sp|Q9LJE5|ECT2_ARATH ----> YTH domain-containing protein ECT2
Intron 1 GCAAGTTTTA ... TCCCCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.26 | 415 | 99 | 28 |
| A2 | 19.1 | 343 | 81 | 28.5 |
| A3 | 23.79 | 394 | 123 | 26 |
| A4 | 26.13 | 147 | 52 | 10 |
| A5 | 21.66 | 141 | 39 | 13.5 |
| A6 | 23.84 | 278 | 87 | 18 |
| A7 | 23.58 | 632 | 195 | 37.5 |
| A8 | 20.34 | 476 | 121.5 | 36.5 |
| A9 | 20.54 | 563 | 145.5 | 49 |
| A10 | 20.81 | 491 | 129 | 26 |
>TRINITY_DN103387_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformATCGCTTCAAATTAGGGTTACAAAAACAGCGTGGAAAATCAGAAAACCACTGGTTTGGGCATATCTTGTTTGGAATGGAGTGTGGTGGCTATTTGAGCGACTGATGTGGGGGTCAATATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCA
TTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAAACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCCAATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGCTAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGT
TTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGGGCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTACGCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTAGTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTC
TGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAACACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTATCCATTCCGTCGATACTGGTATTTCCTGTTCACCGTGATCTGTATTTCAGCTTGCAAGAACATGTTTACTTTTTTTGTTTACTACTTTTCTGTCAAGGGTTTCTAGGAGGGTTTTGATCTAG
GCAGGGTTAGATTTGTAGATTGATAAGGTTGTGTTTATGTTTCTGCCTAGACTGTGATAACTAGTAACTGGTGATTCCATCAGCTTGGCAGGTCGAGGGTATGTCTTTCTGGGTTTCCTTGTTTAAAATCTCCATTAGGGTTTCGTGAGACCCCTTTGGTATTTTGTGTATTGGTGTGTGTCGAAACTATGTGTAACATT
AGGATTGGATATTAGCTGTTTCTTGACCATGGTATGTAATTATTTGGGTCATTCCTGTTTAATATCTTGAATGGATATTTTAAATTTGGTTTAATGGGTTATAGTTATCTGTTTTGACTGTGTATTTTGGCCGTGAATATAAAAATGAGCTGTCGTTGACCTTGTATTCGTGTTCTGTAGCATGGATCTATCATGCCCTG
GTGTCTACTTAACCTTGAGAATTTTTGGGATTATAATCATGTTTTTCCTATGTTGGATTTTTCCTGATTTCATTAGTAAACTTGGGTTCAATGGTTGTGCTTTGTCATTTTTATTTTTTCATTGGTGCTCTCACGGGTGGACATATTTTTATTTTTATTGCTCTAATGATTTTTTAGTCGTATTCACTATTCCAGAGTGT
CTTAAACACCTTTTTCAATGGGGTTATTGTGTATTTTGGGTGTGTTCTTGCGTAAGGTAGCATAGATGGTCTGGTTTTCTTATGTCGTGCTTCATTTGTTGAAATTACTATTCTGCATGTTCTGAGTTCTGAATGTGGCAAGAAGTGTTGTGGATTCTGTGTTTCCGTCTTTTTAATTGTAATATTTTGTTTTTTATGGC
TTTTTTATGTTCTTGACTTGTAATTTCAGAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCTGTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTC
CTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGATAACGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGC
TTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTATGGCCCTTATTCTCCAGCTGGCACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTCCCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATC
TACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTTGCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCT
CAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTTCATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGA
ATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGCAAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATT
TAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTATAGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAA
AATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGG
AGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGTGATGTTAGATAAAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTTCCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTGT
ATTCTACGAAGGCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAACAGGTACAACAACAGCAAAGACAGAGTTCTCAATCCCGATCAGGAAATGAACTTAACAAGTTACACCCAGAAGATTCTGCATTGAAGACACCGGATGGAAGAACAGGAGAGGCATCTGTTGAAGACAAAGATGTTAAAACTCGATTGCAAC
AATCAGCTGATTTGACATCAGTTGCCACTTCGACGATGGATAAAAAGGATCAAGAAGATGAACAGAATAATCAAGACCATTCTTCCCCTTCAGAAGATAGGGGCATATCTTCAGGATCTGGAGAAGCATGGAAGACAACAAAATCATCTTTGCCCAAAAGGGAGGCCAATGGTGATGTAGCAGATAAACCAGTGCAAACT
AATGGTTGCTAGCTTGTACGTCGTCTCTTCTGCTTGCAGCAACTTGGGTGTGAAGCGGCATCATTGCATTCAGTACAGATGTTGGTTCTAATGCAGTGCTGGTAAGGATGTGCTGGTGTTTATCTCAGCAATACAACATTCCATCCAAAAAACGAGCAGAGCACAAAGTACTAAAGATTTCAGATCGTACTAAAGATTTC
AGATCGGTAGAGAAAATGACGGGCTAGTGGACCTTATTAAAATTAGCAAGAACTACAACACTGGCATTGTTGTCATTTGGGGTTGATCCTCTTTTCCTGTTATACAATTTGTGGACAGGCAGGTTTTCGGCAATGTTAGGTAGGTATAGCGTTTAGATATGTTGCCAGATAGGTTATCTTGGATTTCTAGTTTTTTTTTT
GTAAATTCAGTCTTAATACTGTTGTGGGGATGTATACCTTTCACAAATTCTCCGTGAAAAGCAGCAGTTTCCCATCTCTGCTCTGCTTGAGTGGTCACACGTTTTTGTAAAAAGTTGTCTAAATGCATGGATCAATAAGAGAGATCCACGTTTGTGCTACCTGAAGTCCCTGTTATAACAATTTGATGCATCTGAAATTT
GCTACCATGTAAGATTGCTTTTCAATTTGTTTCCCACATGGAATTAGTTAATCTGGGCG
>TRINITY_DN103387_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATCGCTTCAAATTAGGGTTACAAAAACAGCGTGGAAAATCAGAAAACCACTGGTTTGGGCATATCTTGTTTGGAATGGAGTGTGGTGGCTATTTGAGCGACTGATGTGGGGGTCAATATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCA
TTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAAACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCCAATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGCTAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGT
TTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGGGCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTACGCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTAGTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTC
TGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAACACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTATCCATTCCGTCGATACTGAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTT
GGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCTGTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTCCTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGC
GGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGATAACGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGCTTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTATGGCCCTTATTCTCCAGCTGGCACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCG
TCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTCCCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATCTACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGG
GGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTTGCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCTCAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACA
TCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTTCATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGAATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAA
TGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGCAAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATTTAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACC
AAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTATAGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAAAATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGG
TGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGGAGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGTGATGTTAGATA
AAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTTCCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTGTATTCTACGAAGGCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAACAGGTACAACAACAGCAAAGACAGgcaagttttagaaggcaatttttcttgttaatcatgttttcttgaatgtttatgcatgta
tgatactgatattttgggtttgctggatccccttcagAGTTCTCAATCCCGATCAGG
Intron 2 GTATTTCCTG ... GTAATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.8 | 235 | 58 | 19.8 |
| A2 | 21.37 | 195 | 53 | 10.1 |
| A3 | 25.15 | 273 | 91.7 | 13.2 |
| A4 | 22.1 | 215 | 61 | 13 |
| A5 | 21.95 | 191 | 53.7 | 11.5 |
| A6 | 18.29 | 67 | 15 | 3 |
| A7 | 23.36 | 210 | 64 | 7.6 |
| A8 | 18.84 | 56 | 13 | 3 |
| A9 | 21.46 | 171 | 46.7 | 6.2 |
| A10 | 17.65 | 232 | 49.7 | 7.9 |
>TRINITY_DN123554_c0_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAAACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCCAATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGC
TAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGGGCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTACGCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTA
GTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAACACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTATCCATTCCGTCGATACTGAAGCCACCAATTTATTGGAAA
CTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCTGTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTCCTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCA
AATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGATAATGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGCTTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTACGGCCCTTATTCTCCAGCTGGTAC
TCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTCCCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATCTACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATA
ATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTTGCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCTCAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTG
TCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTTCATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGAATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGC
AAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGCAAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATTTAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGC
AAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTATAGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAAAATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCA
GCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGGAGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAA
TCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGTGATGTTAGATAAAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTTCCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTGTATTCTACGAAGGCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAAC
AGGTACAACAACAGCAAAGACAGAGTTCTCAATCCCGATCAGGAAATGAACTTAACAAGTTACACCCAGAAGATTCTGCATTGAAGACACCGGATGGAAGAACAGGAGAGGCATCTGTTGAAGACAAAGATGTTAAAACTCGATTGCAACAATCAGCTGATTTGACATCAGTTGCCACTTCGACGATGGATAAAAAGGAT
CAAGAAGATGAACAGAATAATCAAGACCATTCTTCCCCTTCAGAAGATAGGGGCATATCTTCAGGATCTGGAGAAGCATGGAAGACAACAAAATCATCTTTGCCCAAAAGGGAGGCCAATGGTGATGTAGCAGATAAACCAGTGCAAACTAATGGTTGCTAGCTTGTACGTCGTCTCTTCTGCTTGCAGCAACTTGGGTG
TGAAGCGGCATCATTGCATTCAGTACAGATGTTGGTTCTAATGCAGTGCTGGTAAGGATGTGCTGGTGTTTATCTCAGCAATACAACATTCCATCCAAAAAACGAGCAGAGCACAAAGTACTAAAGATTTCAGATCGTACTAAAGATTTCAGATCGGTAGAGAAAATGACGGGCTAGTGGACCTTATTAAAATTAGCAAG
AACTACAACACTGGCATTGTTGTCATTTGGGGTTGATCCTCTTTTCCTGTTATACAATTTGTGGACAGGCAGGTTTTCGGCAATGTTAGGTAGGTATAGCGTTTAGATATGTTGCCAGATAGGTTATCTTGGATTTCTAGTTTTTTTTTTGTAAATTCAGTCTTAATACTGTTGTGGGGATGTATACCTTTCACAAATTC
TCCGTGAAAAGCAGCAGTTTCCCATCTCTGCTCTGCTTGAGTGGTCACACGTTTTTGTAAAAAGTTGTCTAAATGCATGGATCAATAAGAGAGATCCACGTTTGTGCTACCTGAAGTCCCTGTTATAACAATTTGATGCATCTGAATTTTGCTACCATGTAAGATTGCTTTTCAATTTGTTTCCCACATGGAATTAGTTA
ATCTGGGTGTTTGAGAGTGTTCTAGGCTGGTCCATGTCTTCAATGTTCCTGTTAATTTTTATTTGACCAAAGAACATTTTGTGAGTTGTCATTTTAATTATTGCGGAACTTGGGAAATGAGATGCACACCACGTAAACAATAGTGGTACTGGTTGATATTTTGCTAAGGAATCCTATGGACTGTGAATATCATACCTACA
TTCAATTCTAAAGAGGACGGCACTGAAATCTTGTTTGGTAAATATATTACCCAATTCCTTTTAACTCTAAAAAGACGCTGCACTGATCTTGGAAAGTAGTTACGATAACCCTCAACTAAGGAGGGGTCCCTTCACACAATCCCTTGGGAAAAAAGTGTCACACGATGGAACTTAAGATTTGAAGACAGTACTGGGGTCTG
TTATAGTCTATTTGAGTTTTTGTTGGCAATTTTCAATAAGTATCCAGGTTCATTAATAATTCTAATACCCGTGAACTAACGATGTGGATTCCTTCACATTTTCTTAAAGATTGCAAGTGACTGGACGATGGATTTTGAGATTTGAACAGTACTAAAGTCTAATATAACATTGTTTGTATATTTGATTTTCATGTCAGCAA
CC
>TRINITY_DN123554_c0_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAAACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCCAATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGC
TAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGGCTGTGCAAGTCGGTAATTTTTTTTTTCGATTGACACGCAGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGGGCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTACGCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTT
AGTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAACACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTATCCATTCCGTCGATACTGgtatttcctgctcaccgtga
tctgtatttcagcttgcaagaacatgtttattttttttgtttactacttttctgtcaagggtttctaggagggttttgatctaggcagggttagatttgtagattgataaggttgtgtttatgtttctgcctagactgtgataactagtaactggtgattccatcagcttggcaggtcgagggtatgtctttctgggttt
ccttgtttaaaatctccattagggtttcgtgagacccctttggtattttgtgtattggtgtgtgtcgaaactatgtgtaacattaggattgaatattagctgtttcttgaccatgatatgtaattatttgggtcattcctgtttaatatcttgaatggatattttaaatttggtttaatgggttatagttatctgttttg
actgtgtattttggccgtgaatataaaaatgagctgtcgttgaccttgtattcgtgttctgtagcatggatctatcatgccctggtgtctacttaaccttgagaatttttgggattataatcatgtttttcctatgttggatttttcctgatttcattagtaaacttgggttcaatggttgtgctttgtcatttttattt
tttcattggtgctctcacgggtggacatatttttatttttattgctctaatgattttttagtcgtattcactattccagagtgtcttaaacacctttttcaatggggttattgtgtattttgggtgtgttcttgcgtaaggtagcatagatggtctggttttcttatgtcgtgcttcatttgttgaaattactattctgc
atgttctgagttctgaatgtggcaagaagtgttgtggattccgtctttccgtctttttaattgtaatattttgttttttatggcttttttatgttcttgacttgtaatttcagAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGGTATATC
ACTATCTGTTTACAGACTTTTTCTTATGTCAACTGGTCTTGTGACGCCTTGTTTGCAAGTTTCATTCTAATTACCGCAATTAAAAGTCCGTTTTCTTATTTTTAAATCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCTGTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACT
CCTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGATAATGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAG
CTTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTACGGCCCTTATTCTCCAGCTGGTACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTCCCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCAT
CTACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTTGCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTC
TCAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTTCATGAACAGAATTTACCCATCTAACAG
AATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGCAAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGAT
TTAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTATAGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATA
AAATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTG
GAGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGTGATGTTAGATAAAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTTCCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTG
TATTCTACGAAGGCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAACAGGTACAACAACAGCAAAGACAGAGTTCTCAATCCCGATCAGGAAATGAACTTAACAAGTTACACCCAGAAGATTCTGCATTGAAGACACCGGATGGAAGAACAGGAGAGGCATCTGTTGAAGACAAAGATGTTAAAACTCGATTGCAA
CAATCAGCTGATTTGACATCAGTTGCCACTTCGACGATGGATAAAAAGGATCAAGAAGATGAACAGAATAATCAAGACCATTCTTCCCCTTCAGAAGATAGGGGCATATCTTCAGGATCTGGAGAAGCATGGAAGACAACAAAATCATCTTTGCCCAAAAGGGAGGCCAATGGTGATGTAGCAGATAAACCAGTGCAAAC
TAATGGTTGCTAGCTTGTACGTCGTCTCTTCTGCTTGCAGCAACTTGGGTGTGAAGCGGCATCATTGCATTCAGTACAGATGTTGGTTCTAATGCAGTGCTGGTAAGGATGTGCTGGTGTTTATCTCAGCAATACAACATTCCATCCAAAAAACGAGCAGAGCACAAAGTACTAAAGATTTCAGATCGTACTAAAGATTT
CAGATCGGTAGAGAAAATGACGGGCTAGTGGACCTTATTAAAATTAGCAAGAACTACAACACTGGCATTGTTGTCATTTGGGGTTGATCCTCTTTTCCTGTTATACAATTTGTGGACAGGCAGGTTTTCGGCAATGTTAGGTAGGTATAGCGTTTAGATATGTTGCCAGATAGGTTATCTTGGATTTCTAGTTTTTTTTT
TGTAAATTCAGTCTTAATACTGTTGTGGGGATGTATACCTTTCACAAATTCTCCGTGAAAAGCAGCAGTTTCCCATCTCTGCTCTGCTTGAGTGGTCACACGTTTTTGTAAAAAGTTGTCTAAATGCATGGATCAATAAGAGAGATCCACGTTTGTGCTACCTGAAGTCCCTGTTATAACAATTTGATGCATCTGAATTT
TGCTACCATGTAAGATTGCTTTTCAATTTGTTTCCCACA
Intron 3 GTAATACTTA ... ATACTATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.97 | 176 | 65 | 0 |
| A2 | 31.28 | 145 | 66 | 3 |
| A3 | 29.17 | 204 | 84 | 10 |
| A4 | 26.35 | 123 | 44 | 0 |
| A5 | 31.85 | 107 | 50 | 6 |
| A6 | 29.41 | 36 | 15 | 0 |
| A7 | 28.22 | 117 | 46 | 0 |
| A8 | 29.55 | 62 | 26 | 2 |
| A9 | 28.02 | 118.2 | 46 | 0 |
| A10 | 25.23 | 133.3 | 45 | 0 |
>TRINITY_DN116521_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformAGTGTGGTGGCTATTTGAGCGACTGATGTGGGGGTCAATATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAAACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCC
AATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGCTAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGGGCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTAC
GCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTAGTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAACACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTA
TCCATTCCGTCGATACTGAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCTGTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTCCTCCCGTTCTA
CAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGATAACGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGCTTTGGATACGC
TCCCCAAGTGCCTTACGGCCCTTATTCTCCAGCTGGTACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTCCCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATCTACAACTTCTG
ATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTTGCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCTCAGATGGTCAA
TACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTTCATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGAATGTATCCTCA
CAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGCAAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATTTAGGAATCAAC
GGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTATAGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAAAATATAGTGTT
TGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGGAGTGGTCGATT
CCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGTGATGTTAGATAAAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTTCCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTGTATTCTACGAAG
GCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAACAGGTACAACAACAGCAAAGACAGAGTTCTCAATCCCGATCAGGAAATGAACTTAACAAGTTACACCCAGAAGATTCTGCATTGAAGACACCGGATGGAAGAACAGGAGAGGCATCTGTTGAAGACAAAGATGTTAAAACTCGATTGCAACAATCAGCTGAT
TTGACATCAGTTGCCACTTCGACGATGGATAAAAAGGATCAAGAAGATGAACAGAATAATCAAGACCATTCTTCCCCTTCAGAAGATAGGGGCATATCTTCAGGATCTGGAGAAGCATGGAAGACAACAAAATCATCTTTGCCCAAAAGGGAGGCCAATGGTGATGTAGCAGATAAACCAGTGCAAACTAATGGTTGCTA
GCTTGTACGTCGTCTCTTCTGCTTGCAGCAACTTGGGTGTGAAGCGGCATCATTGCATTCAGTACAGATGTTGGTTCTAATGCAGTGCTGGTAAGGATGTGCTGGTGTTTATCTCAGCAATACAACATTCCATCCAAAAAACGAGCAGAGCACAAAGTACTAAAGATTTCAGATCGTACTAAAGATTTCAGATCGGTAGA
GAAAATGACGGGCTAGTGGACCTTATTAAAATTAGCAAGAACTACAACACTGGCATTGTTGTCATTTGGGGTTGATCCTCTTTTCCTGTTATACAATTTGTGGACAGGCAGGTTTTCGGCAATGTTAGGTAGGTATAGCGTTTAGATATGTTGCCAGATAGGTTATCTTGGATTTCTAGTTTTTTTTTTGTAAATTCAGT
CTTAATACTGTTGTGGGGATGTATACCTTTCACAAATTCTCCGTGAAAAGCAGCAGTTTCCCATCTCTGCTCTGCTTGAGTGGTCACACGTTTTTGTAAAAAGTTGTCTAAATGCATGGATCAATAAGAGAGATCCACGTTTGTGCTACCTGAAGTCCCTGTTATAACAATTTGATGCATCTGAATTTTGCTACCATGTA
AGATTGCTTTTCAATTTGTTTCCCACATGGAATTAGTTAATCTGGGC
>TRINITY_DN116521_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:AGTGTGGTGGCTATTTGAGCGACTGATGTGGGGGTCAATATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAAACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCC
AATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGCTAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGGGCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTAC
GCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTAGTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAACACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTA
TCCATTCCGTCGATACTGGTATTTCCTGCTCACCGTGATCTGTATTTCAGCTTGCAAGAACATGTTTATTTTTTTTGTTTACTACTTTTCTGTCAAGGGTTTCTAGGAGGGTTTTGATCTAGGCAGGGTTAGATTTGTAGATTGATAAGGTTGTGTTTATGTTTCTGCCTAGACTGTGATAACTAGTAACTGGTGATTCC
ATCAGCTTGGCAGGTCGAGGGTATGTCTTTAGGGGTTTCCTTGTTTAAAATCTCTATTAGGGTTTCGTTAGACCCCTTTGGTATTTTGTGTATTGGTGTGTGTCGAAACTATGTGTAACATTAGGATTGAATATTAGCTGTTTCTTGACCATGATATGTAATTATTTGGGTCATTCCTGTTTAATATCTTGAATGGATAT
TTTAAATTTGGTTTAATGGGTTATAGTTATCTGTTTTGACTGTGTATTTTGGCCGTGAATATAAAAAAGAGCTGTCGTTGACCTTGTATTCGTGTTCTGTAGCATGGATCTATCATGCCCTGGTGTCTACTTAACCTTGAGAATTTTTGGGATTATAATCATGTTTTTCCTATGTTGGATTTTTCCTGATTTCATTAGTA
AACTTGGGTTCAATGGTTGTGCTTTGTCATTTTTATTTTTTCATTGGTGCTCTCACGGGTGGACATATTTTTATTTTTATTGCTCTAATGATTTTTTAGTCGTATTCACTATTCCAGAGTGTCTTAAACACCTTTTTCAATGGGGTTATTGTGTATTTTGGGTGTGTTCTTGCGTAAGGTAGCATAGATGGTCTGGTTTT
CTTATGTCGTGCTTCATTTGTTGAAATTACTATTCCGCATGTTCTGAGTTCTGAATGTGGCAAGAAGTGTTGTGGATTCTGTGTTTCCGTCTTTTTAATTGTAATATTTTGTTTTTTATGGCTTTTTTATGTTCTTGACTTGTAATTTCAGAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCC
TGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGGTATATCACTATCTGTTTACAGACTTTTTCTTATGTCAACTGGTCTTGTGACGCCTTGTTTGCAAGTTTCATTCTAATTACCGCAATTAAAAGTCCGTTTTCTTATTTTTAAATCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATG
TAGCTGAAGCTGTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTCCTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGgtaatacttataattttattcatgtttcgtttaactgcttagcaatgaagcgatgggtggcaattaaattgttctga
gaatccattctgatactattagGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGTAAGTTTGTATTTTGTGTTCTTCTATGGCGTGCATTATTTTTTCGAAAGGGAATGAGGTTTATTCTGTGGTGTACTTAGAATGCTAAGCTGATGCTTTGAGGT
AAATGTTTCTGCAGGGTGTGTATGGCGATAACGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGCTTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTACGGCCCTTATTCTCCAGCTGGTACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGT
GCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTCCCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATCTACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCC
TACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTTGCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCTCAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCAC
CTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTTCATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGAATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGT
AACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGCAAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATTTAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGA
TGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTATAGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAAAATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGA
TGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGGAGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGG
Intron 4 GTAAGCTATT ... GTATTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.05 | 525 | 3 | 140 |
| A2 | 24.71 | 384 | 0 | 126 |
| A3 | 17.54 | 395 | 0 | 84 |
| A4 | 19.02 | 247 | 5 | 58 |
| A5 | 19.72 | 171 | 2 | 42 |
| A6 | 27.19 | 233 | 0 | 87 |
| A7 | 23.41 | 517 | 1 | 158 |
| A8 | 20.73 | 302 | 0 | 79 |
| A9 | 21.71 | 440 | 0 | 122 |
| A10 | 26.31 | 409 | 0 | 146 |
>TRINITY_DN107860_c0_g2_i4 from sample A5 / Example spliced isoformCAGAAAACCACTGGTTTGGGCATATCTTGTTTGGAATGGAGTGTGGTGGCTATTTGAGCGACTGATGTGGGGGTCAATATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAA
ACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCCAATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGCTAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGG
GCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTACGCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTAGTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAA
CACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTATCCATTCCGTCGATACTGAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCT
GTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTCCTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGA
TAACGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGCTTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTATGGCCCTTATTCTCCAGCTGGCACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTC
CCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATCTACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTT
GCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCTCAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTT
CATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGAATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGC
AAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATTTAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTAT
AGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAAAATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAG
TGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGGAGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGTGATGTTAGATAAAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTT
CCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTGTATTCTACGAAGGCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAACAGGTACAACAACAGCAAAGACAGGCAAGTTTTAGAAGGCAATTTTTCTTGTTAATCATGTTTTCTTGAATGTTTATGCATGTATGATACTGATATTTTGGGTTTGCTGGATCCCCTTCAGAG
TTCTCAATCCCGATCAGGAAATGAACTTAACAAGTTACACCCAGAAGATTCTGCATTGAAGACACCGGATGGAAGAACAGGAGAGGCATCTGTTGAAGACAAAGATGTTAAAACTCGATTGCAACAATCAGCTGATTTGACATCAGTTGCCACTTCGACGATGGATAAAAAGGATCAAGAAGATGAACAGAATAATCAAG
ACCATTCTTCCCCTTCAGAAGATAGGGGCATATCTTCAGGATCTGGAGAAGCATGGAAGACAACAAAATCATCTTTGCCCAAAAGGGAGGCCAATGGTGATGTAGCAGATAAACCAGTGCAAACTAATGGTTGCTAGCTTGTACGTCGTCTCTTCTGCTTGCAGCAACTTGGGTGTGAAGCGGCATCATTGCATTCAGTA
CAGATGTTGGTTCTAATGCAGTGCTGGTAAGGATGTGCTGGTGTTTATCTCAGCAATACAACATTCCATCCAAAAAACGAGCAGAGCACAAAGTACTAAAGATTTCAGATCGTACTAAAGATTTCAGATCGGTAGAGAAAATGACGGGCTAGTGGACCTTATTAAAATTAGCAAGAACTACAACACTGGCATTGTTGTCA
TTTGGGGTTGATCCTCTTTTCCTGTTATACAATTTGTGGACAGGCAGGTTTTCGGCAATGTTAGGTAGGTATAGCGTTTAGATATGTTGCCAGATAGGTTATCTTGGATTTCTAGTTTTTTTTTTGTAAATTCAGTCTTAATACTGTTGTGGGGATGTATACCTTTCACAAATTCTCCGTGAAAAGCAGCAGTTTCCCAT
CTCTGCTCTGCTTGAGTGGTCACACGTTTTTGTAAAAAGTTGTCTAAATGCATGGATCAATAAGAGAGATCCACGTTTGTGCTACCTGAAGTCCCTGTTATAACAATTTGATGCATCTGAATTTTGCTACCATGTAAGATTGCTTTTCAATTTGTTTCCCACATGGAATTAGTTAATCTGGGTGTTTGAGAGTGTTCTAG
GCTGGTCCATGTCTTCAATGTTCCTGTTAATTTTTATTTGACCAAAGAACATTTTGTGAGTTGTCATTTTAATTATTGCGGAACTTGGGAAATGAGATGCACACCACGTAAACAATAGTGGTACTGGTTGATATTTTGCTAAGG
>TRINITY_DN107860_c0_g2_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:CCCATTTTTCTATTCTTTTCGgtaagctatttctagctcagtacctattattatgctattttttgaaatctgatacaaatgtgagtctaacttgttttgtttgtatttacagGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATA
AGTGGAGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGT
Intron 5 GTAAGTTTGT ... GTTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.54 | 235 | 14.3 | 30.7 |
| A2 | 19.65 | 169 | 12.7 | 41.3 |
| A3 | 12.29 | 207 | 19.7 | 29 |
| A4 | 11.28 | 194 | 13 | 24.7 |
| A5 | 16.59 | 124 | 12.3 | 24.7 |
| A6 | 9.8 | 46 | 3 | 5 |
| A7 | 15.5 | 196.2 | 4.7 | 36 |
| A8 | 7.17 | 69 | 5.3 | 5.3 |
| A9 | 9.93 | 133 | 7.3 | 14.7 |
| A10 | 15.91 | 185 | 10.7 | 35 |
>TRINITY_DN116521_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformAGTGTGGTGGCTATTTGAGCGACTGATGTGGGGGTCAATATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAAACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCC
AATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGCTAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGGGCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTAC
GCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTAGTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAACACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTA
TCCATTCCGTCGATACTGAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCTGTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTCCTCCCGTTCTA
CAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGATAACGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGCTTTGGATACGC
TCCCCAAGTGCCTTACGGCCCTTATTCTCCAGCTGGTACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTCCCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATCTACAACTTCTG
ATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTTGCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCTCAGATGGTCAA
TACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTTCATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGAATGTATCCTCA
CAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGCAAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATTTAGGAATCAAC
GGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTATAGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAAAATATAGTGTT
TGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGGAGTGGTCGATT
CCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGTGATGTTAGATAAAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTTCCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTGTATTCTACGAAG
GCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAACAGGTACAACAACAGCAAAGACAGAGTTCTCAATCCCGATCAGGAAATGAACTTAACAAGTTACACCCAGAAGATTCTGCATTGAAGACACCGGATGGAAGAACAGGAGAGGCATCTGTTGAAGACAAAGATGTTAAAACTCGATTGCAACAATCAGCTGAT
TTGACATCAGTTGCCACTTCGACGATGGATAAAAAGGATCAAGAAGATGAACAGAATAATCAAGACCATTCTTCCCCTTCAGAAGATAGGGGCATATCTTCAGGATCTGGAGAAGCATGGAAGACAACAAAATCATCTTTGCCCAAAAGGGAGGCCAATGGTGATGTAGCAGATAAACCAGTGCAAACTAATGGTTGCTA
GCTTGTACGTCGTCTCTTCTGCTTGCAGCAACTTGGGTGTGAAGCGGCATCATTGCATTCAGTACAGATGTTGGTTCTAATGCAGTGCTGGTAAGGATGTGCTGGTGTTTATCTCAGCAATACAACATTCCATCCAAAAAACGAGCAGAGCACAAAGTACTAAAGATTTCAGATCGTACTAAAGATTTCAGATCGGTAGA
GAAAATGACGGGCTAGTGGACCTTATTAAAATTAGCAAGAACTACAACACTGGCATTGTTGTCATTTGGGGTTGATCCTCTTTTCCTGTTATACAATTTGTGGACAGGCAGGTTTTCGGCAATGTTAGGTAGGTATAGCGTTTAGATATGTTGCCAGATAGGTTATCTTGGATTTCTAGTTTTTTTTTTGTAAATTCAGT
CTTAATACTGTTGTGGGGATGTATACCTTTCACAAATTCTCCGTGAAAAGCAGCAGTTTCCCATCTCTGCTCTGCTTGAGTGGTCACACGTTTTTGTAAAAAGTTGTCTAAATGCATGGATCAATAAGAGAGATCCACGTTTGTGCTACCTGAAGTCCCTGTTATAACAATTTGATGCATCTGAATTTTGCTACCATGTA
AGATTGCTTTTCAATTTGTTTCCCACATGGAATTAGTTAATCTGGGC
>TRINITY_DN116521_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:AGTGTGGTGGCTATTTGAGCGACTGATGTGGGGGTCAATATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAAACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCC
AATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGCTAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGGGCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTAC
GCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTAGTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAACACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTA
TCCATTCCGTCGATACTGGTATTTCCTGCTCACCGTGATCTGTATTTCAGCTTGCAAGAACATGTTTATTTTTTTTGTTTACTACTTTTCTGTCAAGGGTTTCTAGGAGGGTTTTGATCTAGGCAGGGTTAGATTTGTAGATTGATAAGGTTGTGTTTATGTTTCTGCCTAGACTGTGATAACTAGTAACTGGTGATTCC
ATCAGCTTGGCAGGTCGAGGGTATGTCTTTAGGGGTTTCCTTGTTTAAAATCTCTATTAGGGTTTCGTTAGACCCCTTTGGTATTTTGTGTATTGGTGTGTGTCGAAACTATGTGTAACATTAGGATTGAATATTAGCTGTTTCTTGACCATGATATGTAATTATTTGGGTCATTCCTGTTTAATATCTTGAATGGATAT
TTTAAATTTGGTTTAATGGGTTATAGTTATCTGTTTTGACTGTGTATTTTGGCCGTGAATATAAAAAAGAGCTGTCGTTGACCTTGTATTCGTGTTCTGTAGCATGGATCTATCATGCCCTGGTGTCTACTTAACCTTGAGAATTTTTGGGATTATAATCATGTTTTTCCTATGTTGGATTTTTCCTGATTTCATTAGTA
AACTTGGGTTCAATGGTTGTGCTTTGTCATTTTTATTTTTTCATTGGTGCTCTCACGGGTGGACATATTTTTATTTTTATTGCTCTAATGATTTTTTAGTCGTATTCACTATTCCAGAGTGTCTTAAACACCTTTTTCAATGGGGTTATTGTGTATTTTGGGTGTGTTCTTGCGTAAGGTAGCATAGATGGTCTGGTTTT
CTTATGTCGTGCTTCATTTGTTGAAATTACTATTCCGCATGTTCTGAGTTCTGAATGTGGCAAGAAGTGTTGTGGATTCTGTGTTTCCGTCTTTTTAATTGTAATATTTTGTTTTTTATGGCTTTTTTATGTTCTTGACTTGTAATTTCAGAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCC
TGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGGTATATCACTATCTGTTTACAGACTTTTTCTTATGTCAACTGGTCTTGTGACGCCTTGTTTGCAAGTTTCATTCTAATTACCGCAATTAAAAGTCCGTTTTCTTATTTTTAAATCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATG
TAGCTGAAGCTGTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTCCTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTAATACTTATAATTTTATTCATGTTTCGTTTAACTGCTTAGCAATGAAGCGATGGGTGGCAATTAAATTGTTCTGA
GAATCCATTCTGATACTATTAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTgtaagtttgtattttgtgttcttctatggcgtgcattattttttcgaaagggaatgaggtttattctgtggtgtacttagaatgctaagctgatgctttgaggt
aaatgtttctgcagGGTGTGTATGGCGATAACGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGCTTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTACGGCCCTTATTCTCCAGCTGGTACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGT
GCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTCCCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATCTACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCC
TACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTTGCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCTCAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCAC
CTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTTCATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGAATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGT
AACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGCAAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATTTAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGA
TGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTATAGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAAAATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGA
TGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGGAGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGG
Intron 6 GTACATCACT ... TTTAAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.34 | 196 | 10 | 47 |
| A2 | 21.68 | 112 | 6 | 31 |
| A3 | 18.05 | 168 | 4 | 37 |
| A4 | 21.05 | 135 | 3 | 36 |
| A5 | 17.8 | 97 | 4 | 21 |
| A6 | 14.29 | 42 | 0 | 7 |
| A7 | 19.8 | 158 | 0 | 39 |
| A8 | 16 | 42 | 0 | 8 |
| A9 | 21.85 | 93 | 0 | 26 |
| A10 | 15.7 | 145 | 0 | 27 |
>TRINITY_DN123554_c0_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAAACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCCAATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGC
TAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGGGCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTACGCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTA
GTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAACACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTATCCATTCCGTCGATACTGAAGCCACCAATTTATTGGAAA
CTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCTGTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTCCTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCA
AATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGATAATGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGCTTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTACGGCCCTTATTCTCCAGCTGGTAC
TCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTCCCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATCTACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATA
ATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTTGCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCTCAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTG
TCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTTCATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGAATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGC
AAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGCAAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATTTAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGC
AAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTATAGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAAAATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCA
GCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGGAGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAA
TCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGTGATGTTAGATAAAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTTCCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTGTATTCTACGAAGGCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAAC
AGGTACAACAACAGCAAAGACAGAGTTCTCAATCCCGATCAGGAAATGAACTTAACAAGTTACACCCAGAAGATTCTGCATTGAAGACACCGGATGGAAGAACAGGAGAGGCATCTGTTGAAGACAAAGATGTTAAAACTCGATTGCAACAATCAGCTGATTTGACATCAGTTGCCACTTCGACGATGGATAAAAAGGAT
CAAGAAGATGAACAGAATAATCAAGACCATTCTTCCCCTTCAGAAGATAGGGGCATATCTTCAGGATCTGGAGAAGCATGGAAGACAACAAAATCATCTTTGCCCAAAAGGGAGGCCAATGGTGATGTAGCAGATAAACCAGTGCAAACTAATGGTTGCTAGCTTGTACGTCGTCTCTTCTGCTTGCAGCAACTTGGGTG
TGAAGCGGCATCATTGCATTCAGTACAGATGTTGGTTCTAATGCAGTGCTGGTAAGGATGTGCTGGTGTTTATCTCAGCAATACAACATTCCATCCAAAAAACGAGCAGAGCACAAAGTACTAAAGATTTCAGATCGTACTAAAGATTTCAGATCGGTAGAGAAAATGACGGGCTAGTGGACCTTATTAAAATTAGCAAG
AACTACAACACTGGCATTGTTGTCATTTGGGGTTGATCCTCTTTTCCTGTTATACAATTTGTGGACAGGCAGGTTTTCGGCAATGTTAGGTAGGTATAGCGTTTAGATATGTTGCCAGATAGGTTATCTTGGATTTCTAGTTTTTTTTTTGTAAATTCAGTCTTAATACTGTTGTGGGGATGTATACCTTTCACAAATTC
TCCGTGAAAAGCAGCAGTTTCCCATCTCTGCTCTGCTTGAGTGGTCACACGTTTTTGTAAAAAGTTGTCTAAATGCATGGATCAATAAGAGAGATCCACGTTTGTGCTACCTGAAGTCCCTGTTATAACAATTTGATGCATCTGAATTTTGCTACCATGTAAGATTGCTTTTCAATTTGTTTCCCACATGGAATTAGTTA
ATCTGGGTGTTTGAGAGTGTTCTAGGCTGGTCCATGTCTTCAATGTTCCTGTTAATTTTTATTTGACCAAAGAACATTTTGTGAGTTGTCATTTTAATTATTGCGGAACTTGGGAAATGAGATGCACACCACGTAAACAATAGTGGTACTGGTTGATATTTTGCTAAGGAATCCTATGGACTGTGAATATCATACCTACA
TTCAATTCTAAAGAGGACGGCACTGAAATCTTGTTTGGTAAATATATTACCCAATTCCTTTTAACTCTAAAAAGACGCTGCACTGATCTTGGAAAGTAGTTACGATAACCCTCAACTAAGGAGGGGTCCCTTCACACAATCCCTTGGGAAAAAAGTGTCACACGATGGAACTTAAGATTTGAAGACAGTACTGGGGTCTG
TTATAGTCTATTTGAGTTTTTGTTGGCAATTTTCAATAAGTATCCAGGTTCATTAATAATTCTAATACCCGTGAACTAACGATGTGGATTCCTTCACATTTTCTTAAAGATTGCAAGTGACTGGACGATGGATTTTGAGATTTGAACAGTACTAAAGTCTAATATAACATTGTTTGTATATTTGATTTTCATGTCAGCAA
CC
>TRINITY_DN123554_c0_g3_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAAACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCCAATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGC
TAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGGGCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTACGCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTA
GTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAACACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTATCCATTCCGTCGATACTGGTATTTCCTGCTCACCGTGAT
CTGTATTTCAGCTTGCAAGAACATGTTTATTTTTTTTGTTTACTACTTTTCTGTCAAGGGTTTCTAGGAGGGTTTTGATCTAGGCAGGGTTAGATTTGTAGATTGATAAGGTTGTGTTTATGTTTCTGCCTAGACTGTGATAACTAGTAACTGGTGATTCCATCAGCTTGGCAGGTCGAGGGTATGTCTTTAGGGGTTTC
CTTGTTTAAAATCTCTATTAGGGTTTCGTTAGACCCCTTTGGTATTTTGTGTATTGGTGTGTGTCGAAACTATGTGTAACATTAGGATTGAATATTAGCTGTTTCTTGACCATGATATGTAATTATTTGGGTCATTCCTGTATAATATCTTGAATGGACATTTTAAATTTGGTTTAAGGGGTTATAGTTATCTGTTTTGA
CTGTGTATTTTGGCCGTGAATATAAAAATGAGCTGTCGTTGACCTTGTATTCGTGTTCTGTAGCATGGATCTATCATGCCCTGGTGTCTACTTAACCTTGAGAATTTTTGGGATTATAATCATGTTTTTCCTATGTTGGATTTTTCCTGATTTCATTAGTAAACTTGGGTTCAATGGTTGTGCTTTGTCATTTTTATTTT
TTCATTGGTGCTCTCACGGGTGGACATATTTTTATTTTTATTGCTCTAATGATTTTTTAGTCGTATTCACTATTCCAGAGTGTCTTAAACACCTTTTTCAATGGGGTTATTGTGTATTTTGGGTGTGTTCTTGCGTAAGGTAGCATAGATGGTCTGGTTTTCTTATGTCGTGCTTCATTTGTTGAAATTACTATTCTGCA
TGTTCTGAGTTCTGAATGTGGCAAGAAGTGTTGTGGATTCCGTCTTTCCGTCTTTTTAATTGTAATATTTTGTTTTTTATGGCTTTTTTATGTTCTTGACTTGTAATTTCAGAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGgtatatca
ctatctgtttacagactttttcttatgtcaactggtcttgtgacgccttgtttgcaagtttcattctaattaccgcaattaaaagtccgttttcttatttttaaatcagTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCTGTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTC
CTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGATAATGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGC
TTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTACGGCCCTTATTCTCCAGCTGGTACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTCCCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATC
TACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTTGCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCT
CAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTTCATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGA
ATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGCAAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATT
TAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTATAGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAA
AATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAGTGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGG
AGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGTGATGTTAGATAAAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTTCCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTGT
ATTCTACGAAGGCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAACAGGTACAACAACAGCAAAGACAGAGTTCTCAATCCCGATCAGGAAATGAACTTAACAAGTTACACCCAGAAGATTCTGCATTGAAGACACCGGATGGAAGAACAGGAGAGGCATCTGTTGAAGACAAAGATGTTAAAACTCGATTGCAAC
AATCAGCTGATTTGACATCAGTTGCCACTTCGACGATGGATAAAAAGGATCAAGAAGATGAACAGAATAATCAAGACCATTCTTCCCCTTCAGAAGATAGGGGCATATCTTCAGGATCTGGAGAAGCATGGAAGACAACAAAATCATCTTTGCCCAAAAGGGAGGCCAATGGTGATGTAGCAGATAAACCAGTGCAAACT
AATGGTTGCTAGCTTGTACGTCGTCTCTTCTGCTTGCAGCAACTTGGGTGTGAAGCGGCATCATTGCATTCAGTACAGATGTTGGTTCTAATGCAGTGCTGGTAAGGATGTGCTGGTGTTTATCTCAGCAATACAACATTCCATCCAAAAAACGAGCAGAGCACAAAGTACTAAAGATTTCAGATCGTACTAAAGATTTC
AGATCGGTAGAGAAAATGACGGGCTAGTGGACCTTATTAAAATTAGCAAGAACTACAACACTGGCATTGTTGTCATTTGGGGTTGATCCTCTTTTCCTGTTATACAATTTGTGGACAGGCAGGTTTTCGGCAATGTTAGGTAGGTATAGCGTTTAGATATGTTGCCAGATAGGTTATCTTGGATTTCTAGTTTTTTTTTT
GTAAATTCAGTCTTAATACTGTTGTGGGGATGTATACCTTTCACAAATTCTCCGTGAAAAGCAGCAGTTTCCCATCTCTGCTCTGCTTGAGTGGTCACACGTTTTTGTAAAAAGTTGTCTAAATGCATGGATCAATAAGAGAGATCCACGTTTGTGCTACCTGAAGTCCCTGTTATAACAATTTGATGCATCTGAATTTT
GCTACCATGTAAGATTGCTTTTCAATTTGTTTCCCACACGGAATTAGTTAGTCTGGGTGTTTGAGAGTGTTCTAGGCTGGTCCATGTCTTCAATGTTCCTGTTAATTTTTATTTGACCAAAGAACATTTTGTGAGTTGTCATTTTAATTATTGCGGAACTTGGGAAATGAGATGCACACCACGTAAACAATAGTGGTACT
GGTTGATATTTTGCTAAGGAATCCTATGGACTGTGAATATCATACCTACATTCAATTCTAAAGAGGACGGCACTGAAATCTTGTTTGGTAAATATATTACCCAATTCCTTTTAACTCTAAAAAGACGCTGCACTGATCTTGGAAAGTAGTTACGATAACCCTCAACTAAGGAGGGGTCCCTTCACACAATCCCTTGGGAA
AAAAGTGTCACACGATGGAACTTAAGATTTGAAGACAGTACTGGGGTCTGTTATAGTCTATTTGAGTTTTTGTTGGCAATTTTCAATAAGTATCCAGGTTCATTAATAATTCTAATACCCGTGAACTAACGATGTGGATTCCTTCACATTTTCTTAAAGATTGCAAGTGACTGGACGATGGATTTTGAGATTTGAACAGT
ACTAAAGTCTAATATAACATTGTTTGTATATTTGATTTTCATGTCAGCAACC
Intron 7 GTAAGTTAAC ... GCATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.52 | 467 | 175 | 145 |
| A2 | 26.33 | 417 | 136 | 162 |
| A3 | 25.87 | 407 | 151 | 133 |
| A4 | 26.46 | 164 | 63 | 55 |
| A5 | 26.79 | 153 | 59 | 53 |
| A6 | 26.76 | 327 | 130 | 109 |
| A7 | 26.18 | 681 | 253 | 230 |
| A8 | 25.53 | 563 | 183 | 203 |
| A9 | 25.59 | 618 | 239 | 186 |
| A10 | 26.01 | 613 | 217 | 214 |
>TRINITY_DN107860_c0_g2_i4 from sample A5 / Example spliced isoformCAGAAAACCACTGGTTTGGGCATATCTTGTTTGGAATGGAGTGTGGTGGCTATTTGAGCGACTGATGTGGGGGTCAATATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAA
ACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCCAATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGCTAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGG
GCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTACGCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTAGTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAA
CACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTATCCATTCCGTCGATACTGAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCT
GTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTCCTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGA
TAACGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGCTTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTATGGCCCTTATTCTCCAGCTGGCACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTC
CCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATCTACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTT
GCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCTCAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTT
CATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGAATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGC
AAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATTTAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTAT
AGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAAAATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAG
TGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGGAGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGGTGATGTTAGATAAAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTT
CCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTGTATTCTACGAAGGCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAACAGGTACAACAACAGCAAAGACAGGCAAGTTTTAGAAGGCAATTTTTCTTGTTAATCATGTTTTCTTGAATGTTTATGCATGTATGATACTGATATTTTGGGTTTGCTGGATCCCCTTCAGAG
TTCTCAATCCCGATCAGGAAATGAACTTAACAAGTTACACCCAGAAGATTCTGCATTGAAGACACCGGATGGAAGAACAGGAGAGGCATCTGTTGAAGACAAAGATGTTAAAACTCGATTGCAACAATCAGCTGATTTGACATCAGTTGCCACTTCGACGATGGATAAAAAGGATCAAGAAGATGAACAGAATAATCAAG
ACCATTCTTCCCCTTCAGAAGATAGGGGCATATCTTCAGGATCTGGAGAAGCATGGAAGACAACAAAATCATCTTTGCCCAAAAGGGAGGCCAATGGTGATGTAGCAGATAAACCAGTGCAAACTAATGGTTGCTAGCTTGTACGTCGTCTCTTCTGCTTGCAGCAACTTGGGTGTGAAGCGGCATCATTGCATTCAGTA
CAGATGTTGGTTCTAATGCAGTGCTGGTAAGGATGTGCTGGTGTTTATCTCAGCAATACAACATTCCATCCAAAAAACGAGCAGAGCACAAAGTACTAAAGATTTCAGATCGTACTAAAGATTTCAGATCGGTAGAGAAAATGACGGGCTAGTGGACCTTATTAAAATTAGCAAGAACTACAACACTGGCATTGTTGTCA
TTTGGGGTTGATCCTCTTTTCCTGTTATACAATTTGTGGACAGGCAGGTTTTCGGCAATGTTAGGTAGGTATAGCGTTTAGATATGTTGCCAGATAGGTTATCTTGGATTTCTAGTTTTTTTTTTGTAAATTCAGTCTTAATACTGTTGTGGGGATGTATACCTTTCACAAATTCTCCGTGAAAAGCAGCAGTTTCCCAT
CTCTGCTCTGCTTGAGTGGTCACACGTTTTTGTAAAAAGTTGTCTAAATGCATGGATCAATAAGAGAGATCCACGTTTGTGCTACCTGAAGTCCCTGTTATAACAATTTGATGCATCTGAATTTTGCTACCATGTAAGATTGCTTTTCAATTTGTTTCCCACATGGAATTAGTTAATCTGGGTGTTTGAGAGTGTTCTAG
GCTGGTCCATGTCTTCAATGTTCCTGTTAATTTTTATTTGACCAAAGAACATTTTGTGAGTTGTCATTTTAATTATTGCGGAACTTGGGAAATGAGATGCACACCACGTAAACAATAGTGGTACTGGTTGATATTTTGCTAAGG
>TRINITY_DN107860_c0_g2_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:CAGAAAACCACTGGTTTGGGCATATCTTGTTTGGAATGGAGTGTGGTGGCTATTTGAGCGACTGATGTGGGGGTCAATATTCTCTTTGAAACCCTGGCGGCATGGTGTGTTTGAGAGGGCTTGATACCACATATTCATTCATTCATATTCATTCTCCTCCATTAGCTACTGGATCGATAACTATATTATAGCAGCAGAAA
ACCCACTGTAACCAGTCGGAAAAATCCCCATTTTTTTCCAATACAAATCTCGGGTTTTCCCATCGAATCCTCGGAGGCTAGCGGCCGAACTTAGATTTTTCTTCGTCCATCTTGTACACGTCTGTGCAAGTCGGTATTTCTTTTTTCGATTGACACGCGGTTTTCTTCGACGGAAAACGCTTTTACAGTTGTCTGCTAGG
GCGGTGAAGTCGGCTCCAGTTTTCCCTCTTCGGTGGTACGCAGGAACGGCGTATAACAGGCTGCTGCTGAGAGTTTTAGTTCGTATTTTTTCCGGTTGTCGATTCTGTCTTTTTGCCGGCCAAGGGTCTGCTCTTTCACAGGGTTCTAGGTTTTCCGTTTCTGGGTTTTGCTGTATTTTTCATCTGGCGGTCTAAAGAAA
CACAAATGGCAGCCGCTTCGGCACAAGCAGCTGAACGTATCCATTCCGTCGATACTGAAGCCACCAATTTATTGGAAACTTTGTCTCTCGATCCCCAATCTAAGCCTGCAGATGTCGTGGATGCCACAAAACAGCAGTCTCCCCCACCTCAGTATGTGGTTGGCGAAGGTGCAAATGGTAGTGGTGATGTAGCTGAAGCT
GTTCCTTCAACTGATAGGACCAGTACTCCTCCCGTTCTACAAGACCTGGCAATGGACCCAAATATGTTTTTTGTTCCAAATGGATATACCCACCAAGCTTATTATTATGGAGGTTATGATGGTCCTGTTGGTGAATGGGAGGACTATCGATACATTAATGCGGATGGAGTCGAAATTCCTCCTTCTGGTGTGTATGGCGA
TAACGGTTCAGTTGTTTATCACCCTAGCTTTGGATACGCTCCCCAAGTGCCTTATGGCCCTTATTCTCCAGCTGGCACTCCAGTGCCAACTATGGGAGCTGATGGTCAGTTATATGGGCCTCAGCCGTTCCAATATTCTGGTCCTTTTTATCAGCAACCCGTCCCTCCAGGTGCACAGTATGTTCATCCTCCGACTCCTC
CCTTACCACAGGGAGAAGTTTCAGCATCTACAACTTCTGATCAGGCTACAGTAGATGGCATAAGCGGCAGTGCTAATAATGGGAACACTAATGGTGTTCCCCTGGGTCCAAGACCTAGCTATCCAATGCCTTTATTGCCATCTAATGGTGGATATGGAAGGGGTATTTTGCCTACAAACCATGATGGTGTCAGGACTGTT
GCTCCTTGGCTTGATGGACCAGTAGTCTCAGATGGTCAATACAGGCCTCCCACAAGTAATCCAGTGTCATCTGTGGTGTCACAAACTACTTCTCCTGGTCCACTTGGGCAAAACATGAGGCCTTTACCTCCTGTGATGCCCCACATTCATGGAGTACCACATCCAAGGCCACCTTCTGGCATGGGGCCTGGGCCTAGCTT
CATGAACAGAATTTACCCATCTAACAGAATGTATCCTCACAACAACGCATCTGGTAGATCAAGTCCTGGTTTTGGGGCAAATGGGTTTGAATCCAGACCAAATGGGCGGAATTGGAATGCTTCTGACAAGGGAAGACCAAGAGGAAGAGGTAATGGTGCAATGATGAACAGTAACGAAAATCTGGATATACTAAATGAGC
AAAACCGAGGACCAAGAACGGCAAGATTTAGGAATCAACGGGTTATTCCAGGGGGGGCCCCATGGATAGTGAAGGGGCAAAATGCAAATACAAATGGGAACAGTGAGGAAGCTAATGTTGTTCCAAACAGAGACCAGTATAATAGACCTGAATTTGTAACCAAGTATCCTGATGCAAAGTTTTTCATCATAAAATCTTAT
AGCGAAGATGATATTCACAAGAGCATAAAATATAGTGTTTGGGCCAGCACTCCAAATGGGAACAAAAGATTGGATGCAGCTTACAAGGAGTCCCAAGAGAAGACTGGTGGATGTCCCATTTTTCTATTCTTTTCGGTTAATGCAAGCGGGCAATTTTGTGGTGTTGCAGAGATGACAGGATCTGTAGACTTCAATCAGAG
TGTAGACTATTGGCAGCAAGATAAGTGGAGTGGTCGATTCCCAGTGAAATGGCATATTGTAAAAGATGTTCCCAACAATCAGCTACGCCACATTATTTTGGAAAATAATGATAATAAGCCAGTGACAAACAGTAGGGATACTCAGGAGgtaagttaacttattacttttgaaattcctacttgaaatatatattattctc
tattgccatggttatactatttttaagtaatttacggtaatgcatttgcagGTGATGTTAGATAAAGGTATAGAAATGTTGAAGATTTTTAAGGACTATGTTTCCAAAACATCTATTCTAGATGATTTTGTATTCTACGAAGGCCGTCAGAAGGCAATGCAAGAGAAAAGAGCCAGACAACAGGTACAACAACAGCAAAG
ACAG
Intron 8 GCAAGTTTTA ... TCCCCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.89 | 415 | 0 | 56 |
| A2 | 14.04 | 343 | 1 | 56 |
| A3 | 11.46 | 394 | 3 | 51 |
| A4 | 11.98 | 147 | 0 | 20 |
| A5 | 15.06 | 141 | 2 | 25 |
| A6 | 11.46 | 278 | 0 | 36 |
| A7 | 10.61 | 632 | 0 | 75 |
| A8 | 12.66 | 476 | 3 | 69 |
| A9 | 14.31 | 563 | 5 | 94 |
| A10 | 9.58 | 491 | 0 | 52 |
>TRINITY_DN37855_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoformCTCACCGTGATCTGTATTTCAGCTTGCAAGAACATGTTTATTTTTTTTGTTTACTACTTTTCTGTCAAGGGTTTCTAGGAGGGTTTTGATCTAGGCAGGGTTAGATTTGTAGATTGATAAGGTTGTGTTTATGTTTCTGCCTAGACTGTGATAACTAGTAACTGGTGGTTCCATCAGCTTGGCAGGTCGAGGGTATGTCT
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>TRINITY_DN37855_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:CAACAACAGCAAAGACAGgcaagttttagaaggcaatttttcttgttaatcatgttttcttgaatgtttatgcatgtatgatactgatatactgatattttgggtttgctggatccccttcagAGTTCTCAATCCCGATCAGGAAATGAACTTAACAAGTTACACCCAGAAGATTCTGCATTGAAGACACCGGATGGAAG
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TTGCGGAACTTGGGAAATGAGATGCACACCACGTAAACAATAGTGGTATTGGTTGATATTTTGCTAAGGAATCCTATGGACTGTGAATATCATAC