGTCCCTTTGAAGTGGTAGAGTCCCTCAGGAGCAATCTTGGTAATGCACAGGAAGCTACTAATGAAAAGATTGAAGTTTTGGACAGCCTTACAAGCAGTGATGAGCTAAGAAATATGCAGAAATCAGATTTAATGAC
AGGATCTTTAAGTAGTTGTGATGTGGATATGGTGGCTGTGGATATGACATCTGAAGCATCAGGATTGCTAACTAGTAATTCAAGTTGTTCAGAAGAGTCATCAACAAAAGCTGGAGAAAAGAGCCTGAATACAGTTCATTCCTCCCTTTCTGAACCCAAACCACTGAATACATCCTTGAATAGGAGTTCTTCGTGTCCCT
CTCTTTTGGCAATGAAGCAGAGTCTACCTATGGATGATATAAATGAAAGAGCCAACACATTTGACCCAATGGCAGGCTTAGTTTTCTTCCCTCAGGCTAGGTTAGATAATGGAAAATGGAGTTGCTCAGTTTCAAAGCATTCACATTTAGATGACCCGAGGATCAGTGATTTGACTGAAGGTGATACAAGCAGGATTTCT
ACTGTTCAGAACTGTGATTTAGATGTACTTGGCGCAGAAAACATGGATTGTGGCTATGAAGTAACACAACTCTCTACTGAAAATTCCAGAGACAACTTTCGTAGTTTTCTTAACGAATATGCTATAAATGGAGTTGTGGATAATTCTTCACAATGGATTCCAGCTGCTATGGATATAACACCATTTTCTTGTGACAATGG
TGGGGCTCCACTGAATTCGTCTGTGCATGCCTGCCTTCCTACAGCTACATACAAAAATCAACATGGAATTGTTCTGGACTGCAGTGATTCATGTGGTCAGGCTGGAAAGATTGACAATATTTCTGATGCTGATATGATAGAGAAAGAAAATGATGCAGGGGATGAACTTCGTAAACAGGAAGGTTCTTCCAGGCAAATGA
TTAGGAATGATTCTCAGCTTGGCATGCCATGTGTTGCTGCTCAATCATTAGAGACACAACCAAGAATATTCAATAAGGATGAAGACTTTGTTGACTCCCAATTTAATTTGACATTGGCAACAGATAATGATGTAATGTCATGTGAATCAATTAGAGATGCAGAGGTATTTCCTACTGAGGATGGCATGGTGGATAGTGTT
GCAGCTTCTATATCAGAATTAAGGTCATGTGCACACCAGCACCCAAAGGAACACAGTGATACATGTGAAGATGAACAGAATGGATGTTTGGAGAATACACAGGGTGCAATGTTAGAAGGTTCTGCTTTTGCTCCTGAGTTTTCTGTTAGCCCAGTAGATTCTGCCAAAATTGTCACTACGTGTAGTAATGGTGAACCGAT
TAGTACACAAGCAAAGAAAGCTGTAAAATCGAAGACTACATTTACTCCAGGTTTTTTGAACAGACCTTCAAGATTGTATCCTGTGACCCGTTCTATTCCATCTCAAGATGTTACAAATCATTCATCAAGTGGGGATTGTTCCTCGCGCAAAGACTCTTATTCGCTTGCTGATGGTGCCAAGTTGGTGACTTCAACTTCTG
TTCAGTTTGATTTGGAATCTAGAACTCATTTAGCTGCTTCTTCACATGAAAACTCTTCTACCCCTGTACATGGGTCGAAGGTGGTGACTCCAGTTTTTACTGAATTTGACATGGATTCCAGAGCTGAGACAATAGCTTCTCTTTCACGTGAAGCAGCTAAAAGTCAAACAGGGAACACCATAAAAACAAAGCCCTTATTT
GCTCCTGGTTTTCTGAATAGGACAACCAGGTCACAGGATGTAACTGGCTCTAAGGCTCCGCAGAAGAATGATTGCAGTGCAACTGGCTTTGTTGCAATGCAAAAAAATGTGGTGGGAGATGGGACATCTGGTATTGGTCAATTTGACGCAAATGCTTGCAAGCCAATATTAGGTCAGTCTGGAATGTTTGTAGTACAAAA
TCACAATGCAGAGAAGAATGGATTAGGGAGCTCTCATTCAAATGAGAAGGACGTAACATTTAAAGCAAGAAAGAGGGCTTTGAGCTCAGAGTCTTTGCACACTGAACAAGGAAGCTCCCTAACTCTGAATGCAAATGGAAAGATGGGTGTCACAGGGCAGAAACAAGGGCGTAATGAAAGCTGCTCTTGTGGATCACAGC
GCAAGTGGAAGAAATGTTGTGGAAGGACTGATGTGCATAGAAATGTATCAGCGAGGTGAACATTGTTTCTCATATATGCAATGGAACAGAGTCTGCAAATTGATTGGTGGCAAACAAATTTTGCAGTAGCCATGACCAGAAACAATTGGACATTAAAGTCATGTGGAACAAATTTGTCGACGACCAGAAACAATTGGTCA
TGTATGCACTTGTGGAGAATTTGATATCCTAGTAGTGTCTGCATAAACATGCATTTAATCTTCATTCCGAGGGCATGCCACTATCTATGACAAACAAGTCAACTGAGGTGAGGGAAATGTATGCTGCTATTGAATATCCTTACAACTAGAGAAGTAATGATGTTTCCCAAATAGTCCAATGCTCCTATTATGTGTAGATG
TCGACAGTTCAAAAGAGACATTTGCCTTCTATGAATCCTTTAAATGATTGGGTTCCATTAAAAGAGTTCAAAAGAGTCATTTGCTTTTAATGAATCCCTTTGAATTATTGGATTCTATTAAAAATTCTTTTGAAGTAGATCATCATGACCTTTGTGTAAACGACAGTGGGATTTTGCCTTGCAAGTCTTATTATCTTGTA
GGACATTCCGATGATGTTGACGAGTTCCAATTAGCTTCTTTGAAGGAAATTAATGAACACTCTTTTGATAGTTTTAGGAGTCAAAAGATCACTAATGATCTTTTTGGTAGCTGACATGATTGAAACTGCAGTGGTTTCCTGGAAGTAATTGGTTGGAATTAGTCCAACATTGAAATATACCTTGAAAAATTCAAAATACG
TTAGGATTATACTTTGGACGAGCTTTGGATTAAGATAGAATGTTCTCTCCCTTCAGATAAAGGATAACTCTCTTCATGCAAAAGACTCGTCTTCCAATTCATGTTATTGTAATTGCTTAATGCTTTTGGGAAGTTCTCAAATGACCAGCCTGTTCGTAGTATTTGGATGCTTTTCTTCGTCTCAATAAAAGACTGATTTC
CTTTCTTC
Intron 2 GTAAGTACAT ... CTGCTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.74 | 175 | 26.6 | 48.6 |
| A2 | 16.8 | 191.2 | 36.4 | 38.6 |
| A3 | 22.71 | 196 | 34.6 | 57.6 |
| A4 | 14.09 | 172 | 33.6 | 28.2 |
| A5 | 21.2 | 84 | 13.6 | 22.6 |
| A6 | 15.22 | 39 | 4.8 | 7 |
| A7 | 22.86 | 81.6 | 11.2 | 24.2 |
| A8 | 21.95 | 32 | 6 | 9 |
| A9 | 21 | 91 | 17.8 | 24.2 |
| A10 | 14.53 | 100 | 12 | 17 |
>TRINITY_DN131088_c3_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformTTTTAATGTATCTGCATGTCTTATGACTGTTTATTCATCGTGTCACTTTCCCAAATCAGGTGAATTGTTCGTTTAGATATGGAAAAATTTCATTCATTTGCTTTCACAGGTGAAATGTACACAATGCCTCCGGGTTTCAAATCGATATGAGAATATGATGGATCTTAATGTTGAAATTCAAGGAGATGTGGCATCTTTGG
AGGATGCGCTGGAGCAGTTTACTGCACTTGAATGGCTGGATGGGGAAAATAGATATAAGTGTGATGGATGCGATGCTTATGTGAAGGCATTGAAACGACTTACTGTCCATCAGGCTCCTAATATTCTTACAATTGCACTAAAACGATTTCAGACTGGGAGGTTTGGCAAGCTGAACAAGAGAGTAACATTCCCTGAAACA
CTGGATTTGTCACCTTACGTGAGTGGAAAGGGAAACGGTTTGCATATATACAAGCTTTATGCTGTTGTAGTGCACGTCGATATGCTTAATGCCTCCTTTTTTGGGCATTATGTTTGTTATGTAAAGGATCTGTATGGATCATGGTATAGAATAGATGACTGCAAAGTTAAGAGAGTTGAACTAGAGGACGTATTATCTGA
AAGAGCTTATATGCTTCTATACAGCAGATTATCTGTTCGATTCCCCTCAATTTCTGCTGATAGCCCAAACTCTGCAGTCATAAAAGAGGCAAAATGTGATTTTAATCACAGTTCATCTCTTGTTCACAATCAGTCTCATTTTACATCATGTAGGACTGATGGGTATCTATCCAGTCCCTTTGAAGTGGTAGAGTCCCTCA
GGAGCAATCTTGGTAATGCACAGGAAGCTACTAATGAAAAGATTGAAGTTTTGGACAGCCTTACAAGCAGTGATGAGCTAAGAAATATGCAGAAATCAGATTTAATGACAGGATCTTTAAGTAGTTGTGATGTGGATATGGTGGCTGTGGATATGACATCTGAAGCATCAGGATTGCTAACTAGTAATTCAAGTTGTTCA
GAAGAGTCATCAACAAAAGCTGGAGAAAAGAGCCTGAATACAGTTCATTCCTCCCTTTCTGAACCCAAACCACTGAATACATGCTTGAATAGGAGTTCTTCGTGTCCCTCTCTTTTGGCAATGAAGCAGAGTCTACCTATGGATGATATAAATGAAAGAGCCAACACATTTGACCCAATGGCAGGCTTAGTTTTCTTCCC
TCAGGCTAGGTTAGATAATGGAAAATGGAGTTGCTCAGTTTCAAAGCATTCACATTTAGATGACCCGAGGATCAGTGATTTGACTGAAGGTGATACAAGCAGGATTTCTACTGTTCAGAACTGTGATTTAGATGTACTTGGCCCAGAAAACATGGATTGTGGCTATGAAGTAACACAACTCTCTACTGAAAATTCCAGAG
ACAACTTTCGTAGTTTTCTTAACGAATATGCTATAAATGGAGTTGTGGATAATTCTTCACAATGGATTCCAGCTGCTATGGATATAACACCATTTTCTTGTGACAATGGTGGGGCTCCACTGAATTCGTCTGTGCATGCCTGCCTTCCTACAGCTACATACAAAAATCAACATGGAATTGTTCTGGACTGCAGTGATTCA
TGTGGTCAGGCTGGAAAGATTGACAATATTTCTGATGCTGATATGATAGAGAAAGAAAATGATGCAGGGGATGAACTTCGTAAACAGGAAGGTTCTTCCAGGCAAATGATTAGGAATGATTCTCAGCTTGGCATGCCATGTGTTGCTGCTCAATCATTAGAGACACAACCAAGAATATTCAATAAGGATGAAGACTTTGT
TGACTCCCAATTTAATTTGACATTGGCAACAGATAATGATGTAATGTCATGTGAATCAATTAGAGATGCAGAGGGATTTCCTACTGAGGATGGCATGGTGGATAGTGTTGCAGCTTCTATATCAGAATTAAGGTCATGTGCACACCAGCACCCAAAGGAACACAGTGATACATGTGAAGATGAACAGAATGGATGTTTGG
AGAATACACAGGGTGCAATGTTAGAAGGTTCTGCTTTTGCTCCTGAGTTTTCTGTTAGCCCAGTAGATTCTGCCAAAATTGTCACTACGTGTAGTAATGGTGAACCGATTAGTACACAAGCAAAGAAAGCTGTAAAATCGAAGACTACATTTACTCCAGGTTTTTTGAACAGACCTTCAAGATTGTATCCTGTGACCCGT
TCTATTCCATCTCAAGATGTTACAAATCATTCATCAAGTGGGGATTGTTCCTCGCGCAAAGACTCTTATTCGCTTGCTGATGGTGCCAAGTTGGTGACTTCAACTTCTGTTCAGTTTGATTTGGAATCCAGAACTCATTTAGCTGCTTCTTCACATGAAAACTCTTCTACCCCTGTACATGGGTCGAAGGTGGTGACTCC
AGTTTTTACTGAATTTGACATGGATTCCAGAGCTGAGACAATAGCTTCTCTTTCACGTGAAGCAGCTAAAAGTCAAACAGGGAACACCATAAAAACAAAGCCCTTATTTGCTCCTGGTTTTCTGAATAGGACAACCAGGTCACAGGATGTAACTGGCTCTAAGGCTCCGCAGAAGAATGATTGCAGTGCAACTGGCTTTG
TTGCAATGCAAAAAAATGTGGTGGGAGATGGGACATCTGGTATTGGTCAATTTGACGCAAATGCTTGCAAGCCAATATTAGGTCAGTCTGGAATGTTTGTAGTACAAAATCACAATGCAGAGAAGAATGGATTAGGGAGCTCTCATTCAAATGAGAAGGACGTAACATTTAAAGCAAGAAAGAGGGCTTTGAGCTCAGAG
TCTTTGCACACTGAACAAGGAAGCTCCCTAACTCTGAATGCAAATGGAAAGATGGGTGTCACAGGGCAGAAACAAGGGCGTAATGAAAGCTGCTCTTGTGGATCACAGCGCAAGTGGAAGAAATGTTGTGGAAGGACTGATGTGCATAGAAATGTATCAGCGAGGTGAACATTGTTTCTCATATATGCAATGGAACAGAG
TCTGCAAATTGATTGGTGGCAAACAAATTTTGCAGTAGCCATGACCAGAAACAATTGGACATTAAAGTCATGTGAAACAAATTTGTCGACGACCAGAAACAATTGGTCATGTATGCACTTGTGGAGAATTTGATATCCTAGTAGTGTCTGCATAAACATGCATTTAATCTTCATTCTGAGGGCATGCCACTATCTATGAC
AAACAAGTCAACTGAGGTGAGGGAAATGTATGCTGCTATTGAATATCCTTACAACTAGAGAAGTAATGATGTTTCCCAAATAGTCCAATGCTCCTATTATGTGTAGATGTCGACAGTTCAAAAGAGACATTTGCCTTCTATGAATCCTTTAAATGATTGGGTTCCATTAAAAGAGTTCAAAAGAGTCATTTGCTTTTAAT
GAATCCCTTTGAATTATTGGATTCTATTAAAATTTCTTTTGAAGTAGATCATCATGACCTTTGTGTAAACGACAGTGGGATTTTGCCTTGCAAGTCTTATTATCTTGTAGGACATTCCGATGATGTTGACGAGTTCCAATTAGCTTCTTTGAAGAAAATTAATGAACACTCTTTTGATAGTTTTAGGAGTCAAAGGATCA
CTAATGATCTTTTTGGTAGCTGACATGATTGAAACTGCAGTGGTTTCCTGGAAGTAATTGGTTGGAATTAGTCCAACATTGAAATATACCTTGAAAAATTCAAAATACGTTAGGATTATACTTTGGACGAGCTTTGGATTAAGATAGAATGTTCTCTCCCTTCAGATAAAGGATAACTCTCTTCATGCAAAAGACTCGTC
TTCCAATTCATGTTATTGTAATTGCTTAATGCTTTTGGGAAGTTCTCAAATGACCAGCCTGTTCGTAGTATTTGGATGCTTTTCTTCGTCTCAATAAAAGACTGATTTCCTTTCTTCCCC
>TRINITY_DN131088_c3_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATAGAATAGATGACTGCAAAgtaagtacatcttttatgatgaaccacatatcctaagatgtttataattgtgatccattgtgttagtgcagcaaagtcatctctccttgcagtagtttatgtcagtatttatgagactgttctgcttacagGTTAAGAGAGTTGAACTAGAGGACGTATTATCTGAAAGAGCTTATATG
CTTCTATACAGCAGATTATCTGTTCGATTCCCCTCAATTTCTGCTGATAGCCCAAACTCTGCAGTCATAAAAGAGGCAAAATGTGATTTTAATCACAGTTCATCTCTTGTTCACAATCAGTCTCATTTTACATCATGTAGGACTGATGGGTATCTATCCAGTCCCTTTGAAGTGGTAGAGTCCCTCAGGAGCAATCTTGG
TAATGCACAGGAAGCTACTAATGAAAAGATTGAAGTTTTGGACAGCCTTACAAGCAGTGATGAGCTAAGAAATATGCAGAAATCAGATTTAATGACAGGATCTTTAAGTAGTTGTGATGTGGATATGGTGGCTGTGGATATGACATCTGAAGCATCAGGATTGCTAACTAGTAATTCAAGTTGTTCAGAAGAGTCATCAA
CAAAAGCTGGAGAAAAGAGCCTGAATACAGTTCATTCCTCCCTTTCTGAACCCAAACCACTGAATACATGCTTGAATAGGAGTTCTTCGTGTCCCTCTCTTTTGGCAATGAAGCAGAGTCTACCTATGGATGATATAAATGAAAGAGCCAACACATTTGACCCAATGGCAGGCTTAGTTTTCTTCCCTCAGGCTAGGTTA
GATAATGGAAAATGGAGTTGCTCAGTTTCAAAGCATTCACATTTAGATGACCCGAGGATCAGTGATTTGACTGAAGGTGATACAAGCAGGATTTCTACTGTTCAGAACTGTGATTTAGATGTACTTGGCCCAGAAAACATGGATTGTGGCTATGAAGTAACACAACTCTCTACTGAAAATTCCAGAGACAACTTTCGTAG
TTTTCTTAACGAATATGCTATAAATGGAGTTGTGGATAATTCTTCACAATGGATTCCAGCTGCTATGGATATAACACCATTTTCTTGTGACAATGGTGGGGCTCCACTGAATTCGTCTGTGCATGCCTGCCTTCCTACAGCTACATACAAAAATCAACATGGAATTGTTCTGGACTGCAGTGATTCATGTGGTCAGGCTG
GAAAGATTGACAATATTTCTGATGCTGATATGATAGAGAAAGAAAATGATGCAGGGGATGAACTTCGTAAACAGGAAGGTTCTTCCAGGCAAATGATTAGGAATGATTCTCAGCTTGGCATGCCATGTGTTGCTGCTCAATCATTAGAGACACAACCAAGAATATTCAATAAGGATGAAGACTTTGTTGACTCCCAATTT
AATTTGACATTGGCAACAGATAATGATGTAATGTCATGTGAATCAATTAGAGATGCAGAGGGATTTCCTACTGAGGATGGCATGGTGGATAGTGTTGCAGCTTCTATATCAGAATTAAGGTCATGTGCACACCAGCACCCAAAGGAACACAGTGATACATGTGAAGATGAACAGAATGGATGTTTGGAGAATACACAGGG
TGCAATGTTAGAAGGTTCTGCTTTTGCTCCTGAGTTTTCTGTTAGCCCAGTAGATTCTGCCAAAATTGTCACTACGTGTAGTAATGGTGAACCGATTAGTACACAAGCAAAGAAAGCTGTAAAATCGAAGACTACATTTACTCCAGGTTTTTTGAACAGACCTTCAAGATTGTATCCTGTGACCCGTTCTATTCCATCTC
AAGATGTTACAAATCATTCATCAAGTGGGGATTGTTCCTCGCGCAAAGACTCTTATTCGCTTGCTGATGGTGCCAAGTTGGTGACTTCAACTTCTGTTCAGTTTGATTTGGAATCCAGAACTCATTTAGCTGCTTCTTCACATGAAAACTCTTCTACCCCTGTACATGGGTCGAAGGTGGTGACTCCAGTTTTTACTGAA
TTTGACATGGATTCCAGAGCTGAGACAATAGCTTCTCTTTCACGTGAAGCAGCTAAAAGTCAAACAGGGAACACCATAAAAACAAAGCCCTTATTTGCTCCTGGTTTTCTGAATAGGACAACCAGGTCACAGGATGTAACTGGCTCTAAGGCTCCGCAGAAGAATGATTGCAGTGCAACTGGCTTTGTTGCAATGCAAAA
AAATGTGGTGGGAGATGGGACATCTGGTATTGGTCAATTTGACGCAAATGCTTGCAAGCCAATATTAGGTCAGTCTGGAATGTTTGTAGTACAAAATCACAATGCAGAGAAGAATGGATTAGGGAGCTCTCATTCAAATGAGAAGGACGTAACATTTAAAGCAAGAAAGAGGGCTTTGAGCTCAGAGTCTTTGCACACTG
AACAAGGAAGCTCCCTAACTCTGAATGCAAATGGAAAGATGGGTGTCACAGGGCAGAAACAAGGGCGTAATGAAAGCTGCTCTTGTGGATCACAGCGCAAGTGGAAGAAATGTTGTGGAAGGACTGATGTGCATAGAAATGTATCAGCGAGGTGAACATTGTTTCTCATATATGCAATGGAACAGAGTCTGCAAATTGAT
TGGTGGCAAACAAATTTTGCAGTAGCCATGACCAGAAACAATTGGACATTAAAGTCATGTGAAACAAATTTGTCGACGACCAGAAACAATTGGTCATGTATGCACTTGTGGAGAATTTGATATCCTAGTAGTGTCTGCATAAACATGCATTTAATCTTCATTCTGAGGGCATGCCACTATCTATGACAAACAAGTCAACT
GAGGTGAGGGAAATGTATGCTGCTATTGAATATCCTTACAACTAGAGAAGTAATGATGTTTCCCAAATAGTCCAATGCTCCTATTATGTGTAGATGTCGACAGTTCAAAAGAGACATTTGCCTTCTATGAATCCTTTAAATGATTGGGTTCCATTAAAAGAGTTCAAAAGAGTCATTTGCTTTTAATGAATCCCTTTGAA
TTATTGGATTCTATTAAAATTTCTTTTGAAGTAGATCATCATGACCTTTGTGTAAACGACAGTGGGATTTTGCCTTGCAAGTCTTATTATCTTGTAGGACATTCCGATGATGTTGACGAGTTCCAATTAGCTTCTTTGAAGAAAATTAATGAACACTCTTTTGATAGTTTTAGGAGTCAAAGGATCACTAATGATCTTTT
TGGTAGCTGACATGATTGAAACTGCAGTGGTTTCCTGGAAGTAATTGGTTGGAATTAGTCCAACATTGAAATATACCTTGAAAAATTCAAAATACGTTAGGATTATACTTTGGACGAGCTTTGGATTAAGATAGAATGTTCTCTCCCTTCAGATAAAGGATAACTCTCTTCATGCAAAAGACTCGTCTTCCAATTCATGT
TATTGTAATTGCTTAATGCTTTTGGGAAGTTCTCAAATGACCAGCCTGTTCGTAGTATTTGGATGCTTTTCTTCGTCTCAATAAAAGACTGATTTCCTTTCTTCCCC
Intron 3 GTTCTGTTTA ... GAAGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.27 | 287.5 | 2 | 40 |
| A2 | 12.32 | 229 | 6 | 32 |
| A3 | 5.41 | 245 | 2 | 14 |
| A4 | 12.92 | 250 | 10 | 37 |
| A5 | 10.5 | 102.5 | 2 | 12 |
| A6 | 10.29 | 35 | 0 | 4 |
| A7 | 8.84 | 134.5 | 0 | 13 |
| A8 | 11.54 | 38.5 | 1 | 5 |
| A9 | 20.45 | 55 | 0 | 14 |
| A10 | 12.03 | 95.5 | 1 | 13 |
>TRINITY_DN109392_c0_g2_i4 from sample A4 / Example spliced isoformCCGGGGATGTCGCACGCGAGAAAATCCAAAACCGCTGGGGCTCTTTGCTCTCGCACAGAAGGAAGAAGGAGAAGAAAAATAGTGGTTCGTCCTGAAGATATACACACAAAATATACACCTCCTTCCACTTTTATAAATTCGAAGTAGATGCATGACGCGGGCGGATATGTGGATGTATCCACACTGTTACCGTACTTCAT
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TGGATTCTATTAAAATTTCTTTTGAAGTAGATCATCATGACCTTTGTGTAAACGACAGTGGGATTTTGCCTTGCAAGTCTTATTATCTTGTAGGACATTCCGATGATGTTGACGAGTTCCAATTAGCTTCTTTGAAGGAAATTAATGAACACTCTTTTGATAGTTTTAGGAGTCAAAGGATCACTAATGATCTTTTTGGT
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GTAATTGCTTAATGCTTTTGGGAAGTTCTCAAATGACCAGCCTGTTCGTAGTATTTGGATGCTTTTCTTCGTCTCAATAAAAGACTGATTTCCTTTCTTCCCCAGCTTCACACCATGAAAATAATGTTAATTTAATTTCAACGAAGTGAAATTTCATTCACTGAATGTGAAAGAGCTGTAGTTTATCTAAGCATTGTTTT
GCTACGAAAGATATTTATTTCTGTTCTAATTCGAAAAACAATCCAAAAATGAGGTTAGCTCAGATGTCATGGTATGATTAGTATTCCAAGTTTTTTTGGCCCTTAGATGTACTATTTTTATGCATCTGTATATATCTTATCCCAAGCTTTTTCTG
>TRINITY_DN109392_c0_g2_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:AAAGTTATGCAAATCCTTTATTTATTGAAAAATGGTAGTGACTATTACCTTACTATGATTGCAGATGCGATGCTTATGTGAAGGCATTGAAACGACTTACTGTCCATCAGGCTCCTAATATTCTTACAATTGCACTAAAACGATTTCAGgttctgtttacctccataatttattccatgtttgcacattgtgctaatgtt
attctggttcatacagttcattagtcctctcatatggtctctagttcttacaataatattttatgaagatgcagACTGGGAGGTTTGGCAAGCTGAACAAGAGAGTAACATTCCCTGAAACACTGGATTTGTCACCTTACGTGAGTGGAAAGGGAAACGGTTTGCATATATACAAGCTTTATGCTGTTGTAGTGCACGTC
GATATGCTTAATGCCTCCTTTTTTGGGCATTATGTTTGTTATGTAAAGGATCTGCATGGATCATGGTATAGAATAGATGACTGCAAAGTTAAGAGAGTTGAACTAGAGGACGTATTATCTGAAAGAGCTTATATGCTTCTATACAGCAGATTATCTGTTCGATTCCCCTCAATTTCTGCTGATAGCCCAAACTCTGCAGT
CATAAAAGAGGCAAAATGTGATTTTAATCACAGTTCATCTCTTGTTCACAATCAGTCTCATTTTACATCATGTAGGACTGATGGGTATCTATCCAGTCCCTTTGAAGTGGTAGAGTCCCTCAGGAGCAATCTTGGTAATGCACAGGAAGCTACTAATGAAAAGATTGAAGTTTTGGACAGCCTTACAAGCAGTGATGAGC
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ACATCCTTGAATAGGAGTTCTTCGTGTCCCTCTCTTTTGGCAATGAAGCAGAGTCTACCTATGGATGATATAAATGAAAGAGCCAACACATTTGACCCAATGGTAGGCTTAGTTTTCTTCCCTCAGGCTAGGTTAGATAATGGAAAATGGAGTTGCTCAGTTTCAAAGCATTCACATTTAGATGACCCGAGGATCAGTGA
TTTGACTGAAGGTGATACAAGCAGGATTTCTACTGTTCAGAACTGTGATTTAGATGTACTTGGCGCAGAAAACATGGATTGTGGCTATGAAGTAACACAACTCTCTACTGAAAATTCCAGAGACAACTTTCGTAGTTTTCTTAACGAATATGCTATAAATGGAGTTGTGGATAATTCTTCACAATGGATTCCAGCTGCTA
TGGATATAACACCATTTTCTTGTGACAATGGTGGGGCTCCACTGAATTCGTCTGTGCATGCCTGCCTTCCTACAGCTACATACAAAAATCAACATGGAATTGTTCTGGACTGCAGTGATTCATGTGGTCAGGCTGGAAAGATTGACAATATTTCTGATGCTGATATGATAGAGAAAGAAAATGATGCAGGGGATGAACTT
CGTAAACAGGAAGGTTCTTCCAGGCAAATGATTAGGAATGATTCTCAGCTTGGCATGCCATGTGTTGCTGCTCAATCATCAGAGACACAACCAAGAATATTCAATAAGGATGCAGACTTTGTTGACTCCCAATTTAATTTGACATTGGCAACAGATAATGATGTAATGTCATGTGAATCAATTAGAGATGCAGAGGGATT
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TTGTCACTACGTGTACTAATGGTGAACCGATTAGTACACAAGCAAAGAAAGCTGTAAAATCGAAGACTACATTTACTCCAGGTTTTTTGAACAGACCTTCAAGATTGTATCCTGTGACCCGTTCTATTCCATCTCAAGATGTTACAAATCATTCATCAAGTGGGGATTGTTCCTCGCGCAAAGACTCTTATTCGCTTGCT
GATGGTGCCAAGTTGGTGACTTCAACTTCTGTTCAGTTTGATTTGGAATCCAGAACTCATTTAGCTGCTTCTTCACATGAAAACTCTTCTACCCCTGTACATGGGTCGAAGGTGGTGACTCCAGTTTTTACTGAATTTGACATGGATTCCAGAGCTGAGACAATAGCTTCTCTTTCACGTGAAGCAGCTAAAAGTCAAAC
AGGGAACACCATAAAAACAAAGCCCTTATTTGCTCCTGGTTTTCTGAATAGGACAACCAGGTCACAGGATGTAACTGGCTCTAAGGCTCCGCAGAAGAATGATTGCAGTGCAACTGGCTTTGTTGCAATGCAAAAAAATGTGGTGGGAGATGGGACATCTGGTATTGGTCAATTTGACGCAAATGCTTGCAAGCCAATAT
TAGGTCAGTCTGGAATGTTTGTAGTACAAAATCACAATGCAGAGAAGAATGGATTAGGGAGCTCTCATTCAAATGAGAAGGACGTAACATTTAAAGCAAGAAAGAGGGCTTTGAGCTCAGAGTCTTTGCACACTGAACAAGGAAGCTCCCTAACTCTGAATGCAAATGGAAAGATGGGTGTCACAGGGCAGAAACAAGGG
CGTAATGAAAGCTGCTCTTGTGGATCACAGCGCAAGTGGAAGAAATGTTGTGGAAGGACTGATGTGCATAGAAATGTATCAGCGAGGTGAACATTGTTTCTCATATATGCAATGGAACAGAGTCTGCAAATTGATTGGTGGCAAACAAATTTTGCAGTAGCCATGACCAGAAACAATTGGACATTAAAGTCATGTGGAAC
AAATTTGTCGACGACCAGAAACAATTGGTCATGTATGCACTTGTGGAGAATTTGATATCCTAGTAGTGTCTGCATAAACATGCATTTAATCTTCATTCCGAGGGCATGCCACTATCTATGACAAACAAGTCAACTGAGGTGAGGGAAATGTATGCTGCTATTGAATATCCTTACAACTAGAGAAGTAATGATGTTTCCCA
AATAGTCCAATGCTCCTATTATGTGTAGATGTCGACAGTTCAAAAGAGACATTTGCCTTCTATGAATCCTTTAAATGATTGGGTTCCATTAAAAGAGTTCAAAAGAGTCATTTGCTTTTAATGAATCCCTTTGAATTATTGGATTCTATTAAAATTTCTTTTGAAGTAGATCATCATGACCTTTGTGTAAACGACAGTGG
GATTTTGCCTTGCAAGTCTTATTATCTTGTAGGACATTCCGATGATGTTGACGAGTTCCAATTAGCTTCTTTGAAGGAAATTAATGAACACTCTTTTGATAGTTTTAGGAGTCAAAGGATCACTAATGATCTTTTTGGTAGCTGACATGATTGAAACTGCAGTGGTTTCCTGGAAGTAATTGGTTGGAATTAGTCCAACA
TTGAAATATACCTTGAAAAATTCAAAATACGTTAGGATTATACTTTGGACGAGCTTTGGATTAAGATAGAATGTTCTCTCCCTTCAGATAAAGGATAACTCTCTTCATGCAAAAGACTCGTCTTCCAATTCATGTTATTGTAATTGCTTAATGCTTTTGGGAAGTTCTCAAATGACCAGCCTGTTCGTAGTATTTGGATG
CTTTTCTTCGTCTCAATAAAAGACTGATTTCCTTTCTTCCCCAGCTTCACACCATGAAAATAATGTTAATTTAATTTCAACGAAGTGAAATTTCATTCACTGAATGTGAAAGAGCTGTAGTTTATCTAAGCATTGTTTTGCTACGAAAGATATTTATTTCTGTTCTAATTCGAAAAACAATCCAAAAATGAGGTTAGCTC
AGATGTCATGGTATGATTAGTATTCCAAGTTTTTTTGGCCCTTAGATGTACTATTTTTATGCATCTGTATATATCTTATCCCAAGCTTTTTCTG