sp|Q9C565|RRG_ARATH ----> Protein RETARDED ROOT GROWTH, mitochondrial
Intron 1 GTTGATGGTA ... TTTTTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.55 | 43 | 166 | 131 |
| A2 | 70.95 | 52 | 146 | 108 |
| A3 | 70.56 | 58 | 169 | 109 |
| A4 | 75.38 | 40 | 153 | 92 |
| A5 | 74.07 | 21 | 56 | 64 |
| A6 | 74.43 | 96 | 296 | 263 |
| A7 | 72.43 | 166 | 488 | 384 |
| A8 | 71.53 | 124 | 341 | 282 |
| A9 | 75.74 | 127 | 475 | 318 |
| A10 | 72.41 | 128 | 373 | 299 |
>TRINITY_DN43537_c0_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoformGCTTTTTGAGGCAAGAAAGGATGTTGGTGTCATAGCCTCGTTTTGGCTCTCATATTGGTCTTACTTGGAGTTTTCCTCTGTATTTGTGTCTCCATCAATATCCGTCTCTAGCAGCATATATTTCAAATTATGCTGTAGTGGAGAAGCCATCTTTGGAGACATGGATGCAAGGTGGTCCAGACTATATAGTTCTGAAGAGA
TTGGATATTGATGGAATTCGTATCATTGGAAGTGTGCTTGGACAAAGTATTGCACTTGACCATTTTGTTCGACAGGTCAGATATTGCCTGGAAAAATGCAAACTATGCACAAATTTGGGAGTATCTTCGAGATGAGTATGAGCTAACCCAGCGGTTTGGGAGTTTGGACTTTAAACTCAAGTTTGTAGAGGTCTCAGGAG
ATCTATCCTTAATAAAATGTGTTTCTCTCTTTCATTATGAATTTTGAGTTCAATTCAGAATTGATCTGATTGTGTCCTTGTTCTGCAGCATAATGTTCGCTTTTTTCTGGAAATACTGCAAAATAGAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAGTGCAGAGATAGTTATTGCTATCTATAACATTG
TTCGGGAGACTGTATAACATTGTTCAGGAGGTTGAAATATCTCCAATATAACGCATTGAGGTGACAGATGTAGATGGAACAGGGCTGGACGGATCAAATATACTGTTGCTTAACGAAATGAAGCCCATCAAATTCAGTGGATTGCGGCAAGTCAATGGCAGGTCAACACTTGGGAATTATAAGCAATTTTGATGCTGTAC
TTGCTAATTGTTAGCTTCACTTCCCAGAACACTATCCTTCTTTAGTGTTCAAGTTTTGGTACAATTTTTAATGTGCGACTGTGTTTCTTTGTCTATATGTACTCTATTTGATTATGTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGTAAAAGTTGTTTCACATGACATGCGTAAGTTCTGGT
ACAAATTTTAATGGGCAATTGTGTTTCCTTGTCTATATGTTCTCTATTTGATTATGTAAAATGCAACATACAATTAAATTCCAGTGCTGCTCTTTTGAAGTGGGTAAAAGTTAGGTATACTATTGAGCCAATTCTAGTACGTCATGCTAAAACTACTTTGAACTATGCTTTAAAATGACGACAAATTTTGTTAATATCTG
TG
>TRINITY_DN43537_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:GGGAAAGGGAAAGAGCCGCCTAGTAGTTAAAAGCAGGGAACATATTTGCAGAGAGCCGATTGCGCAGAAGAGTATATGCGGCGGAGAAGGCGAGCATTGCGAACAAAAAGCCATGCTTGCTTACTCTGCAAGAGCCGGACTCAGGCCGACGCTTGGCGCCTTTTGTCCCACGCGCCTGGTCTCATGCCACGGGACCAAAG
GGTTCAAGCGCTTTAAATTCTTCACCACCGTCAGCAGCATTGGTTCGGTTCCTGTCCGCGACAAAGGGCTCCCCAGATGCTATTCCCTGCGCTGGGGAAATTACAGTGCCTGCCGTGCAAAGTTGCGGCCCGGCCGTGTCAGATTCTCGTCTTCGTTCGCGGCCATAGATGAGGTCGACTCGAACGATTCAGCGGGAGAG
AAAAAAATGGCCGTTGAGGTGATCCGCGAGTCCGTAACTGGAGTCCAGCATGAAGAACACACTAAATATATTCCTGTCAAGGCCTTCTTCTTGTCCACCAGTGTGGATTTGAAGAGTTTGCAGGTTGAGCATTTCTTCGACATTGTGCCCTCTACGACACGAAATGCAAACTATACCATACTCAAATACAGCACTCCTTT
ACAGCAGCATACATCTCATGTAGTTTCAAACGACATTGGAAAGAGAAGGGAGTCTTGGAGCAATTGCCATTACATGGTAGTCTTCCAATATGGATCTGTTGTATTGTTTAACATTGCTGATCATGAAGAAGAAGGATATCTACAAATTGCCAAAAAATATGCTTCGGGTTTGCTTTTTGAGGCAAGAAAGGATGATTATG
CTGTAGTGGAGAAGCCATCTTTGGAGACATGGATGCAAGGTGGTCCAGACTATATAGTTCTGAAGAGATTGGATATTGATGGAATTCGTATCATTGGAAGTGTGCTTGGACAAAGTATTGCACTTGACCATTTTGTTCGACAGgttgatggtatggtggcagagtttacagatttaaatcgaggaatggaaaaaactggc
acatttaccatgaagcaggagaaactctttcaacttgtcgggaaggcaaattccaatcttgctgatgtaattcttaaacttggtctttttgaaagGTCAGATATTGCCTGGAAAAATGCAAACTATGCACAAATTTGGGAGTATCTTCGAGATGAGTATGAGCTAACCCAGCGGTTTGGGAGTTTGGACTTTAAACTCAA
GTTTGTAGAGGTCTCAGGAGATCTATCCTTAATAAAATGTGTTTCTCTCTTTCATTATGAATTTTGAGTTCAATTCAGAATTGATCTGATTGTGTCCTTGTTCTGCAGCATAATGTTCGCTTTTTTCTGGAAATACTGCAAAATAGAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAGTGCAGAGATAGT
TATTGCTATCTATAACATTGTTCGGGAGACTGTATAACATTGTTCAGGAGGTTGAAATATCTCCAATATAACGCATTGAGGTGACAGATGTAGATGGAACAGGGCTGGACGGATCAAATATACTGTTGCTTAACGAAATGAAGCCCATCAAATTCAGTGGATTGCGGCAAGTCAATGGCAGGTCAACACTTGGGAATTAT
AAGCAATTTTGATGCTGTACTTGCTAATTGTTAGCTTCACTTCCCAGAACACTATCCTTCTTTAGTGTTCAAGTTTTGGTACAATTTTTAATGTGCGACTGTGTTTCTTTGTCTATATGTACTCTATTTGATTATGTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGTAAAAGTTGTTTCACA
TGACATGCGTAAGTTCTGGTACAAATTTTAATGGGCAATTGTGTTTCCTTGTCTATATGTTCTCTATTTGATTATGTAAAATGCAACATACAATTAAATTCCAGTGCTGCTCTTTTGAAGTGGGTAAAAGTTAGGTATACTATTGAGCCAATTCTAGTACGTCATGCTAAAACTACTTTGAACTATGCTTTAAAATGACG
ACAAATTTTGTTAATATCTGTG
Intron 2 GTATCTTCTA ... AACTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.41 | 166 | 38 | 32 |
| A2 | 16.67 | 145 | 45 | 13 |
| A3 | 16.54 | 169 | 44 | 23 |
| A4 | 17.74 | 153 | 40 | 26 |
| A5 | 20.57 | 56 | 20 | 9 |
| A6 | 16.38 | 296 | 67 | 49 |
| A7 | 14.69 | 488 | 123 | 45 |
| A8 | 17.03 | 341 | 90 | 50 |
| A9 | 14.65 | 475 | 97 | 66 |
| A10 | 15.23 | 373 | 87 | 47 |
>TRINITY_DN101893_c1_g1_i8 from sample A5 / Example spliced isoformGGGAAAGGGAAAGAGCCGCCTAGTAGTTAAAAGCAGGGAACATATTTGCAGAGAGCCGATTGCGCAGAAGAGTATATGCGGCGGAGAAGGCGAGCATTGCGAACAAAAAGCCATGCTTGCTTACTCTGCAAGAGCCGGACTCAGGCCGACGCTTGGCGCCTTTTGTCCCACGCGCCTGGTCTCATGCCACGGGACCAAAG
GGTTCAAGCGCTTTAAATTCTTCACCACCGTCAGCAGCATTGGTTCGGTTCCTGTCCGCGACAAAGGGCTCCCCAGATGCTATTCCCTGCGCTGGGGAAATTACAGTGCCTGCCGTGCAAAGTTGCGGCCCGGCCGTGTCAGATTCTCGTCTTCGTTCGCGGCCATAGATGAGGTCGACTCGAACGATTCAGCGGGAGAG
AAAAAAATGGCCGTTGAGGTGATCCGCGAGTCCGTAACTGGAGTCCAGCATGAAGAACACACTAAATATATTCCTGTCAAGGCCTTCTTCTTGTCCACCAGTGTGGATTTGAAGAGCTTGCAGGTTGAGCATTTCTTCGACATTGTGCCCTCTACGACACGAAATGCAAACTATACCATACTCAAATACAGCACTCCTTT
ACAGCAGCATACATCTCATGTAGTTTCAAACGACATTGGAAAGAGAAGGGAGTCTTGGAGCAATTGCCATTACATGGTAGTCTTCCAATATGGATCTGTTGTATTGTTTAACATTGCTGATCATGAAGAAGAAGGATATCTACAAATTGCCAAAAAATATGCTTCGGGTTTGCTTTTTGAGGCAAGAAAGGATGATTATG
CTGTAGTGGAGAAGCCATCTTTGGAGACATGGATGCAAGGTGGTCCAGACTATATAGTTCTGAAGAGATTGGATATTGATGGAATTCGTATCATTGGAAGTGTGCTTGGACAAAGTATTGCACTTGACCATTTTGTTCGACAGGTTGATGGTATGGTGGCAGAGTTTACAGATTTAAATCGAGGAATGGAAAAAACTGGC
ACATTTACCATGAAGCAGGAGAAACTCTTTCAACTTGTCGGGAAGGCAAATTCCAATCTTGCTGATGTAATTCTTAAACTTGGTCTTTTTGAAAGGTCAGATATTGCCTGGAAAAATGCAAACTATGCACAAATTTGGGAGTATCTTCGAGATGAGTATGAGCTAACCCAGCGGTTTGGGAGTTTGGACTTTAAACTCAA
GTTTGTAGAGCATAATGTTCGCTTTTTTCTGGAAATACTGCAAAATAGAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAGTGCAGAGATAGTTATTGCTATCTATAACATTGTTCGGGAGACTGTATAACATTGTTCAGGAGGTTGAAATATCTCCAATATAACGCATTGAGGTGACAGATGTAGATGGA
ACAGGGCTGGACGGATCAAATATACTGTTGCTTAACGAAATGAAGCCCATCAAATTCAGTGGATTGCGGCAAGTCAATGGCAGGTCAACACTTGGGAATTATAAGCAATTTTGATGCTGTACTTGCTAATTGTTAGCTTCACTTCCCAGAACACTATCCTTCTTTAGTGTTCAAGTTTTGGTACAATTTTTAATGTGCGA
CTGTGTTTCTTTGTCTATATGTACTCTATTTGATTATGTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGT
>TRINITY_DN101893_c1_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:GGGAAAGGGAAAGAGCCGCCTAGTAGTTAAAAGCAGGGAACATATTTGCAGAGAGCCGATTGCGCAGAAGAGTATATGCGGCGGAGAAGGCGAGCATTGCGAACAAAAAGCCATGCTTGCTTACTCTGCAAGAGCCGGACTCAGGCCGACGCTTGGCGCCTTTTGTCCCACGCGCCTGGTCTCATGCCACGGGACCAAAG
GGTTCAAGCGCTTTAAATTCTTCACCACCGTCAGCAGCATTGGTTCGGTTCCTGTCCGCGACAAAGGGCTCCCCAGATGCTATTCCCTGCGCTGGGGAAATTACAGTGCCTGCCGTGCAAAGTTGCGGCCCGGCCGTGTCAGATTCTCGTCTTCGTTCGCGGCCATAGATGAGGTCGACTCGAACGATTCAGCGGGAGAG
AAAAAAATGGCCGTTGAGGTGATCCGCGAGTCCGTAACTGGAGTCCAGCATGAAGAACACACTAAATATATTCCTGTCAAGGCCTTCTTCTTGTCCACCAGGTCTTTCTTTCCGTTCTTTAATCACTGCCAATAAGCATCTACAATAAGAGACTTAAAAGAGTCCCGGTTCTGATAAATGCGGTTTAAATGACGGCCGCG
AGTCCGTTTCTCTGTGAAAAATACGATTTTAAGAAAATTTGCGTGTGGATTTGAAGAGCTTGCAGGTTGAGCATTTCTTCGACATTGTGCCCTCTACGACACGAAATGCAAACTATACCATACTCAAATACAGCACTCCTTTACAGCAGCATACATCTCATGTAGTTTCAAACGACATTGGAAAGAGAAGGGAGTCTTGG
AGCAATTGCCATTACATGGTAGTCTTCCAATATGGATCTGTTGTATTGTTTAACATTGCTGATCATGAAGAAGAAGGATATCTACAAATTGCCAAAAAATATGCTTCGGGTTTGCTTTTTGAGGCAAGAAAGGATGATTATGCTGTAGTGGAGAAGCCATCTTTGGAGACATGGATGCAAGGTGGTCCAGACTATATAGT
TCTGAAGAGATTGGATATTGATGGAATTCGTATCATTGGAAGTGTGCTTGGACAAAGTATTGCACTTGACCATTTTGTTCGACAGgtatcttctaattttgtctgatatctgtgttgatgatgtaggatctccatgtttcaatatcttgtttttaaatgtaatagttgttcaaaattgatggaaaaacttttcagGTTGA
TGGTATGGTGGCAGAGTTTACAGATTTAAATCGAGGAATGGAAAAAACTGGCACATTTACCATGAAGCAGGAGAAACTCTTTCAACTTGTCGGGAAGGCAAATTCCAATCTTGCTGATGTAATTCTTAAACTTGGTCTTTTTGAAAGGTCAGATATTGCCTGGAAAAATGCAAACTATGCACAAATTTGGGAGTATCTTC
GAGATGAGTATGAGCTAACCCAGCGGTTTGGGAGTTTGGACTTTAAACTCAAGTTTGTAGAGCATAATGTTCGCTTTTTTCTGGAAATACTGCAAAATAGAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAGTGCAGAGATAGTTATTGCTATCTATAACATTGTTCGGGAGACTGTATAACATTGTTCA
GGAGGTTGAAATATCTCCAATATAACGCATTGAGGTGACAGATGTAGATGGAACAGGGCTGGACGGATCAAATATACTGTTGCTTAACGAAATGAAGCCCATCAAATTCAGTGGATTGCGGCAAGTCAATGGCAGGTCAACACTTGGGAATTATAAGCAATTTTGATGCTGTACTTGCTAATTGTTAGCTTCACTTCCCA
GAACACTATCCTTCTTTAGTGTTCAAGTTTTGGTACAATTTTTAATGTGCGACTGTGTTTCTTTGTCTATATGTACTCTATTTGATTATGTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGT
Intron 3 GTAATTCTTA ... TTTTTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 79.44 | 37 | 155 | 131 |
| A2 | 87.13 | 16.5 | 113 | 109.8 |
| A3 | 77.06 | 34.8 | 121 | 112.7 |
| A4 | 77.93 | 29 | 111 | 93.8 |
| A5 | 81.25 | 15 | 66 | 64 |
| A6 | 75.74 | 91.7 | 289.9 | 283 |
| A7 | 78.7 | 108.5 | 398.2 | 403.1 |
| A8 | 75.6 | 95.9 | 301.9 | 292 |
| A9 | 75.16 | 117.8 | 371.9 | 340.4 |
| A10 | 79.25 | 82.1 | 315 | 311.5 |
>TRINITY_DN107220_c1_g1_i17 from sample A3 / Example spliced isoformGGGAAAGGGAAAGAGCCGCCTAGTAGTTAAAAGCAGGGAACATATTTGCAGAGAGCCGATTGCGCAGAAGAGTATATGCGGCGGAGAAGGCGAGCATTGCGAACAAAAAGCCATGCTTGCTTACTCTGCAAGAGCCGGACTCAGGCCGACGCTTGGCGCCTTTTGTCCCACGCGCCTGGTCTCATGCCACGGGACCAAAG
GGTTCAAGCGCTTTAAATTCTTCACCACCGTCAGCAGCATTGGTTCGGTTCCTGTCCGCGACAAAGGGCTCCCCAGATGCTATTCCCTGCGCTGGGGAAATTACAGTGCCTGCCGTGCAAAGTTGCGGCCCGGCCGTGTCAGATTCTCGTCTTCGTTCGCGGCCATAGATGAGGTCGACTCGAACGATTCAGCGGGAGAG
AAAAAAATGGCCGTTGAGGTGATCCGCGAGTCCGTAACTGGAGTCCAGCATGAAGAACACACTAAATATATTCCTGTCAAGGCCTTCTTCTTGTCCACCAGTGTGGATTTGAAGAGCTTGCAGGTTGAGCATTTCTTCGACATTGTGCCCTCTACGACACGAAATGCAAACTATACCATACTCAAATACAGCACTCCTTT
ACAGCAGCATACATCTCATGTAGTTTCAAACGACATTGGAAAGAGAAGGGAGTCTTGGAGCAATTGCCATTACATGGTAGTCTTCCAATATGGATCTGTTGTATTGTTTAACATTGCTGATCATGAAGAAGAAGGATATCTACAAATTGCCAAAAAATATGCTTCGGGTTTGCTTTTTGAGGCAAGAAAGGATGATTATG
CTGTAGTGGAGAAGCCATCTTTGGAGACATGGATGCAAGGTGGTCCAGACTATATAGTTCTGAAGAGATTGGATATTGATGGAATTCGTATCATTGGAAGTGTGCTTGGACAAAGTATTGCACTTGACCATTTTGTTCGACAGGTTGATGGTATGGTGGCAGAGTTTACAGATTTAAATCGAGGAATGGAAAAAACTGGC
ACATTTACCATGAAGCAGGAGAAACTCTTTCAACTTGTCGGGAAGGCAAATTCCAATCTTGCTGATGTCAGATATTGCCTGGAAAAATGCAAACTATGCACAAATTTGGGAGTATCTTCGAGATGAGTATGAGCTAACCCAGCGGTTTGGGAGTTTGGACTTTAAACTCAAGTTTGTAGAGCATAATGTTCGCTTTTTTC
TGGAAATACTGCAAAATAGAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAGTGCAGAGATAGTTATTGCTATCTATAACATTGTTCGGGAGACTGTATAACATTGTTCAGGAGGTTGAAATATCTCCAATATAACGCATTGAGGTGACAGATGTAGATGGAACAGGGCTGGACGGATCAAATATACTGTT
GCTTAACGAAATGAAGCCCATCAAATTCAGTGGATTGCGGCAAGTCAATGGCAGGTCAACACTTGGGAATTATAAGCAATTTTGATGCTGTACTTGCTAATTGTTAGCTTCACTTCCCAGAACACTATCCTTCTTTAGTGTTCAAGTTTTGGTACAATTTTTAATGTGCGACTGTGTTTCTTTGTCTATATGTACTCTAT
TTGATTATGTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGTAAAAGTTGTTTCACATGACATGCGTAAGTTCTGG
>TRINITY_DN107220_c1_g1_i12 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGGAAAGGGAAAGAGCCGCCTAGTAGTTAAAAGCAGGGAACATATTTGCAGAGAGCCGATTGCGCAGAAGAGTATATGCGGCGGAGAAGGCGAGCATTGCGAACAAAAAGCCATGCTTGCTTACTCTGCAAGAGCCGGACTCAGGCCGACGCTTGGCGCCTTTTGTCCCACGCGCCTGGTCTCATGCCACGGGACCAAAG
GGTTCAAGCGCTTTAAATTCTTCACCACCGTCAGCAGCATTGGTTCGGTTCCTGTCCGCGACAAAGGGCTCCCCAGATGCTATTCCCTGCGCTGGGGAAATTACAGTGCCTGCCGTGCAAAGTTGCGGCCCGGCCGTGTCAGATTCTCGTCTTCGTTCGCGGCCATAGATGAGGTCGACTCGAACGATTCAGCGGGAGAG
AAAAAAATGGCCGTTGAGGTGATCCGCGAGTCCGTAACTGGAGTCCAGCATGAAGAACACACTAAATATATTCCTGTCAAGGCCTTCTTCTTGTCCACCAGTGTGGATTTGAAGAGCTTGCAGGTTGAGCATTTCTTCGACATTGTGCCCTCTACGACACGAAATGCAAACTATACCATACTCAAATACAGCACTCCTTT
ACAGCAGCATACATCTCATGTAGTTTCAAACGACATTGGAAAGAGAAGGGAGTCTTGGAGCAATTGCCATTACATGGTAGTCTTCCAATATGGATCTGTTGTATTGTTTAACATTGCTGATCATGAAGAAGAAGGATATCTACAAATTGCCAAAAAATATGCTTCGGGTTTGCTTTTTGAGGCAAGAAAGGATGATTATG
CTGTAGTGGAGAAGCCATCTTTGGAGACATGGATGCAAGGTGGTCCAGACTATATAGTTCTGAAGAGATTGGATATTGATGGAATTCGTATCATTGGAAGTGTGCTTGGACAAAGTATTGCACTTGACCATTTTGTTCGACAGGTTGATGGTATGGTGGCAGAGTTTACAGATTTAAATCGAGGAATGGAAAAAACTGGC
ACATTTACCATGAAGCAGGAGAAACTCTTTCAACTTGTCGGGAAGGCAAATTCCAATCTTGCTGATgtaattcttaaacttggtctttttgaaagGTCAGATATTGCCTGGAAAAATGCAAACTATGCACAAATTTGGGAGTATCTTCGAGATGAGTATGAGCTAACCCAGCGGTTTGGGAGTTTGGACTTTAAACTCAA
GTTTGTAGAGCATAATGTTCGCTTTTTTCTGGAAATACTGCAAAATAGAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAGTGCAGAGATAGTTATTGCTATCTATAACATTGTTCGGGAGACTGTATAACATTGTTCAGGAGGTTGAAATATCTCCAATATAACGCATTGAGGTGACAGATGTAGATGGA
ACAGGGCTGGACGGATCAAATATACTGTTGCTTAACGAAATGAAGCCCATCAAATTCAGTGGATTGCGGCAAGTCAATGGCAGGTCAACACTTGGGAATTATAAGCAATTTTGATGCTGTACTTGCTAATTGTTAGCTTCACTTCCCAGAACACTATCCTTCTTTAGTGTTCAAGTTTTGGTACAATTTTTAATGTGCGA
CTGTGTTTCTTTGTCTATATGTACTCTATTTGATTATGTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGTAAAAGTTGTTTCACATGACATGCGTAAGTTCTGG
Intron 4 GTCTCAGGAG ... TGTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.03 | 57 | 6.2 | 33.5 |
| A2 | 31.35 | 80.7 | 6.5 | 36.8 |
| A3 | 25.13 | 80.5 | 14.7 | 27 |
| A4 | 35.82 | 43 | 1 | 24 |
| A5 | 25.15 | 20.8 | 4.4 | 7 |
| A6 | 32.47 | 351.5 | 22.2 | 169 |
| A7 | 30.03 | 451 | 34.3 | 193.5 |
| A8 | 37.07 | 468.4 | 33.8 | 275.8 |
| A9 | 34.22 | 442.3 | 21 | 230 |
| A10 | 29.45 | 278 | 33.5 | 116 |
>TRINITY_DN116678_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGGGAAAGAGCCGCCTAGTAGTTAAAAGCAGGGAACATATTTGCAGAGAGCCGATTGCGCAGAAGAGTATATGCGGCGGAGAAGGCGAGCATTGCGAACAAAAAGCCATGCTTGCTTACTCTGCAAGAGCCGGACTCAGGCCGACGCTTGGCGCCTTTTGTCCCACGCGCCTGGTCTCATGCCACGGGACCAAAGGGTTCA
AGCGCTTTAAATTCTTCACCACCGTCAGCAGCATTGGTTCGGTTCCTGTCCGCGACAAAGGGCTCCCCAGATGCTATTCCCTGCGCTGGGGAAATTACAGTGCCTGCCGTGCAAAGTTGCGGCCCGGCCGTGTCAGATTCTCGTCTTCGTTCGCGGCCATAGATGAGGTCGACTCGAACGATTCAGCGGGAGAGAAAAAA
ATGGCCGTTGAGGTGATCCGCGAGTCCGTAACTGGAGTCCAGCATGAAGAACACACTAAATATATTCCTGTCAAGGCCTTCTTCTTGTCCACCAGTGTGGATTTGAAGAGTTTGCAGGTTGAGCATTTCTTCGACATTGTGCCCTCTACGACACGAAATGCAAACTATACCATACTCAAATACAGCACTCCTTTACAGCA
GCATACATCTCATGTAGTTTCAAACGACATTGGAAAGAGAAGGGAGTCTTGGAGCAATTGCCATTACATGGTAGTCTTCCAATATGGATCTGTTGTATTGTTTAACATTGCTGATCATGAAGAAGAAGGATATCTACAAATTGCCAAAAAATATGCTTCGGGTTTGCTTTTTGAGGCAAGAAAGGATGATTATGCTGTAG
TGGAGAAGCCATCTTTGGAGACATGGATGCAAGGTGGTCCAGACTATATAGTTCTGAAGAGATTGGATATTGATGGAATTCGTATCATTGGAAGTGTGCTTGGACAAAGTATTGCACTTGACCATTTTGTTCGACAGGTTGATGGTATGGTGGCAGAGTTTACAGATTTAAATCGAGGAATGGAAAAAACTGGCACATTT
ACCATGAAGCAGGAGAAACTCTTTCAACTTGTCGGGAAGGCAAATTCCAATCTTGCTGATGTAATTCTTAAACTTGGTCTTTTTGAAAGGTCAGATATTGCCTGGAAAAATGCAAACTATGCACAAATTTGGGAGTATCTTCGAGATGAGTATGAGCTAACCCAGCGGTTTGGGAGTTTGGACTTTAAACTCAAGTTTGT
AGAGCATAATGTTCGCTTTTTTCTGGAAATACTGCAAAATAGAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAGTGCAGAGATAGTTATTGCTATCTATAACATTGTTCGGGAGACTGTATAACATTGTTCAGGAGGTTGAAATATCTCCAATATAACGCATTGAGGTGACAGATGTAGATGGAACAGGG
CTGGACGGATCAAATATACTGTTGCTTAACGAAATGAAGCCCATCAAATTCAGTGGATTGCGGCAAGTCAATGGCAGGTCAACACTTGGGAATTATAAGCAATTTTGATGCTGTACTTGCTAATTGTTAGCTTCACTTCCCAGAACACTATCCTTCTTTAGTGTTCAAGTTTTGGTACAATTTTTAATGTGCGACTGTGT
TTCTTTGTCTATATGTACTCTATTTGATTATGTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGTAAAAGTTGTTTCACATGACATGCGTAAGTTCTGGTACAAATTTTAATGGGCAATTGTGTTTCCTTGTCTATATGTTCTCTATTTGATTATGTAAAATGCAACATACAATTAAATTCCAG
TGCTGCTCTTTTGAAGTGGGTAAAAGTTAGGTATACTATTGAGCCAATTCTAGTACGTCATGCTAAAACTACTTTGAACTATGCTTTAAAATGACGACAAATTTTGTTAATATCTGTGACCACTTTTGTAAGTTAAT
>TRINITY_DN116678_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTAAACAGAATGGCCATCTAACTACAAAACACGCTGCAAAGTGCAGATATTTAAAGAAATTTGGAGAGTATTTTGTTACTATGTTTCAAGAATTAAATGTGATAAGACATATTAGTATTTCTAGGCTCAATCTTTTGTTTTTCCAATGGTACGTGCGATCTTGAGATTGCTTCTCTTTTCACAACAATTTATTATCTCC
TTAACCTCCAATGGGGCATTAATGGTTGGTTTGACAGGCTTAATTTTTTATTTTTTATTTTTTATTTCAGTGTTGTTCTGTGATCTATGATCACTGTTTTTGTTGGGTTTTTTATCTATTGCAAGTGGTTGTTGGAACAAATCATTGTTACTGATTATTCTATACTTGATGCCAATGGTTGTATAACCTGGGTGTGGAAA
GAGGGCACGCTGTTTATTCTTACACTATTTTATCGCACATCTATTCATTTGTTCCTTGCTGTTTCCAGTTTAGTCGTTATATCATTATAAGATTATCCAAGATAACTCTTATTTCATCAATGTTTGTTATCTAACAGAAAACCTTGTCTAGGTGTGAAGCTGGAGTCATGTTTGGGATACTCTGATCTTTGCAATAACTT
TTCTATTTTCAGACAGGATTTCAAGATCCCACAGTGGCTCTACTACTTGTCTCTCATACATTGATTTGGTATTGTGTGATCATGTGATAAATGAAAAAAACCTGATATGTCCCAATTAGTTTGCCATTTTATGCTGTCCTTGGTACAATCCCATATCATTCTATTTCCATCGAGACTTCTTGATGAGACAATGGCTGGAA
AAATCTATTTTCTCATTTCAAAACTTCAATCTCAAATAATATGAATCAAAATGACAGTTGTTTTAGTATCCTCTTGGTTGAATCTTGTTGTTTGCTTTGAATAGAAGGATATATTGGATGTCTATGTTATCACCGGCTATCATGTTTTGCTGCATCACTTTAATCTCCTTTGCTCCCTCTTAATTGTTCCAGGTCAGATA
TTGCCTGGAAAAATGCAAACTATGCACAAATTTGGGAGTATCTTCGAGATGAGTATGAGCTAACCCAGCGGTTTGGGAGTTTGGACTTTAAACTCAAGTTTGTAGAGgtctcaggagatctatccttaataaaatgtgtttctctctttcattatgaattttgagttcaattcagaattgatctgattgtgtccttgttc
tgcagCATAATGTTCGCTTTTTTCTGGAAATACTGCAAAATAGAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAGTGCAGAGATAGTTATTGCTATCTATAACATTGTTCGGGAGACTGTATAACATTGTTCAGGAGGTTGAAATATCTCCAATATAACGCATTGAGGTGACAGATGTAGATGGAACAGG
GCTGGACGGATCAAATATACTGTTGCTTAACGAAATGAAGCCCATCAAATTCAGTGGATTGCGGCAAGTCAATGGCAGGTCAACACTTGGGAATTATAAGCAATTTTGATGCTGTACTTGCTAATTGTTAGCTTCACTTCCCAGAACACTATCCTTCTTTAGTGTTCAAGTTTTGGTACAATTTTTAATGTGCGACTGTG
TTTCTTTGTCTATATGTACTCTATTTGATTATGTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGTAAAAGTTGTTTCACATGACATGCGTAAGTTCTGGTACAAATTTTAATGGGCAATTGTGTTTCCTTGTCTATATGTTCTCTATTTGATTATGTAAAATGCAACATACAATTAAATTCCA
GTGCTGCTCTTTTGAAGTGGGTAAAAGTTAGGTATACTATTGAGCCAATTCTAGTACGTCATGCTAAAACTACTTTGAACTATGCTTTAAAATGACGACAAATTTTGTTAATATCTGTGACCACTTTTGTAAGTTAAT
Intron 5 GTCTCAGGAG ... TGCAAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 67.9 | 26 | 3 | 55 |
| A2 | 63.3 | 40 | 1 | 69 |
| A3 | 53.68 | 44 | 3 | 51 |
| A4 | 65.67 | 23 | 1 | 44 |
| A5 | 54.17 | 11 | 0 | 13 |
| A6 | 62.12 | 211 | 3 | 346 |
| A7 | 59.76 | 264 | 5 | 392 |
| A8 | 64.2 | 295 | 11 | 529 |
| A9 | 65.09 | 221 | 4 | 412 |
| A10 | 60.29 | 139 | 3 | 211 |
>TRINITY_DN98041_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformGAAGTTTTGTCCGGTGGGAGGGAAAGGGAAAGAGCCGCCTAGTAGTTAAAAGCAGGGAACATATTTGCAGAGAGCCGATTGCGCAGAAGAGTATATGCGGCGGAGAAGGCGAGCATTGCGAACAAAAAGCCATGCTTGCTTACTCTGCAAGAGCCGGACTCAGGCCGACGCTTGGCGCCTTTTGTCCCACGCGCCTGGTC
TCATGCCACGGGACCAAAGGGTTCAAGCGCTTTAAATTCTTCACCACCGTCAGCAGCATTGGTTCGGTTCCTGTCCGCGACAAAGGGCTCCCCAGATGCTATTCCCTGCGCTGGGGAAATTACAGTGCCTGCCGTGCAAAGTTGCGGCCCGGCCGTGTCAGATTCTCGTCTTCGTTCGCGGCCATAGATGAGGTCGACTC
GAACGATTCAGCGGGAGAGAAAAAAATGGCCGTTGAGGTGATCCGCGAGTCCGTAACTGGAGTCCAGCATGAAGAACACACTAAATATATTCCTGTCAAGGCCTTCTTCTTGTCCACCAGTGTGGATTTGAAGAGTTTGCAGGTTGAGCATTTCTTCGACATTGTGCCCTCTACGACACGAAATGCAAACTATACCATAC
TCAAATACAGCACTCCTTTACAGCAGCATACATCTCATGTAGTTTCAAACCAGGACATTGGAAAGAGAAGGGAGTCTTGGAGCAATTGCCATTACATGGTAGTCTTCCAATATGGATCTGTTGTATTGTTTAACATTGCTGATCATGAAGAAGAAGGATATCTACAAATTGCCAAAAAATATGCTTCGGGTTTGCTTTTT
GAGGCAAGAAAGGATGATTATGCTGTAGTGGAGAAGCCATCTTTGGAGACATGGATGCAAGGTGGTCCAGACTATATAGTTCTGAAGAGATTGGATATTGATGGAATTCGTATCATTGGAAGTGTGCTTGGACAAAGTATTGCACTTGACCATTTTGTTCGACAGGTTGATGGTATGGTGGCAGAGTTTACAGATTTAAA
TCGAGGAATGGAAAAAACTGGCACATTTACCATGAAGCAGGAGAAACTCTTTCAACTTGTCGGGAAGGCAAATTCCAATCTTGCTGATGTAATTCTTAAACTTGGTCTTTTTGAAAGGTCAGATATTGCCTGGAAAAATGCAAACTATGCACAAATTTGGGAGTATCTTCGAGATGAGTATGAGCTAACCCAGCGGTTTG
GGAGTTTGGACTTTAAACTCAAGTTTGTAGAGAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAGTGCAGAGATAGTTATTGCTATCTATAACATTGTTCGGGAGACTGTATAACATTGTTCAGGAGGTTGAAATATCTCCAATATAACGCATTGAGGTGACAGATGTAGATGGAACAGGGCTGGACGGAT
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ATATGTACTCTATTTGATTATGTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGTAAAAGTTGTTTCACATGACATGCGTAAGTTCTGGTACAAATTTTAATGGGCAATTGTGTTTCCTTGTCTATATGTTCTCTATTTGATTATGTAAAATGCAACATACAATTAAATTCCAGTGCTG
>TRINITY_DN98041_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTTTAAACTCAAGTTTGTAGAGgtctcaggagatctatccttaataaaatgtgtttctctctttcattatgaattttgagttcaattcagaattgatctgattgtgtccttgttctgcagcataatgttcgcttttttctggaaatactgcaaaatagAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAG
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Intron 6 GTTTGGGAGT ... GTTTGTAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.08 | 30 | 33.3 | 57 |
| A2 | 55.38 | 54 | 55 | 79.7 |
| A3 | 64.59 | 39 | 64.3 | 78.7 |
| A4 | 57.47 | 26 | 27.3 | 43 |
| A5 | 52.82 | 18 | 20.7 | 20.3 |
| A6 | 54.97 | 239 | 235.3 | 350 |
| A7 | 57.92 | 279 | 323 | 447.7 |
| A8 | 51.73 | 335 | 253 | 466.3 |
| A9 | 54.88 | 295 | 279.7 | 440 |
| A10 | 55.87 | 189 | 206.3 | 274.7 |
>TRINITY_DN107220_c1_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformGGGAAAGGGAAAGAGCCGCCTAGTAGTTAAAAGCAGGGAACATATTTGCAGAGAGCCGATTGCGCAGAAGAGTATATGCGGCGGAGAAGGCGAGCATTGCGAACAAAAAGCCATGCTTGCTTACTCTGCAAGAGCCGGACTCAGGCCGACGCTTGGCGCCTTTTGTCCCACGCGCCTGGTCTCATGCCACGGGACCAAAG
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AAATGAAGCCCATCAAATTCAGTGGATTGCGGCAAGTCAATGGCAGGTCAACACTTGGGAATTATAAGCAATTTTGATGCTGTACTTGCTAATTGTTAGCTTCACTTCCCAGAACACTATCCTTCTTTAGTGTTCAAGTTTTGGTACAATTTTTAATGTGCGACTGTGTTTCTTTGTCTATATGTACTCTATTTGATTAT
GTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGTAAAAGTTGTTTCACATGACATGCGTAAGTTCTGG
>TRINITY_DN107220_c1_g1_i12 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGGAAAGGGAAAGAGCCGCCTAGTAGTTAAAAGCAGGGAACATATTTGCAGAGAGCCGATTGCGCAGAAGAGTATATGCGGCGGAGAAGGCGAGCATTGCGAACAAAAAGCCATGCTTGCTTACTCTGCAAGAGCCGGACTCAGGCCGACGCTTGGCGCCTTTTGTCCCACGCGCCTGGTCTCATGCCACGGGACCAAAG
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ACAGCAGCATACATCTCATGTAGTTTCAAACGACATTGGAAAGAGAAGGGAGTCTTGGAGCAATTGCCATTACATGGTAGTCTTCCAATATGGATCTGTTGTATTGTTTAACATTGCTGATCATGAAGAAGAAGGATATCTACAAATTGCCAAAAAATATGCTTCGGGTTTGCTTTTTGAGGCAAGAAAGGATGATTATG
CTGTAGTGGAGAAGCCATCTTTGGAGACATGGATGCAAGGTGGTCCAGACTATATAGTTCTGAAGAGATTGGATATTGATGGAATTCGTATCATTGGAAGTGTGCTTGGACAAAGTATTGCACTTGACCATTTTGTTCGACAGGTTGATGGTATGGTGGCAGAGTTTACAGATTTAAATCGAGGAATGGAAAAAACTGGC
ACATTTACCATGAAGCAGGAGAAACTCTTTCAACTTGTCGGGAAGGCAAATTCCAATCTTGCTGATGTAATTCTTAAACTTGGTCTTTTTGAAAGGTCAGATATTGCCTGGAAAAATGCAAACTATGCACAAATTTGGGAGTATCTTCGAGATGAGTATGAGCTAACCCAGCGgtttgggagtttggactttaaactcaa
gtttgtagagCATAATGTTCGCTTTTTTCTGGAAATACTGCAAAATAGAAAGTCTGATTTCTTGGAGTGGCTTATCATAATATTGATAAGTGCAGAGATAGTTATTGCTATCTATAACATTGTTCGGGAGACTGTATAACATTGTTCAGGAGGTTGAAATATCTCCAATATAACGCATTGAGGTGACAGATGTAGATGGA
ACAGGGCTGGACGGATCAAATATACTGTTGCTTAACGAAATGAAGCCCATCAAATTCAGTGGATTGCGGCAAGTCAATGGCAGGTCAACACTTGGGAATTATAAGCAATTTTGATGCTGTACTTGCTAATTGTTAGCTTCACTTCCCAGAACACTATCCTTCTTTAGTGTTCAAGTTTTGGTACAATTTTTAATGTGCGA
CTGTGTTTCTTTGTCTATATGTACTCTATTTGATTATGTAAAATACGACATGCAATTAAATTCCAGTGCTGTTCTTTGGAAGTGGGTAAAAGTTGTTTCACATGACATGCGTAAGTTCTGG