sp|Q9FWR5|GCA1_ARATH ----> Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial

Intron 1 GTAAACCTCT ... AATGAGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	96.14	6	121	178
A2	92.88	12	134	179
A3	93.39	12	123	216
A4	88.95	19	118	188
A5	91.79	8	80	99
A6	85.49	66	327	451
A7	92.37	55	580	752
A8	91	43	344	526
A9	90.48	75	597	828
A10	93.45	43	548	679

>TRINITY_DN98012_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GAATTGCAATGCAATCAACTCGGATCTCAAAAGCATCACAAGTTCAATTAAATTGGCAAGAGTTTTGTTTTCTGGCCACTCGGCAGTCATGGCACTAAGGGGTTTGTGGGCAGACTGGTCGTTTATACAGTTGGGTTTTGGATTCGAGAGACGGGGCAAGCACTTGATCGTTTGGGTTGCCGTCTTCAGGGCAATTATGG
ATTTCAGGAGCAATTATCAAGGCATCGCACACTGATGAACCTTGTTGACAAAGCTCCAAATGTCCATAAAGATGTCTTTGTTGCTCCTAATGCAGCTTTGGTTGGAGATGTGAAAGTGGGTCATGGGTCATCTATTTGGTATGGGTGCATTCTTAGAGGAGATGTTAATAGCATTACAGTTGGGTCTAGAACAAATATAC
AGGACCACACCCTTGTCCATGTGGCAAAAACCAAAGTTAGTAGAAGTGCCCTTCCAACTATAATTGGCAGCAATGTTACCATTGGTCACAGCGCTGTACTGCATGGCTGTACTATTGATGATGAGGCCTTTGTTGGAATGGGTGCAACTTTACTTGATGGAGTAGTTGTGGAAAAAAATGCAATGGTTGCTGCTGGAGCA
CTTGTAATACCTGATACGCGAATACCATCTGGAGAGGTGTGGGGTGGGAACCCTGCAAGGTTTCTAAGGAAGCTTACTGATGAAGAGATTGCATTTTTTACCCAATCAGCTTCAAACTATGCAAATCTAGCACAAACACATTTCACCGAAAATGCCAAGGGTCTTGATGAAAATGAAGCAGAGAAGTTGATCCATAAGAA
GTATTCAGGGCAAAGCATTGACTACAGTGCACATGTAGTACGTGAGATCCCTCCTGAACTAGTTACGCCTGAGGCTGCTACAAAAGGTCCTCAATAAGACTTCAAAAGAGATTTAAAGCATTAAAAATGTTGGGAAGTATGTTTCCGTTTTATAGTGGCCTGCTTCTGCATGTAGTGCACAGATGCATTGTTTTGAATAA
GTTTTGGTGTTACCTTTTTTCTTGGGGTGAAAGAAACTGATTCAGTTTCCAAAAATCCGAATTTAACTCATGTTGTCCTTGCTAGTACTCACAAAAGCATTGTGCTTGCATACTTGCTTGATCTTTTCTTTATTAAGTATATACTGTAAAAGTTCAAGGAGAAATGAGGCATGCTGGAAGCTTGGCCCAAATTTATTACC
TTGTGGAATAATCCTTTCTCTTGTGCTCTATTTTATATATTGCATCTTAACGTGTAATTTCACTCTCATAAAACATTGCTGAAGTGCAT

>TRINITY_DN98012_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GAATTGCAATGCAATCAACTCGGATCTCAAAAGCATCACAAGTTCAATTAAATTGGCAAGAGTTTTGTTTTCTGGCCACTCGGCAGTCATGGCACTAAGGGGTTTGTGGGCAGACTGgtaaacctctgcatttttcaccaattcaacacataaatttgagttgaaacccacattatcggatccaaaagcgaaatataaca
cgctgatacagatgggttcaatgagcaagGTCGTTTATACAGTTGGGTTTTGGATTCGAGAGACGGGGCAAGCACTTGATCGTTTGGGTTGCCGTCTTCAGGGCAATTATGGATTTCAGGAGCAATTATCAAGGCATCGCACACTGATGAACCTTGTTGACAAAGCTCCAAATGTCCATAAAGATGTCTTTGTTGCTCCT
AATGCAGCTTTGGTTGGAGATGTGAAAGTGGGTCATGGGTCATCTATTTGGTATGGGTGCATTCTTAGAGGAGATGTTAATAGCATTACAGTTGGGTCTAGAACAAATATACAGGACCACACCCTTGTCCATGTGGCAAAAACCAAAGTTAGTAGAAGTGCCCTTCCAACTATAATTGGCAGCAATGTTACCATTGGTAA
GGAAATTCTTTCTTCTAATTCCTTTTATTCCCAAAGTTTTCTTAAATTCTTTCCTTTTTGTTTTTAATCATGTAGTATACAGCTGGATCTCTTAAGCTACACTCTGATGTGGTTTGCTTTTGTATACTCTGCATAACTTTACTAGTTGATTAATTAACTGGCTGTCAAGGGTTGGTTTGGATACCTGGATTCCAACATGG
ATTTTTTACTTTGTTTTAACCTGC

Intron 2 GTCACAGCGC ... ATCTGGAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.48	84	188	117
A2	61.45	85	149	122
A3	61.16	87	151	123
A4	63.17	62	123	89.7
A5	57.08	50	70	63
A6	59.76	380	605	523.3
A7	61.69	431	771	617
A8	61.38	391	640	603
A9	59.74	491	822	635
A10	59.27	386.7	631	494.7

>TRINITY_DN110220_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

TATCCCTCCAAATATGAACTATTGTTATGTTTAAAACCCTAATATCTAACACGGTCTAATCGTTTGTAAGAATTTTCAACGCAATCAACTCGGATCTCAAAAGCATCACAAGTTCAATTAAATTGGCAAGAGTTTTGTTTTCTGGCCACTCGGCAGTCATGGCACTAAGGGGTTTGTGGGCAGACTGGTAAACCTCTGCA
TTTTTCACCGATTCAACACATAAATTTGAGTTGAAACCCACATTATCGGATCCAAAAGCGAAATATAACACGCTGATACAGATGGGTTCAATGAGCAAGGTCGTTTATACGGTTGGGTTTTGGATTCGAGAGACGGGGCAAGCACTTGATCGTTTGGGTTGCCGTCTTCAGGGCAATTATGGATTTCAGGAGCAATTATC
AAGGCATCGCACACTGATGAACCTTGTTGACAAAGCTCCAAATGTCCATAAAGATGTCTTTGTTGCTCCTAATGCAGCTTTGGTTGGAGATGTGAAAGTGGGTCATGGGTCCTCTATTTGGTATGGGTGCATTCTTAGAGGAGATGTTAATAGCATTACAGTTGGGTCTAGAACAAATATACAGGACCACACCCTTGTCC
ATGTGGCAAAAACCAAAGTTAGTAGAAGTGCCCTTCCAACTATAATTGGCAGCAATGTTACCATTGGTGTGGGGTGGGAACCCTGCAAGGTTTCTAAGGAAGCTTACTGATGAAGAGATTGCATTTTTTACCCAATCAGCTTCAAACTATGCAAATCTAGCACAAACACATTTCACCGAAAATGCCAAGGGTCTTGATGA
AAATGAAGCAGAGAAGTTGATCCATAAGAAGTATTCAGGGCAAAGCATTGACTACAGTGCACATGTAGTACGTGAGATCCCTCCTGAACTAGTTACGCCTGAGGCTGCTACAAAAGGTCCTCAATAAGACTTCAAAAGAGATTTAAAGCATTGAAAATGTTGGGAAGTATGTTTCCGTTTTATAGTGGCCTGCTTCTGCA
TGTAGTGCACAGATGCATTGTTTTGAATAAGTTTTGGTGTTACCTTTTTTCTTGGGGTGAAAGAAACTGATTCAGTTTCCAAAAATCCGAATTTAACTCATGTTGTCCTTGCTAGTACTCACAAAAGCATTGTGCTTGCATACTTGCTTGATCTTTTCTTTATTAAGTATATACTGTAAAAGTTCAAGGAGAAATGAGGC
ATGCTGGAAGCTTGGCCCAAATTTATTACCTTGTGGAATAATCCTTTCTCTTGTGCTCTATTTTATATATTGCGTCTTAATGTATAATTTCACTCTCATAAAACATTGCTGAAGTGCATGACACTGTTTGTGATTCATTTGCACTGTTAAGCTTCATTATACAGCCCACGTAAGCTCATTCTGGCAATAACAAATATGCA
TGACCGTTGTATTCAGTTTCTATGGTTCCCATTTGATGCTACCAAGGGAAGTGCTTTCCAATTACAATGAGTAAAGCTCC

>TRINITY_DN110220_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTCTAATCGTTTGAAAGAATTTCAATGCAATCAACTCGGATCTCAAAAGCATCACAAGTTCAATTAAATTGGCAAGAGTTTTGTTTTCTGGCCACTCGGCAGTCATGGCACTAAGGGGTTTGTGGGCAGACTGGTAAACCTCTGCATTTTTCACCGATTCAACACATAAATTTGAGTTGAAACCCACATTATCGGATCCA
AAAGCGAAATATAACACGCTGATACAGATGGGTTCAATGAGCAAGGTCGTTTATACGGTTGGGTTTTGGATTCGAGAGACGGGGCAAGCACTTGATCGTTTGGGTTGCCGTCTTCAGGGCAATTATGGATTTCAGGAGCAATTATCAAGGCATCGCACACTGATGAACCTTGTTGACAAAGCTCCAAATGTCCATAAAGA
TGTCTTTGTTGCTCCTAATGCAGCTTTGGTTGGAGATGTGAAAGTGGGTCATGGGTCCTCTATTTGGTATGGGTGCATTCTTAGAGGAGATGTTAATAGCATTACAGTTGGGTCTAGAACAAATATACAGGACCACACCCTTGTCCATGTGGCAAAAACCAAAGTTAGTAGAAGTGCCCTTCCAACTATAATTGGCAGCA
ATGTTACCATTGgtcacagcgctgtactgcatggctgtactattgatgatgaggcctttgttggaatgggtgcaactttacttgatggagtagttgtggaaaaaaatgcaatggttgctgctggagcacttgtaatacctgatacgcgaataccatctggagagGTGTGGGGTGGGAACCCTGCAAGGTTTCTAAGGAAG
CTTACTGATGAAGAGATTGCATTTTTTACCCAATCAGCTTCAAACTATGCAAATCTAGCACAAACACATTTCACCGAAAATGCCAAGGGTCTTGATGAAAATGAAGCAGAGAAGTTGATCCATAAGAAGTATTCAGGGCAAAGCATTGACTACAGTGCACATGTAGTACGTGAGATCCCTCCTGAACTAGTTACGCCTGA
GGCTGCTACAAAAGGTCCTCAATAAGACTTCAAAAGAGATTTAAAGCATTGAAAATGTTGGGAAGTATGTTTCCGTTTTATAGTGGCCTGCTTCTGCATGTAGTGCACAGATGCATTGTTTTGAATAAGTTTTGGTGTTACCTTTTTTCTTGGGGTGAAAGAAACTGATTCAGTTTCCAAAAATCCGAATTTAACTCATG
TTGTCCTTGCTAGTACTCACAAAAGCATTGTGCTTGCATACTTGCTTGATCTTTTCTTTATTAAGTATATACTGTAAAAGTTCAAGGAGAAATGAGGCATGCTGGAAGCTTGGCCCAAATTTATTACCTTGTGGAATAATCCTTTCTCTTGTGCTCTATTTTATATATTGCGTCTTAATGTATAATTTCACTCTCATAAA
ACATTGCTGAAGTGCATGACACTGTTTGTGATTCATTTGCACTGTTAAGCTTCATTATACAGCCCACGTAAGCTCATTCTGGCAATAACAAATATGCATGACCGTTGTATTCAGTTTCTATGGTTCCCATTTGATGCTACCAAGGGAAGTGCTTTCCAATTACAATGAGTAAAGCTCC

Intron 3 GTAAACCTCT ... GCTGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	89.11	19	121	190
A2	87.53	24	134	203
A3	87.34	25	123	222
A4	83.6	31	118	198
A5	91.13	9	80	105
A6	89.34	47	327	461
A7	92	60	582	798
A8	90.66	46	344	549
A9	91.77	65	597	852
A10	91.82	58	548	754

>TRINITY_DN43116_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

AAGAATTTCAATGCAATCAACTCGGATCTCAAAAGCATCACAAGTTCAATTAAATTGGCAAGAGTTTTGTTTTCTGGCCACTCGGCAGTCATGGCAATAAGGGGTTTGTGGGCAGACTGATGGGTTCAATGAGCAAGGTCGTTTATACAGTTGGGTTTTGGATTCGAGAGACGGGGCAAGCACTTGATCGTTTGGGTTGC
CGTCTTCAGGGCAATTATGGATTTCAGGAGCAATTATCAAGGCATCGCACACTGATGAACCTTGTTGACAAAGCTCCAAATGTCCATAAAGATGTCTTTGTTGCTCCTAATGCAGCTTTGGTTGGAGATGTGAAAGTGGGTCATGGGTCCTCTATTTGGTATGGGTGCATTCTTAGAGGAGATGTTAATAGCATTACAGT
TGGGTCTAGAACAAATATACAGGACCACACCCTTGTCCATGTGGCAAAAACCAAAGTTAGTAGAAGTGCCCTTCCAACTATAATTGGCAGCAATGTTACCATTGGTCACAGCGCTGTACTGCATGGCTGTACTATTGATGATGAGGCCTTTGTTGGAATGGGTGCAACTTTACTTGATGGAGTAGTTGTGGAAAAAAATG
CAATGGTTGCTGCTGGAGCACTTGTAATACCTGATACGCGAATACCATCTGGAGAGGTGTGGGGTGGGAACCCTGCAAGGTTTCTAAGGAAGCTTACTGATGAAGAGATTGCATTTTTTACCCAATCAGCTTCAAACTATGCAAATCTAGCACAAACACATTTCACCGAAAATGCCAAGGGTCTTGATGAAAATGAAGCA
GAGAAGTTGATCCATAAGAAGTATTCAGGGCAAAGCATTGACTACAGTGCACATGTAGTACGTGAGATCCCTCCTGAACTAGTTACGCCTGAGGCTGCTACAAAAGGTCCTCAATAAGACTTCAAAAGAGATTTAAAGCATTGAAAATGTTGGGAAGTATGTTTCCGTTTTATAGTGGCCTGCTTCTGCATGTAGTGCAC
AGATGCATTGTTTTGAATAAGTTTTGGTGTTACCTTTTTTCTTGGGGTGAAAGAAACTGATTCAGTTTCCAAAAATCCGAATTTAACTCATGTTGTCCTTGCTAGTACTCACAAAAGCATTGTGCTTGCATACTTGCTTGATCTTTTCTTTATTAAGTATATACTGTAAAAGTTCAAGGAGAAATGAGGCATGCTGGAAG
CTTGGCCCAAATTTATTACCTTGTGGAATAATCCTTTCTCTTGTGCTCTATTTTATATATTGCGTCTTAATGTATAATTTCACTCTCATAAAACATTGCTGAAGTGCATGACACTGTTTGTGATTCATTTGCACTGTTAAGCTTCATTATACAGCCCACGTAAGCTCATTCTGGCAATAACAAATATGCATGACCGTTGT
ATTCAGTTTCTATGGTTCCCATTTGATGCTACCAAGGGAAGTGCTTTCCAATTACAATGAGTAAAGCTCCCCAGAGGATTTGAATCTGGGCACTTTACATTTTAAAGTGAATGGGAATAAATACATTGAAGGAAGATAT

>TRINITY_DN43116_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

AAGAATTTCAATGCAATCAACTCGGATCTCAAAAGCATCACAAGTTCAATTAAATTGGCAAGAGTTTTGTTTTCTGGCCACTCGGCAGTCATGGCACTAAGGGGTTTGTGGGCAGACTGgtaaacctctgcatttttcaccaattcaacacataaatttgagttgaaacccacattatcggatccaaaagcgaaatataa
cacgctgatacagATGGGTTCAATGAGCAAGGTCGTTTATACAGTTGGGTTTTGGATTCGAGAGACGGGGCAAGCACTTGATCGTTTGGGTTGCCGTCTTCAGGGCAATTATGGATTTCAGGAGCAATTATCAAGGCATCGCACACTGATGAACCTTGTTGACAAAGCTCCAAATGTCCATAAAGATGTCTTTGTTGCTC
CTAATGCAGCTTTGGTTGGAGATGTGAAAGTGGGTCATGGGTCCTCTATTTGGTATGGGTGCATTCTTAGAGGAGATGTTAATAGCATTACAGTTGGGTCTAGAACAAATATACAGGACCACACCCTTGTCCATGTGGCAAAAACCAAAGTTAGTAGAAGTGCCCTTCCAACTATAATTGGCAGCAATGTTACCATTGGT
CACAGCGCTGTACTGCATGGCTGTACTATTGATGATGAGGCCTTTGTTGGAATGGGTGCAACTTTACTTGATGGAGTAGTTGTGGAAAAAAATGCAATGGTTGCTGCTGGAGCACTTGTAATACCTGATACGCGAATACCATCTGGAGAGGTGTGGGGTGGGAACCCTGCAAGGTTTCTAAGGAAGCTTACTGATGAAGA
GATTGCATTTTTTACCCAATCAGCTTCAAACTATGCAAATCTAGCACAAACACATTTCACCGAAAATGCCAAGGGTCTTGATGAAAATGAAGCAGAGAAGTTGATCCATAAGAAGTATTCAGGGCAAAGCATTGACTACAGTGCACATGTAGTACGTGAGATCCCTCCTGAACTAGTTACGCCTGAGGCTGCTACAAAAG
GTCCTCAATAAGACTTCAAAAGAGATTTAAAGCATTGAAAATGTTGGGAAGTATGTTTCCGTTTTATAGTGGCCTGCTTCTGCATGTAGTGCACAGATGCATTGTTTTGAATAAGTTTTGGTGTTACCTTTTTTCTTGGGGTGAAAGAAACTGATTCAGTTTCCAAAAATCCGAATTTAACTCATGTTGTCCTTGCTAGT
ACTCACAAAAGCATTGTGCTTGCATACTTGCTTGATCTTTTCTTTATTAAGTATATACTGTAAAAGTTCAAGGAGAAATGAGGCATGCTGGAAGCTTGGCCCAAATTTATTACCTTGTGGAATAATCCTTTCTCTTGTGCTCTATTTTATATATTGCGTCTTAATGTATAATTTCACTCTCATAAAACATTGCTGAAGTG
CATGACACTGTTTGTGATTCATTTGCACTGTTAAGCTTCATTATACAGCCCACGTAAGCTCATTCTGGCAATAACAAATATGCATGACCGTTGTATTCAGTTTCTATGGTTCCCATTTGATGCTACCAAGGGAAGTGCTTTCCAATTACAATGAGTAAAGCTCCCCAGAGGATTTGAATCTGGGCACTTTACATTTTAAA
GTGAATGGGAATAAATACATTGAAGGAAGATAT