sp|Q8GZ99|HPCA1_ARATH ----> Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1

Intron 1 GTAAAACATG ... CTGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.07	107	35	57
A2	38.86	59	29	46
A3	36	64	37	35
A4	28.1	55	12	31
A5	40.35	34	22	24
A6	15.16	221	19	60
A7	11.28	299	14	62
A8	15.84	534	27	174
A9	17.57	305	26	104
A10	10.98	219	2	52

>TRINITY_DN40182_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGATCCCCTCAAGT
ACTGGAAATGTATCCCCTCAACTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTATCCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGTTAAACATCCCC
ACTTACAAAAATGAATAATGTTCAGTTTACTAACTGTAGTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTTCTTATTATGGTATCTTAGAGATGAGTTTACAAGTGCAAGTGAATTTGGTGTAAAATAGAGTTTAGAAAAT
TTAGTTGAATATTTATATGCACCAATACATGGCTGAAGATGTAAGATGTAAAACTTCAATGGAAGATGTAAAATCTAGCTTCTTCAGTTTCGTAAGGAGCAGGCAGAAAAGGGTACCCCAATATCTGTTATTTATAAGGAATTCAGCAAGGCTACTGGTAAAGTTATAGACCTAAATTATCTGGAGATTCCTAAACTAGC
AAAACTTCTTGAAGAATTCAGGGATGCAGCGTTGCTCAAGCGGGTTGTCCCCAGTGAGGTTTATATATTCCCTGTAGAAACAGAACTTGAGAATGAATCCAAGGACGAGGGCATTGATTATGATCCTGCTGGAAAACCTAAAGATGAGAGTTGCGATGTGAATGCTGGAAAAAATGAGATTGTAGCAGTAGAAAATAAGA
GAGTTCATTTGTCCCTTCATATCCATCGCTACTGGTCTTGAGGAACTTCCTGTGACCATCAAATCATCTCCAAGTGCCGAACAATTAAACCCTTCGTTAGAAGGTGAATGTTTCAAGAGGGATTATGGATTGCATAATTCTGAGCTTCATCTTGGTAAAAAACCATAAAAAAGTCAACAATACTTTAGAGTAGTAAAAAA
GGACAATTTATCAACACAATTCCGAGAGATCAAGTTCCCAACAAAAAAATCATTTATTTGAGCC

>TRINITY_DN40182_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTGTAAGTATTATATTTTCTTGAGTATAAGTTTTTCCTTCGTGCAGGAATATGTGTTTTATACGTTGTTACCTTTCTAACTGGTGCTTATATCGTTGATTGTTAAAGCCACTTTA
ATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGgtaaaacatgtgtaagtatccatgttcattgtgcttaaaggatttaatttacttcagaataaacgattttgatgaaattagaccttgaacatagtgccactgtgtgcagGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGAC
AGATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAACTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTATCCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAA
GGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGTTCAGTTTACTAACTGTAGTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTTCTTATTATGGTATCTTAGAGATGAGTTTACAAGTGCAAGTGAATTTGGTGTAAAAT
AGAGTTTAGAAAATTTAGTTGAATATTTATATGCACCAATACATGGCTGAAGATGTAAGATGTAAAACTTCAATGGAAGATGTAAAATCTAGCTTCTTCAGTTTCGTAAGGAGCAGGCAGAAAAGGGTACCCCAATATCTGTTATTTATAAGGAATTCAGCAAGGCTACTGGTAAAGTTATAGACCTAAATTATCTGGAG
ATTCCTAAACTAGCAAAACTTCTTGAAGAATTCAGGGATGCAGCGTTGCTCAAGCGGGTTGTCCCCAGTGAGGTTTATATATTCCCTGTAGAAACAGAACTTGAGAATGAATCCAAGGACGAGGGCATTGATTATGATCCTGCTGGAAAACCTAAAGATGAGAGTTGCGATGTGAATGCTGGAAAAAATGAGATTGTAGC
AGTAGAAAATAAGAGAGTTCATTTGTCCCTTCATATCCATCGCTACTGGTCTTGAGGAACTTCCTGTGACCATCAAATCATCTCCAAGTGCCGAACAATTAAACCCTTCGTTAGAAGGTGAATGTTTCAAGAGGGATTATGGATTGCATAATTCTGAGCTTCATCTTGGTAAAAAACCATAAAAAAGTCAACAATACTTT
AGAGTAGTAAAAAAGGACAATTTATCAACACAATTCCGAGAGATCAAGTTCCCAACAAAAAAATCATTTATTTGAGCC

Intron 2 GTAAGTATTA ... ATTGTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.35	79.8	67.4	59.6
A2	39.59	40.6	20	33.3
A3	52.11	39.3	39.2	45.5
A4	35.9	46.6	29.1	23.2
A5	45.56	26.2	17.9	25.9
A6	16.22	162.2	38	27
A7	12.12	242	41.1	30.5
A8	14.03	330.2	58.4	55.1
A9	18.68	204	48.5	48.2
A10	17.61	165.4	38.3	34.9

>TRINITY_DN40182_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGA
TCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTATCCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGT
TAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGTTCAGTTTACTAACTGTAGTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTTCTTATTATGGTATCTTAGAGATGAGTTTACAAGTGCAAATGAATTTGGTGTAAAAATAG
AGTTTAGAAAATTTAGTTGAATTTATTAGTTGAATATTTATATGCACCAATACATGGCTGAAGATGTAAGATGTAAAACTTCAATGGAAGATGTAAAATCTAGCTTCTTCAGTTTCGTAAGGAGCAGGCAGAAAAGGGTACCCCAATATCTGTTATTTATAAGGAATTCAGCAAGGCTACTGGTAAAGTTATAGACCTAA
ATTATCTGGAGATTCCTAAACTAGCAAAACTTCTTGAAGAATTCAGGGATGCAGCGTTGCTCAAGCGGGTTGTCCCCAGTGAGGTTTATATATTCCCTGTAGAAACAGAACTTGAGAATGAATCCAAGGACGAGGGCATTGATTATGATCCTGCTGGAAAACCTAAAGATGAGAGTTGCGATGTGAATGCTGGAAAAAAT
GAGATTGTAGCAGTAGAAAATAAGAGAGTTCATTTGTCCCTTCATATCCATCGCTACTGGTCTTGAGGAACTTCCTGTGACCATCAAATCATCTCCAAGTGCCGAACAATTAAACCCTTCGTTAGAAGGTGAATGTTTCAAGAGGGATTATGGATTGCATAATTCTGAGCTTCATCTTGGTAAAAAACCATAAAAAAGTC
AACAATACTTTAGAGTAGTAAAAAAGGACAATTTATCAACACAATTCCGAGAGATCAAGTTCCCAACAAAAAAATCATTTATTTGAGCC

>TRINITY_DN40182_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTgtaagtattatattttcttgagtataagtttttccttcgtgcaggaatatgtgttttatacgttgttacctttctaactggtgcttatatcgttgattgttaaagCCACTTTA
ATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTAAGTATCCATGTTCATTGTGCTTAAAGGATTTAATTTACTTCAGAATAAACGATTTTGATGAAATTAGACCTTGAACATAGTGCCACTGTGTGCAGGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGAC
AGATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAACTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTATCCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAA
GGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGTTCAGTTTACTAACTGTAGTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTTCTTATTATGGTATCTTAGAGATGAGTTTACAAGTGCAAGTGAATTTGGTGTAAAAT
AGAGTTTAGAAAATTTAGTTGAATATTTATATGCACCAATACATGGCTGAAGATGTAAGATGTAAAACTTCAATGGAAGATGTAAAATCTAGCTTCTTCAGTTTCGTAAGGAGCAGGCAGAAAAGGGTACCCCAATATCTGTTATTTATAAGGAATTCAGCAAGGCTACTGGTAAAGTTATAGACCTAAATTATCTGGAG
ATTCCTAAACTAGCAAAACTTCTTGAAGAATTCAGGGATGCAGCGTTGCTCAAGCGGGTTGTCCCCAGTGAGGTTTATATATTCCCTGTAGAAACAGAACTTGAGAATGAATCCAAGGACGAGGGCATTGATTATGATCCTGCTGGAAAACCTAAAGATGAGAGTTGCGATGTGAATGCTGGAAAAAATGAGATTGTAGC
AGTAGAAAATAAGAGAGTTCATTTGTCCCTTCATATCCATCGCTACTGGTCTTGAGGAACTTCCTGTGACCATCAAATCATCTCCAAGTGCCGAACAATTAAACCCTTCGTTAGAAGGTGAATGTTTCAAGAGGGATTATGGATTGCATAATTCTGAGCTTCATCTTGGTAAAAAACCATAAAAAAGTCAACAATACTTT
AGAGTAGTAAAAAAGGACAATTTATCAACACAATTCCGAGAGATCAAGTTCCCAACAAAAAAATCATTTATTTGAGCC

Intron 3 GTAAGTATCC ... CTGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.8	91	36	38.3
A2	41.46	48	30	38
A3	38.53	51.3	36	28.3
A4	26.62	48.7	14	21.7
A5	42.13	29.3	22	20.7
A6	13.69	192	23	38.7
A7	7.52	273.3	15	30.7
A8	10.62	480	28	90.7
A9	14.86	270.3	30	66
A10	5.47	201.7	2	22.7

>TRINITY_DN40182_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

GAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGA
TCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTATCCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGT
TAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGTTCAGTTTACTAACTGTAGTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTTCTTATTATGGTATCTTAGAGATGAGTTTACAAGTGCAAGTGAATTTGGTGTAAAATAGA
GTTTAGAAAATTTAGTTGAATATTTATATGCACCAATACATGGCTGAAGATGTAAGATGTAAAACTTCAATGGAAGATGTAAAATCTAGCTTCTTCAGTTTCGTAAGGAGCAGGCAGAAAAGGGTACCCCAATATCTGTTATTTATAAGGAATTCAGCAAGGCTACTGGTAAAGTTATAGACCTAAATTATCTGGAGATT
CCTAAACTAGCAAAACTTCTTGAAGAATTCAGGGATGCAGCGTTGCTCAAGCGGGTTGTCCCCAGTGAGGTTTATATATTCCCTGTAGAAACAGAACTTGAGAATGAATCCAAGGACGAGGGCATTGATTATGATCCTGCTGGAAAACCTAAAGATGAGAGTTGCGATGTGAATGCTGGAAAAAATGAGATTGTAGCAGT
AGAAAATAAGAGAGTTCATTTGTCCCTTCATATCCATCGCTACTGGTCTTGAGGAACTTCCTGTGACCATCAAATCATCTCCAAGTGCCGAACAATTAAACCCTTCGTTAGAAGGTGAATGTTTCAAGAGGGATTATGGATTGCATAATTCTGAGCTTCATCTTGGTAAAAAACCATAAAAAAGTCAACAATACTTTAGA
GTAGTAAAAAAGGACAATTTATCAACACAATTCCGAGAGATCAAGTTCCCAACAAAAAAATCATTTATTTGAGCC

>TRINITY_DN40182_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTGTAAGTATTATATTTTCTTGAGTATAAGTTTTTCCTTCGTGCAGGAATATGTGTTTTATACGTTGTTACCTTTCTAACTGGTGCTTATATCGTTGATTGTTAAAGCCACTTTA
ATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTgtaagtatccatgttcattgtgcttaaaggatttaatttacttcagaataaacgattttgatgaaattagaccttgaacatagtgccactgtgtgcagGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGAC
AGATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAACTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTATCCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAA
GGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGTTCAGTTTACTAACTGTAGTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTTCTTATTATGGTATCTTAGAGATGAGTTTACAAGTGCAAGTGAATTTGGTGTAAAAT
AGAGTTTAGAAAATTTAGTTGAATATTTATATGCACCAATACATGGCTGAAGATGTAAGATGTAAAACTTCAATGGAAGATGTAAAATCTAGCTTCTTCAGTTTCGTAAGGAGCAGGCAGAAAAGGGTACCCCAATATCTGTTATTTATAAGGAATTCAGCAAGGCTACTGGTAAAGTTATAGACCTAAATTATCTGGAG
ATTCCTAAACTAGCAAAACTTCTTGAAGAATTCAGGGATGCAGCGTTGCTCAAGCGGGTTGTCCCCAGTGAGGTTTATATATTCCCTGTAGAAACAGAACTTGAGAATGAATCCAAGGACGAGGGCATTGATTATGATCCTGCTGGAAAACCTAAAGATGAGAGTTGCGATGTGAATGCTGGAAAAAATGAGATTGTAGC
AGTAGAAAATAAGAGAGTTCATTTGTCCCTTCATATCCATCGCTACTGGTCTTGAGGAACTTCCTGTGACCATCAAATCATCTCCAAGTGCCGAACAATTAAACCCTTCGTTAGAAGGTGAATGTTTCAAGAGGGATTATGGATTGCATAATTCTGAGCTTCATCTTGGTAAAAAACCATAAAAAAGTCAACAATACTTT
AGAGTAGTAAAAAAGGACAATTTATCAACACAATTCCGAGAGATCAAGTTCCCAACAAAAAAATCATTTATTTGAGCC