sp|F4J1H7|RNZ4_ARATH ----> tRNAse Z TRZ4, mitochondrial
Intron 1 GTTCTGACTG ... AATGACTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 68 | 68 | 24 |
| A2 | 51.92 | 25 | 27 | 9 |
| A3 | 51.19 | 41 | 43 | 17 |
| A4 | 52.7 | 35 | 39 | 10 |
| A5 | 60 | 8 | 12 | 14 |
| A6 | 50 | 1 | 1 | 2 |
| A7 | 52.17 | 22 | 24 | 0 |
| A8 | 54.55 | 5 | 6 | 0 |
| A9 | 58.62 | 12 | 17 | 0 |
| A10 | 46.51 | 23 | 20 | 0 |
>TRINITY_DN119133_c12_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformAAACGGAGTATCACCCGATGCAAAGCTACATAGGCAAAAAAGAAAACGCTGCTAGAAAATCCATTTAAGTAGGGTTCAGGGTTTTAGAGAAAACAAAACACAAAAGCAAAGAAAGACTTCAGGGTCATATAGGGAGCTTGGATGTGGCCATGACCAACGAAGGGAGGTATGAATTAAAACTCATCAAAGCAGAAGCAGAT
GGAGTTGGCCCGTCTTTACTGTTCTCAGCCCCGGGAAATGGGCCCCAGTATCTCTTCAATGTACCCGAGGGTTTCTCCAGGCTCGTTCTCGAACACAAGCTCAGGCCCTCCTCTCGACTGGCCTGTGTGTTTCTCACCTCTCTTCGCCCTCGCTGCGCGGGTGGACTTGGTGGATTACTTTTAAGGCTGGCAGATGATGG
TCATGGTCAGTTACAGTTGATTGGACCAGATTGCACATCATCATTTCTCCATTCACTCCGACACATTCTTTACTGGCGTTATCCTAAGGTCTTACCTTCTCTCTGCAGACTAGGATTAATCTCAACCGTACATCTCATTGAGAGATCAGAGTTTCAGCATAAGTATAAAGACAAGTCAAGATGGAGTTCGAACACAGTTT
TTGTCAGACAGGGACAGTGACCGAAAGAGAGGCTAAGAGCAGAGCACATCCGCTGGGAGCACTTCCATACAATAGATCCATACAACTGTATGAATCTGTACAGTACTATACAACAGGCACATCAGCTGTTGTTTTCTTGTTTCTTTTGCAGACCGTACCTCTCTTCAATAGGTCGTACACCTCGGGTTGGGGTGGATTTG
TTTAATATGCAGTTGTATGGATCTCGAAACGTCGAATTTCAAATCTCCTACACAGGTTTCCAAATTGCTTTCAATACTATGCAGTTGCTAAATTTTAGTAGCCGTGGAGGTTTCCTTGTAAGCTTTGATTTATTAATGAAAAGTTGATTTGAAGGAATAAATCCTCTGTGTATTGTGTTT
>TRINITY_DN119133_c12_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:AAACGGAGTATCACCCGATGCAAAGCTACATAGGCAAAAAAGAAAACGCTGCTAGAAAATCCATTTAAGTAGGGTTCAGGGTTTTAGAGAAAACAAAACACAAAAGCAAAGAAAGACTTCAGGGTCATATAGGGAGCTTGGATGTGGCCATGACCAACGAAGGGAGGTATGAATTAAAACTCATCAAAGCAGAAGCAGAT
GGAGTTGGCCCGTCTTTACTGTTCTCAGCCCCGGGAAATGGGCCCCAGTATCTCTTCAATGTACCCGAGGGTTTCTCCAGGCTCGTTCTCGAACACAAGCTCAGGCCCTCCTCTCGACTGGCCTGTGTGTTTCTCACCTCTCTTCGCCCTCGCTGCGCGGGTGGACTTGGTGGATTACTTTTAAGGCTGGCAGATGATGG
TCATGGTCAGTTACAGTTGATTGGACCAGATTGCACATCATCATTTCTCCATTCACTCCGACACATTCTTTACTGGCGTTATCCTAAGGTCTTACCTTCTCTCTGCAGgttctgactgctctctatttcccagtatttctgtatctatgtaattgtgatattgagtgggttcatgcagtttcttctttaattgcaaaatg
caatgacaatgatttcagcaacagttgacccctattttttttgaagttgatttttgtcaagaaaaatatagctcggacatgaacttctgcacaggttcagtgtgaacgtgccagaagtggtttgagatgtttcgaaaagtagttctattttgtaattcactttaggaaaagtgaaaagtcttatatttagttgttgagtc
taataaagtgtatttactacattaatgacttagACTAGGATTAATCTCAACCGT
Intron 2 GTGAGCAAAT ... GTCTCCAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 79.82 | 55 | 214 | 221 |
| A2 | 85.96 | 20 | 127 | 118 |
| A3 | 83.64 | 36 | 192 | 176 |
| A4 | 90.12 | 12 | 131 | 88 |
| A5 | 88.32 | 8 | 63 | 58 |
| A6 | 81.63 | 26 | 120 | 111 |
| A7 | 83.84 | 83 | 456 | 405 |
| A8 | 78.48 | 92 | 344 | 327 |
| A9 | 83.86 | 74 | 406 | 363 |
| A10 | 82.6 | 67 | 350 | 286 |
>TRINITY_DN38006_c0_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoformTTTCAGAGGCGATAGAAGTGGGTAATGGGAATTGATATCCCAAAAAATGGAAGTGTGTCCTTGGCTTATGATGGCATGGTAGCATGTAGCTCTCATCTTCTTGCACTTCCTGGACTAACACAGTGCCTGGCCGGTTTATTTGCTGAAGAAAATAACAATATAGCACACCAGGGTTCAAACACAAACTTAAACCAGTCAAA
ACAATCTCTGGGAACTTCTAGCAGAGGACCAAGTAAATTACTGGAAGTAGTTTGGGATCCATCATACAATGAAAGGATGACCAATGAAACTTTAGGTCACACTAGCACTGCCATTCATTCCATGAAATCACTATATTCAGAACAGTGCTGCCATCCAAAGCATATTAGTTGGAATGATTCAGAATCTGAAGACGATTGTT
TAGGTGACACTAACAAGGCCATTCCTTCCATGAAAGCACCATCTTCAGAACAGAGCTGCCTTCCGAAGCATATTAGATGGAATGAATCAGAATCTGAAGATGATGTTTAGGTGATGCTAGCAAGACCATTCCTCCCTTGAAATCACCATATTCAGAGCAGTGCTGCCTTCTGAAGCATATTAGATGGAATAATTTAGAAT
CTGAAGACGATTGATGATGTCTCTGTGCTTGAAATGTGAATGAATGTGACAACTATCTCTGAGATCAAGTCTGGCTATTGGTTTCCAAGAAGTGGATCTGAGCTAGTGACAATGGTGCGGCAGTGTACTGGGCTTGTGAGATGCATAAGCTACAAAAGATCATTGTTTACTCTAGTTTATGGTGCTTAATTGGGACAACT
CATAACGTGCCAGGCAAGTGAGAAATCTCTCGGTTAAGTTACCGTGCTGATGTTGGGTGGTGTACACTGTATCCCGCAATTAAGTGCATGTCCAGTAGTGCGAGAATACTAAATACAAGTAGGATCCATGTTAAGCATGTCTCAACTTTGAAATCTAGGATCGATACCTCCGAATTTGATTTTCCTCTACACTTCGTTTA
CTTCATTGATATCAGAAATTATTTCAGTTCAGTAACCCTTCGCTGAATGGAGCATGAGCTTGTGAAGTATGCCTTGCAGAGAGGAGCTTTCTATTATGGTTCAATGATTTAAAATAGATGGACAAAGTGGGTTGGTATTCCTTTTGTGCAATAGGTTCGTGCCATTCTGGCTGTTCGTTTCAGTCTCCTATAATGGTGGT
GGAGGAAAAAATAGCGGGATCCAACATTAAATGTTAATATGTGATCATTTGTATTATATGACCAATATGATAGTGTTAGTTCATTTGATCAATATGTAACCACTAATCATTGATGTTAAGTTAGTGTTAGATTTTGAAATCACTTTAATTGGTATATTAATGGTTCTATAAATGCTGTAGCAAAAGGTGATTTACTTGAG
AGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGTAGCAAAAGGTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGTAGCAAAAGGTG
>TRINITY_DN38006_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:CCCACCCCTTCTGGATTTGAACCTATGACCTCCTAGGAGGAAACACTTGTTCTTAACCTTTAGGCCCACCCAGACTGTAATGTTCGTAACAACGCAGTATATAAATTTTACTGGATAAGTGTTAGGCATGCCTCCTGGTACATGTATTTGAGATAAAGTTTGGTAAAATTAGCATATATATTATTTTTAATCTGCCTATC
ATCTTATGAATGCTTCACCTTTTGCTTGATTACTTTGTGACTGCTGTTTATTATCATCCTCATATTGTGCTTTGACGTTATCTTTAATGATCCAGATATTTTTGGTGAACTGACAAGAATGCTTCTACTCTGTTGTTGGGACAGATGGGCCAAAATAGCACCCCATGTATGTTACAATATACTGTAGTTTGTCAGGGATA
ATTAGGCTGTGTTGTAGATTACATTCGATAACCATATCGAACTCTGTTGTCCCGAAGAATGCTGCTGTCACCACATGAGCTATTTTATATATCAGCTTTTATAGTTTTAGTCCTGCTTTCAAATATATTCCATCTTAACTACTTGTTTCCAAAAATGGAAACATTTTCCTCTTATTTTTCCATCCTAAATGTTTAAGAAG
CCTGAACATACAACCATACAAAAGGGATTTCGGTCTGGAATATTTTTACTCTTGAAAACTGGAACCATTCAAGTTTAATGTCCATTATCTCTTGCTTCCTGGACTGTAGTTTTTGTTTCTTCTTGAAACTCATATATACTGATTCTCGAATAAGGGGTGTAGAACTAGAGAGTTAATGTATGAAAGAGTTAGTTTTATCT
TTTCGTTATAACTAACTTTGAAACCATGTAGGATTTGAGATTTAGCTGTTGTTTTCCAGGTCAATCATGTCTACAGAAAACTGGGTTATTCTTTTCCTCCTTTCACATTTGTCCACTGTAAGGAGTTCATGGGTCATCAGCAGGGACGCAATATTTGTACAAGACTAGGATATGAGAATCCAGTTTCTAGAATGCTGGAA
ATTTTACAGTTATACAACATGCAAAGTGTTTGGGTTGATCACTGCTTCGAGGCGTTTGGTCTTGTTTTGTCATCTATTAGTGGATGGTCTGTTGTTTACTCTGGGGATACAAGGCCATGCGAAAAGCTTATAAAAGCAGGAATGGGATGCACATTACTGATCCATGAAGCCACTTTTGAGGATAAATTTGAAAGTCATGC
GAGGGTGAAACGGCATAGTACTGTTTCAGAGGCGATAGAAGTGGgtgagcaaatgggcgctcggcatattattctcacacatttcagtaataggtctccaaagGTAATGGGAATTGATATCCCAAAAAATGGAAGTGTGTCCTTGGCTTATGATGGCATGGTAGCATGTAGCTCTCATCTTCTTGCACTTCCTGGACTAA
CACAGTGCCTGGCCGGTTTATTTGCTGAAGAAAATAACAATATAGCACACCAGGGTTCAAACACAAACTTAAACCAGTCAAAACAATCTCTGGGAACTTCTAGCAGAGGACCAAGTAAATTACTGGAAGTAGTTTGGGATCCATCATACAATGAAAGGATGACCAATGAAACTTTAGGTCACACTAGCACTGCCATTCAT
TCCATGAAATCACTATATTCAGAACAGTGCTGCCATCCAAAGCATATTAGTTGGAATGATTCAGAATCTGAAGACGATTGTTTAGGTGACACTAACAAGGCCATTCCTTCCATGAAAGCACCATCTTCAGAACAGAGCTGCCTTCCGAAGCATATTAGATGGAATGAATCAGAATCTGAAGATGATGTTTAGGTGATGCT
AGCAAGACCATTCCTCCCTTGAAATCACCATATTCAGAGCAGTGCTGCCTTCTGAAGCATATTAGATGGAATAATTTAGAATCTGAAGACGATTGATGATGTCTCTGTGCTTGAAATGTGAATGAATGTGACAACTATCTCTGAGATCAAGTCTGGCTATTGGTTTCCAAGAAGTGGATCTGAGCTAGTGACAATGGTGC
GGCAGTGTACTGGGCTTGTGAGATGCATAAGCTACAAAAGATCATTGTTTACTCTAGTTTATGGTGCTTAATTGGGACAACTCATAACGTGCCAGGCAAGTGAGAAATCTCTCGGTTAAGTTACCGTGCTGATGTTGGGTGGTGTACACTGTATCCCGCAATTAAGTGCATGTCCAGTAGTGCGAGAATACTAAATACAA
GTAGGATCCATGTTAAGCATGTCTCAACTTTGAAATCTAGGATCGATACCTCCGAATTTGATTTTCCTCTACACTTCGTTTACTTCATTGATATCAGAAATTATTTCAGTTCAGTAACCCTTCGCTGAATGGAGCATGAGCTTGTGAAGTATGCCTTGCAGAGAGGAGCTTTCTATTATGGTTCAATGATTTAAAATAGA
TGGACAAAGTGGGTTGGTATTCCTTTTGTGCAATAGGTTCGTGCCATTCTGGCTGTTCGTTTCAGTCTCCTATAATGGTGGTGGAGGAAAAAATAGCGGGATCCAACATTAAATGTTAATATGTGATCATTTGTATTATATGACCAATATGATAGTGTTAGTTCATTTGATCAATATGTAACCACTAATCATTGATGTTA
AGTTAGTGTTAGATTTTGAAATCACTTTAATTGGTATATTAATGGTTCTATAAATGCTGTAGCAAAAGGTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGTAGCAAAAGGTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTA
TATTAAAGGTAATATAAATGCTGTAGCAAAAGGTG
Intron 3 GTAGTTGTTG ... GCTCCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.34 | 221 | 41.7 | 10.5 |
| A2 | 12.52 | 118 | 17.4 | 5.8 |
| A3 | 15.15 | 176 | 32.7 | 6.7 |
| A4 | 18.1 | 88 | 20.5 | 2.5 |
| A5 | 9.92 | 58 | 6.5 | 2.4 |
| A6 | 15.53 | 111 | 21.3 | 4.7 |
| A7 | 15.85 | 405 | 79.5 | 15.3 |
| A8 | 15.54 | 327 | 62.5 | 18.7 |
| A9 | 16.5 | 363.1 | 74.5 | 14.9 |
| A10 | 13.79 | 286 | 47.5 | 12.7 |
>TRINITY_DN101190_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformGTAAATCAAACGGAGTATCACCCGATGCAAAGCTACATAGGCAAAAAAGAAAACGCTGCTAGAAAATCCATTTAAGTAGGGTTCAGGGTTTTAGAGAAAACAAAACACAAAAGCAAAGAAAGACTTCAGGGTCATATAGGGAGCTTGGATGTGGCCATGACCAACGAAGGGAGGTATGAATTAAAACTCATCAAAGCAGA
AGCAGATGGAGTTGGCCCGTCTTTACTGTTCTCAGCCCCGGGAAATGGGCCCCAGTATCTCTTCAATGTACCCGAGGGTTTCTCCAGGCTCGTTCTCGAACACAAGCTCAGGCCCTCCTCTCGACTGGCCTGTGTGTTTCTCACCTCTCTTCGCCCTCGCTGCGCGGGTGGACTTGGTGGATTACTTTTAAGGCTGGCAG
ATGATGGTCATGGTCAGTTACAGTTGATTGGACCAGATTGCACATCATCATTTCTCCATTCACTCCGACACATTCTTTACTGGCGTTATCCTAAGGTCTTACCTTCTCTCTGCAGGTGTTTGTTTCTGATGGTCAGCCATCTAGGTCTTTGCCTATATTTGATGATGACTTTGTTACCATATATCCTCTTCAACTTAATG
ACAAGCTTTTGGTTTGTCCATGGTATGAACATGGAGTGCATGATTCTGAACGAATCGAAGTACAAAAGAATAATTTTGCAGATGCAAAGTCAAAAGGCAAGTATAATTCCTTTCTTGAAACCACTCCCTCTTCCAGCTATGAAAAGCTTGATAGTCCCACTTCTAGTGATTCTGAAGGCTCAAAATCATTGGAATCACAA
CATGAGAAGAGGAGTCTTAAGAGACGTTTGACTCAAGAGGATAGTTATCCCAAGATCAGTGAGGCCCCTAATAAAGATGCTGTTACCTACCAAGGAAAAAGGATTTCAGCAAAAGAAAAATTAAAGGTGAGGGGATTTGACAGCAGCAGTTCTGAGCAGTGTAGGTACCTGGATAGCAAGAAGAGGAAGAAGGATGGTTC
AAGGGATCTTCTTGATTCAGACGTAGTGGAGATCTACGAAGGGAAGGAAGGATGCTTACGTAGAGGTACAGCTATTGAACGCGTTCATGAACAGACCAAATGCCAATGGAGAGTGAACAACAAGTTGGAGAGGGAGCTACCTAATTTGCCAGATGGTGCAATCCCTGTGTACATTAAATGTCCATCAGGCACTGTGACTG
TGATTGATGAAAAGACAATCAAGCAAAACCAATTGGCTAGTGACAGTGGCCAAGATGATCAAACAGCATTAAAAGCTGGGGAACTGATTGGGTTTGTGTGCTATATGAAGAAGTTAAGATCAGCTTGTATAATAGTTAATTGTGAAACCCTAGAGTTAGCAGATGAACTGTCCCAGCATTCACTACTTAGTTGCATTTCC
TGTTGCAAAACTGATAAAAATGGAAGTAGCTGTTCATATTCCATTTCTGCAGTTATTCATTTATCTCCTCCTAGTGTGTTGAGATCTGAAAAATATATTTCATGGATGAGGCATCTCGCAGATGATATCTTGCATATAACCATGCAGGATGGGCCTTCTGAATATGGTTTCCTCTCTTCCTTCACAACTCTGGCTAAAAT
GAATATGGTTAACAAAGAAATCTTTCCTCTCCCATTCAATGCTTCTCTACAAAAACATCAAACTGATGATGAGAACATAAATTTTTTTGGTTTTCGTAGGCAAGTCAAGACTGGTCAAATGCTTATGTGTGTAACATTTCAAAGGAATCTCAAAAGTGAAGTTCAAGTGGTTGTGGATGACTCGATGTGTCGAGAAAAAA
TGAATGTAGAGTTCATACAGAAAACATTGGCTCAAAGAAAGCCTGATCTAACCAAAAAAATTAATAAGGTTGCAGAAGATGTTTTAGTCTCATCACAAAATGCTAGCATGCAGATGAGTGCAAACAAGTTATCAGCAATAGAACTAAGGGAGAAACTACTACAGCAGAGAAAGCTAGCAAGCACTGATTCAACCACTAAA
GGTGTTTGTGTTGTATCTTCCAACATCTCTAGTGCCAACAATCTGAATTGTGAAGGGCTTGGAAAAATTCGTAACTCGCTTTGTAATGGCAGAGAGGAATCTTCTCAATTCAAGTTGCTATTCCTAGGTACAGGATCTGCTGAGCCAAGCAAATACAGAGGAAGCAGTGGTATTCTTCTGCAGATGCACAATAGCGGAGC
AAGTATGTTGTTAGATGCAGGAGAGGGTGTTGCAGGACAGATTCTCAGGACTTTTGGCAAGCACAAAATGGAAATGGTAGTTAATGGACTTCAATGCGTGTGGATTTCACATAAGCATGCAGATCATGTTTTGGGGATCATATCCATCATTGCTACAAGGTCTGAGGGCGGCCCAGATCTTTTAGTTGTTGGATCAACAG
CAGTTCATAAATGGCTTCTGGAGGTCAATCATGTCTACAGAAAACTGGGTTATTCTTTTCCTCCTTTCACATTTGTCCACTGTAAGGAGTTCATGGGTCATCAGCAGGGACGCAATATTTGTACAAGACTAGGATATGAGAATCCAGTTTCTAGAATGCTGGAAATTTTACAGTTATACAACATGCAAAGTGTTTGGGTT
GATCACTGCTTCGAGGCGTTTGGTCTTGTTTTGTCATCTATTAGTGGATGGTCTGTTGTTTACTCTGGGGATACAAGGCCATGCGAAAAGCTTATAAAAGCAGGAATGGGATGCACATTACTGATCCATGAAGCCACTTTTGAGGATAAATTTGAAAGTCATGCGAGGGTGAAACGGCATAGTACTGTTTCAGAGGCGAT
AGAAGTGGGTGAGCAAATGGGCGCTCGGCATATTATTCTCACACATTTCAGTAATAGGTCTCCAAAGGTAATGGGAATTGATATCCCAAAAAATGGAAGTGTGTCCTTGGCTTATGATGGCATGGTAGCATGTAGCTCTCATCTTCTTGCACTTCCTGGACTAACACAGTGCCTGGCCGGTTTATTTGCTGAAGAAAATA
ACAATATAGCACACCAGGGTTCAAACACAAACTTAAACCAGTCAAAACAATCTCTGGGAACTTCTAGCAGAGGACCAAGTAAATTACTGGAAGTAGTTTGGGATCCATCATACAATGAAAGGATGACCAATGAAACTTTAGGTCACACTAGCACTGCCATTCATTCCATGAAATCACTATATTCAGAACAGTGCTGCCAT
CCAAAGCATATTAGTTGGAATGATTCAGAATCTGAAGACGATTGTTTAGGTGACACTAACAAGGCCATTCCTTCCATGAAAGCACCATCTTCAGAACAGAGCTGCCTTCCGAAGCATATTAGATGGAATGAATCAGAATCTGAAGATGATGTTTAGGTGATGCTAGCAAGACCATTCCTCCCTTGAAATCACCATATTCA
GAGCAGTGCTGCCTTCTGAAGCATATTAGATGGAATAATTTAGAATCTGAAGACGATTGATGATGTCTCTGTGCTTGAAATGTGAATGAATGTGACAACTATCTCTGAGATCAAGTCTGGCTATTGGTTTCCAAGAAGTGGATCTGAGCTAGTGACAATGGTGCGGCAGTGTACTGGGCTTGTGAGATGCATAAGCTACA
AAAGATCATTGTTTACTCTAGTTTATGGTGCTTAATTGGGACAACTCATAACGTGCCAGGCAAGTGAGAAATCTCTCGGTTAAGTTACCGTGCTGATGTTGGGTGGTGTACACTGTATCCCGCAATTAAGTGCATGTCCAGTAGTGCGAGAATACTAAATACAAGTAGGATCCATGTTAAGCATGTCTCAACTTTGAAAT
CTAGGATCGATACCTCCGAATTTGATTTTCCTCTACACTTCGTTTACTTCATTGATATCAGAAATTATTTCAGTTCAGTAACCCTTCGCTGAATGGAGCATGAGCTTGTGAAGTATGCCTTGCAGAGAGGAGCTTTCTATTATGGTTCAATGATTTAAAATAGATGGACAAAGTGGGTTGGTATTCCTTTTGTGCAATAG
GTTCGTGCCATTCTGGCTGTTCGTTTCAGTCTCCTATAATGGTGGTGGAGGAAAAAATAGCGGGATCCAACATTAAATGTTAATATGTGATCATTTGTATTATATGACCAATATGATAGTGTTAGTTCATTTGATCAATATGTAACCACTAATCATTGATGTTAAGTTAGTGTTAGATTTTGAAATCACTTTAATTGGTA
TATTAATGGTTCTATAAATGCTGTAGCAAAAGGTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGC
>TRINITY_DN101190_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:TCAGTAATAGGTCTCCAAAGgtagttgttgcatatgtgattagtaggacagctcgattgagcattttgttctatttttgggttgttttccctccgaaaaaagaggatgaattttcgtgatgctaattatatagcagtccatagatctattggcttctttattttttgccatctgccattttatatcttgttcattgctcc
tgcagGTAATGGGAATTGATATCCCAAAAAATGGAAGTGTGTCCTTGGCTTATGATGGCATGGTAGCATGTAGCTCTCATCTTCTTGCACTTCCTGGACTAACACAGTGCCTGGCCGGTTTATTTGCTGAAGAAAATAACAATATAGCACACCAGGGTTCAAACACAAACTTAAACCAGTCAAAACAATCTCTGGGAACT
TCTAGCAGAGGACCAAGTAAATTACTGGAAGTAGTTTGGGATCCATCATACAATGAAAGGATGACCAATGAAACTTTAGGTCACACTAGCACTGCCATTCATTCCATGAAATCACTATATTCAGAACAGTGCTGCCATCCAAAGCATATTAGTTGGAATGATTCAGAATCTGAAGACGATTGTTTAGGTGACACTAACAA
GGCCATTCCTTCCATGAAAGCACCATCTTCAGAACAGAGCTGCCTTCCGAAGCATATTAGATGGAATGAATCAGAATCTGAAGATGATGTTTAGGTGATGCTAGCAAGACCATTCCTCCCTTGAAATCACCATATTCAGAGCAGTGCTGCCTTCTGAAGCATATTAGATGGAATAATTTAGAATCTGAAGACGATTGATG
ATGTCTCTGTGCTTGAAATGTGAATGAATGTGACAACTATCTCTGAGATCAAGTCTGGCTATTGGTTTCCAAGAAGTGGATCTGAGCTAGTGACAATGGTGCGGCAGTGTACTGGGCTTGTGAGATGCATAAGCTACAAAAGATCATTGTTTACTCTAGTTTATGGTGCTTAATTGGGACAACTCATAACGTGCCAGGCA
AGTGAGAAATCTCTCGGTTAAGTTACCGTGCTGATGTTGGGTGGTGTACACTGTATCCCGCAATTAAGTGCATGTCCAGTAGTGCGAGAATACTAAATACAAGTAGGATCCATGTTAAGCATGTCTCAACTTTGAAATCTAGGATCGATACCTCCGAATTTGATTTTCCTCTACACTTCGTTTACTTCATTGATATCAGA
AATTATTTCAGTTCAGTAACCCTTCGCTGAATGGAGCATGAGCTTGTGAAGTATGCCTTGCAGAGAGGAGCTTTCTATTATGGTTCAATGATTTAAAATAGATGGACAAAGTGGGTTGGTATTCCTTTTGTGCAATAGGTTCGTGCCATTCTGGCTGTTCGTTTCAGTCTCCTATAATGGTGGTGGAGGAAAAAATAGCG
GGATCCAACATTAAATGTTAATATGTGATCATTTGTATTATATGACCAATATGATAGTGTTAGTTCATTTGATCAATATGTAACCACTAATCATTGATGTTAAGTTAGTGTTAGATTTTGAAATCACTTTAATTGGTATATTAATGGTTCTATAAATGCTGTAGCAAAAGGTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGTGCATGG
TAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGC
Intron 4 GTGTTTGTTT ... GCTTCTGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.06 | 103 | 252 | 187 |
| A2 | 66.67 | 63 | 122 | 130 |
| A3 | 71.05 | 87 | 201 | 226 |
| A4 | 69.3 | 68 | 161 | 146 |
| A5 | 72.73 | 27 | 69 | 75 |
| A6 | 77.62 | 16 | 28 | 83 |
| A7 | 77.99 | 68 | 123 | 359 |
| A8 | 81.6 | 23 | 20 | 184 |
| A9 | 69.96 | 67 | 99 | 213 |
| A10 | 73.71 | 66 | 128 | 242 |
>TRINITY_DN41442_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformATGAAATAATGTAAATCAAACGGAGTATCACCCGATGCAAAGCTACATAGGCAAAAAAGAAAACGCTGCTAGAAAATCCATTTAAGTAGGGTTCAGGGTTTTAGAGAAAACAAAACACAAAAGCAAAGAAAGACTTCAGGGTCATATAGGGAGCTTGGATGTGGCCATGACCAACGAAGGGAGGTATGAATTAAAACTCA
TCAAAGCAGAAGCAGATGGAGTTGGCCCGTCTTTACTGTTCTCAGCCCCGGGAAATGGGCCCCAGTATCTCTTCAATGTACCCGAGGGTTTCTCCAGGCTCGTTCTCGAACACAAGCTCAGGCCCTCCTCTCGACTGGCCTGTGTGTTTCTCACCTCTCTTCGCCCTCGCTGCGCGGGTGGACTTGGTGGATTACTTTTA
AGGCTGGCAGATGATGGTCATGGTCAGTTACAGTTGATTGGACCAGATTGCACATCATCATTTCTCCATTCACTCCGACACATTCTTTACTGGCGTTATCCTAAGGTCAATCATGTCTACAGAAAACTGGGTTATTCTTTTCCTCCTTTCACATTTGTCCACTGTAAGGAGTTCATGGGTCATCAGCAGGGACGCAATAT
TTGTACAAGACTAGGATATGAGAATCCAGTTTCTAGAATGCTGGAAATTTTACAGTTATACAACATGCAAAGTGTTTGGGTTGATCACTGCTTCGAGGCGTTTGGTCTTGTTTTGTCATCTATTAGTGGATGGTCTGTTGTTTACTCTGGGGATACAAGGCCATGCGAAAAGCTTATAAAAGCAGGAATGGGATGCACAT
TACTGATCCATGAAGCCACTTTTGAGGATAAATTTGAAAGTCATGCGAGGGTGAAACGGCATAGTACTGTTTCAGAGGCGATAGAAGTGGGTGAGCAAATGGGCGCTCGGCATATTATTCTCACACATTTCAGTAATAGGTCTCCAAAGGTA
>TRINITY_DN41442_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATGAAATAATGTAAATCAAACGGAGTATCACCCGATGCAAAGCTACATAGGCAAAAAAGAAAACGCTGCTAGAAAATCCATTTAAGTAGGGTTCAGGGTTTTAGAGAAAACAAAACACAAAAGCAAAGAAAGACTTCAGGGTCATATAGGGAGCTTGGATGTGGCCATGACCAACGAAGGGAGGTATGAATTAAAACTCA
TCAAAGCAGAAGCAGATGGAGTTGGCCCGTCTTTACTGTTCTCAGCCCCGGGAAATGGGCCCCAGTATCTCTTCAATGTACCCGAGGGTTTCTCCAGGCTCGTTCTCGAACACAAGCTCAGGCCCTCCTCTCGACTGGCCTGTGTGTTTCTCACCTCTCTTCGCCCTCGCTGCGCGGGTGGACTTGGTGGATTACTTTTA
AGGCTGGCAGATGATGGTCATGGTCAGTTACAGTTGATTGGACCAGATTGCACATCATCATTTCTCCATTCACTCCGACACATTCTTTACTGGCGTTATCCTAAGgtgtttgtttctgatggtcagccatctaggtctttgcctatatttgatgatgactttgttaccatatatcctcttcaacttaatgacaagctttt
ggtttgtccatggtatgaacatggagtgcatgattctgaacgaatcgaagtacaaaagaataattttgcagatgcaaagtcaaaaggcaagtataattcctttcttgaaaccactccctcttccagctatgaaaagcttgatagtcccacttctagtgattctgaaggctcaaaatcattggaatcacaacatgagaaga
ggagtcttaagagacgtttgactcaagaggatagttatcccaagatcagtgaggcccctaataaagatgctgttacctaccaaggaaaaaggatttcagcaaaagaaaaattaaaggtgaggggatttgacagcagcagttctgagcagtgtaggtacctggatagcaagaagaggaagaaggatggttcaagggatctt
cttgattcagacgtagtggagatctacgaagggaaggaaggatgcttacgtagaggtacagctattgaacgcgttcatgaacagaccaaatgccaatggagagtgaacaacaagttggagagggagctacctaatttgccagatggtgcaatccctgtgtacattaaatgtccatcaggcactgtgactgtgattgatga
aaagacaatcaagcaaaaccaattggctagtgacagtggccaagatgatcaaacagcattaaaagctggggaactgattgggtttgtgtgctatatgaagaagttaagatcagcttgtataatagttaattgtgaaaccctagagttagcagatgaactgtcccagcattcactacttagttgcatttcctgttgcaaaa
ctgataaaaatggaagtagctgttcatattccatttctgcagttattcatttatctcctcctagtgtgttgagatctgaaaaatatatttcatggatgaggcatctcgcagatgatatcttgcatataaccatgcaggatgggccttctgaatatggtttcctctcttccttcacaactctggctaaaatgaatatggtt
aacaaagaaatctttcctctcccattcaatgcttctctacaaaaacatcaaactgatgatgagaacataaatttttttggttttcgtaggcaagtcaagactggtcaaatgcttatgtgtgtaacatttcaaaggaatctcaaaagtgaagttcaagtggttgtggatgactcgatgtgtcgagaaaaaatgaatgtaga
gttcatacagaaaacattggctcaaagaaagcctgatctaaccaaaaaaattaataaggttgcagaagatgttttagtctcatcacaaaatgctagcatgcagatgagtgcaaacaagttatcagcaatagaactaagggagaaactactacagcagagaaagctagcaagcactgattcaaccactaaaggtgtttgtg
ttgtatcttccaacatctctagtgccaacaatctgaattgtgaagggcttggaaaaattcgtaactcgctttgtaatggcagagaggaatcttctcaattcaagttgctattcctaggtacaggatctgctgagccaagcaaatacagaggaagcagtggtattcttctgcagatgcacaatagcggagcaagtatgttg
ttagatgcaggagagggtgttgcaggacagattctcaggacttttggcaagcacaaaatggaaatggtagttaatggacttcaatgcgtgtggatttcacataagcatgcagatcatgttttggggatcatatccatcattgctacaaggtctgagggcggcccagatcttttagttgttggatcaacagcagttcataa
atggcttctggagGTCAATCATGTCTACAGAAAACTGGGTTATTCTTTTCCTCCTTTCACATTTGTCCACTGTAAGGAGTTCATGGGTCATCAGCAGGGACGCAATATTTGTACAAGACTAGGATATGAGAATCCAGTTTCTAGAATGCTGGAAATTTTACAGTTATACAACATGCAAAGTGTTTGGGTTGATCACTGCT
TCGAGGCGTTTGGTCTTGTTTTGTCATCTATTAGTGGATGGTCTGTTGTTTACTCTGGGGATACAAGGCCATGCGAAAAGCTTATAAAAGCAGGAATGGGATGCACATTACTGATCCATGAAGCCACTTTTGAGGATAAATTTGAAAGTCATGCGAGGGTGAAACGGCATAGTACTGTTTCAGAGGCGATAGAAGTGGGT
GAGCAAATGGGCGCTCGGCATATTATTCTCACACATTTCAGTAATAGGTCTCCAAAGGTAATGGGAATTGATATCCCAAAAAATGGAAGTGTGTCCTTGGCTTATGATGGCATGGTAGCATGTAGCTCTCATCTTCTTGCACTTCCTGGACTAACACAGTGCCTGGCCGGTTTATTTGCTGAAGAAAATAACAATATAGC
ACACCAGGGTTCAAACACAAACTTAAACCAGTCAAAACAATCTCTGGGAACTTCTAGCAGAGGACCAAGTAAATTACTGGAAGTAGTTTGGGATCCATCATACAATGAAAGGATGACCAATGAAACTTTAGGTCACACTAGCACTGCCATTCATTCCATGAAATCACTATATTCAGAACAGTGCTGCCATCCAAAGCATA
TTAGTTGGAATGATTCAGAATCTGAAGACGATTGTTTAGGTGACACTAACAAGGCCATTCCTTCCATGAAAGCACCATCTTCAGAACAGAGCTGCCTTCCGAAGCATATTAGATGGAATGAATCAGAATCTGAAGATGATGTTTAGGTGATGCTAGCAAGACCATTCCTCCCTTGAAATCACCATATTCAGAGCAGTGCT
GCCTTCTGAAGCATATTAGATGGAATAATTTAGAATCTGAAGACGATTGATGATGTCTCTGTGCTTGAAATGTGAATGAATGTGACAACTATCTCTGAGATCAAGTCTGGCTATTGGTTTCCAAGAAGTGGATCTGAGCTAGTGACAATGGTGCGGCAGTGTACTGGGCTTGTGAGATGCATAAGCTACAAAAGATCATT
GTTTACTCTAGTTTATGGTGCTTAATTGGGACAACTCATAACGTGCCAGGCAAGTGAGAAATCTCTCGGTTAAGTTACCGTGCTGATGTTGGGTGGTGTACACTGTATCCCGCAATTAAGTGCATGTCCAGTAGTGCGAGAATACTAAATACAAGTAGGATCCATGTTAAGCATGTCTCAACTTTGAAATCTAGGATCGA
TACCTCCGAATTTGATTTTCCTCTACACTTCGTTTACTTCATTGATATCAGAAATTATTTCAGTTCAGTAACCCTTCGCTGAATGGAGCATGAGCTTGTGAAGTATGCCTTGCAGAGAGGAGCTTTCTATTATGGTTCAATGATTTAAAATAGATGGACAAAGTGGGTTGGTATTCCTTTTGTGCAATAGGTTCGTGCCA
TTCTGGCTGTTCGTTTCAGTCTCCTATAATGGTGGTGGAGGAAAAAATAGCGGGATCCAACATTAAATGTTAATATGTGATCATTTGTATTATATGACCAATATGATAGTGTTAGTTCATTTGATCAATATGTAACCACTAATCATTGATGTTAAGTTAGTGTTAGATTTTGAAATCACTTTAATTGGTATATTAATGGT
TCTATAAATGCTGTAGCAAAAGGTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGTAGCAAAAGTTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGTAGCAAAAGTTGATTTACTTGAG
AGCTAGTTGT
Intron 5 GTCTTACCTT ... GCTTCTGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.88 | 103 | 229 | 187 |
| A2 | 65.57 | 63 | 110 | 130 |
| A3 | 69.63 | 87 | 173 | 226 |
| A4 | 68.37 | 68 | 148 | 146 |
| A5 | 71.58 | 27 | 61 | 75 |
| A6 | 77.14 | 16 | 25 | 83 |
| A7 | 77.22 | 68 | 102 | 359 |
| A8 | 81.53 | 23 | 19 | 184 |
| A9 | 69.48 | 67 | 92 | 213 |
| A10 | 73.39 | 66 | 122 | 242 |
>TRINITY_DN41442_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformATGAAATAATGTAAATCAAACGGAGTATCACCCGATGCAAAGCTACATAGGCAAAAAAGAAAACGCTGCTAGAAAATCCATTTAAGTAGGGTTCAGGGTTTTAGAGAAAACAAAACACAAAAGCAAAGAAAGACTTCAGGGTCATATAGGGAGCTTGGATGTGGCCATGACCAACGAAGGGAGGTATGAATTAAAACTCA
TCAAAGCAGAAGCAGATGGAGTTGGCCCGTCTTTACTGTTCTCAGCCCCGGGAAATGGGCCCCAGTATCTCTTCAATGTACCCGAGGGTTTCTCCAGGCTCGTTCTCGAACACAAGCTCAGGCCCTCCTCTCGACTGGCCTGTGTGTTTCTCACCTCTCTTCGCCCTCGCTGCGCGGGTGGACTTGGTGGATTACTTTTA
AGGCTGGCAGATGATGGTCATGGTCAGTTACAGTTGATTGGACCAGATTGCACATCATCATTTCTCCATTCACTCCGACACATTCTTTACTGGCGTTATCCTAAGGTCAATCATGTCTACAGAAAACTGGGTTATTCTTTTCCTCCTTTCACATTTGTCCACTGTAAGGAGTTCATGGGTCATCAGCAGGGACGCAATAT
TTGTACAAGACTAGGATATGAGAATCCAGTTTCTAGAATGCTGGAAATTTTACAGTTATACAACATGCAAAGTGTTTGGGTTGATCACTGCTTCGAGGCGTTTGGTCTTGTTTTGTCATCTATTAGTGGATGGTCTGTTGTTTACTCTGGGGATACAAGGCCATGCGAAAAGCTTATAAAAGCAGGAATGGGATGCACAT
TACTGATCCATGAAGCCACTTTTGAGGATAAATTTGAAAGTCATGCGAGGGTGAAACGGCATAGTACTGTTTCAGAGGCGATAGAAGTGGGTGAGCAAATGGGCGCTCGGCATATTATTCTCACACATTTCAGTAATAGGTCTCCAAAGGTA
>TRINITY_DN41442_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATGAAATAATGTAAATCAAACGGAGTATCACCCGATGCAAAGCTACATAGGCAAAAAAGAAAACGCTGCTAGAAAATCCATTTAAGTAGGGTTCAGGGTTTTAGAGAAAACAAAACACAAAAGCAAAGAAAGACTTCAGGGTCATATAGGGAGCTTGGATGTGGCCATGACCAACGAAGGGAGGTATGAATTAAAACTCA
TCAAAGCAGAAGCAGATGGAGTTGGCCCGTCTTTACTGTTCTCAGCCCCGGGAAATGGGCCCCAGTATCTCTTCAATGTACCCGAGGGTTTCTCCAGGCTCGTTCTCGAACACAAGCTCAGGCCCTCCTCTCGACTGGCCTGTGTGTTTCTCACCTCTCTTCGCCCTCGCTGCGCGGGTGGACTTGGTGGATTACTTTTA
AGGCTGGCAGATGATGGTCATGGTCAGTTACAGTTGATTGGACCAGATTGCACATCATCATTTCTCCATTCACTCCGACACATTCTTTACTGGCGTTATCCTAAGgtcttaccttctctctgcaggtgtttgtttctgatggtcagccatctaggtctttgcctatatttgatgatgactttgttaccatatatcctctt
caacttaatgacaagcttttggtttgtccatggtatgaacatggagtgcatgattctgaacgaatcgaagtacaaaagaataattttgcagatgcaaagtcaaaaggcaagtataattcctttcttgaaaccactccctcttccagctatgaaaagcttgatagtcccacttctagtgattctgaaggctcaaaatcatt
ggaatcacaacatgagaagaggagtcttaagagacgtttgactcaagaggatagttatcccaagatcagtgaggcccctaataaagatgctgttacctaccaaggaaaaaggatttcagcaaaagaaaaattaaaggtgaggggatttgacagcagcagttctgagcagtgtaggtacctggatagcaagaagaggaaga
aggatggttcaagggatcttcttgattcagacgtagtggagatctacgaagggaaggaaggatgcttacgtagaggtacagctattgaacgcgttcatgaacagaccaaatgccaatggagagtgaacaacaagttggagagggagctacctaatttgccagatggtgcaatccctgtgtacattaaatgtccatcaggc
actgtgactgtgattgatgaaaagacaatcaagcaaaaccaattggctagtgacagtggccaagatgatcaaacagcattaaaagctggggaactgattgggtttgtgtgctatatgaagaagttaagatcagcttgtataatagttaattgtgaaaccctagagttagcagatgaactgtcccagcattcactacttag
ttgcatttcctgttgcaaaactgataaaaatggaagtagctgttcatattccatttctgcagttattcatttatctcctcctagtgtgttgagatctgaaaaatatatttcatggatgaggcatctcgcagatgatatcttgcatataaccatgcaggatgggccttctgaatatggtttcctctcttccttcacaactc
tggctaaaatgaatatggttaacaaagaaatctttcctctcccattcaatgcttctctacaaaaacatcaaactgatgatgagaacataaatttttttggttttcgtaggcaagtcaagactggtcaaatgcttatgtgtgtaacatttcaaaggaatctcaaaagtgaagttcaagtggttgtggatgactcgatgtgt
cgagaaaaaatgaatgtagagttcatacagaaaacattggctcaaagaaagcctgatctaaccaaaaaaattaataaggttgcagaagatgttttagtctcatcacaaaatgctagcatgcagatgagtgcaaacaagttatcagcaatagaactaagggagaaactactacagcagagaaagctagcaagcactgattc
aaccactaaaggtgtttgtgttgtatcttccaacatctctagtgccaacaatctgaattgtgaagggcttggaaaaattcgtaactcgctttgtaatggcagagaggaatcttctcaattcaagttgctattcctaggtacaggatctgctgagccaagcaaatacagaggaagcagtggtattcttctgcagatgcaca
atagcggagcaagtatgttgttagatgcaggagagggtgttgcaggacagattctcaggacttttggcaagcacaaaatggaaatggtagttaatggacttcaatgcgtgtggatttcacataagcatgcagatcatgttttggggatcatatccatcattgctacaaggtctgagggcggcccagatcttttagttgtt
ggatcaacagcagttcataaatggcttctggagGTCAATCATGTCTACAGAAAACTGGGTTATTCTTTTCCTCCTTTCACATTTGTCCACTGTAAGGAGTTCATGGGTCATCAGCAGGGACGCAATATTTGTACAAGACTAGGATATGAGAATCCAGTTTCTAGAATGCTGGAAATTTTACAGTTATACAACATGCAAAG
TGTTTGGGTTGATCACTGCTTCGAGGCGTTTGGTCTTGTTTTGTCATCTATTAGTGGATGGTCTGTTGTTTACTCTGGGGATACAAGGCCATGCGAAAAGCTTATAAAAGCAGGAATGGGATGCACATTACTGATCCATGAAGCCACTTTTGAGGATAAATTTGAAAGTCATGCGAGGGTGAAACGGCATAGTACTGTTT
CAGAGGCGATAGAAGTGGGTGAGCAAATGGGCGCTCGGCATATTATTCTCACACATTTCAGTAATAGGTCTCCAAAGGTAATGGGAATTGATATCCCAAAAAATGGAAGTGTGTCCTTGGCTTATGATGGCATGGTAGCATGTAGCTCTCATCTTCTTGCACTTCCTGGACTAACACAGTGCCTGGCCGGTTTATTTGCT
GAAGAAAATAACAATATAGCACACCAGGGTTCAAACACAAACTTAAACCAGTCAAAACAATCTCTGGGAACTTCTAGCAGAGGACCAAGTAAATTACTGGAAGTAGTTTGGGATCCATCATACAATGAAAGGATGACCAATGAAACTTTAGGTCACACTAGCACTGCCATTCATTCCATGAAATCACTATATTCAGAACA
GTGCTGCCATCCAAAGCATATTAGTTGGAATGATTCAGAATCTGAAGACGATTGTTTAGGTGACACTAACAAGGCCATTCCTTCCATGAAAGCACCATCTTCAGAACAGAGCTGCCTTCCGAAGCATATTAGATGGAATGAATCAGAATCTGAAGATGATGTTTAGGTGATGCTAGCAAGACCATTCCTCCCTTGAAATC
ACCATATTCAGAGCAGTGCTGCCTTCTGAAGCATATTAGATGGAATAATTTAGAATCTGAAGACGATTGATGATGTCTCTGTGCTTGAAATGTGAATGAATGTGACAACTATCTCTGAGATCAAGTCTGGCTATTGGTTTCCAAGAAGTGGATCTGAGCTAGTGACAATGGTGCGGCAGTGTACTGGGCTTGTGAGATGC
ATAAGCTACAAAAGATCATTGTTTACTCTAGTTTATGGTGCTTAATTGGGACAACTCATAACGTGCCAGGCAAGTGAGAAATCTCTCGGTTAAGTTACCGTGCTGATGTTGGGTGGTGTACACTGTATCCCGCAATTAAGTGCATGTCCAGTAGTGCGAGAATACTAAATACAAGTAGGATCCATGTTAAGCATGTCTCA
ACTTTGAAATCTAGGATCGATACCTCCGAATTTGATTTTCCTCTACACTTCGTTTACTTCATTGATATCAGAAATTATTTCAGTTCAGTAACCCTTCGCTGAATGGAGCATGAGCTTGTGAAGTATGCCTTGCAGAGAGGAGCTTTCTATTATGGTTCAATGATTTAAAATAGATGGACAAAGTGGGTTGGTATTCCTTT
TGTGCAATAGGTTCGTGCCATTCTGGCTGTTCGTTTCAGTCTCCTATAATGGTGGTGGAGGAAAAAATAGCGGGATCCAACATTAAATGTTAATATGTGATCATTTGTATTATATGACCAATATGATAGTGTTAGTTCATTTGATCAATATGTAACCACTAATCATTGATGTTAAGTTAGTGTTAGATTTTGAAATCACT
TTAATTGGTATATTAATGGTTCTATAAATGCTGTAGCAAAAGGTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGTAGCAAAAGTTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGTAG
CAAAAGTTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGT
Intron 6 GTGAGCAAAT ... GCTCCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.17 | 55 | 150 | 0 |
| A2 | 81.13 | 20 | 86 | 2 |
| A3 | 78.57 | 36 | 132 | 0 |
| A4 | 88.79 | 12 | 95 | 0 |
| A5 | 81.4 | 8 | 35 | 1 |
| A6 | 76.58 | 26 | 85 | 0 |
| A7 | 78.1 | 83 | 296 | 0 |
| A8 | 72.37 | 92 | 241 | 2 |
| A9 | 78.36 | 74 | 268 | 0 |
| A10 | 78.03 | 67 | 238 | 0 |
>TRINITY_DN38006_c0_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoformTTTCAGAGGCGATAGAAGTGGGTAATGGGAATTGATATCCCAAAAAATGGAAGTGTGTCCTTGGCTTATGATGGCATGGTAGCATGTAGCTCTCATCTTCTTGCACTTCCTGGACTAACACAGTGCCTGGCCGGTTTATTTGCTGAAGAAAATAACAATATAGCACACCAGGGTTCAAACACAAACTTAAACCAGTCAAA
ACAATCTCTGGGAACTTCTAGCAGAGGACCAAGTAAATTACTGGAAGTAGTTTGGGATCCATCATACAATGAAAGGATGACCAATGAAACTTTAGGTCACACTAGCACTGCCATTCATTCCATGAAATCACTATATTCAGAACAGTGCTGCCATCCAAAGCATATTAGTTGGAATGATTCAGAATCTGAAGACGATTGTT
TAGGTGACACTAACAAGGCCATTCCTTCCATGAAAGCACCATCTTCAGAACAGAGCTGCCTTCCGAAGCATATTAGATGGAATGAATCAGAATCTGAAGATGATGTTTAGGTGATGCTAGCAAGACCATTCCTCCCTTGAAATCACCATATTCAGAGCAGTGCTGCCTTCTGAAGCATATTAGATGGAATAATTTAGAAT
CTGAAGACGATTGATGATGTCTCTGTGCTTGAAATGTGAATGAATGTGACAACTATCTCTGAGATCAAGTCTGGCTATTGGTTTCCAAGAAGTGGATCTGAGCTAGTGACAATGGTGCGGCAGTGTACTGGGCTTGTGAGATGCATAAGCTACAAAAGATCATTGTTTACTCTAGTTTATGGTGCTTAATTGGGACAACT
CATAACGTGCCAGGCAAGTGAGAAATCTCTCGGTTAAGTTACCGTGCTGATGTTGGGTGGTGTACACTGTATCCCGCAATTAAGTGCATGTCCAGTAGTGCGAGAATACTAAATACAAGTAGGATCCATGTTAAGCATGTCTCAACTTTGAAATCTAGGATCGATACCTCCGAATTTGATTTTCCTCTACACTTCGTTTA
CTTCATTGATATCAGAAATTATTTCAGTTCAGTAACCCTTCGCTGAATGGAGCATGAGCTTGTGAAGTATGCCTTGCAGAGAGGAGCTTTCTATTATGGTTCAATGATTTAAAATAGATGGACAAAGTGGGTTGGTATTCCTTTTGTGCAATAGGTTCGTGCCATTCTGGCTGTTCGTTTCAGTCTCCTATAATGGTGGT
GGAGGAAAAAATAGCGGGATCCAACATTAAATGTTAATATGTGATCATTTGTATTATATGACCAATATGATAGTGTTAGTTCATTTGATCAATATGTAACCACTAATCATTGATGTTAAGTTAGTGTTAGATTTTGAAATCACTTTAATTGGTATATTAATGGTTCTATAAATGCTGTAGCAAAAGGTGATTTACTTGAG
AGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGTAGCAAAAGGTGATTTACTTGAGAGCTAGTTGTGCATGGTAAAACCACTTTAATTGGTATATTAAAGGTAATATAAATGCTGTAGCAAAAGGTG
>TRINITY_DN38006_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGCAAAGCTACATAGGCAAAAAAGAAAACGCTGCTAGAAAATCCATTTAAGTAGGGTTCAGGGTTTTAGAGAAAACAAAACACAAAAGCAAAGAAAGACTTCAGGGTCATATAGGGAGCTTGGATGTGGCCATGACCAACGAAGGGAGGTATGAATTAAAACTCATCAAAGCAGAAGCAGATGGAGTTGGCCCGTCTTTA
CTGTTCTCAGCCCCGGGAAATGGGCCCCAGTATCTCTTCAATGTACCCGAGGGTTTCTCCAGGCTCGTTCTCGAACACAAGCTCAGGCCCTCCTCTCGACTGGCCTGTGTGTTTCTCACCTCTCTTCGCCCTCGCTGCGCGGGTGGACTTGGTGGATTACTTTTAAGGCTGGCAGATGATGGTCATGGTCAGTTACAGTT
GATTGGACCAGATTGCACATCATCATTTCTCCATTCACTCCGACACATTCTTTACTGGCGTTATCCTAAGGTCTTACCTTCTCTCTGCAGGTGTTTGTTTCTGATGGTCAGCCATCTAGGTCTTTGCCTATATTTGATGATGACTTTGTTACCATATATCCTCTTCAACTTAATGACAAGCTTTTGGTTTGTCCATGGTA
TGAACATGGAGTGCATGATTCTGAACGAATCGAAGTACAAAAGAATAATTTTGCAGATGCAAAGTCAAAAGGCAAGTATAATTCCTTTCTTGAAACCACTCCCTCTTCCAGCTATGAAAAGCTTGATAGTCCCACTTCTAGTGATTCTGAAGGCTCAAAATCATTGGAATCACAACATGAGAAGAGGAGTCTTAAGAGAC
GTTTGACTCAAGAGGATAGTTATCCCAAGATCAGTGAGGCCCCTAATAAAGATGCTGTTACCTACCAAGGAAAAAGGATTTCAGCAAAAGAAAAATTAAAGGTGAGGGGATTTGACAGCAGCAGTTCTGAGCAGTGTAGGTACCTGGATAGCAAGAAGAGGAAGAAGGATGGTTCAAGGGATCTTCTTGATTCAGACGTA
GTGGAGATCTACGAAGGGAAGGAAGGATGCTTACGTAGAGGTACAGCTATTGAACGCGTTCATGAACAGACCAAATGCCAATGGAGAGTGAACAACAAGTTGGAGAGGGAGCTACCTAATTTGCCAGATGGTGCAATCCCTGTGTACATTAAATGTCCATCAGGCACTGTGACTGTGATTGATGAAAAGACAATCAAGCA
AAACCAATTGGCTAGTGACAGTGGCCAAGATGATCAAACAGCATTAAAAGCTGGGGAACTGATTGGGTTTGTGTGCTATATGAAGAAGTTAAGATCAGCTTGTATAATAGTTAATTGTGAAACCCTAGAGTTAGCAGATGAACTGTCCCAGCATTCACTACTTAGTTGCATTTCCTGTTGCAAAACTGATAAAAATGGAA
GTAGCTGTTCATATTCCATTTCTGCAGTTATTCATTTATCTCCTCCTAGTGTGTTGAGATCTGAAAAATATATTTCATGGATGAGGCATCTCGCAGATGATATCTTGCATATAACCATGCAGGATGGGCCTTCTGAATATGGTTTCCTCTCTTCCTTCACAACTCTGGCTAAAATGAATATGGTTAACAAAGAAATCTTT
CCTCTCCCATTCAATGCTTCTCTACAAAAACATCAAACTGATGATGAGAACATAAATTTTTTTGGTTTTCGTAGGCAAGTCAAGACTGGTCAAATGCTTATGTGTGTAACATTTCAAAGGAATCTCAAAAGTGAAGTTCAAATGCTTATGTGTGTAACATTTCAAAGGAATCTCAAAAGTGAAGTTCAAGTGGTTGTGGA
TGACTCGATGTGTCGAGAAAAAATGAATGTAGAGTTCATACAGAAAACATTGGCTCAAAGAAAGCCTGATCTAACCAAAAAAATTAATAAGGTTGCAGAAGATGTTTTAGTCTCATCACAAAATGCTAGCATGCAGATGAGTGCAAACAAGTTATCAGCAATAGAACTAAGGGAGAAACTACTACAGCAGAGAAAGCTAG
CAAGCACTGATTCAACCACTAAAGGTGTTTGTGTTGTATCTTCCAACATCTCTAGTGCCAACAATCTGAATTGTGAAGGGCTTGGAAAAATTCGTAACTCGCTTTGTAATGGCAGAGAGGAATCTTCTCAATTCAAGTTGCTATTCCTAGGTACAGGATCTGCTGAGCCAAGCAAATACAGAGGAAGCAGTGGTATTCTT
CTGCAGATGCACAATAGCGGAGCAAGTATGTTGTTAGATGCAGGAGAGGGTGTTGCAGGACAGATTCTCAGGACTTTTGGCAAGCACAAAATGGAAATGGTAGTTAATGGACTTCAATGCGTGTGGATTTCACATAAGCATGCAGATCATGTTTTGGGGATCATATCCATCATTGCTACAAGGTCTGAGGGCGGCCCAGA
TCTTTTAGTTGTTGGATCAACAGCAGTTCATAAATGGCTTCTGGAGGTCAATCATGTCTACAGAAAACTGGGTTATTCTTTTCCTCCTTTCACATTTGTCCACTGTAAGGAGTTCATGGGTCATCAGCAGGGACGCAATATTTGTACAAGACTAGGATATGAGAATCCAGTTTCTAGAATGCTGGAAATTTTACAGTTAT
ACAACATGCAAAGTGTTTGGGTTGATCACTGCTTCGAGGCGTTTGGTCTTGTTTTGTCATCTATTAGTGGATGGTCTGTTGTTTACTCTGGGGATACAAGGCCATGCGAAAAGCTTATAAAAGCAGGAATGGGATGCACATTACTGATCCATGAAGCCACTTTTGAGGATAAATTTGAAAGTCATGCGAGGGTGAAACGG
CATAGTACTGTTTCAGAGGCGATAGAAGTGGgtgagcaaatgggcgctcggcatattattctcacacatttcagtaataggtctccaaaggtagttgttgcatatgtgattagtaggacagctcgattgagcattttgttctatttttgggttgttttccctccgaaaaaagaggatgaattttcgtgatgctaattata
tagcagtccatagatctattggcttctttattttttgccatctgccattttatatcttgttcattgctcctgcagGTAATGGGAATTGATATCCCAAAAAAATGGAAGTGTGTCCTTGG