sp|Q9ZTT5|CAMT_PINTA ----> Caffeoyl-CoA O-methyltransferase

Intron 1 GTATGTATAA ... GCACTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.14	3	5	3
A2	33.33	2	0	2
A3	23.08	5	0	3
A4	50	5	4	6
A5	-1	0	0	0
A6	15.56	19	2	5
A7	14.29	39	8	5
A8	23.23	38	5	18
A9	26.47	25	7	11
A10	23.29	28	8	9

>TRINITY_DN45858_c0_g1_i11 from sample A10 / Example spliced isoform

TGGTATTCCTTTGGGCCTGTCCATATGGCGGTGCTTTCTATTATCTGAGCGCTCAGATATGCTTCCGGTGATAGCTCTGGTCACTGTGATAGGCAGAGTGTTCTTAATAGAGAGCTAATACATCTATTTTCTGCAGCGCTGCAAACCACGGTTCTAGAGGATTCGAACCCGGGACGAGTACGAGGTTGTGGTGCAGGATT
CGAAACCGGGATGAGCTACTACATCTATTTTCTTCAACTAGCATAGCTCTTCTAGACGAGATCTGCAGTTATGTTATCAATAGTACTCCCGAAATCATATCAGAAGGCGGATTCGGAAATTAATCTTGCAACTGTGTAAGTAAATAATGCAGGCACAGATATTCAACACCCAGCTCCAGCAGACGTGAAGGTGGACTCAA
CCCAAGGACAGGAGTACAGTAAGGTTGCCATCCGTCAGAAAATGGACCACAAAAGTCTGTTGCAGAGCCATGCCCTCTATCAGTATATCATGAAAACAAGCGTGTACCCTCATGATCCCGAGCCATTGAAGGAGCTCCGAGAATTGACATTCAAAAAACCCTGGTTTTTCCATGACGACAATAAATTCTAAATCCGTAAG
TTACTGAATTGTCATAGGAGCCTTTAAGATGCGTTCAGTCTTCAGTCTTCAGTTCCTAGTTTGGGTTTAATGGTGAACTCCACCTCCCTCTTAAGTAGCAATCCTGGTTGGATGATAGCTCATGACTGGACTGTGATTCAATAATAAATCAACTAATTTTCTTGTTGGGGGATAGAAAGTAAAGCATGTTCTACCTCTAG
CTCTGTCTAATAGCTTTTAAAACAACATAAAGAAGATTATTTATGATCTCGGCAAGTACATGAGGTGGTTGTCATCTAAAGAAATACATAAAGAAGATATCAAGTATTGGAAAAGATAAATTCCTCAACTAATGTGTGAGATGCAAAAGTATTTTCATCCAACCTTTTTCAATGCACAGGAACACTACCTCATATACCTA
GTGGAAGAGATGGAAATATGTGTACCCATACACATAGGGTCAATGTGGTTGATGGATAGGAACTTGAAAGCATTGAAAGACTTTGTTAGACAATGATCACATATAGAAGGATCTATTGTTGAAGGCTACGTGCTATATCAATCCATTGTATATTTTAGTGAGTACTTAACCCAAGTAGTGGGTGATATGGACGTGTCTCT
CCTTTGGCATTCCAATTCCACTAAAAAATTTTAAGGGGAGGTGTTGGGGAAAGGTATATGGAGAAAAGTGAAAGGTAAAATCTTGTATTGTATTTAATATCTCCATACATGCTTTTGGTAGATGTTAGTAGCTTGGATGTTTAACTAAATTTTTTTTTGTCATTGTTCTAGTTGGTATAGAGTGGGATTCAATTCATTTA
TAAGTTTCAAATAATATTCATTGTATTAAGAGATGGATATAATTATGTGAAGAAGTTTGCAGTGCCTTATCATCGAATAGGGTGGCAGATTTGATCATAAAATATTATTTGGATCATGATACAGATTTAACCCATCAAGAAATTGATATAGCATATGGTGCAAAAGATAGAAATGTGAAACATCATAAGGCTATGTGGTG
CAATGGCAAAAAATAACACACCAAACAATTGGATGACAAGAGAAAAACATGTTATAGTGGTATAACTACAATTTTCCAGGTTACTAATATTTCCCATAGGGGTGATAAACATCTAGTTACATTGGATTTGAGGTACTATGGATATTTG

>TRINITY_DN45858_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TGGTATTCCTTTGGGCCTGTCCATATGGCGGTGCTTTCTATTATCTGAGCGCTCAGATATGCTTCCGGTGATAGCTCTGGTCACTGTGATAGGCAGAGTGTTCTTAATAGAGAGCTAATACATCTATTTTCTGCAGCGCTGCAAACCACGGTTCTAGAGGATTCGAACCCGGGACGAGTACGAGGTTGTGGTGCAGGATT
CGAAACCGGGATGAGCTACTACATCTATTTTCTTCAACTAGCATAGCTCTTCTAGACGAGATCTGCAGTTATGTTATCAATAGTACTCCCGAAATCATATCAGAAGGCGGATTCGGAAATTAATCTTGCAACTGTGTAAGTAAATAATGCAGGCACAGATATTCAACACCCAGCTCCAGCAGACGTGAAGGTGGACTCAA
CCCAAGGACAGGAGTACAGTAAGGTTGCCATCCGTCAGAAAATGGACCACAAAAGTCTGTTGCAGAGCCATGCCCTCTATCAGTATATCATGAAAACAAGCGTGTACCCTCATGATCCCGAGCCATTGAAGGAGCTCCGAGAATTGACATTCAAAAAACCCTGGTTTTTCCATGACGACAATAAATTCTAAATCCGTAAG
TTACTGAATTGTCATAGGAGCCTTTAAGATGCGTTCAGTCTTCAGTCTTCAGTTCCTAGTTTGGGTTTAATGGTGAACTCCACCTCCCTCTTAAGTAGCAATCCTGGTTGGATGATAGCTCATGACTGGACTGTGATTCAATAATAAATCAACTAATTTTCTTGTTGGGGGATAGAAAGTAAAGCATGTTCTACCTCTAG
CTCTGTCTAATAGCTTTTAAAACAACATAAAGAAGATTATTTATGATCTCGGCAAGTACATGAGgtatgtataaagttatagttgaattattgattgtatacactatcaataattgctttacttgccttatatattttaatgttgacacatcgatttatttgcacttgtagGTGGTTGTCATCTAAAGAAATACATAAAG
AAGATATCAAGTATTGGAAAAGATAAATTCCTCAACTAATGTGTGAGATGCAAAAGTATTTTCATCCAACCTTTTTCAATGCACAGGAACACTACCTCATATACCTAGTGGAAGAGATGGAAATATGTGTACCCATACACATAGGGTCAATGTGGTTGATGGATAGGAACTTGAAAGCATTGAAAGACTTTGTTAGACAA
TGATCACATATAGAAGGATCTATTGTTGAAGGCTACGTGCTATATCAATCCATTGTATATTTTAGTGAGTACTTAACCCAAGTAGTGGGTGATATGGACGTGTCTCTCCTTTGGCATTCCAATTCCACTAAAAAATTTTAAGGGGAGGTGTTGGGGAAAGGTATATGGAGAAAAGTGAAAGGTAAAATCTTGTATTGTAT
TTAATATCTCCATACATGCTTTTGGTAGATGTTAGTAGCTTGGATGTTTAACTAAATTTTTTTTTGTCATTGTTCTAGTTGGTATAGAGTGGGATTCAATTCATTTATAAGTTTCAAATAATATTCATTGTATTAAGAGATGGATATAATTATGTGAAGAAGTTTGCAGTGCCTTATCATCGAATAGGGTGGCAGATTTG
ATCATAAAATATTATTTGGATCATGATACAGATTTAACCCATCAAGAAATTGATATAGCATATGGTGCAAAAGATAGAAATGTGAAACATCATAAGGCTATGTGGTGCAATGGCAAAAAATAACACACCAAACAATTGGATGACAAGAGAAAAACATGTTATAGTGGTATAACTACAATTTTCCAGGTTACTAATATTTC
CCATAGGGGTGATAAACATCTAGTTACATTGGATTTGAGGTACTATGGATATTTG

Intron 2 GTAAAATCTT ... CATGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	0
A2	100	0	1	0
A3	0	2	0	4
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	83.33	2	10	0
A7	85.71	3	18	1
A8	80	5	20	4
A9	72.73	3	8	2
A10	81.25	3	13	4

>TRINITY_DN45858_c0_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoform

CAAGTATTGGAAAAGATAAATTCCTCAACTAATGTGTGAGATGCAAAAGTATTTTCATCCAACCTTTTTCAATGCACAGGAACACTACCTCATATACCTAGTGGAAGAGATGGAAATATGTGTACCCATACACATAGGGTCAATGTGGTTGATGGATAGGAACTTGAAAGCATTGAAAGACTTTGTTAGACAATGATCAC
ATATAGAAGGATCTATTGTTGAAGGCTACGTGCTATATCAATCCATTGTATATTTTAGTGAGTACTTAACCCAAGTAGTGGGTGATATGGACGTGTCTCTCCTTTGGCATTCCAATTCCACTAAAAAATTTTAAGGGGAGGTGTTGGGGAAAGGTATATGGAGAAAAGTGAAAGATTTAACCCATCAAGAAATTGATATA
GCATATGGTGCAAAAGATAGAAATGTGAAACATCATAAGGCTATGTGGTGCAATGGCAAAAAATAACACACCAAACAATTGGATGACAAGAGAAAAACATGTTATAGTGGTATAACTACAATTTTCCAGGTTACTAATATTTCCCATAGGGGTGATAAACATCTAGTTACATTGGATTTGAGGTACTATGGATATTTG

>TRINITY_DN45858_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TGGTATTCCTTTGGGCCTGTCCATATGGCGGTGCTTTCTATTATCTGAGCGCTCAGATATGCTTCCGGTGATAGCTCTGGTCACTGTGATAGGCAGAGTGTTCTTAATAGAGAGCTAATACATCTATTTTCTGCAGCGCTGCAAACCACGGTTCTAGAGGATTCGAACCCGGGACGAGTACGAGGTTGTGGTGCAGGATT
CGAAACCGGGATGAGCTACTACATCTATTTTCTTCAACTAGCATAGCTCTTCTAGACGAGATCTGCAGTTATGTTATCAATAGTACTCCCGAAATCATATCAGAAGGCGGATTCGGAAATTAATCTTGCAACTGTGTAAGTAAATAATGCAGGCACAGATATTCAACACCCAGCTCCAGCAGACGTGAAGGTGGACTCAA
CCCAAGGACAGGAGTACAGTAAGGTTGCCATCCGTCAGAAAATGGACCACAAAAGTCTGTTGCAGAGCCATGCCCTCTATCAGTATATCATGAAAACAAGCGTGTACCCTCATGATCCCGAGCCATTGAAGGAGCTCCGAGAATTGACATTCAAAAAACCCTGGTTTTTCCATGACGACAATAAATTCTAAATCCGTAAG
TTACTGAATTGTCATAGGAGCCTTTAAGATGCGTTCAGTCTTCAGTCTTCAGTTCCTAGTTTGGGTTTAATGGTGAACTCCACCTCCCTCTTAAGTAGCAATCCTGGTTGGATGATAGCTCATGACTGGACTGTGATTCAATAATAAATCAACTAATTTTCTTGTTGGGGGATAGAAAGTAAAGCATGTTCTACCTCTAG
CTCTGTCTAATAGCTTTTAAAACAACATAAAGAAGATTATTTATGATCTCGGCAAGTACATGAGGTATGTATAAAGTTATAGTTGAATTATTGATTGTATACACTATCAATAATTGCTTTACTTGCCTTATATATTTTAATGTTGACACATCGATTTATTTGCACTTGTAGGTGGTTGTCATCTAAAGAAATACATAAAG
AAGATATCAAGTATTGGAAAAGATAAATTCCTCAACTAATGTGTGAGATGCAAAAGTATTTTCATCCAACCTTTTTCAATGCACAGGAACACTACCTCATATACCTAGTGGAAGAGATGGAAATATGTGTACCCATACACATAGGGTCAATGTGGTTGATGGATAGGAACTTGAAAGCATTGAAAGACTTTGTTAGACAA
TGATCACATATAGAAGGATCTATTGTTGAAGGCTACGTGCTATATCAATCCATTGTATATTTTAGTGAGTACTTAACCCAAGTAGTGGGTGATATGGACGTGTCTCTCCTTTGGCATTCCAATTCCACTAAAAAATTTTAAGGGGAGGTGTTGGGGAAAGGTATATGGAGAAAAGTGAAAGgtaaaatcttgtattgtat
ttaatatctccatacatgcttttggtagatgttagtagcttggatgtttaactaaatttttttttgtcattgttctagttggtatagagtgggattcaattcatttataagtttcaaataatattcattgtattaagagatggatataattatgtgaagaagtttgcagtgccttatcatcgaatagggtggcagatttg
atcataaaatattatttggatcatgatacagATTTAACCCATCAAGAAATTGATATAGCATATGGTGCAAAAGATAGAAATGTGAAACATCATAAGGCTATGTGGTGCAATGGCAAAAAATAACACACCAAACAATTGGATGACAAGAGAAAAACATGTTATAGTGGTATAACTACAATTTTCCAGGTTACTAATATTTC
CCATAGGGGTGATAAACATCTAGTTACATTGGATTTGAGGTACTATGGATATTTG