sp|Q8VYK6|RS43_ARATH ----> Small ribosomal subunit protein eS4x

Intron 1 GTATGCTTTA ... ACATATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	6	2	6
A2	100	0	0	2
A3	33.33	2	2	1
A4	-1	0	3	0
A5	100	0	2	3
A6	40.91	13	1	9
A7	36.36	21	0	12
A8	40.91	13	4	9
A9	40	12	3	8
A10	47.06	9	2	8

>TRINITY_DN41752_c1_g2_i9 from sample A8 / Example spliced isoform

AGCTCATCCATTACAAATGAGTTGCTGATGGTTGTTCGTAAGCAGATTTCAAACCCAGATCCAAGATACAGGCGTATGGGCATCATTGGAGCTGTTAAGTTTGTTGCTTCTTTAGGAGAAGCAAATATTACCTCTACTTTGCCGTCATCTAGTGGCAGTGTTCAGATTGCTTGACAAGCAACATTATCACTTGTCAAGGA
GTTGAGAAAAATTGTATACTGTATGGTCAATCAGGCTTTTCTCCAGATTTCATTCTTGCTATTATGCAAATTCAGCAAAACTTCAGCCTGCTCACCAAAACAGGGACACCAAAAAAAGAGCAACTAACAATGGGAAAAAAAAACATAGTGGCCAAGATCTTTGATGGCTGATGGAGATTAAAGCCATATAACATCCTGTT
CTACAACTCTTATCTGCAAAAAAATTGCTGGTCCAGAAAATTGATTCATCCAAAAAAATGTCAAAGTTGTTCACAGACCAGGATCTACATGCTTCTGCACAGGGCACATGCCTCATGTAAATGATGCTAAAACTAAGGCACCAAAACCATCACCTGGTCCTCACAAGGGCAAGGAATGCCTTCCTCTTGTCGTTCTTATT
AGGAACAGGCTGAAATATGCTCTTACATACCGTGAAGTTATAGCCATTGTAATGCAAGGGCTTATATCTATTGACGGAAAAGTTAGGACAAACAAATGTTATCCTGCAGAGTTTATGGGTAAGTTCCTTAGTGGCCTGAGCATGCAGATTTTGAATAAGACATTATTTCCACTATTATAGAAGATGTAATAAATTTCTTT
TATACTAAGTGATATTTTGATCATGATTGGCTGTTTTATGTCCTCGAGATGTCCTTTCAATTGCAAAAAGAAATGAGAATTTTAGTCTCCTTTATGATGCAAAGGTATCTCATGTTTTAAATTGGTGGTGTTAAAGAATATGAATAGGAGGCCT

>TRINITY_DN41752_c1_g2_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTTTTGTTTCTGCATGCGACTATTCTCAATAAATTACTAGAGTATGCAAAATGTCTATGGCATATTGCTCATATTGTCTCTTGTCTGTGAAGCATGTCATGTTTTTTGCAACATCCAATGCTTAACAATGCTTCTAGAGATCATTGATGCCAACTACAGATTGAAAGTACAGTTTATTATTTGTTGTAATGGTCATTCA
ATTTTTAAAACATTCAATTAAAAATCAAGCTCTTGTTGGCTAATTGAATATATTAAACAATATTTAAGGTTCTTAAAGCTGCATTGCTGGAAAAATAGTGGCGGAGGCTATATGGCCATCGTACATTAGCCTCTGTATTGGTAAATACTTCAAACTGTGTAGACAACTTGTTCTTTGACCAAGTTTTGTATCAAAGAAAA
TTGATCAATAAACTGAATCATAAGCACTTGCATTTTTCCCGATGTTGAAGCAAAGTTGCTGATGCTTGGTCCGGCTTGCTGTTTTAGGACAGCAAAGCAAGAAAAAACAAATACAGCACCAAAACAATGCACATCATGCAACAATCTCACATGTCTGTAGGTAACATTTTAGGCAAATGGCCATGCTATTGCACATGCTT
CCTCTGAGTATTTTACTAGTATCATAAACATGCCCCTGACTTGTTTCCAACTTGATTTGTTGTCTATGATAGATTTCATTCTTGCTATTATGCAAATTCAGCAAAACTTCAGCCTGCTCACCAAAACAGGGACACCAAAAAAAGAGCAACTAACAATGGGAAAAAAAAACATAGTGGCCAAGATCTTTGATGGCTGATGG
AGATTAAAGgtatgctttactcgctgctgttgaagacagttcatcttctacagttatcattgaaaatcgttttctttttttattaattagccacatatattgaaacaaattcacaactcctaaaactccatcattcacagattgctcaaaagatgtgcattgacatggaattctaacccctcagctaaaaaaaacttgta
attgagaaaattgctcattgtgcaagtcttatctcattgtagatttttgtaagctcagacaactgcaacaatcagaaccaactattataacaaaaaaaaagataaatttttttagtcagatagcatttttccttgcactaattgacattgttgaattttgcttggcatttttgttgcaaaaacatatacagCCATATAAC
ATCCTGTTCTACAACTCTTATCTGCAAAAAAATTGCTGGTCCAGAAAATTGATTCATCCAAAAAAATGTCAAAGTTGTTCACAGACCAGGATCTACATGCTTCTGCACAGGGCACATGCCTCATGTAAATGATGCTAAAACTAAGGCACCAAAACCATCACCTGGTCCTCACAAGGGCAAGGAATGCCTTCCTCTTGTCG
TTCTTATTAGGAACAGGCTGAAATATGCTCTTACATACCGTGAAGTTATAGCCATTGTAATGCAAGGGCTTATATCTATTGACGGAAAAGTTAGGACAAACAAATGTTATCCTGCAGAGTTTATGGGTAAGTTCCTTAGTGGCCTGAGCATGCAGATTTTGAATAAGACATTATTTCCACTATTATAGAAGATGTAATAA
ATTTCTTTTATACTAAGTGATATTTTGATCATGATTGGCTGTTTTATGTCCTCGAGATGTCCTTTCAATTGCAAAAAGAAATGAGAATTTTAGTCTCCTTTATGATGCAAAGGTATCTCATGTTTTAAATTGGTGGTGTTAAAGAATATGAATAGGAGGCCT

Intron 2 GTAACATTTT ... TCTATGATAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	2	4	2
A2	100	0	3	3
A3	100	0	1	2
A4	33.33	1	0	1
A5	-1	0	0	0
A6	33.33	1	0	1
A7	38.46	4	3	2
A8	62.5	3	6	4
A9	20	4	0	2
A10	23.08	5	0	3

>TRINITY_DN41752_c1_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

ATTTACTATTTGCATCCCTATCTTATTCCAGTAATTCTAAGCTTATTGTTTGCATTTTGTTTATCAATTCAGATTGCTTGACAAGCAACATTATCACTTGTCAAGGAGTTGAGAAAAATTGTATACTGTATGGTCAATCAGGCTTTTCTCCAGGACAGCAAAGCAAGAAAAAACAAATACAGCACCAAAACAATGCACAT
CATGCAACAATCTCACATGTCTGTAGATTTCATTCTTGCTATTATGCAAATTCAGCAAAACTTCAGCCTGCTCACCAAAACAGGGACACCAAAAAAAGAGCAACTAACAATGGGAAAAAAAAACATAGTGGCCAAGATCTTTGATGGCTGATGGAGATTAAAGCCATATAACATCCTGTTCTACAACTCTTATCTGCAAA
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TCTTACATACCGTGAAGTTATAGCCATTGTAATGCAAGGGCTTATATCTATTGACGGAAAAGTTAGGACAAACAAATTTTATCCTGCAGGGTTTATGGGTAAGTTCCTTAGTGGCCTGAGCATGCAGATTTTGAATAAGACATTATTTCCACTATTATAGAAGATGTAATAAATTTCTTTTATACTAAGTGATATTTTGA
TCATGATTGGCTGTTTTATGTCCTCGAGATGTCCTTTCAATTGCAAAAAGAAATGAGAATTTTAGTCTCCTTTATGATGCAAAGGTATCTCATGTTTTAAATTGGTGGTGTTAAAGAATATGAATAGGAGGCCT

>TRINITY_DN41752_c1_g2_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTTTTGTTTCTGCATGCGACTATTCTCAATAAATTACTAGAGTATGCAAAATGTCTATGGCATATTGCTCATATTGTCTCTTGTCTGTGAAGCATGTCATGTTTTTTGCAACATCCAATGCTTAACAATGCTTCTAGAGATCATTGATGCCAACTACAGATTGAAAGTACAGTTTATTATTTGTTGTAATGGTCATTCA
ATTTTTAAAACATTCAATTAAAAATCAAGCTCTTGTTGGCTAATTGAATATATTAAACAATATTTAAGGTTCTTAAAGCTGCATTGCTGGAAAAATAGTGGCGGAGGCTATATGGCCATCGTACATTAGCCTCTGTATTGGTAAATACTTCAAACTGTGTAGACAACTTGTTCTTTGACCAAGTTTTGTATCAAAGAAAA
TTGATCAATAAACTGAATCATAAGCACTTGCATTTTTCCCGATGTTGAAGCAAAGTTGCTGATGCTTGGTCCGGCTTGCTGTTTTAGGACAGCAAAGCAAGAAAAAACAAATACAGCACCAAAACAATGCACATCATGCAACAATCTCACATGTCTGTAGgtaacattttaggcaaatggccatgctattgcacatgctt
cctctgagtattttactagtatcataaacatgcccctgacttgtttccaacttgatttgttgtctatgatagATTTCATTCTTGCTATTATGCAAATTCAGCAAAACTTCAGCCTGCTCACCAAAACAGGGACACCAAAAAAAGAGCAACTAACAATGGGAAAAAAAAACATAGTGGCCAAGATCTTTGATGGCTGATGG
AGATTAAAGGTATGCTTTACTCGCTGCTGTTGAAGACAGTTCATCTTCTACAGTTATCATTGAAAATCGTTTTCTTTTTTTATTAATTAGCCACATATATTGAAACAAATTCACAACTCCTAAAACTCCATCATTCACAGATTGCTCAAAAGATGTGCATTGACATGGAATTCTAACCCCTCAGCTAAAAAAAACTTGTA
ATTGAGAAAATTGCTCATTGTGCAAGTCTTATCTCATTGTAGATTTTTGTAAGCTCAGACAACTGCAACAATCAGAACCAACTATTATAACAAAAAAAAAGATAAATTTTTTTAGTCAGATAGCATTTTTCCTTGCACTAATTGACATTGTTGAATTTTGCTTGGCATTTTTGTTGCAAAAACATATACAGCCATATAAC
ATCCTGTTCTACAACTCTTATCTGCAAAAAAATTGCTGGTCCAGAAAATTGATTCATCCAAAAAAATGTCAAAGTTGTTCACAGACCAGGATCTACATGCTTCTGCACAGGGCACATGCCTCATGTAAATGATGCTAAAACTAAGGCACCAAAACCATCACCTGGTCCTCACAAGGGCAAGGAATGCCTTCCTCTTGTCG
TTCTTATTAGGAACAGGCTGAAATATGCTCTTACATACCGTGAAGTTATAGCCATTGTAATGCAAGGGCTTATATCTATTGACGGAAAAGTTAGGACAAACAAATGTTATCCTGCAGAGTTTATGGGTATGAGCAAGATATGCTTGCATATACAGAATGCACACATGGGATTGCACTGGAGGATGGGCTTGCCCTTTTTT
CTACTTTTGAAGTAAATCTAGATATCATGCTTCTCTCTCATTTTTTAGTGCTTACTCCCTAGTGCAGGAAAAATTCATTGACTCTATTGTGCTAGCAGATGCAGTGTTTGCTCAAGAAGTTAAGAAGTTGGAAAATGAACAATTTAAGCCATTTGAGCAGGTCACCTTAGCACCTTTTGAAAGAGACCATGCTTGTGTCT
TAGATCACTG