sp|Q940X9|LRP1A_ARATH ----> La-related protein 1A

Intron 1 GTAAAAGTTT ... TTATGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.21	28	4	18
A2	16.67	25	7	3
A3	25	18	9	3
A4	19.44	29	6	8
A5	12.12	29	1	7
A6	12.68	31	6	3
A7	11.49	104	16	11
A8	16.13	26	7	3
A9	14.71	87	19	11
A10	10.5	81	13	6

>TRINITY_DN99940_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

TCATTTTTAACCCTCTTTAATGTGGATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTC
GATCGATCGCCAGTTCGAATCCTGTCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCTGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGC
TTTTTTGTATTTGGAAAGTTTTGACGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATC
CGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAAGGGCGGTAGCAAGGGCGCCTGGTCACAGGTGGTCCGAGGCCACCAAGTAGAGGCCGATGGTGCACTCAAACCCCCGCACGCTAAAGATAGGTCGAATCCAGAGCTAAGTGAGAAGGAGAATGCTGACGTGTCGTCTGATAAGGGTAAACTTGCGGAGGAGGTAAGCTCTAGCAGGTCC
GATGATCAGGGTTCGATTGGCACGGAGGAAGCTAGCTTGAAGCCGGTTAAGCCTGCATGGAAGAAGCCATCCGATGGTTTGAGTGCAATGACTCAGCAAGGGGGAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGTGATGGGAGCAGAAGCGGCCGCGTGGCCGGCGCTTGCAGATGCCCGTACTGGGAAAGCTGCAGATCCTCCAAAGAC
TGTGACGCAGGGTACTGAGAGTATGCCGGTAGTAACACAGGTATCCACATCAGCAAGCAGTGGCAGTGGAAACCATACTCAGAGCCAACCAGCATCTTTAAATCGGCAGAAGTCAGGTGGAAGGCGTAGTGCTGCTGCTGCAAATGGCATGCCACCAGTGGCTCCCACTCCGACCATGTTTCCGATTGCAGCTGTGCCGC
CACCTTTACCAGTTCAGGACTACATCCTGCCAGGTGGCTCGAATCAAATGATCCCCAACCAGGAAATTCATCCTGAGCTCACTTTCAAGGGTCCTGCTGTCTTGGAAACTGGATTGAAAGGATTTATGCCAGGTCCTGGAAGTATGGACCATGCTAGAAATTTCCCACAGCAGAGATTTGATGGATCCTTTCAGCGAGGT
GATACAAATACATTTCCTAACAATTTTGGTAATAGACGTAGCAATGTGCGAGAGCAGGGAGGAAGGTTTAATCATGGGTGGAATTCTCACCGAGGATTTAATGCGAGAGACAATATCAACATGCAATCAAGAGTTGGACCAAGAAATTTTCTCAGGCCACCACCACCACCACCTCCTTTTATTGGCCCATCTCCAGCATT
TATAAATGCTCCAGGATTTCATGCTGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTGTTGACAATCTTATCAAAGACT
ACTATTTGCGTTCATGTATGGATGCGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAAC
AATTCTGTGTCAATTACAAAGTTTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAA
TGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGT
CTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGGTCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTT
CTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGA
ACTGGCAACAGCTATCAATGACGGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTCGGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATC
CACAGTCCAATACAAGGAGGAGATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATCAACTCCACCAGACAACCATGGGGGA
ACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAATATTTGAAATTCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCG
CAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGCAGTGAGGAAATGAATACTCTCTACCGATTTTGGTCATATTTCCTCAGAAATAATTTCAACCGCTCCATGTATAATGAATTCCGAAGATTAGCACTGGATGATGCAACAGCAAAGTATAATTACGGCATGGAGTGCCTTTTTAGGTTCTACAGCTATGGATTGGAGAAGAAATTTAAGG
AAAGTCTGTATGAAGATTTTGAACAGTTCACCATTGAATTCTACAAGAAGGGGAATCTTTATGGTCTTGAAAAATATTGGGCATTTCATTTTTATCGGAAGAAGGATGCTAGGCCCTTGAAAAAGCATCCAGAATTGGAAAGGTTACTTACAGAGGAGTTCCGAGCATTGGAGGACTTTAGAGCGAAAGAGAAATTACCA
AAAGACAGTAATGCCAATGAGAAAGCTAGCAATGGTTTATCATCTATGGATGATGTGAAGCCTGGGATATCAATATTATCATCTGCTGAGTGAAGCTTTCGAGCCATCAATTACATATTTCAATAATATCAGGATTTTCGCTGCGGTATTCGGTGTTCAATTCTCATTTTTAAGGGGTTATTTCTTGTCAAATAGAAACT
GCATTGGCCTCAATGTAATTGAAGAGTTCCTATCACTACATCGTAAGAGGTAATAATGTGTTACCATCGTTTCATCAACATTGGTTGTTATGCCTCTTGAAAGGTTGATCATTGGGATCCAGTCTGTCTGGTTTTAGAGCTATACATCCACTATGCTCATGGCAGTTGTTGGATTTTCTCTCTGATATGAGCAATGCCTA
GTTAAGGTGGCTGCAAAGTTTGTTAGGTCCTGCAATTTGTTGCTAGCGGCTGTAGCAATTAATATTGGCAGGAATCATTTCATAGCTGCCAGCTTTGTTTTTGGTTACAATCAGGAGGGAACAATTTATTCCTTTTTGTACATATTACAAATAATATGTTTGTACCTGTCAAATAATTTCGATCACCAAGTTCTTAAACG
AGTTATAGTTCTGAAGGGGGTTTATATCTTTTTTGCATGAGGTGTGTTTTTTAAATCGTTATCGGAGGAGATTGCACCATTCACAGAATATTCCTTAATTAATGGGTGCTTTCATTAACATATATAAATATATAACAGGCAATCTATTTATGAGTTATGTAAATTGGCTGCACAATCTCAGTTTCTGTGCTCGCGTGTTG
TATCAGTGTATTGTGTATGAA

>TRINITY_DN99940_c0_g1_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TCATTTTTAACCCTCTTTAATGTGGATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTC
GATCGATCGCCAGTTCGAATCCTGTCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCTGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGC
TTTTTTGTATTTGGAAAGTTTTGACGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATC
CGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAAGGGCGGTAGCAAGGGCGCCTGGTCACAGGTGGTCCGAGGCCACCAAGTAGAGGCCGATGGTGCACTCAAACCCCCGCACGCTAAAGATAGGTCGAATCCAGAGCTAAGTGAGAAGGAGAATGCTGACGTGTCGTCTGATAAGGGTAAACTTGCGGAGGAGGTAAGCTCTAGCAGGTCC
GATGATCAGGGTTCGATTGGCACGGAGGAAGCTAGCTTGAAGCCGGTTAAGCCTGCATGGAAGAAGCCATCCGATGGTTTGAGTGCAATGACTCAGCAAGGGGGAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGTGATGGGAGCAGAAGCGGCCGCGTGGCCGGCGCTTGCAGATGCCCGTACTGGGAAAGCTGCAGATCCTCCAAAGAC
TGTGACGCAGGGTACTGAGAGTATGCCGGTAGTAACACAGGTATCCACATCAGCAAGCAGTGGCAGTGGAAACCATACTCAGAGCCAACCAGCATCTTTAAATCGGCAGAAGTCAGGTGGAAGGCGTAGTGCTGCTGCTGCAAATGGCATGCCACCAGTGGCTCCCACTCCGACCATGTTTCCGATTGCAGCTGTGCCGC
CACCTTTACCAGTTCAGGACTACATCCTGCCAGGTGGCTCGAATCAAATGATCCCCAACCAGGAAATTCATCCTGAGCTCACTTTCAAGGGTCCTGCTGTCTTGGAAACTGGATTGAAAGGATTTATGCCAGGTCCTGGAAGTATGGACCATGCTAGAAATTTCCCACAGCAGAGATTTGATGGATCCTTTCAGCGAGGT
GATACAAATACATTTCCTAACAATTTTGGTAATAGACGTAGCAATGTGCGAGAGCAGGGAGGAAGGTTTAATCATGGGTGGAATTCTCACCGAGGATTTAATGCGAGAGACAATATCAACATGCAATCAAGAGTTGGACCAAGAAATTTTCTCAGGCCACCACCACCACCACCTCCTTTTATTGGCCCATCTCCAGCATT
TATAAATGCTCCAGGATTTCATGgtaaaagttttgacggtagcaataacagattcctcatgtatttgattctcgttcatttattgtttctccacattggagtcaatttttcaatgaggaattacttctctatgagcaatgattgtggttcaatgacaattgttttttgtttttgctgtcttatatgttggtttttttctt
ttctatcttgcaaacttacaatgttgtagccattttatgcacagCTGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTG
TTGACAATCTTATCAAAGACTACTATTTGCGTTCATGTATGGATGCGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGG
CTTTTACCTTCAGGACACAACAATTCTGTGTCAATTACAAAGTTTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAG
GAGCTCATCAGATGCTTCAAATGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTA
GTAGCAGCACAGGTATGGAGTCTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGGTCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCC
AGAGATGATGAAGATACTTTTCTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGA
GCAGGGTGCAATCTCAAATGAACTGGCAACAGCTATCAATGACGGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTCGGGA
GTAGCAATTGTGAAGGATATCCACAGTCCAATACAAGGAGGAGATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATCAACT
CCACCAGACAACCATGGGGGAACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAATATTTGAAATTCTA
CAAGCGTTGCCTGGCAGAGCGCAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGCAGTGAGGAAATGAATACTCTCTACCGATTTTGGTCATATTTCCTCAGAAATAATTTCAACCGCTCCATGTATAATGAATTCCGAAGATTAGCACTGGATGATGCAACAGCAAAGTATAATTACGGCATGGAGTGCCTTTTTAGGTTCTACAGCTATG
GATTGGAGAAGAAATTTAAGGAAAGTCTGTATGAAGATTTTGAACAGTTCACCATTGAATTCTACAAGAAGGGGAATCTTTATGGTCTTGAAAAATATTGGGCATTTCATTTTTATCGGAAGAAGGATGCTAGGCCCTTGAAAAAGCATCCAGAATTGGAAAGGTTACTTACAGAGGAGTTCCGAGCATTGGAGGACTTT
AGAGCGAAAGAGAAATTACCAAAAGACAGTAATGCCAATGAGAAAGCTAGCAATGGTTTATCATCTATGGATGATGTGAAGCCTGGGATATCAATATTATCATCTGCTGAGTGAAGCTTTCGAGCCATCAATTACATATTTCAATAATATCAGGATTTTCGCTGCGGTATTCGGTGTTCAATTCTCATTTTTAAGGGTAT
GGCTAAATTAGCTGATACACATTGAGATGTTCTTTACGTTACAACCCTGTATTTAGTTTTATCACATGGCCCTGATTTTTTCGTAAGGCTTTTCCAGGGTTATTTCTTGTCAAATAGAAACTGCATTGGCCTCAATGTAATTGAAGAGTTCCTATCACTACATCGTAAGAGGTAATAATGTGTTACCATCGTTTCATCAA
CATTGGTTGTTATGCCTCTTGAAAGGTTGATCATTGGGATCCAGTCTGTCTGGTTTTAGAGCTATACATCCACTATGCTCATGGCAGTTGTTGGATTTTCTCTCTGATATGAGCAATGCCTAGTTAAGGTGGCTGCAAAGTTTGTTAGGTCCTGCAATTTGTTGCTAGCGGCTGTAGCAATTAATATTGGCAGGAATCAT
TTCATAGCTGCCAGCTTTGTTTTTGGTTACAATCAGGAGGGAACAATTTATTCCTTTTTGTACATATTACAAATAATATGTTTGTACCTGTCAAATAATTTCGATCACCAAGTTCTTAAACGAGTTATAGTTCTGAAGGGGGTTTATATCTTTTTTGCATGAGGTGTGTTTTTTAAATCGTTATCGGAGGAGATTGCACC
ATTCACAGAATATTCCTTAATTAATGGGTGCTTTCATTAACATATATAAATATATAACAGGCAATCTATTTATGAGTTATGTAAATTGGCTGCACAATCTCAGTTTCTGTGCTCGCGTGTTGTATCAGTGTATTGTGTATGAA

Intron 2 GTAGACATTG ... CAATCAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.8	416	84	1
A2	16.97	225	46	2
A3	21.8	269	75	8
A4	20.88	216	57	3
A5	15.48	71	13	2
A6	10.78	240	29	0
A7	16.42	448	88	2
A8	17.11	315	65	1
A9	18.43	394	89	1
A10	15.7	333	62	0

>TRINITY_DN40024_c4_g4_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

GTGGATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTCGATCGATCGCCAGTTCGAATCC
TGTCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCCGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGCTTTTTTGTATTTGGAAAGTTTT
GACGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATCCGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAA
GGGCGGTAGCAAGGGCGCCTGGTCACAGGTGGTCCGAGGCCACCAAGTAGAGGCCGATGGTGCACTCAAACCCCCGCACGCTAAAGATAGGTCGAATCCAGAGCTAAGTGAGAAGGAGAATGCTGACGTGTCGTCTGATAAGGGTAAACTTGCGGAGGAGGTAAGCTCTAGCAGGTCCGATGATCAGGGTTCGATTGGCA
CGGAGGAAGCTAGCTTGAAGCCGGTTAAGCCTGCATGGAAGAAGCCATCCGATGGTTTGAGTGCAATGACTCAGCAAGGGGGAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGTGATGGGAGCAGAAGCGGCCGCGTGGCCGGCGCTTGCAGATGCCCGTACTGGGAAAGCTGCAGATCCTCCAAAGACTGTGACGCAGGGTACTGAGAGT
ATGCCGGTAGTAACACAGGTATCCACATCAGCAAGCAGTGGCAGTGGAAACCATACTCAGAGCCAACCAGCATCTTTAAATCGGCAGAAGTCAGGTGGAAGGCGTAGTGCTGCTGCTGCAAATGGCATGCCACCAGTGGCTCCCACTCCGACCATGTTTCCGATTGCAGCTGTGCCGCCACCTTTACCAGTTCAGGACTA
CATCCTGCCAGGTGGCTCGAATCAAATGATCCCCAACCAGGAAATTCATCCTGAGCTCACTTTCAAGGGTCCTGCTGTCTTGGAAACTGGATTGAAAGGATTTATGCCAGGTCCTGGAAGTATGGACCATGCTAGAAATTTCCCACAGCAGAGATTTGATGGATCCTTTCAGCGAGGTGATACAAATACATTTCCTAACA
ATTTTGGTAATAGACGTAGCAATGTGCGAGAGCAGGGAGGAAGGTTTAATCATGGGTGGAATTCTCACCGAGGATTTAATGCGAGAGACAATATCAACATGCAATCAAGAGTTGGACCAAGAAATTTTCTCAGGCCACCACCACCACCACCTCCTTTTATTGGCCCATCTCCAGCATTTATAAATGCTCCAGGATTTCAT
GCTGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTGTTGACAATCTTATCAAAGACTACTATTTGCGTTCATGTATGGA
TGCGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAACAATTCTGTGTCAATTACAAAGT
TTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAATGGGCAAGCTTCAGCTACCAGT
GGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGTCTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGT
TGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGGTCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTTCTGCTCGATGAAGAGGTGGAGT
CTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGAACTGGCAACAGCTATCAATGAC
GGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTCGGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATCCACAGTCCAATACAAGGAGGAG
ATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATCAACTCCACCAGACAACCATGGGGGAACAATGGCATCCTCAAAGCTTG
CATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAATATTTGAAATTCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCGCAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGC
AGTGAGGAAATGAATACTCTCTACCGATTTTGGTCATATTTCCTCAGAAATAATTTCAACCGCTCCATGTATAATGAATTCCGAAGATTAGCACTGGATGATGCAACAGCAAAGTATAATTACGGCATGGAGTGCCTTTTTAGGTTCTACAGCTATGGATTGGAGAAGAAATTTAAGGAAAGTCTGTATGAAGATTTTGA
ACAGTTCACCATTGAATTCTACAAGAAGGGGAATCTTTATGGTCTTGAAAAATATTGGGCATTTCATTTTTATCGGAAGAAGGATGCTAGGCCCTTGAAAAAGCATCCAGAATTGGAAAGGTTACTTACAGAGGAGTTCCGAGCATTGGAGGACTTTAGAGCGAAAGAGAAATTACCAAAAGACAGTAATGCCAATGAGA
AAGCTAGCAATGGTTTATCATCTATGGATGATGTGAAGCCTGGGATATCAATATTATCATCTGCTGAGTGAAGCTTTCGAGCCATCAATTACATATTTCAATAATATCAGGATTTTCGCTGCGGTATTCGGTGTTCAATTCTCATTTTTAAGGGTATGGCTAAATTAGCTGATACACATTGAGATGTTCTTTACGTTACA
ACCCTGTATTTAGTTTTATCACATGGCCCTGATTTTTTCGTAAGGCTTTTCCAGGGTTATTTCTTGTCAAATAGAAACTGCATTGGCCTCAATGTAATTGAAGAGTTCCTATCACTACATCGTAAGAGGTAATAATGTGTTACCATCGTTTCATCAACATTGGTTGTTATGCCTCTTGAAAGGTTGATCATTGGGATCCA
GTCTGTCTGGTTTTAGAGCTATACATCCACTATGCTCATGGCAGTTGTTGGATTTTCTCTCTGATATGAGCAATGCCTAGTTAAGGTGGCTGCAAAGTTTGTTAGGTCCTGCAATTTGTTGCTAGCGGCTGTAGCAATTAATATTGGCAGGAATCATTTCATAGCTGCCAGCTTTGTTTTTGGTTACAATCAGGAGGGAA
CAATTTATTCCTTTTTGTACATATTACAAATAATATGTTTGTACCTGTCAAATAATTTCGATCACCAAGTTCTTAAACGAGTTATAGTTCTGAAGGGGGTTTATATCTTTTTTGCATGAGGTGTGTTTTTTAAATCGTTATCGGAGGAGATTGCACCATTCACAGAATATTCCTTAATTAATGGGTGCTTTCATTAACAT
ATATAAATATATAACAGGCAATCTATTTATGAGTTATGTAAATTGGCTGCACAATCTCAGTTTCTGTGCTCGCGTGTTGTATCAGTGTATTGTGTATGAAATTAGCTGGAACTAGTAAAAAACATTGATTCGACAAGCCTGCACAAAAAACGGCGTATGAAACTAGTAAAAGTGTTGAATGCCCTTAAAAAGGGCCCCAT
GAGGTTGGGGCTATTTTTTATGCAGAATGATTCTTGTTTAAAATGAAATTCCTGGATTTTCGTTTTTATTCATTTTTGCAGTGGCATGTTGTTGAGGAGGATTTTTTAGTTGCATCATGGCTTCTGCTGTAAATTTTCAAATTTTCGGCAACAATCAAGACGTCGATGTCTAGCTATGTCAAGGTACTGTATGTGTTTGT
ACTGAAAATATCCAATTTTTCTTGGCA

>TRINITY_DN40024_c4_g4_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTGGATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTCGATCGATCGCCAGTTCGAATCC
TGTCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCCGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGCTTTTTTGTATTTGGAAAGTTTT
GACGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATCCGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAA
GGGCGGTAGCAAGGGCGCCTGGTCACAGGTGGTCCGAGGCCACCAAGTAGAGGCCGATGGTGCACTCAAACCCCCGCACGCTAAAGATAGGTCGAATCCAGAGCTAAGTGAGAAGGAGAATGCTGACGTGTCGTCTGATAAGGGTAAACTTGCGGAGGAGGTAAGCTCTAGCAGGTCCGATGATCAGGGTTCGATTGGCA
CGGAGGAAGCTAGCTTGAAGCCGGTTAAGCCTGCATGGAAGAAGCCATCCGATGGTTTGAGTGCAATGACTCAGCAAGGGGGAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGTGATGGGAGCAGAAGCGGCCGCGTGGCCGGCGCTTGCAGATGCCCGTACTGGGAAAGCTGCAGATCCTCCAAAGACTGTGACGCAGGGTACTGAGAGT
ATGCCGGTAGTAACACAGGTATCCACATCAGCAAGCAGTGGCAGTGGAAACCATACTCAGAGCCAACCAGCATCTTTAAATCGGCAGAAGTCAGGTGGAAGGCGTAGTGCTGCTGCTGCAAATGGCATGCCACCAGTGGCTCCCACTCCGACCATGTTTCCGATTGCAGCTGTGCCGCCACCTTTACCAGTTCAGGACTA
CATCCTGCCAGGTGGCTCGAATCAAATGATCCCCAACCAGGAAATTCATCCTGAGCTCACTTTCAAGGGTCCTGCTGTCTTGGAAACTGGATTGAAAGGATTTATGCCAGGTCCTGGAAGTATGGACCATGCTAGAAATTTCCCACAGCAGAGATTTGATGGATCCTTTCAGCGAGGTGATACAAATACATTTCCTAACA
ATTTTGGTAATAGACGTAGCAATGTGCGAGAGCAGGGAGGAAGGTTTAATCATGGGTGGAATTCTCACCGAGGATTTAATGCGAGAGACAATATCAACATGCAATCAAGAGTTGGACCAAGAAATTTTCTCAGGCCACCACCACCACCACCTCCTTTTATTGGCCCATCTCCAGCATTTATAAATGCTCCAGGATTTCAT
GCTGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTGTTGACAATCTTATCAAAGACTACTATTTGCGTTCATGTATGGA
TGCGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAACAATTCTGTGTCAATTACAAAGT
TTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAATGGGCAAGCTTCAGCTACCAGT
GGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGTCTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGT
TGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGGTCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTTCTGCTCGATGAAGAGGTGGAGT
CTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGAACTGGCAACAGCTATCAATGAC
GGCCTTTATTTTTATGAACAGgtagacattgatcttgtttgtatctttatgggtgccaagagaaacatgggcaagcgggcatttatattcagagaaatcaattgtcttcaagagtattatcctgtttatccatttcttagtggtgtggaatggctattgccatttttccaatcagcagGAGCTACGAAACGAG

Intron 3 GTGAGCAAAT ... GTGAGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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>TRINITY_DN127768_c2_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGTTTGATATACATGTTTTGTGAGATGATGCTGCAATCATATGTATTTGATGTGTAGTCACGTGAAACAAAGCACCATTTTTTGGCATGAAGTTGCATTGGCCTGCTTTTGATGTCTGACATGATTTTGCACTCTTTTTGGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAA
CTGGCTTTTACCTTCAGGACACAACAATTCTGTGTCAATTACAAAGTTTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAA
CAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAATGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGG
TCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGTCTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTAT
ATCCAGAGATGATGAAGATACTTTTCTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGA
GAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGAACTGGCAACAGCTATCAATGACGGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTC
GGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATCCACAGTCCAATACAAGGAGGAGATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATC
AACTCCACCAGACAACCATGGGGGAACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAATATTTGAAAT
TCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCGCAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGCAGTGAGGAAATGAATACTCTCTACCGATTTTGGTCATATTTCCTCAGAAATAATTTCAACCGCTCCATGTATAATGAATTCCGAAGATTAGCACTGGATGATGCAACAGCAAAGTATAATTACGGCATGGAGTGCCTTTTTAGGTTCTACAGC
TATGGATTGGAGAAGAAATTTAAGGAAAGTCTGTATGAAGATTTTGAACAGTTCACCATTGAATTCTACAAGAAGGGGAATCTTTATGGTCTTGAAAAATATTGGGCATTTCATTTTTATCGGAAGAAGGATGCTAGGCCCTTGAAAAAGCATCCAGAATTGGAAAGGTTACTTACAGAGGAGTTCCGAGCATTGGAGGA
CTTTAGAGCGAAAGAGAAATTACCAAAAGACAGTAATGCCAATGAGAAAGCTAGCAATGGTTTATCATCTATGGATGATGTGAAGCCTGGGATATCAATATTATCATCTGCTGAGTGAAGCTTTCGAGCCATCAATTACATATTTCAATAATATCAGGATTTTCGCTGCGGTATTCGGTGTTCAATTCTCATTTTTAAGG
GTATGGCTAAATTAGCTGATACACATTGAGATGTTCTTTACGTTACAACCCTGTATTTAGTTTTATCACATGGCCCTGATTTTTTCGTAAGGCTTTTCCAGGGTTATTTCTTGTCAAATAGAAACTGCATTGGCCTCAATGTAATTGAAGAGTTCCTATCACTACATCGTAAGAGGTAATAATGTGTTACCATCGTTTCA
TCAACATTGGTTGTTATGCCTCTTGAAAGGTTGATCATTGGGATCCAGTCTGTCTGGTTTTAGAGCTATACATCCACTATGCTCATGGCAGTTGTTGGATTTTCTCTCTGATATGAGCAATGCCTAGTTAAGGTGGCTGCAAAGTTTGTTAGGTCCTGCAATTTGTTGCTAGCGGCTGTAGCAATTAATATTGGCAGGAA
TCATTTCATAGCTGCCAGCTTTGTTTTTGGTTACAATCAGGAGGGAACAATTTATTCCTTTTTGTACATATTACAAATAATATGTTTGTACCTGTCAAATAATTTCGATCACCAAGTTCTTAAACGAGTTATAGTTCTGAAGGGGGTTTATATCTTTTTTGCATGAGGTGTGTTTTTTAAATCGTTATCGGAGGAGATTG
CACCATTCACAGAATATTCCTTAATTAATGGGTGCTTTCATTAACATATATAAATATATAACAGGCAATCTATTTATGAGTTATGTAAATTGGCTGCACAATCTCAGTTTCTGTGCTCGCGTGTTGTATCAGTGTATTGTGTATGAAATTAGCTGGAACTAGTAAAAAACATTGATTCGACAAGCCTGCACAAAAAACGG
CGTATGAAACTAGTAAAAGTGTTGAATGCCCTTAAAAAGGGCCCCATGAGGTTGGGGCTATTTTTTATGCAGAATGATTCTTGTTTAAAATGAAATTCCTGGATTTTCGTTTTTATTCATTTTTGCAGTGGCATGTTGTTGAGG

>TRINITY_DN127768_c2_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTCGATCGATCGCCAGTTCGAATCCTG
TCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCTGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGCTTTTTTGTATTTGGAAAGTTTTGA
CGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATCCGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAAGG
GCGGTAGCAAGGGCGCCTGGTCACAGGTGGTCCGAGGCCACCAAGTAGAGGCCGATGGTGCACTCAAACCCCCGCACGCTAAAGATAGGTCGAATCCAGAGCTAAGTGAGAAGGAGAATGCTGACGTGTCGTCTGATAAGGGTAAACTTGCGGAGGAGGTAAGCTCTAGCAGGTCCGATGATCAGGGTTCGATTGGCACG
GAGGAAGCTAGCTTGAAGCCGGTTAAGCCTGCATGGAAGAAGCCATCCGATGGTTTGAGTGCAATGACTCAGCAAGGGGGAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGTGATGGGAGCAGAAGCGGCCGCGTGGCCGGCGCTTGCAGATGCCCGTACTGGGAAAGCTGCAGATCCTCCAAAGACTGTGACGCAGGGTACTGAGAGTAT
GCCGGTAGTAACACAGGTATCCACATCAGCAAGCAGTGGCAGTGGAAACCATACTCAGAGCCAACCAGCATCTTTAAATCGGCAGAAGTCAGGTGGAAGGCGTAGTGCTGCTGCTGCAAATGGCATGCCACCAGTGGCTCCCACTCCGACCATGTTTCCGATTGCAGCTGTGCCGCCACCTTTACCAGTTCAGGACTACA
TCCTGCCAGGTGGCTCGAATCAAATGATCCCCAACCAGGAAATTCATCCTGAGCTCACTTTCAAGGGTCCTGCTGTCTTGGAAACTGGATTGAAAGGATTTATGCCAGGTCCTGGAAGTATGGACCATGCTAGAAATTTCCCACAGCAGAGATTTGATGGATCCTTTCAGCGAGGTGATACAAATACATTTCCTAACAAT
TTTGGTAATAGACGTAGCAATGTGCGAGAGCAGGGAGGAAGGTTTAATCATGGGTGGAATTCTCACCGAGGATTTAATGCGAGAGACAATATCAACATGCAATCAAGAGTTGGACCAAGAAATTTTCTCAGGCCACCACCACCACCACCTCCTTTTATTGGCCCATCTCCAGCATTTATAAATGCTCCAGGATTTCATGC
TGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTGTTGACAATCTTATCAAAGACTACTATTTGCGTTCATGTATGGATG
CGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAACAATTCTGTGTCAATTACAAAGTTT
CATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAATGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGG
AATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGTCTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTG
CCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTTCTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCT
GATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGAACTGGCAACAGCTATCAATGACGG
CCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTCGGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATCCACAGTCCAATACAAGGAGGAGAT
CAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATCAACTCCACCAGACAACCATGGGGGAACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCA
TCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAgtgagcaaatgtagcaaatgttttgacctgaattatagtccatagtagtgtctcatagaa
tcttttataagctattttgttttcttttttctttcctgatatgcactgcttggtgagtttagATATTTGAAATTCTACAAGCGTT

Intron 4 GTATGGCTAA ... GCTTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.07	74.5	348	286
A2	77.31	69.9	264	206
A3	80.24	59.1	261	214
A4	84.56	40	247	187
A5	71.71	35.4	91	88
A6	79.35	303.4	1272	1045
A7	76.7	232.5	881	637
A8	78.24	330.4	1358	996
A9	75.99	246.5	846	701
A10	80	117.4	540	388

>TRINITY_DN108890_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCATTTTTAACCCTCTTTAATGTGGATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTC
GATCGATCGCCAGTTCGAATCCTGTCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCTGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGC
TTTTTTGTATTTGGAAAGTTTTGACGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATC
CGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAAGGGCGGTAGCAAGGGCGCCTGGTCACAGGTGGTCCGAGGCCACCAAGTAGAGGCCGATGGTGCACTCAAACCCCCGCACGCTAAAGATAGGTCGAATCCAGAGCTAAGTGAGAAGGAGAATGCTGACGTGTCGTCTGATAAGGGTAAACTTGCGGAGGAGGTAAGCTCTAGCAGGTCC
GATGATCAGGGTTCGATTGGCACGGAGGAAGCTAGCTTGAAGCCGGTTAAGCCTGCATGGAAGAAGCCATCCGATGGTTTGAGTGCAATGACTCAGCAAGGGGGAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGTGATGGGAGCAGAAGCGGCCGCGTGGCCGGCGCTTGCAGATGCCCGTACTGGGAAAGCTGCAGATCCTCCAAAGAC
TGTGACGCAGGGTACTGAGAGTATGCCGGTAGTAACACAGGTATCCACATCAGCAAGCAGTGGCAGTGGAAACCATACTCAGAGCCAACCAGCATCTTTAAATCGGCAGAAGTCAGGTGGAAGGCGTAGTGCTGCTGCTGCAAATGGCATGCCACCAGTGGCTCCCACTCCGACCATGTTTCCGATTGCAGCTGTGCCGC
CACCTTTACCAGTTCAGGACTACATCCTGCCAGGTGGCTCGAATCAAATGATCCCCAACCAGGAAATTCATCCTGAGCTCACTTTCAAGGGTCCTGCTGTCTTGGAAACTGGATTGAAAGGATTTATGCCAGGTCCTGGAAGTATGGACCATGCTAGAAATTTCCCACAGCAGAGATTTGATGGATCCTTTCAGCGAGGT
GATACAAATACATTTCCTAACAATTTTGGTAATAGACGTAGCAATGTGCGAGAGCAGGGAGGAAGGTTTAATCATGGGTGGAATTCTCACCGAGGATTTAATGCGAGAGACAATATCAACATGCAATCAAGAGTTGGACCAAGAAATTTTCTCAGGCCACCACCACCACCACCTCCTTTTATTGGCCCATCTCCAGCATT
TATAAATGCTCCAGGATTTCATGCTGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTGTTGACAATCTTATCAAAGACT
ACTATTTGCGTTCATGTATGGATGCGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAAC
AATTCTGTGTCAATTACAAAGTTTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAA
TGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGT
CTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTT
CTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGA
ACTGGCAACAGCTATCAATGACGGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTCGGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATC
CACAGTCCAATACAAGGAGGAGATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATCAACTCCACCAGACAACCATGGGGGA
ACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAATATTTGAAATTCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCG
CAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGCAGTGAGGAAATGAATACTCTCTACCGATTTTGGTCATATTTCCTCAGAAATAATTTCAACCGCTCCATGTATAATGAATTCCGAAGATTAGCACTGGATGATGCAACAGCAAAGTATAATTACGGCATGGAGTGCCTTTTTAGGTTCTACAGCTATGGATTGGAGAAGAAATTTAAGG
AAAGTCTGTATGAAGATTTTGAACAGTTCACCATTGAATTCTACAAGAAGGGGAATCTTTATGGTCTTGAAAAATATTGGGCATTTCATTTTTATCGGAAGAAGGATGCTAGGCCCTTGAAAAAGCATCCAGAATTGGAAAGGTTACTTACAGAGGAGTTCCGAGCATTGGAGGACTTTAGAGCGAAAGAGAAATTACCA
AAAGACAGTAATGCCAATGAGAAAGCTAGCAATGGTTTATCATCTATGGATGATGTGAAGCCTGGGATATCAATATTATCATCTGCTGAGTGAAGCTTTCGAGCCATCAATTACATATTTCAATAATATCAGGATTTTCGCTGCGGTATTCGGTGTTCAATTCTCATTTTTAAGGGGTTATTTCTTGTCAAATAGAAACT
GCATTGGCCTCAATGTAATTGAAGAGTTCCTATCACTACATCGTAAGAGGTAATAATGTGTTACCATCGTTTCATCAACATTGGTTGTTATGCCTCTTGAAAGGTTGATCATTGGGATCCAGTCTGTCTGGTTTTAGAGCTATACATCCACTATGCTCATGGCAGTTGTTGGATTTTCTCTCTGATATGAGCAATGCCTA
GTTAAGGTGGCTGCAAAGTTTGTTAGGTCCTGCAATTTGTTGCTAGCGGCTGTAGCAATTAATATTGGCAGGAATCATTTCATAGCTGCCAGCTTTGTTTTTGGTTACAATCAGGAGGGAACAATTTATTCCTTTTTGTACATATTACAAATAATATGTTTGTACCTGTCAAATAATTTCGATCACCAAGTTCTTAAACG
AGTTATAGTTCTGAAGGGGGTTTATATCTTTTTTGCATGAGGTGTGTTTTTTAAATCGTTATCGGAGGAGATTGCACCATTCACAGAATATTCCTTAATTAATGGGTGCTTTCATTAACATATATAAATATATAACAGGCAATCTATTTATGAGTTATGTAAATTGGCTGCACAATCTCAGTTTCTGTGCTCGCGTGTTG
TATCAGTGTATTGTGTATGAAATTAGCTGGAACTAGTAAAAAACATTGATTCGACAAGCCTGCACAAAAAACGGCGTATGAAACTAGTAAAAGTGTTGAATGCCCTTAAAAAGGGCCCCATGAGGTTGGGGCTATTTTTTATGCAGAATGATTCTTGTTTAAAATGAAATTCCTGGATTTTCGTTTTTATTCATTTTTGC
AGTGGCATGTTGTTGAGGAG

>TRINITY_DN108890_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCATTTTTAACCCTCTTTAATGTGGATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTC
GATCGATCGCCAGTTCGAATCCTGTCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCTGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGC
TTTTTTGTATTTGGAAAGTTTTGACGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATC
CGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAAGGGCGGTAGCAAGGGCGCCTGGTCACAGGTGGTCCGAGGCCACCAAGTAGAGGCCGATGGTGCACTCAAACCCCCGCACGCTAAAGATAGGTCGAATCCAGAGCTAAGTGAGAAGGAGAATGCTGACGTGTCGTCTGATAAGGGTAAACTTGCGGAGGAGGTAAGCTCTAGCAGGTCC
GATGATCAGGGTTCGATTGGCACGGAGGAAGCTAGCTTGAAGCCGGTTAAGCCTGCATGGAAGAAGCCATCCGATGGTTTGAGTGCAATGACTCAGCAAGGGGGAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGTGATGGGAGCAGAAGCGGCCGCGTGGCCGGCGCTTGCAGATGCCCGTACTGGGAAAGCTGCAGATCCTCCAAAGAC
TGTGACGCAGGGTACTGAGAGTATGCCGGTAGTAACACAGGTATCCACATCAGCAAGCAGTGGCAGTGGAAACCATACTCAGAGCCAACCAGCATCTTTAAATCGGCAGAAGTCAGGTGGAAGGCGTAGTGCTGCTGCTGCAAATGGCATGCCACCAGTGGCTCCCACTCCGACCATGTTTCCGATTGCAGCTGTGCCGC
CACCTTTACCAGTTCAGGACTACATCCTGCCAGGTGGCTCGAATCAAATGATCCCCAACCAGGAAATTCATCCTGAGCTCACTTTCAAGGGTCCTGCTGTCTTGGAAACTGGATTGAAAGGATTTATGCCAGGTCCTGGAAGTATGGACCATGCTAGAAATTTCCCACAGCAGAGATTTGATGGATCCTTTCAGCGAGGT
GATACAAATACATTTCCTAACAATTTTGGTAATAGACGTAGCAATGTGCGAGAGCAGGGAGGAAGGTTTAATCATGGGTGGAATTCTCACCGAGGATTTAATGCGAGAGACAATATCAACATGCAATCAAGAGTTGGACCAAGAAATTTTCTCAGGCCACCACCACCACCACCTCCTTTTATTGGCCCATCTCCAGCATT
TATAAATGCTCCAGGATTTCATGCTGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTGTTGACAATCTTATCAAAGACT
ACTATTTGCGTTCATGTATGGATGCGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAAC
AATTCTGTGTCAATTACAAAGTTTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAA
TGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGT
CTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTT
CTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGA
ACTGGCAACAGCTATCAATGACGGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTCGGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATC
CACAGTCCAATACAAGGAGGAGATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATCAACTCCACCAGACAACCATGGGGGA
ACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAATATTTGAAATTCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCG
CAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGCAGTGAGGAAATGAATACTCTCTACCGATTTTGGTCATATTTCCTCAGAAATAATTTCAACCGCTCCATGTATAATGAATTCCGAAGATTAGCACTGGATGATGCAACAGCAAAGTATAATTACGGCATGGAGTGCCTTTTTAGGTTCTACAGCTATGGATTGGAGAAGAAATTTAAGG
AAAGTCTGTATGAAGATTTTGAACAGTTCACCATTGAATTCTACAAGAAGGGGAATCTTTATGGTCTTGAAAAATATTGGGCATTTCATTTTTATCGGAAGAAGGATGCTAGGCCCTTGAAAAAGCATCCAGAATTGGAAAGGTTACTTACAGAGGAGTTCCGAGCATTGGAGGACTTTAGAGCGAAAGAGAAATTACCA
AAAGACAGTAATGCCAATGAGAAAGCTAGCAATGGTTTATCATCTATGGATGATGTGAAGCCTGGGATATCAATATTATCATCTGCTGAGTGAAGCTTTCGAGCCATCAATTACATATTTCAATAATATCAGGATTTTCGCTGCGGTATTCGGTGTTCAATTCTCATTTTTAAGGgtatggctaaattagctgatacaca
ttgagatgttctttacgttacaaccctgtatttagttttatcacatggccctgattttttcgtaaggcttttccagGGTTATTTCTTGTCAAATAGAAACTGCATTGGCCTCAATGTAATTGAAGAGTTCCTATCACTACATCGTAAGAGGTAATAATGTGTTACCATCGTTTCATCAACATTGGTTGTTATGCCTCTTG
AAAGGTTGATCATTGGGATCCAGTCTGTCTGGTTTTAGAGCTATACATCCACTATGCTCATGGCAGTTGTTGGATTTTCTCTCTGATATGAGCAATGCCTAGTTAAGGTGGCTGCAAAGTTTGTTAGGTCCTGCAATTTGTTGCTAGCGGCTGTAGCAATTAATATTGGCAGGAATCATTTCATAGCTGCCAGCTTTGTT
TTTGGTTACAATCAGGAGGGAACAATTTATTCCTTTTTGTACATATTACAAATAATATGTTTGTACCTGTCAAATAATTTCGATCACCAAGTTCTTAAACGAGTTATAGTTCTGAAGGGGGTTTATATCTTTTTTGCATGAGGTGTGTTTTTTAAATCGTTATCGGAGGAGATTGCACCATTCACAGAATATTCCTTAAT
TAATGGGTGCTTTCATTAACATATATAAATATATAACAGGCAATCTATTTATGAGTTATGTAAATTGGCTGCACAATCTCAGTTTCTGTGCTCGCGTGTTGTATCAGTGTATTGTGTATGAAATTAGCTGGAACTAGTAAAAAACATTGATTCGACAAGCCTGCACAAAAAACGGCGTATGAAACTAGTAAAAGTGTTGA
ATGCCCTTAAAAAGGGCCCCATGAGGTTGGGGCTATTTTTTATGCAGAATGATTCTTGTTTAAAATGAAATTCCTGGATTTTCGTTTTTATTCATTTTTGCAGTGGCATGTTGTTGAGGAG

Intron 5 GTGTGCTCTT ... GTTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.12	88	0	25
A2	29.82	40	1	17
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>TRINITY_DN108890_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCATTTTTAACCCTCTTTAATGTGGATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTC
GATCGATCGCCAGTTCGAATCCTGTCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCTGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGC
TTTTTTGTATTTGGAAAGTTTTGACGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATC
CGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAAGGGCGGTAGCAAGGGCGCCTGGTCACAGGTGGTCCGAGGCCACCAAGTAGAGGCCGATGGTGCACTCAAACCCCCGCACGCTAAAGATAGGTCGAATCCAGAGCTAAGTGAGAAGGAGAATGCTGACGTGTCGTCTGATAAGGGTAAACTTGCGGAGGAGGTAAGCTCTAGCAGGTCC
GATGATCAGGGTTCGATTGGCACGGAGGAAGCTAGCTTGAAGCCGGTTAAGCCTGCATGGAAGAAGCCATCCGATGGTTTGAGTGCAATGACTCAGCAAGGGGGAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGTGATGGGAGCAGAAGCGGCCGCGTGGCCGGCGCTTGCAGATGCCCGTACTGGGAAAGCTGCAGATCCTCCAAAGAC
TGTGACGCAGGGTACTGAGAGTATGCCGGTAGTAACACAGGTATCCACATCAGCAAGCAGTGGCAGTGGAAACCATACTCAGAGCCAACCAGCATCTTTAAATCGGCAGAAGTCAGGTGGAAGGCGTAGTGCTGCTGCTGCAAATGGCATGCCACCAGTGGCTCCCACTCCGACCATGTTTCCGATTGCAGCTGTGCCGC
CACCTTTACCAGTTCAGGACTACATCCTGCCAGGTGGCTCGAATCAAATGATCCCCAACCAGGAAATTCATCCTGAGCTCACTTTCAAGGGTCCTGCTGTCTTGGAAACTGGATTGAAAGGATTTATGCCAGGTCCTGGAAGTATGGACCATGCTAGAAATTTCCCACAGCAGAGATTTGATGGATCCTTTCAGCGAGGT
GATACAAATACATTTCCTAACAATTTTGGTAATAGACGTAGCAATGTGCGAGAGCAGGGAGGAAGGTTTAATCATGGGTGGAATTCTCACCGAGGATTTAATGCGAGAGACAATATCAACATGCAATCAAGAGTTGGACCAAGAAATTTTCTCAGGCCACCACCACCACCACCTCCTTTTATTGGCCCATCTCCAGCATT
TATAAATGCTCCAGGATTTCATGCTGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTGTTGACAATCTTATCAAAGACT
ACTATTTGCGTTCATGTATGGATGCGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAAC
AATTCTGTGTCAATTACAAAGTTTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAA
TGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGT
CTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTT
CTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGA
ACTGGCAACAGCTATCAATGACGGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTCGGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATC
CACAGTCCAATACAAGGAGGAGATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATCAACTCCACCAGACAACCATGGGGGA
ACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAATATTTGAAATTCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCG
CAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGCAGTGAGGAAATGAATACTCTCTACCGATTTTGGTCATATTTCCTCAGAAATAATTTCAACCGCTCCATGTATAATGAATTCCGAAGATTAGCACTGGATGATGCAACAGCAAAGTATAATTACGGCATGGAGTGCCTTTTTAGGTTCTACAGCTATGGATTGGAGAAGAAATTTAAGG
AAAGTCTGTATGAAGATTTTGAACAGTTCACCATTGAATTCTACAAGAAGGGGAATCTTTATGGTCTTGAAAAATATTGGGCATTTCATTTTTATCGGAAGAAGGATGCTAGGCCCTTGAAAAAGCATCCAGAATTGGAAAGGTTACTTACAGAGGAGTTCCGAGCATTGGAGGACTTTAGAGCGAAAGAGAAATTACCA
AAAGACAGTAATGCCAATGAGAAAGCTAGCAATGGTTTATCATCTATGGATGATGTGAAGCCTGGGATATCAATATTATCATCTGCTGAGTGAAGCTTTCGAGCCATCAATTACATATTTCAATAATATCAGGATTTTCGCTGCGGTATTCGGTGTTCAATTCTCATTTTTAAGGGTATGGCTAAATTAGCTGATACACA
TTGAGATGTTCTTTACGTTACAACCCTGTATTTAGTTTTATCACATGGCCCTGATTTTTTCGTAAGGCTTTTCCAGGGTTATTTCTTGTCAAATAGAAACTGCATTGGCCTCAATGTAATTGAAGAGTTCCTATCACTACATCGTAAGAGGTAATAATGTGTTACCATCGTTTCATCAACATTGGTTGTTATGCCTCTTG
AAAGGTTGATCATTGGGATCCAGTCTGTCTGGTTTTAGAGCTATACATCCACTATGCTCATGGCAGTTGTTGGATTTTCTCTCTGATATGAGCAATGCCTAGTTAAGGTGGCTGCAAAGTTTGTTAGGTCCTGCAATTTGTTGCTAGCGGCTGTAGCAATTAATATTGGCAGGAATCATTTCATAGCTGCCAGCTTTGTT
TTTGGTTACAATCAGGAGGGAACAATTTATTCCTTTTTGTACATATTACAAATAATATGTTTGTACCTGTCAAATAATTTCGATCACCAAGTTCTTAAACGAGTTATAGTTCTGAAGGGGGTTTATATCTTTTTTGCATGAGGTGTGTTTTTTAAATCGTTATCGGAGGAGATTGCACCATTCACAGAATATTCCTTAAT
TAATGGGTGCTTTCATTAACATATATAAATATATAACAGGCAATCTATTTATGAGTTATGTAAATTGGCTGCACAATCTCAGTTTCTGTGCTCGCGTGTTGTATCAGTGTATTGTGTATGAAATTAGCTGGAACTAGTAAAAAACATTGATTCGACAAGCCTGCACAAAAAACGGCGTATGAAACTAGTAAAAGTGTTGA
ATGCCCTTAAAAAGGGCCCCATGAGGTTGGGGCTATTTTTTATGCAGAATGATTCTTGTTTAAAATGAAATTCCTGGATTTTCGTTTTTATTCATTTTTGCAGTGGCATGTTGTTGAGGAG

>TRINITY_DN108890_c0_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAACAGATCGAATACTATTTCAGgtgtgctcttccgaaagttgctgtttgaccattttcaagagtatttcagtgttttgtgctcaattttctggattggtctggagtgtctttctttgtggcattggttttcatttttttcttttccttgttgatgcagTGTTGACAATCTTATCAAAGACTACTATTTGCGTTCATGTA
TGGATGCGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAACAATTCTGTGTCAATTACA
AAGTTTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAATGGGCAAGCTTCAGCTAC
CAGTGGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGTCTTGCTCTCAGCAAGCAG
AAGTTGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTTCTGCTCGATGAAGAGGTG
GAGTCTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGAACTGGCAACAGCTATCAA
TGACGGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTCGGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATCCACAGTCCAATACAAGGA
GGAGATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATCAACTCCACCAGACAACCATGGGGGAACAATGGCATCCTCAAAG
CTTGCATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAATATTTGAAATTCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCGCAAGAGAGCTGGTGTTGG
TTGCAGTGAGGAAATGAATACTCTCTACCGATTTTGGTCATATTTCCTCAGAAATAATTTCAACCGCTCCATGTATAATGAATTCCGAAGATTAGCACTGGATGATGCAACAGCAAAGTATAATTACGGCATGGAGTGCCTTTTTAGGTTCTACAGCTATGGATTGGAGAAGAAATTTAAGGAAAGTCTGTATGAAGATT
TTGAACAGTTCACCATTGAATTCTACAAGAAGGGGAATCTTTATGGTCTTGAAAAATATTGGGCATTTCATTTTTATCGGAAGAAGGATGCTAGGCCCTTGAAAAAGCATCCAGAATTGGAAAGGTTACTTACAGAGGAGTTCCGAGCATTGGAGGACTTTAGAGCGAAAGAGAAATTACCAAAAGACAGTAATGCCAAT
GAGAAAGCTAGCAATGGTTTATCATCTATGGATGATGTGAAGCCTGGGATATCAATATTATCATCTGCTGAGTGAAGCTTTCGAGCCATCAATTACATATTTCAATAATATCAGGATTTTCGCTGCGGTATTCGGTGTTCAATTCTCATTTTTAAGGGTATGGCTAAATTAGCTGATACACATTGAGATGTTCTTTACGT
TACAACCCTGTATTTAGTTTTATCACATGGCCCTGATTTTTTCGTAAGGCTTTTCCAGGGTTATTTCTTGTCAAATAGAAACTGCATTGGCCTCAATGTAATTGAAGAGTTCCTATCACTACATCGTAAGAGGTAATAATGTGTTACCATCGTTTCATCAACATTGGTTGTTATGCCTCTTGAAAGGTTGATCATTGGGA
TCCAGTCTGTCTGGTTTTAGAGCTATACATCCACTATGCTCATGGCAGTTGTTGGATTTTCTCTCTGATATGAGCAATGCCTAGTTAAGGTGGCTGCAAAGTTTGTTAGGTCCTGCAATTTGTTGCTAGCGGCTGTAGCAATTAATATTGGCAGGAATCATTTCATAGCTGCCAGCTTTGTTTTTGGTTACAATCAGGAG
GGAACAATTTATTCCTTTTTGTACATATTACAAATAATATGTTTGTACCTGTCAAATAATTTCGATCACCAAGTTCTTAAACGAGTTATAGTTCTGAAGGGGGTTTATATCTTTTTTGCATGAGGTGTGTTTTTTAAATCGTTATCGGAGGAGATTGCACCATTCACAGAATATTCCTTAATTAATGGGTGCTTTCATTA
ACATATATAAATATATAACAGGCAATCTATTTATGAGTTATGTAAATTGGCTGCACAATCTCAGTTTCTGTGCTCGCGTGTTGTATCAGTGTATTGTGTATGAAATTAGCTGGAACTAGTAAAAAACATTGATTCGACAAGCCTGCACAAAAAACGGCGTATGAAACTAGTAAAAGTGTTGAATGCCCTTAAAAAGGGCC
CCATGAGGTTGGGGCTATTTTTTATGCAGAATGATTCTTGTTTAAAATGAAATTCCTGGATTTTCGTTTTTATTCATTTTTGCAGTGGCATGTTGTTGAGGAG

Intron 6 GTTAGTAGTC ... TCTTGACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A6	19.32	330	0	79
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A8	19.36	404	0	97
A9	17.33	372	0	78
A10	16.18	259	0	50

>TRINITY_DN108890_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCATTTTTAACCCTCTTTAATGTGGATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTC
GATCGATCGCCAGTTCGAATCCTGTCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCTGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGC
TTTTTTGTATTTGGAAAGTTTTGACGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATC
CGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAAGGGCGGTAGCAAGGGCGCCTGGTCACAGGTGGTCCGAGGCCACCAAGTAGAGGCCGATGGTGCACTCAAACCCCCGCACGCTAAAGATAGGTCGAATCCAGAGCTAAGTGAGAAGGAGAATGCTGACGTGTCGTCTGATAAGGGTAAACTTGCGGAGGAGGTAAGCTCTAGCAGGTCC
GATGATCAGGGTTCGATTGGCACGGAGGAAGCTAGCTTGAAGCCGGTTAAGCCTGCATGGAAGAAGCCATCCGATGGTTTGAGTGCAATGACTCAGCAAGGGGGAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGTGATGGGAGCAGAAGCGGCCGCGTGGCCGGCGCTTGCAGATGCCCGTACTGGGAAAGCTGCAGATCCTCCAAAGAC
TGTGACGCAGGGTACTGAGAGTATGCCGGTAGTAACACAGGTATCCACATCAGCAAGCAGTGGCAGTGGAAACCATACTCAGAGCCAACCAGCATCTTTAAATCGGCAGAAGTCAGGTGGAAGGCGTAGTGCTGCTGCTGCAAATGGCATGCCACCAGTGGCTCCCACTCCGACCATGTTTCCGATTGCAGCTGTGCCGC
CACCTTTACCAGTTCAGGACTACATCCTGCCAGGTGGCTCGAATCAAATGATCCCCAACCAGGAAATTCATCCTGAGCTCACTTTCAAGGGTCCTGCTGTCTTGGAAACTGGATTGAAAGGATTTATGCCAGGTCCTGGAAGTATGGACCATGCTAGAAATTTCCCACAGCAGAGATTTGATGGATCCTTTCAGCGAGGT
GATACAAATACATTTCCTAACAATTTTGGTAATAGACGTAGCAATGTGCGAGAGCAGGGAGGAAGGTTTAATCATGGGTGGAATTCTCACCGAGGATTTAATGCGAGAGACAATATCAACATGCAATCAAGAGTTGGACCAAGAAATTTTCTCAGGCCACCACCACCACCACCTCCTTTTATTGGCCCATCTCCAGCATT
TATAAATGCTCCAGGATTTCATGCTGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTGTTGACAATCTTATCAAAGACT
ACTATTTGCGTTCATGTATGGATGCGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAAC
AATTCTGTGTCAATTACAAAGTTTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAA
TGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGT
CTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTT
CTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGA
ACTGGCAACAGCTATCAATGACGGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTCGGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATC
CACAGTCCAATACAAGGAGGAGATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATCAACTCCACCAGACAACCATGGGGGA
ACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAGTGAGCAAATGTAGCAAATGTTTTGACCTGAATTAT
AGTCCATAGTAGTGTCTCATAGAATCTTTTATAAGCTATTTTGTTTTCTTTTTTCTTTCCTGATATGCACTGCTTGGTGAGTTTAGATATTTGAAATTCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCGCAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGCAGTGAGGTAAGTGTTTTGTATTTCCAGTGGCTAGTTTGTTTTGACAAACAGGAATC
ATCAAATTATTGTTTATTTCTTTGATTTATTAATTATTTCTAATGTATATCAACTATCTATTAGCAGGATACCATTTATTTATTTTTCCATGTGTTTGATGTCACTTTATTTTACAAACAACAGTGTGTTGGAGAGTCAATATTTTTAGTTCATCATAAATGTGATCATCGTTGCATTGGACAGTTTGTGCAATTAGGAG
ATTCAGCTCATGGATATTCTTTGTAGCATGGAAAACAATTTACTTTAAACTCTCATAGACAAACACCCTATAATCTGAAATCTTTAAAATGAAAGGCATCGAAGCCCCAAAACATTATCCTGGTATAAAACTTACATGCTCCTCATTGCCCAAGCTGTATTTGACATTCCACCAGTAACCTTTGTCCCG

>TRINITY_DN108890_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAACTCCACCAGACAACCATGGgttagtagtccccattttgcagtttcttcatgtcaaaggctttttgcatcctatattttagttataattttttggtgtatctggagatgtctttactgagtgaagcggtcgaagcattaaatttctgattatcaccttctgtcttgactagGGGAACAATGGCATCCTCAAAGCTTGC
ATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAGTGAGCAAATGTAGCAAATGTTTTGACCTGAATTATAGTCCATAGTAGTGTCTCATAGA
ATCTTTTATAAGCTATTTTGTTTTCTTTTTTCTTTCCTGATATGCACTGCTTGGTGAGTTTAGATATTTGAAATTCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCGCAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGCAGTGAGGTAAGTGTTTTGTATTTCCAGTGGCTAGTTTGTTTTGACAAACAGGAATCATCAAATTATTGTTTATTTCTTT
GATTTATTAATTATTTCTAATGTATATCAACTATCTATTAGCAGGATACCATTTATTTATTTTTCCATGTGTTTGATGTCACTTTATTTTACAAACAACAGTGTGTTGGAGAGTCAATATTTTTAGTTCATCATAAATGTGATCATCGTTGCATTGGACAGTTTGTGCAATTAGGAGATTCAGCTCATGGATATTCTTTG
TAGCATGGAAAACAATTTACTTTAAACTCTCATAGACAAACACCCTATAATCTGAAATCTTTAAAATGAAAGGCATCGAAGCCCCAAAACATTATCCTGGTATAAAACTTACATGCTCCTCATTGCCCAAGCTGTATTTGACATTCCACCAGTAACCTTTGTCCCG

Intron 7 GTTTGATATA ... TTTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.62	198.9	8.6	72
A2	26.93	146.9	5.7	54
A3	25.98	145.9	6	51
A4	26.31	174.3	5.4	62
A5	15.82	37.6	3.1	7
A6	26.75	49.9	3.4	18
A7	30.44	158.3	8.3	69
A8	28.78	42.1	1.7	17
A9	27.59	121.6	7.1	46
A10	31.21	159.6	10.3	72

>TRINITY_DN127768_c2_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTCGATCGATCGCCAGTTCGAATCCTG
TCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCTGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGCTTTTTTGTATTTGGAAAGTTTTGA
CGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATCCGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAAGG
GCGGTAGCAAGGGCGCCTGGTCACAGGTGGTCCGAGGCCACCAAGTAGAGGCCGATGGTGCACTCAAACCCCCGCACGCTAAAGATAGGTCGAATCCAGAGCTAAGTGAGAAGGAGAATGCTGACGTGTCGTCTGATAAGGGTAAACTTGCGGAGGAGGTAAGCTCTAGCAGGTCCGATGATCAGGGTTCGATTGGCACG
GAGGAAGCTAGCTTGAAGCCGGTTAAGCCTGCATGGAAGAAGCCATCCGATGGTTTGAGTGCAATGACTCAGCAAGGGGGAGCGGCGGCGGCGGCTGCAGTGATGGGAGCAGAAGCGGCCGCGTGGCCGGCGCTTGCAGATGCCCGTACTGGGAAAGCTGCAGATCCTCCAAAGACTGTGACGCAGGGTACTGAGAGTAT
GCCGGTAGTAACACAGGTATCCACATCAGCAAGCAGTGGCAGTGGAAACCATACTCAGAGCCAACCAGCATCTTTAAATCGGCAGAAGTCAGGTGGAAGGCGTAGTGCTGCTGCTGCAAATGGCATGCCACCAGTGGCTCCCACTCCGACCATGTTTCCGATTGCAGCTGTGCCGCCACCTTTACCAGTTCAGGACTACA
TCCTGCCAGGTGGCTCGAATCAAATGATCCCCAACCAGGAAATTCATCCTGAGCTCACTTTCAAGGGTCCTGCTGTCTTGGAAACTGGATTGAAAGGATTTATGCCAGGTCCTGGAAGTATGGACCATGCTAGAAATTTCCCACAGCAGAGATTTGATGGATCCTTTCAGCGAGGTGATACAAATACATTTCCTAACAAT
TTTGGTAATAGACGTAGCAATGTGCGAGAGCAGGGAGGAAGGTTTAATCATGGGTGGAATTCTCACCGAGGATTTAATGCGAGAGACAATATCAACATGCAATCAAGAGTTGGACCAAGAAATTTTCTCAGGCCACCACCACCACCACCTCCTTTTATTGGCCCATCTCCAGCATTTATAAATGCTCCAGGATTTCATGC
TGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTGTTGACAATCTTATCAAAGACTACTATTTGCGTTCATGTATGGATG
CGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAACAATTCTGTGTCAATTACAAAGTTT
CATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAATGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGG
AATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGTCTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTG
CCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTTCTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCT
GATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGAGAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGAACTGGCAACAGCTATCAATGACGG
CCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTCGGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATCCACAGTCCAATACAAGGAGGAGAT
CAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATCAACTCCACCAGACAACCATGGGGGAACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCA
TCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAGTGAGCAAATGTAGCAAATGTTTTGACCTGAATTATAGTCCATAGTAGTGTCTCATAGAA
TCTTTTATAAGCTATTTTGTTTTCTTTTTTCTTTCCTGATATGCACTGCTTGGTGAGTTTAGATATTTGAAATTCTACAAGCGTT

>TRINITY_DN127768_c2_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGgtttgatatacatgttttgtgagatgatgctgcaatcatatgtatttgatgtgtagtcacgtgaaacaaagcaccattttttggcatgaagttgcattggcctgcttttgatgtctgacatgattttgcactctttttggcagGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAA
CTGGCTTTTACCTTCAGGACACAACAATTCTGTGTCAATTACAAAGTTTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAA
CAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAATGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGG
TCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGTCTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTAT
ATCCAGAGATGATGAAGATACTTTTCTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGA
GAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGAACTGGCAACAGCTATCAATGACGGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTC
GGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATCCACAGTCCAATACAAGGAGGAGATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATC
AACTCCACCAGACAACCATGGGGGAACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAATATTTGAAAT
TCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCGCAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGCAGTGAGGAAATGAATACTCTCTACCGATTTTGGTCATATTTCCTCAGAAATAATTTCAACCGCTCCATGTATAATGAATTCCGAAGATTAGCACTGGATGATGCAACAGCAAAGTATAATTACGGCATGGAGTGCCTTTTTAGGTTCTACAGC
TATGGATTGGAGAAGAAATTTAAGGAAAGTCTGTATGAAGATTTTGAACAGTTCACCATTGAATTCTACAAGAAGGGGAATCTTTATGGTCTTGAAAAATATTGGGCATTTCATTTTTATCGGAAGAAGGATGCTAGGCCCTTGAAAAAGCATCCAGAATTGGAAAGGTTACTTACAGAGGAGTTCCGAGCATTGGAGGA
CTTTAGAGCGAAAGAGAAATTACCAAAAGACAGTAATGCCAATGAGAAAGCTAGCAATGGTTTATCATCTATGGATGATGTGAAGCCTGGGATATCAATATTATCATCTGCTGAGTGAAGCTTTCGAGCCATCAATTACATATTTCAATAATATCAGGATTTTCGCTGCGGTATTCGGTGTTCAATTCTCATTTTTAAGG
GTATGGCTAAATTAGCTGATACACATTGAGATGTTCTTTACGTTACAACCCTGTATTTAGTTTTATCACATGGCCCTGATTTTTTCGTAAGGCTTTTCCAGGGTTATTTCTTGTCAAATAGAAACTGCATTGGCCTCAATGTAATTGAAGAGTTCCTATCACTACATCGTAAGAGGTAATAATGTGTTACCATCGTTTCA
TCAACATTGGTTGTTATGCCTCTTGAAAGGTTGATCATTGGGATCCAGTCTGTCTGGTTTTAGAGCTATACATCCACTATGCTCATGGCAGTTGTTGGATTTTCTCTCTGATATGAGCAATGCCTAGTTAAGGTGGCTGCAAAGTTTGTTAGGTCCTGCAATTTGTTGCTAGCGGCTGTAGCAATTAATATTGGCAGGAA
TCATTTCATAGCTGCCAGCTTTGTTTTTGGTTACAATCAGGAGGGAACAATTTATTCCTTTTTGTACATATTACAAATAATATGTTTGTACCTGTCAAATAATTTCGATCACCAAGTTCTTAAACGAGTTATAGTTCTGAAGGGGGTTTATATCTTTTTTGCATGAGGTGTGTTTTTTAAATCGTTATCGGAGGAGATTG
CACCATTCACAGAATATTCCTTAATTAATGGGTGCTTTCATTAACATATATAAATATATAACAGGCAATCTATTTATGAGTTATGTAAATTGGCTGCACAATCTCAGTTTCTGTGCTCGCGTGTTGTATCAGTGTATTGTGTATGAAATTAGCTGGAACTAGTAAAAAACATTGATTCGACAAGCCTGCACAAAAAACGG
CGTATGAAACTAGTAAAAGTGTTGAATGCCCTTAAAAAGGGCCCCATGAGGTTGGGGCTATTTTTTATGCAGAATGATTCTTGTTTAAAATGAAATTCCTGGATTTTCGTTTTTATTCATTTTTGCAGTGGCATGTTGTTGAGG

Intron 8 GTGAGATTTC ... CATTCTACAG

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>TRINITY_DN127768_c2_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

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CTGGCTTTTACCTTCAGGACACAACAATTCTGTGTCAATTACAAAGTTTCATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAA
CAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAATGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGGAATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGG
TCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGTCTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTGCCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTAT
ATCCAGAGATGATGAAGATACTTTTCTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCTGATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGTAAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGAATCGAAAGATGAACAGGAGTGACAGGAGAGACGGGA
GAGAGCAGGGTGCAATCTCAAATGAACTGGCAACAGCTATCAATGACGGCCTTTATTTTTATGAACAGGAGCTACGAAACGAGCGGTCAGAGAATGATCAGAAGAGTCCGCTAGGCTTGGAAACCAAATATAATACAAATGACATCAGGTCAGCTGGAAGTGGTGGTGGTACAAGTTCTAAATCAAGTCTTGGTGGTGTC
GGGAGTAGCAATTGTGAAGGATATCCACAGTCCAATACAAGGAGGAGATCAAGCAAAGGTGGTGGAGGTAGAATACAATCTTCACATAAAGAACGCTTATTTCCTAGCAGTGCTCGAAATCAAAGCACAGGACTTCGCAACCGACAGAGCATCATATCAGAAAGTCCACCTAGTAATTCTGTTGGGTTTATCTTTGGATC
AACTCCACCAGACAACCATGGGGGAACAATGGCATCCTCAAAGCTTGCATCTTCTCCTCATGGATCATGTCTTGGGAGTGGCTGTTTTGCTGGAAGTAGTTCACCAGTTGGTTCCATGCCGAAGTCTTTTCCTCCATTTCAGCATCCAAGTCATGAACTTTTGGAAGATAACGGTTTTAAACAACAGAAATATTTGAAAT
TCTACAAGCGTTGCCTGGCAGAGCGCAAGAGAGCTGGTGTTGGTTGCAGTGAGGAAATGAATACTCTCTACCGATTTTGGTCATATTTCCTCAGAAATAATTTCAACCGCTCCATGTATAATGAATTCCGAAGATTAGCACTGGATGATGCAACAGCAAAGTATAATTACGGCATGGAGTGCCTTTTTAGGTTCTACAGC
TATGGATTGGAGAAGAAATTTAAGGAAAGTCTGTATGAAGATTTTGAACAGTTCACCATTGAATTCTACAAGAAGGGGAATCTTTATGGTCTTGAAAAATATTGGGCATTTCATTTTTATCGGAAGAAGGATGCTAGGCCCTTGAAAAAGCATCCAGAATTGGAAAGGTTACTTACAGAGGAGTTCCGAGCATTGGAGGA
CTTTAGAGCGAAAGAGAAATTACCAAAAGACAGTAATGCCAATGAGAAAGCTAGCAATGGTTTATCATCTATGGATGATGTGAAGCCTGGGATATCAATATTATCATCTGCTGAGTGAAGCTTTCGAGCCATCAATTACATATTTCAATAATATCAGGATTTTCGCTGCGGTATTCGGTGTTCAATTCTCATTTTTAAGG
GTATGGCTAAATTAGCTGATACACATTGAGATGTTCTTTACGTTACAACCCTGTATTTAGTTTTATCACATGGCCCTGATTTTTTCGTAAGGCTTTTCCAGGGTTATTTCTTGTCAAATAGAAACTGCATTGGCCTCAATGTAATTGAAGAGTTCCTATCACTACATCGTAAGAGGTAATAATGTGTTACCATCGTTTCA
TCAACATTGGTTGTTATGCCTCTTGAAAGGTTGATCATTGGGATCCAGTCTGTCTGGTTTTAGAGCTATACATCCACTATGCTCATGGCAGTTGTTGGATTTTCTCTCTGATATGAGCAATGCCTAGTTAAGGTGGCTGCAAAGTTTGTTAGGTCCTGCAATTTGTTGCTAGCGGCTGTAGCAATTAATATTGGCAGGAA
TCATTTCATAGCTGCCAGCTTTGTTTTTGGTTACAATCAGGAGGGAACAATTTATTCCTTTTTGTACATATTACAAATAATATGTTTGTACCTGTCAAATAATTTCGATCACCAAGTTCTTAAACGAGTTATAGTTCTGAAGGGGGTTTATATCTTTTTTGCATGAGGTGTGTTTTTTAAATCGTTATCGGAGGAGATTG
CACCATTCACAGAATATTCCTTAATTAATGGGTGCTTTCATTAACATATATAAATATATAACAGGCAATCTATTTATGAGTTATGTAAATTGGCTGCACAATCTCAGTTTCTGTGCTCGCGTGTTGTATCAGTGTATTGTGTATGAAATTAGCTGGAACTAGTAAAAAACATTGATTCGACAAGCCTGCACAAAAAACGG
CGTATGAAACTAGTAAAAGTGTTGAATGCCCTTAAAAAGGGCCCCATGAGGTTGGGGCTATTTTTTATGCAGAATGATTCTTGTTTAAAATGAAATTCCTGGATTTTCGTTTTTATTCATTTTTGCAGTGGCATGTTGTTGAGG

>TRINITY_DN127768_c2_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATATCTATCTTTCTGTGAATCCCTTTTTGGTTGTTGTTGGCGTCCGTGGCCCTGCTGCCTGCGTGCGTGCTGTGTTTTCTCAGCGTTTTTGTTTTAAATTTTGGTCTGTTACAAAGCTCTGCGACAATTTCCTCCCGTCCAAACCCTCAAAACCCTTGTCAAACCCCCGTCATTCGATCGATCGCCAGTTCGAATCCTG
TCCGCGGTCCAAGATTTTGCAGAAGAGATCATTGAAGGAATTTATTGGCGTCGCCATCGAAGAAGGATTTTGGATGGGAGAAGGAATAGGAGGACGAGAAAAGAATTAGAATTAAAATTTAGATTAATCCCTGCGGCGGCAATGAGGTACATTTAAATTTGAAGTTTGCACTGAGCTTTTTTGTATTTGGAAAGTTTTGA
CGCCTAGCAGTAGGGAGAGTGATAATAAGAATTTCGTGAAGACGAATAAGGGAATAAGGGATTTACTGCTGGTCACATGGCCACGGCCATGGAGCCCCCGGCCGTGGATTACCCTGCCGCTGAAAACAAGAACAGCAGCATTAATAGTAACAATCACAGCAGCAATGAAAGCCATCCGCAGAAGAGAAAGGGTTCCAAGG
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TGGGCCGATGTACTATGTCCCAGCACCCCCCTCCGAGCCTATGAGGGGTGCACCTTATTTTCCTCATGCTCCACCTCCTGGTGTTCTAATGTCTGGTCACGAGCCTTCGCCTTTGCGTGCTATGGTAATCAAACAGATCGAATACTATTTCAGTGTTGACAATCTTATCAAAGACTACTATTTGCGTTCATGTATGGATG
CGCAAGGATGGGTGCCTGTCCCAATTATTGCAAATTTCAACAGGGTCCGCAACATGACAACTAATGTTCATTTCATTCTTGATGCACTGCGGAGCTCAAATGTAGTCGAAGTGCAGGGTGATAAGATAAGAAAGCGAGACGACTGGTCAAACTGGCTTTTACCTTCAGGACACAACAATTCTGTGTCAATTACAAAGTTT
CATCAAAACACTATTGATGAAAAGGCCACAAATGATGCGAAAAGTGCTGAATTAGATCACAGAAACAAATGTGACACATCTCGAGATGCTACATGTAGTAAAAATAAGAATATGGTAGTATCGATGCAGGATGATGATATTGATTCCTTAACAAGGAGCTCATCAGATGCTTCAAATGGGCAAGCTTCAGCTACCAGTGG
AATGCAACCTCATGGAACATGTGAAGGGGGAAGTGATGCTCATGGGGCATTTAGCTTGGATACAAGTTTTGATAACAAACTTGGAGAGCTAAGCAGGGCTGGGAGCAGTTCATCTGATAGGGATATATTTGATAATTCTCATGATTTTAGGTCTAGTAGCAGCACAGGTATGGAGTCTTGCTCTCAGCAAGCAGAAGTTG
CCAATCAAAAAGGTGTTGCAAGCACACAAGACAGGACTGGTGTTTCAAGTAGATTTGACACTGGTGGTATTAATATGTCTCTATCTTCCAATGGGAGATCTAGTGGGCAGAAAAAAGGTGGCTTGTCAAAAGCTTTTGGAAAAGTTTCTATATCCAGAGATGATGAAGATACTTTTCTGCTCGATGAAGAGGTGGAGTCT
GATCAGTTGACCAAAAGGGAGAACCTTCCACCATTCAAAAGgtgagatttcacttcaaactatatcatcaaaggtaaagttagctatagattggtatcaatattatgttatgcaggctataaccagaaatttctttggcggatgttggttattaaaacagaggcaatggaaataattcattagatattctgctgctactt
tttttattgagtcggctattctttataatcctttgctggaatttgcagtgcttgacctggtgattgtgagctaatattctttattgacttactggactaaaacttttactgtgttaattttttctgtattctgtatcatttgtaacgtgcttgtttgcattctacagTCGAACTGATGATGAAGATGATGAACCAGATGT
AAATGATCAGGATGTGCACCGACTGATTATTGTGACACAGGCATGACAACACTTTTTACCCTTTCTACTGGAAAATGTGTTGATTGGAACATTTACAGTGCAAGGACTTCTTATTTGTTGAAGAGCATATATGTAAACTATTTATGTTTTTTTAACTGTTATTTTCGAGGTCATACTGTCATCCCACTTCATAATTTTGG
TTTTCTGCCTTTTCACCCCACAATTAGGTTATACAAGTTATATTTAAAGTTCCAGGTCTTTGAATTTATATTATGAATCTCTCTCTTTTGTCCATCTATTCTGTGGCCTTAATTTTGATGTCTATGAAATATGTCTACTTTGTTGGATTTCAAACTTACCTGTATTGTTAACTGTCCAATTTTTTGTTTTGACATAAACA
GTTAATATTTTGCATTAAAAAGTTGCTGCAGTCATACTTGTCAGCATAATAATACAAAAAGGAGTGTCCCATTCT