NA ----> NA
Intron 1 GTGAGTGGCT ... AATTAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.25 | 10 | 13.5 | 7 |
| A2 | 65.16 | 6 | 5.5 | 17 |
| A3 | 63.34 | 1 | 2.5 | 1 |
| A4 | 44.44 | 10 | 6 | 10 |
| A5 | 45.08 | 7 | 4.5 | 7 |
| A6 | 29.8 | 10 | 4.5 | 4 |
| A7 | 14.73 | 26 | 3 | 6 |
| A8 | 16.95 | 22 | 3 | 6 |
| A9 | 12.18 | 16 | 1.5 | 3 |
| A10 | 18.83 | 5 | 2.5 | 0 |
>TRINITY_DN107368_c2_g1_i4 from sample A5 / Example spliced isoformACCTAGGATAATGGCAGACCCGGTCCGGCCCCCAGCCCGAGCCCCAGACCCACCTTGACCTACGATAATGACAACCCGGACCCAGGCCGAGCTCCCATGCGTTCATATTATACCATGGTATGGTATGGGGTGCTTTATCACACTGTAATTTATATAGTAGTGCTTATATACTATTTGCTTAGGATGGTATGGGATATTGG
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>TRINITY_DN107368_c2_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:ACCTAGGATAATGGCAGACCCGGTCCGGCCCCCAGCCCGAGCCCCAGACCCACCTTGACCTACGATAATGACAACCCGGACCCAGGCCGAGCTCCCATGCGTTCATATTATACCATGGTTCTGACGCAGGCGATGAGTTCGTACAATCCCAGACTGAGCGATCCAATGAATATTTAGAGCGTGTCAAATATCTTAATTCA
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TTGATGGATTCTTGTGAGAATCTCATCTTTGTTTATATTAATGTGTTTTAAGGTTTGATTTATTCCCATTATTTCATCATATTTTTTAAAACTTAAGTTGTAGAATCCTCACTCAACATATGTCTCATTATACCCTTCACTTATTATTGCCTCCCTGAACTCAAAGAACTCAAGAGCATCTATTTATAAATGGGAATATA
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GGCACCTCCTGGTCATGGAAATCGATAATTTTTTGTTCAGTCAAGTGCTATGTTTTACTGATTTTTTTGCTATGTTTTAGTAATTTTTTAAATAGCTAAAACGTACTTTCCATAAAAAGTACTTTCCAGG
Intron 2 GTAAGTAATT ... TATTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.07 | 39 | 16 | 28 |
| A2 | 61.11 | 7 | 8 | 14 |
| A3 | 36.67 | 19 | 6 | 16 |
| A4 | 39.13 | 14 | 9 | 9 |
| A5 | 37.78 | 14 | 6 | 11 |
| A6 | 31.15 | 21 | 8 | 11 |
| A7 | 22.08 | 30 | 9 | 8 |
| A8 | 27.47 | 33 | 6 | 19 |
| A9 | 20 | 40 | 5 | 15 |
| A10 | 22.58 | 24 | 3 | 11 |
>TRINITY_DN107368_c2_g1_i4 from sample A5 / Example spliced isoformACCTAGGATAATGGCAGACCCGGTCCGGCCCCCAGCCCGAGCCCCAGACCCACCTTGACCTACGATAATGACAACCCGGACCCAGGCCGAGCTCCCATGCGTTCATATTATACCATGGTATGGTATGGGGTGCTTTATCACACTGTAATTTATATAGTAGTGCTTATATACTATTTGCTTAGGATGGTATGGGATATTGG
AGCTTTCGTTTTGTAGTTTTTAAGCACTGATCTGCTTCCACGTTCTCTAGGTTCTGACGCAGGCGATGAGTTCGTACAATCCCAGACTGAGCGATCCAATGAATATTTAGAGCGTGTCAAATATCTTAATTCATGAGACTGGTCCTCTACTCACGTGTGATCTCGGCCCGGAAGATTTTTGTCAGGTTCAAAAACCTTCT
CAAAGACAATGGATCCAAATAAGAGATATCCAAAGAAAAAAACAGTCTGCTAGTTTCGTTCTTTTCGGCGTAGGATGATGATGTATTCATGTTGATTGCCTTCTCTTTGATGTCCGTGGGTGTGGGATTCTCATGAAACACCTATTAATAATGGGGCAATCATGGATGATATATCAAGAATGAAAACAAAAAATATGGAT
GATACCACACAAATGAAAACAAGAAATGAAAAATTCATTCTTTAATCCAATGTTTATATACATAAAGTAAGAACCTCCTCTATGATTCTTTTTTTCATAATAATTAGTTATTGTTGTAAATTTTCTTATCTTGCTTTGATGGATTCTTGTGAGAATCTCATCTTTGTTTATATTAATGTGTTTTAAGGTTTGATTTATTC
CCATTATTTCATCATATTTTTTAAAACTTAAGTTGTAGAATCCTCACTCAACATATGTCTCATTATACCCTTCACTTATTATTGCCTCCCTGAACTCAAAGAACTCAAGAGCATCTATTTATAAATGGGAATATAATCCATAACTCACTGGTATATCTCATACTTATCCTCAGAACTACTTTATTGTTTCATTCCCTCCT
TTGGAGGTAGCGTTATTAAAGCCCACATGATTTATAATTAATCTCTGCAAATTCTATTTGCACGTGCTAAACATAGTGAAATGCATTGATCATCTAAATTCTTTGGCTAAGGAATCAAACAGCTTATATGATTCTCCCTTTACCCGTTTGATCAACAACTCCATATTGAAACACTCCAGCATTCAATTTGTTGGTTGACA
AGCACCTCATACTATCATCTTGCGAGTCAATTAAGATTCATGCCTACTGGATTACGGAAAACTATACAATCATCGAGGCTCATTTGATATGCTTATTTATACCTGTTTTCATCCCATTCTTCGGGCTTAACCAGTACCTGCCTCCAATCAGGCACGGAGTTAAATGAATCATATACATAAGAAGGTTTCTGGAGACTATT
CCCTTTGCAGAATAAAAATAAGATGAGGTACGAAGTTAAAATCTAATCTCATTATGAATATGCTATTGGGGGTTATCCCAGTCGATAAAAAAACGTCTCCCAAAACGAAATTGAAAGAATAAAATAGTCGAAAGTATTAGATATTCTGTATGGAAGTTCGGTGTTACCTTCTTAAGTCCAGAATGCGTAGGTGCGTAGGT
GGGATAGTTTCCAACAGCCAGCCCAGACAGCCCATTCAGAGGTGAACATAAGGCAAGTGAAGCTTCGAAGCTTCGATAGATGCCATCCCCATAATTTTCCATCTCCCTTTGTTTAATAGCACCGAAATATTTATAGGCACCTCCTGGTCATGGAAATCGATAATTTTTTGTTCAGTCAAGTGCTATGTTTTACTGATTTT
TTTGCTATGTTTTAGTAATTTTTTAAATAGCTAAAACGTACTTTCCATAAAAAGTACTTTCCAGG
>TRINITY_DN107368_c2_g1_i8 from sample A5 / Example unspliced isoform:CTTGGTAGGTAGATGACAGGATTGAACTGTATAAGTCTATTGTTGATGTTGGTAGATTGATAATAGGAATGATGTGTAATATAATGATATAAGGGTTGATTTGTGCAGGAGCGTGTCAAATATCTTAATTCATGAGACTGGTCCTCTACTCACGTGTGATCTCGGCCCGGAAGGTGAGTGGCTATAGATCTATATTCCTT
TAATATCTATGTTTTGACAAAGAAGTCCATATATTAACTGTGTATGTATTTTAATGTTTTATTGGTTTTAGTGTTTTATCTATTCTAAAGATTTTGTAATTTTTTACATTGGAAGTTGAAGTCATTTTGGGTTTTCTAATTAATTTACGTTATATTTAATAAATTAAATAGATTTTTGTCAGGTTCAAAAACCTTCTCAA
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attgcatattttatatttatttaattttgttttctctatattaaatttagattgtaaatctatttaatggattttttttatttttcagGGCAATCATGGATGATATATCAAGAATGAAAACAAAAAATATGGATGATACCACACAAATGAAAACAAGAAATGAAAAATTCATTCTTTAATCCAATGTTTATATACATAAA
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ACCCTTCACTTATTATTGCCTCCCTGAACTCAAAGAACTCAAGAGCATCTATTTATAAATGGGAATATAATCCATAACTCACTGGTATATCTCATACTTATCCTCAGAACTACTTTATTGTTTCATTCCCTCCTTTGGAGGTAGCGTTATTAAAGCCCACATGATTTATAATTAATCTCTGCAAATTCTATTTGCACGTG
CTAAACATAGTGAAATGCATTGATCATCTAAATTCTTTGGCTAAGGAATCAAACAGCTTATATGATTCTCCCTTTACCCGTTTGATCAACAACTCCATATTGAAACACTCCAGCATTCAATTTGTTGGTTGACAAGCACCTCATACTATCATCTTGCGAGTCAATTAAGATTCATGCCTACTGGATTACGGAAAACTATA
CAATCATCGAGGCTCATTTGATATGCTTATTTATACCTGTTTTCATCCCATTCTTCGGGCTTAACCAGTACCTGCCTCCAATCAGGCACGGAGTTAAATGAATCATATACATAAGAAGGTTTCTGGAGACTATTCCCTTTGCAGAATAAAAATAAGATGAGGTACGAAGTTAAAATCTAATCTCATTATGAATATGCTAT
TGGGGGTTATCCCAGTCGATAAAAAAACGTCTCCCAAAACGAAATTGAAAGAATAAAATAGTCGAAAGTATTAGATATTCTGTATGGAAGTTCGGTGTTACCTTCTTAAGTCCAGAATGCGTAGGTGCGTAGGTGGGATAGTTTCCAACAGCCAGCCCAGACAGCCCATTCAGAGGTGAACATAAGGCAAGTGAAGCTTC
GAAGCTTCGATAGATGCCATCCCCATAATTTTCCATCTCCCTTTGTTTAATAGCACCGAAATATTTATAGGCACCTCCTGGTCATGGAAATCGATAATTTTTTGTTCAGTCAAGTGCTATGTTTTACTGATTTTTTTGCTATGTTTTAGTAATTTTTTAAATAGCTAAAACGTACTTTCCATAAAAAGTACTTTCCAGG