sp|Q8W4I4|POT6_ARATH ----> Potassium transporter 6

Intron 1 GTATGTTGTG ... TACTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.76	9.6	7	7.9
A2	17.43	14.5	5	1
A3	25.89	18.1	7	5.5
A4	64.08	4.7	11	5.6
A5	19.49	3.7	0	1.6
A6	24.59	10.6	3	3.9
A7	22.24	13	2	4.8
A8	38.02	8.7	4	6.7
A9	20.58	19.9	3	7.1
A10	17.95	14.2	4	1.9

>TRINITY_DN125867_c5_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GAGCGATCCTTCGACAATTTTTTTCCACTTTTATGGCACCTTGTTTCCTTGCAATCGGCAAGGAATCCGGCCAATTCCCAACTACCCACTGAACTTTGCTAGAGATTCCCTGCGCCCAAATCCAAGTAGCCAACCCCACATTCTGATTCCAATACACTTTATACCTTTATTCTTTATCACTGGAACCTTCAACAAAATGG
TAGCACGAAGTTGATTTTCAATCACCCAAATGGCTTAAAAAAGGGGCCCAGATGATTTGTTCTGTGCGAAATGCAATCATCATGATGGCATTATGATGAAATCTTTCACGCTTGCTATTTAGAAACTTCCAATTTCCAGTCAATTCAATCTGATCAGGGTCTACAACTTTTACCGGCCATTGGACCAGGGTCATACAGTT
ATATCAGCTACTGGGGCACAGTCATTTGGTCCATTGTTGTCGTTTTGTTGAAAATAAAAACCCCATTGAAGGTAAATCATGGGAAATACAACTATCGTCTGTAGGCCAACAACTAAGGAAGGCAGGCGGAAAGAAACACGGACTTGAGTCCTTATGGGCATAAATGTTTACAATGATTATAGGCGCTCTCACAGCATGAT
TGGATGCTCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATCTCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTAT
CAGAGCCTTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGG
TGGAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGGTAAAAAGTATGCTTGAAAAATGTAGATTTTTTCACACTATGTTGCTTATTGTTGCTCTAATTGGCA
CGTGTATGGTTATTGGAGATGGGGTCCTGACTCCCGCTCTTTCTGTTTTTTCTGCAGTGTCAGGCCTTGAACTCTCAATGTCGCACCATGAATATGCGGTGGTTCCTATTGCATGTCTTATACTGGTAGGCCTATTTGCACTACAACACTATGGCACACATCGGGTGGGATTCATGTTCGCACCAATTGTTTTGACTTGG
CTACTCTGTATCAGTTCCATTGGTCTCTATAATATTATTCGCTGGAATCCACGTGTTTATCGAGCACTCTCTCCATATTACATGTACACCTTTTTGAAGAAGACACAAAAAGGAGGTTGGATGTCCTTGGGAGGCATTCTATTGTGCATCACAGGCTCAGAGGCAATGTTTGCAGATCTTGGGCACTTTTCACAATTATC
AATCAAGATTGCTTTTACTTCCATAGTCTATCCTGCCCTGATTTTGGCATACATGGGCCAAGCTGCATATATCTCAGAACATCATGCCTTCACTGCTAATGATCAGATTGGCTTTTATGTATCTGTACCAGAACATCTAAGATGGCCTGTACTGGCAATTGCAATACTTGCATCAGTGGTTGGAAGCCAAGCAGTCATCA
CTGGGACTTTTTCAATCATTAAACAATCCTTGGCATTAGGCTGCTTTCCAAGAGTGAAAGTGGTGCACACGTCAGATAAAATATATGGACAGATATACATTCCAGAGATCAACTGGATCTTAATGAGCCTCTGTCTTGCTGTTACAATTGGTTTTAGGGATACTAAACACATGGGAAATGCTTCCGGTTTGGCTGTCATC
ACTGTTATGTTGGTCACAACTTGTCTCATGTCACTAGTAATTATTTTGTGCTGGCACAAAAGTGCTTTGCTAGCTTTTTCCTTTATCCTCTGCTTCGGATCAATTGAAGCCCTCTACTTTTCAGCTTCTCTCATTAAATTCTTAGAAGGAGCCTGGGTACCTTTAGTTCTTGCATTCATATTCATGTTTGTAATGTATGT
ATGGCACTATGGAACAATTAAGAAATATGAGTTTGACTTGCAAAACAAGGTCTCTATGAAGTGGCTGCTTGGTCTTGGACCAAGTCTGGGGATTGTGCGTGTTCCTGGTATTGGACTCATACATACAGAGCTGGTCACAGGAATACCTGCAATTTTTACACATTTTGTGACAAATCTTCCAGCATTCCATCAGGTGCTTG
TCTTTGTGTGCATCAAGTCAGTACCAGTACCTTATGTCAGGCCAGAGGAACGATATCTTATAGGGCGTATTGGGCCTAAGGAATACAGGCTATATAGATGCATTGTGAGGTATGGATATCGTGATGCCCACATAGATGAGCATGAATTTGAGAATCAGCTTGTTTTCAGCATTGGAGAGTTTATTCGTTCGGAAAGGCAA
AGCTTGTCTGCAAATGAGGATTTTTCTCAAGATGGGAAGATGACTGTAATTGGAACTCCAAGGAGAGAAGATATGACAAATGATGAAACAGATGAGTGTATGCAATCTGCTTCTGCATCCAATACTAGGTCCCCTATTATGCAAAGCATCCATGATATTATAGAGGCAAACTCTCCTAAACTTGTAAGGAGAAAGAAAGT
GAGGTTTTTGTTGCCTAATAGCCCTGAAATGGATGCCACTGTAAGAGATGAGCTGCAAGAACTTTCGGATGCTAAGGAAGCTGGAACTGCCTTTATATTAGGTCACTCCTATGTGAAGGCAAAAAGAGGCTCTTCTTTTCTTAGGAAGTTCGTTATCAATGTGGCATATGACTTTCTCAGAAGGAACTGCAGGGGACCAT
CAGCTGCTTTGAATATACCTCATATTTCTCTTTTAGAGGTCGGTATGGTTTATCAGGTTTAAGTAATAATGTTTGTAACCAAATATATATTTTCTCTGGCTTATGTTATACTAACAACTGTATCAATATGTTTTTTGGCTGAAGTTCTTGTAAGCCACGAGAAATAGACCATAATAAAGCTCATAACCATGAATAATTTC
CTGGAATACATCATTTGGAAATAGACTCAGGAATGCTGC

>TRINITY_DN125867_c5_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAGCGATCCTTCGACAATTTTTTTCCACTTTTATGGCACCTTGTTTCCTTGCAATCGGCAAGGAATCCGGCCAATTCCCAACTACCCACTGAACTTTGCTAGAGATTCCCTGCGCCCAAATCCAAGTAGCCAACCCCACATTCTGATTCCAATACACTTTATACCTTTATTCTTTATCACTGGAACCTTCAACAAAATGG
TAGCACGAAGTTGATTTTCAATCACCCAAATGGCTTAAAAAAGGGGCCCAGATGATTTGTTCTGTGCGAAATGCAATCATCATGATGGCATTATGATGAAATCTTTCACGCTTGCTATTTAGAAACTTCCAATTTCCAGTCAATTCAATCTGATCAGGGTCTACAACTTTTACCGGCCATTGGACCAGGGTCATACAGTT
ATATCAGCTACTGGGGCACAGTCATTTGGTCCATTGTTGTCGTTTTGTTGAAAATAAAAACCCCATTGAAGGTAAATCATGGGAAATACAACTATCGTCTGTAGGCCAACAACTAAGGAAGGCAGGCGGAAAGAAACACGGACTTGAGTCCTTATGGGCATAAATGTTTACAATGATTATAGGCGCTCTCACAGCATGAT
TGGATGCTCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATCTCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTAT
CAGAGCCTTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGG
TGGAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGGTAAAAAGTATGCTTGAAAAATGTAGATTTTTTCACACTATGTTGCTTATTGTTGCTCTAATTGGCA
CGTGTATGGTTATTGGAGATGGGGTCCTGACTCCCGCTCTTTCTGgtatgttgtgatcatctggaatctatctttaatatcagactaattatatatcctttacataaagtacattgatgctaatggagattctttaaggcatctgctaaaacaaaaatctttatggtactgtgcagTTTTTTCTGCAGTGTCAGGCCTTG
AACTCTCAATGTCGCACCATGAATGTAAGAACTCTTTTTTACCCTAAAACTCTCTTGATATGCCATTAAATCAATGTTGAGGGAACCTGCTATACCTTGTATATGCTCAAACCCAAATATGATATCTTACGATGATGGTCGAAATAGTTAGAATTGCTTATCATTGCCTTTAAGATTTTCTGAATTGATCGTGTCATAAT
GATACTATCCGAGGTATATTCTTCTCTCCTTTTAAACTGCAAGAGCACTAT

Intron 2 GTAAAAAGTA ... TTTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	3	7	11
A2	83.33	2	5	15
A3	100	0	9	14
A4	42.86	8	6	6
A5	100	0	2	4
A6	74.19	4	9	14
A7	71.43	6	13	17
A8	67.74	5	11	10
A9	84.21	3	10	22
A10	71.43	6	13	17

>TRINITY_DN99815_c0_g2_i8 from sample A4 / Example spliced isoform

GCGATCCTTCGACAATTTTTTTCCACTTTTATGGCACCTTGTTTCCTTGCAATCGGCAAGGAATCCGGCCAATTCCCAACTACCCACTGAACTTTGCTAGAGATTCCCTGCGCCCAAATCCAAGTAGCCAACCCCACATTCTGATTCCAATACACTTTATACCTTTATTCTTTATCACTGGAACCTTCAACAAAATGGTA
GCACGAAGTTGATTTTCAATCACCCAAATGGCTTAAAAAAGGGGCCCAGATGATTTGTTCTGTGCGAAATGCAATCATCATGATGGCATTATGATGAAATCTTTCACGCTTGCTATTTATAAACTTCCAATTTCCAGTCAATTCAATCTGATCAGGGTCTACAACTTTTACCGGCCATTGGACCAGGGTCATACAGTTAT
ATCAGCTACTGGGGCACAGTCATTTGGTCCATTGTTGTCGTTTTGCTGAAAATAAAAACCCCATTGAAGGTAAATCATGGGAAATACAACTATCGTCTGTAGGCCAACAACTAAGGAAGGCAGGCGGAAAGAAACACGGACTTGAGTCCTTATGGGCATAAATGTTTACAATGATTATAGGCGCTCTCACAGCATGATTG
GATGCTCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATATCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTATCA
GAGCCTTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGGTG
GAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGTGTCAGGCCTTGAACTCTCAATGTCGCACCATGAATTTCCATTGGTCTCTATAATATTATTCGCTGGAA
TCCACGTGTTTATCGAGCACTCTCTCCATATTACATGTACACCTTTTTGAAGAAGACACAAAAAGGAGGTTGGATGTCCTTGGGAGGCATTCTATTGTGCATCACAGGCTCAGAGGCAATGTTTGCAGATCTTGGGCACTTTTCACAATTATCAATCAAGATTGCTTTTACTTCCATAGTCTATCCTGCCCTGATTTTGG
CATACATGGGCCAAGCTGCATATATCTCAGAACATCATGCCTTCACTGCTAATGATCAGATTGGCTTTTATGTATCTGTACCAGAACATCTAAGATGGCCTGTACTGGCAATTGCAATACTTGCATCAGTGGTTGGAAGCCAAGCAGTCATCACTGGGACTTTTTCAATCATTAAACAATCCTTGGCATTAGGCTGCTTT
CCAAGAGTGAAAGTGGTGCACACGTCAGATAAAATATATGGACAGATATACATTCCAGAGATCAACTGGATCTTAATGAGCCTCTGTCTTGCTGTTACAATTGGTTTTAGGGATACTAAACACATGGGAAATGCTTCCGGTTTGGCTGTCATCACTGTTATGTTGGTCACAACTTGTCTCATGTCACTAGTAATTATTTT
GTGCTGGCACAAAAGTGCTTTGCTAGCTTTTTCCTTTATCCTCTGCTTCGGATCAATTGAAGCCCTCTACTTTTCAGCTTCTCTCATTAAATTCTTAGAAGGAGCCTGGGTACCTTTAGTTCTTGCATTCATATTCATGTTTGTAATGTATGTATGGCACTATGGAACAATTAAGAAATATGAGTTTGACTTGCAAAACA
AGGTCTCTATGAAGTGGCTGCTTGGTCTTGGACCAAGTCTGGGGATTGTGCGTGTTCCTGGTATTGGACTCATACATACAGAGCTGGTCACAGGAATACCTGCAATTTTTACACATTTTGTGACAAATCTTCCAGCATTCCATCAGGTGCTTGTCTTTGTGTGCATCAAGTCAGTACCAGTACCTTATGTCAGGCCAGAG
GAACGATATCTTATAGGGCGTATTGGGCCTAAGGAATACAGGCTATATAGATGCATTGTGAGGTATGGATATCGTGATGCCCACATAGATGAGCATGAATTTGAGAATCAGCTTGTTTTCAGCATTGGAGAGTTTATTCGTTCGGAAAGGCAAAGCTTGTCTGCAAATGAGGATTTTTCTCAAGATGGGAAGATGACTGT
AATTGGAACTCCAAGGAGAGAAGATATGACAAATGATGAAACAGATGAGTGTATGCAATCTGCTTCTGCATCCAATACTAGGTCCCCTATTATGCAAAGCATCCATGATATTATAGAGGCAAACTCTCCTAAACTTGTAAGGAGAAAGAAAGTGAGGTTTTTGTTGCCTAATAGCCCTGAAATGGATGCCACTGTAAGAG
ATGAGCTGCAAGAACTTTCGGATGCTAAGGAAGCTGGAACTGCCTTTATATTAGGTCACTCCTATGTGAAGGCAAAAAGAGGCTCTTCTTTTCTTAGGAAGTTCGTTATCAATGTGGCATATGACTTTCTCAGAAGGAACTGCAGGGGACCATCAGCTGCTTTGAATATACCTCATATTTCTCTTTTAGAGGTCGGTATG
GTTTATCAGGTTTAAGTAATAATGTTTGTAACCAAATATATATTTTCTCTGGCTTATGTTATACTAACAACTGTATCAATATGTTTTTTGGCTGAAGTTCTTGTAAGCCACGAGAAATAGACCATAATAAAGCTCATAACCATGAATAATTTCCTGGAATACATCATTTGGAAATAGACTCAGGAATGCTGCA

>TRINITY_DN99815_c0_g2_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CTGTTTTTTATACATCAACTGGTTTCCTTTTTTGTGACAAGTGTTGTGCGCAAGGTCCATTGGAGAGGTTGCTTGGAAACACCTGGTGATTAGAATCCCATGTTTATGTGATTTGGGGACTTTGGGTATTGTGGAAAGCATTATAATTTTGTGTAATCGAAATCATTTTTGTGTGTTATCTCATATCAATGCCAACCTCT
TCATGGCTACAGGCGCTCTCACAGCATGATTGGATGCTCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATATCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAA
TCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTATCAGAGCCTTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCAT
AGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGGTGGAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGgtaaaaagtatgcttgaaaaatgtagattttttcaca
ctatgttgcttattgttgctctaattggcacgtgtatggttattggagatggggtcctgactcccgctctttctgttttttctgcagTGTCAGGCCTTGAACTCTCAATGTCGCACCATGAATATGCGGTGGTTCCTATTGCATGTCTTATACTGGTAGGCCTATTTGCACTACAACACTATGGCACACATCGGGTGGGA
TTCATGTTCGCACCAATTGTTTTGACTTGGCTACTCTGTATCAGTTCCATTGGTCTCTATAATATTATTCGCTGGAATCCACGTGTTTATCGAGCACTCTCTCCATATTACATGTACACCTTTTTGAAGAAGACACAAAAAGGAGGTTGGATGTCCTTGGGAGGCATTCTATTGTGCATCACAGGCTCAGAGGCAATGTT
TGCAGATCTTGGGCACTTTTCACAATTATCAATCAAGATTGCTTTTACTTCCATAGTCTATCCTGCCCTGATTTTGGCATACATGGGCCAAGCTGCATATATCTCAGAACATCATGCCTTCACTGCTAATGATCAGATTGGCTTTTATGTATCTGTACCAGAACATCTAAGATGGCCTGTACTGGCAATTGCAATACTTG
CATCAGTGGTTGGAAGCCAAGCAGTCATCACTGGGACTTTTTCAATCATTAAACAATCCTTGGCATTAGGCTGCTTTCCAAGAGTGAAAGTGGTGCACACGTCAGATAAAATATATGGACAGATATACATTCCAGAGATCAACTGGATCTTAATGAGCCTCTGTCTTGCTGTTACAATTGGTTTTAGGGATACTAAACAC
ATGGGAAATGCTTCCGGTTTGGCTGTCATCACTGTTATGTTGGTCACAACTTGTCTCATGTCACTAGTAATTATTTTGTGCTGGCACAAAAGTGCTTTGCTAGCTTTTTCCTTTATCCTCTGCTTCGGATCAATTGAAGCCCTCTACTTTTCAGCTTCTCTCATTAAATTCTTAGAAGGAGCCTGGGTACCTTTAGTTCT
TGCATTCATATTCATGTTTGTAATGTATGTATGGCACTATGGAACAATTAAGAAATATGAGTTTGACTTGCAAAACAAGGTCTCTATGAAGTGGCTGCTTGGTCTTGGACCAAGTCTGGGGATTGTGCGTGTTCCTGGTATTGGACTCATACATACAGAGCTGGTCACAGGAATACCTGCAATTTTTACACATTTTGTGA
CAAATCTTCCAGCATTCCATCAGGTGCTTGTCTTTGTGTGCATCAAGTCAGTACCAGTACCTTATGTCAGGCCAGAGGAACGATATCTTATAGGGCGTATTGGGCCTAAGGAATACAGGCTATATAGATGCATTGTGAGGTATGGATATCGTGATGCCCACATAGATGAGCATGAATTTGAGAATCAGCTTGTTTTCAGC
ATTGGAGAGTTTATTCGTTCGGAAAGGCAAAGCTTGTCTGCAAATGAGGATTTTTCTCAAGATGGGAAGATGACTGTAATTGGAACTCCAAGGAGAGAAGATATGACAAATGATGAAACAGATGAGTGTATGCAATCTGCTTCTGCATCCAATACTAGGTCCCCTATTATGCAAAGCATCCATGATATTATAGAGGCAAA
CTCTCCTAAACTTGTAAGGAGAAAGAAAGTGAGGTTTTTGTTGCCTAATAGCCCTGAAATGGATGCCACTGTAAGAGATGAGCTGCAAGAACTTTCGGATGCTAAGGAAGCTGGAACTGCCTTTATATTAGGTCACTCCTATGTGAAGGCAAAAAGAGGCTCTTCTTTTCTTAGGAAGTTCGTTATCAATGTGGCATATG
ACTTTCTCAGAAGGAACTGCAGGGGACCATCAGCTGCTTTGAATATACCTCATATTTCTCTTTTAGAGGTCGGTATGGTTTATCAGGTTTAAGTAATAATGTTTGTAACCAAATATATATTTTCTCTGGCTTATGTTATACTAACAACTGTATCAATATGTTTTTTGGCTGAAGTTCTTGTAAGCCACGAGAAATAGACC
ATAATAAAGCTCATAACCATGAATAATTTCCTGGAATACATCATTTGGAAATAGACTCAGGAATGCTGCA

Intron 3 GTATGCTTGA ... TACTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.29	6.3	8	7.7
A2	100	0	3	1
A3	77.13	3.9	12	4.9
A4	47.01	6.8	6	5.6
A5	61.11	1.6	2	1.6
A6	68.52	2.8	6	3.7
A7	60.56	6.6	10	4.3
A8	57.89	8	11	6.7
A9	49.29	9.7	9	6.4
A10	64.48	5.6	10	1.7

>TRINITY_DN125867_c5_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

ATACGATCCCTTTTGTATTGAAAAATATTTTAAAAGGCCAAAAACTCGCCTGACCCAAAAAAATCCTTCGTATTCCCTTCATTCCTATTTATGCCTCTTGGCTCTACCCCACTACCGTTTTTCTGTTCTCTGAGTATTTTGTCGGGTCTCTGGGCTATTTATTCTGTTTTTTATACATCAACTGGTTTCCTTTTTTGTGA
CAAGTGTTGTGCGCAAGGTCCATTGGAGAGGTTGCTTGGAAACACCTGGTGATTAGAATCCCATGTTTATGTGATTTGGGGACTTTGGGTATTGTGGAAAGCATTATAATTTTGTGTAATCGAAATCATTTTTGTGTGTTATCTCATATCAATGCCAACCTCTTCATGGCTACAGGCGCTCTCACAGCATGATTGGATGC
TCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATCTCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTATCAGAGCC
TTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGGTGGAACC
TTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGGTAAAAATTTTTTCTGCAGTGTCAGGCCTTGAACTCTCAATGTCGCACCATGAATATGCGGTGGTTCCTATTGC
ATGTCTTATACTGGTAGGCCTATTTGCACTACAACACTATGGCACACATCGGGTGGGATTCATGTTCGCACCAATTGTTTTGACTTGGCTACTCTGTATCAGTTCCATTGGTCTCTATAATATTATTCGCTGGAATCCACGTGTTTATCGAGCACTCTCTCCATATTACATGTACACCTTTTTGAAGAAGACACAAAAAG
GAGGTTGGATGTCCTTGGGAGGCATTCTATTGTGCATCACAGGCTCAGAGGCAATGTTTGCAGATCTTGGGCACTTTTCACAATTATCAATCAAGATTGCTTTTACTTCCATAGTCTATCCTGCCCTGATTTTGGCATACATGGGCCAAGCTGCATATATCTCAGAACATCATGCCTTCACTGCTAATGATCAGATTGGC
TTTTATGTATCTGTACCAGAACATCTAAGATGGCCTGTACTGGCAATTGCAATACTTGCATCAGTGGTTGGAAGCCAAGCAGTCATCACTGGGACTTTTTCAATCATTAAACAATCCTTGGCATTAGGCTGCTTTCCAAGAGTGAAAGTGGTGCACACGTCAGATAAAATATATGGACAGATATACATTCCAGAGATCAA
CTGGATCTTAATGAGCCTCTGTCTTGCTGTTACAATTGGTTTTAGGGATACTAAACACATGGGAAATGCTTCCGGTTTGGCTGTCATCACTGTTATGTTGGTCACAACTTGTCTCATGTCACTAGTAATTATTTTGTGCTGGCACAAAAGTGCTTTGCTAGCTTTTTCCTTTATCCTCTGCTTCGGATCAATTGAAGCCC
TCTACTTTTCAGCTTCTCTCATTAAATTCTTAGAAGGAGCCTGGGTACCTTTAGTTCTTGCATTCATATTCATGTTTGTAATGTATGTATGGCACTATGGAACAATTAAGAAATATGAGTTTGACTTGCAAAACAAGGTCTCTATGAAGTGGCTGCTTGGTCTTGGACCAAGTCTGGGGATTGTGCGTGTTCCTGGTATT
GGACTCATACATACAGAGCTGGTCACAGGAATACCTGCAATTTTTACACATTTTGTGACAAATCTTCCAGCATTCCATCAGGTGCTTGTCTTTGTGTGCATCAAGTCAGTACCAGTACCTTATGTCAGGCCAGAGGAACGATATCTTATAGGGCGTATTGGGCCTAAGGAATACAGGCTATATAGATGCATTGTGAGGTA
TGGATATCGTGATGCCCACATAGATGAGCATGAATTTGAGAATCAGCTTGTTTTCAGCATTGGAGAGTTTATTCGTTCGGAAAGGCAAAGCTTGTCTGCAAATGAGGATTTTTCTCAAGATGGGAAGATGACTGTAATTGGAACTCCAAGGAGAGAAGATATGACAAATGATGAAACAGATGAGTGTATGCAATCTGCTT
CTGCATCCAATACTAGGTCCCCTATTATGCAAAGCATCCATGATATTATAGAGGCAAACTCTCCTAAACTTGTAAGGAGAAAGAAAGTGAGGTTTTTGTTGCCTAATAGCCCTGAAATGGATGCCACTGTAAGAGATGAGCTGCAAGAACTTTCGGATGCTAAGGAAGCTGGAACTGCCTTTATATTAGGTCACTCCTAT
GTGAAGGCAAAAAGAGGCTCTTCTTTTCTTAGGAAGTTCGTTATCAATGTGGCATATGACTTTCTCAGAAGGAACTGCAGGGGACCATCAGCTGCTTTGAATATACCTCATATTTCTCTTTTAGAGGTCGGTATGGTTTATCAGGTTTAAGTAATAATGTTTGTAACCAAATATATATTTTCTCTGGCTTATGTTATACT
AACAACTGTATCAATATGTTTTTTGGCTGAAGTTCTTGTAAGCCACGAGAAATAGACCATAATAAAGCTCATAACCATGAATAATTTCCTGGAATACATCATTTGGAAATAGACTCAGGAATGCTGC

>TRINITY_DN125867_c5_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAGCGATCCTTCGACAATTTTTTTCCACTTTTATGGCACCTTGTTTCCTTGCAATCGGCAAGGAATCCGGCCAATTCCCAACTACCCACTGAACTTTGCTAGAGATTCCCTGCGCCCAAATCCAAGTAGCCAACCCCACATTCTGATTCCAATACACTTTATACCTTTATTCTTTATCACTGGAACCTTCAACAAAATGG
TAGCACGAAGTTGATTTTCAATCACCCAAATGGCTTAAAAAAGGGGCCCAGATGATTTGTTCTGTGCGAAATGCAATCATCATGATGGCATTATGATGAAATCTTTCACGCTTGCTATTTAGAAACTTCCAATTTCCAGTCAATTCAATCTGATCAGGGTCTACAACTTTTACCGGCCATTGGACCAGGGTCATACAGTT
ATATCAGCTACTGGGGCACAGTCATTTGGTCCATTGTTGTCGTTTTGTTGAAAATAAAAACCCCATTGAAGGTAAATCATGGGAAATACAACTATCGTCTGTAGGCCAACAACTAAGGAAGGCAGGCGGAAAGAAACACGGACTTGAGTCCTTATGGGCATAAATGTTTACAATGATTATAGGCGCTCTCACAGCATGAT
TGGATGCTCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATCTCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTAT
CAGAGCCTTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGG
TGGAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGGTAAAAAgtatgcttgaaaaatgtagattttttcacactatgttgcttattgttgctctaattggca
cgtgtatggttattggagatggggtcctgactcccgctctttctggtatgttgtgatcatctggaatctatctttaatatcagactaattatatatcctttacataaagtacattgatgctaatggagattctttaaggcatctgctaaaacaaaaatctttatggtactgtgcagTTTTTTCTGCAGTGTCAGGCCTTG
AACTCTCAATGTCGCACCATGAATGTAAGAACTCTTTTTTACCCTAAAACTCTCTTGATATGCCATTAAATCAATGTTGAGGGAACCTGCTATACCTTGTATATGCTCAAACCCAAATATGATATCTTACGATGATGGTCGAAATAGTTAGAATTGCTTATCATTGCCTTTAAGATTTTCTGAATTGATCGTGTCATAAT
GATACTATCCGAGGTATATTCTTCTCTCCTTTTAAACTGCAAGAGCACTAT

Intron 4 GTAAAAAGTA ... TTTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.73	3	8	3
A2	71.43	2	5	0
A3	100	0	8	1
A4	52.94	8	9	5
A5	100	0	2	1
A6	69.23	4	9	2
A7	66.67	6	12	1
A8	68.75	5	11	4
A9	75	3	9	2
A10	70	6	14	0

>TRINITY_DN99815_c0_g2_i8 from sample A4 / Example spliced isoform

GCGATCCTTCGACAATTTTTTTCCACTTTTATGGCACCTTGTTTCCTTGCAATCGGCAAGGAATCCGGCCAATTCCCAACTACCCACTGAACTTTGCTAGAGATTCCCTGCGCCCAAATCCAAGTAGCCAACCCCACATTCTGATTCCAATACACTTTATACCTTTATTCTTTATCACTGGAACCTTCAACAAAATGGTA
GCACGAAGTTGATTTTCAATCACCCAAATGGCTTAAAAAAGGGGCCCAGATGATTTGTTCTGTGCGAAATGCAATCATCATGATGGCATTATGATGAAATCTTTCACGCTTGCTATTTATAAACTTCCAATTTCCAGTCAATTCAATCTGATCAGGGTCTACAACTTTTACCGGCCATTGGACCAGGGTCATACAGTTAT
ATCAGCTACTGGGGCACAGTCATTTGGTCCATTGTTGTCGTTTTGCTGAAAATAAAAACCCCATTGAAGGTAAATCATGGGAAATACAACTATCGTCTGTAGGCCAACAACTAAGGAAGGCAGGCGGAAAGAAACACGGACTTGAGTCCTTATGGGCATAAATGTTTACAATGATTATAGGCGCTCTCACAGCATGATTG
GATGCTCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATATCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTATCA
GAGCCTTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGGTG
GAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGTGTCAGGCCTTGAACTCTCAATGTCGCACCATGAATTTCCATTGGTCTCTATAATATTATTCGCTGGAA
TCCACGTGTTTATCGAGCACTCTCTCCATATTACATGTACACCTTTTTGAAGAAGACACAAAAAGGAGGTTGGATGTCCTTGGGAGGCATTCTATTGTGCATCACAGGCTCAGAGGCAATGTTTGCAGATCTTGGGCACTTTTCACAATTATCAATCAAGATTGCTTTTACTTCCATAGTCTATCCTGCCCTGATTTTGG
CATACATGGGCCAAGCTGCATATATCTCAGAACATCATGCCTTCACTGCTAATGATCAGATTGGCTTTTATGTATCTGTACCAGAACATCTAAGATGGCCTGTACTGGCAATTGCAATACTTGCATCAGTGGTTGGAAGCCAAGCAGTCATCACTGGGACTTTTTCAATCATTAAACAATCCTTGGCATTAGGCTGCTTT
CCAAGAGTGAAAGTGGTGCACACGTCAGATAAAATATATGGACAGATATACATTCCAGAGATCAACTGGATCTTAATGAGCCTCTGTCTTGCTGTTACAATTGGTTTTAGGGATACTAAACACATGGGAAATGCTTCCGGTTTGGCTGTCATCACTGTTATGTTGGTCACAACTTGTCTCATGTCACTAGTAATTATTTT
GTGCTGGCACAAAAGTGCTTTGCTAGCTTTTTCCTTTATCCTCTGCTTCGGATCAATTGAAGCCCTCTACTTTTCAGCTTCTCTCATTAAATTCTTAGAAGGAGCCTGGGTACCTTTAGTTCTTGCATTCATATTCATGTTTGTAATGTATGTATGGCACTATGGAACAATTAAGAAATATGAGTTTGACTTGCAAAACA
AGGTCTCTATGAAGTGGCTGCTTGGTCTTGGACCAAGTCTGGGGATTGTGCGTGTTCCTGGTATTGGACTCATACATACAGAGCTGGTCACAGGAATACCTGCAATTTTTACACATTTTGTGACAAATCTTCCAGCATTCCATCAGGTGCTTGTCTTTGTGTGCATCAAGTCAGTACCAGTACCTTATGTCAGGCCAGAG
GAACGATATCTTATAGGGCGTATTGGGCCTAAGGAATACAGGCTATATAGATGCATTGTGAGGTATGGATATCGTGATGCCCACATAGATGAGCATGAATTTGAGAATCAGCTTGTTTTCAGCATTGGAGAGTTTATTCGTTCGGAAAGGCAAAGCTTGTCTGCAAATGAGGATTTTTCTCAAGATGGGAAGATGACTGT
AATTGGAACTCCAAGGAGAGAAGATATGACAAATGATGAAACAGATGAGTGTATGCAATCTGCTTCTGCATCCAATACTAGGTCCCCTATTATGCAAAGCATCCATGATATTATAGAGGCAAACTCTCCTAAACTTGTAAGGAGAAAGAAAGTGAGGTTTTTGTTGCCTAATAGCCCTGAAATGGATGCCACTGTAAGAG
ATGAGCTGCAAGAACTTTCGGATGCTAAGGAAGCTGGAACTGCCTTTATATTAGGTCACTCCTATGTGAAGGCAAAAAGAGGCTCTTCTTTTCTTAGGAAGTTCGTTATCAATGTGGCATATGACTTTCTCAGAAGGAACTGCAGGGGACCATCAGCTGCTTTGAATATACCTCATATTTCTCTTTTAGAGGTCGGTATG
GTTTATCAGGTTTAAGTAATAATGTTTGTAACCAAATATATATTTTCTCTGGCTTATGTTATACTAACAACTGTATCAATATGTTTTTTGGCTGAAGTTCTTGTAAGCCACGAGAAATAGACCATAATAAAGCTCATAACCATGAATAATTTCCTGGAATACATCATTTGGAAATAGACTCAGGAATGCTGCA

>TRINITY_DN99815_c0_g2_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GCGATCCTTCGACAATTTTTTTCCACTTTTATGGCACCTTGTTTCCTTGCAATCGGCAAGGAATCCGGCCAATTCCCAACTACCCACTGAACTTTGCTAGAGATTCCCTGCGCCCAAATCCAAGTAGCCAACCCCACATTCTGATTCCAATACACTTTATACCTTTATTCTTTATCACTGGAACCTTCAACAAAATGGTA
GCACGAAGTTGATTTTCAATCACCCAAATGGCTTAAAAAAGGGGCCCAGATGATTTGTTCTGTGCGAAATGCAATCATCATGATGGCATTATGATGAAATCTTTCACGCTTGCTATTTATAAACTTCCAATTTCCAGTCAATTCAATCTGATCAGGGTCTACAACTTTTACCGGCCATTGGACCAGGGTCATACAGTTAT
ATCAGCTACTGGGGCACAGTCATTTGGTCCATTGTTGTCGTTTTGCTGAAAATAAAAACCCCATTGAAGGTAAATCATGGGAAATACAACTATCGTCTGTAGGCCAACAACTAAGGAAGGCAGGCGGAAAGAAACACGGACTTGAGTCCTTATGGGCATAAATGTTTACAATGATTATAGGCGCTCTCACAGCATGATTG
GATGCTCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATATCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTATCA
GAGCCTTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGGTG
GAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGgtaaaaagtatgcttgaaaaatgtagattttttcacactatgttgcttattgttgctctaattggcacg
tgtatggttattggagatggggtcctgactcccgctctttctggtatgttgtgatcatctggaatctatctttaatatcagactaattatatatcctttacataaagtacattgatgctaatggagattctttaaggcatctgctaaaacaaacatctttatggtactgtgcagttttttctgcagTGTCAGGCCTTGAA
CTCTCAATGTCGCACCATGAATGTAAGAACTCTTTTTTACCCTAAAACTCTCTTGATATGCCATTAAATCAATGTTGAGGGAACCTGCTATACCTTGTATATGCTCAAACCCAAATATGATATCTTACGATGATGGTCGAAATAGTTAGAATTGCTTATCATTGCCTTTAAGATTTTCTGAATTGATCGTGTCATAATGA
TACTATCCGAGGTATATTCTTCTCTCCTTTTAAACTGCAAGAGCACTATAAGGCATGCAAATTGTAGGCCCTTGTTGCACAATGCACAGTTAATGAAGTTTGTATTATATGAAACTAAATTAATGGGGGTAGGATGGACTAACTGTAAAACAAAGAAAGCAATTTCTTTAAAATTTGTGACCCTTAAGATACATACCATG
GAAATATTGTATTATTAAAGGTACTATGAACCATGAACCAGTGGAATACCTCAATTGTCAGGCATAACAAAGTTCACCCTGCATATGCTAAGACGGTTGGTTTTGTCTCCCAAAATTTTGATTTATCTCCTTTACTTTGTCAGCGAGTCAATGGTAGAACCTTTTTGCTTAGGCTTTTTCATGCATTTATGTACTAACCT
TCTCACTGACAGTTTGATAGAAATTCTTGGATTGAAACTCCGTATATAGGAGAGTCCTTTCCTTATCTATTCATGAACATCCAGTAGTCTAGTCTTGAAACGTTTTTCTAGTTACTTAGTTGTAATTATGTCCTAACTTTTCAGTATATGCC

Intron 5 GTGATTAGAA ... ATGGCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.55	10	6	12
A2	44.44	10	4	8
A3	0	3	0	0
A4	77.78	2	3	7
A5	50	1	0	1
A6	50	1	0	1
A7	27.27	8	0	3
A8	50	1	0	1
A9	45.45	6	0	5
A10	50	4	0	4

>TRINITY_DN125867_c5_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

ATACGATCCCTTTTGTATTGAAAAATATTTTAAAAGGCCAAAAACTCGCCTGACCCAAAAAAATCCTTCGTATTCCCTTCATTCCTATTTATGCCTCTTGGCTCTACCCCACTACCGTTTTTCTGTTCTCTGAGTATTTTGTCGGGTCTCTGGGCTATTTATTCTGTTTTTTATACATCAACTGGTTTCCTTTTTTGTGA
CAAGTGTTGTGCGCAAGGTCCATTGGAGAGGTTGCTTGGAAACACCTGGCGCTCTCACAGCATGATTGGATGCTCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATCTC
GAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTATCAGAGCCTTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGAC
TTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGGTGGAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGG
TAAAAATTTTTTCTGCAGTGTCAGGCCTTGAACTCTCAATGTCGCACCATGAATATGCGGTGGTTCCTATTGCATGTCTTATACTGGTAGGCCTATTTGCACTACAACACTATGGCACACATCGGGTGGGATTCATGTTCGCACCAATTGTTTTGACTTGGCTACTCTGTATCAGTTCCATTGGTCTCTATAATATTATT
CGCTGGAATCCACGTGTTTATCGAGCACTCTCTCCATATTACATGTACACCTTTTTGAAGAAGACACAAAAAGGAGGTTGGATGTCCTTGGGAGGCATTCTATTGTGCATCACAGGCTCAGAGGCAATGTTTGCAGATCTTGGGCACTTTTCACAATTATCAATCAAGATTGCTTTTACTTCCATAGTCTATCCTGCCCT
GATTTTGGCATACATGGGCCAAGCTGCATATATCTCAGAACATCATGCCTTCACTGCTAATGATCAGATTGGCTTTTATGTATCTGTACCAGAACATCTAAGATGGCCTGTACTGGCAATTGCAATACTTGCATCAGTGGTTGGAAGCCAAGCAGTCATCACTGGGACTTTTTCAATCATTAAACAATCCTTGGCATTAG
GCTGCTTTCCAAGAGTGAAAGTGGTGCACACGTCAGATAAAATATATGGACAGATATACATTCCAGAGATCAACTGGATCTTAATGAGCCTCTGTCTTGCTGTTACAATTGGTTTTAGGGATACTAAACACATGGGAAATGCTTCCGGTTTGGCTGTCATCACTGTTATGTTGGTCACAACTTGTCTCATGTCACTAGTA
ATTATTTTGTGCTGGCACAAAAGTGCTTTGCTAGCTTTTTCCTTTATCCTCTGCTTCGGATCAATTGAAGCCCTCTACTTTTCAGCTTCTCTCATTAAATTCTTAGAAGGAGCCTGGGTACCTTTAGTTCTTGCATTCATATTCATGTTTGTAATGTATGTATGGCACTATGGAACAATTAAGAAATATGAGTTTGACTT
GCAAAACAAGGTCTCTATGAAGTGGCTGCTTGGTCTTGGACCAAGTCTGGGGATTGTGCGTGTTCCTGGTATTGGACTCATACATACAGAGCTGGTCACAGGAATACCTGCAATTTTTACACATTTTGTGACAAATCTTCCAGCATTCCATCAGGTGCTTGTCTTTGTGTGCATCAAGTCAGTACCAGTACCTTATGTCA
GGCCAGAGGAACGATATCTTATAGGGCGTATTGGGCCTAAGGAATACAGGCTATATAGATGCATTGTGAGGTATGGATATCGTGATGCCCACATAGATGAGCATGAATTTGAGAATCAGCTTGTTTTCAGCATTGGAGAGTTTATTCGTTCGGAAAGGCAAAGCTTGTCTGCAAATGAGGATTTTTCTCAAGATGGGAAG
ATGACTGTAATTGGAACTCCAAGGAGAGAAGATATGACAAATGATGAAACAGATGAGTGTATGCAATCTGCTTCTGCATCCAATACTAGGTCCCCTATTATGCAAAGCATCCATGATATTATAGAGGCAAACTCTCCTAAACTTGTAAGGAGAAAGAAAGTGAGGTTTTTGTTGCCTAATAGCCCTGAAATGGATGCCAC
TGTAAGAGATGAGCTGCAAGAACTTTCGGATGCTAAGGAAGCTGGAACTGCCTTTATATTAGGTCACTCCTATGTGAAGGCAAAAAGAGGCTCTTCTTTTCTTAGGAAGTTCGTTATCAATGTGGCATATGACTTTCTCAGAAGGAACTGCAGGGGACCATCAGCTGCTTTGAATATACCTCATATTTCTCTTTTAGAGG
TCGGTATGGTTTATCAGGTTTAAGTAATAATGTTTGTAACCAAATATATATTTTCTCTGGCTTATGTTATACTAACAACTGTATCAATATGTTTTTTGGCTGAAGTTCTTGTAAGCCACGAGAAATAGACCATAATAAAGCTCATAACCATGAATAATTTCCTGGAATACATCATTTGGAAATAGACTCAGGAATGCTGC

>TRINITY_DN125867_c5_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATACGATCCCTTTTGTATTGAAAAATATTTTAAAAGGCCAAAAACTCGCCTGACCCAAAAAAATCCTTCGTATTCCCTTCATTCCTATTTATGCCTCTTGGCTCTACCCCACTACCGTTTTTCTGTTCTCTGAGTATTTTGTCGGGTCTCTGGGCTATTTATTCTGTTTTTTATACATCAACTGGTTTCCTTTTTTGTGA
CAAGTGTTGTGCGCAAGGTCCATTGGAGAGGTTGCTTGGAAACACCTGgtgattagaatcccatgtttatgtgatttggggactttgggtattgtggaaagcattataattttgtgtaatcgaaatcatttttgtgtgttatctcatatcaatgccaacctcttcatggctacagGCGCTCTCACAGCATGATTGGATGC
TCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATCTCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTATCAGAGCC
TTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGGTGGAACC
TTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGGTAAAAATTTTTTCTGCAGTGTCAGGCCTTGAACTCTCAATGTCGCACCATGAATATGCGGTGGTTCCTATTGC
ATGTCTTATACTGGTAGGCCTATTTGCACTACAACACTATGGCACACATCGGGTGGGATTCATGTTCGCACCAATTGTTTTGACTTGGCTACTCTGTATCAGTTCCATTGGTCTCTATAATATTATTCGCTGGAATCCACGTGTTTATCGAGCACTCTCTCCATATTACATGTACACCTTTTTGAAGAAGACACAAAAAG
GAGGTTGGATGTCCTTGGGAGGCATTCTATTGTGCATCACAGGCTCAGAGGCAATGTTTGCAGATCTTGGGCACTTTTCACAATTATCAATCAAGATTGCTTTTACTTCCATAGTCTATCCTGCCCTGATTTTGGCATACATGGGCCAAGCTGCATATATCTCAGAACATCATGCCTTCACTGCTAATGATCAGATTGGC
TTTTATGTATCTGTACCAGAACATCTAAGATGGCCTGTACTGGCAATTGCAATACTTGCATCAGTGGTTGGAAGCCAAGCAGTCATCACTGGGACTTTTTCAATCATTAAACAATCCTTGGCATTAGGCTGCTTTCCAAGAGTGAAAGTGGTGCACACGTCAGATAAAATATATGGACAGATATACATTCCAGAGATCAA
CTGGATCTTAATGAGCCTCTGTCTTGCTGTTACAATTGGTTTTAGGGATACTAAACACATGGGAAATGCTTCCGGTTTGGCTGTCATCACTGTTATGTTGGTCACAACTTGTCTCATGTCACTAGTAATTATTTTGTGCTGGCACAAAAGTGCTTTGCTAGCTTTTTCCTTTATCCTCTGCTTCGGATCAATTGAAGCCC
TCTACTTTTCAGCTTCTCTCATTAAATTCTTAGAAGGAGCCTGGGTACCTTTAGTTCTTGCATTCATATTCATGTTTGTAATGTATGTATGGCACTATGGAACAATTAAGAAATATGAGTTTGACTTGCAAAACAAGGTCTCTATGAAGTGGCTGCTTGGTCTTGGACCAAGTCTGGGGATTGTGCGTGTTCCTGGTATT
GGACTCATACATACAGAGCTGGTCACAGGAATACCTGCAATTTTTACACATTTTGTGACAAATCTTCCAGCATTCCATCAGGTGCTTGTCTTTGTGTGCATCAAGTCAGTACCAGTACCTTATGTCAGGCCAGAGGAACGATATCTTATAGGGCGTATTGGGCCTAAGGAATACAGGCTATATAGATGCATTGTGAGGTA
TGGATATCGTGATGCCCACATAGATGAGCATGAATTTGAGAATCAGCTTGTTTTCAGCATTGGAGAGTTTATTCGTTCGGAAAGGCAAAGCTTGTCTGCAAATGAGGATTTTTCTCAAGATGGGAAGATGACTGTAATTGGAACTCCAAGGAGAGAAGATATGACAAATGATGAAACAGATGAGTGTATGCAATCTGCTT
CTGCATCCAATACTAGGTCCCCTATTATGCAAAGCATCCATGATATTATAGAGGCAAACTCTCCTAAACTTGTAAGGAGAAAGAAAGTGAGGTTTTTGTTGCCTAATAGCCCTGAAATGGATGCCACTGTAAGAGATGAGCTGCAAGAACTTTCGGATGCTAAGGAAGCTGGAACTGCCTTTATATTAGGTCACTCCTAT
GTGAAGGCAAAAAGAGGCTCTTCTTTTCTTAGGAAGTTCGTTATCAATGTGGCATATGACTTTCTCAGAAGGAACTGCAGGGGACCATCAGCTGCTTTGAATATACCTCATATTTCTCTTTTAGAGGTCGGTATGGTTTATCAGGTTTAAGTAATAATGTTTGTAACCAAATATATATTTTCTCTGGCTTATGTTATACT
AACAACTGTATCAATATGTTTTTTGGCTGAAGTTCTTGTAAGCCACGAGAAATAGACCATAATAAAGCTCATAACCATGAATAATTTCCTGGAATACATCATTTGGAAATAGACTCAGGAATGCTGC

Intron 6 GTAAAAAGTA ... TACTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	4	8	6
A2	71.43	2	5	1
A3	100	0	8	1
A4	56.25	7	9	5
A5	100	0	2	1
A6	64.29	5	9	2
A7	63.16	7	12	1
A8	61.11	7	11	4
A9	69.23	4	9	2
A10	66.67	7	14	0

>TRINITY_DN99815_c0_g2_i7 from sample A4 / Example spliced isoform

GCGATCCTTCGACAATTTTTTTCCACTTTTATGGCACCTTGTTTCCTTGCAATCGGCAAGGAATCCGGCCAATTCCCAACTACCCACTGAACTTTGCTAGAGATTCCCTGCGCCCAAATCCAAGTAGCCAACCCCACATTCTGATTCCAATACACTTTATACCTTTATTCTTTATCACTGGAACCTTCAACAAAATGGTA
GCACGAAGTTGATTTTCAATCACCCAAATGGCTTAAAAAAGGGGCCCAGATGATTTGTTCTGTGCGAAATGCAATCATCATGATGGCATTATGATGAAATCTTTCACGCTTGCTATTTATAAACTTCCAATTTCCAGTCAATTCAATCTGATCAGGGTCTACAACTTTTACCGGCCATTGGACCAGGGTCATACAGTTAT
ATCAGCTACTGGGGCACAGTCATTTGGTCCATTGTTGTCGTTTTGCTGAAAATAAAAACCCCATTGAAGGTAAATCATGGGAAATACAACTATCGTCTGTAGGCCAACAACTAAGGAAGGCAGGCGGAAAGAAACACGGACTTGAGTCCTTATGGGCATAAATGTTTACAATGATTATAGGCGCTCTCACAGCATGATTG
GATGCTCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATATCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTATCA
GAGCCTTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGGTG
GAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGTTTTTTCTGCAGTGTCAGGCCTTGAACTCTCAATGTCGCACCATGAATATGCGGTGGTTCCTATTGCAT
GTCTTATACTGTTCCATTGGTCTCTATAATATTATTCGCTGGAATCCACGTGTTTATCGAGCACTCTCTCCATATTACATGTACACCTTTTTGAAGAAGACACAAAAAGGAGGTTGGATGTCCTTGGGAGGCATTCTATTGTGCATCACAGGCTCAGAGGCAATGTTTGCAGATCTTGGGCACTTTTCACAATTATCAAT
CAAGATTGCTTTTACTTCCATAGTCTATCCTGCCCTGATTTTGGCATACATGGGCCAAGCTGCATATATCTCAGAACATCATGCCTTCACTGCTAATGATCAGATTGGCTTTTATGTATCTGTACCAGAACATCTAAGATGGCCTGTACTGGCAATTGCAATACTTGCATCAGTGGTTGGAAGCCAAGCAGTCATCACTG
GGACTTTTTCAATCATTAAACAATCCTTGGCATTAGGCTGCTTTCCAAGAGTGAAAGTGGTGCACACGTCAGATAAAATATATGGACAGATATACATTCCAGAGATCAACTGGATCTTAATGAGCCTCTGTCTTGCTGTTACAATTGGTTTTAGGGATACTAAACACATGGGAAATGCTTCCGGTTTGGCTGTCATCACT
GTTATGTTGGTCACAACTTGTCTCATGTCACTAGTAATTATTTTGTGCTGGCACAAAAGTGCTTTGCTAGCTTTTTCCTTTATCCTCTGCTTCGGATCAATTGAAGCCCTCTACTTTTCAGCTTCTCTCATTAAATTCTTAGAAGGAGCCTGGGTACCTTTAGTTCTTGCATTCATATTCATGTTTGTAATGTATGTATG
GCACTATGGAACAATTAAGAAATATGAGTTTGACTTGCAAAACAAGGTCTCTATGAAGTGGCTGCTTGGTCTTGGACCAAGTCTGGGGATTGTGCGTGTTCCTGGTATTGGACTCATACATACAGAGCTGGTCACAGGAATACCTGCAATTTTTACACATTTTGTGACAAATCTTCCAGCATTCCATCAGGTGCTTGTCT
TTGTGTGCATCAAGTCAGTACCAGTACCTTATGTCAGGCCAGAGGAACGATATCTTATAGGGCGTATTGGGCCTAAGGAATACAGGCTATATAGATGCATTGTGAGGTATGGATATCGTGATGCCCACATAGATGAGCATGAATTTGAGAATCAGCTTGTTTTCAGCATTGGAGAGTTTATTCGTTCGGAAAGGCAAAGC
TTGTCTGCAAATGAGGATTTTTCTCAAGATGGGAAGATGACTGTAATTGGAACTCCAAGGAGAGAAGATATGACAAATGATGAAACAGATGAGTGTATGCAATCTGCTTCTGCATCCAATACTAGGTCCCCTATTATGCAAAGCATCCATGATATTATAGAGGCAAACTCTCCTAAACTTGTAAGGAGAAAGAAAGTGAG
GTTTTTGTTGCCTAATAGCCCTGAAATGGATGCCACTGTAAGAGATGAGCTGCAAGAACTTTCGGATGCTAAGGAAGCTGGAACTGCCTTTATATTAGGTCACTCCTATGTGAAGGCAAAAAGAGGCTCTTCTTTTCTTAGGAAGTTCGTTATCAATGTGGCATATGACTTTCTCAGAAGGAACTGCAGGGGACCATCAG
CTGCTTTGAATATACCTCATATTTCTCTTTTAGAGGTCGGTATGGTTTATCAGGTTTAAGTAATAATGTTTGTAACCAAATATATATTTTCTCTGGCTTATGTTATACTAACAACTGTATCAATATGTTTTTTGGCTGAAGTTCTTGTAAGCCACGAGAAATAGACCATAATAAAGCTCATAACCATGAATAATTTCCTG
GAATACATCATTTGGAAATAGACTCAGGAATGCTGCA

>TRINITY_DN99815_c0_g2_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GCGATCCTTCGACAATTTTTTTCCACTTTTATGGCACCTTGTTTCCTTGCAATCGGCAAGGAATCCGGCCAATTCCCAACTACCCACTGAACTTTGCTAGAGATTCCCTGCGCCCAAATCCAAGTAGCCAACCCCACATTCTGATTCCAATACACTTTATACCTTTATTCTTTATCACTGGAACCTTCAACAAAATGGTA
GCACGAAGTTGATTTTCAATCACCCAAATGGCTTAAAAAAGGGGCCCAGATGATTTGTTCTGTGCGAAATGCAATCATCATGATGGCATTATGATGAAATCTTTCACGCTTGCTATTTATAAACTTCCAATTTCCAGTCAATTCAATCTGATCAGGGTCTACAACTTTTACCGGCCATTGGACCAGGGTCATACAGTTAT
ATCAGCTACTGGGGCACAGTCATTTGGTCCATTGTTGTCGTTTTGCTGAAAATAAAAACCCCATTGAAGGTAAATCATGGGAAATACAACTATCGTCTGTAGGCCAACAACTAAGGAAGGCAGGCGGAAAGAAACACGGACTTGAGTCCTTATGGGCATAAATGTTTACAATGATTATAGGCGCTCTCACAGCATGATTG
GATGCTCCGTGGCCCACCTTGCGGTGCTGCTATTTGGGTGGAAGTGAGGCAGAAGATGGTTAAGCATAGAGAATGAAGAACAGACTTCCATATTCTCACAATATTGACTGGTATTGCTCTCAAATGGATATCGAAGCAGGGTCCTATGCCCATGTTGCACAGAAAGAATCGTGGAAGACTATTTTGACCTTGGCCTATCA
GAGCCTTGGAGTAGTCTATGGAGATTTGAGTATTTCTCCCCTTTATGTTTACAAAAACACTTTTGCTGGAGATATTGAGCACTCTGATACCAACGAGGAGATATATGGAGTATTGTCCTTTGTCTTCTGGACTTTAACCTTGATACCACTGTTTAAGTATGTTTTCATAGTTCTAAGAGCTGACGATAATGGAGAAGGTG
GAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCAGACAAAGACTGAGTCAAGGgtaaaaagtatgcttgaaaaatgtagattttttcacactatgttgcttattgttgctctaattggcacg
tgtatggttattggagatggggtcctgactcccgctctttctggtatgttgtgatcatctggaatctatctttaatatcagactaattatatatcctttacataaagtacattgatgctaatggagattctttaaggcatctgctaaaacaaacatctttatggtactgtgcagTTTTTTCTGCAGTGTCAGGCCTTGAA
CTCTCAATGTCGCACCATGAATGTAAGAACTCTTTTTTACCCTAAAACTCTCTTGATATGCCATTAAATCAATGTTGAGGGAACCTGCTATACCTTGTATATGCTCAAACCCAAATATGATATCTTACGATGATGGTCGAAATAGTTAGAATTGCTTATCATTGCCTTTAAGATTTTCTGAATTGATCGTGTCATAATGA
TACTATCCGAGGTATATTCTTCTCTCCTTTTAAACTGCAAGAGCACTATAAGGCATGCAAATTGTAGGCCCTTGTTGCACAATGCACAGTTAATGAAGTTTGTATTATATGAAACTAAATTAATGGGGGTAGGATGGACTAACTGTAAAACAAAGAAAGCAATTTCTTTAAAATTTGTGACCCTTAAGATACATACCATG
GAAATATTGTATTATTAAAGGTACTATGAACCATGAACCAGTGGAATACCTCAATTGTCAGGCATAACAAAGTTCACCCTGCATATGCTAAGACGGTTGGTTTTGTCTCCCAAAATTTTGATTTATCTCCTTTACTTTGTCAGCGAGTCAATGGTAGAACCTTTTTGCTTAGGCTTTTTCATGCATTTATGTACTAACCT
TCTCACTGACAGTTTGATAGAAATTCTTGGATTGAAACTCCGTATATAGGAGAGTCCTTTCCTTATCTATTCATGAACATCCAGTAGTCTAGTCTTGAAACGTTTTTCTAGTTACTTAGTTGTAATTATGTCCTAACTTTTCAGTATATGCC

Intron 7 GTAGGCCTAT ... TCTGTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.51	8	17.3	32
A2	67.29	7	7	22
A3	69.54	12	25.8	29
A4	63.25	9.5	13.7	19
A5	75.11	2	5.2	7
A6	71.44	8.5	15.5	27
A7	68.79	12.7	19.8	36
A8	64.73	7	9.5	16
A9	79.34	6.8	24.5	28
A10	71.07	7.5	16	21

>TRINITY_DN108191_c1_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

TATGCTGGTTTATCCTCTGGTATCTTAATATGACACAAGTATTTCTACTTCTTTGTGGCCTGTCTAATCCTGTACATTCATGCAGGTGGAACCTTTGCATTGTATTCTCTATTATGCAGGCATGCCAAAATTAGTCTTTTGCCAAATTGCCAAGTAGCTGATGAAGAGCTTTCAACATACAAATTTGAAGATTTCCCTCA
GACAAAGACTGAGTCAAGGGTAAAAAGTATGCTTGAAAAATGTAGATTTTTTCACACTATGTTGCTTATTGTTGCTCTAATTGGCACGTGTATGGTTATTGGAGATGGGGTCCTGACTCCCGCTCTTTCTGGTATGTTGTGATCATCTGGAATCTATCTTTAATATCAGACTAATTATATATCCTTTACATAAAGTACAT
TGATGCTAATGGAGATTCTTTAAGGCATCTGCTAAAACAAAAATCTTTATGGTACTGTGCAGTTTTTTCTGCAGTGTCAGGCCTTGAACTCTCAATGTCGCACCATGAATATGCGGTGGTTCCTATTGCATGTCTTATACTGTTCCATTGGTCTCTATAATATTATTCGCTGGAATCCACGTGTTTATCGAGCACTCTCT
CCATATTACATGTACACCTTTTTGAAGAAGACACAAAAAGGAGGTTGGATGTCCTTGGGAGGCATTCTATTGTGCATCACAGG

>TRINITY_DN108191_c1_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTAAAGTTGTTCTATCCTAAATCTAGCTCTTCTAGTAGTTTTCCATTAGCAAGTCCATATGCAAATCTTTAATTACCATTTTTTAATGAGGTAATCCGTAGGACTACTTCTGTGAATTGCCCACGAATCCTTTCCCTACATGATCTGTTGCATCCTATTTACTTTTTTCCTTGGGTGATTGATTCCAGGAGAAGAACTA
CTGCAAATTCCCAATACAAAATTTCAGCAAAAAGATCAGTTCTTTTTATTTCTTTTGAAGACTATTTTCTTTATGGAACACCACTAAAATTTTATTCTCGTGACAAGAATATAACAAGCTGGTGCTGGGCATTGCCCCTGCCAGTTAGATCTGATTAGTTGTTTTATGTTATTATTTCAACCTTGGCCTATGCATTAATT
AGTCTTTGGCTATGGTAGAAATGGATAGTGGCACTGGCTGAATGGTATGTTCATCCTTATGTGTTATTGCAAGTCGTGATTGAGGAGTTACTCTCTATTCCTCCTCCGGCTGCTTCATCCATCCCAACCATGGTTTTTAAGTGCCTGTTTTCTTTGTTTTGTATTTTCAGAAGCAGTTTTTGCAGCTGTTCTGTCTCTTC
ATTATGCTTGTTTTTACCAGGGTTGGTAGGGTATATAGGTAAGTTGTAACTAGCCATTTGTTTTTTTGGGTGCCGGATCACTATGTCTAAGAATCCACTGTAATCAGGATGGTTCTGTAAATTATCTGCTTCCAATCTGGAAAACCAAAGCAGACTTTGCAGTTAATTCAGATCAACTGCTTAATACGATAGGCAGTATT
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