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Intron 1 GTTTGTGTAA ... TCTGGTGCAG

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A10	12	22	3	3

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i17 from sample A1 / Example spliced isoform

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ATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCACCGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAGCTTTTATGAGGAGTATCTTGCTGCAACTTTTCCGTTTGGATCATATACG
CAAGTCTTCATTGATTCTGAAACTGCATTATCGTCTACCTGTGTTGGTGCTTCCGTATCCATTTTCAGTTCTCATTTGTTGTATGATGAACGAGTTATTGACCAGGTCATCAGCACCAGAATCAAACTGGCTTATGCCTTAGCACAACAATGGTTTGGAATTTATATCACAGCCGAGACATCTAATGATGGGTGGTTATT
GGATGGTCTTGCTGGTTTTCTAACGGATTGCTTCATAAAGCGTTTTCTTGGCAATAATGAGGCTCGGTACCGCCGCTACAAGGCGAATGAGGCAGTTTGCAAAGTTGATGTTGATGGAGCCACTGCTCTTAGTTTATCTGTAGCTGCAGCTGAGTTATATGGGACACAGGCACTTGGTGTGTTGGGCAAAATTCGGTCAT
GGAAGGCTGTTGCGATTCTTCAGATGTTAGAGAAACAAATGGGTCCTGAGTCTTTTCGCAAGATTTTACAAAGAATTGTGCATAAAGCGGAGGATGCCATTCGTGCATCCAGAACTCTGAGTTCAAAAGAGTTTCGGCATCTTGCAAACAAAATTGGCAACTTGGAGAGGCCATTTCTGAAGGAATTCTTTCCTCGCTGG
GTGGAGTCTTGTGGTTGCCCAGTTTTGAGGATGGGATTATCCTACAACAAGCGGCGTAATATGATTGAGTTAGCTGTTTTGCGGGGATGTACTTCTAATATGTGTTCAAATTCAGCGCCTGCTAGAGGCACTGTTAATGGCGAGTTTCAATCAAGTGATGATGGTTGGCCAGGAATGATGAGTGTAAGAGTTTATGAACT
TGATGGTATGTATGATCATCCAAGCTTGCCTATGGCTGGAGACACCTCTCAATTACTAGAAATACAATGCCATTCAAAGCTTGCTGCTCGTCGTATTCAACGCCCAAAGAAAGGTGGCAAAGGTGATGGGTCAGATGATAACGGAGAAGTTACAGCAACTTTAGACTCACGAACGGGATTGGAATCTCCGTTACTGTGGT
TGAGGGCAGATCCTGAGATGGAGTACTTGGCAGAGATAAAAGTACACCAACCTGTGCAGATGTGGATAAGTCAACTGGAAAAGGACAAGGATGTTGTTGCACAACTACAAGCAATTACAACATTGTGTAGTTTTCCACGATTGTCATTTCCAATTGTTAATGCTTTGAACAGCTGCCTTATTGATTCAAAGGTGTTCTGG
AGAGTGAGGATCGAATCAGCATTTGCTTTAGCAAAAACAGCTACAGAGGAAACTGATTGGACCGGTCTCATGCATTTAATTAATTTCTATAAAAGTCGGCGCTTTGATCCAGAAATTGGACTTCCAAGGCCAAACGACTATCATGATTTTTCTGAGTACTTTGTTCTTGAGGCAGTTCCAAGTGCAATTGCTACGGTGAG
GGGCAGAGATGGGAAAAGTCCACCGGAAGCTATTAATTTTATTTTGCAGCTGTTAAAGTATAACGACAATAGTGGAAATTCTTACTCAGATGTATATTGGCTGGCAGCACTTGTGGACTCGATAGGCAAGATTGAATTTGGGCAACAGAGTATTCAAGCATTACTGCCACTTTTGAAGCGTATAAACTCTCTCTTACAGT
TTGACAGGTAGATATTTCATCATCTAAGTTATACTTTTAGTCTGTTCTGTTAAGTTTATCCAGTGCATTTCTGTTGGTGGTAATACTTATGATATACAAGTTGCTGATTGAAGTAGCCAGGATGTTTTATGACATGGTGGGTGTTCACTTGTGTGTCATTTAGTTAGATTGTGATATTCTCATTTATTTACATGGTATTC
AAATATTCTAGTTGGCTTTTCTAAGCCAAAGTAAGTTATTTATTCCTAAAAGAAATTGTCCATCTAGTCATGATGAAAAATGGTACTCAAGTTTAGCACTAGTGGAAAGCAAGTACGTACATTTACATTTCATTGTCGAATATTTTGACTTTCATGGATTAAACAAACTATTTTGATGGCCAGTTAATCCATTGAAGCAA
GTGTTATAAGTACAGTCGTGTTTTTTAGAATGTTGTATCGGCATATACATAATTCAAGATTTTTTTCTGCATAAATTTTGAGATGTAGATTGATGCCAAGCCACAATGGAGTCTTAACCATCAGCTGCATTCGTACTTTGACACAAATTGCATTGAAATTGTCCCACTTTGTACCCTTGGAACGCTTGGAAGAACTTATA
AAACCATTCCAAAATGCCCAAAGCACGCCATGGCAAATTCGTTTGGAAACAATTAAGTCACTAATTGATCTTGAGGCTCATAAAAATGGCCTTGATGTTGCTCTCTCTTCAGCTGTGCAGTTGATAGTAGATGAATCATCCTTACGAGTACAAAAAAAAGCTGCTATGCATTGTCTGCACCTATGTCAAATGAAAAGGAA
CTTGGGAAATAGAATCAACAGTTCAGTACTTTCTGACTTGCTTCATCTGCTTGAAAGTCGCAAAGCTTTTGTAAATGTTAATCTGCGACATCACATTTTCTGTGTTTTGCAGAACCTTGCAGGCCGATCTGCAACTCTTTTTGGTGTCCCAAAGCCTAAGAGACCAATCATCTCAGAAAAAGCCATGGATGTTGAAATGC
TCGAGGAACAAAAGGCAAAGTTGGGTTCAATGAAGATACGGTTTTCAAGGTGTCTGGAAGCTAATGCTGATCAAGTTCGTGTGAGTTCTGAGGTATTAAAGGAGATGGATACTACAGTAAGTGGCAGTTCTGGTGGTAATGAACGCAAACTACATGCTGTGAAATTACGGATTAAGCCTCCAGAGGCAGTAGAAGATGAA
AAGATTATGGGTACCACTCGTAGTGGTGGTCCAGATGAAAGAGGTTTTCCTGTGTACCCGGTTGCTAGTTCCTCAATGTCAGTCGAGGCAGGTTTAAGGGTTGATGCTACACAAGGAGAAAGTGCATGTACACCTAGAGGTGAGGCTGTGGAGGTTATAAGCATTCTGGAAGCTGAGCAGAAAGCTAAAGAGGGCCCATA
TGCCTCCCATGTAAATGGTTCTCGATTAAATGTGAGCACCAGCAGTGGCACAGCAGATTCAATGAACATTGTTTCTGTTAAAGGTTGCTCTCCGTCAAGTGTCAAGAAGAAAGAGAATCTTGAAGGTAGACCTAGGAATGTAGAAGTTCCTCATCATGACAAATATTTCCCAGTTGATGCAGAGGATTGTGATGACCGCC
AAAGTCAACAGCATGGTTCTCTACTGAAAGATTTGAAGAAAGGTCAGTTTGCAGGACAAAGTGATTTGTTAATTACTGAAGATACTGCTGAAAAAATGGATAGCCAAGAGAAGAGGCAGAAGGATAGAAAAGAGAAGGAAGCGAGGAAAGACCGTAAGAGAAAGAGAGAAAAAGAGAAGCATAAGGATGGAAATGATGGC
CATAGTAAACATCGACATGACAGGCATAATGATCCAGAGTATCTTGAGCGGAAAAGGCGAAAGAAAGAGCAGAGGCGGCATGAGAAGGGGCAATCACAAGTTCAAAAACTTGTGAATAGAGAGTCCTCAGCTGATGCACAGAAACCAGAGTCCAGTTCTAAGCAGAGAAGACCAGAACCAACAGAAGCAAACTCTCTACA
GAGGTTTACTGAAACTGCTGAAACTAGTTCTGTGCAGAGTAGGTTCGAAAGAAAAGATGCTAGTTCTATACAAAGGTTAAATGAAACCACAGAAACTAGTTCGTTACAAAGGATCCGAATAAAAATAAAAAATAGGGGAAGTTCGAATTGTTAACTTGCGATTGTTAAATCTTATCACTTTATTGCCCCAGCCTATGTCC
ATTTCATATAAAGTTTCACTTAGAGCGCTTTTTCAACTTTACCTGTATCAATAGTCATAGCACCTTCCCCATCTTCTAACTCATGCCTGCCCCGTTTATTACAAGCTTTTAGATATCATATCATTCTTTATGTAGCATAAGTAGCTTTGTTGCTATTCAAGCTACTTTGTAGTCTTTCCAATCAAGTGTATGATACCGCA
ATTCAGTAATGTAAAAAGGCATTCTTTGCTCAGTTTCCTAATTTCCCA

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGCAGTTCTCTGCATACAAATAATCAGCTAAGGCGAGCACGCTGCTGGTTTCCATGTATTGACTCTGGTCTACAACGATGTTGCTACGATCTCGAGTTTACTGTTGACTCTAAGTATGTTGCAGTTAGCAACGGCACTCTTCTTTATCAGGTCATCAGCAAAGATGATCCACCCCGTAAAACATATGTGTACAGTGTGA
ATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCACCGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAGgtttgtgtaatggaatatatgtttgattgtgtgctaggtacacttaatc
tagcttgttgccttccatttcaagaagaaaatcactggctgtgacttctgtttctgttaaggatattgaagtaagttcagaatatttcatctggtgcagCTTTTATGAGGAGTATCTTGCTGCAACTTTTCCGTTTGGATCATATACGCAAGTCTTCATTGATTCTGAAACTGCATTATCGTCTACCTGTGTTGGTGCTT
CCGTATCCATTTTCAGTTCTCATTTGTTGTATGATGAACGAGTTATTGACCAGGTCATCAGCACCAGAATCAAACTGGCTTATGCCTTAGCACAACAATGGTTTGGAATTTATATCACAGCCGAGACATCTAATGATGGGTGGTTATTGGATGGTCTTGCTGGTTTTCTAACGGATTGCTTCATAAAGCGTTTTCTTGGC
AATAATGAGGCTCGGTACCGCCGCTACAAGGCGAATGAGGCAGTTTGCAAAGTTGATGTTGATGGAGCCACTGCTCTTAGTTTATCTGTAGCTGCAGCTGAGTTATATGGGACACAGGCACTTGGTGTGTTGGGCAAAATTCGGTCATGGAAGGCTGTTGCGATTCTTCAGATGTTAGAGAAACAAATGGGTCCTGAGTC
TTTTCGCAAGATTTTACAAAGAATTGTGCATAAAGCGGAGGATGCCATTCGTGCATCCAGAACTCTGAGTTCAAAAGAGTTTCGGCATCTTGCAAACAAAATTGGCAACTTGGAGAGGCCATTTCTGAAGGAATTCTTTCCTCGCTGGGTGGAGTCTTGTGGTTGCCCAGTTTTGAGGATGGGATTATCCTACAACAAGC
GGCGTAATATGATTGAGTTAGCTGTTTTGCGGGGATGTACTTCTAATATGTGTTCAAATTCAGCGCCTGCTAGAGGCACTGTTAATGGCGAGTTTCAATCAAGTGATGATGGTTGGCCAGGAATGATGAGTGTAAGAGTTTATGAACTTGATGGTATGTATGATCATCCAAGCTTGCCTATGGCTGGAGACACCTCTCAA
TTACTAGAAATACAATGCCATTCAAAGCTTGCTGCTCGTCGTATTCAACGCCCAAAGAAAGGTGGCAAAGGTGATGGGTCAGATGATAACGGAGAAGTTACAGCAACTTTAGACTCACGAACGGGATTGGAATCTCCGTTACTGTGGTTGAGGGCAGATCCTGAGATGGAGTACTTGGCAGAGATAAAAGTACACCAACC
TGTGCAGATGTGGATAAGTCAACTGGAAAAGGACAAGGATGTTGTTGCACAACTACAAGCAATTACAACATTGTGTAGTTTTCCACGATTGTCATTTCCAATTGTTAATGCTTTGAACAGCTGCCTTATTGATTCAAAGGTGTTCTGGAGAGTGAGGATCGAATCAGCATTTGCTTTAGCAAAAACAGCTACAGAGGAAA
CTGATTGGACCGGTCTCATGCATTTAATTAATTTCTATAAAAGTCGGCGCTTTGATCCAGAAATTGGACTTCCAAGGCCAAACGACTATCATGATTTTTCTGAGTACTTTGTTCTTGAGGTAATGATGTAAGGCAGTTCCAAGTGCAATTGCTACGGTGAGGGGCAGAGATGGGAAAAGTCCACCGGAAGCTATTAATTT
TATTTTGCAGCTGTTAAAGTATAACGACAATAGTGGAAATTCTTACTCAGATGTATATTGGCTGGCAGCACTTGTGGACTCGATAGGCAAGATTGAATTTGGGCAACAGAGTATTCAAGCATTACTGCCACTTTTGAAGCGTATAAACTCTCTCTTACAGTTTGACAGGTAGATATTTCATCATCTAAGTTATACTTTTA
GTCTGTTCTGTTAAGTTTATCCAGTGCATTTCTGTTGGTGGTAATACTTATGATATACAAGTTGCTGATTGAAGTAGCCAGGATGTTTTATGACATGGTGGGTGTTCACTTGTGTGTCATTTAGTTAGATTGTGATATTCTCATTTATTTACATGGTATTCAAATATTCTAGTTGGCTTTTCTAAGCCAAAGTAAGTTAT
TTATTCCTAAAAGAAATTGTCCATCTAGTCATGATGAAAAATGGTACTCAAGTTTAGCACTAGTGGAAAGCAAGTACGTACATTTACATTTCATTGTCGAATATTTTGACTTTCATGGATTAAACAAACTATTTTGATGGCCAGTTAATCCATTGAAGCAAGTGTTATAAGTACAGTCGTGTTTTTTAGAATGTTGTATC
GGCATATACATAATTCAAGATTTTTTTCTGCATAAATTTTGAGATGTAGATTGATGCCAAGCCACAATGGAGTCTTAACCATCAGCTGCATTCGTACTTTGACACAAATTGCATTGAAATTGTCCCACTTTGTACCCTTGGAACGCTTGGAAGAACTTATAAAACCATTCCAAAATGCCCAAAGCACGCCATGGCAAATT
CGTTTGGAAACAATTAAGTCACTAATTGATCTTGAGGCTCATAAAAATGGCCTTGATGTTGCTCTCTCTTCAGCTGTGCAGTTGATAGTAGATGAATCATCCTTACGAGTACAAAAAAAAGCTGCTATGCATTGTCTGCACCTATGTCAAATGAAAAGGAACTTGGGAAATAGAATCAACAGTTCAGTACTTTCTGACTT
GCTTCATCTGCTTGAAAGTCGCAAAGCTTTTGTAAATGTTAATCTGCGACATCACATTTTCTGTGTTTTGCAGAACCTTGCAGGCCGATCTGCAACTCTTTTTGGTGTCCCAAAGCCTAAGAGACCAATCATCTCAGAAAAAGCCATGGATGTTGAAATGCTCGAGGAACAAAAGGCAAAGTTGGGTTCAATGAAGATAC
GGTTTTCAAGGTGTCTGGAAGCTAATGCTGATCAAGTTCGTGTGAGTTCTGAGGTATTAAAGGAGATGGATACTACAGTAAGTGGCAGTTCTGGTGGTAATGAACGCAAACTACATGCTGTGAAATTACGGATTAAGCCTCCAGAGGCAGTAGAAGATGAAAAGATTATGGGTACCACTCGTAGTGGTGGTCCAGATGAA
AGAGGTTTTCCTGTGTACCCGGTTGCTAGTTCCTCAATGTCAGTCGAGGCAGGTTTAAGGGTTGATGCTACACAAGGAGAAAGTGCATGTACACCTAGAGGTGAGGCTGTGGAGGTTATAAGCATTCTGGAAGCTGAGCAGAAAGCTAAAGAGGGCCCATATGCCTCCCATGTAAATGGTTCTCGATTAAATGTGAGCAC
CAGCAGTGGCACAGCAGATTCAATGAACATTGTTTCTGTTAAAGGTTGCTCTCCGTCAAGTGTCAAGAAGAAAGAGAATCTTGAAGGTAGACCTAGGAATGTAGAAGTTCCTCATCATGACAAATATTTCCCAGTTGATGCAGAGGATTGTGATGACCGCCAAAGTCAACAGCATGGTTCTCTACTGAAAGATTTGAAGA
AAGGTCAGTTTGCAGGACAAAGTGATTTGTTAATTACTGAAGATACTGCTGAAAAAATGGATAGCCAAGAGAAGAGGCAGAAGGATAGAAAAGAGAAGGAAGCGAGGAAAGACCGTAAGAGAAAGAGAGAAAAAGAGAAGCATAAGGATGGAAATGATGGCCATAGTAAACATCGACATGACAGGCATAATGATCCAGAG
TATCTTGAGCGGAAAAGGCGAAAGAAAGAGCAGAGGCGGCATGAGAAGGGGCAATCACAAGTTCAAAAACTTGTGAATAGAGAGTCCTCAGCTGATGCACAGAAACCAGAGTCCAGTTCTAAGCAGAGAAGACCAGAACCAACAGAAGCAAACTCTCTACAGAGGTTTACTGAAACTGCTGAAACTAGTTCTGTGCAGAG
TAGGTTCGAAAGAAAAGATGCTAGTTCTATACAAAGGTTAAATGAAACCACAGAAACTAGTTCGTTACAAAGGATCCGAATAAAAATAAAAAATAGGGGAAGTTCGAATTGTTAACTTGCGATTGTTAAATCTTATCACTTTATTGCCCCAGCCTATGTCCATTTCATATAAAGTTTCACTTAGAGCGCTTTTTCAACTT
TACCTGTATCAATAGTCATAGCACCTTCCCCATCTTCTAACTCATGCCTGCCCCGTTTATTACAAGCTTTTAGATATCATATCATTCTTTATGTAGCATAAGTAGCTTTGTTGCTATTCAAGCTACTTTGTAGTCTTTCCAATCAAGTGTATGATACCGCAATTCAGTAATGTAAAAAGGCATTCTTTGCTCAGTTTCCT
AATTTCCCA

Intron 2 GTAGATATTT ... TGAGATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A4	16.25	134	25	26
A5	17.31	43	7.7	9
A6	21.43	11	1.3	3
A7	23.08	80	14.7	24
A8	15.07	62	11	11
A9	19.88	133	25.3	33
A10	19.12	110	22	26

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i16 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGCAGTTCTCTGCATACAAATAATCAGCTAAGGCGAGCACGCTGCTGGTTTCCATGTATTGACTCTGGTCTACAACGATGTTGCTACGATCTCGAGTTTACTGTTGACTCTAAGTATGTTGCAGTTAGCAACGGCACTCTTCTTTATCAGGTCATCAGCAAAGATGATCCACCCCGTAAAACATATGTGTACAGTGTGA
ATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCACCGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAGCTTTTATGAGGAGTATCTTGCTGCAACTTTTCCGTTTGGATCATATACG
CAAGTCTTCATTGATTCTGAAACTGCATTATCGTCTACCTGTGTTGGTGCTTCCGTATCCATTTTCAGTTCTCATTTGTTGTATGATGAACGAGTTATTGACCAGGTACCTTAAATTATAAAAATTCAGCTGGAAAGGAAGGGGAGTGTTAAGTTGGAAGGAAATCTCATGATTTATTGAGGACATCTAATTTATGTTGT
CTAATTAGGCTGTATTTTTTTTCTTTCAAGTGGACGTGGTTAATAAAATGGATGCTTTGTTGCATATCTGCAGGTCATCAGCACCAGAATCAAACTGGCTTATGCCTTAGCACAACAATGGTTTGGAATTTATATCACAGCCGAGACATCTAATGATGGGTGGTTATTGGATGGTCTTGCTGGTTTTCTAACGGATTGCT
TCATAAAGCGTTTTCTTGGCAATAATGAGGCTCGGTACCGCCGCTACAAGGCGAATGAGGCAGTTTGCAAAGTTGATGTTGATGGAGCCACTGCTCTTAGTTTATCTGTAGCTGCAGCTGAGTTATATGGGACACAGGCACTTGGTGTGTTGGGCAAAATTCGGTCATGGAAGGCTGTTGCGATTCTTCAGATGTTAGAG
AAACAAATGGGTCCTGAGTCTTTTCGCAAGATTTTACAAAGAATTGTGCATAAAGCGGAGGATGCCATTCGTGCATCCAGAACTCTGAGTTCAAAAGAGTTTCGGCATCTTGCAAACAAAATTGGCAACTTGGAGAGGCCATTTCTGAAGGAATTCTTTCCTCGCTGGGTGGAGTCTTGTGGTTGCCCAGTTTTGAGGAT
GGGATTATCCTACAACAAGCGGCGTAATATGATTGAGTTAGCTGTTTTGCGGGGATGTACTTCTAATATGTGTTCAAATTCAGCGCCTGCTAGAGGCACTGTTAATGGCGAGTTTCAATCAAGTGATGATGGTTGGCCAGGAATGATGAGTGTAAGAGTTTATGAACTTGATGGTATGTATGATCATCCAAGCTTGCCTA
TGGCTGGAGACACCTCTCAATTACTAGAAATACAATGCCATTCAAAGCTTGCTGCTCGTCGTATTCAACGCCCAAAGAAAGGTGGCAAAGGTGATGGGTCAGATGATAACGGAGAAGTTACAGCAACTTTAGACTCACGAACGGGATTGGAATCTCCGTTACTGTGGTTGAGGGCAGATCCTGAGATGGAGTACTTGGCA
GAGATAAAAGTACACCAACCTGTGCAGATGTGGATAAGTCAACTGGAAAAGGACAAGGATGTTGTTGCACAACTACAAGCAATTACAACATTGTGTAGTTTTCCACGATTGTCATTTCCAATTGTTAATGCTTTGAACAGCTGCCTTATTGATTCAAAGGTGTTCTGGAGAGTGAGGATCGAATCAGCATTTGCTTTAGC
AAAAACAGCTACAGAGGAAACTGATTGGACCGGTCTCATGCATTTAATTAATTTCTATAAAAGTCGGCGCTTTGATCCAGAAATTGGACTTCCAAGGCCAAACGACTATCATGATTTTTCTGAGTACTTTGTTCTTGAGGCAGTTCCAAGTGCAATTGCTACGGTGAGGGGCAGAGATGGGAAAAGTCCACCGGAAGCTA
TTAATTTTATTTTGCAGCTGTTAAAGTATAACGACAATAGTGGAAATTCTTACTCAGATGTATATTGGCTGGCAGCACTTGTGGACTCGATAGGCAAGATTGAATTTGGGCAACAGAGTATTCAAGCATTACTGCCACTTTTGAAGCGTATAAACTCTCTCTTACAGTTTGACAGATTGATGCCAAGCCACAATGGAGTC
TTAACCATCAGCTGCATTCGTACTTTGACACAAATTGCATTGAAATTGTCCCACTTTGTACCCTTGGAACGCTTGGAAGAACTTATAAAACCATTCCAAAATGCCCAAAGCACGCCATGGCAAATTCGTTTGGAAACAATTAAGTCACTAATTGATCTTGAGGCTCATAAAAATGGCCTTGATGTTGCTCTCTCTTCAGC
TGTGCAGTTGATAGTAGATGAATCATCCTTACGAGTACAAAAAAAAGCTGCTATGCATTGTCTGCACCTATGTCAAATGAAAAGGAACTTGGGAAATAGAATCAACAGTTCAGTACTTTCTGACTTGCTTCATCTGCTTGAAAGTCGCAAAGCTTTTGTAAATGTTAATCTGCGACATCACATTTTCTGTGTTTTGCAGA
ACCTTGCAGGCCGATCTGCAACTCTTTTTGGTGTCCCAAAGCCTAAGAGACCAATCATCTCAGAAAAAGCCATGGATGTTGAAATGCTCGAGGAACAAAAGGCAAAGTTGGGTTCAATGAAGATACGGTTTTCAAGGTGTCTGGAAGCTAATGCTGATCAAGTTCGTGTGAGTTCTGAGGTATTAAAGGAGATGGATACT
ACAGTAAGTGGCAGTTCTGGTGGTAATGAACGCAAACTACATGCTGTGAAATTACGGATTAAGCCTCCAGAGGCAGTAGAAGATGAAAAGATTATGGGTACCACTCGTAGTGGTGGTCCAGATGAAAGAGGTTTTCCTGTGTACCCGGTTGCTAGTTCCTCAATGTCAGTCGAGGCAGGTTTAAGGGTTGATGCTACACA
AGGAGAAAGTGCATGTACACCTAGAGGTGAGGCTGTGGAGGTTATAAGCATTCTGGAAGCTGAGCAGAAAGCTAAAGAGGGCCCATATGCCTCCCATGTAAATGGTTCTCGATTAAATGTGAGCACCAGCAGTGGCACAGCAGATTCAATGAACATTGTTTCTGTTAAAGGTTGCTCTCCGTCAAGTGTCAAGAAGAAAG
AGAATCTTGAAGGTAGACCTAGGAATGTAGAAGTTCCTCATCATGACAAATATTTCCCAGTTGATGCAGAGGATTGTGATGACCGCCAAAGTCAACAGCATGGTTCTCTACTGAAAGATTTGAAGAAAGGTCAGTTTGCAGGACAAAGTGATTTGTTAATTACTGAAGATACTGCTGAAAAAATGGATAGCCAAGAGAAG
AGGCAGAAGGATAGAAAAGAGAAGGAAGCGAGGAAAGACCGTAAGAGAAAGAGAGAAAAAGAGAAGCATAAGGATGGAAATGATGGCCATAGTAAACATCGACATGACAGGCATAATGATCCAGAGTATCTTGAGCGGAAAAGGCGAAAGAAAGAGCAGAGGCGGCATGAGAAGGGGCAATCACAAGTTCAAAAACTTGT
GAATAGAGAGTCCTCAGCTGATGCACAGAAACCAGAGTCCAGTTCTAAGCAGAGAAGACCAGAACCAACAGAAGCAAACTCTCTACAGAGGTTTACTGAAACTGCTGAAACTAGTTCTGTGCAGAGTAGGTTCGAAAGAAAAGATGCTAGTTCTATACAAAGGTTAAATGAAACCACAGAAACTAGTTCGTTACAAAGGA
TCCGAATAAAAATAAAAAATAGGGGAAGTTCGAATTGTTAACTTGCGATTGTTAAATCTTATCACTTTATTGCCCCAGCCTATGTCCATTTCATATAAAGTTTCACTTAGAGCGCTTTTTCAACTTTACCTGTATCAATAGTCATAGCACCTTCCCCATCTTCTAACTCATGCCTGCCCCGTTTATTACAAGCTTTTAGA
TATCATATCATTCTTTATGTAGCATAAGTAGCTTTGTTGCTATTCAAGCTACTTTGTAGTCTTTCCAATCAAGTGTATGATACCGCAATTCAGTAATGTAAAAAGGCATTCTTTGCTCAGTTTCCTAATTTCCCA

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGCAGTTCTCTGCATACAAATAATCAGCTAAGGCGAGCACGCTGCTGGTTTCCATGTATTGACTCTGGTCTACAACGATGTTGCTACGATCTCGAGTTTACTGTTGACTCTAAGTATGTTGCAGTTAGCAACGGCACTCTTCTTTATCAGGTCATCAGCAAAGATGATCCACCCCGTAAAACATATGTGTACAGTGTGA
ATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCACCGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAGGTTTGTGTAATGGAATATATGTTTGATTGTGTGCTAGGTACACTTAATC
TAGCTTGTTGCCTTCCATTTCAAGAAGAAAATCACTGGCTGTGACTTCTGTTTCTGTTAAGGATATTGAAGTAAGTTCAGAATATTTCATCTGGTGCAGCTTTTATGAGGAGTATCTTGCTGCAACTTTTCCGTTTGGATCATATACGCAAGTCTTCATTGATTCTGAAACTGCATTATCGTCTACCTGTGTTGGTGCTT
CCGTATCCATTTTCAGTTCTCATTTGTTGTATGATGAACGAGTTATTGACCAGGTCATCAGCACCAGAATCAAACTGGCTTATGCCTTAGCACAACAATGGTTTGGAATTTATATCACAGCCGAGACATCTAATGATGGGTGGTTATTGGATGGTCTTGCTGGTTTTCTAACGGATTGCTTCATAAAGCGTTTTCTTGGC
AATAATGAGGCTCGGTACCGCCGCTACAAGGCGAATGAGGCAGTTTGCAAAGTTGATGTTGATGGAGCCACTGCTCTTAGTTTATCTGTAGCTGCAGCTGAGTTATATGGGACACAGGCACTTGGTGTGTTGGGCAAAATTCGGTCATGGAAGGCTGTTGCGATTCTTCAGATGTTAGAGAAACAAATGGGTCCTGAGTC
TTTTCGCAAGATTTTACAAAGAATTGTGCATAAAGCGGAGGATGCCATTCGTGCATCCAGAACTCTGAGTTCAAAAGAGTTTCGGCATCTTGCAAACAAAATTGGCAACTTGGAGAGGCCATTTCTGAAGGAATTCTTTCCTCGCTGGGTGGAGTCTTGTGGTTGCCCAGTTTTGAGGATGGGATTATCCTACAACAAGC
GGCGTAATATGATTGAGTTAGCTGTTTTGCGGGGATGTACTTCTAATATGTGTTCAAATTCAGCGCCTGCTAGAGGCACTGTTAATGGCGAGTTTCAATCAAGTGATGATGGTTGGCCAGGAATGATGAGTGTAAGAGTTTATGAACTTGATGGTATGTATGATCATCCAAGCTTGCCTATGGCTGGAGACACCTCTCAA
TTACTAGAAATACAATGCCATTCAAAGCTTGCTGCTCGTCGTATTCAACGCCCAAAGAAAGGTGGCAAAGGTGATGGGTCAGATGATAACGGAGAAGTTACAGCAACTTTAGACTCACGAACGGGATTGGAATCTCCGTTACTGTGGTTGAGGGCAGATCCTGAGATGGAGTACTTGGCAGAGATAAAAGTACACCAACC
TGTGCAGATGTGGATAAGTCAACTGGAAAAGGACAAGGATGTTGTTGCACAACTACAAGCAATTACAACATTGTGTAGTTTTCCACGATTGTCATTTCCAATTGTTAATGCTTTGAACAGCTGCCTTATTGATTCAAAGGTGTTCTGGAGAGTGAGGATCGAATCAGCATTTGCTTTAGCAAAAACAGCTACAGAGGAAA
CTGATTGGACCGGTCTCATGCATTTAATTAATTTCTATAAAAGTCGGCGCTTTGATCCAGAAATTGGACTTCCAAGGCCAAACGACTATCATGATTTTTCTGAGTACTTTGTTCTTGAGGTAATGATGTAAGGCAGTTCCAAGTGCAATTGCTACGGTGAGGGGCAGAGATGGGAAAAGTCCACCGGAAGCTATTAATTT
TATTTTGCAGCTGTTAAAGTATAACGACAATAGTGGAAATTCTTACTCAGATGTATATTGGCTGGCAGCACTTGTGGACTCGATAGGCAAGATTGAATTTGGGCAACAGAGTATTCAAGCATTACTGCCACTTTTGAAGCGTATAAACTCTCTCTTACAGTTTGACAGgtagatatttcatcatctaagttatactttta
gtctgttctgttaagtttatccagtgcatttctgttggtggtaatacttatgatatacaagttgctgattgaagtagccaggatgttttatgacatggtgggtgttcacttgtgtgtcatttagttagattgtgatattctcatttatttacatggtattcaaatattctagttggcttttctaagccaaagtaagttat
ttattcctaaaagaaattgtccatctagtcatgatgaaaaatggtactcaagtttagcactagtggaaagcaagtacgtacatttacatttcattgtcgaatattttgactttcatggattaaacaaactattttgatggccagttaatccattgaagcaagtgttataagtacagtcgtgttttttagaatgttgtatc
ggcatatacataattcaagatttttttctgcataaattttgagatgtagATTGATGCCAAGCCACAATGGAGTCTTAACCATCAGCTGCATTCGTACTTTGACACAAATTGCATTGAAATTGTCCCACTTTGTACCCTTGGAACGCTTGGAAGAACTTATAAAACCATTCCAAAATGCCCAAAGCACGCCATGGCAAATT
CGTTTGGAAACAATTAAGTCACTAATTGATCTTGAGGCTCATAAAAATGGCCTTGATGTTGCTCTCTCTTCAGCTGTGCAGTTGATAGTAGATGAATCATCCTTACGAGTACAAAAAAAAGCTGCTATGCATTGTCTGCACCTATGTCAAATGAAAAGGAACTTGGGAAATAGAATCAACAGTTCAGTACTTTCTGACTT
GCTTCATCTGCTTGAAAGTCGCAAAGCTTTTGTAAATGTTAATCTGCGACATCACATTTTCTGTGTTTTGCAGAACCTTGCAGGCCGATCTGCAACTCTTTTTGGTGTCCCAAAGCCTAAGAGACCAATCATCTCAGAAAAAGCCATGGATGTTGAAATGCTCGAGGAACAAAAGGCAAAGTTGGGTTCAATGAAGATAC
GGTTTTCAAGGTGTCTGGAAGCTAATGCTGATCAAGTTCGTGTGAGTTCTGAGGTATTAAAGGAGATGGATACTACAGTAAGTGGCAGTTCTGGTGGTAATGAACGCAAACTACATGCTGTGAAATTACGGATTAAGCCTCCAGAGGCAGTAGAAGATGAAAAGATTATGGGTACCACTCGTAGTGGTGGTCCAGATGAA
AGAGGTTTTCCTGTGTACCCGGTTGCTAGTTCCTCAATGTCAGTCGAGGCAGGTTTAAGGGTTGATGCTACACAAGGAGAAAGTGCATGTACACCTAGAGGTGAGGCTGTGGAGGTTATAAGCATTCTGGAAGCTGAGCAGAAAGCTAAAGAGGGCCCATATGCCTCCCATGTAAATGGTTCTCGATTAAATGTGAGCAC
CAGCAGTGGCACAGCAGATTCAATGAACATTGTTTCTGTTAAAGGTTGCTCTCCGTCAAGTGTCAAGAAGAAAGAGAATCTTGAAGGTAGACCTAGGAATGTAGAAGTTCCTCATCATGACAAATATTTCCCAGTTGATGCAGAGGATTGTGATGACCGCCAAAGTCAACAGCATGGTTCTCTACTGAAAGATTTGAAGA
AAGGTCAGTTTGCAGGACAAAGTGATTTGTTAATTACTGAAGATACTGCTGAAAAAATGGATAGCCAAGAGAAGAGGCAGAAGGATAGAAAAGAGAAGGAAGCGAGGAAAGACCGTAAGAGAAAGAGAGAAAAAGAGAAGCATAAGGATGGAAATGATGGCCATAGTAAACATCGACATGACAGGCATAATGATCCAGAG
TATCTTGAGCGGAAAAGGCGAAAGAAAGAGCAGAGGCGGCATGAGAAGGGGCAATCACAAGTTCAAAAACTTGTGAATAGAGAGTCCTCAGCTGATGCACAGAAACCAGAGTCCAGTTCTAAGCAGAGAAGACCAGAACCAACAGAAGCAAACTCTCTACAGAGGTTTACTGAAACTGCTGAAACTAGTTCTGTGCAGAG
TAGGTTCGAAAGAAAAGATGCTAGTTCTATACAAAGGTTAAATGAAACCACAGAAACTAGTTCGTTACAAAGGATCCGAATAAAAATAAAAAATAGGGGAAGTTCGAATTGTTAACTTGCGATTGTTAAATCTTATCACTTTATTGCCCCAGCCTATGTCCATTTCATATAAAGTTTCACTTAGAGCGCTTTTTCAACTT
TACCTGTATCAATAGTCATAGCACCTTCCCCATCTTCTAACTCATGCCTGCCCCGTTTATTACAAGCTTTTAGATATCATATCATTCTTTATGTAGCATAAGTAGCTTTGTTGCTATTCAAGCTACTTTGTAGTCTTTCCAATCAAGTGTATGATACCGCAATTCAGTAATGTAAAAAGGCATTCTTTGCTCAGTTTCCT
AATTTCCCA

Intron 3 GTACCTTAAA ... ATATCTGCAG

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A1	17.47	95	23	17.5
A2	26.09	82.6	31	27.5
A3	21.96	111.5	41	22
A4	20.67	88.3	23	23
A5	29.18	29.8	13	11.5
A6	12.06	7.9	0	2.5
A7	17.52	20	6	2.5
A8	4.67	4.9	0	0.5
A9	16.79	29.6	10	2
A10	15.05	37.5	9	4.5

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i17 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGCAGTTCTCTGCATACAAATAATCAGCTAAGGCGAGCACGCTGCTGGTTTCCATGTATTGACTCTGGTCTACAACGATGTTGCTACGATCTCGAGTTTACTGTTGACTCTAAGTATGTTGCAGTTAGCAACGGCACTCTTCTTTATCAGGTCATCAGCAAAGATGATCCACCCCGTAAAACATATGTGTACAGTGTGA
ATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCACCGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAGCTTTTATGAGGAGTATCTTGCTGCAACTTTTCCGTTTGGATCATATACG
CAAGTCTTCATTGATTCTGAAACTGCATTATCGTCTACCTGTGTTGGTGCTTCCGTATCCATTTTCAGTTCTCATTTGTTGTATGATGAACGAGTTATTGACCAGGTCATCAGCACCAGAATCAAACTGGCTTATGCCTTAGCACAACAATGGTTTGGAATTTATATCACAGCCGAGACATCTAATGATGGGTGGTTATT
GGATGGTCTTGCTGGTTTTCTAACGGATTGCTTCATAAAGCGTTTTCTTGGCAATAATGAGGCTCGGTACCGCCGCTACAAGGCGAATGAGGCAGTTTGCAAAGTTGATGTTGATGGAGCCACTGCTCTTAGTTTATCTGTAGCTGCAGCTGAGTTATATGGGACACAGGCACTTGGTGTGTTGGGCAAAATTCGGTCAT
GGAAGGCTGTTGCGATTCTTCAGATGTTAGAGAAACAAATGGGTCCTGAGTCTTTTCGCAAGATTTTACAAAGAATTGTGCATAAAGCGGAGGATGCCATTCGTGCATCCAGAACTCTGAGTTCAAAAGAGTTTCGGCATCTTGCAAACAAAATTGGCAACTTGGAGAGGCCATTTCTGAAGGAATTCTTTCCTCGCTGG
GTGGAGTCTTGTGGTTGCCCAGTTTTGAGGATGGGATTATCCTACAACAAGCGGCGTAATATGATTGAGTTAGCTGTTTTGCGGGGATGTACTTCTAATATGTGTTCAAATTCAGCGCCTGCTAGAGGCACTGTTAATGGCGAGTTTCAATCAAGTGATGATGGTTGGCCAGGAATGATGAGTGTAAGAGTTTATGAACT
TGATGGTATGTATGATCATCCAAGCTTGCCTATGGCTGGAGACACCTCTCAATTACTAGAAATACAATGCCATTCAAAGCTTGCTGCTCGTCGTATTCAACGCCCAAAGAAAGGTGGCAAAGGTGATGGGTCAGATGATAACGGAGAAGTTACAGCAACTTTAGACTCACGAACGGGATTGGAATCTCCGTTACTGTGGT
TGAGGGCAGATCCTGAGATGGAGTACTTGGCAGAGATAAAAGTACACCAACCTGTGCAGATGTGGATAAGTCAACTGGAAAAGGACAAGGATGTTGTTGCACAACTACAAGCAATTACAACATTGTGTAGTTTTCCACGATTGTCATTTCCAATTGTTAATGCTTTGAACAGCTGCCTTATTGATTCAAAGGTGTTCTGG
AGAGTGAGGATCGAATCAGCATTTGCTTTAGCAAAAACAGCTACAGAGGAAACTGATTGGACCGGTCTCATGCATTTAATTAATTTCTATAAAAGTCGGCGCTTTGATCCAGAAATTGGACTTCCAAGGCCAAACGACTATCATGATTTTTCTGAGTACTTTGTTCTTGAGGCAGTTCCAAGTGCAATTGCTACGGTGAG
GGGCAGAGATGGGAAAAGTCCACCGGAAGCTATTAATTTTATTTTGCAGCTGTTAAAGTATAACGACAATAGTGGAAATTCTTACTCAGATGTATATTGGCTGGCAGCACTTGTGGACTCGATAGGCAAGATTGAATTTGGGCAACAGAGTATTCAAGCATTACTGCCACTTTTGAAGCGTATAAACTCTCTCTTACAGT
TTGACAGGTAGATATTTCATCATCTAAGTTATACTTTTAGTCTGTTCTGTTAAGTTTATCCAGTGCATTTCTGTTGGTGGTAATACTTATGATATACAAGTTGCTGATTGAAGTAGCCAGGATGTTTTATGACATGGTGGGTGTTCACTTGTGTGTCATTTAGTTAGATTGTGATATTCTCATTTATTTACATGGTATTC
AAATATTCTAGTTGGCTTTTCTAAGCCAAAGTAAGTTATTTATTCCTAAAAGAAATTGTCCATCTAGTCATGATGAAAAATGGTACTCAAGTTTAGCACTAGTGGAAAGCAAGTACGTACATTTACATTTCATTGTCGAATATTTTGACTTTCATGGATTAAACAAACTATTTTGATGGCCAGTTAATCCATTGAAGCAA
GTGTTATAAGTACAGTCGTGTTTTTTAGAATGTTGTATCGGCATATACATAATTCAAGATTTTTTTCTGCATAAATTTTGAGATGTAGATTGATGCCAAGCCACAATGGAGTCTTAACCATCAGCTGCATTCGTACTTTGACACAAATTGCATTGAAATTGTCCCACTTTGTACCCTTGGAACGCTTGGAAGAACTTATA
AAACCATTCCAAAATGCCCAAAGCACGCCATGGCAAATTCGTTTGGAAACAATTAAGTCACTAATTGATCTTGAGGCTCATAAAAATGGCCTTGATGTTGCTCTCTCTTCAGCTGTGCAGTTGATAGTAGATGAATCATCCTTACGAGTACAAAAAAAAGCTGCTATGCATTGTCTGCACCTATGTCAAATGAAAAGGAA
CTTGGGAAATAGAATCAACAGTTCAGTACTTTCTGACTTGCTTCATCTGCTTGAAAGTCGCAAAGCTTTTGTAAATGTTAATCTGCGACATCACATTTTCTGTGTTTTGCAGAACCTTGCAGGCCGATCTGCAACTCTTTTTGGTGTCCCAAAGCCTAAGAGACCAATCATCTCAGAAAAAGCCATGGATGTTGAAATGC
TCGAGGAACAAAAGGCAAAGTTGGGTTCAATGAAGATACGGTTTTCAAGGTGTCTGGAAGCTAATGCTGATCAAGTTCGTGTGAGTTCTGAGGTATTAAAGGAGATGGATACTACAGTAAGTGGCAGTTCTGGTGGTAATGAACGCAAACTACATGCTGTGAAATTACGGATTAAGCCTCCAGAGGCAGTAGAAGATGAA
AAGATTATGGGTACCACTCGTAGTGGTGGTCCAGATGAAAGAGGTTTTCCTGTGTACCCGGTTGCTAGTTCCTCAATGTCAGTCGAGGCAGGTTTAAGGGTTGATGCTACACAAGGAGAAAGTGCATGTACACCTAGAGGTGAGGCTGTGGAGGTTATAAGCATTCTGGAAGCTGAGCAGAAAGCTAAAGAGGGCCCATA
TGCCTCCCATGTAAATGGTTCTCGATTAAATGTGAGCACCAGCAGTGGCACAGCAGATTCAATGAACATTGTTTCTGTTAAAGGTTGCTCTCCGTCAAGTGTCAAGAAGAAAGAGAATCTTGAAGGTAGACCTAGGAATGTAGAAGTTCCTCATCATGACAAATATTTCCCAGTTGATGCAGAGGATTGTGATGACCGCC
AAAGTCAACAGCATGGTTCTCTACTGAAAGATTTGAAGAAAGGTCAGTTTGCAGGACAAAGTGATTTGTTAATTACTGAAGATACTGCTGAAAAAATGGATAGCCAAGAGAAGAGGCAGAAGGATAGAAAAGAGAAGGAAGCGAGGAAAGACCGTAAGAGAAAGAGAGAAAAAGAGAAGCATAAGGATGGAAATGATGGC
CATAGTAAACATCGACATGACAGGCATAATGATCCAGAGTATCTTGAGCGGAAAAGGCGAAAGAAAGAGCAGAGGCGGCATGAGAAGGGGCAATCACAAGTTCAAAAACTTGTGAATAGAGAGTCCTCAGCTGATGCACAGAAACCAGAGTCCAGTTCTAAGCAGAGAAGACCAGAACCAACAGAAGCAAACTCTCTACA
GAGGTTTACTGAAACTGCTGAAACTAGTTCTGTGCAGAGTAGGTTCGAAAGAAAAGATGCTAGTTCTATACAAAGGTTAAATGAAACCACAGAAACTAGTTCGTTACAAAGGATCCGAATAAAAATAAAAAATAGGGGAAGTTCGAATTGTTAACTTGCGATTGTTAAATCTTATCACTTTATTGCCCCAGCCTATGTCC
ATTTCATATAAAGTTTCACTTAGAGCGCTTTTTCAACTTTACCTGTATCAATAGTCATAGCACCTTCCCCATCTTCTAACTCATGCCTGCCCCGTTTATTACAAGCTTTTAGATATCATATCATTCTTTATGTAGCATAAGTAGCTTTGTTGCTATTCAAGCTACTTTGTAGTCTTTCCAATCAAGTGTATGATACCGCA
ATTCAGTAATGTAAAAAGGCATTCTTTGCTCAGTTTCCTAATTTCCCA

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGCAGTTCTCTGCATACAAATAATCAGCTAAGGCGAGCACGCTGCTGGTTTCCATGTATTGACTCTGGTCTACAACGATGTTGCTACGATCTCGAGTTTACTGTTGACTCTAAGTATGTTGCAGTTAGCAACGGCACTCTTCTTTATCAGGTCATCAGCAAAGATGATCCACCCCGTAAAACATATGTGTACAGTGTGA
ATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCACCGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAGGTTTGTGTAATGGAATATATGTTTGATTGTGTGCTAGGTACACTTAATC
TAGCTTGTTGCCTTCCATTTCAAGAAGAAAATCACTGGCTGTGACTTCTGTTTCTGTTAAGGATATTGAAGTAAGTTCAGAATATTTCATCTGGTGCAGCTTTTATGAGGAGTATCTTGCTGCAACTTTTCCGTTTGGATCATATACGCAAGTCTTCATTGATTCTGAAACTGCATTATCGTCTACCTGTGTTGGTGCTT
CCGTATCCATTTTCAGTTCTCATTTGTTGTATGATGAACGAGTTATTGACCAGgtaccttaaattataaaaattcagctggaaaggaaggggagtgttaagttggaaggaaatctcatgatttattgaggacatctaatttatgttgtctaattaggctgtattttttttctttcaagtggacgtggttaataaaatgga
tgctttgttgcatatctgcagGTCATCAGCACCAGAATCAAACTGGCTTATGCCTTAGCACAACAATGGTTTGGAATTTATATCACAGCCGAGACATCTAATGATGGTATAAACTTTGTTAAAAACCATTTTTTTTTCAAACGGTTATTTAATCTTCGAAAGAGTCCAGTTTTCTTGAAGGATATTTTGTTGGGAACTTG
GGCCTTAGAAATATAGATTATGTACTTGTATGCCGTGTATGGGATTTTTATCATTGTGTATGATGTATAATGCATGCAGGGTGGTTATTGGATGGTCTTGCTGGTTTTCTAACGGATTGCTTCATAAAGCGTTTTCTTGGCAATAATGAGGCTCGGTACCGCCGCTACAAGGTTTATTATATCCATTCCAAACATCATAG
TACTTAAAAATCCTTTTTCATTACTTCAGGCTCCAACTTTAATTGATTGCAAACAATACCTTTGCATTATGTTCTGATTTGATCTTTTCTTGTCAAATCCATGTTCACAGAATTTGTTTCTTGGTAGAATTAAGAAAGGAAATATTTTTAATGAATGGCGATAATCTCCGTGAACTGTTGCTGGATGTCTTTTTTGTGTC
TGGTCATAGTGTGTAGTCCCTTTAATGGAGTAATGTGACTTAAACTTGAAATTTGGAAAGAAATATTTAATCACTAGATAAGATAATTTTATTAATGTCCGACTAATGACCAGAAAAGTTGGTCAATGGGACTGCTGAGTACAATGATGTGTTGTTATT

Intron 4 GTATAAACTT ... ATGCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.99	92.4	12	7
A2	11.14	83.8	11	8
A3	11.58	114.3	15.5	8
A4	13.79	59.5	10	2
A5	5.67	40.8	2.5	2
A6	23.01	5.9	2.5	0
A7	7.77	10.9	1	0
A8	11.51	6.8	1	1
A9	12.08	12.6	2	0
A10	10.14	39.4	5	2

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i17 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGCAGTTCTCTGCATACAAATAATCAGCTAAGGCGAGCACGCTGCTGGTTTCCATGTATTGACTCTGGTCTACAACGATGTTGCTACGATCTCGAGTTTACTGTTGACTCTAAGTATGTTGCAGTTAGCAACGGCACTCTTCTTTATCAGGTCATCAGCAAAGATGATCCACCCCGTAAAACATATGTGTACAGTGTGA
ATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCACCGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAGCTTTTATGAGGAGTATCTTGCTGCAACTTTTCCGTTTGGATCATATACG
CAAGTCTTCATTGATTCTGAAACTGCATTATCGTCTACCTGTGTTGGTGCTTCCGTATCCATTTTCAGTTCTCATTTGTTGTATGATGAACGAGTTATTGACCAGGTCATCAGCACCAGAATCAAACTGGCTTATGCCTTAGCACAACAATGGTTTGGAATTTATATCACAGCCGAGACATCTAATGATGGGTGGTTATT
GGATGGTCTTGCTGGTTTTCTAACGGATTGCTTCATAAAGCGTTTTCTTGGCAATAATGAGGCTCGGTACCGCCGCTACAAGGCGAATGAGGCAGTTTGCAAAGTTGATGTTGATGGAGCCACTGCTCTTAGTTTATCTGTAGCTGCAGCTGAGTTATATGGGACACAGGCACTTGGTGTGTTGGGCAAAATTCGGTCAT
GGAAGGCTGTTGCGATTCTTCAGATGTTAGAGAAACAAATGGGTCCTGAGTCTTTTCGCAAGATTTTACAAAGAATTGTGCATAAAGCGGAGGATGCCATTCGTGCATCCAGAACTCTGAGTTCAAAAGAGTTTCGGCATCTTGCAAACAAAATTGGCAACTTGGAGAGGCCATTTCTGAAGGAATTCTTTCCTCGCTGG
GTGGAGTCTTGTGGTTGCCCAGTTTTGAGGATGGGATTATCCTACAACAAGCGGCGTAATATGATTGAGTTAGCTGTTTTGCGGGGATGTACTTCTAATATGTGTTCAAATTCAGCGCCTGCTAGAGGCACTGTTAATGGCGAGTTTCAATCAAGTGATGATGGTTGGCCAGGAATGATGAGTGTAAGAGTTTATGAACT
TGATGGTATGTATGATCATCCAAGCTTGCCTATGGCTGGAGACACCTCTCAATTACTAGAAATACAATGCCATTCAAAGCTTGCTGCTCGTCGTATTCAACGCCCAAAGAAAGGTGGCAAAGGTGATGGGTCAGATGATAACGGAGAAGTTACAGCAACTTTAGACTCACGAACGGGATTGGAATCTCCGTTACTGTGGT
TGAGGGCAGATCCTGAGATGGAGTACTTGGCAGAGATAAAAGTACACCAACCTGTGCAGATGTGGATAAGTCAACTGGAAAAGGACAAGGATGTTGTTGCACAACTACAAGCAATTACAACATTGTGTAGTTTTCCACGATTGTCATTTCCAATTGTTAATGCTTTGAACAGCTGCCTTATTGATTCAAAGGTGTTCTGG
AGAGTGAGGATCGAATCAGCATTTGCTTTAGCAAAAACAGCTACAGAGGAAACTGATTGGACCGGTCTCATGCATTTAATTAATTTCTATAAAAGTCGGCGCTTTGATCCAGAAATTGGACTTCCAAGGCCAAACGACTATCATGATTTTTCTGAGTACTTTGTTCTTGAGGCAGTTCCAAGTGCAATTGCTACGGTGAG
GGGCAGAGATGGGAAAAGTCCACCGGAAGCTATTAATTTTATTTTGCAGCTGTTAAAGTATAACGACAATAGTGGAAATTCTTACTCAGATGTATATTGGCTGGCAGCACTTGTGGACTCGATAGGCAAGATTGAATTTGGGCAACAGAGTATTCAAGCATTACTGCCACTTTTGAAGCGTATAAACTCTCTCTTACAGT
TTGACAGGTAGATATTTCATCATCTAAGTTATACTTTTAGTCTGTTCTGTTAAGTTTATCCAGTGCATTTCTGTTGGTGGTAATACTTATGATATACAAGTTGCTGATTGAAGTAGCCAGGATGTTTTATGACATGGTGGGTGTTCACTTGTGTGTCATTTAGTTAGATTGTGATATTCTCATTTATTTACATGGTATTC
AAATATTCTAGTTGGCTTTTCTAAGCCAAAGTAAGTTATTTATTCCTAAAAGAAATTGTCCATCTAGTCATGATGAAAAATGGTACTCAAGTTTAGCACTAGTGGAAAGCAAGTACGTACATTTACATTTCATTGTCGAATATTTTGACTTTCATGGATTAAACAAACTATTTTGATGGCCAGTTAATCCATTGAAGCAA
GTGTTATAAGTACAGTCGTGTTTTTTAGAATGTTGTATCGGCATATACATAATTCAAGATTTTTTTCTGCATAAATTTTGAGATGTAGATTGATGCCAAGCCACAATGGAGTCTTAACCATCAGCTGCATTCGTACTTTGACACAAATTGCATTGAAATTGTCCCACTTTGTACCCTTGGAACGCTTGGAAGAACTTATA
AAACCATTCCAAAATGCCCAAAGCACGCCATGGCAAATTCGTTTGGAAACAATTAAGTCACTAATTGATCTTGAGGCTCATAAAAATGGCCTTGATGTTGCTCTCTCTTCAGCTGTGCAGTTGATAGTAGATGAATCATCCTTACGAGTACAAAAAAAAGCTGCTATGCATTGTCTGCACCTATGTCAAATGAAAAGGAA
CTTGGGAAATAGAATCAACAGTTCAGTACTTTCTGACTTGCTTCATCTGCTTGAAAGTCGCAAAGCTTTTGTAAATGTTAATCTGCGACATCACATTTTCTGTGTTTTGCAGAACCTTGCAGGCCGATCTGCAACTCTTTTTGGTGTCCCAAAGCCTAAGAGACCAATCATCTCAGAAAAAGCCATGGATGTTGAAATGC
TCGAGGAACAAAAGGCAAAGTTGGGTTCAATGAAGATACGGTTTTCAAGGTGTCTGGAAGCTAATGCTGATCAAGTTCGTGTGAGTTCTGAGGTATTAAAGGAGATGGATACTACAGTAAGTGGCAGTTCTGGTGGTAATGAACGCAAACTACATGCTGTGAAATTACGGATTAAGCCTCCAGAGGCAGTAGAAGATGAA
AAGATTATGGGTACCACTCGTAGTGGTGGTCCAGATGAAAGAGGTTTTCCTGTGTACCCGGTTGCTAGTTCCTCAATGTCAGTCGAGGCAGGTTTAAGGGTTGATGCTACACAAGGAGAAAGTGCATGTACACCTAGAGGTGAGGCTGTGGAGGTTATAAGCATTCTGGAAGCTGAGCAGAAAGCTAAAGAGGGCCCATA
TGCCTCCCATGTAAATGGTTCTCGATTAAATGTGAGCACCAGCAGTGGCACAGCAGATTCAATGAACATTGTTTCTGTTAAAGGTTGCTCTCCGTCAAGTGTCAAGAAGAAAGAGAATCTTGAAGGTAGACCTAGGAATGTAGAAGTTCCTCATCATGACAAATATTTCCCAGTTGATGCAGAGGATTGTGATGACCGCC
AAAGTCAACAGCATGGTTCTCTACTGAAAGATTTGAAGAAAGGTCAGTTTGCAGGACAAAGTGATTTGTTAATTACTGAAGATACTGCTGAAAAAATGGATAGCCAAGAGAAGAGGCAGAAGGATAGAAAAGAGAAGGAAGCGAGGAAAGACCGTAAGAGAAAGAGAGAAAAAGAGAAGCATAAGGATGGAAATGATGGC
CATAGTAAACATCGACATGACAGGCATAATGATCCAGAGTATCTTGAGCGGAAAAGGCGAAAGAAAGAGCAGAGGCGGCATGAGAAGGGGCAATCACAAGTTCAAAAACTTGTGAATAGAGAGTCCTCAGCTGATGCACAGAAACCAGAGTCCAGTTCTAAGCAGAGAAGACCAGAACCAACAGAAGCAAACTCTCTACA
GAGGTTTACTGAAACTGCTGAAACTAGTTCTGTGCAGAGTAGGTTCGAAAGAAAAGATGCTAGTTCTATACAAAGGTTAAATGAAACCACAGAAACTAGTTCGTTACAAAGGATCCGAATAAAAATAAAAAATAGGGGAAGTTCGAATTGTTAACTTGCGATTGTTAAATCTTATCACTTTATTGCCCCAGCCTATGTCC
ATTTCATATAAAGTTTCACTTAGAGCGCTTTTTCAACTTTACCTGTATCAATAGTCATAGCACCTTCCCCATCTTCTAACTCATGCCTGCCCCGTTTATTACAAGCTTTTAGATATCATATCATTCTTTATGTAGCATAAGTAGCTTTGTTGCTATTCAAGCTACTTTGTAGTCTTTCCAATCAAGTGTATGATACCGCA
ATTCAGTAATGTAAAAAGGCATTCTTTGCTCAGTTTCCTAATTTCCCA

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGCAGTTCTCTGCATACAAATAATCAGCTAAGGCGAGCACGCTGCTGGTTTCCATGTATTGACTCTGGTCTACAACGATGTTGCTACGATCTCGAGTTTACTGTTGACTCTAAGTATGTTGCAGTTAGCAACGGCACTCTTCTTTATCAGGTCATCAGCAAAGATGATCCACCCCGTAAAACATATGTGTACAGTGTGA
ATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCACCGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAGCTTTTATGAGGAGTATCTTGCTGCAACTTTTCCGTTTGGATCATATACG
CAAGTCTTCATTGATTCTGAAACTGCATTATCGTCTACCTGTGTTGGTGCTTCCGTATCCATTTTCAGTTCTCATTTGTTGTATGATGAACGAGTTATTGACCAGGTCATCAGCACCAGAATCAAACTGGCTTATGCCTTAGCACAACAATGGTTTGGAATTTATATCACAGCCGAGACATCTAATGATGgtataaactt
tgttaaaaaccatttttttttcaaacggttatttaatcttcgaaagagtccagttttcttgaaggatattttgttgggaacttgggccttagaaatatagattatgtacttgtatgccgtgtatgggatttttatcattgtgtatgatgtataatgcatgcagGGTGGTTATTGGATGGTCTTGCTGGTTTTCTAACGGA
TTGCTTCATAAAGCGTTTTCTTGGCAATAATGAGGCTCGGTACCGCCGCTACAAGGTTTATTATATCCATTCCAAACATCATAGTACTTAAAAATCCTTTTTCATTACTTCAGGCTCCAACTTTAATTGATTGCAAACAATACCTTTGCATTATGTTCTGATTTGATCTTTTCTTGTCAAATCCATGTTCACAGAATTTG
TTTCTTGGTAGAATTAAGAAAGGAAATATTTTTAATGAATGGCGATAATCTCCGTGAACTGTTGCTGGATGTCTTTTTTGTGTCTGGTCATAGTGTGTAGTCCCTTTAATGGAGTAATGTGACTTAAACTTGAAATTTGGAAAGAAATATTTAATCACTAGATAAGATAATTTTATTAATGTCCGACTAATGACCAGAAA
AGTTGGTCAATGGGACTGCTGAGTACAATGATGTGTTGTTATT

Intron 5 GTAATGGTGT ... GGGTGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.02	91	5	32
A2	31.63	67	0	31
A3	31.3	90	0	41
A4	25.71	78	0	27
A5	29.58	50	2	21
A6	33.33	2	0	1
A7	28.57	30	0	12
A8	28.57	5	0	2
A9	15.79	16	0	3
A10	26.98	46	0	17

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i17 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGCAGTTCTCTGCATACAAATAATCAGCTAAGGCGAGCACGCTGCTGGTTTCCATGTATTGACTCTGGTCTACAACGATGTTGCTACGATCTCGAGTTTACTGTTGACTCTAAGTATGTTGCAGTTAGCAACGGCACTCTTCTTTATCAGGTCATCAGCAAAGATGATCCACCCCGTAAAACATATGTGTACAGTGTGA
ATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCACCGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAGCTTTTATGAGGAGTATCTTGCTGCAACTTTTCCGTTTGGATCATATACG
CAAGTCTTCATTGATTCTGAAACTGCATTATCGTCTACCTGTGTTGGTGCTTCCGTATCCATTTTCAGTTCTCATTTGTTGTATGATGAACGAGTTATTGACCAGGTCATCAGCACCAGAATCAAACTGGCTTATGCCTTAGCACAACAATGGTTTGGAATTTATATCACAGCCGAGACATCTAATGATGGGTGGTTATT
GGATGGTCTTGCTGGTTTTCTAACGGATTGCTTCATAAAGCGTTTTCTTGGCAATAATGAGGCTCGGTACCGCCGCTACAAGGCGAATGAGGCAGTTTGCAAAGTTGATGTTGATGGAGCCACTGCTCTTAGTTTATCTGTAGCTGCAGCTGAGTTATATGGGACACAGGCACTTGGTGTGTTGGGCAAAATTCGGTCAT
GGAAGGCTGTTGCGATTCTTCAGATGTTAGAGAAACAAATGGGTCCTGAGTCTTTTCGCAAGATTTTACAAAGAATTGTGCATAAAGCGGAGGATGCCATTCGTGCATCCAGAACTCTGAGTTCAAAAGAGTTTCGGCATCTTGCAAACAAAATTGGCAACTTGGAGAGGCCATTTCTGAAGGAATTCTTTCCTCGCTGG
GTGGAGTCTTGTGGTTGCCCAGTTTTGAGGATGGGATTATCCTACAACAAGCGGCGTAATATGATTGAGTTAGCTGTTTTGCGGGGATGTACTTCTAATATGTGTTCAAATTCAGCGCCTGCTAGAGGCACTGTTAATGGCGAGTTTCAATCAAGTGATGATGGTTGGCCAGGAATGATGAGTGTAAGAGTTTATGAACT
TGATGGTATGTATGATCATCCAAGCTTGCCTATGGCTGGAGACACCTCTCAATTACTAGAAATACAATGCCATTCAAAGCTTGCTGCTCGTCGTATTCAACGCCCAAAGAAAGGTGGCAAAGGTGATGGGTCAGATGATAACGGAGAAGTTACAGCAACTTTAGACTCACGAACGGGATTGGAATCTCCGTTACTGTGGT
TGAGGGCAGATCCTGAGATGGAGTACTTGGCAGAGATAAAAGTACACCAACCTGTGCAGATGTGGATAAGTCAACTGGAAAAGGACAAGGATGTTGTTGCACAACTACAAGCAATTACAACATTGTGTAGTTTTCCACGATTGTCATTTCCAATTGTTAATGCTTTGAACAGCTGCCTTATTGATTCAAAGGTGTTCTGG
AGAGTGAGGATCGAATCAGCATTTGCTTTAGCAAAAACAGCTACAGAGGAAACTGATTGGACCGGTCTCATGCATTTAATTAATTTCTATAAAAGTCGGCGCTTTGATCCAGAAATTGGACTTCCAAGGCCAAACGACTATCATGATTTTTCTGAGTACTTTGTTCTTGAGGCAGTTCCAAGTGCAATTGCTACGGTGAG
GGGCAGAGATGGGAAAAGTCCACCGGAAGCTATTAATTTTATTTTGCAGCTGTTAAAGTATAACGACAATAGTGGAAATTCTTACTCAGATGTATATTGGCTGGCAGCACTTGTGGACTCGATAGGCAAGATTGAATTTGGGCAACAGAGTATTCAAGCATTACTGCCACTTTTGAAGCGTATAAACTCTCTCTTACAGT
TTGACAGGTAGATATTTCATCATCTAAGTTATACTTTTAGTCTGTTCTGTTAAGTTTATCCAGTGCATTTCTGTTGGTGGTAATACTTATGATATACAAGTTGCTGATTGAAGTAGCCAGGATGTTTTATGACATGGTGGGTGTTCACTTGTGTGTCATTTAGTTAGATTGTGATATTCTCATTTATTTACATGGTATTC
AAATATTCTAGTTGGCTTTTCTAAGCCAAAGTAAGTTATTTATTCCTAAAAGAAATTGTCCATCTAGTCATGATGAAAAATGGTACTCAAGTTTAGCACTAGTGGAAAGCAAGTACGTACATTTACATTTCATTGTCGAATATTTTGACTTTCATGGATTAAACAAACTATTTTGATGGCCAGTTAATCCATTGAAGCAA
GTGTTATAAGTACAGTCGTGTTTTTTAGAATGTTGTATCGGCATATACATAATTCAAGATTTTTTTCTGCATAAATTTTGAGATGTAGATTGATGCCAAGCCACAATGGAGTCTTAACCATCAGCTGCATTCGTACTTTGACACAAATTGCATTGAAATTGTCCCACTTTGTACCCTTGGAACGCTTGGAAGAACTTATA
AAACCATTCCAAAATGCCCAAAGCACGCCATGGCAAATTCGTTTGGAAACAATTAAGTCACTAATTGATCTTGAGGCTCATAAAAATGGCCTTGATGTTGCTCTCTCTTCAGCTGTGCAGTTGATAGTAGATGAATCATCCTTACGAGTACAAAAAAAAGCTGCTATGCATTGTCTGCACCTATGTCAAATGAAAAGGAA
CTTGGGAAATAGAATCAACAGTTCAGTACTTTCTGACTTGCTTCATCTGCTTGAAAGTCGCAAAGCTTTTGTAAATGTTAATCTGCGACATCACATTTTCTGTGTTTTGCAGAACCTTGCAGGCCGATCTGCAACTCTTTTTGGTGTCCCAAAGCCTAAGAGACCAATCATCTCAGAAAAAGCCATGGATGTTGAAATGC
TCGAGGAACAAAAGGCAAAGTTGGGTTCAATGAAGATACGGTTTTCAAGGTGTCTGGAAGCTAATGCTGATCAAGTTCGTGTGAGTTCTGAGGTATTAAAGGAGATGGATACTACAGTAAGTGGCAGTTCTGGTGGTAATGAACGCAAACTACATGCTGTGAAATTACGGATTAAGCCTCCAGAGGCAGTAGAAGATGAA
AAGATTATGGGTACCACTCGTAGTGGTGGTCCAGATGAAAGAGGTTTTCCTGTGTACCCGGTTGCTAGTTCCTCAATGTCAGTCGAGGCAGGTTTAAGGGTTGATGCTACACAAGGAGAAAGTGCATGTACACCTAGAGGTGAGGCTGTGGAGGTTATAAGCATTCTGGAAGCTGAGCAGAAAGCTAAAGAGGGCCCATA
TGCCTCCCATGTAAATGGTTCTCGATTAAATGTGAGCACCAGCAGTGGCACAGCAGATTCAATGAACATTGTTTCTGTTAAAGGTTGCTCTCCGTCAAGTGTCAAGAAGAAAGAGAATCTTGAAGGTAGACCTAGGAATGTAGAAGTTCCTCATCATGACAAATATTTCCCAGTTGATGCAGAGGATTGTGATGACCGCC
AAAGTCAACAGCATGGTTCTCTACTGAAAGATTTGAAGAAAGGTCAGTTTGCAGGACAAAGTGATTTGTTAATTACTGAAGATACTGCTGAAAAAATGGATAGCCAAGAGAAGAGGCAGAAGGATAGAAAAGAGAAGGAAGCGAGGAAAGACCGTAAGAGAAAGAGAGAAAAAGAGAAGCATAAGGATGGAAATGATGGC
CATAGTAAACATCGACATGACAGGCATAATGATCCAGAGTATCTTGAGCGGAAAAGGCGAAAGAAAGAGCAGAGGCGGCATGAGAAGGGGCAATCACAAGTTCAAAAACTTGTGAATAGAGAGTCCTCAGCTGATGCACAGAAACCAGAGTCCAGTTCTAAGCAGAGAAGACCAGAACCAACAGAAGCAAACTCTCTACA
GAGGTTTACTGAAACTGCTGAAACTAGTTCTGTGCAGAGTAGGTTCGAAAGAAAAGATGCTAGTTCTATACAAAGGTTAAATGAAACCACAGAAACTAGTTCGTTACAAAGGATCCGAATAAAAATAAAAAATAGGGGAAGTTCGAATTGTTAACTTGCGATTGTTAAATCTTATCACTTTATTGCCCCAGCCTATGTCC
ATTTCATATAAAGTTTCACTTAGAGCGCTTTTTCAACTTTACCTGTATCAATAGTCATAGCACCTTCCCCATCTTCTAACTCATGCCTGCCCCGTTTATTACAAGCTTTTAGATATCATATCATTCTTTATGTAGCATAAGTAGCTTTGTTGCTATTCAAGCTACTTTGTAGTCTTTCCAATCAAGTGTATGATACCGCA
ATTCAGTAATGTAAAAAGGCATTCTTTGCTCAGTTTCCTAATTTCCCA

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCTGGTCTACAACGATGTTGgtaatggtgttgcccttgtgttgagctgtcacctttctacaagtctgacaagtgatgtgtttttgtatggttatttgactttttcaacatttgtaagatcaaatgattcatttccttttaaacttttctgggtgttcagCTACGATCTCGAGTTTACTGTTGACTCTAAGTATGTTGCA
GTTAGCAACGGCACTCTTCTTTATCAGGTCATCAGCAAAGATGATCCACCCCGTAAAACATATGTGTACAGTGTGAATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCAC
CGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAG

Intron 6 GTTTAAGCTT ... TCTGTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A10	50	14	14	0

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

TTATGTATATTATTTTCTATATGTATTGCACTCAGTGCCATTTTGATATATTCACCCTTAGATGGTATATACATTAGCAGACTTTGCATATTTTGTCTCTAATGGTCTGAACTCTTTAAAATATTTTTTTTCCATTAAAAATTATAATTTTTATGTATTTTTAGTAAACCAAGATGTTAAATTCAAGCCGGTCATGGCTG
GCTCTGAGTCAGAGTCCGATTTTACCCTAGGCTGATTTTGAGTCTCAGTCCGAGTTTAAAACATTGATTTAAAATTTTATATGAATAAATGCTGCACTGTACTGTCAGTTCTGATGTCAGCCTCTCGGTGGTGGCTTTTATGTAATTAATTACCAACAATATCATAGGTTGACCTTTTGAGTTTCTGAATAACAGACATC
CATGATTTGCTAAGTTTTAGCCCTTTGTCTCTGTTTAAGGCATTGCTATGGTTTTCAATTTACATTACCTCTCTTATTCTTCGTTTGGAGAGCTGCTTGACCTTGGCAACTACCTTTGCTTCATCCATATGTATGAGTTGCTTAGTGCTATCTGAATGCTCTGCAATTGCTGAACTCTCAACGCGGTAATGAATGATATG
CACATTCTTCTTTTAACCTTTCTTGCATGGACTGACCAGTGTCTCAGCCATATGTTCATCCATGTAATGAAGAAATTGAGTAAACATCCTTCTGTTGTGTTGTATCCGAAGTCTTTGGAAGTGACTAGCTTACCATGTATAAGGTGTTTGGGGTTGCGAAGGCAACCTTGATTTATTTCCTTTTCAAGATCTATGAGTTT
TATCAGTGGCGCTTTTGATGTAAGGTAAAGTAACTCTAGGCTCTTCCATATTCCTGTTTCTTTGTATATCATGTCTTCCACGAGCCTTGTTGACATCCTTAATTCTTTGTTTGTTATGGCATCCATTGTCCTTGAAAATTGCAGAGAGCTGTTTCTTTTCCTGATTTAGATGATTTTCATCTGATATTGTGATTGCTCAG
GTGGCAAGAGTGGATATAATGCCAAAATTTTGTGCAGGATTGGGGTGAGAGTCAGCATACAGATATCTATCTGTATGTGCTTTCTTTCTATATCCTTGATGGGCTACAGATCCATTGTTTTTTTATTGACCAACACACCTTAAAAAAGCAGACCACTATCCTGTTGAATTTCCATTATGAACTTTATGCTTTCATATTTG
TGGTTAATAAGCTCAAGGAACTCATCCAGTCTTTATTTACCATGTCACTAGGTCACATTAATGTTGTCAACAGATCTCTTCCACACATTAGGTTTGAGTGGAGTGGTGTTGGTGGCTTATCTTTCCAGGTTATCCATGTATAGGTTGCCCACATTCAAGATAAAGGGGAGCCCATTGCAATACCCTCTAATTATTCATAA
ACTTCCCCGTGAAAACTGCATATGTATATTTCAAGCATATTCCATCCAATTCTGCTGTTTCTGGTTCCGTGATGGCTTGGATGACATCTATAGGTTGCCCATAGCAATGCTCTCTATTTATTTGTAAATTTCTTCACAAAAACTGAAGTATGTATATTTCAAGCATATTCAAACCAAGTCTGCAATTTCTGGTTCCGTGA
TGCCTTGGTTGAAATCTACCCTACTTTATTGGAAGTTTGGTGAATAGATATACTGCATCGAAGCTTACCAAAATGTCTTGCGCTTCCAGTTGAAGATCTTTGATATTTTCAACCAAGTGTGGAATTCTTTATGAAGGATGTTGTATTCCATGCAAGACCAATGAGCTGGTAGGTTGGCGACCCAATAGTGCTTACTATGT
GCCGCAATGAAATTCCCTCGTTATGAATCTTGGGTAGACCATAGATGTGGGCATAATGGCGCTACTTGCAGTCAATATTTTTTTTAAGCTATCCTCAAGGAGGAAGACTTTTTGGCATTTTGACCAGCTTTAAATACATAATGCGAGATCTCTCTCATAGTTTTCTTCACCATCTGTCTTTCTCTTAATTGAGCATTCCA
GGCTGAACGATAGACCTTGGATGAGAGGTATGAAATGTTGATGACACTAAACATATACAGGTCTTCCAAAAGCATTGCAGCATTGGTTTTTTTCTTTAGTGAAAATTTCTATCACAGTGATATTCAATTGGCTTTGGTGCCATGTATTGGCTCTGGTACCATACATCAAGTTTTTTAATTTCTCCATACACCAAGTCTCT
TGAATTTTATATGCAAATTCAGGTATGGATTCTACACCAATTCTATATGATGGATATTTGTTGCATTAGTTTTTTTCTTTAGTAAAAATTTCTATCACAGTGATATTCAATTGGCTTTGGTGCCATGCATCAAGTTTTTTAATTTCTCCATACACCAAGTCTCTTGAATTTTATATGCAAATTCAGGTATGGATTCTACA
CCAATTCTATATGATGGATATTTGTATCATTTTTGTTATATCTTGAATATATACAGTGTACAGGATCTCAGGACACTCTTCTGTTTAGATGTTTTAACATTTAGGTGTAACATACCTGTAATACTATTGCTGCAAAATTTTAGGTTGATAAATTAACTCCGGGTTTTAATGTAAACTATAAGAATGTTTCAAACTTGTTA
AGTTTTATGGTTAATTTTGAACTGTGCTCATTGATGGAACCTTAAATTTTAATTATAGATGTTTGAGTTGTTTAATTTCAGATTTTATTTTTATATATAGAAATTTGAAAGTTCTGTGGATCGATTGGTAATTGCAAAGTGATAAGTTTCTAAACATTGCATGGTGGTTTCTTTCTTGTTCTGGATTCCTACTTTCTTCT
TGCTTTTGTGGCTACAGTTTCGGCATCTTGCAAACAAAATTGGCAACTTGGAGAGGCCATTTCTGAAGGAATTCTTTCCTCGCTGGGTGGAGTCTTGTGGTTGCCCAGTTTTGAGGATGGGATTATCCTACAACAAGCGGCGTAATATGATTGAGTTAGCTGTTTTGCGGGGATGTACTTCTAATATGTGTTCAAATTCA
GCGCCTGCTAGAGGCACTGTTAATGGCGAGTTTCAATCAAGTGATGATGGTTGGCCAGGAATGATGAGTGTAAGAGTTTATGAACTTGATGGTATGTATGATCATCCAAGCTTGCCTATGGCTGGAGACACCTCTCAATTACTAGAAATACAATGCCATTCAAAGCTTGCTGCTCGTCGTATTCAACGCCCAAAGAAAGG
TGGCAAAGGTGATGGGTCAGATGATAACGGAGAAGTTACAGCAACTTTAGACTCACGAACGGGATTGGAATCTCCGTTACTGTGGTTGAGGGCAGATCCTGAGATGGAGTACTTGGCAGAGATAAAAGTACACCAACCTGTGCAGATGTGGATAAGTCAACTGGAAAAGGACAAGGATGTTGTTGCACAACTACAAGCAA
TTACAACATTGTGTAGTTTTCCACGATTGTCATTTCCAATTGTTAATGCTTTGAACAGCTGCCTTATTGATTCAAAGGTGTTCTGGAGAGTGAGGATCGAATCAGCATTTGCTTTAGCAAAAACAGCTACAGAGGTACACTGGCATCTGAAATATTGCTGCTGGAAGAATTTTCACCACTGCTGAAGTAGACGATGCATC
TGCAACTACTACCGATATTGCCTCTGGTACCCTGGAAATTGCCACCTCTCTATTGTGCCTTACTCATCACAGCATGCCATTTACCTACTGAAGAAAATTATTGGCTATCCTTATCACTTATAACAATGCTGTCACAAAGAGATCTGTTAGACTGTTGCAATGAGAGTGTCTAACCATCTTCATGTAGAGTTGTATCATGT
AGAGTTGTCTAACCAATATCAACTTTTACTATTTCTTGAGTCGTTTTGTTTTACTGCACCTGCATTTCTAGAATTCAATTTTCTAATCCTTTTTCCTAAGCATGACAATGTTTTCCATTTCATTACAATATAATTTTTGTCAGGTTCTCCTACCTATATACCTTTTTTCTTTAGTGGTTGGTGATTCACTCTGAGATGAG
ATCGAATAGTTCTATTACTGGCTGCAATAAATCCTTCATCATAAGCATAAATGTTACCAAGGTCATCCGTGGTGTCATGATCAGATGCTATTCTCTGTTCATTTTTCATCCATCTGTCTTGGCATGATCTGTATCCCTCACACATTTTATATGGTAATTTTTACTTAAAAACTTTCTAGTGGAATAATGTTGCGATGTCC
TTGCAGTAGTAGGAAATTCCATTCCTTTTACAAGACTCATAACTTGAGGTGGCGGTTCTCAATCCTCAATATTTTCTTAAGCCC

>TRINITY_DN131196_c0_g3_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGCAGTTCTCTGCATACAAATAATCAGCTAAGGCGAGCACGCTGCTGGTTTCCATGTATTGACTCTGGTCTACAACGATGTTGCTACGATCTCGAGTTTACTGTTGACTCTAAGTATGTTGCAGTTAGCAACGGCACTCTTCTTTATCAGGTCATCAGCAAAGATGATCCACCCCGTAAAACATATGTGTACAGTGTGA
ATGTCCCAGTTGCTGCAGAATTCATAACATTGGCAGTTGCCCCTTTCGAGGTGCTTCCGGATCGTCATAATGGGGTTATTTCCCATATGTGCATGCCTTCAGATCTTTCAAAGCTGCATTGCACCGTGAGCTTCTTCCATAATGTATTCAGCTTTTATGAGGAGTATCTTGCTGCAACTTTTCCGTTTGGATCATATACG
CAAGTCTTCATTGATTCTGAAACTGCATTATCGTCTACCTGTGTTGGTGCTTCCGTATCCATTTTCAGTTCTCATTTGTTGTATGATGAACGAGTTATTGACCAGGTCATCAGCACCAGAATCAAACTGGCTTATGCCTTAGCACAACAATGGTTTGGAATTTATATCACAGCCGAGACATCTAATGATGGGTGGTTATT
GGATGGTCTTGCTGGTTTTCTAACGGATTGCTTCATAAAGCGTTTTCTTGGCAATAATGAGGCTCGGTACCGCCGCTACAAGGCGAATGAGGCAGTTTGCAAAGTTGATGTTGATGGAGCCACTGCTCTTAGTTTATCTGTAGCTGCAGCTGAGTTATATGGGACACAGGCACTTGGTGTGTTGGGCAAAATTCGGTCAT
GGAAGGCTGTTGCGATTCTTCAGATGTTAGAGAAACAAATGGGTCCTGAGTCTTTTCGCAAGATTTTACAAAGAATTGTGCATAAAGCGGAGGATGCCATTCGTGCATCCAGAACTCTGAGTTCAAAAGAGTTTCGGCATCTTGCAAACAAAATTGGCAACTTGGAGAGGCCATTTCTGAAGGAATTCTTTCCTCGCTGG
GTGGAGTCTTGTGGTTGCCCAGTTTTGAGGATGGGATTATCCTACAACAAGCGGCGTAATATGATTGAGTTAGCTGTTTTGCGGGGATGTACTTCTAATATGTGTTCAAATTCAGCGCCTGCTAGAGGCACTGTTAATGGCGAGTTTCAATCAAGTGATGATGGTTGGCCAGGAATGATGAGTGTAAGAGTTTATGAACT
TGATGGTATGTATGATCATCCAAGCTTGCCTATGGCTGGAGACACCTCTCAATTACTAGAAATACAATGCCATTCAAAGCTTGCTGCTCGTCGTATTCAACGCCCAAAGAAAGGTGGCAAAGGTGATGGGTCAGATGATAACGGAGAAGTTACAGCAACTTTAGACTCACGAACGGGATTGGAATCTCCGTTACTGTGGT
TGAGGGCAGATCCTGAGATGGAGTACTTGGCAGAGATAAAAGTACACCAACCTGTGCAGATGTGGATAAGTCAACTGGAAAAGGACAAGGATGTTGTTGCACAACTACAAGCAATTACAACATTGTGTAGTTTTCCACGATTGTCATTTCCAATTGTTAATGCTTTGAACAGCTGCCTTATTGATTCAAAGGTGTTCTGG
AGAGTGAGGATCGAATCAGCATTTGCTTTAGCAAAAACAGCTACAGAGgtttaagcttctctctcaattgtgttccttcgaatagtcatgacccttgtgtactataaatataacattcttcttgattgaatgccactgtatcttgtgatgttcacatttatcatatgtcttctttctgttttttggactatatggcattg
tgcctttgcccatgagttcctatagtattgtgtaactactgtaaggtatgtcccaagtggcatcggagctaagtctggtttccaccctgtggccattgttactattgggaataaaatttccttgccaagcttttttctggtagccaataatttcattaaactatttatagtagaaaccaaaacataaaagcatgaagatc
ttccactcgaacagcaagaagtcttatcagaagagttgatttaggtacatgtggaaataataagtcccaaacaatgtacattaatcatcagtcatttatagccagttcagatcaaagaaaatttgcctgttcactgctgttactactatttatttccttaagctgttaatagataccagaaacagaaccattgccatttt
cacagcttgcaatggctgggggagtcaatcaaggctatagtaaagtttctcttacttgtctgttgaagGTACACTGGCATCTGAAATATTGCTGCTGGAAGAATTTTCACCACTGCTGAAGTAGACGATGCATCTGCAACTACTACCGATATTGCCTCTGGTACCCTGGAAATTGCCACCTCTCTATTGTGCCTTACTCA
TCACAGCATGCCATTTACCTACTGAAGAAAATTATTGGCTATCCTTATCACTTATAACAATGCTGTCACAAAGAGATCTGTTAGACTGTTGCAATGAGAGTGTCTAACCATCTTCATGTAGAGTTGTATCATGTAGAGTTGTCTAACCAATATCAACTTTTACTATTTCTTGAGTCGTTTTGTTTTACTGCACCTGCATT
TCTAGAATTCAATTTTCTAATCCTTTTTCCTAAGCATGACAATGTTTTCCATTTCATTACAATATAATTTTTGTCAGGTTCTCCTACCTATATACCTTTTTTCTTTAGTGGTTGGTGATTCACTCTGAGATGAGATCGAATAGTTCTATTACTGGCTGCAATAAATCCTTCATCATAAGCATAAATGTTACCAAGGTCAT
CCGTGGTGTCATGATCAGATGCTATTCTCTGTTCATTTTTCATCCATCTGTCTTGGCATGATCTGTATCCCTCACACATTTTATATGGTAATTTTTACTTAAAAACTTTCTAGTGGAATAATGTTGCGATGTCCTTGCAGTAGTAGGAAATTCCATTCCTTTTACAAGACTCATAACTTGAGGTGGCGGTTCTCAATCCT
CAATATTTTCTTAAGCCC