sp|O80612|APY6_ARATH ----> Probable apyrase 6

Intron 1 GTATGAAATT ... CTTATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.11	34	5	37
A2	48	13	0	12
A3	52	24	0	26
A4	47.06	18	2	16
A5	52.63	9	0	10
A6	52.63	36	1	40
A7	49.38	41	2	40
A8	48.09	68	4	63
A9	51.46	50	1	53
A10	50	30	3	30

>TRINITY_DN41187_c4_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

CCACTTTTCCTACATTTACTTTTCTTACATGCGCATAAGTATTTGTTGCTTGCTGACGTCAGACCGAGCTCACGTGGCAGCTGTCCCATCTGTGATATACGCATCAGTGACTCCGAAGCTAAGAAGGGGATTTCGACTCCAGCGGCAAGGCCAGGTTTCGAAACCTCTGAAATCCATTCGTCCGGACGGCCATTCACGTT
CCCATAACCTGAAGCTCCGAGGCGATCTTTGATCGCGCCCGAAATTGAAATTAAAACGGTCCATTCGGACACAAATGAGAGGGCAGAGAGTCTCGAAACCTTGATGCGACGAGTAAATTCCAGCTCCCTGCGGTCAATTGCAGAAGCAATGGACTTTCCAAAGCTACAGCCACGCACGGCCTCCTCCGTCTTCCTCCCGC
CGCACAAGACCCAGCTCCCGCCCCGCTTGTATTCATTATCGCATCCCTCTTCTTTAAATTTAAAGCAGACTTCTTCCGGCCGGGGAAATTGGTGGGCGATGCTCGGGGTTTTGATTCTTCTTTGCGCATTATTCTATATATTATCAATTGCCAGGGGATTCCTTTTCTCCACGGGGAGGACCGGGGGCTACGGGATCACC
ATCGACGCGGGCAGCACGGGGTCGAGGATTTATGTGTTCGAGTACGTGAATGCGGGCCGGATTCCTCTGGTGACTTTTACCGGAAAAGATGCGCCTTCGCTTAAGACGAAGCCCGGGCTTTCGACCTTTGCTTCAAGGCCGGAGAAGGCTGGGGATTCGCTGCTGGACCTCTTGAATTTTGCTAAACGGAAGGTTCCGGA
GAGTCACAGGGGTGGTACAAAGATACATTTGATGGCCACGGCGGGACTGAGAAGGCTGGACCTGGACACTCAGGAAAGAATTATGGAGTCTTGTAGGAGGGTTCTTAGGTTCTCGGGGTTTCGATTTCGGGACGATTGGGCGTCTGTCATTACAGGTCCAGATGAAGGAATTTTTGCTTGGGTGGCTGCGAATTATGCAC
TTGGCACACTAGGGGGAAATCCCCATAAGACGACTGGAATAATTGAGCTTGGTGGGGCATCTGCCCAGGTCACATTTGTGCCAGAAGAAACACCACCACCAGACTTTTTACAAACATTAGAATTGGGGGGAGTTACCTACAAACTTTATAGTCATAGCTTGCTTCATTTTGGTCAGGAAGCAGCATGGGATTCTCTATTT
GAATTGGTTGTTTCAGGAGACATCAAGTCATCTATTCCATCAGTCAAGGAAGGAATTGTTATAGATCCATGTACTCCAAGAGGTTACACCATGAGTTCAGAAAAATTATTGCAGCTTCATGCTGGTTCTGTGAATGGAGTTAATGGGAAACCCTCTACAATACTTTCAGCAGGAAATTTTTCAGAATGTAGAAATGCTGC
CTTGGCATTATTTCGAAAAGGCCAAGATGAATGTTTGTATCAACATTGTAGAATTGGACCCACCTTCATCCCAGAGTTGCGAGGGAAGTTCTTTGCCACTGAAAATTTCTTCTATACTTCTCAGTTTTTTGGGCTGGTTCCAAAGGCTTCACTTTCTGACTTAGAGACAGCAGGGCAGCATTATTGTGGTGAAGATTGGG
CACAATTGCAAGAGAAGTATCATGGTGTGGAAAAGGAAGATTTGCTCAAATACTGTTTCTCATCAGCATACATCGTAGCATTGCTGAATGACAGTCTTGGAATTTCCATGAAAGATGAAAGGATAAGGAATATTTGGGACCTGTTATTGCATAATGCACCCTACTTCGAAACTTCCCATCAAACAGAATAAATGTATTGT
TGATAGCGTAAAATCCCTCTAAACAACATGTTTAGAGGGATTTTCTTCTGTCAAGCTGTAGATGGATTCGGTTTACAAATCAAGTAGGAACTGTTCCACTTGACTGGGCTTTGGGAGCTTTTATTTTACGCACAGTAGAGGATCTGCCACCAACTCAAACCATGCGGATTCTTGGGGAAGATTCACTTCCACGTTTTTCA
TTGGTTGCAGTTATTTTAGTAGGACTTGCAGCATGGTCTATAGCAAAATGGAGGAAGCCCCATTTGAAGACAATTTATGATTTGGAAAAGGGGCGTTACATAACAACAGCTGCTCGTGTTCAGAGATGATTCTAAGAGTGAACCATTCAGTAGGATCTGAAGTTAAATAGCTATTTATTGTTTTTCTTAACCCCTTTCTA
GTTCTTAGAGCTTTTTTTTATAATTTATTGAATGCATGCAAAATGCGATCCTCTTTTGCTAGGTGTAATTTTATATGTTTCAACATTTAAAGGCGGCACAAAATTAAATTTAGTTTCATTATTTATCAATTTGTGTGCTCTGCCTGAAGCTTGATTTATATAGAAACCCTTGCTTAAGGATTATTTTCCTAGATCTATTG
GAAACCAGAAGCCTTGAGTTTAATTTGAGGCTTAGTTCAAACTTCAGACCATGATATATGGTACACAGTCCTAATTTGTTTCCGTTCTCTTTATCTGAGGTTAATATTTTGTACAGTATTTAGTAATATACAAGAGCAGCAATGAAGATTTCACATGTGGATTTGAAGTTTGTATAAGGAATTTCTCTTGGGGCAGGATC
TTGAGCTGGGATTTGGTTCTGTCATGGACTGTTGCCTGCCAATCAAGACTTTGAGATGAAAGGCCTGGAAGCTAACGTTGATCTATCTTATTAGCTTATATTTGATGCAGTGCTTAAATAAGTCAAACAGAGCCTTATGTCATGGTGGTTGTGATGCTATCCAGAGAAACGCTCTATCGGTTTGCTTATTTGAATTGGCA
CATTTAGACAATTGAATCAGGGAACGTTATACTGTAACTCTAAATTTATGCAATGTTGCGCTCTTCCTGATATACTTTACTGATCATCTGTAAGTGTTGGATTTCCAACCTATAGAATGAGTTGTATAAATCATGTCTAAACCAAAATATAATATTGGTTTATGTAATGAAAATGCCAGGCGGCTTTTATGTTTGCTTTT
GCAGTTTCCTAGACATTGGATATATTTTCTATTAGAATATCTTGGCCATTGTTATAGTTGGACTGTTTGTTGTCTCAGATTTTAATGAAGATAGCAGTTTACTCGCG

>TRINITY_DN41187_c4_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATTCTATGGCTTGGTTTCTTAATTAGGTAGACTTATTTCATGAATGATTTTTGGTGTTAAATATGTTTTACTAATAATACAATTATGCTACAAGGAGATGTTTGGGTTTGCTGTGCAGTCTTTCTTTGTATTTCAGCTTTATATATTTTCCAATATTTCAGCTTTATATATATATATATGAAAAGTAAATGATATATGTC
ATATGAATCAAGATAAATGTACATCATGAATGGTACATATGGAACAAAAGAGTGGTCAGGCATTCTCTGTCCCTACATAAGCAAAGAGTGCTAGCATGTCTGCTTTGGCTTCGAGCTCAAAAGTGTCTACATTTTTCCTTGGCCTTGAGAATGTCAATGCTGGTTGACATCTTTATCACTAGATCTGCTCTAAAAGCTAA
AACTTCTCCCGAGTTTAACTGAATAGTTGCCTTGTGAAAGGTTGCTTGACAGCTTTGTTGCCATAAGAATGAGATGCTTGTCAGTCTGATCATGTTCCACAAACTTCTGCCTTTTTGTTGAATCATCCATTTGTTCCCAAAAAGAACCGCTTTGCACTGAAGAAAACTAACAAAGGGAACACTGTACCCAGCACAACGGG
GATTCTACCCCATTGTGGTGCTACATCTGTTTTCTTAGTCATTGGGTTAGTTGAACGACAATTCTTAGATCAAAGAGTTGGTCCTATCATCTCAAATGTCTATGTAACTATGTTTGTTATTTATTTGCTTTCTGTAAGAGATCTTAAATCGTTCATCAGAAGTATTTGTTGCATGATGATCCTAGGATAAGGAATATTTG
GGACCTGTTATTGCATAATGCACCCTACTTCGAAACTTCCCATCAAACAGAATAAATGTATTGTTGATAGCGTAAAATCCCTCTAAACAACATGTTTAGAGGGATTTTCTTCTGTCAAGCTGTAGATGgtatgaaattcatactcactccttgtttttgctatagttaatatcatttataatttataaactttgagtagg
cagtaaatttgtctattctaagtatgcatatcttattgcagGATTCGGTTTACAAATCAAGTAGGAACTGTTCCACTTGACTGGGCTTTGGGAGCTTTTATTTTACGCACAGTAGAGGATCTGCCACCAACTCAAACCATGCGGATTCTTGGGGAAGATTCACTTCCACGTTTTTCATTGGTTGCAGTTATTTTAGTAGG
ACTTGCAGCATGGTCTATAGCAAAATGGAGGAAGCCCCATTTGAAGACAATTTATGATTTGGAAAAGGGGCGTTACATAACAACAGCTGCTCGTGTTCAGAGATGATTCTAAGAGTGAACCATTCAGTAGGATCTGAAGTTAAATAGCTATTTATTGTTTTTCTTAACCCCTTTCTAGTTCTTAGAGCTTTTTTTTATAA
TTTATTGAATGCATGCAAAATGCGATCCTCTTTTGCTAGGTGTAATTTTATATGTTTCAACATTTAAAGGCGGCACAAAATTAAATTTAGTTTCATTATTTATCAATTTGTGTGCTCTGCCTGAAGCTTGATTTATATAGAAACCCTTGCTTAAGGATTATTTTCCTAGATCTATTGGAAACCAGAAGCCTTGAGTTTAA
TTTGAGGCTTAGTTCAAACTTCAGACCATGATATATGGTACACAGTCCTAATTTGTTTCCGTTCTCTTTATCTGAGGTTAATATTTTGTACAGTATTTAGTAATATACAAGAGCAGCAATGAAGATTTCACATGTGGATTTGAAGTTTGTATAAGGAATTTCTCTTGGGGCAGGATCTTGAGCTGGGATTTGGTTCTGTC
ATGGACTGTTGCCTGCCAATCAAGACTTTGAGATGAAAGGCCTGGAAGCCTGGAAGCTAACGTTGATCTATCTTATTAGCTTATATTTGATGCAGTGCTTAAATAAGTCAAACAGAGCCTTATGTCATGGTGGTTGTGATGCTATCCAGAGAAACGCTCTATCGGTTTGCTTATTTGAATTGGCACATTTAGACAATTGA
ATCAGGGAACGTTATACTGTAACTCTAAATTTATGCAATGTTGCGCTCTTCCTGATATACTTTACTGATCATCTGTAAGTGTTGGATTTCCAACCTATAGAATGAGTTGTATAAATCATGTCTAAACCAAAATATAATATTGGTTTATGTAATGAAAATGCCAGGCGGCTTTTATGTTTGCTTTTGCAGTTTCCTAGACA
TTGGATATATTTTCTATTAGAATATCTTGGCCATTGTTATAGTTGGACTGTTTGTTGTCTCAGATTTTAATGAAGATAGCAGTTTACTCGCG

Intron 2 GTGTCAACTT ... TGGCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	16	5	24
A2	63.16	7	7	12
A3	65.22	8	7	15
A4	54.17	22	2	26
A5	50	8	3	8
A6	52.17	33	3	36
A7	51.79	54	4	58
A8	52.59	64	3	71
A9	55.56	44	0	55
A10	54.55	35	2	42

>TRINITY_DN42110_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

TCATTACTTCGAAAAGGCCAAGATTGTGCACTGTTGCTCACGAGTTTGCTAGAATGGCTAGGAAGTCAAGTGGAGCTGCTTGTCTACATCAAGAATTGACTGCTATGAAGGATATCTGGGATGAATGTTTGTATCAACATTGTAGAATTGGACCCACCTTCATCCCAGAGTTGCGAGGGAAGTTCTTTGCCACTGAAAAT
TTCTTCTATACTTCTCAGTTTTTTGGGCTGGTTCCAAAGGCTTCACTTTCTGACTTAGAGACAGCAGGGCAGCATTATTGTGGTGAAGATTGGGCACAATTGCAAGAGAAGTATCATGGTGTGGAAAAGGAAGATTTGCTCAAATACTGTTTCTCATCAGCATACATCGTAGCATTGCTGAATGACAGTCTTGGAATTTC
CATGAA

>TRINITY_DN42110_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAGGGGATTTCGACTCCAGCGGCAAGGCCAGGTTTCGAAACCTCTGAAATCCATTCGTCCGGACGGCCATTCACGTTCCCATAACCTGAAGCTCCGAGGCGATCTTTGATCGCGCCCGAAATTGAAATTAAAACGGTCCATTCGGACACAAATGAGAGGGCAGAGAGTCTCGAAACCTTGATGCGACGAGTAAATTCCA
GCTCCCTGCGGTCAATTGCAGAAGCAATGGACTTTCCAAAGCTACAGCCACGCACGGCCTCCTCCGTCTTCCTCCCGCCGCACAAGACCCAGCTCCCGCCCCGCTTGTATTCATTATCGCATCCCTCTTCTTTAAATTTAAAGCAGACTTCTTCCGGCCGGGGAAATTGGTGGGCGATACTCGGGGTTTTGATTCTTCTT
TGCGCATTATTCTATATATTATCAATTGCCAGGGGATTCCTTTTCTCCACGGGGAGGACCGGGGGCTACGGGATCACCATCGACGCGGGCAGCACGGGGTCGAGGATTTATGTGTTCGAGTACGTGAATGCGGGCCGGATTCCTCTGGTGACTTTTACCGGAAAAGATGCGCCTTCGCTTAAGACGAAGCCCGGGCTTTC
GACCTTTGCTTCAAGGCCGGAGAAGGCTGGGGATTCGCTGCTGGACCTCTTGAATTTTGCTAAACGGAAGGTTCCGGAGAGTCACAGGGGTGGTACAAAGATACATTTGATGGCCACGGCGGGACTGAGAAGGCTGGACCTGGACACTCAGGAAAGAATTATGGAGTCTTGTAGGAGGGTTCTTAGGTTCTCGGGGTTTC
GATTTCGGGACGATTGGGCGTCTGTCATTACAGGTCCAGATGAAGGAATTTTTGCTTGGGTGGCTGCGAATTATGCACTTGGCACACTAGGGGGAAATCCCCATAAGACGACTGGAATAATTGAGCTTGGTGGGGCATCTGCCCAGGTCACATTTGTGCCAGAAGAAACACCACCACCAGACTTTTTACAAACATTAGAA
TTGGGGGGAGTTACCTACAAACTTTATAGTCATAGCTTGCTTCATTTTGGTCAGGAAGCAGCATGGGATTCTCTATTTGAATTGGTTGTTTCAGGAGACATCAAGTCATCTATTCCATCAGTCAAGGAAGGAATTGTTATAGATCCATGTACTCCAAGAGGTTACACCATGAGTTCAGAAAAATTATTGCAGCTTCATGC
TGGTTCTGTGAATGGAGTTAATGGGAAACCCTCTACAATACTTTCAGCAGGAAATTTTTCAGAATGTAGAAATGCTGCCTTGTCATTACTTCGAAAAGGCCAAGATTGTGCACTGTTGCTCACGAGTTTGCTAGAATGGCTAGGAAGTCAAGTGGAGCTGCTTGTCTACATCAAGAATTGACTGCTATGAAGGATATCTG
GGgtgtcaacttaaattgttgtcttagtttaaaatattgtttttatcaaaataactgttttgtgatttgtgattttggacattcattgatcatttattcaagttcattttcgccatcctttactagttctatcatgtatagctatcattctataaagcattcttgaagttgtggttttcatgtagttgtttgttattagt
gattggcgtgatttatgagcagttattgcttgggcattggcatgcagATGAATGTTTGTATCAACATTGTAGAATTGGACCCACCTTCATCCCAGAGTTGCGAGGGAAGTTCTTTGCCACTGAAAATTTCTTCTATACTTCTCAGTTTTTTGGGCTGGTTCCAAAGGCTTCACTTTCTGACTTAGAGACAGCAGGGCAGC
ATTATTGTGGTGAAGATTGGGCACAATTGCAAGAGAAGTATCATGGTGTGGAAAAGGAAGATTTGCTCAAATACTGTTTCTCATCAGCATACATCGTAGCATTGCTGAATGACAGTCTTGGAATTTCCATGAA