sp|P50346|RLA0_SOYBN ----> Large ribosomal subunit protein uL10

Intron 1 GTGAGTTTTG ... TGTTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.87	239	3	117
A2	31.13	208	1	94
A3	29.9	272	10	116
A4	32.68	206	0	100
A5	25.68	136	2	47
A6	32.21	2734	5	1299
A7	30.92	1680	0	752
A8	33.96	2067	2	1063
A9	29.11	2016	2	828
A10	29.96	1150	0	492

>TRINITY_DN106350_c4_g4_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

GCTGAAATATTATGATGTATTGTTGTTTGGATCTAAGAAATGCGTGTATCAGGAGTGGCAGCAATAACTTGTACTATTTAAATGCCAAAATACATACTTGAAATAATTAGATAGTTGTCAAAGTTTGTGTTTAAATATGCCCTGTTGGTTGTTTTATCATATCCAGGTGTTAAACATCCCCACAAAGATTAACAAAGGTA
CTGTTGAAATTATAACACCAGTGGAGCTTATTAAGAAGGGGGAGAAAGTTGGATCTTCTGAGGCTGCTTTGCTTGCCAAGCTTGGCATTCGCCCATTTTCTTATGGGTTGATCGTGCAGTCTGTATATGATAATGGATCGGTATTTGATCCTGAAGTTCTTGATCTTACAGAGGATGATCTAATATTGAAATTTGCCGCT
GGTATTTCTACCGTGACAGCTCTTTCTCTGGCCATTAGTTATCCTACCATTGCAGCTGTCCCACATGCTATCATTAATGCTTATAAGAATGTTGTAGCTATTGCTATTGAACTTGATTATTCTTTCCCATTGGCGGATAAGGTCAAGGAGTATCTGAAGGATCCAAGCAAGTTTGCAGTTGCTGCTGCTCCAGTTGCTAG
TTCTTCAGAAGCTGCGCCCGCTGCAGCTGCCCCAAAAGAAGAGGAAAAGAAACCCGAGCCGGAAGAAGAGTCTGAAGATGATATGGGTTTCAGTCTTTTTGACTAGATTGCATGGCACAAATCGTCAGAGATGCTAATTTAAAGACATTTGTTATTCTTCCATTTTGTTGCAGTGGCAGTCCATAAAGGATTAGACTAGT
ATAATTTTTAAAGTAGGTGTATATGTCTAGTCGGATGTTCTGCAACTGAAGATACTGTTATATTAGGTTGCATATTATGAGTTATTTGTGAGGTATCCAAAGTCTTATTTGTTTTATCATTGCAATTTTGTATTGGAACAGTTTGGTTATATATGCTGAGATCTATATCTCCGAGAGTTTTTTCATTTTGTCTCCAGTTC
CTGCCATGATTTCACCTTTGGCTTTTAGTTTGTTTTTATTCTTCAAACTAAAATAGGTTTTATATTTCTTTCTAGCGAAAAATTTAGTTACAAATGGAGCCCTTTCTACAAAATATGACAATAATCGTAGCATCATAATCATAAGC

>TRINITY_DN106350_c4_g4_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TAAGGTCAAGGAGTATCTGAAGgtgagttttggaagttcatgtttatggaatatttttgtgatctcttatcattaacttcgaaattttttgtcaatctacttctttttgatgtgaagtattttgatttgcattgttatgtagGATCCAAGCAAGTTTGCAGTTGCTGCTGCTCCAGTTGCTAGTTCTTCAGAAGCTGCGC
CCGCTGCAGCTGCCCCAAAAGAAGAGGAAAAGAAACCCGAGCCGGAAGAAGAGTCTGAAGATGATATGGGTTTCAGTCTTTTTGACTAGATTGCATGGCACAAATCGTCAGAGATGCTAATTTAAAGACATTTGTTATTCTTCCATTTTGTTGCAGTGGCAGTCCATAAAGGATTAGACTAGTATAATTTTTAAAGTAGG
TGTATATGTCTAGTCGGATGTTCTGCAACTGAAGATACTGTTATATTAGGTTGCATATTATGAGTTATTTGTGAGGTATCCAAAGTCTTATTTGTTTTATCATTGCAATTTTGTATTGGAACAGTTTGGTTATATATGCTGAGATCTATATCTCCGAGAGTTTTTTCATTTTGTCTCCAGTTCCTGCCATGATTTCACCT
TTGGCTTTTAGTTTGTTTTTATTCTTCAAACTAAAATAGGTTTTATATTTCTTTCTAGCGAAAAATTTAGTTACAAATGGAGCCCTTTCTACAAAATATGACAATAATCGTAGCATCATAATCATAAGC

Intron 2 GTTTGGACAC ... TCATATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.94	319	106	31.3
A2	25.75	323	112	37
A3	27.87	396	153	38.5
A4	23.77	295	92	41.5
A5	27.6	244	93	38
A6	29.22	2829	1168	232.5
A7	30.21	1982	858	140.3
A8	26.28	1400	499	138.8
A9	30.39	2073	905	151.5
A10	31.14	1619	732	111.3

>TRINITY_DN109394_c2_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

CACCACCCCACTAACTACTTAGTCCCCAGTGAGATAAATTCTAAATGTACTTAATAATTAATACTCAGAATTTCATAAAACTTCATACTTTAACTTTTTCAAGGAAATGAACAGTAAAAAAAATGCAAAACACAATATGAAACCCTAATTTCAACCTCCGAAACCCTAACTCGAACCAAAACCCTTACCTTCCTCCCTCA
AAACCACACTATTCTTCTACCAATATCTCTTATTTCTCAGTAGCTGTCCAGGGTGTGCAGACTGTGAGCATTCCGTGAGGGACGAAATGGGGTTCAAGGGAACGAAGGCGGAGAAGAAAGTTCTCTACGACAAGAAAATATGCGATTTGCTGGAGGACTACTCGCAGGTGCTGGTCTGCGTTGCAGACAATGTTGGATCC
AAGCAGTTGCAGAACATTCGTGCGGGGTTAAGGCCGGATTCACTCGTTCTCATGGGAAAAAACACCATGATGAAGAGATCCATTCGCCTGTATGCAGAGAAGTCCGGGAACCCGGCTTATCAGAACTTGATTCCTTTGCTTGTGGGAAACGTCGGGCTTATTTTCACAAAGGGTGATCTCAAGGAAGTCCGTGAGGAGGT
AGCAAAATACAAGGTTGGAGCTCCAGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCGGTTGATGTGGTGGTACCCCCTGGAAACACTGGTTTGGATCCATCTCAGACATCTTTCTTCCAGGTGTTAAACATCCCCACAAAGATTAACAAAGGTACTGTTGAAATTATAACACCAGTGGAGCTTATTAAGAAGGGGGAGAAAGTCGGAT
CTTCTGAGGCTGCTTTGCTTGCCAAGCTTGGCATTCGCCCATTTTCTTATGGGTTGATCGTGCAGTCTGTATATGATAATGGATCGGTATTTGATCCTGAAGTTCTTGATCTTACAGAGGATGATCTAATATTGAAGTTTGCCGCTGGTATTTCTACCGTGACAGCTCTTTCTCTGGCCATTAGTTATCCTACCATTGCA
GCTGTCCCACATGCTATCATTAATGCTTATAAGAATGTTGTAGCTATTGCTATTGAACTTGATTATTCTTTCCCATTGGCGGATAAGGTCAAGGAGTATCTGAAGGATCCAAGCAAGTTTGCAGTTGCTGCTGCTCCAGTTGCTAGTTCTTCAGAAGCTGCGCCCGCTGCAGCTGCCCCAAAAGAAGAGGAAAAGAAACC
CGAGCCGGAAGAAGAGTCTGAAGATGATATGGGTTTCAGTCTTTTTGACTAGATTGCATGGCACAAATCGTCAGAGATGCTAATTTAAAGACATTTGTTATTCTTCCATTTTGTTGCAGTGGCAGTCCATAAAGGATTAGACTAGTATAATTTTTAAAGTAGGTGTATATGTCTAGTCGGATGTTCTGCAACTGAAGATA
CTGTTATATTAGGTTGCATATTATGAGTTATTTGTGAGGTATCCAAAGTCTTATTTGTTTTATCATTGCAATTTTGTATTGGAACAGTTTGGTTATATATGCTGAGATCTATATCTCCGAGAG

>TRINITY_DN109394_c2_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CACCACCCCACTAACTACTTAGTCCCCAGTGAGATAAATTCTAAATGTACTTAATAATTAATACTCAGAATTTCATAAAACTTCATACTTTAACTTTTTCAAGGAAATGAACAGTAAAAAAAATGCAAAACACAATATGAAACCCTAATTTCAACCTCCGAAACCCTAACTCGAACCAAAACCCTTACCTTCCTCCCTCA
AAACCACACTATTCTTCTACCAATATCTCTTATTTCTCAGTAGCTGTCCAGGGTGTGCAGACTGTGAGCATTCCGTGAGGGACGAAATGGGGTTCAAGGGAACGAAGGCGGAGAAGAAAGTTCTCTACGACAAGAAAATATGCGATTTGCTGGAGGACTACTCGCAGGTGCTGGTCTGCGTTGCAGACAATGTTGGATCC
AAGCAGTTGCAGAACATTCGTGCGGGGTTAAGGCCGGATTCACTCGTTCTCATGGGAAAAAACACCATGATGAAGAGATCCATTCGCCTGTATGCAGAGAAGTCCGGGAACCCGGCTTATCAGAACTTGATTCCTTTGCTTGTGGGAAACGTCGGGCTTATTTTCACAAAGGGTGATCTCAAGGAAGTCCGTGAGGAGGT
AGCAAAATACAAGGTTGGAGCTCCAGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCTCCGGTTGATGTGGTGGTACCCCCTGGAAACACTGGTTTGGATCCATCTCAGACATCTTTCTTCCAGgtttggacactttaatccagcaattttatgatttttttttggatatctgctgaaatattatgatgtattgttgtttggatctaagaaa
tgcgtgtatcaggagtggcagcaataacttgtactatttaaatgccaaaatacatacttgaaataattagatagttgtcaaagtttgtgtttaaatatgccctgttggttgttctatcatatccagGTGTTAAACATCCCCACAAAGATTAACAAAGGTACTGTTGAAATTATAACACCAGTGGAGCTTATTAAGAAGGG
GGAGAAAGTCGGATCTTCTGAGGCTGCTTTGCTTGCCAAGCTTGGCATTCGCCCATTTTCTTATGGGTTGATCGTGCAGTCTGTATATGATAATGGATCGGTATTTGATCCTGAAGTTCTTGATCTTACAGAGGATGATCTAATATTGAAGTTTGCCGCTGGTATTTCTACCGTGACAGCTCTTTCTCTGGCCATTAGTT
ATCCTACCATTGCAGCTGTCCCACATGCTATCATTAATGCTTATAAGAATGTTGTAGCTATTGCTATTGAACTTGATTATTCTTTCCCATTGGCGGATAAGGTCAAGGAGTATCTGAAGGATCCAAGCAAGTTTGCAGTTGCTGCTGCTCCAGTTGCTAGTTCTTCAGAAGCTGCGCCCGCTGCAGCTGCCCCAAAAGAA
GAGGAAAAGAAACCCGAGCCGGAAGAAGAGTCTGAAGATGATATGGGTTTCAGTCTTTTTGACTAGATTGCATGGCACAAATCGTCAGAGATGCTAATTTAAAGACATTTGTTATTCTTCCATTTTGTTGCAGTGGCAGTCCATAAAGGATTAGACTAGTATAATTTTTAAAGTAGGTGTATATGTCTAGTCGGATGTTC
TGCAACTGAAGATACTGTTATATTAGGTTGCATATTATGAGTTATTTGTGAGGTATCCAAAGTCTTATTTGTTTTATCATTGCAATTTTGTATTGGAACAGTTTGGTTATATATGCTGAGATCTATATCTCCGAGAG