sp|Q9FKP5|UBP17_ARATH ----> Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 17
Intron 1 GTGAGTATAT ... TAGGCAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.7 | 4.4 | 7 | 0 |
| A2 | 29.41 | 6 | 1 | 4 |
| A3 | 23.2 | 11.6 | 4 | 3 |
| A4 | 60 | 1 | 0 | 3 |
| A5 | 100 | 0 | 0 | 2 |
| A6 | 30.98 | 13.4 | 6 | 6 |
| A7 | 36.14 | 6.2 | 3 | 4 |
| A8 | 27.27 | 16 | 5 | 7 |
| A9 | 28.57 | 20 | 9 | 7 |
| A10 | 27.78 | 13 | 3 | 7 |
>TRINITY_DN44855_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoformAAGAGCTTCAAGTCTTCAAGAGCGAGGGTGAAGAAAGGGAAGCTCATAACAATGGAGAAAGGATTCACATCAAGCTTATTGGTCCTGAGAAGGAACTTCACCAGCTTCCAGTTTTTGGAGAACTATGCGCTCTCTTTCCTGGTGTTCAAATACAAATAGATTTTGTTGGACCTGCAGTTCCCCATTTCAGGGATCATGAA
TATGCCGAACTTAATGGCTATCCAAAATGCCTTGATACATCTTGCCAATGCAAAAATTTCAGATGTGAGGAAGGTCATGCTGACCATGCAAAGCATAGGCAGTGTAAAAACCAACCTTCCACTGTGTCATTGCGGTTTTGGAAGGGTCTCTATCATGAACGTTTTCATGATATAACAAAAGTATCCTTCCCTCACTTAAT
CATAGCTCCAAATGCAGGAATTGCCGCCTACTCTAGTTGGCGATCGACAATTGAGCTCATAAGTAAAACTCATGTGCCAGCCGTTTTCTCAGATTTTTGTGAAGAAGCAGCATTTTTGGCTACCCGTTGCATTAGTAGTATCCATCCCAGTCCTCCAGCATTACCTGTACAGATTAATCCTTTTCGGCAGCCTATGAAAA
TTGAAGATGCTGTTTTAGACCTTCCAGCATATTCAAATTGTTTTCTTTTTGGAATATGTTAATGAGAAGGTAATTCTATTTAATAGAAATGTTAATCCAACCTATACAGAAATAGAATCACCATTCATTCCCAGTATTTTCCAAATGGGTACGTTGATTGGATTAACCGAAATATATATTGATTAGAATCGAGGTATGTT
TATCTATTGAATTTATTGTGTTGAGAAGCTCGTGCCTCGGTATGCTGTATATGCAAAACAAATGGAGTGATAAATCTACATACTTGTTTCAGTATACCTCAAAGCCAATGCATGTGTGATCCAGGCGCAATTCTCCACTTTGTTTGAACGATAATATTTGATTAAAATTCCTCGAAGTAGGTTAAATAACATGAATACAA
CAGCAAAATAGGGTGTGCACATGCTATGGCCTTTATTACGTTGAATGAATTGCGTATATGTTTTTTTATTTTTTTCATATATGTGTGATACGGGGGAATTGAACCCTGCCCCACCCCGTATATGTTAAATTTCATGGCATTGTTTCTATAAGCTAAACATGAAAGTTTTGTCCCTAGACTCGTTCCAACATAACTCTAGA
TTAGTTGTTTGAGTTGTAACAACGAGGATGACAACAAGAAAATTTTGCTCACAAGGACTTTGTACTTGGAAGTAATTTTTAATAGCCC
>TRINITY_DN44855_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:AACACAGGAATTGCACACAATCAAACTTCGGGAAGCCGACGATGGCAGAGTGGAGCGAATGAAGGCAATAATGGCAACGAAGAAAACGACGGAGTGTGCAGCGAAAGGCATGGGAGGGCCATGCGTAGGCCCTGCCACCATCCGTTGTGGACTGTGCGGGGCTGTAAACTATTGTTCTACCTGCCACCAGAAAGCTCATT
GGAATGAGCACAAAGAAGAATGTAAGCGAATGGAAGAACAAATGAAATGCATAAGCTTCTTGCATGATTTCCCATTTACATTCACTGAAGAAAGTATAGAGAAGGTGGAGCTGGGGCAGATAACAAGTTGCTCTTTCTTAATAAGACAAGGACTTCATCAGGATTATTTATGGAAATTTGAATGTGCGTGTGGCCAGTCA
TTGATCACCAGCAAAGCTGTAGATGGTGAAGGGCTCCAAGCTGAGTTCCTCAAGTATGATGGCAGTTGGAACTTGCCAGGTGACATGTGCCCCTGCAGAGGACCATGGATAGAAATCAGGTACTTAGTGGATCCAGTTTCTTATTCATCCAGTTTGTCACATGCAGAGCCTCAGAGTTCGTTATCTATCGTTTTGAGTAG
CTGGGCTGATTACTACAGCTGGAGATGCCTCCCGCTTGATTCACCAGTTGCTTTGCTATTGCACTGGCCTCTAACTATTTATTATGCTCTTCAACTTATTGCTTCGAGACTACAAAACATAATGCCCAGCCCTGGGCATGAGTTGCGAATCCATTACTTGGGTCCTGAGAAGGAACTTCACCAGCTTCCAGTTTTTGGAG
AACTATGCGCTCTCTTTCCTGGTGTTCAAATACAAATAGATTTTGTTGGACCTGCAGTTCCCCATTTCAGGGATCATGAATATGCCGAACTTAATGGCTATCCAAAATGCCTTGATACATCTTGCCAATGCAAAAATTTCAGATGTGAGGAAGGTCATGCTGACCATGCAAAGCATAGGCAGTGTAAAAACCAACCTTCC
ACTGTGTCATTGCGGTTTTGGAAGGGTCTCTATCATGAACGTTTTCATGATATAACAAAAGTATCCTTCCCTCACTTAATCATAGCTCCAAATGCAGGAATTGCCGCCTACTCTAGTTGGCGATCGACAATTGAGCTCATAAGTAAAACTCATGTGCCAGCCGTTTTCTCAGATTTTTGTGAAGAAGCAGCATTTTTGGC
TACCCGTTGCATTAGTAGTATCCATCCCAGTCCTCCAGCATTACCTgtgagtatatttactttattatcagagctagttacataagttttttttgggacttccttcctctcttattatgatgaggctatcatgttgagatttagcattatggggagccattagcaacattcaatttggttaccttcggttaagcagccgc
aagtggagggtatctattctgccaaagtcacccaagtttcacacctgccccaaccactgttgtgtgtgctagcgcacatccacaagcacaagcatgtcacttggagagacatgaacctaggcaatagGTACAGATTAATCCTTTTCGGCAGCCTATGAAAATTGAAGATGCTGTTTTAGACCTTCCAGCATATTCAAATT
GTTTTCTTTTCGGAATATGTTAATTAGAAGGTAATTCTGTTTAATAGAAATGTTAATCCAACCTATACAGAAATAGAATCACCATTCATTCCCAGTATTTTCCAAATGGGTACGTTGATTGGATTAACCGAAATATATATTGATTAGAATCGAGGTATGTTTATCTATTGAATTTATTGTGTTGAGAAGCTCGTGCCTCG
GTATGCTGTATATGCAAAACAAATGGAGTGATAAATCTACATACTTGTTTCAGTATACCTCAAAGCCAATGCATGTGTGATCCAGGCGCAATTCTCCACTTTGTTTGAACGATAATATTTGATTAAAATTCCTCGAAGTAGGTTAAATAACATGAATACAACAGCAAAATAGGGTGTGCACATGCTATGGCCTTTATTAC
GTTGAATGAATTGCGTATATGTTTTTTTATTTTTTTCATATATGTGTGATACGGGGGAATTGAACCCTGCCCCACCCCGTATATGTTAAATTTCATGGCATTGTTTCTATAAGCTAAACATGAAAGTTTTGTCCCTAGACTCGTTCCAACATAACTCTAGATTAGTTGTTTGAGTTGTAACAACGAGGATGACAACAAGA
AAATTTTGCTCACAAGGACTTTGTACTTGGAAGTAATTTTTAATAGCCC
Intron 2 GTGAGTATAT ... GGTTAAGCAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.78 | 2 | 7 | 0 |
| A2 | 100 | 0 | 1 | 2 |
| A3 | 100 | 0 | 4 | 0 |
| A4 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 85.71 | 1 | 6 | 0 |
| A7 | 60 | 2 | 3 | 2 |
| A8 | 62.5 | 3 | 5 | 4 |
| A9 | 60 | 6 | 9 | 1 |
| A10 | 100 | 0 | 3 | 0 |
>TRINITY_DN44855_c0_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoformGAGGTGGCCAAGAATGATAGAACATTTGTGACTTGGGACAACAATCCAAAGGGAGTTTGTACCAATGTTACCAGGCTTGGAATCGGCGAGGCAAAAGAGCCAAGAGTTCGAATCAGATCAGGATAAAATCAGCAAATACAAAAAAATAAAGATACACACATTTTGAATTAAAAGAAACTTTTTTCATTGATATTCACCAT
TAGTCACAGTCCCTAACCTGGCAAAGAGAGTCTAGCTAAACAGACTGCAAAAATGATGAAAAACCCTGGCAGTATGCACTCAGATCTATAAAAAATTTAAACATTATTAGTTTATCTAGTATATCAGGCTTCCAGCCAGTATAATGAGGTATGCACTCAGATCTATAAAAATCTGCAGAGTATTAATCTCGTGTCTTGTT
TTGCAGGAGCTCATAAGTAAAACTCATGTGCCAGCCGTTTTCTCAGATTTTTGTGAAGAAGCAGCATTTTTGGCTACCCGTTGCATTAGTAGTATCCATCCCAGTCCTCCAGCATTACCTCCGCAAGTGGAGGGTATCTATTCTGCCAAAGTCACCCAAGTTTCACACCTGCCCCAACCACTGTTGTGTGTGCTAGCGCA
CATCCACAAGCACAAGCATGTCACTTGGAGAGACATGAACCTAGGCAATAGGTACAGATTAATCCTTTTCGGCAGCCTATGAAAATTGAAGATGCTGTTTTAGACCTTCCAGCATATTCAAATTGTTTTCTTTTCGGAATATGTTAATTAGAAGGTAATTCTGTTTAATAGAAATGTTAATCCAACCTATACAGAAATAG
AATCACCATTCATTCCCAGTATTTTCCAAATGGGTACGTTGATTGGATTAACCGAAATATATATTGATTAGAATCGAGGTATGTTTATCTATTGAATTTATTGTGTTGAGAAGCTCGTGCCTCGGTATGCTGTATATGCAAAACAAATGGAGTGATAAATCTACATACTTGTTTCAGTATACCTCAAAGCCAATGCATGT
GTGATCCAGGCGCAATTCTCCACTTTGTTTGAACGATAATATTTGATTAAAATTCCTCGAAGTAGGTTAAATAACATGAATACAACAGCAAAATAGGGTGTGCACATGCTATGGCCTTTATTACGTTGAATGAATTGCGTATATGTTTTTTTATTTTTTTCATATATGTGTGATACGGGGGAATTGAACCCTGCCCCACC
CCGTATATGTTAAATTTCATGGCATTGTTTCTATAAGCTAAACATGAAAGTTTTGTCCCTAGACTCGTTCCAACATAACTCTAGATTAGTTGTTTGAGTTGTAACAACGAGGATGACAACAAGAAAATTTTGCTCACAAGGACTTTGTACTTGGAAGTAATTTTTAATAGCCC
>TRINITY_DN44855_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:AACACAGGAATTGCACACAATCAAACTTCGGGAAGCCGACGATGGCAGAGTGGAGCGAATGAAGGCAATAATGGCAACGAAGAAAACGACGGAGTGTGCAGCGAAAGGCATGGGAGGGCCATGCGTAGGCCCTGCCACCATCCGTTGTGGACTGTGCGGGGCTGTAAACTATTGTTCTACCTGCCACCAGAAAGCTCATT
GGAATGAGCACAAAGAAGAATGTAAGCGAATGGAAGAACAAATGAAATGCATAAGCTTCTTGCATGATTTCCCATTTACATTCACTGAAGAAAGTATAGAGAAGGTGGAGCTGGGGCAGATAACAAGTTGCTCTTTCTTAATAAGACAAGGACTTCATCAGGATTATTTATGGAAATTTGAATGTGCGTGTGGCCAGTCA
TTGATCACCAGCAAAGCTGTAGATGGTGAAGGGCTCCAAGCTGAGTTCCTCAAGTATGATGGCAGTTGGAACTTGCCAGGTGACATGTGCCCCTGCAGAGGACCATGGATAGAAATCAGGTACTTAGTGGATCCAGTTTCTTATTCATCCAGTTTGTCACATGCAGAGCCTCAGAGTTCGTTATCTATCGTTTTGAGTAG
CTGGGCTGATTACTACAGCTGGAGATGCCTCCCGCTTGATTCACCAGTTGCTTTGCTATTGCACTGGCCTCTAACTATTTATTATGCTCTTCAACTTATTGCTTCGAGACTACAAAACATAATGCCCAGCCCTGGGCATGAGTTGCGAATCCATTACTTGGGTCCTGAGAAGGAACTTCACCAGCTTCCAGTTTTTGGAG
AACTATGCGCTCTCTTTCCTGGTGTTCAAATACAAATAGATTTTGTTGGACCTGCAGTTCCCCATTTCAGGGATCATGAATATGCCGAACTTAATGGCTATCCAAAATGCCTTGATACATCTTGCCAATGCAAAAATTTCAGATGTGAGGAAGGTCATGCTGACCATGCAAAGCATAGGCAGTGTAAAAACCAACCTTCC
ACTGTGTCATTGCGGTTTTGGAAGGGTCTCTATCATGAACGTTTTCATGATATAACAAAAGTATCCTTCCCTCACTTAATCATAGCTCCAAATGCAGGAATTGCCGCCTACTCTAGTTGGCGATCGACAATTGAGCTCATAAGTAAAACTCATGTGCCAGCCGTTTTCTCAGATTTTTGTGAAGAAGCAGCATTTTTGGC
TACCCGTTGCATTAGTAGTATCCATCCCAGTCCTCCAGCATTACCTgtgagtatatttactttattatcagagctagttacataagttttttttgggacttccttcctctcttattatgatgaggctatcatgttgagatttagcattatggggagccattagcaacattcaatttggttaccttcggttaagcagCCGC
AAGTGGAGGGTATCTATTCTGCCAAAGTCACCCAAGTTTCACACCTGCCCCAACCACTGTTGTGTGTGCTAGCGCACATCCACAAGCACAAGCATGTCACTTGGAGAGACATGAACCTAGGCAATAGGTACAGATTAATCCTTTTCGGCAGCCTATGAAAATTGAAGATGCTGTTTTAGACCTTCCAGCATATTCAAATT
GTTTTCTTTTCGGAATATGTTAATTAGAAGGTAATTCTGTTTAATAGAAATGTTAATCCAACCTATACAGAAATAGAATCACCATTCATTCCCAGTATTTTCCAAATGGGTACGTTGATTGGATTAACCGAAATATATATTGATTAGAATCGAGGTATGTTTATCTATTGAATTTATTGTGTTGAGAAGCTCGTGCCTCG
GTATGCTGTATATGCAAAACAAATGGAGTGATAAATCTACATACTTGTTTCAGTATACCTCAAAGCCAATGCATGTGTGATCCAGGCGCAATTCTCCACTTTGTTTGAACGATAATATTTGATTAAAATTCCTCGAAGTAGGTTAAATAACATGAATACAACAGCAAAATAGGGTGTGCACATGCTATGGCCTTTATTAC
GTTGAATGAATTGCGTATATGTTTTTTTATTTTTTTCATATATGTGTGATACGGGGGAATTGAACCCTGCCCCACCCCGTATATGTTAAATTTCATGGCATTGTTTCTATAAGCTAAACATGAAAGTTTTGTCCCTAGACTCGTTCCAACATAACTCTAGATTAGTTGTTTGAGTTGTAACAACGAGGATGACAACAAGA
AAATTTTGCTCACAAGGACTTTGTACTTGGAAGTAATTTTTAATAGCCC
Intron 3 GTAGTCGTCT ... TCACATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30 | 7 | 3 | 3 |
| A2 | 42.86 | 6 | 4 | 5 |
| A3 | 33.33 | 3 | 3 | 0 |
| A4 | 15.38 | 11 | 0 | 4 |
| A5 | 45.45 | 3 | 4 | 1 |
| A6 | 47.37 | 5 | 6 | 3 |
| A7 | 39.13 | 7 | 5 | 4 |
| A8 | 23.08 | 15 | 4 | 5 |
| A9 | 29.03 | 22 | 9 | 9 |
| A10 | 41.18 | 10 | 9 | 5 |
>TRINITY_DN43441_c1_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoformGGAATTGCACACAATCAAACTTCGGGAAGCCGACGATGGCAGAGTGGAGCGAATGAAGGCAATAATGGCAACGAAGAAAACGACGGAGTGTGCAGCGAAAGGCATGGGAGGGCCATGCGTAGGCCCTGCCACCATCCGTTGTGGACTGTGCGGGGCTGTAAACTATTGTTCTACCTGCCACCAGAAAGCTCATTGGAATG
AGCACAAAGAAGAATGTAAGCGAATGGAAGAACAAATGAAATGCATAAGCTTCTTGCATGATTTCCCATTTACATTCACTGAAGAAAGTATAGAGAAGGTGGAGCTGGGGCAGATAACAAGTTGCTCTTTCTTAATAAGACAAGGACTTCATCAGGATTATTTATGGAAATTTGAATGTGCGTGTGGCCAGTCATTGATC
ACCAGCAAAGCTGTAGATGGTGAAGGGCTCCAAGCTGAGTTCCTCAAGTATGATGGCAGTTGGAACTTGCCAGGTGACATGTGCCCCTGCAGAGAGCCTCAGAGTTCGTTATCTATCGTTTTGAGTAGCTGGGCTGATTACTACAGCTGGAGATGCCTCCCTCTTGATTCACCAGTTGCTTTGCTATTGCACTGGCCTCT
AACTATTTATTATGCTCTTCAACTTATTGCTTCGAGACTACAAAACATAATGCCCAGCCCTGGGCATGAGTTGCGAATCCATTACTTGGGTCCTGAGAAGGAACTTCAGCAGCTTCCAGTTTTTGGAGAACTATGCGCTCTCTTTCCTGGTGTTCAAATACAAATAGATTTTGTTGGACCTGCAGTTCCCCATTTCAGGG
ATCATGAATATGCCGAACTTAATGGCTATCCAAAATGCCTTGATACATCTTGCCAATGCAAAAATTTCAGATGTGAGGAAGGTCATGCTGACCATGCAAAGCATAGGCAGTGTAAAAACCAACCTTCCACTGTGTCATTGCGGTTTTGGAAGGGTCTCTATCATGAACGTTTTCATGATATAACAAAAGTATCCTTCCCT
CACTTAATCATAGCTCCAAATGCAGGAATTGCCGCCTACTCTAGTTGGCGATCGACAATTGAGCTCATAAGTAAAACTCATGTGCCAGCCGTTTTCTCAGATTTTTGTGAAGAAGCAGCATTTTTGGCTACCCGTTGCATTAGTAGTATCCATCCCAGTCCTCCAGCATTACCTGTACAGATTAATCCTTTTCGGCAGCC
TATGAAAATTGAAGATGCTGTTTTAGACCTTCCAGCATATTCAAATTGTTTTCTTTTTGGAATATGTTAATGAGAAGGTAATTCTATTTAATAGAAATGTTAATCCAACCTATACAGAAATAGAATCACCATTCATTCCCAGTATTTTCCAAATGGGTACGTTGATTGGATTAACCGAAATATATATTGATTAGAATCGA
GGTATGCTTATCTATTGAATTTATTGTGTTGAGAAGCTCGTGCCTCGGTATGCTGTATATGCAAAACAAATGGAGTGATAAATCTACATACTTGTTTCAGTATACCTCAAAGCCAATGCATGTGTGATCCAGGCGCAATTCTCCACTTTGTTTGAACGATAATATTTGATTAAAATTCCTCGAAGTAGGTTAAATAACAT
GAATACAACAGCAAAATAGGGTGTGCACATGCTATGGCCTTTATTACGTTGAATGAATTGCGTATATGTTTTTTTATTTTTTTCATATATGTGTGATACGGGGGAATTGAACCCTGCCCCACCCCGTATATGTTAAATTTCATGGCATTGTTTCTATAAGCTAAACATGAAAGTTTTGTCCCTAGACTCGTTCCAACATA
ACTCTAGATTAGTTGTTTGAGTTGTAACAACGAGGATGACAACAAGAAAATTTTGCTCACAAGGACTTTGTACTTGGAAGTAATTTTTAATAGCCATTTAAGTAAATTTGTACTTGGAAGTAATTTTTAATAGCCATTTAAGTAAATTTGTACTTGGAAGTAATTTTTA
>TRINITY_DN43441_c1_g1_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:GGAATTGCACACAATCAAACTTCGGGAAGCCGACGATGGCAGAGTGGAGCGAATGAAGGCAATAATGGCAACGAAGAAAACGACGGAGTGTGCAGCGAAAGGCATGGGAGGGCCATGCGTAGGCCCTGCCACCATCCGTTGTGGACTGTGCGGGGCTGTAAACTATTGTTCTACCTGCCACCAGGTGGAGCTGGGGCAGA
TAACAAGTTGCTCTTTCTTAATAAGACAAGGACTTCATCAGGATTATTTATGGAAATTTGAATGTGCGTGTGGCCAGTCATTGATCACCAGCAAAGCTGTAGATGGTGAAGGGCTCCAAGCTGAGTTCCTCAAGTATGATGGCAGTTGGAACTTGCCAGGTGACATGTGCCCCTGCAGAGgtagtcgtctggatgcagat
tataccatggatagaaatcaggtacttagtggatccagtttcttattcatccagtttgtcacatgcagAGCCTCAGAGTTCGTTATCTATCGTTTTGAGTAGCTGGGCTGATTACTACAGCTGGAGATGCCTCCCTCTTGATTCACCAGTTGCTTTGCTATTGCACTGGCCTCTAACTATTTATTATGCTCTTCAACTTA
TTGCTTCGAGACTACAAAACATAATGCCCAGCCCTGGGCATGAGTTGCGAATCCATTACTTGGGTCCTGAGAAGGAACTTCAGCAGCTTCCAGTTTTTGGAGAACTATGCGCTCTCTTTCCTGGTGTTCAAATACAAATAGATTTTGTTGGACCTGCAGTTCCCCATTTCAGGGATCATGAATATGCCGAACTTAATGGC
TATCCAAAATGCCTTGATACATCTTGCCAATGCAAAAATTTCAGATGTGAGGAAGGTCATGCTGACCATGCAAAGCATAGGCAGTGTAAAAACCAACCTTCCACTGTGTCATTGCGGTTTTGGAAGGGTCTCTATCATGAACGTTTTCATGATATAACAAAAG