sp|Q0DJ99|COPD2_ORYSJ ----> Coatomer subunit delta-2

Intron 1 GTAGAAAATA ... ATCATGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.58	30	16	13
A2	21.43	33	7	11
A3	24.09	52	13	20
A4	34.55	18	7	12
A5	27.27	8	3	3
A6	25.19	98	33	33
A7	22.92	148	51	37
A8	25.79	82	24	33
A9	27.51	83	35	28
A10	23.08	75	15	30

>TRINITY_DN116364_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTCTTAATCTGCATCTTACCTCAATAGAAATGCACACAGCGCAGATCTAAAGAGAGTGCCTCTATTTTCAGGGATATCCAGCTAATCACATTCAAATTTTCCGATTCATGGTGTTTCTCGTCTCAGAATTTTTCTCCGAGTGTCATTACTTCCATTAAGTAGAAAGCAAGGTCGCGGCAGGTTTCAAGTTTCCAAAATG
GTGGTCTTGGCAGCCTCCGTTATCACTAAGAGTGGGAAAGCCTTGGTTTCCCGGCAGTTTGTGGATATGACTAGAATTAGGATTGAAGGGCTGCTAGCTGCTTTTCCTAAGCTAGTTGGAAGTGGGAAACAACATACTTATGTCGAGACAGAGAATGTTCGCTATGTATACCAACCAATGGAATCTCTGTATTTGCTGCT
TATCACCAACAAGCAAAGCAATATCCTCCAGGATCTTGACACCCTGAGGCTTCTCTCCAAGCTGGTGCCTGAATACTCCCCCGAATTGGATGAAGAAGGAATCTGTAGAATGGCATTTGAGATAATCTTTGCATTTGATGAAGCTATCGCACTTGGGCATAATGAGAATGTGACTCTTATGCAAATTAAGCAATACTGTG
AGATGGAGAGTCATGAAGAGCGACTTCACAAATTAATAATGCAAAGCAAGATAGATGAGACAAAAGATGTTATGAAACGGAAAGCAAGTGAGATTGATAAGATCAAGATTGAAAAGAATAAATCTGAAAGGGGAGGCTCAATGTCATTACAGTCAACAGGATCAACCAGACTTGATATTGGCTTTGGTGATATGAGTATT
ACAAGTGGAGGTGGTTTTGGGAGCAACTCTAGTTTTGGCCCAAGTTTAGATCCAGATTCATTTTCTAGCAAAGCAAAAGGTAGGGCATCTGCACCTGCCACTGTTCCTTCTAAAGGTATGGGCATGCAACTAGGGAAGACACAGAAAACAAACCAGTTTTTGGAGTCTCTGAAAGCAGAAGGAGAGGTGATCGTTGAGGA
TGTGCAACCAGTTGCTGGGCAATCAAAATCAACTCTTCCAACAGCAACAGACCCCATCACAATAACTATTGAAGAGAAGCTTAATATAGTTCTTAAGCGTGATGGTGGGCTAAGTAACTTAGAAGTACAGGGTACTTTCGCCCTTCTCATTCTGAAAAAGGAAGATGGATTTGTACAGGTCCAGATTGAGACAGGCGGAA
ATGAAAGTTTCCAATTTAAGACACATCCAAACATCAACAAGGATCTCTTTTTGAGGGAGAACCTCTTGGGCCTTAAGGATCCTAACAAGCCATTCCCAGCAGGCCAACTGAGTGATCCACTGGGTCTGGGTTTGCTTAAATGGAGAATGCAAAGTGCCCAAGAATCTGTGGTTCCTTTGAGCAGTAAGTCCACATTTCTT
GCAGTCTTTTACACAAATTTATGGAATTCTTGTTGTTCTTTATGCTTCTGAGCATAGCTGGCTCATCATGTCACAGGCTTATGGG

>TRINITY_DN116364_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTCTTAATCTGCATCTTACCTCAATAGAAATGCACACAGCGCAGATCTAAAGAGAGTGCCTCTATTTTCAGGGATATCCAGCTAATCACATTCAAATTTTCCGATTCATGGTGTTTCTCGTCTCAGAATTTTTCTCCGAGTGTCATTACTTCCATTAAGTAGAAAGCAAGGTCGCGGCAGGTTTCAAGTTTCCAAAATG
GTGGTCTTGGCAGCCTCCGTTATCACTAAGAGTGGGAAAGCCTTGGTTTCCCGGCAGTTTGTGGATATGACTAGAATTAGGATTGAAGGGCTGCTAGCTGCTTTTCCTAAGCTAGTTGGAAGTGGGAAACAACATACTTATGTCGAGACAGAGAATGTTCGCTATGTATACCAACCAATGGAATCTCTGTATTTGCTGCT
TATCACCAACAAGCAAAGCAATATCCTCCAGGATCTTGACACCCTGAGGCTTCTCTCCAAGCTGGTGCCTGAATACTCCCCCGAATTGGATGAAGAAGGAATCTGTAGAATGGCATTTGAGATAATCTTTGCATTTGATGAAGCTATCGCACTTGGGCATAATGAGAATGTGACTCTTATGCAAATTAAGCAATACTGTG
AGATGGAGAGTCATGAAGAGCGACTTCACAAATTAATAATGCAAAGCAAGATAGATGAGACAAAAGATGTTATGAAACGGAAAGCAAGTGAGATTGATAAGATCAAGATTGAAAAGAATAAATCTGAAAGGGGAGGCTCAATGTCATTACAGTCAACAGGATCAACCAGACTTGATATTGGCTTTGGTGATATGAGTATT
ACAAGTGGAGGTGGTTTTGGGAGCAACTCTAGTTTTGGCCCAAGTTTAGATCCAGATTCATTTTCTAGCAAAGCAAAAGGTAGGGCATCTGCACCTGCCACTGTTCCTTCTAAAGGTATGGGCATGCAACTAGGGAAGACACAGAAAACAAACCAGTTTTTGGAGTCTCTGAAAGCAGAAGGAGAGGTGATCGTTGAGGA
TGTGCAACCAGTTGCTGGGCAATCAAAATCAACTCTTCCAACAGCAACAGACCCCATCACAATAACTATTGAAGAGAAGCTTAATATAGTTCTTAAGCGTGATGGTGGGCTAAGTAACTTAGAAGTACAGGGTACTTTCGCCCTTCTCATTCTGAAAAAGGAAGATGGATTTGTACAGGTCCAGgtagaaaatatgaagc
ttcttaactgcactattagtcgcccttaagtttataaatgagtgtcacttgaaatgtctttctcgaggtctatgcttatactgcatatttggaataagcattggtaagttgatgtatagagatttaatttgaaatatctatcatgctagATTGAGACAGGCGGAAATGAAAGTTTCCAATTTAAGACACATCCAAACATC
AACAAGGATCTCTTTTTGAGGGAGAACCTCTTGGGCCTTAAGGATCCTAACAAGCCATTCCCAGCAGGCCAACTGAGTGATCCACTGGGTCTGGGTTTGCTTAAATGGAGAATGCAAAGTGCCCAAGAATCTGTGGTTCCTTTGAGCATCAACTGCTGGCCCTCAGTTTCTGGTGGAAATACATATGTTAACATTGAATA
TGAATCGTCAGAGGTCTTTGACTTACAAAATGTTGTGATTTCGTTACCTTTGCCCGCACTTCAAGATCCTCCAACCATCAATCAAGTTGATGGGGATTGGAGGTATGATTCACGGAGGTCTGTGTTAGAGTGGTCAATATTTCTCATAGATTCCACTAATCGCAGTGGATCTATGGAGTTTGTCGTGCCCCCGGCAGATC
CTTCATCTTTTTTCCCTATAGATGTGAAGTTTTCTGCAGCAAAGACCTTTTGTGATATCAAGGTTGCGAATGTGATACCAGTTAATGGAGGTAGTCCATTAAAATTTGCCAGTCGAACACAACTGGTAACAGAGAATTACCAAGTTGTGTAAATTCACGTTATTGCCGAGTTATGATTGAAGGTCCAGCTGGAGTGACCT
TGTCTGATTGCACATTTGAATGAATTACTGAACTGAGCATTCTACATTTTACTTGCCTAGTATTGAATAGGAAACCGAGTTTTTGTATCTTGCCAGATCCATGGCCTTTGGTTCATCCTTGCGGGCTTGCTTAAGCTATTTTAAATTCTAATTTCTACTTTATTTCATTGTAAATTCTGTTGACTACTTAAGTTTGTCAT
TCTTAGAACATAGTTCTTATTTTCGAAAAGCTGACTTAACTCTGTAGTCCATTAAAGTTTGCGGGTTAAACACAGCTGTGGACAGAGAATTACCAAATTGTGTAACCACATATTATTGCTATGTTATGATCGAAGGGCCAGCTGGAATGACAATATCAAAATCTAGACACGTGAATATATTAACCGATTAACTTGACATC
TCACATTTACTTTTATTGAATAGGAAATCATTTTTTTAACATTGCCAGACCCATGGTCGTTTGCTTCATGCTGGCTGGCTTGCTTACCGTGTTATAAACTCTAATATCTATTTTCTATTGACTACTTGAGTTTGTCAGTTGATCCTCAGAACATAGG

Intron 2 GTAACTTTCT ... GTGGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.53	18	7	6
A2	30.43	8	3	4
A3	30	21	6	12
A4	23.08	10	2	4
A5	25	12	5	3
A6	21.4	191	62	42
A7	21.37	138	45	30
A8	20.2	156	39	40
A9	21.79	131	41	32
A10	21.85	93	39	13

>TRINITY_DN116364_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTCTTAATCTGCATCTTACCTCAATAGAAATGCACACAGCGCAGATCTAAAGAGAGTGCCTCTATTTTCAGGGATATCCAGCTAATCACATTCAAATTTTCCGATTCATGGTGTTTCTCGTCTCAGAATTTTTCTCCGAGTGTCATTACTTCCATTAAGTAGAAAGCAAGGTCGCGGCAGGTTTCAAGTTTCCAAAATG
GTGGTCTTGGCAGCCTCCGTTATCACTAAGAGTGGGAAAGCCTTGGTTTCCCGGCAGTTTGTGGATATGACTAGAATTAGGATTGAAGGGCTGCTAGCTGCTTTTCCTAAGCTAGTTGGAAGTGGGAAACAACATACTTATGTCGAGACAGAGAATGTTCGCTATGTATACCAACCAATGGAATCTCTGTATTTGCTGCT
TATCACCAACAAGCAAAGCAATATCCTCCAGGATCTTGACACCCTGAGGCTTCTCTCCAAGCTGGTGCCTGAATACTCCCCCGAATTGGATGAAGAAGGAATCTGTAGAATGGCATTTGAGATAATCTTTGCATTTGATGAAGCTATCGCACTTGGGCATAATGAGAATGTGACTCTTATGCAAATTAAGCAATACTGTG
AGATGGAGAGTCATGAAGAGCGACTTCACAAATTAATAATGCAAAGCAAGATAGATGAGACAAAAGATGTTATGAAACGGAAAGCAAGTGAGATTGATAAGATCAAGATTGAAAAGAATAAATCTGAAAGGGGAGGCTCAATGTCATTACAGTCAACAGGATCAACCAGACTTGATATTGGCTTTGGTGATATGAGTATT
ACAAGTGGAGGTGGTTTTGGGAGCAACTCTAGTTTTGGCCCAAGTTTAGATCCAGATTCATTTTCTAGCAAAGCAAAAGGTAGGGCATCTGCACCTGCCACTGTTCCTTCTAAAGGTATGGGCATGCAACTAGGGAAGACACAGAAAACAAACCAGTTTTTGGAGTCTCTGAAAGCAGAAGGAGAGGTGATCGTTGAGGA
TGTGCAACCAGTTGCTGGGCAATCAAAATCAACTCTTCCAACAGCAACAGACCCCATCACAATAACTATTGAAGAGAAGCTTAATATAGTTCTTAAGCGTGATGGTGGGCTAAGTAACTTAGAAGTACAGGGTACTTTCGCCCTTCTCATTCTGAAAAAGGAAGATGGATTTGTACAGGTCCAGGTAGAAAATATGAAGC
TTCTTAACTGCACTATTAGTCGCCCTTAAGTTTATAAATGAGTGTCACTTGAAATGTCTTTCTCGAGGTCTATGCTTATACTGCATATTTGGAATAAGCATTGGTAAGTTGATGTATAGAGATTTAATTTGAAATATCTATCATGCTAGATTGAGACAGGCGGAAATGAAAGTTTCCAATTTAAGACACATCCAAACATC
AACAAGGATCTCTTTTTGAGGGAGAACCTCTTGGGCCTTAAGGATCCTAACAAGCCATTCCCAGCAGGCCAACTGAGTGATCCACTGGGTCTGGGTTTGCTTAAATGGAGAATGCAAAGTGCCCAAGAATCTGTGGTTCCTTTGAGCATCAACTGCTGGCCCTCAGTTTCTGGTGGAAATACATATGTTAACATTGAATA
TGAATCGTCAGAGGTCTTTGACTTACAAAATGTTGTGATTTCGTTACCTTTGCCCGCACTTCAAGATCCTCCAACCATCAATCAAGTTGATGGGGATTGGAGGTATGATTCACGGAGGTCTGTGTTAGAGTGGTCAATATTTCTCATAGATTCCACTAATCGCAGTGGATCTATGGAGTTTGTCGTGCCCCCGGCAGATC
CTTCATCTTTTTTCCCTATAGATGTGAAGTTTTCTGCAGCAAAGACCTTTTGTGATATCAAGGTTGCGAATGTGATACCAGTTAATGGAGGTAGTCCATTAAAATTTGCCAGTCGAACACAACTGGTAACAGAGAATTACCAAGTTGTGTAAATTCACGTTATTGCCGAGTTATGATTGAAGGTCCAGCTGGAGTGACCT
TGTCTGATTGCACATTTGAATGAATTACTGAACTGAGCATTCTACATTTTACTTGCCTAGTATTGAATAGGAAACCGAGTTTTTGTATCTTGCCAGATCCATGGCCTTTGGTTCATCCTTGCGGGCTTGCTTAAGCTATTTTAAATTCTAATTTCTACTTTATTTCATTGTAAATTCTGTTGACTACTTAAGTTTGTCAT
TCTTAGAACATAGTTCTTATTTTCGAAAAGCTGACTTAACTCTGTAGTCCATTAAAGTTTGCGGGTTAAACACAGCTGTGGACAGAGAATTACCAAATTGTGTAACCACATATTATTGCTATGTTATGATCGAAGGGCCAGCTGGAATGACAATATCAAAATCTAGACACGTGAATATATTAACCGATTAACTTGACATC
TCACATTTACTTTTATTGAATAGGAAATCATTTTTTTAACATTGCCAGACCCATGGTCGTTTGCTTCATGCTGGCTGGCTTGCTTACCGTGTTATAAACTCTAATATCTATTTTCTATTGACTACTTGAGTTTGTCAGTTGATCCTCAGAACATAGG

>TRINITY_DN116364_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAGATCTCACTTTCAAAAATGATGCTTGGGGCTAGTTTCACAATTCTTTAAACAAGAGTCTCTCCAAAGTTTGCAGATTTCTGGTACAATCACATGTTTACACTTGCAAAGTTAGTACCATTTTAACTTGCCTTCATACATGATTTGCAGTCAACTGCTGGCCCTCAGTTTCTGGTGGAAATACATATGTTAACATTGAA
TATGAATCGTCAGAGGTCTTTGACTTACAAAATGTTGTGATTTCGTTACCTTTGCCCGCACTTCAAGATCCTCCAACCATCAATCAAGTTGATGGGGATTGGAGGTATGATTCACGGAGGTCTGTGTTAGAGTGGTCAATATTTCTCATAGATTCCACTAATCGCAGTGGATCTATGGAGTTTGTCGTGCCCCCGGCAGA
TCCTTCATCTTTTTTCCCTATAGATGTGAAGTTTTCTGCAGCAAAGACCTTTTGTGATATCAAGgtaactttctctctttttcaagatatgataggaaaaggccacgttgctatactcttttcacaacaacgttcccctcaattctgtgtattatcatgtggctgcagGTTGCGAATGTGATACCAGTTAATGGAGGTAG
TCCATTAAAATTTGCCAGTCGAACACAACTGGTAACAGAGAATTACCAAGTTGTGTAAATTCACGTTATTGCCGAGTTATGATTGAAGGTCCAGCTGGAGTGACCTTGTCTGATTGCACATTTGAATGAATTACTGAACTGAGCATTCTACATTTTACTTGCCTAGTATTGAATAGGAAACCGAGTTTTTGTATCTTGCC
AGATCCATGGCCTTTGGTTCATCCTTGCGGGCTTGCTTAAGCTATTTTAAATTCTAATTTCTACTTTATTTCATTGTAAATTCTGTTGACTACTTAAGTTTGTCATTCTTAGAACATAGTTCTTATTTTCGAAAAGCTGACTTAACTCTGTAGTCCATTAAAGTTTGCGGGTTAAACACAGCTGTGGACAGAGAATTACC
AAATTGTGTAACCACATATTATTGCTATGTTATGATCGAAGGGCCAGCTGGAATGACAATATCAAAATCTAGACACGTGAATATATTAACCGATTAACTTGACATCTCACATTTACTTTTATTGAATAGGAAATCATTTTTTTAACATTGCCAGACCCATGGTCGTTTGCTTCATGCTGGCTGGCTTGCTTACCGTGTTA
TAAACTCTAATATCTATTTTCTATTGACTACTTGAGTTTGTCAGTTGATCCTCAGAACATAGG

Intron 3 GTATTATATG ... TGTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.52	49	0	9
A2	13.92	68	0	11
A3	9.52	57	0	6
A4	13.04	60	2	9
A5	24.14	22	0	7
A6	19.44	87	0	21
A7	21.03	184	0	49
A8	20.2	79	0	20
A9	16.06	115	0	22
A10	22.41	135	0	39

>TRINITY_DN104196_c10_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CTTAATCTGCATCTTACCTCAATAGAAATGCACACAGCGCAGATCTAAAGAGAGTGCCTCTATTTTCAGGGATATCCAGCTAATCACATTCAAATTTTCCGATTCATGGTGTTTCTCGTCTCAGAATTTTTCTCCGAGTGTCATTACTTCCATTAAGTAGAAAGCAAGGTCGCGGCAGGTTTCAAGTTTCCAAAATGGTG
GTCTTGGCAGCCTCCGTTATCACTAAGAGTGGGAAAGCCTTGGTTTCCCGGCAGTTTGTGGATATGACTAGAATTAGGATTGAAGGGCTGCTAGCTGCTTTTCCTAAGCTAGTTGGAAGTGGGAAACAACATACTTATGTCGAGACAGAGAATGTTCGCTATGTATACCAACCAATGGAATCTCTGTATTTGCTGCTTAT
CACCAACAAGCAAAGCAATATCCTCCAGGATCTTGACACCCTGAGGCTTCTCTCCAAGCTGGTGCCTGAATACTCCCCCGAATTGGATGAAGAAGGAATCTGTAGAATGGCATTTGAGATAATCTTTGCATTTGATGAAGCTATCGCACTTGGGCATAATGAGAATGTGACTCTTATGCAAATTAAGCAATACTGTGAGA
TGGAGAGTCATGAAGAGCGACTTCACAAATTAATAATGCAAAGCAAGATAGATGAGACAAAAGATGTTATGAAACGGAAAGCAAGTGAGATTGATAAGATCAAGATTGAAAAGAATAAATCTGAAAGGGGAGGCTCAATGTCATTACAGTCAACAGGATCAACCAGACTTGATATTGGCTTTGGTGATATGAGTATTACA
AGTGGAGGTGGTTTTGGGAGCAACTCTAGTTTTGGCCCAAGTTTAGATCCAGATTCATTTTCTAGCAAAGCAAAAGGTAGGGCATCTGCACCTGCCACTGTTCCTTCTAAAGGTATGGGCATGCAACTAGGGAAGACACAGAAAACAAACCAGTTTTTGGAGTCTCTGAAAGCAGAAGGAGAGGTGATCGTTGAGGATGT
GCAACCAGTTGCTGGGCAATCAAAATCAACTCTTCCAACAGCAACAGACCCCATCACAATAACTATTGAAGAGAAGCTTAATATAGTTCTTAAGCGTGATGGTGGGCTAAGTAACTTAGAAGTACAGGGTACTTTCGCCCTTCTCATTCTGAAAAAGGAAGATGGATTTGTACAGGTCCAGATTGAGACAGGCGGAAATG
AAAGTTTCCAATTTAAGACACATCCAAACATCAACAAGGATCTCTTTTTGAGGGAGAACCTCTTGGGCCTTAAGGATCCTAACAAGCCATTCCCAGCAGGCCAACTGAGTGATCCACTGGGTCTGGGTTTGCTTAAATGGAGAATGCAAAGTGCCCAAGAATCTGTGGTTCCTTTGAGCATCAACTGCTGGCCCTCAGTT
TCTGGTGGAAATACATATGTTAACATTGAATATGAATCGTCAGAGGTCTTTGACTTACAAAATGTTGTGATTTCGTTACCTTTGCCCGCACTTCAAGATCCTCCAACCATCAATCAAGTTGATGGGGATTGGAGGTATGATTCACGGAGGTCTGTGTTAGAGTGGTCAATATTTCTCATAGATTCCACTAATCGCAGTGG
ATCTATGGAGTTTGTCGTGCCCCCGGCAGATCCTTCATCTTTTTTCCCTATAGATGTGAAGTTTTCTGCAGCAAAGACCTTTTGTGATATCAAGGTTGCGAATGTGATACCAGTTAATGGAGGTAGTCCATTAAAATTTGCCAGTCGAACACAACTGGTAACAGAGAATTACCAAGTTGTGTAAATTCACGTTATTGCCG
AGTTATGATTGAAGGTCCAGCTGGAGTGACCTTGTCTGATTGCACATTTGAATGAATTACTGAACTGAGCATTCTACATTTTACTTGCCTAGTATTGAATAGGAAACCGAGTTTTTGTATCTTGCCAGATCCATGGCCTTTGGTTCATCCTTGCGGGCTTGCTTAAGCTATTTTAAATTCTAATTTCTACTTTATTTCAT
TGTAAATTCTGTTGACTACTTAAGTTTGTCATTCTTAGAACATAGTTCTTATTTTCGAAAAGCTGACTTAACTCTGTAGTCCATTAAAGTTTGCGGGTTAAACACAGCTGTGGACAGAGAATTACCAAATTGTGTAACCACATATTATTGCTATGTTATGATCGAAGGGCCAGCTGGAATGACAATATCAAAATCTAGAC
ACGTGAATATATTAACCGATTAACTTGACATCTCACATTTACTTTTATTGAATAGGAAATCATTTTTTTAACATTGCCAGACCCATGGTCG

>TRINITY_DN104196_c10_g2_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CAAGTGAGATTGATAAGATCAAGgtattatatgggcaattgtattttcctgacttacaagttactgggccatgtttagagatgttacagtttttgttcagttgttttactccattccttactgtgatgcagATTGAAAAGAATAAATCTGAAAGGGGAGGCTCAATGTCATTACAGTCAACAGGATCAACCAGACTTGAT
ATTGGCTTTGGTGATATGAGTATTACAAGTGGAGGTGGTTTTGGGAGCAACTCTAGTTTTGGCCCAAGTTTAGATCCAGATTCATTTTCTAGCAAAGCAAAAGGTAGGGCATCTGCACCTGCCACTGTTCCTTCTAAAGGTATGGGCATGCAACTAGGGAAGACACAGAAAACAAACCAGTTTTTGGAGTCTCTGAAAGC
AGAAGGAGAGGTGATCGTTGAGGATGTGCAACCAGTTGCTGGGCAATCAAAATCAACTCTTCCAACAGCAACAGACCCCATCACAATAACTATTGAAGAGAAGCTTAATATAGTTCTTAAGCGTGATGGTGGGCTAAGTAACTTAGAAGTACAGGGTACTTTCGCCCTTCTCATTCTGAAAAAGGAAGATGGATTTGTAC
AGGTCCAGGTAGAAAATATGAAGCTTCTTAACTGCACTATTAGTCGCC

Intron 4 GTAAGTCCAC ... TGATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.41	48	7	24
A2	21.05	15	6	2
A3	22.73	17	7	3
A4	24.07	41	9	17
A5	15	17	2	4
A6	20.69	161	58	26
A7	16.56	126	34	16
A8	16.95	98	21	19
A9	16.84	121	33	16
A10	20	102	26	25

>TRINITY_DN48807_c0_g7_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTCTTAATCTGCATCTTACCTCAATAGAAATGCACACAGCGCAGATCTAAAGAGAGTGCCTCTATTTTCAGGGATATCCAGCTAATCACATTCAAATTTTCCGATTCATGGTGTTTCTCGTCTCAGAATTTTTCTCCGAGTGTCATTACTTCCATTAAGTAGAAAGCAAGGTCGCGGCAGGTTTCAAGTTTCCAAAATG
GTGGTCTTGGCAGCCTCCGTTATCACTAAGAGTGGGAAAGCCTTGGTTTCCCGGCAGTTTGTGGATATGACTAGAATTAGGATTGAAGGGCTGCTAGCTGCTTTTCCTAAGCTAGTTGGAAGTGGGAAACAACATACTTATGTCGAGACAGAGAATGTTCGCTATGTATACCAACCAATGGAATCTCTGTATTTGCTGCT
TATCACCAACAAGCAAAGCAATATCCTCCAGGATCTTGACACCCTGAGGCTTCTCTCCAAGCTGGTGCCTGAATACTCCCCCGAATTGGATGAAGAAGGAATCTGTAGAATGGCATTTGAGATAATCTTTGCATTTGATGAAGCTATCGCACTTGGGCATAATGAGAATGTGACTCTTATGCAAATTAAGCAATACTGTG
AGATGGAGAGTCATGAAGAGCGACTTCACAAATTAATAATGCAAAGCAAGATAGATGAGACAAAAGATGTTATGAAACGGAAAGCAAGTGAGATTGATAAGATCAAGATTGAAAAGAATAAATCTGAAAGGGGAGGCTCAATGTCATTACAGTCAACAGGATCAACCAGACTTGATATTGGCTTTGGTGATATGAGTATT
ACAAGTGGAGGTGGTTTTGGGAGCAACTCTAGTTTTGGCCCAAGTTTAGATCCAGATTCATTTTCTAGCAAAGCAAAAGGTAGGGCATCTGCACCTGCCACTGTTCCTTCTAAAGGTATGGGCATGCAACTAGGGAAGACACAGAAAACAAACCAGTTTTTGGAGTCTCTGAAAGCAGAAGGAGAGGTGATCGTTGAGGA
TGTGCAACCAGTTGCTGGGCAATCAAAATCAACTCTTCCAACAGCAACAGACCCCATCACAATAACTATTGAAGAGAAGCTTAATATAGTTCTTAAGCGTGATGGTGGGCTAAGTAACTTAGAAGTACAGGGTACTTTCGCCCTTCTCATTCTGAAAAAGGAAGATGGATTTGTACAGGTCCAGATTGAGACAGGCGGAA
ATGAAAGTTTCCAATTTAAGACACATCCAAACATCAACAAGGATCTCTTTTTGAGGGAGAACCTCTTGGGCCTTAAGGATCCTAACAAGCCATTCCCAGCAGGCCAACTGAGTGATCCACTGGGTCTGGGTTTGCTTAAATGGAGAATGCAAAGTGCCCAAGAATCTGTGGTTCCTTTGAGCATCAACTGCTGGCCCTCA
GTTTCTGGTGGAAATACATATGTTAACATTGAATATGAATCGTCAGAGGTCTTTGACTTACAAAATGTTGTGATTTCGTTACCTTTGCCCGCACTTCAAGATCCTCCAACCATCAATCAAGTTGATGGGGATTGGAGGTATGATTCACGGAGGTCTGTGTTAGAGTGGTCAATATTTCTCATAGATTCCACTAATCGCAG
TGGATCTATGGAGTTTGTCGTGCCCCCGGCAGATCCTTCATCTTTTTTCCCTATAGATGTGAAGTTTTCTGCAGCAAAGACCTTTTGTGATATCAAGGTTGCGAATGTGATACCAGTTAATGGAGGTAGTCCATTAAAATTTGCCAGTCGAACACAACTGGTAACAGAGAATTACCAAGTTGTGTAAATTCACGTTATTG
CCGAGTTATGATTGAAGGTCCAGCTGGAGTGACCTTGTCTGATTGCACATTTGAATGAATTACTGAACTGAGCATTCTACATTTTACTTGCCTAGTATTGAATAGGAAACCGAGTTTTTGTATCTTGCCAGATCCATGGCCTTTGGTTCATCCTTGCGGGCTTGCTTAAGCTATTTTAAATTCTAATTTCTACTTTATTT
CATTGTAAATTCTGTTGACTACTTAAGTTTGTCATTCTTAGAACATAGTTCTTATTTTCGAAAAGCTGACTTAACTCTGTAGTCCATTAAAGTTTGCGGGTTAAACACAGCTGTGGACAGAGAATTACCAAATTGTGTAACCACATATTATTGCTATGTTATGATCGAAGGGCCAGCTGGAATGACAATATCAAAATCTA
GACACGTGAATATATTAACCGATTAACTTGACATCTCACATTTACTTTTATTGAATAGGAAATCATTTTTTTAACATTGCCAGACCCATGGTCGTTTGCTTCATGCTGGCTGGCTTGCTTACCGTGTTATAAACTCTAATATCTATTTTCTATTGACTACTTGAGTTTGTCAGTTGATCCTCAGAACATAGGTCCTATTT
TGTAAAAGATAACTCTGTTATACTTTTGGAATGTGTTGTAGAGTTAGCTAAATCCGGCCTCTATATTGCCTTTAATTTGCTTCTTCCAAACGCTGCAAAATCC

>TRINITY_DN48807_c0_g7_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTTCTTAATCTGCATCTTACCTCAATAGAAATGCACACAGCGCAGATCTAAAGAGAGTGCCTCTATTTTCAGGGATATCCAGCTAATCACATTCAAATTTTCCGATTCATGGTGTTTCTCGTCTCAGAATTTTTCTCCGAGTGTCATTACTTCCATTAAGTAGAAAGCAAGGTCGCGGCAGGTTTCAAGTTTCCAAAATG
GTGGTCTTGGCAGCCTCCGTTATCACTAAGAGTGGGAAAGCCTTGGTTTCCCGGCAGTTTGTGGATATGACTAGAATTAGGATTGAAGGGCTGCTAGCTGCTTTTCCTAAGCTAGTTGGAAGTGGGAAACAACATACTTATGTCGAGACAGAGAATGTTCGCTATGTATACCAACCAATGGAATCTCTGTATTTGCTGCT
TATCACCAACAAGCAAAGCAATATCCTCCAGGATCTTGACACCCTGAGGCTTCTCTCCAAGCTGGTGCCTGAATACTCCCCCGAATTGGATGAAGAAGGAATCTGTAGAATGGCATTTGAGATAATCTTTGCATTTGATGAAGCTATCGCACTTGGGCATAATGAGAATGTGACTCTTATGCAAATTAAGCAATACTGTG
AGATGGAGAGTCATGAAGAGCGACTTCACAAATTAATAATGCAAAGCAAGATAGATGAGACAAAAGATGTTATGAAACGGAAAGCAAGTGAGATTGATAAGATCAAGATTGAAAAGAATAAATCTGAAAGGGGAGGCTCAATGTCATTACAGTCAACAGGATCAACCAGACTTGATATTGGCTTTGGTGATATGAGTATT
ACAAGTGGAGGTGGTTTTGGGAGCAACTCTAGTTTTGGCCCAAGTTTAGATCCAGATTCATTTTCTAGCAAAGCAAAAGGTAGGGCATCTGCACCTGCCACTGTTCCTTCTAAAGGTATGGGCATGCAACTAGGGAAGACACAGAAAACAAACCAGTTTTTGGAGTCTCTGAAAGCAGAAGGAGAGGTGATCGTTGAGGA
TGTGCAACCAGTTGCTGGGCAATCAAAATCAACTCTTCCAACAGCAACAGACCCCATCACAATAACTATTGAAGAGAAGCTTAATATAGTTCTTAAGCGTGATGGTGGGCTAAGTAACTTAGAAGTACAGGGTACTTTCGCCCTTCTCATTCTGAAAAAGGAAGATGGATTTGTACAGGTCCAGATTGAGACAGGCGGAA
ATGAAAGTTTCCAATTTAAGACACATCCAAACATCAACAAGGATCTCTTTTTGAGGGAGAACCTCTTGGGCCTTAAGGATCCTAACAAGCCATTCCCAGCAGGCCAACTGAGTGATCCACTGGGTCTGGGTTTGCTTAAATGGAGAATGCAAAGTGCCCAAGAATCTGTGGTTCCTTTGAGCAgtaagtccacatttctt
gcagtcttttacacaaatttatggaattcttgttgttctttatgcttctgagcatagctggctcatcatgtcacaggcttatggggttgcagcactgtattttataatccacatagacattttctgtccatatgatatatgtcgctattgtgttcaattcagttttacctatgaccatcatgttcctttttgttatcttt
gttttagtaaagggtttattggcttctattgatcaatatgcaaataccaatgacatttaaaaactggattttatacaacttacaaacagatctcactttcaaaaatgatgcttggggctagtttcacaattctttaaacaagagtctctccaaagtttgcagatttctggtacaatcacatgtttacacttgcaaagtta
gtaccattttaacttgccttcatacatgatttgcagTCAACTGCTGGCCCTCAGTTTCTGGTGGAAATACATATGTTAACATTGAATATGAATCGTCAGAGGTCTTTGACTTACAAAATGTTGTGATTTCGTTACCTTTGCCCGCACTTCAAGATCCTCCAACCATCAATCAAGTTGATGGGGATTGGAGGTATGATTCA
CGGAGGTCTGTGTTAGAGTGGTCAATATTTCTCATAGATTCCACTAATCGCAGTGGATCTATGGAGTTTGTCGTGCCCCCGGCAGATCCTTCATCTTTTTTCCCTATAGATGTGAAGTTTTCTGCAGCAAAGACCTTTTGTGATATCAAGGTTGCGAATGTGATACCAGTTAATGGAGGTAGTCCATTAAAATTTGCCAG
TCGAACACAACTGGTAACAGAGAATTACCAAGTTGTGTAAATTCACGTTATTGCCGAGTTATGATTGAAGGTCCAGCTGGAGTGACCTTGTCTGATTGCACATTTGAATGAATTACTGAACTGAGCATTCTACATTTTACTTGCCTAGTATTGAATAGGAAACCGAGTTTTTGTATCTTGCCAGATCCATGGCCTTTGGT
TCATCCTTGCGGGCTTGCTTAAGCTATTTTAAATTCTAATTTCTACTTTATTTCATTGTAAATTCTGTTGACTACTTAAGTTTGTCATTCTTAGAACATAGTTCTTATTTTCGAAAAGCTGACTTAACTCTGTAGTCCATTAAAGTTTGCGGGTTAAACACAGCTGTGGACAGAGAATTACCAAATTGTGTAACCACATA
TTATTGCTATGTTATGATCGAAGGGCCAGCTGGAATGACAATATCAAAATCTAGACACGTGAATATATTAACCGATTAACTTGACATCTCACATTTACTTTTATTGAATAGGAAATCATTTTTTTAACATTGCCAGACCCATGGTCGTTTGCTTCATGCTGGCTGGCTTGCTTACCGTGTTATAAACTCTAATATCTATT
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