NA ----> NA

Intron 1 GTATGTAGAG ... TATTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.71	6	9	13
A2	54.55	10	7	17
A3	62.16	7	7	16
A4	45.45	9	7	8
A5	83.33	1	4	6
A6	35.48	10	1	10
A7	45.95	10	4	13
A8	42.59	31	7	39
A9	57.58	7	5	14
A10	39.39	10	0	13

>TRINITY_DN43194_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

ATTAATATTTAATCCATATAAATATTTATAAATTAATGTTTAATCCATATATGTTTGTGTTGTATGAAATAAATGTACATATTATCTAATGTGTAGTATTACAATTATATTTATGTTTTGTGTTTTGAATATGATTAATTTTTTAAACGTATGGGAAGCAACGTGTCATAGCCTATCGGATTTAAAAAAAATATCATATG
CAATTTTCTGACTACATATGGATTTAAAATTAAAATTTAAAATTAAAAGAATATTAAACTTATTTGTGAATATTCAGACATCATTATTGTACTCTATCGGAAATGAAATCTTATTCTTTGGCTAAGGAAAGAGGAGAGGAGCACTCCCATGAAAGAAGAGTGGGAGTGCTGAAAACGTCTGTTCGTACGGGAGAGGGGAG
TTCGTACGGGAGAGAGGAGCGGGAGTTCGAACAAGAGGCAAAGAAGAATTTCAACTTTGGGAGAAAAAAAACAGCAGATGAGAGCGTATGAGGTATCTACAGTTTGACAGCAC

>TRINITY_DN43194_c0_g1_i16 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGGAGCGGGAGTTCGAACAAGAGgtatgtagagttctaatttatttattttgggtttttgtattttttttaatattattttctgctttattgtgcagGCAAAGAAGAATTTCAACTTTGGGAGAAAAAAAACAGCAGATGAGAGCGTATGAGGTGAATTTCAGCTACTCTAGGGAGTTTCAGTTATGTCCAAATTTTAAT
ATTGTAGATGAGTGGAGGATTTTTTGACTCAGAGGAAGGCTGATGTAATGGAAGATGAAGAATATGCTTAACAAAACACATTACTTGAAAAAGAAGATGA

Intron 2 GTATGTACAG ... ATATATCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.21	10	18	23
A2	58.97	8	8	15
A3	74.59	8	30	17
A4	69.21	6	15	12
A5	100	0	5	5
A6	63.64	10	20	15
A7	52.08	23	29	21
A8	34.08	43	19	25.5
A9	34.25	24	14	11
A10	45.45	9	4	11

>TRINITY_DN44126_c1_g2_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

TATGTGTGGTATTCTAATTATATTTCGTCATTATATCTATGTTTTGTATTTTGAATATGATTAATATTTTAAACTTATTGGAATCAAGGTGTCATAGCCTATCGAATTTAAAAAATGTCATATGCAGTTTTCTGGCAACATATCGGATTTAAAAAATTATTAAACTTATTTGTGAATATTCAGACATCATTATTGTACTC
TATTGGAAATGAAATCTTATTCTTTGGCCAAGGAAAGAGGAATTTGAATGATTTGAAGCGGTTTCCATGAAAGAAGGGTCGGAGTTCCAAGAGGTGCTGAAAACCTCTGTTCGCACGGGAGAGGGGAGTTCGTACGGGAGAGAGGAGCGGGAGTTCGAACAAGAGGTATGTAGAGTTCTAATTTATTTATTTTGGGTTTT
TGTATTTTTTTTAATATTATTTTCTGCTTTATTGTGCAGGCAAAACGCATATGTAGAAGAATTTCAACTGCCGCAGACGTATCTGGGAGAAAAAAACAGCAGATGAGAGCGTATGAGAAGAATTTCAACTACCACAGAATTTGAAGATTGCAGGTGAATTTCAGCTACTCTGGGGAGTTTCAGTTATGTCGAAATTTTAA
TATTGTAGATAAGTGGAGGACTTTTTGACTCAGAGGAAGGCTGATGTAATGGAAGATGAAGAATATACTTAACAAAAAACATTACTTGAAAAAGAAGATGAAGATTATTTACTATAAATGCACCCTTATATTTTAAAGTGTAAATTCTATTATTTTTATGTAACACTAAAAGCCTATATATTAATAAAATTATTAATTTT
TTTTAGAGGAAGGGCTTTGCCCTTTCTCA

>TRINITY_DN44126_c1_g2_i11 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TATGTGTGGTATTCTAATTATATTTCGTCATTATATCTATGTTTTGTATTTTGAATATGATTAATATTTTAAACTTATTGGAATCAAGGTGTCATAGCCTATCGAATTTAAAAAATGTCATATGCAGTTTTCTGGCAACATATCGGATTTAAAAAATTATTAAACTTATTTGTGAATATTCAGACATCATTATTGTACTC
TATTGGAAATGAAATCTTATTCTTTGGCCAAGGAAAGAGGAATTTGAATGATTTGAAGCGGTTTCCATGAAAGAAGGGTCGGAGTTCCAAGAGGTGCTGAAAACCTCTGTTCGCACGGGAGAGGGGAGTTCGTACGGGAGAGAGGAGCGGGAGTTCGAACAAGAGGTATGTAGAGTTCTAATTTATTTATTTTGGGTTTT
TGTATTTTTTTTAATATTATTTTCTGCTTTATTGTGGAAGAATTTCAACTGCCGCAGACGTATCTGGGAGAAAAAAACAGCAGATGAGAGCGTATGAGgtatgtacagtttgacagcactgttttatttgtcgaatatattttgggtttttgtttttttttaataatattttctgctttgttgaatatatatctagAAGA
ATTTCAACTACCACAGAATTTGAAGATTGCAGGTGAATTTCAGCTACTCTGGGGAGTTTCAGTTATGTCGAAATTTTAATATTGTAGATAAGTGGAGGACTTTTTGACTCAGAGGAAGGCTGATGTAATGGAAGATGAAGAATATACTTAACAAAAAACATTACTTGAAAAAGAAGATGAAGATTATTTACTATAAATGC
ACCCTTATATTTTAAAGTGTAAATTCTATTATTTTTATGTAACACTAAAAGCCTATATATTAATAAAATTATTAATTTTTTTTAGAGGAAGGGCTTTGCCCTTTCTCA

Intron 3 GTTGGGTGTT ... TGTTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	1	0	1
A2	100	0	1	6
A3	100	0	2	4
A4	42.86	4	3	3
A5	-1	0	0	0
A6	47.37	5	1	8
A7	47.17	14	8	17
A8	46.67	12	7	14
A9	37.5	5	2	4
A10	50	2	0	4

>TRINITY_DN44126_c1_g2_i10 from sample A9 / Example spliced isoform

TCCCAAAATTTTAATATTTGGTGTTATACAAGTGTATACAAATATGGTTATGTCATGGGAGAGTTTTTATTTGTGTTGAAGTGCATGGCAAATGAAGACAATTACAAAGGTAGATGAATAGAGGAAGTTTTGAAGTATGCAAACATGGTCCTATCATGAGAATTTTTATTTGTGTTGAATGCATGCTAAATGAAGACTCT
TAGAAAGAGTAGATGAGTAGAGGATCTTTTTGGATAAGAGGAAGACTGATGTAAAGGAAGATGAAGAATGCAATCTTATATTTTAAAATGTAAATTCTATTATTTTTATGTAACACTAAAATTCGACATTTTAATAAAATTATTACTTTTTTTAGAGAAAGGGCAAAGCCCTTTCTCAAAACTCTCAAAGGATAGCTATG
GCCAAAGCTACCATTGAGAGGTGTCTACTCTTTGAATGTGTTTCCAG

>TRINITY_DN44126_c1_g2_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGAAGTGCATGGCAGATTAAGACAATTACAAAGGGTGGGTGTTCATATATTATTTATAAAAAGAGTATTAGTTTATTAATCAAAAATTTTGTTTTGTTTAATAGGTAGATGAATAAAGGAAGTTTTGAAGTTGTGTTATACTGGTGTATACAAATATGGTTATGTCATGGGAGAGTTTTTATTTGTGTTGAAGTGCATGG
CAAATGAAGACAATTACAAAGgttgggtgttatttttacacttattcatatattatttataaaaagagtagtagtttattaatgaataattttgttttgtttaaccggtagatgatataggatttttcatatattatttttaaagaatattagtttattaataaaaaattttgttttgtttaacagGTAGATGAATAGAG
GAAGTTTTGAAGTATGCAAACATGGTCCTATCATGAGAATTTTTATTTGTGTTGAATGCATGCTAAATGAAGACTCTTAGAAAGAGTAGATGAGTAGAGGATCTTTTTGGATAAGAGGAAGACTGATGTAAAGGAAGATGAAGAATGCAATCTTATATTTTAAAATGTAAATTCTATTATTTTTATGTAACACTAAAATT
CGACATTTTAATAAAATTATTACTTTTTTTAGAGAAAGGGCAAAGCCCTTTCTCAAAACTCTCAAAGGATAGCTATGGCCAAAGCTACCATTGAGAGGTGTCTACTCTTTGAATGTGTTTCCAG

Intron 4 GTATGTACAG ... TATCTAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.15	13	17.7	27
A2	59.64	8.7	8.7	17
A3	82.84	5	31	17.3
A4	64.92	7.7	14.7	13.7
A5	100	0	5	7
A6	61.62	11	20.3	15
A7	48.94	26.7	30	21
A8	34.56	41.3	19.3	24.3
A9	32.46	25.7	13.7	11
A10	45.45	9	4	11

>TRINITY_DN43194_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

TTTTGAATAGCCTATCAAATTTAAGAAATGTCATATGCAGTTTTCTGACAACATATCGGATTTAAAAGATTATTAAACTTATTTGTGAATATTCAGACATCATTATTGTACTCTATTGGAAATGAAATCTTATTCTTTGGCCAAGGAAAGAGGAATTTGAATGATTTGAAGCGGTTTCCATGAAAGAAGGGTCGGAGTTC
CAAGAGGTGCTGAAAACCTCTGTTCGCACGGGAGAGGGGAGTTCGTACGGGAGAGAGGAGCGGGAGTTCGAACAAGAGGTATGTAGAGTTCTAATTTATTTATTTTGGGTTTTTGTATTTTTTTTAATATTATTTTCTGCTTTATTGTGCAGGCAAAACGCATATGTAGAAGAATTTCAACTGCCGCAGACGTATCTGGG
AGAAAAAAACAGCAGATGAGAGCGTATGAGAATTTCAACTACCACAGAATTTGAAGATTGCAGGTGAATTTCAGCTACTCTGGGGAGTTTCAGTTATGTCGAAATTTTAATATTGTAGATGAAAGAGGATTTTTTGAAATATGCAAACATGGTTTTGCCTGGGAGTTTTTATTTTTGTTGAAGTGCATGCCAAATGAAGA
CTCTTAGAAAGAGTGTGTTATTTTTACTCTTTTATCATATATATTATTTAAAAAAAAATTAGTTTATTAATCAATAATTCTGTTTTATTTGACCAGTAGATGAGTGGAGGATTTTTTGACTCAGAGGAAGGCTGATGTAATGGAAGATGAAGAATATGCTTAACAAAACACATTACTTGAAAAAGAAGATGA

>TRINITY_DN43194_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTTTGAATAGCCTATCAAATTTAAGAAATGTCATATGCAGTTTTCTGACAACATATCGGATTTAAAAGATTATTAAACTTATTTGTGAATATTCAGACATCATTATTGTACTCTATTGGAAATGAAATCTTATTCTTTGGCCAAGGAAAGAGGAATTTGAATGATTTGAAGCGGTTTCCATGAAAGAAGGGTCGGAGTTC
CAAGAGGTGCTGAAAACCTCTGTTCGCACGGGAGAGGGGAGTTCGTACGGGAGAGAGGAGCGGGAGTTCGAACAAGAGGTATGTAGAGTTCTAATTTATTTATTTTGGGTTTTTGTATTTTTTTTAATATTATTTTCTGCTTTATTGTGCAGGCAAAACGCATATGTAGAAGAATTTCAACTGCCGCAGACGTATCTGGG
AGAAAAAAACAGCAGATGAGAGCGTATGAGgtatgtacagtttgacagcactgttttatttgtcgaatatattttgggtttttgtttttttttaataatattttctgctttgttgaatatatatctagaagAATTTCAACTACCACAGAATTTGAAGATTGCAGGTGAATTTCAGCTACTCTGGGGAGTTTCAGTTATGT
CGAAATTTTAATATTGTAAGTGATTTTAATATTTGAATTTGTATTTTGAATTCAGATTGTTTAAAGACCATGTATATATAAGCTTTGAATTCAATACTATTCGTAAAGCTAGATTTGGCTTATGGGTTCTTTAAAATTTAATAATACTAA