sp|F4I4P3|MED23_ARATH ----> Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
Intron 1 GCATGAACAC ... TGCTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.65 | 14 | 0 | 3 |
| A2 | 23.08 | 10 | 0 | 3 |
| A3 | 23.08 | 10 | 0 | 3 |
| A4 | 28.57 | 5 | 0 | 2 |
| A5 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A6 | 15.69 | 43 | 1 | 8 |
| A7 | 14.71 | 29 | 1 | 5 |
| A8 | 13.79 | 50 | 0 | 8 |
| A9 | 14.29 | 30 | 0 | 5 |
| A10 | 17.39 | 19 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN46566_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformATTTTTTCCATTATCGCGTTTGCATAGCCCATGAGACTTTTACAGACAGACGGGCTTGCAACAGCTTTTCATGTGCAAGCATTGAAATGTATCTATTGTAGGTAAAGAAGCCAAAGAATTTCGCTTACTAGTCATGGAGGGTTTGAACAGTTCCAGAGGAGGAAGAGGGTCCTCTGTCCAGGCCATGAAAATTGCAGTCC
ATGAGCTCTTCAATCATTACTTGGGGCGGAGCTCCACACACAAAACCGAAGATGCGAGAGAAACCTCTTTTCAACTCCGCAAGCGGATCACTGCTATCAATAGAGATCCACGGCCAAGAAATGAGCAGTTTCTGCTCGATTTCCAGCAACTTCAGGGTCAATTTTCGGATCAGGACCAGCTACGGTCAGCAACAGAGTCT
GTGCTATTGGCTTTGATTGTGCAATGCAGTAGTCACACACTTCAGGCAGAGTTTCTTTTGTTTGCTTTGCAAATGTTGTCTGGCATAAATTTCATAAATTGGGATTCATTTCTATCATCTCTCCTTTCTTCTGTATCCGTGGCAGAAATTTCATCTGCCCAGAGTAGCCAAGCACATACTGGGATGCCATCAGTTGGCTC
ATCAGTGACAGGAAACACAATGCCAGGCATGACCATGCCTAATTCATCAATAGCACAATCTTCCAATCCAGCTTCCCCAATGACCTCATTGCATGTTATTGGATCACCTCCTCATGGGGTAACAGATCCAGCAACAAGTGTAAATCAATCTCCAGTTAAGGGTTCTGATCCATCCTCCAGTGGACAGCAGATCCCCTCAA
GGGGTACTGGATGCTCAAGGGGTACTGTAATGAGTTGTCTTCGTCAGCTCGTTTGCAAGGTTGTGCTAGCTGGACTTGAACATGATCTTAAACCTGTAACTCATGCTGACATCTTTTCACACATGCTCGATTGGCTGCTTAGCTGGAACCCAAGACAGCAAAATAGGGTTGATGAACATGACAGTACAAAGATTAGAAAA
TTTGACAGTGATTCTTTTGACTGGCTGCACAGTTGCTTGGCTGTTGTTTGGGCTTTGGTAGATGAGGATAGATGTCGCATACCATTCTATGAGCTGCTTCACAGTGGCATACAATTTGTAGATAATGTACCTGATGATGAGGCTTTATTTGCTTTGATCCTTGAAATTCATAGAAGGCGCGATAAAATTGCCATCCATAT
GCAAATGTTAGATCAACACCTGCATTGTCCTACTTTTGCGACCCTTCGAGTTGCACCTCAAATATATCCGAGCATCCCGGGAGAGCTGTCAGTAACATTTCGATCTTCCCCTTTAACATATCCCAGTGTTCTTGGAGAGCCATTGCATGGGGAGGATGTTGCGATTGCTATCCAAAGAGGTAGCATGGATTGGGAAAGAG
CTCTGCGTTGTCTAAGGCATGCTTTGCATACAATGCCATCTCCTGATTGGTGGAGACGGGTCCTGGTTATAGCTCCATGTTATAGGCAACATGTTCAGCAGCAATTGTCAGGTTATGGCATTGTTTTTTCTTCTGAAATGATCTGTGAAGCTGCAATTGATCGTATCATGGAACTCATGCAACCTTTGAGTACAGGTGTG
GCCATGAGCTCTAGTCCCAATGTATCTCTTGCAGAAGAAAATCGCTGGCAACAGTGGCTTGCATTTGCAGACCTTTTCTTCTTCCTTATGAAGAATGGGTACATAGACTTTCTCGACTTTGTAGATAAGCTTGCCACTCGATTCACCAGTGGCGAGCAGCAGATTGCTCGGACTAATCATGTAACATGGCTGTTAGCTCA
AGTGTTCCGGATTGACATCGCAACAAATGCTCTGAATACAGATTCAAAGAAGATGGAAACTGCACGAAAAATTCTTTCATTTCATAAAGAAGAGAGGCCATCAGATCAAACTTCAAGCAATACTCCGCAGAGCACACTGCTTGAGTTTATTAGTAGCAGTCAAACTTTGCGTGTGTGGTCAATTAATCCTTCAATTATGG
AAAATTTAAATACTGAACAACGTCAGAAGGGCAGACAGCTTGATGAATGGTGGAAGCAAGTATCTAAAGGAGAACGTCCTTTGGATTATCTGAACTTAGATGAGAAATCTACGGGTATGTTCTGGGTTCTTTCACATACAATGACTCAACCGGCTTGCGAGGCAATAATGAATTGGTTGAATTCTAATGGCATTGCTGAA
GTGTTGCTGCAAGGATCCATCAATCAGCTTAATGAGCGACTAGCCATGATGCGTGAGACACATGCTTTGCCAATATCATTACTTTCTGGCTTGTCTCTCCACTTATGCCTCCGACTTGCTAATCAGATTGAGGAGACAATGTTCTCTGGCCAGGTTGTGCCAAGCATTGCCATGGTGGAAACGTATGTGAGATTACTGCT
AATTGCACCACATTCATTGTTTCGTCTCCATTTTAATGTGCTGCAGCGTTTTCCATCAACATCAAGCAAAACTGGGGTTCAATTGCTTCTATTAGAAACTTTGAATTGTCGTCTCATTCCTCTCTACAGGTATCATGGAAAAGTTAAGCAGTTGATTTATGATGTTGCAAAGATAATAATCATGAATAAAGGGAAGCGTG
GGGAGCATCGTCTTTTCAGACTGGCAGAAAATTTATGCATCAACTTATTTCTTTGTTTGAGTGATATTATTCTTGTGAAGAAAGACCTCAAGGGCCCAACAGAGTTCACGGAGACTCTAAACAGGATAATGATAACTAATCTTGCTATCACTATAAAGACTCGTGGAATTGCAGAATTTGAACAGATGGTTTTCCTTCAG
CCATTAGTAGAGCAAATAATGTTAACAAGTAACCACACTTGGTCAGAGAAGACAATGCGGCATTTTCCTCCACTTATTCGTGATGCTCTCAGTGGACGCACGGAAAAACGGGTCCAGTTGATTCAAGCCTGGCAGCAGGCAGAGACAACTGTTTTAAATCAGTGTACACAACTGCTCTCTCTTTCTGATGAACCTACATA
TGTAGCTACATACATCAACCATAGCTTTCCTCAGCATCGGCAATATCTTTGTGCTGGGGCCTGGATGCTTATGGATGGACACCCCGAGGGCATCAACAGTGCAAATCTTGGCCGAGTTTTGAAGGAACTCTCCCCAGAGGAAGTTACTTCTAACATATATACCATGGTGGATGTCCTCCTCCACCATATTCAACTGCAAC
TACAACTTGGCCATAGCTTACAGGATCTACTTTTAAAGGCCAGTGCAAATTTGGCTTTCTTGATGTGGACTCATCAGCTGTTGCCATTAGATATTGTCCTTTTGGCCCTTATTGACAGAGATGATGATGCTTATGCCTTGCGCCTTGTGGTTGGTCTGCTTCTTGACAGGCAAGAGTTTCAAAAGAGAGTCCAACATTAC
TGCATGAATCGTGGTCCACCTGAGCATTGGCTTAAACCTGGCCCTTTTCAACGTATTGAACCTCAGCAAGCACTTGGCAATCACCTTGCAGGAAAGGATAGGTACCCCTTGTTTTTTGATGACATGGCAGTGCGTGGATTGCCAGTAATCCCCTTGATTATTTACAGGCTTATTGAGAATGATGCGACAGACACTGCAGA
GAGAGTTCTTGCTGCATATTCTGGACTCATGGTCTATCATCCCTTGCGATTCACATTTGTGCGTGGCATTCTTGCATATTTTCATGGTCACATCCCAAATAAGCTTGTCATGAGAATTCTAAGCATTCTTGACATTCCTAAGATTCCTTTCTCTGAAGCATTCCTACAACATATTGGCTCAACCAACTCTGGCTCATGCC
CACCATCTGACTATTTCACTAATCTACTGTTAGGCCTTGTGAATTATGTGATACCTCCTATCAGGTCAAGTGTATCCATGGGTGATAGCTCTGGTACATTTTCATGTACAGGAGGAAATAGGGCGCAAGCAGCAATCCAATCTATAGCATCAAATGTTCCCGAGTGTCAGAAAGTATTTTACCAAAATCAGGATCCTGGA
ACATACACACAGCTGTTGTTGGAAACTGCAGTTATTGAGATCTTGTCACTTCCTCCATCTGTTCCTCAGATAGTGTCCACACTAGTTCAAATAGTTGTACATGTGCAACCAACTCAAGTTCAGTCTAGCCATTCCGTGCAAGGTATGTCCAGTGGAATTAGCCAAAGCTCCATGTTGCCAACATCACCATCAGGTGGAAC
TGGAGATTCAATGAGTACAAATAAATCAACTGCATCAGCACCTGGGCTAAATGCTACTGGTACTGGCTTAGGGAATAGCAGTGCTGCTCAAGCTTCATCTTCCCTTATGATTCAAGCATGTGGCCTTTTGTTAGCACAGTTACCATCACCCTTTCATATGCAGTTTTATTTAGAAGCAGCCCGTGTAATCAAAGATTGCT
GGTGGCTCACGGATGTCACAAAGACCTCCTTGGAACTGGACTCTGCTTTTGGCTATGCTTTGTGGGATCCAACATGGGCTTTTCAAGACAACACTTCAACTACAATCGGAAATATTATTGCGTTGCTCCATGCTTTCTTTAGTAACCTGCCACATGAATGGCTAGAAGCAACACATACAATCATAAAGCATATGCGACCA
ATCACCACTATTGCACAGTTGCGAATAGCTTTTCGAATCATGGGACCCCTCCTGCCCCGCGTTGCAATTGCTCGGCCACTGTTTAAAAAGACATTGGCCTTGCTTTTCAGTGTATTGGCAGATGTTTTTGGGAGAAATTCTCAAGTATCAATTCCAGTTGAAGCGACCGAGATCTCAGATCTTATTGACTTCCTGCATCA
TGCTGTGCTCTATGAAGTACAAGGAACGACACAAAATGGCGCAAAGCCGAAGCCAGAGACTTTGAGCCTCTGTAGCAAAGCTGTAGAACATCTGCGCCCTGATCTGCAACACCTTCTTCGTCACTTAACAGCAGACCCCAACTCTTCAATCTATGCAGCAACTCATCCAAAGATAGTACAGAGGCCAACTTCACCTTTAC
CAGGTGTAGGTGTAGTGTAGAGATGATTTGATATCATATACTTTAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAGATAAATCAAGTGAATTCTCAAAACATGTATACATCAGAGTTGGTGAACGTTAACTACATTATCATCAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATACTATCTTGTAATATCTTTGTATTAATACAGCAATCGG
TTGTGCTATCTCAGTCATACAATCCTAGGTCATCTATTATCGCATCCAAGTGTTACTGTGGTGCTATAATACTCATAGATATTGCAATGGATTATTAATCCGGAGGTGTAGTGTAGAGATGATTTGATATCACACACTTCAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAAATCAAGTGAATTCTCAGAACATGTATACAGTG
TTAATGTGACCATCTGTTATGCTATCTTGTGATATCTTTGTGTTAACTGTTAATACAGCAATTTGTTGTGCTATCTCAATAGTCATACAATCCTATGTCATCTATTATGACATCCAAGTGTTACTGTGGTAATCTGTGGTGCCATAATTTGATATCTCATAGATGCTGTAATGGATTATTAATCGGG
>TRINITY_DN46566_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:CCACTGTTTAAAAAGgcatgaacacttcttctcctgtatattggcgttctcaagtacagaaacttataattttcaatggttacatggcatggcaagataatctcgcatggtttagtttgggaaatcatggcatcactgtgtatggagaatttaaataaaaaaacaatatgtttttcaactagtgattgtttcacgttctg
ctgtgcagACATTGGCCTTGCTTTTCAGTGTATTGGCAGATGTTTTTGGGAGAAATTCTCAAGTATCAATTCCAGTTGAAGCGACCGAGATCTCAGATCTTATTGACTTCCTGCATCATGCTGTGCTCTATGAAGTACAAGGAACGACACAAAATGGCGCAAAGCCGAAGCCAGAGACTTTGAGCCTCTGTAGCAAAGCT
GTAGAACATCTGCGCCCTGATCTGCAACACCTTCTTCGTCACTTAACAGCAGACCCCAACTCTTCAATCTATGCAGCAACTCATCCAAAGATAGTACAGAGGCCAACTTCACCTTTACCAGGTGTAGGTGTAGTGTAGAGATGATTTGATATCATATACTTTAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAGATAAATCAAG
TGAATTCTCAAAACATGTATACATCAGAGTTGGTGAACGTTAACTACATTATCATCAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATACTATCTTGTAATATCTTTGTATTAATACAGCAATCGGTTGTGCTATCTCAGTCATACAATCCTAGGTCATCTATTATCGCATCCAAGTGTTACTGTGGTGCTATAATACTCATAGATAT
TGCAATGGATTATTAATCCGGAGGTGTAGTGTAGAGATGATTTGATATCACACACTTCAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAAATCAAGTGAATTCTCAGAACATGTATACAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATGCTATCTTGTGATATCTTTGTGTTAACTGTTAATACAGCAATTTGTTGTGCTATCTCAATAG
TCATACAATCCTATGTCATCTATTATGACATCCAAGTGTTACTGTGGTAATCTGTGGTGCCATAATTTGATATCTCATAGATGCTGTAATGGATTATTAATCGGG
Intron 2 GTAACTAATG ... TGTATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.51 | 18.8 | 0 | 3 |
| A2 | 10.76 | 25.3 | 4 | 2 |
| A3 | 5.78 | 25 | 0 | 3 |
| A4 | 19.1 | 21.3 | 4 | 6 |
| A5 | 0 | 7.5 | 0 | 0 |
| A6 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A7 | 9.94 | 9.3 | 0 | 2 |
| A8 | 0 | 0.8 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 5.8 | 0 | 0 |
| A10 | 18.88 | 11 | 0 | 5 |
>TRINITY_DN105322_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformCTTTGATACCAGATGACAACAAAGTCAAATTTTTTCCATTATCGCGTTTGCATAGCCCATGAGACTTTTACAGACAGACGGGCTTGCAACAGCTTTTCATGTGCAGGCATTGAAATGTATCTATTGTAGGTAAAGAAGCCAAAGAATTACGCTTACTAGTCATGGAGGGTTTGAACAGTTCCAGAGGAGGAAGAGGGTCC
TCTGTCCAGGCCATGAAAATTGCAGTCCATGAGCTCTTCAATCATTACTTGGGGCGGAGCTCCACACACAAAACCGAAGATGCGAGAGAAACCTCTTTTCAACTCCGCAAGCGGATCACTGCTATCAATAGAGATCCACGGCCAAGAAATGAGCAGTTTCTGCTCGATTTCCAGCAACTTCAGGGTCAATTTTCGGATCA
GGACCAGCTACGGTCAGCAACAGAGTCTGTGCTATTGGCTTTGATTGTGCAATGCAGTAGTCACACACTTCAGGCAGAGTTTCTTTTGTTTGCTTTGCAAATGTTGTCTGGCATAAATTTCATAAATTGGGATTCATTTCTATCATCTCTCCTTTCTTCTGTATCTGTGGCAGAAATTTCATCTGCCCAGAGTAGCCAAG
CACATACTGGGATGCCATCAGTTGGCTCATCAGTGACAGGAAACACAATGCCAGGCATGACTATGCCTAATTCATCAATAGCACAATCTTCCAATCCAGCTTCCCCAATGACCTCATTGCATGTTATTGGATCACCTCCTCATGGGGTAACAGATCCAGCAACAAGTGTAAATCAATCTCCAGTTAAGGGTTCTGATCCA
TCCTCCAGTGGACAGCAGATCCCCTCAAGGGGTACTGGATGCTCAAGGGGTACTGTAATGAGTTGTCTTCGTCAGCTCGTTTGCAAGGTTGTGCTAGCTGGACTTGAACATGATCTTAAACCTGTAACTCATGCTGACATCTTTTCACACATGCTCGATTGGCTGCTTAGCTGGAACCCAAGACAGCAAAATAGGGTTGA
TGAACATGACAGTACAAAGATTAGAAAATTTGACAGTGATTCTTTTGACTGGCTGCACAGTTGCTTGGCTGTTGTTTGGGCTTTGGTAGATGAGGATAGATGTCGCATACCATTCTATGAGCTGCTTCACAGTGGCATACAATTTGTAGATAATGTACCTGATGATGAGGCTTTATTTGCTTTGATCCTTGAAATTCATA
GAAGGCGCGATAAAATTGCCATCCATATGCAAATGTTAGATCAACACCTGCATTGTCCTACTTTTGCGACCCTTCGAGTTGCACCTCAAATATATCCGAGCATCCCGGGAGAGCTGTCAGTAACATTTCGATCTTCCCCTTTAACATATCCCAGTGTTCTTGGAGAGCCATTGCATGGGGAGGATGTTGCGATTGCTATC
CAAAGAGGTAGCATGGATTGGGAAAGAGCTCTGCGTTGTCTAAGGCATGCTTTGCATACAATGCCATCTCCTGATTGGTGGAGACGGGTCCTGGTTATAGCTCCATGTTATAGGCAACATGTTCAGCAGCAATTGTCAGGTTATGGCATTGTTTTTTCTTCTGAAATGATCTGTGAAGCTGCAATTGATCGTATCATGGA
ACTCATGCAGCCTTTGAGTACAGGTGTGGCGATGAGCTCTAGTCCCAATGTATCTCTTGCAGAAGAAAATCGCTGGCAACAGTGGCTTGCATTTGCAGACCTTTTCTTCTTCCTTATGAAGAATGGGTACATAGACTTTCTCGACTTTGTAGATAAGCTTGCCACTCGATTCACCAGTGGCGAGCAGCAGATTGCTCGGA
CTAATCATGTAACATGGCTGTTAGCTCAAGTGTTCCGGATTGACATCGCAACAAATGCTCTGAATACAGATTCAAAGAAGATGGAAACTGCACGAAAAATTCTTTCATTTCATAAAGAAGAGAGGCCATCAGATCAAACTTCAAGCAATACTCCGCAGAGCACACTGCTTGAGTTTATTAGTAGCAGTCAAACTTTGCGT
GTGTGGTCAATTAATCCTTCAATTATGGAAAATTTAAATACTGAACAACGTCAGAAGGGCAGACAGCTTGATGAATGGTGGAAGCAAGTATCTAAAGGAGAACATCCTTTGGATTATCTGAACTTAGATGAGAAATCTACGGGTATGTTCTGGGTTCTTTCACATACAATGACTCAACCGGCTTGCGAGGCAATAATGAA
TTGGTTGAATTCTAATGGCATTGCTGAAGTGTTGCTGCAAGGATCCATCAATCAGCTTAATGAGCGACTAGCCATGATGCGTGAGACACATGCTTTGCCAATATCATTACTTTCTGGCTTGTCTCTCCACTTATGCCTCCGACTTGCTAATCAGATTGAGGAGACAATGTTCTCTGGCCAGGTTGTGCCAAGCATTGCCA
TGGTGGAAACGTATGTGAGATTACTGCTAATTGCACCACATTCATTGTTTCGTCTCCATTTTAATGTGCTGCAGCGTTTTCCATCAACATCAAGCAAAACTGGGGTTCAATTGCTTCTATTAGAAACTTTGAATTGTCGTCTCATTCCTCTCTACAGGTATCATGGAAAAGTTAAGCAGTTGATTTATGATGTTGCAAAG
ATAATAATCATGAATAAAGGGAAGCGTGGGGAGCATCGTCTTTTCAGACTGGCAGAAAATTTATGCATCAACTTATTTCTTTGTTTGAGTGATATTATTCTTGTGAAGAAAGACCTCAAGGGCCCAACAGATTTCACGGAGACTCTAAATAGGATAATGATAACTAATCTTGCTATCACTATAAAGACTCGTGGAATTGC
AGAATTTGAACAGATGGTTTTCCTTCAGCCATTAGTAGAGCAAATAATGTTAACAAGTAACCACACTTGGTCAGAGAAGACAATGCGGCATTTTCCTCCACTTATTCGTGATGCTCTCAGTGGACGCACGGAAAAACGGGTCCAGTTGATTCAAGCCTGGCAGCAGGCAGAGACAACTGTTTTAAATCAGTGTACACAAC
TGCTCTCTCTTTCTGATGAACCTACATATGTAGCTACATACATCAACCATAGCTTTCCTCAGCATCGGCAATATCTTTGTGCTGGGGCCTGGATGCTTATGGATGGACACCCCGAGGGCATCAACAGTGCAAATCTTGGCCGAGTTTTGAAGGAACTCTCCCCAGAGGAAGTTACTTCTAACATATATACCATGGTGGAT
GTCCTCCTCCACCATATTCAACTGCAACTACAACTTGGCCATAGCTTACAGGATCTACTTTTAAAGGCCAGTGCAAATTTGGCTTTCTTGATGTGGACTCATCAGCTGTTGCCATTAGATATTGTCCTTTTGGCCCTTATTGACAGAGATGATGATGCTTATGCCTTGCGCCTTGTGGTTGGTCTGCTTCTTGACAGGCA
AGAGTTTCAAAAGAGAGTCCAACATTACTGCATGAATCGTGGTCCACCTGAGCATTGGCTTAAACCTGGCCCTTTTCAACGTATTGAACCTCAGCAAGCACTTGGCAATCATCTTGCAGGAAAGGATAGGTACCCCTTGTTTTTTGATGACATGGCAGTGCGTGGATTGCCAGTAATCCCCTTGATTATTTACAGGCTTA
TTGAGAATGATGCGACAGACACTGCAGAGAGAGTTCTTGCTGCATATTCTGGACTCATGGTCTATCATCCCTTGCGATTCACATTTGTGCGTGGCATTCTTGCATATTTTCATGGTCACATCCCAAATAAGCTTGTCATGAGAATTCTAAGCATTCTTGACATTCCTAAGATTCCTTTCTCTGAAGCATTCCTACAACAT
ATTGGCTCAACCAACTCTGGCTCATGCCCACCATCTGACTATTTCACTAATCTACTGTTAGGCCTTGTGAATTATGTGATACCTCCTATCAGGTCAAGTGTATCCATGGGTGATAGCTCTGGTACATTTTCATGTACAGGAGGAAATAGGGCGCAAGCAGCAATCCAATCTATAGCATCAAATGTTCCCGAGTGTCAGAA
AGTATTTTACCAAAATCAGGATCCTGGAACATACACACAGCTGTTGTTGGAAACTGCAGTTATTGAGATCTTGTCACTTCCTCCATCTGTTCCTCAGATAGTGTCCACACTAGTTCAAATAGTTGTACATGTGCAACCAACTCAAGTTCAGTCTAGCCATTCCGTGCAAGGTATGTCCAGTGGAATTAGCCAAAGCTCCA
TGTTGCCAACATCACCATCGGGTGGAACTGGAGATTCAATGAGTACAAATAAATCAACTGCATCAGCACCTGGGCTAAATGCTACTGGTACTGGCTTAGGGAATAGCAGTGCTGCTCAAGCTTCATCTTCCCTTATGATTCAAGCATGTGGCCTTTTGTTAGCACAGTTACCATCACCCTTTCATATGCAGTTTTATTTA
GAAGCAGCCCGTGTAATCAAAGATTGCTGGTGGCTCACGGATGTCACAAAGACCTCCTTGGAACTGGACTCTGCTTTTGGCTATGCTTTGTGGGATCCAACATGGGCTTTTCAAGACAACACTTCAACTACAATCGGAAATATTATTGCGTTGCTCCATGCTTTCTTTAGTAACCTGCCACATGAATGGCTAGAAGCAAC
ACATACAATCATAAAGCATATGCGACCAATCACCACTATTGCACAGTTGCGAATAGCTTTTCGAATCATGGGACCCCTCCTGCCCCGCGTTGCAATTGCTCGGCCACTGTTTAAAAAGACATTGGCCTTGCTTTTCAGTGTATTGGCAGATGTTTTTGGGAGAAATTCTCAAGTATCAATTCCAGTTGAAGCGACCGAGA
TCTCAGATCTTATTGACTTCCTGCATCATGCTGTGCTCTATGAAGTACAAGGAACGACACAAAATGGCGCAAAGCCGAAGCCAGAGACTTTGAGCCTCTGTAGCAAAGCTGTAGAACATCTGCGCCCTGATCTGCAACACCTTCTTCGTCACTTAACAGCAGACCCCAACTCTTCAATCTATGCAGCAACTCATCCAAAG
ATAGTACAGAGGCCAACTTCACCTTTACCAGGTGTAGGTGTAGTGTAGAGATGATTTGATATCATATACTTTAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAGATAAATCAAGTGAATTCTCAAAACATGTATACATCAGAGTTGGTGAACGTTAACTACATTATCATCAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATACTATCTTGT
AATATCTTTGTATTAATACAGCAATCGGTTGTGCTATCTCAGTCATACAATCCTAGGTCATCCATTATCGCATCCAAGTGTTACTTTGGTGCTATAATACTCATAGATATTGCAATGGATTATTAATCCGGAGGTCTAGTGTAGAGATGATTTGATATCACACACTTCAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAAATCA
AGTGAATTCTCAGAACATGTATACAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATGCTATCTTGTGATATCTTTGTGTTAACTGTTAATAAAGCAATTTGTG
>TRINITY_DN105322_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTTTCAACTCCGCAAGCGGATCACTGCTATCAATAGAGATCCACGGCCAAGAAATGAGCAGTTTCTGCTCGATTTCCAGCAACTTCAGGGTCAATTTTCGgtaactaatgcactaatttgaattgatttccagggttatcttttatgaatgccaattattcttcctatagttgaaaggtttcccatgcagtatatttagt
cttactatctaacctcttcacatttctaacatggcatttataatattgatcatgtagaggctagaaatatgtagtgcttgcacagtattttatcttcatcaatttcgtttaacagcgttgtttattgacatgtatttcagGATCAGGACCAGCTACGGTCAGCAACAGAGTCTGTGCTATTGGCTTTGATTGTGCAATGC
AGTAGTCACACACTTCAGGCAGAGTTTCTTTTGTTTGCTTTGCAAATGTTGTCTGGCATAAATTTCATAAATTGGGATTCATTTCTATCATCTCTCCTTTCTTCTGTATCTGTGGCAGAAATTTCATCTGCCCAGAGTAGCCAAGCACATACTGGGATGCCATCAGTTGGCTCATCAGTGACAGGAAACACAATGCCAGG
CATGACTATGCCTAATTCATCAATAGCACAATCTTCCAATCCAGCTTCCCCAATGACCTCATTGCATGTTATTGGATCACCTCCTCATGGGGTAACAGATCCAGCAACAAGTGTAAATCAATCTCCAGTTAAGGGTTCTGATCCATCCTCCAGTGGACAGCAGATCCCCTCAAGGGGTACTGGATGCTCAAGGGGTACTG
TAATGAGTTGTCTTCGTCAGCTCGTTTGCAAGGTTGTGCTAGCTGGACTTGAACATGATCTTAAACCTGTAACTCATGCTGACATCTTTTCACACATGCTCGATTGGCTGCTTAGCTGGAACCCAAGACAGCAAAATAGGGTTGATGAACATGACAGTACAAAGATTAGAAAATTTGACAGTGATTCTTTTGACTGGCTG
CACAGTTGCTTGGCTGTTGTTTGGGCTTTGGTAGATGAGGATAGATGTCGCATACCATTCTATGAGCTGCTTCACAGTGGCATACAATTTGTAGATAATGTACCTGATGATGAGGCTTTATTTGCTTTGATCCTTGAAATTCATAGAAGGCGCGATAAAATTGCCATCCATATGCAAATGTTAGATCAACACCTGCATTG
TCCTACTTTTGCGACCCTTCGAGTTGCACCTCAAATATATCCGAGCATCCCGGGAGAGCTGTCAGTAACATTTCGATCTTCCCCTTTAACATATCCCAGTGTTCTTGGAGAGCCATTGCATGGGGAGGATGTTGCGATTGCTATCCAAAGAGGTAGCATGGATTGGGAAAGAGCTCTGCGTTGTCTAAGGCATGCTTTGC
ATACAATGCCATCTCCTGATTGGTGGAGACGGGTCCTGGTTATAGCTCCATGTTATAGGCAACATGTTCAGCAGCAATTGTCAGGTTATGGCATTGTTTTTTCTTCTGAAATGATCTGTGAAGCTGCAATTGATCGTATCATGGAACTCATGCAGCCTTTGAGTACAGGTGTGGCGATGAGCTCTAGTCCCAATGTATCT
CTTGCAGAAGAAAATCGCTGGCAACAGTGGCTTGCATTTGCAGACCTTTTCTTCTTCCTTATGAAGAATGGGTACATAGACTTTCTCGACTTTGTAGATAAGCTTGCCACTCGATTCACCAGTGGCGAGCAGCAGATTGCTCGGACTAATCATGTAACATGGCTGTTAGCTCAAGTGTTCCGGATTGACATCGCAACAAA
TGCTCTGAATACAGATTCAAAGAAGATGGAAACTGCACGAAAAATTCTTTCATTTCATAAAGAAGAGAGGCCATCAGATCAAACTTCAAGCAATACTCCGCAGAGCACACTGCTTGAGTTTATTAGTAGCAGTCAAACTTTGCGTGTGTGGTCAATTAATCCTTCAATTATGGAAAATTTAAATACTGAACAACGTCAGA
AGGGCAGACAGCTTGATGAATGGTGGAAGCAAGTATCTAAAGGAGAACATCCTTTGGATTATCTGAACTTAGATGAGAAATCTACGGGTATGTTCTGGGTTCTTTCACATACAATGACTCAACCGGCTTGCGAGGCAATAATGAATTGGTTGAATTCTAATGGCATTGCTGAAGTGTTGCTGCAAGGATCCATCAATCAG
CTTAATGAGCGACTAGCCATGATGCGTGAGACACATGCTTTGCCAATATCATTACTTTCTGGCTTGTCTCTCCACTTATGCCTCCGACTTGCTAATCAGATTGAGGAGACAATGTTCTCTGGCCAGGTTGTGCCAAGCATTGCCATGGTGGAAACGTATGTGAGATTACTGCTAATTGCACCACATTCATTGTTTCGTCT
CCATTTTAATGTGCTGCAGCGTTTTCCATCAACATCAAGCAAAACTGGGGTTCAATTGCTTCTATTAGAAACTTTGAATTGTCGTCTCATTCCTCTCTACAGGTATCATGGAAAAGTTAAGCAGTTGATTTATGATGTTGCAAAGATAATAATCATGAATAAAGGGAAGCGTGGGGAGCATCGTCTTTTCAGACTGGCAG
AAAATTTATGCATCAACTTATTTCTTTGTTTGAGTGATATTATTCTTGTGAAGAAAGACCTCAAGGGCCCAACAGATTTCACGGAGACTCTAAATAGGATAATGATAACTAATCTTGCTATCACTATAAAGACTCGTGGAATTGCAGAATTTGAACAGATGGTTTTCCTTCAGCCATTAGTAGAGCAAATAATGTTAACA
AGTAACCACACTTGGTCAGAGAAGACAATGCGGCATTTTCCTCCACTTATTCGTGATGCTCTCAGTGGACGCACGGAAAAACGGGTCCAGTTGATTCAAGCCTGGCAGCAGGCAGAGACAACTGTTTTAAATCAGTGTACACAACTGCTCTCTCTTTCTGATGAACCTACATATGTAGCTACATACATCAACCATAGCTT
TCCTCAGCATCGGCAATATCTTTGTGCTGGGGCCTGGATGCTTATGGATGGACACCCCGAGGGCATCAACAGTGCAAATCTTGGCCGAGTTTTGAAGGAACTCTCCCCAGAGGAAGTTACTTCTAACATATATACCATGGTGGATGTCCTCCTCCACCATATTCAACTGCAACTACAACTTGGCCATAGCTTACAGGATC
TACTTTTAAAGGCCAGTGCAAATTTGGCTTTCTTGATGTGGACTCATCAGCTGTTGCCATTAGATATTGTCCTTTTGGCCCTTATTGACAGAGATGATGATGCTTATGCCTTGCGCCTTGTGGTTGGTCTGCTTCTTGACAGGCAAGAGTTTCAAAAGAGAGTCCAACATTACTGCATGAATCGTGGTCCACCTGAGCAT
TGGCTTAAACCTGGCCCTTTTCAACGTATTGAACCTCAGCAAGCACTTGGCAATCATCTTGCAGGAAAGGATAGGTACCCCTTGTTTTTTGATGACATGGCAGTGCGTGGATTGCCAGTAATCCCCTTGATTATTTACAGGCTTATTGAGAATGATGCGACAGACACTGCAGAGAGAGTTCTTGCTGCATATTCTGGACT
CATGGTCTATCATCCCTTGCGATTCACATTTGTGCGTGGCATTCTTGCATATTTTCATGGTCACATCCCAAATAAGCTTGTCATGAGAATTCTAAGCATTCTTGACATTCCTAAGATTCCTTTCTCTGAAGCATTCCTACAACATATTGGCTCAACCAACTCTGGCTCATGCCCACCATCTGACTATTTCACTAATCTAC
TGTTAGGCCTTGTGAATTATGTGATACCTCCTATCAGGTCAAGTGTATCCATGGGTGATAGCTCTGGTACATTTTCATGTACAGGAGGAAATAGGGCGCAAGCAGCAATCCAATCTATAGCATCAAATGTTCCCGAGTGTCAGAAAGTATTTTACCAAAATCAGGATCCTGGAACATACACACAGCTGTTGTTGGAAACT
GCAGTTATTGAGATCTTGTCACTTCCTCCATCTGTTCCTCAGATAGTGTCCACACTAGTTCAAATAGTTGTACATGTGCAACCAACTCAAGTTCAGTCTAGCCATTCCGTGCAAGGTATGTCCAGTGGAATTAGCCAAAGCTCCATGTTGCCAACATCACCATCGGGTGGAACTGGAGATTCAATGAGTACAAATAAATC
AACTGCATCAGCACCTGGGCTAAATGCTACTGGTACTGGCTTAGGGAATAGCAGTGCTGCTCAAGCTTCATCTTCCCTTATGATTCAAGCATGTGGCCTTTTGTTAGCACAGTTACCATCACCCTTTCATATGCAGTTTTATTTAGAAGCAGCCCGTGTAATCAAAGATTGCTGGTGGCTCACGGATGTCACAAAGACCT
CCTTGGAACTGGACTCTGCTTTTGGCTATGCTTTGTGGGATCCAACATGGGCTTTTCAAGACAACACTTCAACTACAATCGGAAATATTATTGCGTTGCTCCATGCTTTCTTTAGTAACCTGCCACATGAATGGCTAGAAGCAACACATACAATCATAAAGCATATGCGACCAATCACCACTATTGCACAGTTGCGAATA
GCTTTTCGAATCATGGGACCCCTCCTGCCCCGCGTTGCAATTGCTCGGCCACTGTTTAAAAAGACATTGGCCTTGCTTTTCAGTGTATTGGCAGATGTTTTTGGGAGAAATTCTCAAGTATCAATTCCAGTTGAAGCGACCGAGATCTCAGATCTTATTGACTTCCTGCATCATGCTGTGCTCTATGAAGTACAAGGAAC
GACACAAAATGGCGCAAAGCCGAAGCCAGAGACTTTGAGCCTCTGTAGCAAAGCTGTAGAACATCTGCGCCCTGATCTGCAACACCTTCTTCGTCACTTAACAGCAGACCCCAACTCTTCAATCTATGCAGCAACTCATCCAAAGATAGTACAGAGGCCAACTTCACCTTTACCAGGTGTAGGTGTAGTGTAGAGATGAT
TTGATATCATATACTTTAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAGATAAATCAAGTGAATTCTCAAAACATGTATACATCAGAGTTGGTGAACGTTAACTACATTATCATCAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATACTATCTTGTAATATCTTTGTATTAATACAGCAATCGGTTGTGCTATCTCAGTCATACAATCCTA
GGTCATCCATTATCGCATCCAAGTGTTACTTTGGTGCTATAATACTCATAGATATTGCAATGGATTATTAATCCGGAGGTCTAGTGTAGAGATGATTTGATATCACACACTTCAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAAATCAAGTGAATTCTCAGAACATGTATACAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATGCTATCT
TGTGATATCTTTGTGTTAACTGTTAATAAAGCAATTTGTG
Intron 3 GTATGTTCTG ... ATTGCTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.5 | 15 | 16 | 34 |
| A2 | 72.31 | 9 | 29 | 18 |
| A3 | 86.67 | 3 | 18 | 21 |
| A4 | 85.19 | 4 | 25 | 21 |
| A5 | 87.88 | 2 | 18 | 11 |
| A6 | 60 | 2 | 3 | 3 |
| A7 | 78.72 | 5 | 15 | 22 |
| A8 | 83.33 | 1 | 5 | 5 |
| A9 | 61.9 | 4 | 4 | 9 |
| A10 | 69.7 | 5 | 14 | 9 |
>TRINITY_DN127974_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformAGAACGTCCTTTGGATTATCTGAACTTAGATGAGAAATCTACGGTGTTGCTGCAAGGATCCATCAATCAGCTTAATGAGCGACTAGCCATGATGCGTGAGACACATGCTTTGCCAATATCATTACTTTCTGGCTTGTCTCTCCACTTATGCCTCCGACTTGCTAATCAGATTGAGGAGACAATGTTCTCTGGCCAGGTTG
TGCCAAGCATTGCCATGGTGGAAACGTATGTGAGATTACTGCTAATTGCACCACATTCATTGTTTCGTCTCCATTTTAATGTGCTGCAGCGTTTTCCATCAACATCAAGCAAAACTGGGGTTCAATTGCTTCTATTAGAAACTTTGAATTGTCGTCTCATTCCTCTCTACAGGTATCATGGAAAAGTTAAGCAGTTGATT
TATGATGTTGCAAAGATAATAATCATGAATAAAGGGAAGCGTGGGGAGCATCGTCTTTTCAGACTGGCAGAAAATTTATGCATCAACTTATTTCTTTGTTTGAGTGATATTATTCTTGTGAAGAAAGACCTCAAGGGCCCAACAGAGTTCACGGAGACTCTAAACAGGATAATGATAACTAATCTTGCTATCACTATAAA
GACTCGTGGAATTGCAGAATTTGAACAGATGGTTTTCCTTCAGCCATTAGTAGAGCAAATAATGTTAACAAGTAACCACACTTGGTCAGAGAAGACAATGCGGCATTTTCCTCCACTTATTCGTGATGCTCTCAGTGGACGCACGGAAAAACGGGTCCAGTTGATTCAAGCCTGGCAGCAGGCAGAGACAACTGTTTTAA
ATCAGTGTACACAACTGCTCTCTCTTTCTGATGAACCTACATATGTAGCTACATACATCAACCATAGCTTTCCTCAGCATCGGCAATATCTTTGTGCTGGGGCCTGGATGCTTATGGATGGACACCCCGAGGGCATCAACAGTGCAAATCTTGGCCGAGTTTTGAAGGAACTCTCCCCAGAGGAAGTTACTTCTAACATA
TATACCATGGTGGATGTCCTCCTCCACCATATTCAACTGCAACTACAACTTGGCCATAGCTTACAGGATCTACTTTTAAAGGCCAGTGCAAATTTGGCTTTCTTGATGTGGACTCATCAGCTGTTGCCATTAGATATTGTCCTTTTGGCCCTTATTGACAGAGATGATGATGCTTATGCCTTGCGCCTTGTGGTATGTTA
CGGAACCAAGTATTGATCTGGTGAATTGCATAAATCATTTTCTGGAATCTCCATGCTGGTTATTGAATGTATATTAGACAAACACCATTACATAGATATAAACTCTCAACCAAAAGTAGACAGAATTAGTAGCAAACCATGGACTGAAGTCTAAATGCATCTGAATGACAATTTGAAGTGGCTTTGTTATTAATCTTTGC
GATCATGAAATGTGAAAACATG
>TRINITY_DN127974_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTTCCATTTCCATTACTATATCCAATTGTAATACTTATTACCCGGATCTTTGATACCAGATGACAACAAAGTCAAATTTTTTCCATTATCGCGTTTGCATAGCCCATGAGACTTTTACAGACAGACGGGCTTGCAACAGCTTTTCATGTGCAGGCATTGAAATGTATCTATTGTAGGTAAAGAAGCCAAAGAATTACG
CTTACTAGTCATGGAGGGTTTGAACAGTTCCAGAGGAGGAAGAGGGTCCTCTGTCCAGGCCATGAAAATTGCAGTCCATGAGCTCTTCAATCATTACTTGGGGCGGAGCTCCACACACAAAACCGAAGATGCGAGAGAAACCTCTTTTCAACTCCGCAAGCGGATCACTGCTATCAATAGAGATCCACGGCCAAGAAATG
AGCAGTTTCTGCTAGATTTCCAGCAACTTCAGGGTCAATTTTCGGATCAGGACCAGCTACGGTCAGCAACAGAGTCTGTGCTATTGGCTTTGATTGTGCAATGCAGTAGTCACACACTTCAGGCAGAGTTTCTTTTGTTTGCTTTGCAAATGTTGTCTGGCATAAATTTCATAAATTGGGATTCATTTCTATCATCTCTC
CTTTCTTCTGTATCTGTGGCAGAAATTTCATCTGCCCAGAGTAGCCAAGCACATACTGGGATGCCATCAGTTGGCTCATCAGTGACAGGAAACACAATGCCAGGCATGACTATGCCTAATTCATCAATAGCACAATCTTCCAATCCAGCTTCCCCAATGACCTCATTGCATGTTATTGGATCACCTCCTCATGGGGTAAC
AGATCCAGCAACAAGTGTAAATCAATCTCCAGTTAAGGGTTCTGATCCATCCTCCAGTGGACAGCAGATCCCCTCAAGGGGTACTGGATGCTCAAGGGGTACTGTAATGAGTTGTCTTCGTCAGCTCGTTTGCAAGGTTGTGCTAGCTGGACTTGAACATGATCTTAAACCTGTAACTCATGCTGACATCTTTTCACACA
TGCTCGATTGGCTGCTTAGCTGGAACCCAAGACAGCAAAATAGGGTTGATGAACATGACAGTACAAAGATTAGAAAATTTGACAGTGATTCTTTTGACTGGCTGCACAGTTGCTTGGCTGTTGTTTGGGCTTTGGTAGATGAGGATAGATGTCGCATACCATTCTATGAGCTGCTTCACAGTGGCATACAATTTGTAGAT
AATGTACCTGATGATGAGGCTTTATTTGCTTTGATCCTTGAAATTCATAGAAGGCGCGATAAAATTGCCATCCATATGCAAATGTTAGATCAACACCTGCATTGTCCTACTTTTGCGACCCTTCGAGTTGCACCTCAAATATATCCGAGCATCCCGGGAGAGCTGTCAGTAACATTTCGATCTTCCCCTTTAACATATCC
CAGTGTTCTTGGAGAGCCATTGCATGGGGAGGATGTTGCGATTGCTATCCAAAGAGGTAGCATGGATTGGGAAAGAGCTCTGCGTTGTCTAAGGCATGCTTTGCATACAATGCCATCTCCTGATTGGTGGAGACGGGTCCTGGTTATAGCTCCATGTTATAGGCAACATGTTCAGCAGCAATTGTCAGGTTATGGCATTG
TTTTTTCTTCTGAAATGATCTGTGAAGCTGCAATTGATCGTATCATGGAACTCATGCAACCTTTGAGTACAGGTGTGGCCATGAGCTCTAGTCCCAATGTATCTCTTGCAGAAGAAAATCGCTGGCAACAGTGGCTTGCATTTGCAGACCTTTTCTTCTTCCTTATGAAGAATGGGTACATAGACTTTCTCGACTTTGTA
GATAAGCTTGCCACTCGATTCACCAGTGGCGAGCAGCAGATTGCTCGGACTAATCATGTAACATGGCTGTTAGCTCAAGTGTTCCGGATTGACATCGCAACAAATGCTCTGAATACAGATTCAAAGAAGATGGAAACTGCACGAAAAATTCTTTCATTTCATAAAGAAGAGAGGCCATCAGATCAAACTTCAAGCAATAC
TCCGCAGAGCACACTGCTTGAGTTTATTAGTAGCAGTCAAACTTTGCGTGTGTGGTCAATTAATCCTTCAATTATGGAAAATTTAAATACTGAACAACGTCAGAAGGGCAGACAGCTTGATGAATGGTGGAAGCAAGTATCTAAAGGAGAACGTCCTTTGGATTATCTGAACTTAGATGAGAAATCTACGGgtatgttct
gggttctttcacatacaatgactcaaccggcttgcgaggcaataatgaattggttgaattctaatggcattgctgaagTGTTGCTGCAAGGATCCATCAATCAGCTTAATGAGCGACTAGCCATGATGCGTGAGACACATGCTTTGCCAATATCATTACTTTCTGGCTTGTCTCTCCACTTATGCCTCCGACTTGCTAAT
CAGATTGAGGAGACAATGTTCTCTGGCCAGGTTGTGCCAAGCATTGCCATGGTGGAAACGTATGTGAGATTACTGCTAATTGCACCGCATTCTTTGTTTCGTCTCCATTTTAATGTGCTGCAGCGTTTTCCATCAACATCAAGCAAAACTGGGGTTCAATTGCTTCTATTAGAAACTTTGAATTGTCGTCTCATTCCTCT
CTACAGGTATCATGGAAAAGTTAAGCAGTTGATTTATGATGTTGCAAAGATAATAATCATGAATAAAGGGAAGCGTGGGGAGCATCGTCTTTTCAGACTGGCAGAAAATTTATGCATCAACTTATTTCTTTGTTTGAGTGATATTATTCTTGTGAAGAAAGACCTCAAGGGCCCAACAGAGTTCACGGAGACTCTAAACA
GGATAATGATAACTAATCTTGCTATCACTATAAAGACTCGTGGAATTGCAGAATTTGAACAGATGGTTTTCCTTCAGCCATTAGTAGAGCAAATAATGTTAACAAGTAACCACACTTGGTCAGAGAAGACAATGCGGCATTTTCCTCCACTTATTCGTGATGCTCTCAGTGGACGCACGGAAAAACGGGTCCAGTTGATT
CAAGCCTGGCAGCAGGCAGAGACAACTGTTTTAAATCAGTGTACACAACTGCTCTCTCTTTCTGATGAACCTACATATGTAGCTACATACATCAACCATAGCTTTCCTCAGCATCGGCAATATCTTTGTGCTGGGGCCTGGATGCTTATGGATGGACACCCCGAGGGCATCAACAGTGCAAATCTTGGCCGAGTTTTGAA
GGAACTCTCCCCAGAGGAAGTTACTTCTAACATATATACCATGGTGGATGTCCTCCTCCACCATATTCAACTGCAACTACAACTTGGCCATAGCTTACAGGATCTACTTTTAAAGGCCAGTGCAAATTTGGCTTTCTTGATGTGGACTCATCAGCTGTTGCCATTAGATATTGTCCTTTTGGCCCTTATTGACAGAGATG
ATGATGCTTATGCCTTGCGCCTTGTGGTTGGTCTGCTTCTTGACAGGCAAGAGTTTCAAAAGAGAGTCCAACATTACTGCATGAATCGTGGTCCACCTGAGCATTGGCTTAAACCTGGCCCTTTTCAACGTATTGAACCTCAGCAAGCACTTGGCAATCATCTTGCAGGAAAGGATAGGTACCCCTTGTTTTTTGATGAC
ATGGCAGTGCGTGGATTGCCAGTAATCCCCTTGATTATTTACAGGCTTATTGAGAATGATGCGACAGACACTGCAGAGAGAGTTCTTGCTGCATATTCTGGACTCATGGTCTATCATCCCTTGCGATTCACATTTGTGCGTGGCATTCTTGCATATTTTCATGGTCACATCCCAAATAAGCTTGTCATGAGAATTCTAAG
CATTCTTGACATTCCTAAGATTCCTTTCTCTGAAGCATTCCTACAACATATTGGCTCAACCAACTCTGGCTCATGCCCACCATCTGACTATTTCACTAATCTACTGTTAGGCCTTGTGAATTATGTGATACCTCCTATCAGGTCAAGTGTATCCATGGGTGATAGCTCTGGTACATTTTCATGTACAGGAGGAAATAGGG
CGCAAGCAGCAATCCAATCTATAGCATCAAATGTTCCCGAGTGTCAGAAAGTATTTTACCAAAATCAGGATCCTGGAACATACACACAGCTGTTGTTGGAAACTGCAGTTATTGAGATCTTGTCACTTCCTCCATCTGTTCCTCAGATAGTGTCCACACTAGTTCAAATAGTTGTACATGTGCAACCAACTCAAGTTCAG
TCTAGCCATTCCGTGCAAGGTATGTCCAGTGGAATTAGCCAAAGCTCCATGTTGCCAACATCACCATCGGGTGGAACTGGAGATTCAATGAGTACAAATAAATCAACTGCATCAGCACCTGGGCTAAATGCTACTGGTACTGGCTTAGGGAATAGCAGTGCTGCTCAAGCTTCATCTTCCCTTATGATTCAAGCATGTGG
CCTTTTGTTAGCACAGTTACCATCACCCTTTCATATGCAGTTTTATTTAGAAGCAGCCCGTGTAATCAAAGATTGCTGGTGGCTCACGGATGTCACAAAGACCTCCTTGGAACTGGACTCTGCTTTTGGCTATGCTTTGTGGGATCCAACATGGGCTTTTCAAGACAACACTTCAACTACAATCGGAAATATTATTGCGT
TGCTCCATGCTTTCTTTAGTAACCTGCCACATGAATGGCTAGAAGCAACACATACAATCATAAAGCATATGCGACCAATCACCACTATTGCACAGTTGCGAATAGCTTTTCGAATCATGGGACCCCTCCTGCCCCGCGTTGCAATTGCTCGGCCACTGTTTAAAAAGACATTGGCCTTGCTTTTCAGTGTATTGGCAGAT
GTTTTTGGGAGAAATTCTCAAGTATCAATTCCAGTTGAAGCGACCGAGATCTCAGATCTTATTGACTTCCTGCATCATGCTGTGCTCTATGAAGTACAAGGAACGACACAAAATGGCGCAAAGCCGAAGCCAGAGACTTTGAGCCTCTGTAGCAAAGCTGTAGAACATCTGCGCCCTGATCTGCAACACCTTCTTCGTCA
CTTAACAGCAGACCCCAACTCTTCAATCTATGCAGCAACTCATCCAAAGATAGTACAGAGGCCAACTTCACCTTTACCAGGTGTAGGTGTAGTGTAGAGATGATTTGATATCATATACTTTAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAGATAAATCAAGTGAATTCTCAAAACATGTATACATCAGAGTTGGTGAACGTT
AACTACATTATCATCAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATACTATCTTGTAATATCTTTGTATTAATACAGCAATCGGTTGTGCTATCTCAGTCATACAATCCTAGGTCATCTATTATCGCATCCAAGTGTTACTGTGGTGCTATAATACTCATAGATATTGCAATGGATTATTAATCCGGAGGTGTAGTGTAGAGATGAT
TTGATATCACACACTTCAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAAATCAAGTGAATTCTCAGAACATGTATACAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATGCTATCTTGTGATATCTTTGTGTTAACTGTTAATAAAGCAATTTGTGG
Intron 4 GTGCTGCAGC ... CTCTCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 18 | 5 |
| A2 | 62.17 | 8.5 | 23 | 4 |
| A3 | 60.26 | 9.5 | 18 | 10 |
| A4 | 88.24 | 1 | 11 | 4 |
| A5 | 85.72 | 1 | 9 | 1 |
| A6 | 57.14 | 1.5 | 1 | 0 |
| A7 | 86.95 | 1.5 | 11 | 6 |
| A8 | 90 | 0.5 | 8 | 0 |
| A9 | 87.5 | 0.5 | 5 | 1 |
| A10 | 100 | 0 | 9 | 8 |
>TRINITY_DN119694_c0_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoformGATTACTTTGATCCCAAATGACAACTAAGTCAAATATTTTCCATTTCCATTACTATATCCAATTGTAATACTTATTACCCGGTTCTTTGATACCAGATGACAACAAAGTCAAATTTTTTCCATTATCGCGTTTGCATAGCCCATGAGACTTTTACAGACAGACGGGCTTGCAACAGCTTTTCATGTGCAAGCATTGAAAT
GTATCTATTGTAGGTAAAGAAGCCAAAGAATTTCGCTTACTAGTCATGGAGGGTTTGAACAGTTCCAGAGGAGGAAGAGGGTCCTCTGTCCAGGCCATGAAAATTGCAGTCCATGAGCTCTTCAATCATTACTTGGGGCGGAGCTCCACACACAAAACCGAAGATGCGAGAGAAACCTCTTTTCAACTCCGCAAGCGGAT
CACTGCTATCAATAGAGATCCACGGCCAAGAAATGAGCAGTTTCTGCTCGATTTCCAGCAACTTCAGGGTCAATTTTCGGATCAGGACCAGCTACGGTCAGCAACAGAGTCTGTGCTATTGGCTTTGATTGTGCAATGCAGTAGTCACACACTTCAGGCAGAGTTTCTTTTGTTTGCTTTGCAAATGTTGTCTGGCATAA
ATTTCATAAATTGGGATTCATTTCTATCATCTCTCCTTTCTTCTGTATCTGTGGCAGAAATTTCATCTGCCCAGAGTAGCCAAGCACATACTGGGATGCCATCAGTTGGCTCATCAGTGACAGGAAACACAATGCCAGGCATGACTATGCCTAATTCATCAATAGCACAATCTTCCAATCCAGCTTCCCCAATGACCTCA
TTGCATGTTATTGGATCACCTCCTCATGGGGTAACAGATCCAGCAACAAGTGTAAATCAATCTCCAGTTAAGGGTTCTGATCCATCCTCCAGTGGACAGCAGATCCCCTCAAGGGGTACTGGATGCTCAAGGGGTACTGTAATGAGTTGTCTTCGTCAGCTCGTTTGCAAGGTTGTGCTAGCTGGACTTGAACATGATCT
TAAACCTGTAACTCATGCTGACATCTTTTCACACATGCTCGATTGGCTGCTTAGCTGGAACCCAAGACAGCAAAATAGGGTTGATGAACATGACAGTACAAAGATTAGAAAATTTGACAGTGATTCTTTTGACTGGCTGCACAGTTGCTTGGCTGTTGTTTGGGCTTTGGTAGATGAGGATAGATGTCGCATACCATTCT
ATGAGCTGCTTCACAGTGGCATACAATTTGTAGATAATGTACCTGATGATGAGGCTTTATTTGCTTTGATCCTTGAAATTCATAGAAGGCGCGATAAAATTGCCATCCATATGCAAATGTTAGATCAACACCTGCATTGTCCTACTTTTGCGACCCTTCGAGTTGCACCTCAAATATATCCGAGCATCCCGGGAGAGCTG
TCAGTAACATTTCGATCTTCCCCTTTAACATATCCCAGTGTTCTTGGAGAGCCATTGCATGGGGAGGATGTTGCGATTGCTATCCAAAGAGGTAGCATGGATTGGGAAAGAGCTCTGCGTTGTCTAAGGCATGCTTTGCATACAATGCCATCTCCTGATTGGTGGAGACGGGTCCTGGTTATAGCTCCATGTTATAGGCA
ACATGTTCAGCAGCAATTGTCAGGTTATGGCATTGTTTTTTCTTCTGAAATGATCTGTGAAGCTGCAATTGATCGTATCATGGAACTCATGCAACCTTTGAGTACAGGTGTGGCCATGAGCTCTAGTCCCAATGTATCTCTTGCAGAAGAAAATCGCTGGCAACAGTGGCTTGCATTTGCAGACCTTTTCTTCTTCCTTA
TGAAGAATGGGTACATAGACTTTCTCGACTTTGTAGATAAGCTTGCCACTCGATTCACCAGTGGCGAGCAGCAGATTGCTCGGACTAATCATGTAACATGGCTGTTAGCTCAAGTGTTCCGGATTGACATCGCAACAAATGCTCTGAATACAGATTCAAAGAAGATGGAAACTGCACGAAAAATTCTTTCATTTCATAAA
GAAGAGAGGCCATCAGATCAAACTTCAAGCAATACTCCGCAGAGCACACTGCTTGAGTTTATTAGTAGCAGTCAAACTTTGCGTGTGTGGTCAATTAATCCTTCAATTATGGAAAATTTAAATACTGAACAACGTCAGAAGGGCAGACAGCTTGATGAATGGTGGAAGCAAGTATCTAAAGGAGAACGTCCTTTGGATTA
TCTGAACTTAGATGAGAAATCTACGGGTATGTTCTGGGTTCTTTCACATACAATGACTCAACCGGCTTGCGAGGCAATAATGAATTGGTTGAATTCTAATGGCATTGCTGAAGTGTTGCTGCAAGGATCCATCAATCAGCTTAATGAGCGACTAGCCATGATGCGTGAGACACATGCTTTGCCAATATCATTACTTTCTG
GCTTGTCTCTCCACTTATGCCTCCGACTTGCTAATCAGATTGAGGAGACAATGTTCTCTGGCCAGGTTGTGCCAAGCATTGCCATGGTGGAAACGTATGTGAGATTACTGCTAATTGCACCGCATTCTTTGTTTCGTCTCCATTTTAATGTATGTCAGCACTATCTACTGTTAGCATGTTGATCTTATGTCAATTGTGGT
TGGATCTTTAGATGGTATTTATAATGAGAGTTAGAAATGATGGATTATGTGAAATTGGATGTAATCTTTGTACATAATGCAAGTAAT
>TRINITY_DN119694_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:ATTATCACAGATTGGATTAACCATGATAAATTTTTGTACTTTATGATTTGATTTCTATTAGAAAGCTTGACATGAATATGTCTGAATGCAGGTTGTGCCAAGCATTGCCATGGTGGAAACGTATGTGAGATTACTGCTAATTGCACCGCATTCTTTGTTTCGTCTCCATTTTAATgtgctgcagcgttttccatcaacat
caagcaaaactggggttcaattgcttctattagaaactttgaattgtcgtctcattcctctctacagGTATGTCAGCACTATCTACTGTTAGCATGTTGATCTTATGTCAATTGTGGTTGGATCTTTAGATGGTATTTATAATGAGAGTTAGAAATGATGGATTATGTGAAATTGGATGTAATCTTTGTACATAATGCAA
GTAATATCATGGAAAAGTTAAGCAGTTGATTTATGATGTTGCAAAGATAATAATCATGAATAAAGGGAAGCGTGGGGAGCATCGTCTTTTCAGACTGGCAGAAAATTTATGCATCAACTTATTTCTTTGTTTGAGTGATATTATTCTTGTGAAGAAAGACCTCAAGGGCCCAACAGAGTTCACGGAGACTCTAAACAGGA
TAATGATAACTAATCTTGCTATCACTATAAAGACTCGTGGAATTGCAGAATTTGAACAGATGGTTTTCCTTCAGCCATTAGTAGAGCAAATAATGTTAACAAGTAACCACACTTGGTCAGAGAAGACAATGCGGCATTTTCCTCCACTTATTCGTGATGCTCTCAGTGGACGCACGGAAAAACGGGTCCAGTTGATTCAA
GCCTGGCAGCAGGCAGAGACAACTGTTTTAAATCAGTGTACACAACTGCTCTCTCTTTCTGATGAACCTACATATGTAGCTACATACATCAACCATAGCTTTCCTCAGCATCGGCAATATCTTTGTGCTGGGGCCTGGATGCTTATGGATGGACACCCCGAGGGCATCAACAGTGCAAATCTTGGCCGAGTTTTGAAGGA
ACTCTCCCCAGAGGAAGTTACTTCTAACATATATACCATGGTGGATGTCCTCCTCCACCATATTCAACTGCAACTACAACTTGGCCATAGCTTACAGGATCTACTTTTAAAGGCCAGTGCAAATTTGGCTTTCTTGATGTGGACTCATCAGCTGTTGCCATTAGATATTGTCCTTTTGGCCCTTATTGACAGAGATGATG
ATGCTTATGCCTTGCGCCTTGTGGTTGGTCTGCTTCTTGACAGGCAAGAGTTTCAAAAGAGAGTCCAACATTACTGCATGAATCGTGGTCCACCTGAGCATTGGCTTAAACCTGGCCCTTTTCAACGTATTGAACCTCAGCAAGCACTTGGCAATCATCTTGCAGGAAAGGATAGGTACCCCTTGTTTTTTGATGACATG
GCAGTGCGCGGATTGCCAGTAATCCCCTTGATTATTTACAGGCTTATTGAGAATGATGCGACAGACACTGCAGAGAGAGTTCTTGCTGCATATTCTGGACTCATGGTCTATCATCCCTTGCGATTCACATTTGTGCGTGGCATTCTTGCATATTTTCATGGTCACATCCCAAATAAGCTTGTCATGAGAATTCTAAGCAT
TCTTGACATTCCTAAGATTCCTTTCTCTGAAGCATTCCTACAACATATTGGCTCAACCAACTCTGGCTCATGCCCACCATCTGACTATTTCACTAATCTACTGTTAGGCCTTGTGAATTATGTGATACCTCCTATCAGGTCAAGTGTATCCATGGGTGATAGCTCTGGTACATTTTCATGTACAGGAGGAAATAGGGCGC
AAGCAGCAATCCAATCTATAGCATCAAATGTTCCCGAGTGTCAGAAAGTATTTTACCAAAATCAGGATCCTGGAACATACACACAGCTGTTGTTGGAAACTGCAGTTATTGAGATCTTGTCACTTCCTCCATCTGTTCCTCAGATAGTGTCCACACTAGTTCAAATAGTTGTACATGTGCAACCAACTCAAGTTCAGTCT
AGCCATTCCGTGCAAGGTATGTCCAGTGGAATTAGCCAAAGCTCCATGTTGCCAACATCACCATCGGGTGGAACTGGAGATTCAATGAGTACAAATAAATCAACTGCATCAGCACCTGGGCTAAATGCTACTGGTACTGGCTTAGGGAATAGCAGTGCTGCTCAAGCTTCATCTTCCCTTATGATTCAAGCATGTGGCCT
TTTGTTAGCACAGTTACCATCACCCTTTCATATGCAGTTTTATTTAGAAGCAGCCCGTGTAATCAAAGATTGCTGGTGGCTCACGGATGTCACAAAGACCTCCTTGGAACTGGACTCTGCTTTTGGCTATGCTTTGTGGGATCCAACATGGGCTTTTCAAGACAACACTTCAACTACAATCGGAAATATTATTGCGTTGC
TCCATGCTTTCTTTAGTAACCTGCCACATGAATGGCTAGAAGCAACACATACAATCATAAAGCATATGCGACCAATCACCACTATTGCACAGTTGCGAATAGCTTTTCGAATCATGGGACCCCTCCTGCCCCGCGTTGCAATTGCTCGGCCACTGTTTAAAAAGACATTGGCCTTGCTTTTCAGTGTATTGGCAGATGTT
TTTGGGAGAAATTCTCAAGTATCAATTCCAGTTGAAGCGACCGAGATCTCAGATCTTATTGACTTCCTGCATCATGCTGTGCTCTATGAAGTACAAGGAACGACACAAAATGGCGCAAAGCCTAAGCCAGAGACTTTGAGCCTCTGTAGCAAAGCTGTAGAACATCTGCGCCCTGATCTGCAACACCTTCTTCGTCACTT
AACAGCAGACCCCAACTCTTCAATCTATGCAGCAACTCATCCAAAGATAGTACAGAGGCCAACTTCACCTTTACCAGGTGTAGGTGTAGTGTAGAGATGATTTGATATCATATACTTTAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAGATAAATCAAGTGAATTCTCAAAACATGTATACATCAGAGTTGGTGAACGTTAAC
TACATTATCATCAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATACTATCTTGTAATATCTTTGTATTAATACAGCAATCTGTTGTGCTATCTCAGTCATACAATCCTAGGTCATCCATTATCGCATCCAAGTGTTACTTTGGTGCTATAATACTCATAGATATTGCAATGGATTATTAATCCGGAGGTGTAGTGTAGAGATGATTTG
ATATCACACACTTCAAAAATGTTACCAAATGTCAAGTGGTAAATCAAGTGAATTCTCAGAACATGTATACAGTGTTAATGTGACCATCTGTTATGCTATCTTGTGATATCTTTGTGTTAACTGTTAATACAGCAATTTGTTGTGCTATCTCAATAGTCATACAATCCTATGTCATCTATTATGACATCCAAGTGTTACTG
TGGTAATCTGTGGTGCCATAATTTGATATCTCATAGATGCTGTAATGGATTATTAATCGGGAGCATTACTGTGATTCTATTTTGTGATATA