sp|Q6ZKL8|P2C66_ORYSJ ----> Probable protein phosphatase 2C 66
Intron 1 GTGGGTATAT ... TGTATAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.47 | 50 | 18 | 18 |
| A2 | 33.33 | 22 | 7 | 15 |
| A3 | 23.33 | 46 | 11 | 17 |
| A4 | 29.23 | 27.3 | 17.5 | 5 |
| A5 | 33.33 | 20 | 11 | 9 |
| A6 | 24.29 | 76 | 25.8 | 23 |
| A7 | 26.02 | 108.8 | 31.5 | 45 |
| A8 | 27.7 | 88.8 | 19 | 49 |
| A9 | 24.11 | 85 | 16 | 38 |
| A10 | 25.91 | 109.8 | 19.8 | 57 |
>TRINITY_DN47593_c0_g3_i3 from sample A7 / Example spliced isoformGGGTGAGTATGATTGGTTTATTCTATTGGCATAATGGTTGATTGGATTGGTTGCACAATATAGTGGTAGTAGTGTACTAGCATATGGGCATATAAATTGATTGGTTGCTGGGTGAGGGTGGTTATGAGTATGAGCGGTATGTCCTACTAGCAATGGTTATGATATTATGCTAATATTATCTCAATGGGCGAGAGGTGAGT
ATTCTTGCTTATGGCCTTCCCCTCTCTGTGTTCTGTTATGTAGGGGAAAGCGAGAAGCTAGTTATATATGTCATCTTGTCGAGCCATTTTTGTAATCCAGAATTCGGGACTTCCTCTCATATTATTGCTCTCTCGTCCACATTCTCGTCCACATTATTGCTGTCCTCTCCTAATATGTAATTCAGAATTTGGGATTTCCT
TTCACATTATTGCCCTCTCATCCATATTATTGCTCTTCTCTCCTTATATGGAGTTCTCTCCTTATAATGGTTCATTGATTGCAGGGTGGGGCTGAATAGTGGTTCATTAGTTGCAGGATGAGGGGTGAATATGTTGCTTCCCCTTAGTCCTTTGTGGGAGGGACATGTTGTTCAGGGAGAAGACCTGGTAATGGGTAACG
TAGGAGACTCGCGGGCAGTTCTGGGCACAAGAGCTGATGACAGTTCTTTGATAGCAGTACAGTTGACTGTGGATTTGAAGCCCAATCTACCAAAGGAAGCTGAGAGGATTAAGCAATTCAAAGGGCGGGTTTTTGCACTGCAAGATGAGCCTGACGTGGCACGGGTGTGGTTACCCCATGACGACTCTCCTGGTCTGGCA
ATGGCAAGAGCATTTGGAGATTTTTGTCTCAAGGATTTCGGTCTCATTGCTGTGCCTGATATCTCGTATCGTCGTCTTACACAAAGGGACGAGTTTATTGTGCTGGCTACTGATGGGGTATGGGATGTGCTGTCTAACAAGGAAGTAGTAGACATTGTGGCATCGGCTCCCACTCAAGCAACTGCAGCCAGATCTCTAGT
TGAATTCGCTGTTCGAGCATGGAGACTGAAATACCCAACTTCCAAAGTGGATGATTGTGCAGTAGTATGCCTTTTTCTCAGTGACCTTCCTCTAATTTCTGAGGCAAAAGCAAGCAAGGATATGATGATGTTAAAAGAACCACCTTTCTCAAACGAGGCCAGTCCAGCGCCAGGAACAATAACAACAGATGAGTGCCCTG
CAGATGGAGAGGCAAGTAGTCCTAGATTAGGCCGTTTAAACACTGTAAGAATTAATGTCAGTGATGTTAAAAATCGCTCAGAAGCAGTTCCAGAAATAGTTGAAACATCCACAACAGATTTACTGAAGCAGCCAGAGAGGTCTCAATCCCGTAGAAGCCTGGCTGATTGTCTGTCTGTGGCTGATGAAGATGAATGGTCC
GCACTAGAAGGTGTTAGTAGAGTGAACTCCCTTCTTAATCTTCCACGGTTTTTGACGGGAGACAGAATGTCTGGAGGTCTGAGGAAGCGGCATTGATTGATTAGTCACGTCTTTCAGCTTCAACTGTTGCAACAATTTGTTATATTACATTATTTCAAGCTCCAGCCTCCTGCCTGATAGAGCGGAATACCTGGGAGTGA
GGTATTTTGTAACAATATGTTTGTTTGCTGAAGGTATACATGTGATGTCTAAGACTTGGGCCCAAAAGTTCTATTCCTTTAATTATGAAGGAAAGAACTGGGTGTGTGGATTCCTGTCATGTTGTCACTCTGACATAGAAAGCAAATGTAAATGGACGATTTAAGCAGAAGACCTTTGAGGACAGGACAACCAGATTTGT
CTTCTCTGGTTTACAGAAAGTGGTAAGCCCATTGGTGTAGCAGAGTCAGTAAAATATATCTTGGGCTAATTTTTGGAGTTGAGCCTATTGTGGTAGTAGCAAATTCAGTTTAAAAAATGTCTTGGGCTAAATTTTGGTGTTGAATTTTCCCATTGTGCTGCAGAGCTAAACAGTCGGTGAGTTTCCAGATCTTTGCTTCT
TGGCATTGTCACTTATCTGGTCAAAAGGTTTTGTTTTAATTATCAAAAGTTCTAACTGTTTCTGTACTTTTATGTTGAATGGCATAATATTGAGATAATGGGTATATATCCTGTGTAAAACGCTTTGTACATATGCTATTTACAAACTAATTGCCATGCCCGTGGGCCTTTTGCTTCAACTAGGTTTTGTTGGAGAAAAT
GTCAGGCAAGACCAAATCTAATTTCTTGGTTAGTTAATTTGACAATTGATGTTAATTACTCACCTGCCTTCTAATGACTGCGAGCTATCAATGGATCCTATCCTATTTTACAATCCCCCGCATGCATTATTAAAGTGTGCCAGCACTTAATTCTTAGCATTTTCC
>TRINITY_DN47593_c0_g3_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTCCACCACACGGGTCCATTAATAGTGTTATCATCATTCATTTATTAAATTATTGGTATTAATAATAATGTGCTTTTCCATGCTCTGCCTCTGCCCCTGCCCCTGCCTGCCTGCTAACCAGACTCAGACTCTGGCTGTTGCGCTTTCGTTTGCTCTGTACACTGTTTTCTTTGTTTGTTTCTATTGTGCAAGTCTGTCTC
TGTCAAAGAGCAAGAGCAAGGTTGTATTGGATGGGATTGGATTCTCGAAGTTGCGAGGTTCGAACTTATCTCTTCTGGTCAACAACAACAACAACAACATTCATTCCATTGTCTGTCAGTTTGTTGGATGGTCTCATAAGTAGTAGGTAATTAGTTGACGCGGGTTTTGATCAAATGTCTGGCGGCCATTGATGATCGAG
TGGAGGAGCGAGGAGAAGTGAAGAAAGAAAGACGAAAGCTTTCGTGGTGGAGTGTTTATTGGAGATCATCAGGGCCCTGAGAATGGGGTCCTGTCTTTCTACGGATGGAAGTTCATCGTATGGGTGCTGCAGTATTCCCTGTGCGCACTCCAGTAATAAGAGAAGGGACAAGAAGAACAAAACTTCCCTGCAAACCGCGG
CTGCTGAGGCTCAAACCGATGCCCATTTGGCCAGGATTCCTGGCAGGATGTTTATGAATGGTTCAAGTAATATTGCTTGTATGTTCACTCAGCAAGGTAGAAAGGGAACTAATCAGGATGCTATGCTTGTTTGGGAGGAATTTGGGTCGAACAATGACACTGTTTTCTGCGGAGTATTCGATGGGCATGGGCCTTATGGT
CACTTGGTGGCCAAAAGAGTCAGGGACTCGCTGCCCTCGAAGCTGTGTTCCCATTGGGAAGCCATAACGAGAGGCGATGAAGGCAATAACAATATTCGAGAATCTGGTAACGCTGTAGGAAGCCTCAATTCGGATGAAACTGCTTCCATAACCATGGACGAGGAATGGAAAGAGGCCGAAGGAGAAGACACAGAGGACCT
TGCGGGGAAAGCCCCTGACATACTCACGGCCTGGAAAGAATCCTTTCTTAAAGCCTTCAAGGTCATGGATAAGGAGCTCAGGTTTCATCCCACCATCGATTGCTTCTGCAGCGGAACCACGGCTGTGACTCTTTTAAAACAGGGAGAAGACCTGGTAATGGGTAACGTAGGAGACTCGCGGGCAGTTCTGGGCACAAGAG
CTGATGACAGTTCTTTGATAGCAGTACAGTTGACTGTGGATTTGAAGCCCAATCTACCAAAGGAAGCTGAGAGGATTAAGCAATTCAAAGGGCGGGTTTTTGCACTGCAAGATGAGCCTGACGTGGCACGGGTGTGGTTACCCCATGACGACTCTCCTGGTCTGGCAATGGCAAGAGCATTTGGAGATTTTTGTCTCAAG
GATTTCGGTCTCATTGCTGTGCCTGATATCTCGTATCGTCGTCTTACACAAAGGGACGAGTTTATTGTGCTGGCTACTGATGGGgtgggtatatgatattcgttcctccctccccaggcatttatttttctgttcattttcttgaatactatgactggtaaacgagaatcaccttagatgaccatcgcttcaatgagcaa
aagttgcccttgacggtctattcaaccaaagctaatctaattataataaaatagaataaaatatcttttatttagttcctctgaaaaccctgtaggatctatggggcggagtaaaatgtctcggtaaaatttctacaagagatttctgcagcttggctgacattacctcaagctccatgtatatggcgctgagtaaaagt
ctataataaaatctgtaaaaagaaatcctgcagctttgctactgtttacctcaagttctgtataccatcgatactccatgttttgatgttcccacttgtttagagggcaaactcaacaggcattcacgccttatctcacacctcattttcaacttctcctgctttgcaactttccaagcaaatatagaattgctaaaggg
aatatgtaactaaaatacttaggttattgtattacctaagccaacaaccctaagttttaataaaagcttataaatgttacggacttttaccatgcacctgtgacctttgcaggcattgaatttggacttataaacattgcagacttttacatctcacatatgccccttgcagccattgaattttggcatataaacattac
atacttctttccattcacttcatacatgtgccgtttgcaggcattgaattttgtttcagctggcttctgatgtttgttcttgtcgtcgtgttttgtataatagGTATGGGATGTGCTGTCTAACAAGGAAGTAGTAGACATTGTGGCATCGGCTCCCACTCAAGCAACTGCAGCCAGATCTCTAGTTGAATTCGCTGTTC
GAGCATGGAGACTGAAATACCCAACTTCCAAAGTGGATGATTGTGCAGTAGTATGCCTTTTTCTCAGTGACCTTCCTCTAATTTCTGAGGCAAAAGCAAGCAAGGATATGATGATGTTAAAAGAACCACCTTTCTCAAACGAGGCCAGTCCAGCGCCAGGAACAATAACAACAGATGAGTGCCCTGCAGATGGAGAGGCA
AGTAGTCCTAGATTAGGCCGTTTAAACACTGTAAGAATTAATGTCAGTGATGTTAAAAATCGCTCAGAAGCAGTTCCAGAAATAGTTGAAACATCCACAACAGATTTACTGAAGCAGCCAGAGAGGTCTCAATCCCGTAGAAGCCTGGCTGATTGTCTGTCTGTGGCTGATGAAGATGAATGGTCCGCACTAGAAGGTGT
TAGTAGAGTGAACTCCCTTCTTAATCTTCCACGGTTTTTGACGGGAGACAGAATGTCTGGAGGTCTGAGGAAGCGGCATTGATTGATTAGTCACGTCTTTCAGCTTCAACTGTTGCAACAATTTGTTATATTACATTATTTCAAGCTCCAGCCTCCTGCCTGATAGAGCGGAATACCTGGGAGTGAGGTATTTTGTAACA
ATATGTTTGTTTGCTGAAGGTATACATGTGATGTCTAAGACTTGGGCCCAAAAGTTCTATTCCTTTAATTATGAAGGAAAGAACTGGGTGTGTGGATTCCTGTCATGTTGTCACTCTGACATAGAAAGCAAATGTAAATGGACGATTTAAGCAGAAGACCTTTGAGGACAGGACAACCAGATTTGTCTTCTCTGGTTTAC
AGAAAGTGGTAAGCCCATTGGTGTAGCAGAGTCAGTAAAATATATCTTGGGCTAATTTTTGGAGTTGAGCCTATTGTGGTAGTAGCAAATTCAGTTTAAAAAATGTCTTGGGCTAAATTTTGGTGTTGAATTTTCCCATTGTGCTGCAGAGCTAAACAGTCGGTGAGTTTCCAGATCTTTGCTTCTTGGCATTGTCACTT
ATCTGGTCAAAAGGTTTTGTTTTAATTATCAAAAGTTCTAACTGTTTCTGTACTTTTATGTTGAATGGCATAATATTGAGATAATGGGTATATATCCTGTGTAAAACGCTTTGTACATATGCTATTTACAAACTAATTGCCATGCCCGTGGGCCTTTTGCTTCAACTAGGTTTTGTTGGAGAAAATGTCAGGCAAGACCA
AATCTAATTTCTTGGTTAGTTAATTTGACAATTGATGTTAATTACTCACCTGCCTTCTAATGACTGCGAGCTATCAATGGATCCTATCCTATTTTACAATCCCCCGCATGCATTATTAAAGTGTGCCAGCACTTAATTCTTAGCATTTTCC
Intron 2 GTGAGTATTC ... TGTTGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 81.82 | 1 | 8 | 1 |
| A2 | 50 | 8 | 4 | 12 |
| A3 | 63.64 | 2 | 6 | 1 |
| A4 | 45.45 | 6 | 2 | 8 |
| A5 | 60 | 1 | 1 | 2 |
| A6 | 46.15 | 7 | 0 | 12 |
| A7 | 52.17 | 11 | 6 | 18 |
| A8 | 39.53 | 13 | 2 | 15 |
| A9 | 54.84 | 7 | 4 | 13 |
| A10 | 51.02 | 12 | 6 | 19 |
>TRINITY_DN47593_c0_g3_i2 from sample A7 / Example spliced isoformGGGTGAGTATGATTGGTTTATTCTATTGGCATAATGGTTGATTGGATTGGTTGCACAATATAGTGGTAGTAGTGTACTAGCATATGGGCATATAAATTGATTGGTTGCTGGGTGAGGGTGGTTATGAGTATGAGCGGTATGTCCTACTAGCAATGGTTATGATATTATGCTAATATTATCTCAATGGGCGAGAGGGAGAA
GACCTGGTAATGGGTAACGTAGGAGACTCGCGGGCAGTTCTGGGCACAAGAGCTGATGACAGTTCTTTGATAGCAGTACAGTTGACTGTGGATTTGAAGCCCAATCTACCAAAGGAAGCTGAGAGGATTAAGCAATTCAAAGGGCGGGTTTTTGCACTGCAAGATGAGCCTGACGTGGCACGGGTGTGGTTACCCCATGA
CGACTCTCCTGGTCTGGCAATGGCAAGAGCATTTGGAGATTTTTGTCTCAAGGATTTCGGTCTCATTGCTGTGCCTGATATCTCGTATCGTCGTCTTACACAAAGGGACGAGTTTATTGTGCTGGCTACTGATGGGGTATGGGATGTGCTGTCTAACAAGGAAGTAGTAGACATTGTGGCATCGGCTCCCACTCAAGCAA
CTGCAGCCAGATCTCTAGTTGAATTCGCTGTTCGAGCATGGAGACTGAAATACCCAACTTCCAAAGTGGATGATTGTGCAGTAGTATGCCTTTTTCTCAGTGACCTTCCTCTAATTTCTGAGGCAAAAGCAAGCAAGGATATGATGATGTTAAAAGAACCACCTTTCTCAAACGAGGCCAGTCCAGCGCCAGGAACAATA
ACAACAGATGAGTGCCCTGCAGATGGAGAGGCAAGTAGTCCTAGATTAGGCCGTTTAAACACTGTAAGAATTAATGTCAGTGATGTTAAAAATCGCTCAGAAGCAGTTCCAGAAATAGTTGAAACATCCACAACAGATTTACTGAAGCAGCCAGAGAGGTCTCAATCCCGTAGAAGCCTGGCTGATTGTCTGTCTGTGGC
TGATGAAGATGAATGGTCCGCACTAGAAGGTGTTAGTAGAGTGAACTCCCTTCTTAATCTTCCACGGTTTTTGACGGGAGACAGAATGTCTGGAGGTCTGAGGAAGCGGCATTGATTGATTAGTCACGTCTTTCAGCTTCAACTGTTGCAACAATTTGTTATATTACATTATTTCAAGCTCCAGCCTCCTGCCTGATAGA
GCGGAATACCTGGGAGTGAGGTATTTTGTAACAATATGTTTGTTTGCTGAAGGTATACATGTGATGTCTAAGACTTGGGCCCAAAAGTTCTATTCCTTTAATTATGAAGGAAAGAACTGGGTGTGTGGATTCCTGTCATGTTGTCACTCTGACATAGAAAGCAAATGTAAATGGACGATTTAAGCAGAAGACCTTTGAGG
ACAGGACAACCAGATTTGTCTTCTCTGGTTTACAGAAAGTGGTAAGCCCATTGGTGTAGCAGAGTCAGTAAAATATATCTTGGGCTAATTTTTGGAGTTGAGCCTATTGTGGTAGTAGCAAATTCAGTTTAAAAAATGTCTTGGGCTAAATTTTGGTGTTGAATTTTCCCATTGTGCTGCAGAGCTAAACAGTCGGTGAG
TTTCCAGATCTTTGCTTCTTGGCATTGTCACTTATCTGGTCAAAAGGTTTTGTTTTAATTATCAAAAGTTCTAACTGTTTCTGTACTTTTATGTTGAATGGCATAATATTGAGATAATGGGTATATATCCTGTGTAAAACGCTTTGTACATATGCTATTTACAAACTAATTGCCATGCCCGTGGGCCTTTTGCTTCAACT
AGGTTTTGTTGGAGAAAATGTCAGGCAAGACCAAATCTAATTTCTTGGTTAGTTAATTTGACAATTGATGTTAATTACTCACCTGCCTTCTAATGACTGCGAGCTATCAATGGATCCTATCCTATTTTACAATCCCCCGCATGCATTATTAAAGTGTGCCAGCACTTAATTCTTAGCATTTTCC
>TRINITY_DN47593_c0_g3_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGGTGAGTATGATTGGTTTATTCTATTGGCATAATGGTTGATTGGATTGGTTGCACAATATAGTGGTAGTAGTGTACTAGCATATGGGCATATAAATTGATTGGTTGCTGGGTGAGGGTGGTTATGAGTATGAGCGGTATGTCCTACTAGCAATGGTTATGATATTATGCTAATATTATCTCAATGGGCGAGAGgtgagt
attcttgcttatggccttcccctctctgtgttctgttatgtaggggaaagcgagaagctagttatatatgtcatcttgtcgagccatttttgtaatccagaattcgggacttcctctcatattattgctctctcgtccacattctcgtccacattattgctgtcctctcctaatatgtaattcagaatttgggatttcct
ttcacattattgccctctcatccatattattgctcttctctccttatatggagttctctccttataatggttcattgattgcagggtggggctgaatagtggttcattagttgcaggatgaggggtgaatatgttgcttccccttagtcctttgtgggagggacatgttgttcagGGAGAAGACCTGGTAATGGGTAACG
TAGGAGACTCGCGGGCAGTTCTGGGCACAAGAGCTGATGACAGTTCTTTGATAGCAGTACAGTTGACTGTGGATTTGAAGCCCAATCTACCAAAGGAAGCTGAGAGGATTAAGCAATTCAAAGGGCGGGTTTTTGCACTGCAAGATGAGCCTGACGTGGCACGGGTGTGGTTACCCCATGACGACTCTCCTGGTCTGGCA
ATGGCAAGAGCATTTGGAGATTTTTGTCTCAAGGATTTCGGTCTCATTGCTGTGCCTGATATCTCGTATCGTCGTCTTACACAAAGGGACGAGTTTATTGTGCTGGCTACTGATGGGGTATGGGATGTGCTGTCTAACAAGGAAGTAGTAGACATTGTGGCATCGGCTCCCACTCAAGCAACTGCAGCCAGATCTCTAGT
TGAATTCGCTGTTCGAGCATGGAGACTGAAATACCCAACTTCCAAAGTGGATGATTGTGCAGTAGTATGCCTTTTTCTCAGTGACCTTCCTCTAATTTCTGAGGCAAAAGCAAGCAAGGATATGATGATGTTAAAAGAACCACCTTTCTCAAACGAGGCCAGTCCAGCGCCAGGAACAATAACAACAGATGAGTGCCCTG
CAGATGGAGAGGCAAGTAGTCCTAGATTAGGCCGTTTAAACACTGTAAGAATTAATGTCAGTGATGTTAAAAATCGCTCAGAAGCAGTTCCAGAAATAGTTGAAACATCCACAACAGATTTACTGAAGCAGCCAGAGAGGTCTCAATCCCGTAGAAGCCTGGCTGATTGTCTGTCTGTGGCTGATGAAGATGAATGGTCC
GCACTAGAAGGTGTTAGTAGAGTGAACTCCCTTCTTAATCTTCCACGGTTTTTGACGGGAGACAGAATGTCTGGAGGTCTGAGGAAGCGGCATTGATTGATTAGTCACGTCTTTCAGCTTCAACTGTTGCAACAATTTGTTATATTACATTATTTCAAGCTCCAGCCTCCTGCCTGATAGAGCGGAATACCTGGGAGTGA
GGTATTTTGTAACAATATGTTTGTTTGCTGAAGGTATACATGTGATGTCTAAGACTTGGGCCCAAAAGTTCTATTCCTTTAATTATGAAGGAAAGAACTGGGTGTGTGGATTCCTGTCATGTTGTCACTCTGACATAGAAAGCAAATGTAAATGGACGATTTAAGCAGAAGACCTTTGAGGACAGGACAACCAGATTTGT
CTTCTCTGGTTTACAGAAAGTGGTAAGCCCATTGGTGTAGCAGAGTCAGTAAAATATATCTTGGGCTAATTTTTGGAGTTGAGCCTATTGTGGTAGTAGCAAATTCAGTTTAAAAAATGTCTTGGGCTAAATTTTGGTGTTGAATTTTCCCATTGTGCTGCAGAGCTAAACAGTCGGTGAGTTTCCAGATCTTTGCTTCT
TGGCATTGTCACTTATCTGGTCAAAAGGTTTTGTTTTAATTATCAAAAGTTCTAACTGTTTCTGTACTTTTATGTTGAATGGCATAATATTGAGATAATGGGTATATATCCTGTGTAAAACGCTTTGTACATATGCTATTTACAAACTAATTGCCATGCCCGTGGGCCTTTTGCTTCAACTAGGTTTTGTTGGAGAAAAT
GTCAGGCAAGACCAAATCTAATTTCTTGGTTAGTTAATTTGACAATTGATGTTAATTACTCACCTGCCTTCTAATGACTGCGAGCTATCAATGGATCCTATCCTATTTTACAATCCCCCGCATGCATTATTAAAGTGTGCCAGCACTTAATTCTTAGCATTTTCC
Intron 3 GTAGGTCCCC ... GTCCGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.42 | 28 | 10 | 1 |
| A2 | 27.5 | 29 | 15 | 7 |
| A3 | 6.45 | 29 | 0 | 4 |
| A4 | 18.66 | 24 | 5 | 6 |
| A5 | 22.45 | 28.5 | 8.5 | 8 |
| A6 | 12.8 | 46 | 7.5 | 6 |
| A7 | 12.95 | 70.5 | 7 | 14 |
| A8 | 12.59 | 52 | 8 | 7 |
| A9 | 17.14 | 58 | 9 | 15 |
| A10 | 12.42 | 37 | 7.5 | 3 |
>TRINITY_DN108634_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformATCCTAACGGTTGATGTAGGTGACCGGTGAGGGTTTTCCCAAGCCATTCCTGTAATTCAAGATTTGGGATTTCCTCAGAGCAGCCACTCTATGGTGTATCCTAACGGTTGATGTAGGTGAGGGGAGAAGACCTGGTAATGGGTAACGTAGGAGACTCGCGGGCAGTTCTGGGCACAAGAGCTGATGACAGTTCTTTGATA
GCAGTGCAGTTGACTGTGGATTTGAAGCCCAATCTACCAAAGGAAGCTGAGAGGATTAAGCAATTCAAAGGGCGGGTTTTTGCACTGCAAGATGAGCCTGACGTGGCACGGGTGTGGTTACCCCATGACGACTCTCCTGGTCTGGCAATGGCAAGAGCATTTGGAGATTTTTGTCTCAAGGATTTCGGTCTCATTGCTGT
GCCTGATATCTCGTATCGTCGTCTTACACAAAGGGACGAATTTATTGTGCTGGCTACTGATGGGGTATGGGATGTGCTGTCTAACAAGGAAGTAGTAGACATTGTGGCATCGGCTCCCACTCAAGCAACTGCAGCCAGATCTCTAGTTGAATTCGCTGTTCGAGCATGGAGACTGAAATACCCAACTTCCAAAGTGGATG
ATTGTGCAGTAGTATGCCTTTTTCTCAGTGACCTTCCTCTAATTTCTGAGGCAAAAGCAAGCAAGGATATGATGATGTTAAAAGAACCACCTTTCTCAAACGAGGCCAGTCCAGCGCCAGGAACAATAACAACAGATGAGTGCCCTGCAGATGGAGAGGCAAGTAGTCCTAGATTAGGCCGTTTAAACACTGTAAGAATT
AATGTCAGTGATGTTAAAAATCGCTCAGAAGCAGTTCCAGAAATAGTTGAAACATCCACAACAGATTTACTGAAGCAGCCAGAGAGGTCTCAATCCCGTAGAAGCCTGGCTGATTGTCTGTCTGTGGCTGATGAAGATGAATGGTCTGCACTAGAAGGTGTTAGTAGAGTGAACTCCCTTCTTAACCTTCCACGGTTTTT
GACGGGAGACAGAATGTCTGGAGGTCTGAGGAAGCGGCATTGATTGATTAGTCACGTCTTTCAGCTTCAACTGTTGCAACAATTTGTTATATTACATTATTTCAAGCTCCAGCCTCCTGCCTGATAGAGCGGAATACCTGGGAGTGAGGTATTTTGTAACAATATGTTTGTTTGCTGAAGGTATACATGTGATGTCTAAG
ACTTGGGCCCAAAAGTTATATTCCTTTAATTATGAAGGAAAGAACTGGGTGTGTGGATTCCTGTCATGTTGTCACTCTGACATAGAAAGCAAATGTAAATGGACGATTTAAGCAGAAGACCTTTGAGGACAGGACAACCAGATTTGTCTTCTCTGGTTTACAGAAAGTGGTAAGCCCATTGGTGTAGCAGAGTCAGTAAA
ATATATCTTGGGCTAATTTTTGGAGTTGAGCCTATTGTGGTAGTAGCAAATTCAGTTTAAAAAATGTCTTGGGCCG
>TRINITY_DN108634_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGTTGATGTAGGTGAGGGGTGGGGCTGAATAGTGGTTCATTAGTTGCAGGATGAGGGGTGAATATGTTGCTTCCCCTTAGTCCTTTGTGGGAGGGACATGTTGTTCAGGTGAAACAACAGTCGGATACAGGATACACATATCTTTTGGCCTCTTTTTGCAATTGTTTCTACTAATATATAATCTCCTCTCTTCTCTTTAT
TGTATTGGATTATATGGTTCGATTCACTGCCCTTCAGTCTTCAGCAGTTTTGTATTCTTCGGGGTTGAATATATGTTAGTCATATTTTCTTTTAATTCCAGGGAGAAGACCTGGTAATGGGTAACGTAGGAGACTCGCGGGCAGTTCTGGGCACAAGAGCTGATGACAGTTCTTTGATAGCAGTGCAGTTGACTGTGGAT
TTGAAGCCCAATCTACCAAgtaggtccccatattctttactgctctgttcatgtgttattcctttttcattactgaatgagatatggaaagagaacatgtcttggcaggtgtttattggcgaataagaagatatggcaaaatccttttctgatctgatatatgcacagagaagatctttttttggtcttattgtttgttg
tctgtgttgtccgttcagAGGAAGCTGAGAGGATTAAGCAATTCAAAGGGCGGGTTTTTGCACTGCAAGATGAGCCTGACGTGGCACGGGTGTGGTTACCCCATGACGACTCTCCTGGTCTGGCAATGGCAAGAGCATTTGGAGATTTTTGTCTCAAGGATTTCGGTCTCATTGCTGTGCCTGATATCTCGTATCGTCGT
CTTACACAAAGGGACGAATTTATTGTGCTGGCTACTGATGGGGTATGGGATGTGCTGTCTAACAAGGAAGTAGTAGACATTGTGGCATCGGCTCCCACTCAAGCAACTGCAGCCAGATCTCTAGTTGAATTCGCTGTTCGAGCATGGAGACTGAAATACCCAACTTCCAAAGTGGATGATTGTGCAGTAGTATGCCTTTT
TCTCAGTGACCTTCCTCTAATTTCTGAGGCAAAAGCAAGCAAGGATATGATGATGTTAAAAGAACCACCTTTCTCAAACGAGGCCAGTCCAGCGCCAGGAACAATAACAACAGATGAGTGCCCTGCAGATGGAGAGGCAAGTAGTCCTAGATTAGGCCGTTTAAACACTGTAAGAATTAATGTCAGTGATGTTAAAAATC
GCTCAGAAGCAGTTCCAGAAATAGTTGAAACATCCACAACAGATTTACTGAAGCAGCCAGAGAGGTCTCAATCCCGTAGAAGCCTGGCTGATTGTCTGTCTGTGGCTGATGAAGATGAATGGTCTGCACTAGAAGGTGTTAGTAGAGTGAACTCCCTTCTTAACCTTCCACGGTTTTTGACGGGAGACAGAATGTCTGGA
GGTCTGAGGAAGCGGCATTGATTGATTAGTCACGTCTTTCAGCTTCAACTGTTGCAACAATTTGTTATATTACATTATTTCAAGCTCCAGCCTCCTGCCTGATAGAGCGGAATACCTGGGAGTGAGGTATTTTGTAACAATATGTTTGTTTGCTGAAGGTATACATGTGATGTCTAAGACTTGGGCCCAAAAGTTATATT
CCTTTAATTATGAAGGAAAGAACTGGGTGTGTGGATTCCTGTCATGTTGTCACTCTGACATAGAAAGCAAATGTAAATGGACGATTTAAGCAGAAGACCTTTGAGGACAGGACAACCAGATTTGTCTTCTCTGGTTTACAGAAAGTGGTAAGCCCATTGGTGTAGCAGAGTCAGTAAAATATATCTTGGGCTAATTTTTG
GAGTTGAGCCTATTGTGGTAGTAGCAAATTCAGTTTAAAAAATGTCTTGGGCCG
Intron 4 GTGAAACAAC ... TTAATTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60 | 1 | 2 | 1 |
| A2 | 46.34 | 11 | 6 | 13 |
| A3 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A4 | 55.56 | 2 | 3 | 2 |
| A5 | 80 | 1 | 6 | 2 |
| A6 | 30.43 | 8 | 3 | 4 |
| A7 | 31.25 | 11 | 0 | 10 |
| A8 | 42.86 | 8 | 2 | 10 |
| A9 | 33.33 | 9 | 3 | 6 |
| A10 | 35 | 13 | 5 | 9 |
>TRINITY_DN108634_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformGGTTGATGTAGGTGAGGGGTGGGGCTGAATAGTGGTTCATTAGTTGCAGGATGAGGGGTGAATATGTTGCTTCCCCTTAGTCCTTTGTGGGAGGGACATGTTGTTCAGGGAGAAGACCTGGTAATGGGTAACGTAGGAGACTCGCGGGCAGTTCTGGGCACAAGAGCTGATGACAGTTCTTTGATAGCAGTGCAGTTGAC
TGTGGATTTGAAGCCCAATCTACCAAGTAGGTCCCCATATTCTTTACTGCTCTGTTCATGTGTTATTCCTTTTTCATTACTGAATGAGATATGGAAAGAGAACATGTCTTGGCAGGTGTTTATTGGCGAATAAGAAGATATGGCAAAATCCTTTTCTGATCTGATATATGCACAGAGAAGATCTTTTTTTGGTCTTATTG
TTTGTTGTCTGTGTTGTCCGTTCAGAGGAAGCTGAGAGGATTAAGCAATTCAAAGGGCGGGTTTTTGCACTGCAAGATGAGCCTGACGTGGCACGGGTGTGGTTACCCCATGACGACTCTCCTGGTCTGGCAATGGCAAGAGCATTTGGAGATTTTTGTCTCAAGGATTTCGGTCTCATTGCTGTGCCTGATATCTCGTA
TCGTCGTCTTACACAAAGGGACGAATTTATTGTGCTGGCTACTGATGGGGTATGGGATGTGCTGTCTAACAAGGAAGTAGTAGACATTGTGGCATCGGCTCCCACTCAAGCAACTGCAGCCAGATCTCTAGTTGAATTCGCTGTTCGAGCATGGAGACTGAAATACCCAACTTCCAAAGTGGATGATTGTGCAGTAGTAT
GCCTTTTTCTCAGTGACCTTCCTCTAATTTCTGAGGCAAAAGCAAGCAAGGATATGATGATGTTAAAAGAACCACCTTTCTCAAACGAGGCCAGTCCAGCGCCAGGAACAATAACAACAGATGAGTGCCCTGCAGATGGAGAGGCAAGTAGTCCTAGATTAGGCCGTTTAAACACTGTAAGAATTAATGTCAGTGATGTT
AAAAATCGCTCAGAAGCAGTTCCAGAAATAGTTGAAACATCCACAACAGATTTACTGAAGCAGCCAGAGAGGTCTCAATCCCGTAGAAGCCTGGCTGATTGTCTGTCTGTGGCTGATGAAGATGAATGGTCTGCACTAGAAGGTGTTAGTAGAGTGAACTCCCTTCTTAACCTTCCACGGTTTTTGACGGGAGACAGAAT
GTCTGGAGGTCTGAGGAAGCGGCATTGATTGATTAGTCACGTCTTTCAGCTTCAACTGTTGCAACAATTTGTTATATTACATTATTTCAAGCTCCAGCCTCCTGCCTGATAGAGCGGAATACCTGGGAGTGAGGTATTTTGTAACAATATGTTTGTTTGCTGAAGGTATACATGTGATGTCTAAGACTTGGGCCCAAAAG
TTATATTCCTTTAATTATGAAGGAAAGAACTGGGTGTGTGGATTCCTGTCATGTTGTCACTCTGACATAGAAAGCAAATGTAAATGGACGATTTAAGCAGAAGACCTTTGAGGACAGGACAACCAGATTTGTCTTCTCTGGTTTACAGAAAGTGGTAAGCCCATTGGTGTAGCAGAGTCAGTAAAATATATCTTGGGCTA
ATTTTTGGAGTTGAGCCTATTGTGGTAGTAGCAAATTCAGTTTAAAAAATGTCTTGGGCCG
>TRINITY_DN108634_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGTTGATGTAGGTGAGGGGTGGGGCTGAATAGTGGTTCATTAGTTGCAGGATGAGGGGTGAATATGTTGCTTCCCCTTAGTCCTTTGTGGGAGGGACATGTTGTTCAGgtgaaacaacagtcggatacaggatacacatatcttttggcctctttttgcaattgtttctactaatatataatctcctctcttctctttat
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