sp|Q5YLB5|GYRA_NICBE ----> DNA gyrase subunit A, chloroplastic/mitochondrial

Intron 1 GTAACAACAT ... TTGCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6	94	5	7
A2	0.99	50	1	0
A3	1.1	45	1	0
A4	0	57	0	0
A5	0	22	0	0
A6	0	14	0	0
A7	0.93	53	1	0
A8	4	24	2	0
A9	0	31	0	0
A10	0	49	0	0

>TRINITY_DN124409_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

AATAAAGACTAGCAGATTTTATATTGCGTGGAAGCTTATTTTGTGTTTCCTTCTGTTAACTTGATGGTTATGTCTATTTTTGGTTTGATTTGTTGTGTTTGTAGAATTCTTGATGGCCGGCCAAAATTAATGGGTGTAAGGGACCTGCTCCAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGTTGAACGTCGTGCAAAATA
TCAGTTGAAAGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGGGTATTTTAATATGCTTGGACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTCCAAGCCAATCACAAGCAATTATTGATTTGAAGGAAGTATATAATTTGTCAGACAAACAAGCTCAGGCGATACTGGATACCACTCTTCGAAGACTTACATTGA
TCGAGAAAAACAAGTTTGTTGAGGAGGACAAATCTTTGACTGGACAGATTTCAAATTTAAAGCAACTATTAGCAAACCGGGAACAAATTCTACAGGTTATAGAAAAAGAGGCACTTGAACTAAAGAGAAAGTTTGGAACACCAAGAAGATCGTCAATAGAGGAGGCAACAAATGCACAACTAGATGAAATAGATGTAGTT
CCAAATGATGAGATGCTTTTGACCCTTAGTGAGAAGGGATATATGAAGCGTATGAAGCCTGATAACTTTACCCTGCAACGTCGTGGAACAATTGGAAAATCAGTTGGGAAGCTGAGGGGAAATGACGCTATGTCAGAATTTCTCATTTGTCATAACCATGATCATATACTCTATTTCAGTGACAAGGGTAGAATATATTC
TGCACGTGCTTATCGAGTACCAGAGTGCTCACGAACTGCTGCAGGGACCCCACTAGTTCAGATTCTGACATTATCTGCGGGAGAAAGAATAACTTCTATTATACCAGTTAGTGAATTCAGTGCAGATCAATATCTGATAATGCTGACTGCAAATGGCTATATTAAGAGAAGCTCTTTGGATTTTTTCTCGTCTATCAGAT
CCGTAGGGATTATCGGAATCCAACTTGTGCCTGAGGATGAGTTAAAGTGGGTAAGGCACTGTACAGATGGAGACATTATTGCAATTGTTTCTCAAAGTGGGATGCTCGTGTTGAGCTTATGTGGGATGCTCCGAGCTATAGGTAGGAATTCCAGAGGATCGATTTCTATGAAATTGAGGGACGGAGATAAGGTGGCATCT
ATGGATATTGTTCCAGCTACAATGCAGGAAGAACTAAAGAAGGCTCTAAATAGCTCAAAGTATCAGGGAAAAACTATAACTGCTCCATGGCTTCTGCTTGTGTCTGAGAGTGGATTTGGAAAGCGTGTACCTCTAAGCACTTTTCGAATTACGCCTTTAAATCGAGTTGGCTTAATTGGCTACAAGCCCTTGCCAGAGGA
TCGTGTTGCTGCATTATTTGTTGTTGGATTATCACTTTCAGATGATGGTGAAAGTGATGAACAAGTAGTTCTCGTGAGCCATGGTGGCATGGTGAACAGAATTATGGTTCGAGATATTTCTATCCAGTCAAGATATGCCAAGGGTGTGAGACTGATGAGACTGGAACACGGTGGCAAGATTCAGTCAGTCTCTGTAGTAG
GCCCTTCAGAAATTGAGAGCGATGGACCTGAACCACAAGCAGTACATCCCTAGTTGCTGTCATTTATCAAGTTTACATTTAATATCAAGGCATGAAAAGGAACATCAGTCTTATTTTTGGATCATTCATTTTGTCTAGGTGACATTGTATTAAGATCACATCCAGTATGTCTTTTGTGTCTTATCAAGAAGATATCCAAA
GACTACGAGCCTTATTTTGTGACTGCAACGATTTTGATTGTCCGGAAGTACTAGTTACATCATTTGAAATGTATTCTCGGAGTACGGCATATTATAAAATTAGTACGTGAGCAAGCTAGTTAGCAATAGTAACCCATGCTAACATATTAATTTTGACAAAATATTTAATGTTCAAATTTTCTATCCATGCACTTGAATTC
AGTTCACTTATCATCAACAACTAGTAGCTCCTTTAAAAGCGTTGAGCTACCTAGTTG

>TRINITY_DN124409_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTGATAATGGCCAAAAATTGATAGCAAATATTGTTTTCTAATGTGATTGTAGTCTATGTTGAAGTCTTAGAAAATGCTTGTTTCCATCTTGTGATCTTAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGTTGAACGTCGTGCAAAATATCAGTTGAAAGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGgtaacaacatag
catcttcaaaatttaattgtgaagcttgattaagaatattgacatataagttgaatcttgtatatcatcacaactctcaatgtcatgcttaaatgtttctttcccctctctcaaacatgtaattgtgtgtatgcgcacaactatacgagtttttttaactaataagttgatattgctttcagGGTATTTTAATATGCTTG
GACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTCCAAGCCAATCACAAGCAATTATTGATTTGAAGGAAGGTAAATTGAAATAACATTTACTTTGGTGCTTTTATTTGGAC

Intron 2 GTATTGTTAT ... AAATATGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.16	113	36	0
A2	20.24	67	17	0
A3	16.3	77	15	0
A4	20	60	15	0
A5	12.82	34	5	0
A6	12.5	28	4	0
A7	15.31	83	15	0
A8	23.81	64	20	0
A9	21.43	66	18	0
A10	19.51	66	16	0

>TRINITY_DN116930_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

AAACAAAACAAAAACGATGACATCTCCCGCCCAGATATGTATATACCAGTATAATCCACGCCGAGATATGTAAATACAAGGATAATCGGGTGGAAAGAATTAACTTCGAACTTCGAAAACTTCAAAATCCTCCAACATTCTCTACCACTCCAAAACCCTACTACTGTAGTAGGGTTTTAAGTGTCCCAAACCACAAATAC
CTGAGCTCGATACAGATAATGCAAGCAGATTGATCGCATTTAGAACAGAATGCCATTGATGGCTTTGTCTCCCCGCCTTCTCCAACTTTTCCCTTTAACTTTCGCTTCCAGGGCCCGAATTTCTCGTTACTATTCATCCCCGTCCTTTGTTGGCCTCCAAAAATGCCCCTTCAGAACGTCTTTATACTGTCGCGAAGTTC
GCTTCTTGTCGGGAGTTTCAGGCGATACGCCAAGTGATAGCAAGCCTCAAGTAACGAGTGCTAAACGCAAAAGCGACGAGGGGTCGGTTGCAGAAGAGGGCAACGGAACGTTCGGTGAGGGTTCTGACGGAGGAGGTAGCGGGAATGGAGCACTTGTTGCAGAACGGGCATTGGATACGAGGGTTTTTCCCGTTGAGCTC
CACAAAGAGGCCACGGAATCCTATTTGTCTTATGCATTGTCCGTATTGGTTGGCCGAGCTCTGCCCGACGTCCGGGACGGATTGAAGCCTGTCCATCGTCGACTTCTATTTGCGATGCATGATTTGGGCCTTTCCTCAAGGAAACCCCATAAGAAATGTGCAAGAGTAGTTGGTGAGGTTTTGGGTAAGTATCATCCTCA
TGGAGATAGTGCAGTTTATGCTGCATTGGTGAGAATGGCACAGGATTTCTCCCTGCGATCCCCTCTTATCCGAGGGCATGGAAATTTTGGATCAGTTGATGCGGATCCTCCAGCTGCCATGCGATATACAGAATGCAGGCTGGAAGAACTTTCTGAGTCTATGCTTCTGGCAGACCTCGAACTAGATACGGTTGATTTTG
TCCCAAATTTTGATGGGTCACAAAAGGAACCATCTTTATTACCTGCCAGGCTCCCAAATGTCCTGCTAAATGGTGCTGCAGGAATAGCTGTTGGCATGGCAACCTATATACCCCCACATAATCTTGGGGAGGTTACGGATGCATTGATTGCTTTTATTCGTAATCCTGATACCACGATTCCAGAACTGATGGAATACATG
CCTGGACCTGACTTCCCTACTGGTGGAAGAATTATGGGTAACTCTGGGATCTTAGCGGCATATACAACAGGTCGAGGAGGTGTGACATTAAGAGGAAAGGCTGAGGTTGAGGTGCTCGACAAGAAAACTAAACGCACTGCTATTATTATTACAGAGATCCCTTACCAGACTAACAAGGCTGCATTGGTGGAGAAAATCGC
TGATTTGGTCAATAGTAAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTACTGGAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACATTGGTGGAGAAAATCGCTGATTTGGTCAATAGT
AAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTACTGGAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACATGGTTGGAATTCTTGATGGCCGGCCAAAATTAATGGGTGTAAGGGACCT
GCTCCAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGTTGAACGTCGTGCAAAATATCAGTTGAAAGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGGGTATTTTAATATGCTTGGACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTCCAAGCCAATCACAAGCAATTATTGATTTGAAGGAAGTATATAATTTGT
CAGACAAACAAGCTCAGGCGATACTGGATACCACTCTTCGAAGACTTACATTGATCGAGAAAAACAAGTTTGTTGAGGAGGACAAATCTTTGACTGGACAGATTTCAAATTTAAAGCAACTATTAGCAAACCGGGAACAAATTCTACAGGTTATAGAAAAAGAGGCACTTGAACTAAAGAGAAAGTTTGGAACACCAAGA
AGATCGTCAATAGAGGAGGCAACAAATGCACAACTAGATGAAATAGATGTAGTTCCAAATGATGAGATGCTTTTGACCCTTAGTGAGAAGGGATATATGAAGCGTATGAAGCCTGATAACTTTACCCTGCAACGTCGTGGAACAATTGGAAAATCAGTTGGGAAGCTGAGGGGAAATGACGCTATGTCAGAATTTCTCAT
TTGTCATAACCATGATCATATACTCTATTTCAGTGACAAGGGTAGAATATATTCTGCACGTGCTTATCGAGTACCAGAGTGCTCACGAACTGCTGCAGGGACCCCACTAGTTCAGATTCTGACATTATCTGCGGGAGAAAGAATAACTTCTATTATACCAGTTAGTGAATTCAGTGCAGATCAATATCTGATAATGCTGA
CTGCAAATGGCTATATTAAGAGAAGCTCTTTGGATTTTTTCTCCTCTATCAGATCCGTAGGGATTATCGGAATCCAACTTGTGCCTGAGGATGAGTTAAAGTGGGTAAGGCACTGTACAGATGGAGACATTATTGCAATTGTTTCTCAAAGTGGGATGCTCGTGTTGAGCTTATGTGGGATGCTCCGAGCTATAGGTAGG
AATTCCAGAGGATCGATTTCTATGAAATTGAGGGACGGAGATAAGGTGGCATCTATGGATATTGTTCCAGCTACAATGCAGGAAGAACTAAAGAAGGCTCTAAATAGCTCAAAGTATCAGGGAAAAACTATAACTGCTCCATGGCTTCTGCTTGTGTCTGAGAGTGGATTTGGAAAGCGTGTACCTCTAAGCACTTTTCG
AATTACGCCTTTAAATCGAGTTGGCTTAATTGGCTACAAGCCCTTGCCAGAGGATCGTGTTGCTGCATTATTTGTTGTTGGATTATCACTTTCAGATGATGGTGAAAGTGATGAACAAGTAGTTCTCGTGAGCCATGGTGGCATGGTGAACAGAATTATGGTTCGAGATATTTCTATCCAGTCAAGATATGCCAAGGGTG
TGAGACTGATGAGACTGGAACACGGTGGCAAGATTCAGTCAGTCTCTGTAGTAGGCCCTTCAGAAATTGAGAGCGATGGACCTGAACCACAAGCAGTACATCCCTAGTTGCTGTCATTTTTCAAGTTTACATTTAATATCAAGGCATGAAAAGGAACATCAGTCTTATTTTTGGATCATTCATTTTGTCTAGGTGACATT
GTATTAAGATCACATCCAGTATGTCTTTTGTGTCTTATCAAGAAGATATCCAAAGACTACGAGCCTTATTTTGTGACTGCAACGATTTTGATTGTCCGGAAGTACTAGTTACATCATTTGAAATGTATTCTCGGAGTACGGCATATTATAAAATTAGTACGTGAGCAAGCTAGTTAGCAATAGTAACCCATGCTAACATA
TTAATTTTGACAAAATATTTAATGTTCAAATTTTCTATCCATGCACTTGAATTCAG

>TRINITY_DN116930_c0_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATAGGATGATTTGTTACACTTCAGTTTTACCTTTTTTAAGAAGGTTCTATATTTACTTCTGTCATTGGTTTGTGCTAAAGGATCTTAGCGGCATATACAACAGGTCGAGGAGGTGTGACATTAAGAGGAAAGGCTGAGGTTGAGGTGCTCGACAAGAAAACTAAACGCACTGCTATTATTATTACAGAGATCCCTTACCA
GACTAACAAGGCTGCATTGGTGGAGAAAATCGCTGATTTGGTCAATAGTAAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTACTGGAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACA
TTGGTGGAGAAAATCGCTGATTTGGTCAATAGTAAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTACTGGAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACATGGTTGGAATTCTTGA
TGGCCGGCCAAAATTAATGGGTGTAAGGGACCTGCTCCAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGTTGAACGTCGTGCAAAATATCAGTTGAAAGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGGGTATTTTAATATGCTTGGACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTCCAAGCCAATCACAAG
CAATTATTGATTTGAAGGAAGTATATAATTTGTCAGACAAACAAGCTCAGGCGATACTGGATACCACTCTTCGAAGACTTACATTGATCGAGAAAAACAAGTTTGTTGAGGAGGACAAATCTTTGACTGGACAGATTTCAAATTTAAAGCAACTATTAGCAAACCGGGAACAAATTCTACAGGTTATAGAAAAAGAGGCA
CTTGAACTAAAGAGAAAGTTTGGAACACCAAGAAGATCGTCAATAGAGGAGGCAACAAATGCACAACTAGATGAAATAGATGTAGTTCCAAATGATGAGATGCTTTTGACCCTTAGTGAGAAGGGATATATGAAGCGTATGAAGCCTGATAACTTTACCCTGCAACGTCGTGGAACAATTGGAAAATCAGTTGGGAAGCT
GAGGGGAAATGACGCTATGTCAGAATTTCTCATTTGTCATAACCATGATCATATACTCTATTTCAGgtattgttatgcttaagcttttgatgttatgtgagatacagttaagataattccaatatggctattcacgttaggtttatttagttcattagagtttcaattagataataaatttacttctgtgtttcctaaag
tttacattgtgtgttgtatttaacgtttttatatttgttgttatagtgtcggactccatatggtatgaaaggctaaaatatgaagTGACAAGGGTAGAATATATTC

Intron 3 GTATGCTTAC ... TCCGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.35	64.1	4.8	4.9
A2	28.27	29.1	10.6	12.5
A3	10.23	67.8	4.7	8.4
A4	9.54	67.6	7.2	7.5
A5	12.68	24.2	3.5	3.5
A6	4.41	13.8	0	1.1
A7	4.04	63.7	1.1	2.9
A8	2.82	17.7	0.2	0.7
A9	2.42	43.2	1.9	1.2
A10	7.17	40.9	1.1	3.4

>TRINITY_DN116930_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTAGAGAGTGGAGAGGGTTTCTCAAATTTATTAAAATACTTTTTCTTGTGTTCTCAAGATTCCAGAACTGATGGAATACATGCCTGGACCTGACTTCCCTACTGGTGGAAGAATTATGGGTAACTCTGGGATCTTAGCGGCATATACAACAGGTCGAGGAGGTGTGACATTAAGAGGAAAGGCTGAGGTTGAGGTGCTC
GACAAGAAAACTAAACGCACTGCTATTATTATTACAGAGATCCCTTACCAGACTAACAAGGCTGCATTGGTGGAGAAAATCGCTGATTTGGTCAATAGTAAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTACTGGAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCT
TAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACATTGGTGGAGAAAATCGCTGATTTGGTCAATAGTAAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTACTGGAGGTATGCTTACTGTTGCAGTTGTTTTCATATTGTATCTATATTGGAATT
ATATCTGTGGGGAGCCAGTTGTCTGACTGGTGTTGATGACAAGCTGTTGTGTTGTAAACTAGTATATATTTTTGGATATTCTGTGGAAAGCTAATTTCAATCCGTGGCAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACATGGTTGGG
TGAGTGCACTAGAAATCTATATATACACCATTATGTTTCTTATTCTGTCTTGAATTTAAAGATAATTTGACAGCTGTTAGAAGTTTGTGTGTGGTAAGCACATGAGCTGTAATATCTGAAATTTATGACTGGC

>TRINITY_DN116930_c0_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATGTTTCTGTTTTTTTCTCAGGAAAGTGTTAAAATCATTGCCTGTCTTTATAATTTATTTGCGTATAACGATGGCATGATTATTCTTGTGAAAATGTGATGAGAGTATTGGTTGCAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTACTGGAGgtatgcttactgttgca
gttgttttcatattgtatctatattggaattatatctgtggggagccagttgtctgactggtgttgatgacaagctgttgtgttgtaaactagtatatatttttggatattctgtggaaagctaatttcaatccgtggcagTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCT
TCAATCTAGCGTTAATTACAACATGGTTGGGTGAGTGCACTAGAAATCTATATATACACCATTATGTTTCTTATTCTGTCTTGAATTTAAAGATAATTTGACAGCTGTTAGAAGTTTGTGTGTGGTAAGCACATGAGCTGTAATATCTGAAATTTATGACTGGC

Intron 4 GTAAGCTTCC ... CTCCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.05	34	10	3
A2	13.58	35	6	5
A3	20	50	14	11
A4	23.21	43	13	13
A5	23.81	16	4	6
A6	18.43	135	32	29
A7	16.78	176	35	36
A8	14.29	222	38	36
A9	15.89	135	28	23
A10	15.56	114	28	14

>TRINITY_DN104124_c0_g1_i6 from sample A5 / Example spliced isoform

GGATAATCGGGTGGAAAGAATTAACTTCGAACTTCGAAAACTTCAAAATCCTCCAACATTCTCTACCACTCCAAAACCCTACTACTGTAGTAGGGTTTTAAGTGTCCCAAACCACAAATACCTGAGCTCGATACAGATAATGCAAGCAGATTGATCGCATTTAGAACAGAATGCCATTGATGGCTTTGTCTCCCCGCCTT
CTCCAACTTTTCCCTTTAACTTTCGCTTCCAGGGCCCGAATTTCTCGTTACTATTCATCCCCGTCCTTTGTTGGCCTCCAAAAATGCCCCTTCAGAACGTCTTTATACTGTCGCGAAGTTCGCTTCTTGTCGGGAGTTTCAGGCGATACGCCAAGTGATAGCAAGCCTCAAGTAACGAGTGCTAAACGCAAAAGCGACGA
GGGGTCGGTTGCAGAAGAGGGCAACGGAACGTTCGGTGAGGGTTCTGACGGAGGAGGTAGCGGGAATGGAGCACTTGTTGCAGAACGGGCATTGGATACGAGGGTTTTTCCCGTTGAGCTCCACAAAGAGGCCACGGAATCCTATTTGTCTTATGCATTGTCCGTATTGGTTGGCCGAGCTCTGCCCGACGTCCGGGACG
GATTGAAGCCTGTCCATCGTCGACTTCTATTTGCGATGCATGATTTGGGCCTTTCCTCAAGGAAACCCCATAAGAAATGTGCAAGAGTAGTTGGTGAGGTTTTGGGTAAGTATCATCCTCATGGAGATAGTGCAGTTTATGCTGCATTGGTGAGAATGGCACAGGATTTCTCCCTGCGATCCCCTCTTATCCGAGGGCAT
GGAAATTTTGGATCAGTTGATGCGGATCCTCCAGCTGCCATGCGATATACAGAATGCAGGCTGGAAGAACTTTCTGAGTCTATGCTTCTGGCAGACCTCGAACTAGATACGGTTGATTTTGTCCCAAATTTTGATGGGTCACAAAAGGAACCATCTTTATTACCTGCCAGGCTCCCAAATGTCCTGCTAAATGGTGCTGC
AGGAATAGCTGTTGGCATGGCAACCTATATACCCCCACATAATCTTGGGGAGGTTACGGATGCATTGATTGCTTTTATTCGTAATCCTGATACCACGATTCCAGAACTGATGGAATACATGCCTGGACCTGACTTCCCTACTGGTGGAAGAATTATGGGTAACTCTGGGATCTTAGCGGCATATACAACAGGTCGAGGAG
GTGTGACATTAAGAGGAAAGGCTGAGGTTGAGGTGCTCGACAAGAAAACCAAACGCACTGCTATTATTATTACAGAGATCCCTTACCAGACTAACAAGGCTGCATTGGTGGAGAAAATCGCTGATTTGGTCAATAGTAAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTA
CTGGAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACATGGTTGGAATTCTTGATGGCCGGCCAAAATTAATGGGTGTAAGGGACCTGCTCCAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGTTGAACGTCGTGCAAAATATCAGTTGAA
AGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGGGTATTTTAATATGCTTGGACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTCCAAGCCAATCACAAGCAATTATTGATTTGAAGGAAGTATATAATTTGTCAGACAAACAAGCTCAGGCGATACTGGATACCACTCTTCGAAGACTTACATTGATCGAGAAAA
ACAAGTTTGTTGAGGAGGACAAATCTTTGACTGGACAGATTTCAAATTTAAAGCAACTATTAGCAAACCGGGAACAAATTCTACAGGTTATAGAAAAAGAGGCACTTGAACTAAAGAGAAAGTTTGGAACACCAAGAAGATCGTCAATAGAGGAGGCAACAAATGCACAACTAGATGAAATAGATGTAGTTCCAAATGAT
GAGATGCTTTTGACCCTTAGTGAGAAGGGATATATGAAGCGTATGAAGCCTGATAACTTTACCCTGCAACGTCGTGGAACAATTGGAAAATCAGTTGGGAAGCTGAGGGGAAATGACGCTATGTCAGAATTTCTCATTTGTCATAACCATGATCATATACTCTATTTCAGTGACAAGGGTAGAATATATTCTGCACGTGC
TTATCGAGTACCAGAGTGCTCACGAACTGCTGCAGGGACCCCACTAGTTCAGATTCTGACATTATCTGCGGGAGAAAGAATAACTTCTATTATACCAGTTAGTGAATTCAGTGCAGATCAATATCTGATAATGCTGACTGCAAATGGCTATATTAAGAGAAGCTCTTTGGATTTTTTCTCGTCTATCAGATCCGTAGGGA
TTATCGGAATCCAACTTGTGCCTGAGGATGAGTTAAAGTGGGTAAGGCACTGTACAGATGGAGACATTATTGCAATTGTTTCTCAAAGTGGGATGCTCGTGTTGAGCTTATGTGGGATGCTCCGAGCTATAGGTAGGAATTCCAGAGGATCGATTTCTATGAAATTGAGGGACGGAGATAAGGTGGCATCTATGGATATT
GTTCCAGCTACAATGCAGGAAGAACTAAAGAAGGCTCTAAATAGCTCAAAGTATCAGGGAAAAACTATAACTGCTCCATGGCTTCTGCTTGTGTCTGAGAGTGGATTTGGAAAGCGTGTACCTCTAAGCACTTTTCGAATTACGCCTTTAAATCGAGTTGGCTTAATTGGCTACAAGCCCTTGCCAGAGGATCGTGTTGC
TGCATTATTTGTTGTTGGATTATCACTTTCAGATGATGGTGAAAGTGATGAACAAGTAGTTCTCGTGAGCCATGGTGGCATGGTGAACAGAATTATGGTTCGAGATATTTCTATCCAGTCAAGATATGCCAAGGGTGTGAGACTGATGAGACTGGAACACGGTGGCAAGATTCAGTCAGTCTCTGTAGTAGGCCCTTCAG
AAATTGAGAGCGATGGACCTGAACCACAAGCAGTACATCCCTAGTTGCTGTCATTTTTCAAGTTTACATTTAATATCAAGGCATGAAAAGGAACATCAGTCTTATTTTTGGATCATTCATTTTGTCTAGGTGACATTGTATTAAGATCACATCCAGTATGTCTTTTGTGTCTTATCAAGAAGATATCCAAAGACTACGAG
CCTTATTTTGTGACTGCAACGATTTTGATTGTCCGGAAGTACTAGTTACATCATTTGAAATGTATTCTCGGAGTACGGCATATTATAAAATTAGTACGTGAGCAAGCTAGTTAGCAATAGTAACCCATGCTAACATATTAATTTTGACAAAATATTTAATGTTCAAATTTTCTATCCATGCACTTGAATTCAGTTCACTT
ATCATCAACAACTAGTAGCTCCTTTAAAAGCGTTGAGCTACCTAGTTGGTTGGTTAATGTTTTTG

>TRINITY_DN104124_c0_g1_i7 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GGATAATCGGGTGGAAAGAATTAACTTCGAACTTCGAAAACTTCAAAATCCTCCAACATTCTCTACCACTCCAAAACCCTACTACTGTAGTAGGGTTTTAAGTGTCCCAAACCACAAATACCTGAGCTCGATACAGATAATGCAAGCAGATTGATCGCATTTAGAACAGAATGCCATTGATGGCTTTGTCTCCCCGCCTT
CTCCAACTTTTCCCTTTAACTTTCGCTTCCAGGGCCCGAATTTCTCGTTACTATTCATCCCCGTCCTTTGTTGGCCTCCAAAAATGCCCCTTCAGAACGTCTTTATACTGTCGCGAAGTTCGCTTCTTGTCGGGAGTTTCAGGCGATACGCCAAGTGATAGCAAGCCTCAAGTAACGAGTGCTAAACGCAAAAGCGACGA
GGGGTCGGTTGCAGAAGAGGGCAACGGAACGTTCGGTGAGGGTTCTGACGGAGGAGGTAGCGGGAATGGAGCACTTGTTGCAGAACGGGCATTGGATACGAGGGTTTTTCCCGTTGAGCTCCACAAAGAGGCCACGGAATCCTATTTGTCTTATGCATTGTCCGTATTGGTTGGCCGAGCTCTGCCCGACGTCCGGGACG
GATTGAAGCCTGTCCATCGTCGACTTCTATTTGCGATGCATGATTTGGGCCTTTCCTCAAGGAAACCCCATAAGAAATGTGCAAGAGTAGTTGGTGAGGTTTTGGGTAAGTATCATCCTCATGGAGATAGTGCAGTTTATGCTGCATTGGTGAGAATGGCACAGGATTTCTCCCTGCGATCCCCTCTTATCCGAGGGCAT
GGAAATTTTGGATCAGTTGATGCGGATCCTCCAGCTGCCATGCGATATACAGAATGCAGGCTGGAAGAACTTTCTGAGTCTATGCTTCTGGCAGACCTCGAACTAGATACGGTTGATTTTGTCCCAAATTTTGATGGGTCACAAAAGGAACCATCTTTATTACCTGCCAGGCTCCCAAATGTCCTGCTAAATGGTGCTGC
AGGAATAGCTGTTGGCATGGCAACCTATATACCCCCACATAATCTTGGGGAGGTTACGGATGCATTGATTGCTTTTATTCGTAATCCTGATACCACGATTCCAGAACTGATGGAATACATGCCTGGACCTGACTTCCCTACTGGTGGAAGAATTATGGGTAACTCTGGGATCTTAGCGGCATATACAACAGGTCGAGGAG
GTGTGACATTAAGAGGAAAGGCTGAGGTTGAGGTGCTCGACAAGAAAACCAAACGCACTGCTATTATTATTACAGAGATCCCTTACCAGACTAACAAGGCTGCATTGGTGGAGAAAATCGCTGATTTGGTCAATAGTAAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTA
CTGGAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACATGGTTGGAATTCTTGATGGCCGGCCAAAATTAATGGGTGTAAGGGACCTGCTCCAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGTTGAACGTCGTGCAAAATATCAGTTGAA
AGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGGGTATTTTAATATGCTTGGACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTCCAAGCCAATCACAAGCAATTATTGATTTGAAGGAAGTATATAATTTGTCAGACAAACAAGCTCAGGCGATACTGGATACCACTCTTCGAAGACTTACATTGATCGAGAAAA
ACAAGTTTGTTGAGGAGGACAAATCTTTGACTGGACAGATTTCAAATTTAAAGCAACTATTAGCAAACCGGGAACAAATTCTACAGGTTATAGAAAAAGAGGCACTTGAACTAAAGAGAAAGTTTGGAACACCAAGAAGATCGTCAATAGAGGAGGCAACAAATGCACAACTAGATGAAATAGATGTAGTTCCAAATGAT
GAGATGCTTTTGACCCTTAGTGAGAAGGGATATATGAAGCGTATGAAGCCTGATAACTTTACCCTGCAACGTCGTGGAACAATTGGAAAATCAGTTGGGAAGCTGAGGGGAAATGACGCTATGTCAGAATTTCTCATTTGTCATAACCATGATCATATACTCTATTTCAGTGACAAGGGTAGAATATATTCTGCACGTGC
TTATCGAGTACCAGAGTGCTCACGAACTGCTGCAGGGACCCCACTAGTTCAGATTCTGACATTATCTGCGGGAGAAAGAATAACTTCTATTATACCAGTTAGTGAATTCAGTGCAGATCAATATCTGATAATGCTGACTGCAAATGGCTATATTAAGAGAAGCTCTTTGGATTTTTTCTCGTCTATCAGATCCGTAGGGA
TTATCGGAATCCAACTTGTGCCTGAGGATGAGTTAAAGTGGGTAAGGCACTGTACAGATGGAGACATTATTGCAATTGTTTCTCAAAGTGGGATGCTCGTGTTGAGCTTATGTGGGATGCTCCGAGCTATAGGTAGGAATTCCAGAGGATCGATTTCTATGAAATTGAGGGACGGAGATAAGGTGGCATCTATGGATATT
GTTCCAGCTACAATGCAGGAAGAACTAAAGAAGGCTCTAAATAGCTCAAAGTATCAGGGAAAAACTATAACTGCTCCATGGCTTCTGCTTGTGTCTGAGAGTGGATTTGGAAAGCGTGTACCTCTAAGCACTTTTCGAATTACGCCTTTAAATCGAGTTGGCTTAATTGGCTACAAGCCCTTGCCAGAGGATCGTGTTGC
TGCATTATTTGTTGTTGGATTATCACTTTCAGATGATGGTGAAAGTGATGAACAAGTAGTTCTCGTGAGCCATGGTGGCATGGTGAACAGAATTATGGTTCGAGATATTTCTATCCAGTCAAGATATGCCAAgtaagcttccttctgtctgctttgcatccagacagttaagtgaaaatgtataattgcagaaaaggagc
tctcttttgcactaggaatgtaattagtagaaagttggaacttaataaaagctccttgcagGGGTGTGAGACTGATGAGACTGGAACACGGTGGCAAGATTCAGTCAGTCTCTGTAGTAGGCCCTTCAGAAATTGAGAGCGATGGACCTGAACCACAAGCAGTACATCCCTAGTTGCTGTCATTTTTCAAGTTTACATTT
AATATCAAGGCATGAAAAGGAACATCAGTCTTATTTTTGGATCATTCATTTTGTCTAGGTGACATTGTATTAAGATCACATCCAGTATGTCTTTTGTGTCTTATCAAGAAGATATCCAAAGACTACGAGCCTTATTTTGTGACTGCAACGATTTTGATTGTCCGGAAGTACTAGTTACATCATTTGAAATGTATTCTCGG
AGTACGGCATATTATAAAATTAGTACGTGAGCAAGCTAGTTAGCAATAGTAACCCATGCTAACATATTAATTTTGACAAAATATTTAATGTTCAAATTTTCTATCCATGCACTTGAATTCAGTTCACTTATCATCAACAACTAGTAGCTCCTTTAAAAGCGTTGAGCTACCTAGTTGGTTGGTTAATGTTTTTG

Intron 5 GTATGAGAGA ... TGTGCTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.59	69	24	21
A2	20.35	45	5	18
A3	23.81	40	13	12
A4	21.74	36	10	10
A5	27.71	30	8	15
A6	11.11	8	2	0
A7	25.71	26	9	9
A8	25.42	22	5	10
A9	12	11	2	1
A10	13.33	39	10	2

>TRINITY_DN104124_c0_g1_i6 from sample A5 / Example spliced isoform

GGATAATCGGGTGGAAAGAATTAACTTCGAACTTCGAAAACTTCAAAATCCTCCAACATTCTCTACCACTCCAAAACCCTACTACTGTAGTAGGGTTTTAAGTGTCCCAAACCACAAATACCTGAGCTCGATACAGATAATGCAAGCAGATTGATCGCATTTAGAACAGAATGCCATTGATGGCTTTGTCTCCCCGCCTT
CTCCAACTTTTCCCTTTAACTTTCGCTTCCAGGGCCCGAATTTCTCGTTACTATTCATCCCCGTCCTTTGTTGGCCTCCAAAAATGCCCCTTCAGAACGTCTTTATACTGTCGCGAAGTTCGCTTCTTGTCGGGAGTTTCAGGCGATACGCCAAGTGATAGCAAGCCTCAAGTAACGAGTGCTAAACGCAAAAGCGACGA
GGGGTCGGTTGCAGAAGAGGGCAACGGAACGTTCGGTGAGGGTTCTGACGGAGGAGGTAGCGGGAATGGAGCACTTGTTGCAGAACGGGCATTGGATACGAGGGTTTTTCCCGTTGAGCTCCACAAAGAGGCCACGGAATCCTATTTGTCTTATGCATTGTCCGTATTGGTTGGCCGAGCTCTGCCCGACGTCCGGGACG
GATTGAAGCCTGTCCATCGTCGACTTCTATTTGCGATGCATGATTTGGGCCTTTCCTCAAGGAAACCCCATAAGAAATGTGCAAGAGTAGTTGGTGAGGTTTTGGGTAAGTATCATCCTCATGGAGATAGTGCAGTTTATGCTGCATTGGTGAGAATGGCACAGGATTTCTCCCTGCGATCCCCTCTTATCCGAGGGCAT
GGAAATTTTGGATCAGTTGATGCGGATCCTCCAGCTGCCATGCGATATACAGAATGCAGGCTGGAAGAACTTTCTGAGTCTATGCTTCTGGCAGACCTCGAACTAGATACGGTTGATTTTGTCCCAAATTTTGATGGGTCACAAAAGGAACCATCTTTATTACCTGCCAGGCTCCCAAATGTCCTGCTAAATGGTGCTGC
AGGAATAGCTGTTGGCATGGCAACCTATATACCCCCACATAATCTTGGGGAGGTTACGGATGCATTGATTGCTTTTATTCGTAATCCTGATACCACGATTCCAGAACTGATGGAATACATGCCTGGACCTGACTTCCCTACTGGTGGAAGAATTATGGGTAACTCTGGGATCTTAGCGGCATATACAACAGGTCGAGGAG
GTGTGACATTAAGAGGAAAGGCTGAGGTTGAGGTGCTCGACAAGAAAACCAAACGCACTGCTATTATTATTACAGAGATCCCTTACCAGACTAACAAGGCTGCATTGGTGGAGAAAATCGCTGATTTGGTCAATAGTAAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTA
CTGGAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACATGGTTGGAATTCTTGATGGCCGGCCAAAATTAATGGGTGTAAGGGACCTGCTCCAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGTTGAACGTCGTGCAAAATATCAGTTGAA
AGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGGGTATTTTAATATGCTTGGACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTCCAAGCCAATCACAAGCAATTATTGATTTGAAGGAAGTATATAATTTGTCAGACAAACAAGCTCAGGCGATACTGGATACCACTCTTCGAAGACTTACATTGATCGAGAAAA
ACAAGTTTGTTGAGGAGGACAAATCTTTGACTGGACAGATTTCAAATTTAAAGCAACTATTAGCAAACCGGGAACAAATTCTACAGGTTATAGAAAAAGAGGCACTTGAACTAAAGAGAAAGTTTGGAACACCAAGAAGATCGTCAATAGAGGAGGCAACAAATGCACAACTAGATGAAATAGATGTAGTTCCAAATGAT
GAGATGCTTTTGACCCTTAGTGAGAAGGGATATATGAAGCGTATGAAGCCTGATAACTTTACCCTGCAACGTCGTGGAACAATTGGAAAATCAGTTGGGAAGCTGAGGGGAAATGACGCTATGTCAGAATTTCTCATTTGTCATAACCATGATCATATACTCTATTTCAGTGACAAGGGTAGAATATATTCTGCACGTGC
TTATCGAGTACCAGAGTGCTCACGAACTGCTGCAGGGACCCCACTAGTTCAGATTCTGACATTATCTGCGGGAGAAAGAATAACTTCTATTATACCAGTTAGTGAATTCAGTGCAGATCAATATCTGATAATGCTGACTGCAAATGGCTATATTAAGAGAAGCTCTTTGGATTTTTTCTCGTCTATCAGATCCGTAGGGA
TTATCGGAATCCAACTTGTGCCTGAGGATGAGTTAAAGTGGGTAAGGCACTGTACAGATGGAGACATTATTGCAATTGTTTCTCAAAGTGGGATGCTCGTGTTGAGCTTATGTGGGATGCTCCGAGCTATAGGTAGGAATTCCAGAGGATCGATTTCTATGAAATTGAGGGACGGAGATAAGGTGGCATCTATGGATATT
GTTCCAGCTACAATGCAGGAAGAACTAAAGAAGGCTCTAAATAGCTCAAAGTATCAGGGAAAAACTATAACTGCTCCATGGCTTCTGCTTGTGTCTGAGAGTGGATTTGGAAAGCGTGTACCTCTAAGCACTTTTCGAATTACGCCTTTAAATCGAGTTGGCTTAATTGGCTACAAGCCCTTGCCAGAGGATCGTGTTGC
TGCATTATTTGTTGTTGGATTATCACTTTCAGATGATGGTGAAAGTGATGAACAAGTAGTTCTCGTGAGCCATGGTGGCATGGTGAACAGAATTATGGTTCGAGATATTTCTATCCAGTCAAGATATGCCAAGGGTGTGAGACTGATGAGACTGGAACACGGTGGCAAGATTCAGTCAGTCTCTGTAGTAGGCCCTTCAG
AAATTGAGAGCGATGGACCTGAACCACAAGCAGTACATCCCTAGTTGCTGTCATTTTTCAAGTTTACATTTAATATCAAGGCATGAAAAGGAACATCAGTCTTATTTTTGGATCATTCATTTTGTCTAGGTGACATTGTATTAAGATCACATCCAGTATGTCTTTTGTGTCTTATCAAGAAGATATCCAAAGACTACGAG
CCTTATTTTGTGACTGCAACGATTTTGATTGTCCGGAAGTACTAGTTACATCATTTGAAATGTATTCTCGGAGTACGGCATATTATAAAATTAGTACGTGAGCAAGCTAGTTAGCAATAGTAACCCATGCTAACATATTAATTTTGACAAAATATTTAATGTTCAAATTTTCTATCCATGCACTTGAATTCAGTTCACTT
ATCATCAACAACTAGTAGCTCCTTTAAAAGCGTTGAGCTACCTAGTTGGTTGGTTAATGTTTTTG

>TRINITY_DN104124_c0_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GGATAATCGGGTGGAAAGAATTAACTTCGAACTTCGAAAACTTCAAAATCCTCCAACATTCTCTACCACTCCAAAACCCTACTACTGTAGTAGGGTTTTAAGTGTCCCAAACCACAAATACCTGAGCTCGATACAGATAATGCAAGCAGATTGATCGCATTTAGAACAGAATGCCATTGATGGCTTTGTCTCCCCGCCTT
CTCCAACTTTTCCCTTTAACTTTCGCTTCCAGGGCCCGAATTTCTCGTTACTATTCATCCCCGTCCTTTGTTGGCCTCCAAAAATGCCCCTTCAGAACGTCTTTATACTGTCGCGAAGTTCGCTTCTTGTCGGGAGTTTCAGGCGATACGCCAAGTGATAGCAAGCCTCAAGTAACGAGTGCTAAACGCAAAAGCGACGA
GGGGTCGGTTGCAGAAGAGGGCAACGGAACGTTCGGTGAGGGTTCTGACGGAGGAGGTAGCGGGAATGGAGCACTTGTTGCAGAACGGGCATTGGATACGAGGGTTTTTCCCGTTGAGCTCCACAAAGAGGCCACGGAATCCTATTTGTCTTATGCATTGTCCGTATTGGTTGGCCGAGCTCTGCCCGACGTCCGGGACG
GATTGAAGCCTGTCCATCGTCGACTTCTATTTGCGATGCATGATTTGGGCCTTTCCTCAAGGAAACCCCATAAGAAATGTGCAAGAGTAGTTGGTGAGGTTTTGGGTAAGTATCATCCTCATGGAGATAGTGCAGTTTATGCTGCATTGGTGAGAATGGCACAGGATTTCTCCCTGCGATCCCCTCTTATCCGAGGGCAT
GGAAATTTTGGATCAGTTGATGCGGATCCTCCAGCTGCCATGCGATATACAGAATGCAGGCTGGAAGAACTTTCTGAGTCTATGCTTCTGGCAGACCTCGAACTAGATACGGTTGATTTTGTCCCAAATTTTGATGGGTCACAAAAGGAACCATCTTTATTACCTGCCAGGCTCCCAAATGTCCTGCTAAATGGTGCTGC
AGGAATAGCTGTTGGCATGGCAACCTATATACCCCCACATAATCTTGGGGAGGTTACGGATGCATTGATTGCTTTTATTCGTAATCCTGATACCACGATTCCAGAACTGATGGAATACATGCCTGGACCTGACTTCCCTACTGGTGGAAGAATTATGGGTAACTCTGGgtatgagagaaaacatgctatattttatcata
taggatgatttgttacacttcagttttaccttttttaagaaggttctatatttacttctgtcattggtttgtgctaaagGATCTTAGCGGCATATACAACAGGTCGAGGAGGTGTGACATTAAGAGGAAAGGCTGAGGTTGAGGTGCTCGACAAGAAAACCAAACGCACTGCTATTATTATTACAGAGATCCCTTACCAG
ACTAACAAGGCTGCATTGGTGGAGAAAATCGCTGATTTGGTCAATAGTAAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAGAGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTACTGGAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACAT
GGTTGGAATTCTTGATGGCCGGCCAAAATTAATGGGTGTAAGGGACCTGCTCCAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGTTGAACGTCGTGCAAAATATCAGTTGAAAGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGGGTATTTTAATATGCTTGGACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTC
CAAGCCAATCACAAGCAATTATTGATTTGAAGGAAGTATATAATTTGTCAGACAAACAAGCTCAGGCGATACTGGATACCACTCTTCGAAGACTTACATTGATCGAGAAAAACAAGTTTGTTGAGGAGGACAAATCTTTGACTGGACAGATTTCAAATTTAAAGCAACTATTAGCAAACCGGGAACAAATTCTACAGGTT
ATAGAAAAAGAGGCACTTGAACTAAAGAGAAAGTTTGGAACACCAAGAAGATCGTCAATAGAGGAGGCAACAAATGCACAACTAGATGAAATAGATGTAGTTCCAAATGATGAGATGCTTTTGACCCTTAGTGAGAAGGGATATATGAAGCGTATGAAGCCTGATAACTTTACCCTGCAACGTCGTGGAACAATTGGAAA
ATCAGTTGGGAAGCTGAGGGGAAATGACGCTATGTCAGAATTTCTCATTTGTCATAACCATGATCATATACTCTATTTCAGTGACAAGGGTAGAATATATTCTGCACGTGCTTATCGAGTACCAGAGTGCTCACGAACTGCTGCAGGGACCCCACTAGTTCAGATTCTGACATTATCTGCGGGAGAAAGAATAACTTCTA
TTATACCAGTTAGTGAATTCAGTGCAGATCAATATCTGATAATGCTGACTGCAAATGGCTATATTAAGAGAAGCTCTTTGGATTTTTTCTCGTCTATCAGATCCGTAGGGATTATCGGAATCCAACTTGTGCCTGAGGATGAGTTAAAGTGGGTAAGGCACTGTACAGATGGAGACATTATTGCAATTGTTTCTCAAAGT
GGGATGCTCGTGTTGAGCTTATGTGGGATGCTCCGAGCTATAGGTAGGAATTCCAGAGGATCGATTTCTATGAAATTGAGGGACGGAGATAAGGTGGCATCTATGGATATTGTTCCAGCTACAATGCAGGAAGAACTAAAGAAGGCTCTAAATAGCTCAAAGTATCAGGGAAAAACTATAACTGCTCCATGGCTTCTGCT
TGTGTCTGAGAGTGGATTTGGAAAGCGTGTACCTCTAAGCACTTTTCGAATTACGCCTTTAAATCGAGTTGGCTTAATTGGCTACAAGCCCTTGCCAGAGGATCGTGTTGCTGCATTATTTGTTGTTGGATTATCACTTTCAGATGATGGTGAAAGTGATGAACAAGTAGTTCTCGTGAGCCATGGTGGCATGGTGAACA
GAATTATGGTTCGAGATATTTCTATCCAGTCAAGATATGCCAAGGGTGTGAGACTGATGAGACTGGAACACGGTGGCAAGATTCAGTCAGTCTCTGTAGTAGGCCCTTCAGAAATTGAGAGCGATGGACCTGAACCACAAGCAGTACATCCCTAGTTGCTGTCATTTTTCAAGTTTACATTTAATATCAAGGCATGAAAA
GGAACATCAGTCTTATTTTTGGATCATTCATTTTGTCTAGGTGACATTGTATTAAGATCACATCCAGTATGTCTTTTGTGTCTTATCAAGAAGATATCCAAAGACTACGAGCCTTATTTTGTGACTGCAACGATTTTGATTGTCCGGAAGTACTAGTTACATCATTTGAAATGTATTCTCGGAGTACGGCATATTATAAA
ATTAGTACGTGAGCAAGCTAGTTAGCAATAGTAACCCATGCTAACATATTAATTTTGACAAAATATTTAATGTTCAAATTTTCTATCCATGCACTTGAATTCAGTTCACTTATCATCAACAACTAGTAGCTCCTTTAAAAGCGTTGAGCTACCTAGTTGGTTGGTTAATGTTTTTG

Intron 6 GTACATCCCT ... TTTTGTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.94	7.3	41	28
A2	81.49	7	35	24
A3	74.07	8.6	31	17
A4	71.37	13.1	46	17
A5	87.1	2	19	8
A6	73.8	35.9	121	71
A7	70.26	66.6	174	126
A8	70.73	94.9	248	201
A9	75.26	50	167	132
A10	75.55	25.7	94	62

>TRINITY_DN109371_c0_g2_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

AATAAAGACTAGCAGATTTTATATTGCGTGGAAGCTTATTTTGTGTTTCCTTCTGTTAACTTGATGGTTATGTCTATTTTTGGTTTGATTTGTTGTGTTTGTAGAATTCTTGATGGCCGGCCAAAATTAATGGGTGTAAGGGACCTGCTCCAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGTTGAACGTCGTGCAAAATA
TCAGTTGAAAGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGGGTATTTTAATATGCTTGGACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTCCAAGCCAATCACAAGCAATTATTGATTTGAAGGAAGTATATAATTTGTCAGACAAACAAGCTCAGGCGATACTGGATACCACTCTTCGAAGACTTACATTGA
TCGAGAAAAACAAGTTTGTTGAGGAGGACAAATCTTTGACTGGACAGATTTCAAATTTAAAGCAACTATTAGCAAACCGGGAACAAATTCTACAGGTTATAGAAAAAGAGGCACTTGAACTAAAGAGAAAGTTTGGAACACCAAGAAGATCGTCAATAGAGGAGGCAACAAATGCACAACTAGATGAAATAGATGTAGTT
CCAAATGATGAGATGCTTTTGACCCTTAGTGAGAAGGGATATATGAAGCGTATGAAGCCTGATAACTTTACCCTGCAACGTCGTGGAACAATTGGAAAATCAGTTGGGAAGCTGAGGGGAAATGACGCTATGTCAGAATTTCTCATTTGTCATAACCATGATCATATACTCTATTTCAGTGACAAGGGTAGAATATATTC
TGCACGTGCTTATCGAGTACCAGAGTGCTCACGAACTGCTGCAGGGACCCCACTAGTTCAGATTCTGACATTATCTGCGGGAGAAAGAATAACTTCTATTATACCAGTTAGTGAATTCAGTGCAGATCAATATCTGATAATGCTGACTGCAAATGGCTATATTAAGAGAAGCTCTTTGGATTTTTTCTCGTCTATCAGAT
CCGTAGGGATTATCGGAATCCAACTTGTGCCTGAGGATGAGTTAAAGTGGGTAAGGCACTGTACAGATGGAGACATTATTGCAATTGTTTCTCAAAGTGGGATGCTCGTGTTGAGCTTATGTGGGATGCTCCGAGCTATAGGTAGGAATTCCAGAGGATCGATTTCTATGAAATTGAGGGACGGAGATAAGGTGGCATCT
ATGGATATTGTTCCAGCTACAATGCAGGAAGAACTAAAGAAGGCTCTAAATAGCTCAAAGTATCAGGGAAAAACTATAACTGCTCCATGGCTTCTGCTTGTGTCTGAGAGTGGATTTGGAAAGCGTGTACCTCTAAGCACTTTTCGAATTACGCCTTTAAATCGAGTTGGCTTAATTGGCTACAAGCCCTTGCCAGAGGA
TCGTGTTGCTGCATTATTTGTTGTTGGATTATCACTTTCAGATGATGGTGAAAGTGATGAACAAGTAGTTCTCGTGAGCCATGGTGGCATGGTGAACAGAATTATGGTTCGAGATATTTCTATCCAGTCAAGATATGCCAAGGGTGTGAGACTGATGAGACTGGAACACGGTGGCAAGATTCAGTCAGTCTCTGTAGTAG
GCCCTTCAGAAATTGAGAGCGATGGACCTGAACCACAAGCAGTGACATTGTATTAAGATCACATCCAGTATGTCTTTTGTGTCTTATCAAGAAGATATCCAAAGACTACGAGCCTTATTTTGTGACTGCAACGATTTTGATTGTCCGGAAGTACTAGTTACATCATTTGAAATGTATTCTCGGAGTACGGCATATTATAA
AATTAGTACGTGAGCAAGCTAGTTAGCAATAGTAACCCATGCTAACATATTAATTTTGACAAAATATTTAATGTTCAAATTTTC

>TRINITY_DN109371_c0_g2_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AATAAAGACTAGCAGATTTTATATTGCGTGGAAGCTTATTTTGTGTTTCCTTCTGTTAACTTGATGGTTATGTCTATTTTTGGTTTGATTTGTTGTGTTTGTAGAATTCTTGATGGCCGGCCAAAATTAATGGGTGTAAGGGACCTGCTCCAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGTTGAACGTCGTGCAAAATA
TCAGTTGAAAGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGGGTATTTTAATATGCTTGGACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTCCAAGCCAATCACAAGCAATTATTGATTTGAAGGAAGTATATAATTTGTCAGACAAACAAGCTCAGGCGATACTGGATACCACTCTTCGAAGACTTACATTGA
TCGAGAAAAACAAGTTTGTTGAGGAGGACAAATCTTTGACTGGACAGATTTCAAATTTAAAGCAACTATTAGCAAACCGGGAACAAATTCTACAGGTTATAGAAAAAGAGGCACTTGAACTAAAGAGAAAGTTTGGAACACCAAGAAGATCGTCAATAGAGGAGGCAACAAATGCACAACTAGATGAAATAGATGTAGTT
CCAAATGATGAGATGCTTTTGACCCTTAGTGAGAAGGGATATATGAAGCGTATGAAGCCTGATAACTTTACCCTGCAACGTCGTGGAACAATTGGAAAATCAGTTGGGAAGCTGAGGGGAAATGACGCTATGTCAGAATTTCTCATTTGTCATAACCATGATCATATACTCTATTTCAGTGACAAGGGTAGAATATATTC
TGCACGTGCTTATCGAGTACCAGAGTGCTCACGAACTGCTGCAGGGACCCCACTAGTTCAGATTCTGACATTATCTGCGGGAGAAAGAATAACTTCTATTATACCAGTTAGTGAATTCAGTGCAGATCAATATCTGATAATGCTGACTGCAAATGGCTATATTAAGAGAAGCTCTTTGGATTTTTTCTCGTCTATCAGAT
CCGTAGGGATTATCGGAATCCAACTTGTGCCTGAGGATGAGTTAAAGTGGGTAAGGCACTGTACAGATGGAGACATTATTGCAATTGTTTCTCAAAGTGGGATGCTCGTGTTGAGCTTATGTGGGATGCTCCGAGCTATAGGTAGGAATTCCAGAGGATCGATTTCTATGAAATTGAGGGACGGAGATAAGGTGGCATCT
ATGGATATTGTTCCAGCTACAATGCAGGAAGAACTAAAGAAGGCTCTAAATAGCTCAAAGTATCAGGGAAAAACTATAACTGCTCCATGGCTTCTGCTTGTGTCTGAGAGTGGATTTGGAAAGCGTGTACCTCTAAGCACTTTTCGAATTACGCCTTTAAATCGAGTTGGCTTAATTGGCTACAAGCCCTTGCCAGAGGA
TCGTGTTGCTGCATTATTTGTTGTTGGATTATCACTTTCAGATGATGGTGAAAGTGATGAACAAGTAGTTCTCGTGAGCCATGGTGGCATGGTGAACAGAATTATGGTTCGAGATATTTCTATCCAGTCAAGATATGCCAAGGGTGTGAGACTGATGAGACTGGAACACGGTGGCAAGATTCAGTCAGTCTCTGTAGTAG
GCCCTTCAGAAATTGAGAGCGATGGACCTGAACCACAAGCAgtacatccctagttgctgtcatttatcaagtttacatttaatatcaaggcatgaaaaggaacatcagtcttatttttggatcattcattttgtctagGTGACATTGTATTAAGATCACATCCAGTATGTCTTTTGTGTCTTATCAAGAAGATATCCAAA
GACTACGAGCCTTATTTTGTGACTGCAACGATTTTGATTGTCCGGAAGTACTAGTTACATCATTTGAAATGTATTCTCGGAGTACGGCATATTATAAAATTAGTACGTGAGCAAGCTAGTTAGCAATAGTAACCCATGCTAACATATTAATTTTGACAAAATACTTAATGTTCATATTTTCTATCCATGCACTTGAATTC
AGTTCACTTATCATCAACAACTAGTA

Intron 7 GTATGTTCTC ... GACCATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	51	0	0
A2	3.57	54	0	2
A3	0	45	0	0
A4	0	38	0	0
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A6	0	45	0	0
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A8	3.45	84	0	3
A9	6.25	75	0	5
A10	3.51	55	0	2

>TRINITY_DN39852_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GGGGTGGAAGAATTATGGGTCGAGGAGGTGTGACATTAAGAGGAAAGGCTGAGGTTGAGGTGCTCGACAAGAAAACTAAACGCACTGCTATTATTATTACAGAGATCCCTTACCAGACTAACAAGGCTGCATTGGTGGAGAAAATCGCTGATTTGGTCAATAGTAAGGCTTTGGATGGTGTGAGTGACATACGAGATGAG
AGTGACCGCACAGGAATGCGGATTGTACTGGAGTTGAAAAGAGGTTCAGAGGCATCTATTGTTCTTAATAATCTCTACAAGAGCACTTCCCTTCAATCTAGCGTTAATTACAACATGGTTGGAATTCTTGATGGCCGGCCAAAATTAATGGGTGTAAGGGACCTGCTCCAGGCTTTCCTAGATTTTAGATGCTCAGTTGT
TGAACGTCGTGCAAAATATCAGTTGAAAGTTGCTGAAGAAAGGGAGCATATTGTCAAGGGTATTTTAATATGCTTGGACAATGTTGATGGAGTAATAGATATTATTAGGAAATCTCCAAGCCAATCACAAGCAATTATTGATTTGAAGGAAGTATATAATTTGTCAGACAAACAAGCTCAGGCGATACTGGATACCACTC
TTCGAAGACTTACATTGATCGAGAAAAACAAGTTTGTTGAGGAGGACAAATCTTTGACTGGACAGATTTCAAATTTAAAGCAACTATTAGCAAACCGGGAACAAATTCTACAGGTTATAGAAAAAGAGGCACTTGAACTAAAGAGAAAGTTTGGAACACCAAGAAGATCGTCAATAGAGGAGGCAACAAATGCACAACTA
GATGAAATAGATGTAGTTCCAAATGATGAGATGCTTTTGACCCTTAGTGAGAAGGGATATATGAAGCGTATGAAGCCTGATAACTTTACCCTGCAACGTCGTGGAACAATTGGAAAATCAGTTGGGAAGCTGAGGGGAAATGACGCTATGTCAGAATTTCTCATTTGTCATAACCATGATCATATACTCTATTTCAGTGA
CAAGGGTAGAATATATTCTGCACGTGCTTATCGAGTACCAGAGTGCTCACGAACTGCTGCAGGGACCCCACTAGTTCAGATTCTGACATTATCTGCGGGAGAAAGAATAACTTCTATTATACCAGTTAGTGAATTCAGTGCAGATCAATATCTGATAATGCTGACTGCAAATGGCTATATTAAGAGAAGCTCTTTGGATT
TTTTCTCGTCTATCAGATCCGTAGGGATTATCGGAATCCAACTTGTGCCTGAGGATGAGTTAAAGTGGGTAAGGCACTGTACAGATGGAGACATTATTGCAATTGTTTCTCAAAGTGGGATGCTCGTGTTGAGCTTATGTGGGATGCTCCGAGCTATAGGTAGGAATTCCAGAGGATCGATTTCTATGAAATTGAGGGAC
GGAGATAAGGTGGCATCTATGGATATTGTTCCAGCTACAATGCAGGAAGAACTAAAGAAGGCTCTAAATAGCTCAAAGTATCAGGGAAAAACTATAACTGCTCCATGGCTTCTGCTTGTGTCTGAGAGTGGATTTGGAAAGCGTGTACCTCTAAGCACTTTTCGAATTACGCCTTTAAATCGAGTTGGCTTAATTGGCTA
CAAGCCCTTGCCAGAGGATCGTGTTGCTGCATTATTTGTTGTTGGATTATCACTTTCAGATGATGGTGAAAGTGATGAACAAGTAGTTCTCGTGAGCCATGGTGGCATGGTGAACAGAATTATGGTTCGAGATATTTCTATCCAGTCAAGATATGCCAAGGGTGTGAGACTGATGAGACTGGAACACGGTGGCAAGATTC
AGTCAGTCTCTGTAGTAGGCCCTTCAGAAATTGAGAGCGATGGACCTGAACCACAAGCAGTACATCCCTAGTTGCTGTCATTTTTCAAGTTTACATTTAATATCAAGGCATGAAAAGGAACATCAGTCTTATTTTTGGATCATTCATTTTGTCTAGGTGACATTGTATTAAGATCACATCCAGTATGTCTTTTGTGTCTT
ATCAAGAAGATATCCAAAGACTACGAGCCTTATTTTGTGACTGCAACGATTTTGATTGTCCGGAAGTACTAGTTACATCATTTGAAATGTATTCTCGGAGTACGGCATATTATAAAATTAGTACGTGAGCAAGCTAGTTAGCAATAGTAACCCATGCTAACATATTAATTTTGACAAAATACTTAATGTTCATATTTTCT
ATCCATGCACTTGAATTCAGTTCACTTATCATCAACAACTAGTAGCTCCTTTAAAAGCGTTGAGCTACCTAGTTGGTTGGTTAATGTTTTTGGTATTTATAGTAATATGTCTTTGTGACTTTGTTTTAACAAGTTTTGGTTTACCT

>TRINITY_DN39852_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGGAATCCAACTTgtatgttctctctgtgtttgacatgctgcttttactgagttagggttttaaatcatacatagttagggtattaaaccatacatcagatatctatgtcatactgttttctcattaacacattcatctgggaccatgtagGTGCCTGAGGATGAGTTAAAGTGGGTAAGGCACTGTACAGATGGAGACA
TTATTGCAATTGTTTCTCAAAGTGGGATGCTCGTGTTGAGCTTATGTGGGATGGTTCGTAAACTAATTTATTGATTTCAATCAGATAATCGTTTTGTGTCCTTAGATGGATGGTTGTCCTTTGACAGATTTGTTGGCTATGTATGATGTGTTGAAACAAATAAGAAAATATCATGATGTTTTCCTAGAAATATAACACCT
AAATGTGTATTCTTTACTTTGTGTTGAACTGTTAAGCTCCG