sp|P51568|AFC3_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase AFC3
Intron 1 GTGAGTTGTT ... GTGAAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 36 | 1 | 18 |
| A2 | 19.57 | 37 | 1 | 9 |
| A3 | 24.56 | 43 | 4 | 14 |
| A4 | 20.69 | 23 | 4 | 6 |
| A5 | 25 | 3 | 0 | 1 |
| A6 | 27.59 | 42 | 2 | 16 |
| A7 | 23.26 | 66 | 0 | 20 |
| A8 | 20 | 72 | 0 | 18 |
| A9 | 20.83 | 76 | 1 | 20 |
| A10 | 23.08 | 50 | 0 | 15 |
>TRINITY_DN96592_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformCGATCATGATTTGGGGATTGAAAGCTTCAACTTTGTTTCCACGACTCACGGCGGCCCTGATACTACCTAACTGTACAATCTGAAGCTCGCCCTCCCGCTACCTCTGTTGCTGCAAATATATCGCGCAGTGCCTCTATGGACAATTGAGTCTACAGGCATCCTGAAGGTTAGGCTAGGCTAGGCTTATCTCAAATCTTAAA
ACAAAATCCAGAGAGAACACGGGTTCCTGTTTTTGGGCCGAGATTTGAGCTTTAAGATTAGTTTCCATGGCCACCGATACTGTAGTAGTGGATCCATACATGGACTCTTCAAGTGAATGCACGGACTCTGAAGACGAAGGCACCGACGATTACAGGAAGGGAGGATACCATGCAGTTCGATTGGGCGATTCGTTCAAGAA
TGGGAGATATGTAGTGCAGCGGAAGCTTGGATGGGGTCATTTCTCTACTGTCTGGCTTGCTTGGGACCTCCAAGAATCTAGATATGTGGCACTTAAGGTGCAGAAGAGTGCGCAACATTATGCAGAAGCAGCTATGGATGAGATCAACATCTTGAAGGAAATTGCAGAAGGAGATCCGGAGGATAGAAAGGGTGTTGTGA
AATTGCTTGACCATTTCAAGCACGTTGGACCCAATGGACAGCATGTTTGTATGGTTTTTGAGTATTTGGGTGACAGCTTGTTGTCTTTGATAAAATATACTCGCTACAGAGGCCTTCCCTTGGACATTGTTCGGGAACTCTGCGTCCCTATTTTAGTAGGATTGGATTATTTGCATCGAGAATTGTCAATTATTCACACT
GATTTAAAGCCTGAGAACATTCTTCTATACTCTTCTATTGATCCATCAAAAGATCCAAGAAAAACCGGAGAGCCTCCCCTGCTTTCTCCTGTTATTGATAAACCAAACCTACTTTTGAGGTCTTCCAGTAGGAAGGACACGGTTAATGGAGTCATTCAAAGGACTCAGCAAAATAAACTAAAGAGAAAGGCTAAGAGGGC
TGCAAACAACTGTGTGAGCAGTGTCATAGCTCGAGAAAAGGAATTAGATTTGGCTAATGCAGACCAGGGCAATGTAAACAGTGGACAAACTGGTGTTACAAAGACAGAAATCATTCTGGCTGGTGACTCTGCAGCTCAGCATGAGGCAGAGAAAAAAGCTCGTTATTCTGCTAAAATTCAGAGCCTGAAGTCAATGGATT
TGAGATGTAAAATAGTGGATTTGGGAAATGCCTGCTGGATCCATAAGCAGTTTACACCTGATATTCAGACAAGGCAATATCGATCCCCAGAGGTTATTTTGGGTTCAAAGTATTCCACAACGGTTGACATGTGGTCATTTGCTTGCATAGTTTTTGAACTGGCTACAGGTGATATGTTGTTTGATCCTCAGAGTGCAGAA
GGTTATGACCGTGACGAGGACCACCTTGCCCTGATGATGGAGCTGCTTGGAAAGATACCTCGTAAGATTGCTCTAGGTGGGAGCTATTCACGGGACCTTTTTGACAGGCATGGGGATTTAAAGCACATTAGACGACTTCGGTATTGGCCCTTAGATCGTATACTAGCAGAGAAATATAAGTTCAATGAGAAAGATGCTGA
TGAACTTTCCAAATTTTTATGTCCATTGATGGATTTTGCTCCAGAGAAGAGGCCTACAGCAGGACAATGCCTTTTGCATCCATGGCTCAAATGTGAGACGGGAGATACTATGGATAGACAAAGAAGGGAGAGTGAAGGTGCAAAGGAGGTTTTGGAGAAAGCTCAAGTTGCTATGAGTAATATGTCTATCAAAGGAACTC
AAGCAGGGTTCAGCAGAACAGCAATGCCAATCAGGGCAACCAATCAGCACTCAAGCGCAATGCTCAAGTGAGTAGATTTAAGAAAGTCTGGTCCGTAGAATTATTGTCATAAGAATGCCTCCAGGTAGATACAGAACTGTACATTGCCATGCTGGTCGTCTTTCCAAAAATAACTCATTATATATTTCATGCTTGGGTAT
TAATTTAGGATGATTGATTTTATGGAGGCCTATTTCAAGCAAGCGTACCTACAAGTGAGTTTCAGTAACAAGATTGGTCTCATTGTTTCAGAATCTAAGAGCTGGAGGGTCCATCTCGACCCTCGTCTTTGACTATATCTGTCTCAACTCTTAAGGAACTTAAAAAGGATCAAGGCCTTGGTGCCATGATTGCAACTCTT
TTTTCTGGAGTTCAATGTCTAGATGATGTCAAAGATTGTTATTCATTGTCCATAGGATGCTCTGATTTGTGGTAAAATTTAGCCCAGGATGGTTTCTCTTGGTTATACAGCGGTTCACCCTGATTTGTAAAGAAGAACATTCACTCGAACAGTAGATGGGAATGTGACTTGGAGGCAGAAAAAGCACAGGCAAGTTAGAC
ATGCACTTGGAAGTTTGTAATTAGGATCATGCCCACTTGGAGAGTGGACTCATAGCAAACTTCCTAATTCGAATCAATTGATGCAGCCATGTTATTGCTCTCAGTGAGCACTATAAAGGGTGATTATATCATAATTGACTCTCCCCAGAATGTACTTTCAAACCTATATTGAATGACTTGATTTGCTGCGAGAAAAGATG
TGTCTACTTACGAGCTGCAACCACTAAATTCAAATGGTGC
>TRINITY_DN96592_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:CGATCATGATTTGGGGATTGAAAGCTTCAACTTTGTTTCCACGACTCACGGCGGCCCTGATACTACCTAACTGTACAATCTGAAGCTCGCCCTCCCGCTACCTCTGTTGCTGCAAATATATCGCGCAGTGCCTCTATGGACAATTGAGTCTACAGGCATCCTGAAGGTTAGGCTAGGCTAGGCTTATCTCAAATCTTAAA
ACAAAATCCAGAGAGAACACGGGTTCCTGTTTTTGGGCCGAGATTTGAGCTTTAAGATTAGTTTCCATGGCCACCGATACTGTAGTAGTGGATCCATACATGGACTCTTCAAGTGAATGCACGGACTCTGAAGACGAAGGCACCGACGATTACAGGAAGGGAGGATACCATGCAGTTCGATTGGGCGATTCGTTCAAGAA
TGGGAGATATGTAGTGCAGCGGAAGCTTGGATGGGGTCATTTCTCTACTGTCTGGCTTGCTTGGGACCTCCAAGAATCTAGATATGTGGCACTTAAGGTGCAGAAGAGTGCGCAACATTATGCAGAAGCAGCTATGGATGAGATCAACATCTTGAAGGAAATTGCAGAAGGAGATCCGGAGGATAGAAAGGGTGTTGTGA
AATTGCTTGACCATTTCAAGCACGTTGGACCCAATGGACAGCATGTTTGTATGGTTTTTGAGTATTTGGGTGACAGCTTGTTGTCTTTGATAAAATATACTCGCTACAGAGGCCTTCCCTTGGACATTGTTCGGGAACTCTGCGTCCCTATTTTAGTAGGATTGGATTATTTGCATCGAGAATTGTCAATTATTCACACT
GATTTAAAGCCTGAGAACATTCTTCTATACTCTTCTATTGATCCATCAAAAGATCCAAGAAAAACCGGAGAGCCTCCCCTGCTTTCTCCTGTTATTGATAAACCAAACCTACTTTTGAGGTCTTCCAGTAGGAAGGACACGGTTAATGGAGTCATTCAAAGGACTCAGCAAAATAAACTAAAGAGAAAGGCTAAGAGGGC
TGCAAACAACTGTGTGAGCAGTGTCATAGCTCGAGAAAAGGAATTAGATTTGGCTAATGCAGACCAGGGCAATGTAAACAGTGGACAAACTGGTGTTACAAAGACAGAAATCATTCTGGCTGGTGACTCTGCAGCTCAGCATGAGGCAGAGAAAAAAGCTCGTTATTCTGCTAAAATTCAGAGCCTGAAGTCAATGGATT
TGAGATGTAAAATAGTGGATTTGGGAAATGCCTGCTGGATCCATAAGCAGTTTACACCTGATATTCAGACAAGGCAATATCGATCCCCAGAGGTTATTTTGGGTTCAAAGTATTCCACAACGGTTGACATGTGGTCATTTGCTTGCATAGTTTTTGAACTGGCTACAGGTGATATGTTGTTTGATCCTCAGAGTGCAGAA
GGTTATGACCGTGACGAGGTACCATAATCTCTTCCAGGTCACTTCTGGATATTTGCTTTGAACAACTCTCTAGGATTTGTCAGTGGTGTTGCTATTGTCTTATGTACAAAGCGGGCAGCATAGTGGTTTATTCGTAGGTCACAATGTTGAATGGTGTAGGATTATATTTCTTTGGAAGTATTAGCTAAAGTCCATCATAC
AGCTCTTTTAGAGTGCTATATTTGGTTGGTAATAGAAAAGCAACGTCTACAAGTTTGCCCTTCTATTTGGTTATTTTCTAATGGGCTTGTTAAATTCTGTTTCAGGACCACCTTGCCCTGATGATGGAGCTGCTTGGAAAGATACCTCGTAAGgtgagttgttataaaagatatccgactttttgaatatttcataggtt
gtttttctgtccataaacatttgtggggtttctctagggattgaatcataattctcaaatgtgtcattcttttgtgccattactgttagcatcaccctatgacacaaactaattgtgtgtgaaatcagATTGCTCTAGGTGGGAGCTATTCACGGGACCTTTTTGACAGGCATGGGGATTTAAAGCACATTAGACGACTT
CGGTATTGGCCCTTAGATCGTATACTAGCAGAGAAATATAAGTTCAATGAGAAAGATGCTGATGAACTTTCCAAATTTTTATGTCCATTGATGGATTTTGCTCCAGAGAAGAGGCCTACAGCAGGACAATGCCTTTTGCATCCATGGCTCAAATGTGAGACGGGAGATACTATGGATAGACAAAGAAGGGAGAGTGAAGG
TGCAAAGGAGGTTTTGGAGAAAGCTCAAGTTGCTATGAGTAATATGTCTATCAAAGGAACTCAAGCAGGGTTCAGCAGAACAGCAATGCCAATCAGGGCAACCAATCAGCACTCAAGCGCAATGCTCAAGTGAGTAGATTTAAGAAAGTCTGGTCCGTAGAATTATTGTCATAAGAATGCCTCCAGGTAGATACAGAACT
GTACATTGCCATGCTGGTCGTCTTTCCAAAAATAACTCATTATATATTTCATGCTTGGGTATTAATTTAGGATGATTGATTTTATGGAGGCCTATTTCAAGCAAGCGTACCTACAAGTGAGTTTCAGTAACAAGATTGGTCTCATTGTTTCAGAATCTAAGAGCTGGAGGGTCCATCTCGACCCTCGTCTTTGACTATAT
CTGTCTCAACTCTTAAGGAACTTAAAAAGGATCAAGGCCTTGGTGCCATGATTGCAACTCTTTTTTCTGGAGTTCAATGTCTAGATGATGTCAAAGATTGTTATTCATTGTCCATAGGATGCTCTGATTTGTGGTAAAATTTAGCCCAGGATGGTTTCTCTTGGTTATACAGCGGTTCACCCTGATTTGTAAAGAAGAAC
ATTCACTCGAACAGTAGATGGGAATGTGACTTGGAGGCAGAAAAAGCACAGGCAAGTTAGACATGCACTTGGAAGTTTGTAATTAGGATCATGCCCACTTGGAGAGTGGACTCATAGCAAACTTCCTAATTCGAATCAATTGATGCAGCCATGTTATTGCTCTCAGTGAGCACTATAAAGGGTGATTATATCATAATTGA
CTCTCCCCAGAATGTACTTTCAAACCTATATTGAATGACTTGATTTGCTGCGAGAAAAGATGTGTCTACTTACGAGCTGCAACCACTAAATTCAAATGGTGC
Intron 2 GTGAGTAGAT ... ATTGTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.93 | 23 | 54 | 35 |
| A2 | 71.88 | 9 | 28 | 18 |
| A3 | 50.99 | 37 | 60 | 17 |
| A4 | 53.28 | 32 | 40 | 33 |
| A5 | 67.27 | 9 | 27 | 10 |
| A6 | 60.12 | 67 | 122 | 80 |
| A7 | 59.21 | 103 | 212 | 87 |
| A8 | 60.12 | 66 | 107 | 92 |
| A9 | 62.55 | 47 | 97 | 60 |
| A10 | 59.49 | 63 | 120 | 65 |
>TRINITY_DN37163_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformACGATTTAAAAGTTCCAATTAGGTAAGAACGAGTCGGAGTTTGGTGAAAGGCTTTAATTTAACCCCACGCCCACCGCCACCGCTATACGATCATGATTTGGGGATTGAAAGCTTCAACTTTGTTTCCACGACTCACGGCGGCCCTGATACTACCTAACTGTACAATCTGAAGCTCGCCCTCCCGCTACCTCTGTTGCTGC
AAATATATCGCGCAGTGCCTCTATGGACAATTGAGTCTACAGGCATCCTGAAGGTTAGGCTAGGCTAGGCTTATCTCAAATCTTAAAACAAAATCCAGAGAGAACACGGGTTCCTGTTTTTGGGCCGAGATTTGAGCTTTAAGATTAGTTTCCATGGCCACCGATACTGTAGTAGTGGATCCATACATGGACTCTTCAAG
TGAATGCACGGACTCTGAAGACGAAGGCACCGACGATTACAGGAAGGGAGGATACCATGCAGTTCGATTGGGCGATTCGTTCAAGAATGGGAGATATGTAGTGCAGCGGAAGCTTGGATGGGGTCATTTCTCTACTGTCTGGCTTGCTTGGGACCTCCAAGAATCTAGATATGTGGCACTTAAGGTGCAGAAGAGTGCGC
AACATTATGCAGAAGCAGCTATGGATGAGATCAACATCTTGAAGGAAATTGCAGAAGGAGATCCGGAGGATAGAAAGGGTGTTAGGAAATTGCAGAAGGAGATCCGGAGGATAGAAAGGGTGTTGTGAAATTGCTTGACCATTTCAAGCACGTTGGACCCAATGGACAGCATGTTTGTATGGTTTTTGAGTATTTGGGTG
ACAGCTTGTTGTCTTTGATAAAATATACTCGCTACAGAGGCCTTCCCTTGGACATTGTTCGGGAACTCTGCGTCCCTATTTTAGTAGGATTGGATTATTTGCATCGAGAATTGTCAATTATTCACACTGATTTAAAGCCTGAGAACATTCTTCTATACTCTTCTATTGATCCATCAAAAGATCCAAGAAAAACCGGAGAG
CCTCCCCTGCTTTCTCCTGTTATTGATAAACCAAACCTACTTTTGAGGTCTTCCAGTAGGAAGGACACGGTTAATGGAGTCATTCAAAGGACTCAGCAAAATAAACTAAAGAGAAAGGCTAAGAGGGCTGCAAACAACTGTGTGAGCAGTGTCATAGCTCGAGAAAAGGAATTAGATTTGGCTAATGCAGACCAGGGCAA
TGTAAACAGTGGACAAACTGGTGTTACAAAGACAGAAATCATTCTGGCTGGTGACTCTGCAGCTCAGCATGAGGCAGAGAAAAAAGCTCGTTATTCTGCTAAAATTCAGAGCCTGAAGTCAATGGATTTGAGATGTAAAATAGTGGATTTGGGAAATGCCTGCTGGATCCATAAGCAGTTTACACCTGATATTCAGACAA
GGCAATATCGATCCCCAGAGGTTATTTTGGGTTCAAAGTATTCCACAACGGTTGACATGTGGTCATTTGCTTGCATAGTTTTTGAACTGGCTACAGGTGATATGTTGTTTGATCCTCAGAGTGCAGAAGGTTATGACCGTGACGAGGACCACCTTGCCCTGATGATGGAGCTGCTTGGAAAGATACCTCGTAAGATTGCT
CTAGGTGGGAGCTATTCACGGGACCTTTTTGACAGGCATGGGGATTTAAAGCACATTAGACGACTTCGGTATTGGCCCTTAGATCGTATACTAGCAGAGAAATATAAGTTCAATGAGAAAGATGCTGATGAACTTTCCAAATTTTTATGTCCATTGATGGATTTTGCTCCAGAGAAGAGGCCTACAGCAGGACAATGCCT
TTTGCATCCATGGCTCAAATGTGAGACGGGAGATACTATGGATAGACAAAGAAGGGAGAGTGAAGGTGCAAAGGAGGTTTTGGAGAAAGCTCAAGTTGCTATGAGTAATATGTCTATCAAAGGAACTCAAGCAGGGTTCAGCAGAACAGCAATGCCAATCAGGGCAACCAATCAGCACTCAAGCGCAATGCTCAAAATCT
AAGAGCTGGAGGGTCCATCTCGACCCTCGTCTTTGACTATATCTGTCTCAACTCTTAAGGAACTTAAAAAGGATCAAGGCCTTGGTGCCATGATTGCAACTCTTTTTTCTGGAGTTCAATGTCTAGATGATGTCAAAGATTGTTATTCATTGTCCATAGGATGCTCTGATTTGTGGTAAAATTTAGCCCAGGATGGTTTC
TCTTGGTTATACAGCGGTTCACCCTGATTTGTAAAGAAGAACATTCACTCGAACAGTAGATGGGAATGTGACTTGGAGGCAGAAAAAGCACAGGCAAGTTAGACATGCACTTGGAAGTTTGTAATTAGGATCATGCCCACTTGGAGAGTGGACTCATAGCAAACTTCCTAATTCGAATCAATTGATGCAGCCATGTTATT
GCTCTCAGTGAGCACTATAAAGGGTGATTATATCATAATTGACTCTCCCCAGAATGTACTTTCAAACCTATATTGAATGACTTGATTTGCTGCGAGAAAAGATGTGTCTACTTACGAGCTGCAACCACTAAATTCAAATGGTGCAGTTAATATTATTTCCAAGTGAATTTAATGAGATTTTGCAAATGTTTTTCCTTTTT
TTGCGGTGAGTAATAGCTTAGATTGCAG
>TRINITY_DN37163_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:ACGATTTAAAAGTTCCAATTAGGTAAGAACGAGTCGGAGTTTGGTGAAAGGCTTTAATTTAACCCCACGCCCACCGCCACCGCTATACGATCATGATTTGGGGATTGAAAGCTTCAACTTTGTTTCCACGACTCACGGCGGCCCTGATACTACCTAACTGTACAATCTGAAGCTCGCCCTCCCGCTACCTCTGTTGCTGC
AAATATATCGCGCAGTGCCTCTATGGACAATTGAGTCTACAGGCATCCTGAAGGTTAGGCTAGGCTAGGCTTATCTCAAATCTTAAAACAAAATCCAGAGAGAACACGGGTTCCTGTTTTTGGGCCGAGATTTGAGCTTTAAGATTAGTTTCCATGGCCACCGATACTGTAGTAGTGGATCCATACATGGACTCTTCAAG
TGAATGCACGGACTCTGAAGACGAAGGCACCGACGATTACAGGAAGGGAGGATACCATGCAGTTCGATTGGGCGATTCGTTCAAGAATGGGAGATATGTAGTGCAGCGGAAGCTTGGATGGGGTCATTTCTCTACTGTCTGGCTTGCTTGGGACCTCCAAGAATCTAGATATGTGGCACTTAAGGTGCAGAAGAGTGCGC
AACATTATGCAGAAGCAGCTATGGATGAGATCAACATCTTGAAGGAAATTGCAGAAGGAGATCCGGAGGATAGAAAGGGTGTTAGGAAATTGCAGAAGGAGATCCGGAGGATAGAAAGGGTGTTGTGAAATTGCTTGACCATTTCAAGCACGTTGGACCCAATGGACAGCATGTTTGTATGGTTTTTGAGTATTTGGGTG
ACAGCTTGTTGTCTTTGATAAAATATACTCGCTACAGAGGCCTTCCCTTGGACATTGTTCGGGAACTCTGCGTCCCTATTTTAGTAGGATTGGATTATTTGCATCGAGAATTGTCAATTATTCACACTGATTTAAAGCCTGAGAACATTCTTCTATACTCTTCTATTGATCCATCAAAAGATCCAAGAAAAACCGGAGAG
CCTCCCCTGCTTTCTCCTGTTATTGATAAACCAAACCTACTTTTGAGGTCTTCCAGTAGGAAGGACACGGTTAATGGAGTCATTCAAAGGACTCAGCAAAATAAACTAAAGAGAAAGGCTAAGAGGGCTGCAAACAACTGTGTGAGCAGTGTCATAGCTCGAGAAAAGGAATTAGATTTGGCTAATGCAGACCAGGGCAA
TGTAAACAGTGGACAAACTGGTGTTACAAAGACAGAAATCATTCTGGCTGGTGACTCTGCAGCTCAGCATGAGGCAGAGAAAAAAGCTCGTTATTCTGCTAAAATTCAGAGCCTGAAGTCAATGGATTTGAGATGTAAAATAGTGGATTTGGGAAATGCCTGCTGGATCCATAAGCAGTTTACACCTGATATTCAGACAA
GGCAATATCGATCCCCAGAGGTTATTTTGGGTTCAAAGTATTCCACAACGGTTGACATGTGGTCATTTGCTTGCATAGTTTTTGAACTGGCTACAGGTGATATGTTGTTTGATCCTCAGAGTGCAGAAGGTTATGACCGTGACGAGGACCACCTTGCCCTGATGATGGAGCTGCTTGGAAAGATACCTCGTAAGATTGCT
CTAGGTGGGAGCTATTCACGGGACCTTTTTGACAGGCATGGGGATTTAAAGCACATTAGACGACTTCGGTATTGGCCCTTAGATCGTATACTAGCAGAGAAATATAAGTTCAATGAGAAAGATGCTGATGAACTTTCCAAATTTTTATGTCCATTGATGGATTTTGCTCCAGAGAAGAGGCCTACAGCAGGACAATGCCT
TTTGCATCCATGGCTCAAATGTGAGACGGGAGATACTATGGATAGACAAAGAAGGGAGAGTGAAGGTGCAAAGGAGGTTTTGGAGAAAGCTCAAGTTGCTATGAGTAATATGTCTATCAAAGGAACTCAAGCAGGGTTCAGCAGAACAGCAATGCCAATCAGGGCAACCAATCAGCACTCAAGCGCAATGCTCAAgtgag
tagatttaagaaagtctggtccgtagaattattgtcataagaatgcctccaggtagatacagaactgtacattgccatgctggtcgtctttccaaaaataactcattatatatttcatgcttgggtattaatttaggatgattgattttatggaggcctatttcaagcaagcgtacctacaagtgagtttcagtaacaag
attggtctcattgtttcagAATCTAAGAGCTGGAGGGTCCATCTCGACCCTCGTCTTTGACTATATCTGTCTCAACTCTTAAGGAACTTAAAAAGGATCAAGGCCTTGGTGCCATGATTGCAACTCTTTTTTCTGGAGTTCAATGTCTAGATGATGTCAAAGATTGTTATTCATTGTCCATAGGATGCTCTGATTTGTGG
TAAAATTTAGCCCAGGATGGTTTCTCTTGGTTATACAGCGGTTCACCCTGATTTGTAAAGAAGAACATTCACTCGAACAGTAGATGGGAATGTGACTTGGAGGCAGAAAAAGCACAGGCAAGTTAGACATGCACTTGGAAGTTTGTAATTAGGATCATGCCCACTTGGAGAGTGGACTCATAGCAAACTTCCTAATTCGA
ATCAATTGATGCAGCCATGTTATTGCTCTCAGTGAGCACTATAAAGGGTGATTATATCATAATTGACTCTCCCCAGAATGTACTTTCAAACCTATATTGAATGACTTGATTTGCTGCGAGAAAAGATGTGTCTACTTACGAGCTGCAACCACTAAATTCAAATGGTGCAGTTAATATTATTTCCAAGTGAATTTAATGAG
ATTTTGCAAATGTTTTTCCTTTTTTTGCGGTGAGTAATAGCTTAGATTGCAG
Intron 3 GTACCATAAT ... TCTGTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.27 | 29 | 12 | 1 |
| A2 | 9.3 | 39 | 4 | 3 |
| A3 | 14.29 | 42 | 7 | 4 |
| A4 | 17.24 | 24 | 5 | 8 |
| A5 | 52.94 | 8 | 9 | 0 |
| A6 | 22.92 | 37 | 11 | 2 |
| A7 | 12.68 | 62 | 9 | 0 |
| A8 | 8.2 | 56 | 5 | 0 |
| A9 | 12.94 | 74 | 11 | 0 |
| A10 | 12.96 | 47 | 7 | 0 |
>TRINITY_DN96592_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformCGATCATGATTTGGGGATTGAAAGCTTCAACTTTGTTTCCACGACTCACGGCGGCCCTGATACTACCTAACTGTACAATCTGAAGCTCGCCCTCCCGCTACCTCTGTTGCTGCAAATATATCGCGCAGTGCCTCTATGGACAATTGAGTCTACAGGCATCCTGAAGGTTAGGCTAGGCTAGGCTTATCTCAAATCTTAAA
ACAAAATCCAGAGAGAACACGGGTTCCTGTTTTTGGGCCGAGATTTGAGCTTTAAGATTAGTTTCCATGGCCACCGATACTGTAGTAGTGGATCCATACATGGACTCTTCAAGTGAATGCACGGACTCTGAAGACGAAGGCACCGACGATTACAGGAAGGGAGGATACCATGCAGTTCGATTGGGCGATTCGTTCAAGAA
TGGGAGATATGTAGTGCAGCGGAAGCTTGGATGGGGTCATTTCTCTACTGTCTGGCTTGCTTGGGACCTCCAAGAATCTAGATATGTGGCACTTAAGGTGCAGAAGAGTGCGCAACATTATGCAGAAGCAGCTATGGATGAGATCAACATCTTGAAGGAAATTGCAGAAGGAGATCCGGAGGATAGAAAGGGTGTTGTGA
AATTGCTTGACCATTTCAAGCACGTTGGACCCAATGGACAGCATGTTTGTATGGTTTTTGAGTATTTGGGTGACAGCTTGTTGTCTTTGATAAAATATACTCGCTACAGAGGCCTTCCCTTGGACATTGTTCGGGAACTCTGCGTCCCTATTTTAGTAGGATTGGATTATTTGCATCGAGAATTGTCAATTATTCACACT
GATTTAAAGCCTGAGAACATTCTTCTATACTCTTCTATTGATCCATCAAAAGATCCAAGAAAAACCGGAGAGCCTCCCCTGCTTTCTCCTGTTATTGATAAACCAAACCTACTTTTGAGGTCTTCCAGTAGGAAGGACACGGTTAATGGAGTCATTCAAAGGACTCAGCAAAATAAACTAAAGAGAAAGGCTAAGAGGGC
TGCAAACAACTGTGTGAGCAGTGTCATAGCTCGAGAAAAGGAATTAGATTTGGCTAATGCAGACCAGGGCAATGTAAACAGTGGACAAACTGGTGTTACAAAGACAGAAATCATTCTGGCTGGTGACTCTGCAGCTCAGCATGAGGCAGAGAAAAAAGCTCGTTATTCTGCTAAAATTCAGAGCCTGAAGTCAATGGATT
TGAGATGTAAAATAGTGGATTTGGGAAATGCCTGCTGGATCCATAAGCAGTTTACACCTGATATTCAGACAAGGCAATATCGATCCCCAGAGGTTATTTTGGGTTCAAAGTATTCCACAACGGTTGACATGTGGTCATTTGCTTGCATAGTTTTTGAACTGGCTACAGGTGATATGTTGTTTGATCCTCAGAGTGCAGAA
GGTTATGACCGTGACGAGGACCACCTTGCCCTGATGATGGAGCTGCTTGGAAAGATACCTCGTAAGATTGCTCTAGGTGGGAGCTATTCACGGGACCTTTTTGACAGGCATGGGGATTTAAAGCACATTAGACGACTTCGGTATTGGCCCTTAGATCGTATACTAGCAGAGAAATATAAGTTCAATGAGAAAGATGCTGA
TGAACTTTCCAAATTTTTATGTCCATTGATGGATTTTGCTCCAGAGAAGAGGCCTACAGCAGGACAATGCCTTTTGCATCCATGGCTCAAATGTGAGACGGGAGATACTATGGATAGACAAAGAAGGGAGAGTGAAGGTGCAAAGGAGGTTTTGGAGAAAGCTCAAGTTGCTATGAGTAATATGTCTATCAAAGGAACTC
AAGCAGGGTTCAGCAGAACAGCAATGCCAATCAGGGCAACCAATCAGCACTCAAGCGCAATGCTCAAGTGAGTAGATTTAAGAAAGTCTGGTCCGTAGAATTATTGTCATAAGAATGCCTCCAGGTAGATACAGAACTGTACATTGCCATGCTGGTCGTCTTTCCAAAAATAACTCATTATATATTTCATGCTTGGGTAT
TAATTTAGGATGATTGATTTTATGGAGGCCTATTTCAAGCAAGCGTACCTACAAGTGAGTTTCAGTAACAAGATTGGTCTCATTGTTTCAGAATCTAAGAGCTGGAGGGTCCATCTCGACCCTCGTCTTTGACTATATCTGTCTCAACTCTTAAGGAACTTAAAAAGGATCAAGGCCTTGGTGCCATGATTGCAACTCTT
TTTTCTGGAGTTCAATGTCTAGATGATGTCAAAGATTGTTATTCATTGTCCATAGGATGCTCTGATTTGTGGTAAAATTTAGCCCAGGATGGTTTCTCTTGGTTATACAGCGGTTCACCCTGATTTGTAAAGAAGAACATTCACTCGAACAGTAGATGGGAATGTGACTTGGAGGCAGAAAAAGCACAGGCAAGTTAGAC
ATGCACTTGGAAGTTTGTAATTAGGATCATGCCCACTTGGAGAGTGGACTCATAGCAAACTTCCTAATTCGAATCAATTGATGCAGCCATGTTATTGCTCTCAGTGAGCACTATAAAGGGTGATTATATCATAATTGACTCTCCCCAGAATGTACTTTCAAACCTATATTGAATGACTTGATTTGCTGCGAGAAAAGATG
TGTCTACTTACGAGCTGCAACCACTAAATTCAAATGGTGC
>TRINITY_DN96592_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:CGATCATGATTTGGGGATTGAAAGCTTCAACTTTGTTTCCACGACTCACGGCGGCCCTGATACTACCTAACTGTACAATCTGAAGCTCGCCCTCCCGCTACCTCTGTTGCTGCAAATATATCGCGCAGTGCCTCTATGGACAATTGAGTCTACAGGCATCCTGAAGGTTAGGCTAGGCTAGGCTTATCTCAAATCTTAAA
ACAAAATCCAGAGAGAACACGGGTTCCTGTTTTTGGGCCGAGATTTGAGCTTTAAGATTAGTTTCCATGGCCACCGATACTGTAGTAGTGGATCCATACATGGACTCTTCAAGTGAATGCACGGACTCTGAAGACGAAGGCACCGACGATTACAGGAAGGGAGGATACCATGCAGTTCGATTGGGCGATTCGTTCAAGAA
TGGGAGATATGTAGTGCAGCGGAAGCTTGGATGGGGTCATTTCTCTACTGTCTGGCTTGCTTGGGACCTCCAAGAATCTAGATATGTGGCACTTAAGGTGCAGAAGAGTGCGCAACATTATGCAGAAGCAGCTATGGATGAGATCAACATCTTGAAGGAAATTGCAGAAGGAGATCCGGAGGATAGAAAGGGTGTTGTGA
AATTGCTTGACCATTTCAAGCACGTTGGACCCAATGGACAGCATGTTTGTATGGTTTTTGAGTATTTGGGTGACAGCTTGTTGTCTTTGATAAAATATACTCGCTACAGAGGCCTTCCCTTGGACATTGTTCGGGAACTCTGCGTCCCTATTTTAGTAGGATTGGATTATTTGCATCGAGAATTGTCAATTATTCACACT
GATTTAAAGCCTGAGAACATTCTTCTATACTCTTCTATTGATCCATCAAAAGATCCAAGAAAAACCGGAGAGCCTCCCCTGCTTTCTCCTGTTATTGATAAACCAAACCTACTTTTGAGGTCTTCCAGTAGGAAGGACACGGTTAATGGAGTCATTCAAAGGACTCAGCAAAATAAACTAAAGAGAAAGGCTAAGAGGGC
TGCAAACAACTGTGTGAGCAGTGTCATAGCTCGAGAAAAGGAATTAGATTTGGCTAATGCAGACCAGGGCAATGTAAACAGTGGACAAACTGGTGTTACAAAGACAGAAATCATTCTGGCTGGTGACTCTGCAGCTCAGCATGAGGCAGAGAAAAAAGCTCGTTATTCTGCTAAAATTCAGAGCCTGAAGTCAATGGATT
TGAGATGTAAAATAGTGGATTTGGGAAATGCCTGCTGGATCCATAAGCAGTTTACACCTGATATTCAGACAAGGCAATATCGATCCCCAGAGGTTATTTTGGGTTCAAAGTATTCCACAACGGTTGACATGTGGTCATTTGCTTGCATAGTTTTTGAACTGGCTACAGGTGATATGTTGTTTGATCCTCAGAGTGCAGAA
GGTTATGACCGTGACGAGgtaccataatctcttccaggtcacttctggatatttgctttgaacaactctctaggatttgtcagtggtgttgctattgtcttatgtacaaagcgggcagcatagtggtttattcgtaggtcacaatgttgaatggtgtaggattatatttctttggaagtattagctaaagtccatcatac
agctcttttagagtgctatatttggttggtaatagaaaagcaacgtctacaagtttgcccttctatttggttattttctaatgggcttgttaaattctgtttcagGACCACCTTGCCCTGATGATGGAGCTGCTTGGAAAGATACCTCGTAAGGTGAGTTGTTATAAAAGATATCCGACTTTTTGAATATTTCATAGGTT
GTTTTTCTGTCCATAAACATTTGTGGGGTTTCTCTAGGGATTGAATCATAATTCTCAAATGTGTCATTCTTTTGTGCCATTACTGTTAGCATCACCCTATGACACAAACTAATTGTGTGTGAAATCAGATTGCTCTAGGTGGGAGCTATTCACGGGACCTTTTTGACAGGCATGGGGATTTAAAGCACATTAGACGACTT
CGGTATTGGCCCTTAGATCGTATACTAGCAGAGAAATATAAGTTCAATGAGAAAGATGCTGATGAACTTTCCAAATTTTTATGTCCATTGATGGATTTTGCTCCAGAGAAGAGGCCTACAGCAGGACAATGCCTTTTGCATCCATGGCTCAAATGTGAGACGGGAGATACTATGGATAGACAAAGAAGGGAGAGTGAAGG
TGCAAAGGAGGTTTTGGAGAAAGCTCAAGTTGCTATGAGTAATATGTCTATCAAAGGAACTCAAGCAGGGTTCAGCAGAACAGCAATGCCAATCAGGGCAACCAATCAGCACTCAAGCGCAATGCTCAAGTGAGTAGATTTAAGAAAGTCTGGTCCGTAGAATTATTGTCATAAGAATGCCTCCAGGTAGATACAGAACT
GTACATTGCCATGCTGGTCGTCTTTCCAAAAATAACTCATTATATATTTCATGCTTGGGTATTAATTTAGGATGATTGATTTTATGGAGGCCTATTTCAAGCAAGCGTACCTACAAGTGAGTTTCAGTAACAAGATTGGTCTCATTGTTTCAGAATCTAAGAGCTGGAGGGTCCATCTCGACCCTCGTCTTTGACTATAT
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