sp|Q9FK23|MTEF8_ARATH ----> Transcription termination factor MTERF8, chloroplastic

Intron 1 GTAAATTGTC ... AATTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.31	1	13	11
A2	100	0	6	18
A3	84.21	3	19	13
A4	100	0	3	25
A5	100	0	11	35
A6	72.22	10	10	42
A7	91.67	5	37	73
A8	97.85	1	22	69
A9	89.09	6	19	79
A10	78.79	14	37	67

>TRINITY_DN48331_c0_g1_i14 from sample A7 / Example spliced isoform

GAATCTCTCTTCCACCTTTTCATTACATGTTTTTTTTTCAAACAGGTTTGGCAGGATATATATGGATACCTGGATATACATTTCGATTGGGAATAGTTGGATCTTGAAGCAAATTTTATTAACTAGAGGAAGAGAGTACCAGGAATTTGCCAATATTTGTTTGTTGTTCTATTTGAAGGCAAGAAATAGGGCTTTATTTG
AAGATGGAAAGGATATTTAGTAAGCCTCTCAGTGGATGAGAATTGCCATTTTAAAAGGTGATCTCTCCAGGCTCTACCCTCGTTAAACCCTACTCGGTGATTCAGCCTTCCAACCAGCGCCCAGCTTTGAGTACTAGTCGATTCCGCTCGTGCACTTCAGGATATTTACCATGGTGGGAAAGCTGGAAAGTTGAT

>TRINITY_DN48331_c0_g1_i15 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAATCTCTCTTCCACCTTTTCATTACATGTTTTTTTTTCAAACAGGTTTGGCAGGATATATATGGATACCTGGATATACATTTCGATTGGGAATAGTTGGATCTTGAAGCAAATTTTATTAACTAGAGGAAGAGAGTACCAGGAATTTGCCAATATTTGTTTGTTGTTCTATTTGAAGGCAAGAAATAGGGCTTTATTTG
AAGATGGAAAGGATATTTAGTAAGCCTCTCAGTGGATGAGAATTGCCATTTTAAAAGGTGATCTCTCCAGGCTCTACCCTCGTTAAACCCTACTCGGTGATTCAGCCTTCCAACCAGCGCCCAGCTTTGAGTACTAGTCGATTCCGCTCGTGCACTTCAGgtaaattgtctatccctttttcaaaaccctcattcgtatg
ggactctgtattttctatttcacagacgatgatgcctattcagttgaagatatggaaacgatcgatcaccaaccaacacctattatcatgccattgcccctcaatagcgatttctccgcttccttctcttccactttaggcaaattcccacacagaatttgccaatttctgtaaccagatggcaaccccatccacgactc
caccagacaggggcattgtcactgagtttctcatcagcaaatgcggtctaacacaagaagatatcaccaaagcctttagacattgcaatttcaggctccgtcaaaaatctacccataatttggaagaagttttggagttgttaaagggctgtggtttgaccgcccctgcgcaggttcgaacggtggtccttcgtaaccct
aagctgctctttcatagatccgaaagaaacgtaaagcctaagctcagcttccttaggactttcatgaaggaagaggatatgcgcaaactagttttaagagatgcaatcatatttgatgctgcagaggataagcttaaatctgcaatttcacttttgcaaagattgggcgttgatggtgaagcattatcacatcttgtgat
gagggcaccccgtctactactgactacagaggaaaaagttatggaatcatttgaattgacggagaatttcgggtttaagaagggatcaaagttttttgcacttgttgtgcgctcgattttgggagtagggaaagaaaaaatagaacgaagactgcattgcttgagctgtttaggtttctccgaaaagcaaatttcggtat
taactagtcgggatccggagtttctgtcgctaacagaggaaaccttgaagcgtaaagtagattttgtggtcaatactatgggacttccattggctgcttttgtgtcgaatccgtatctgttttagcgcagtttggagaacaggataattcctcggtatagagtaatggaggcattgaagtccatgcaagggcaggagttg
aaaataaagataccttatacaaggatttttaagctgactgataaacattttttcgaaaattatgttaatgagaatgctaaatcctcaattctgcagGATATTTACCATGGTGGGAAAGCTGGAAAGTTGATGATTGACAAGGAGACACGCAGTGATTGATTACATCAAGGAGATTCACAGAGTTCGTCAGGACTTGAAAC
ATGATTTTTCCTCTGCAATAATTTTCTTTTTGAAGTTATTCTTTTCAGCCAGATATCTTTAAGACTCCAGCTTATGACGGTTCTATGGCTTCCTTGGCACAAGAAAACTCCAAAAGAACTGTTGTAATGTCGAAGTCATACAGCTACCAGCTAGCATTTAAGCATATTTCAACACAGATATATTTCGTCTTGGGGACCGG
GTGTTCTTGAGAATGACGGCGCATTCCTGGCGGATATCTTCTGCTGTGTTATCAGGTAGGCTTTTAACACTGTTCTCAACGCTGCAAATGATGTCTTTAATGGGATCTTCCGTGGAGCGATAGCAAAATTAAGATCTTTCTCCAAAAGTTTTGTAGTGGCTTTATCCAAATTTATACCTGCATTGATGACGCAGTTATTT
TTCTTAGCGGAAAAGGGTTGCTGTTTTCTAGTCAAACGATCAAACTTCGTGTTCTGCTTTCCTGTAGCTGTAATATATGTTCGCTCGGCTTTGATAGCAGTGCCAACTTCCACATTTATCCAAAATTCTATGCGTAAAACTCTCTCGAGAGACAAATGAAGATCGAATGTGTGCTTAGAAAGACCATCCAGCACACGTCT
GACGTGTTTTATTTCTCCTTGGATCAGCTTGAGACTGAGATTGAAAAACGCGTGGGAATATATCTTTTAAACAATGGTCAAGAGCTGCGAAGCAAGGGACAGCACAGTTGTCATGACATCTTTTTAGAAACGCCAGATCCGCCGATCTGCGAGCGATCTTAATCCTTAGGCTTTCAAATTTCCGGATTCTATGAAGCATC
TCCCTTCCACGAAAGTTGCCAGAGTTCCTCTAGTTGAGAGCATCCTAATAGATTTGCTCTTGAGTCTTCCCAATGCCCAAGCTTACCAAAACCTTCAGGGACTTTACCAAATGTTTGCATTCCAACAGGTTCAACTTAAACAGCTGAGTTTGCCAAAGATTTTAGGTAACCTTGACAAGTTCTTGCATCCGAACATATTC
AACTTTTAAATCTCTCAATGCTACCAGAGAATCAAAATCAGTTGGCCGTTGCTCTAACTTATACACCTCCAAAGAACCAGAGAATCAAAACCAGTTGGCAGTTGCTCTAACTTATACACCTTCAAAGAAGAAAGTTTACCAAAAAATTTGGGCAACCTTGGCAAACCCCCACATCTGGACATTTTGCACTCAATGCTTTT
GAAGAATGAAAGTTGCGAGAAATTTGATGTCTCCGAACAATTAAGTTATCCAAATTCTGGAATTGTCGAGGACTGGTAAGATTTGGCATTTCCTTTTTCAGGAATGGAGATTGTTCTTATCTAGTTTCTTAGCACATGGCACATGATGGGATTTGCAGTGGCTTAAGTGCACTTGGGAACATTTTGTTTTGTTTTATTGA
TTTGTATAATTTTGCACGGAAGAACTTTGGAGTTGGGGCACTCACTCAACTCTTGTAGTTATCGTACCTAGGAAATACATTTTTAAAAATTAAAATAATTTCAACAACCAAAGGAATGCCTCTCATCCTGAAATTTTTTAAATTTAAGATTATTGAAAAATGTTGTTGTAAAAGAACATAAATTTATACTAGAACGTTGC
TATTTGACTCTATAAAAAGGGTTGTCTCGTTATTAGTAGCGCTGTTCCCAAGATTGATACTTAATAAAATATGTTTCCTTCTAACACCAAAGTTACGTTTCATGAGTTTTTAC

Intron 2 GTAAATTGTC ... TCCTCAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.59	1	13	12
A2	100	0	6	19
A3	82.86	3	19	10
A4	100	0	3	16
A5	100	0	11	20
A6	66.1	10	10	29
A7	92	5	37	78
A8	97.62	1	22	60
A9	87.23	6	19	63
A10	77.95	14	37	62

>TRINITY_DN48331_c0_g1_i14 from sample A7 / Example spliced isoform

GAATCTCTCTTCCACCTTTTCATTACATGTTTTTTTTTCAAACAGGTTTGGCAGGATATATATGGATACCTGGATATACATTTCGATTGGGAATAGTTGGATCTTGAAGCAAATTTTATTAACTAGAGGAAGAGAGTACCAGGAATTTGCCAATATTTGTTTGTTGTTCTATTTGAAGGCAAGAAATAGGGCTTTATTTG
AAGATGGAAAGGATATTTAGTAAGCCTCTCAGTGGATGAGAATTGCCATTTTAAAAGGTGATCTCTCCAGGCTCTACCCTCGTTAAACCCTACTCGGTGATTCAGCCTTCCAACCAGCGCCCAGCTTTGAGTACTAGTCGATTCCGCTCGTGCACTTCAGGATATTTACCATGGTGGGAAAGCTGGAAAGTTGAT

>TRINITY_DN48331_c0_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAATCTCTCTTCCACCTTTTCATTACATGTTTTTTTTTCAAACAGGTTTGGCAGGATATATATGGATACCTGGATATACATTTCGATTGGGAATAGTTGGATCTTGAAGCAAATTTTATTAACTAGAGGAAGAGAGTACCAGGAATTTGCCAATATTTGTTTGTTGTTCTATTTGAAGGCAAGAAATAGGGCTTTATTTG
AAGATGGAAAGGATATTTAGTAAGCCTCTCAGTGGATGAGAATTGCCATTTTAAAAGGTGATCTCTCCAGGCTCTACCCTCGTTAAACCCTACTCGGTGATTCAGCCTTCCAACCAGCGCCCAGCTTTGAGTACTAGTCGATTCCGCTCGTGCACTTCAGgtaaattgtctatccctttttcaaaaccctcattcgtatg
ggactctgtattttctatttcacagacgatgatgcctattcagttgaagatatggaaacgatcgatcaccaaccaacacctattatcatgccattgcccctcaatagcgatttctccgcttccttctcttccactttaggcaaattcccacacagaatttgccaatttctgtaaccagatggcaaccccatccacgactc
caccagacaggggcattgtcactgagtttctcatcagcaaatgcggtctaacacaagaagatatcaccaaagcctttagacattgcaatttcaggctccgtcaaaaatctacccataatttggaagaagttttggagttgttaaagggctgtggtttgaccgcccctgcgcaggttcgaacggtggtccttcgtaaccct
aagctgctctttcatagatccgaaagaaacgtaaagcctaagctcagcttccttaggactttcatgaaggaagaggatatgcgcaaactagttttaagagatgcaatcatatttgatgctgcagaggataagcttaaatctgcaatttcacttttgcaaagattgggcgttgatggtgaagcattatcacatcttgtgat
gagggcaccccgtctactactgactacagaggaaaaagttatggaatcatttgaattgacggagaatttcgggtttaagaagggatcaaagttttttgcacttgttgtgcgctcgattttgggagtagggaaagaaaaaatagaacgaagactgcattgcttgagctgtttaggtttctccgaaaagcaaatttcggtat
taactagtcgggatccggagtttctgtcgctaacagaggaaaccttgaagcgtaaagtagattttgtggtcaatactatgggacttccattggctgcttttgtgtcgaatccgtatctgttttagcgcagtttggagaacaggataattcctcggtatagagtaatggaggcattgaagtccatgcaagggcaagagttg
aaaataaagataccttatatacagatttttatgttgacagataaacatttcttcgaaaaatatgttaatgagaatgctaaatcctcaatagGATATTTACCATGGTGGGAAAGCTGGAAAGTTGATTGACAAGGAGACACACAGTGATTGATTACATCAAAGAGATTCATAGAAGTTCTGATAGTTGAAACATGAATTTT
CCTATGCAATAATTTTCCTTTTCAAGTTATTCTTTTTCAGTCGGATATCATTAAGACTCCAGCTTATGACAGTTATATGGCTTCCTTGGCACAGGAAAACTCCAAAAGAACTGCTGTAATGCCGAAGTCATACAGCTACCTACAACATTTATTCCTTCTTTTTAATTGTGGATACAACTAACACCCTCCTTTCTGTTTTC
CGTTGACTTTATCTGTGTAATTGGACTTTTTATATCAACAGAAGTGAGAAAACGGATTTTTTTTATCAACATAGCACCTTTTGTTGTTGTCTGTCAAGAACTCTTACCTTTATGATTTATGCAAACAACTCACTGTTTTAGTGAACAGAATCTGGGCTGCCTCTAAAGGCCTACCTGTCTTGTCAGCAAGAACAACCAAA
TTCCGATAACTCATATTAAGAAGAATTTTGTGAATTAGCTGTTCTTAAAATGCCCATGGATTTTGTTCATGGTTCTAAACTTTTAAATGTGTAGTTACCAATCTATGCATTTTGAAAACGATTTTTTCTAGTTTCCTCTTTATACACATATTCTTCTGTATGATATGGGCACATCCTCAAATATGTAGTCCTCATTTGCA
GTACCCAACGCCAAGTCAAATAGTTCACATTATATTACCTTTTAAGAATGTTCTAGTATATCCTTGTGTTGATCTTTGTGCCTTGAAGCTTGTAAGGTGTCAAATTGTGCAAGCTTTTTGTGCCATGCAAGTGTACATGTTTCCTTGGATGAACAATTGTAGGCATAGATGAGCCCAAATGTAAGGATAAATGATCCCAC
ATCACTCTTTAGAATTCCTGCACTGCATGAACATAGCAAGAAATAAAATTATTAAAATTTAGGTTTTGTATGATTGTAGTAGGCATAGGCATCTCCAGTAGTATAATTTTATACTAGGATATTTAAACATATAGCTCTAAACTTGTGAACCTCATACTAGCAAGGGAAATTTCGTGGCTTCTTTATCACCTTGTGTTTTA
ACTGGATAATTATTTGACTTCAATGTCGAATCACTATTCTGTATATTCCCACACACTCTATCTGTATGCTATCTGATCTCTCAGTCTCTGTGCA

Intron 3 GTAAATTGTC ... CTTGGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	8	2
A2	71.43	2	6	4
A3	88.89	1	16	0
A4	100	0	2	1
A5	61.9	4	13	0
A6	59.26	11	17	15
A7	71.83	10	31	20
A8	69.81	8	19	18
A9	74.68	10	30	29
A10	60.66	12	28	9

>TRINITY_DN48331_c0_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoform

GAATCTCTCTTCCACCTTTTCATTACATGTTTTTTTTTCAAACAGGTTTGGCAGGATATATATGGATACCTGGATATACATTTCGATTGGGAATAGTTGGATCTTGAAGCAAATTTTATTAACTAGAGGAAGAGAGTACCAGGAATTTGCCAATATTTGTTTGTTGTTCTATTTGAAGGCAAGAAATAGGGCTTTATTTG
AAGATGGAAAGGATATTTAGTAAGCCTCTCAGTGGATGAGAATTGCCATTTTAAAAGGTGATCTCTCCAGGCTCTACCCTCGTTAAACCCTACTCGGTGATTCGGTCTTCCAACCGGCGCCCAGTTTTGAGCACTCATCGATTCCGCTTGTGCACTTCAGGAAAACTCCAAAAGAACTGCTGTAATGCCGAAGTCATACA
GCTACCTACAACATTTATTCCTTCTTTTTAATTGTGGATACAACTAACACCCTCCTTTCTGTTTTCCGTTGACTTTATCTGTGTAATTGGACTTTTTATATCAACAGAAGTGAGAAAACGGATTTTTTTTATCAACATAGCACCTTTTGTTGTTGTCTGTCAAGAACTCTTACCTTTATGATTTATGCAAACAACTCACT
GTTTTAGTGAACAGAATCTGGGCTGCCTCTAAAGGCCTACCTGTCTTGTCAGCAAGAACAACCAAATTCCGATAACTCATATTAAGAAGAATTTTGTGAATTAGCTGTTC

>TRINITY_DN48331_c0_g1_i18 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TACGTTTCTTGAAAGGGATGGTTTCGTTGGTAGCTATAGAAGTTTAGCCGTGATGACCTATACGTGAGGGGACTCACTTTTGACGTTAAATAAAACCGTGGGGAACATCAGGCAGCTCCCTAAACCCTAATCGGTTATCTCTCCAGGCTCCACACTCGTTAAACCCTACTCGGTGATTCGGTCTTCCAACCGGCGCCCAG
TTTTGAGCACTCATCGATTCCGCTTGTGCACTTCAGgtaaattgtctatccctatttcaaaaccctcattcgtacgagtctctgtattttctatttcacagaggataatgtctgttcagttgaagatatggaaacgattgatcaccaaccaactcctattgtcatgccatcgcccctcaatagcgatttctctgttttct
tctcttccactttatgcaaattcccgcacaaaatttgccaatttctgtaaccaaatgacaacccaatccacgactccaccagacaggggcattgtcactgagtttctcatcagcaaatgcggtctaacacaagaagatatcaccaaagcctttagacattgcaatttcaggctccgtcaaaaatctacccataatttgga
agaagttttggagttgttaaagggctgtggtttgaccgcccctgcgcaggttcgaacggtggtccttcgtaaccctaagctgctctttcatagatccgaaagaaacgtaaagcctaagctcagcttccttaggactttcatgaaggaagaggatatgcgcaaactagttttaagagatgcaatcatatttgatgctgcag
aggataagcttaaatctgcaatttcacttttgcaaagattgggcgttgatggtgaagcattatcacatcttgtgatgagggcaccccgtctactactgactacagaggaaaaagttatggaatcatttgaattgacggagaatttcgggtttaagaagggatcaaagttttttgcacttgttgtgcgctcgattttggga
gtagggaaagaaaaaatagaacgaagactgcattgcttgagctgtttaggtttctccgaaaagcaaatttcggtattaactagtcgggatccggagtttctgtcgctaacagaggaaaccttgaagcgtaaagtagattttgtggtcaatactatgggacttccattggctgcttttgtgtcgaatccgtatctgtttta
gcgcagtttggagaacaggataattcctcggtatagagtaatggaggcattgaagtccatgcaagggcaagagttgaaaataaagataccttatatacagatttttatgttgacagataaacatttcttcgaaaaatatgttaatgagaatgctaaatcctcaataggatatttaccatggtgggaaagctggaaagttg
attgacaaggagacacacagtgattgattacatcaaagagattcatagaagttctgatagttgaaacatgaattttcctatgcaataattttccttttcaagttattctttttcagtcggatatcattaagactccagcttatgacagttatatggcttccttggcacagGAAAACTCCAAAAGAACTGCTGTAATGCCG
AAGTCATACAGCTACCTACAACATTTATTCCTTCTTTTTAATTGTGGATACAACTAACACCCTCCTTTCTGTTTTCCGTTGACTTTATCTGTGTAATTGGACTTTTTATATCAACAGAAGTGAGAAAACGGATTTTTTTTATCAACATAGCACCTTTTGTTGTTGTCTGTCAAGAACTCTTACCTTTATGATTTATGCAA
ACAACTCACTGTTTTAGTGAACAGAATCTGGGCTGCCTCTAAAGGCCTACCTGTCTTGTCAGCAAGAACAACCAAATTCCGATAACTCATATTAAGAAGAATTTTGTGAATTAGCTGTTCTTAAAATGCCCATGGATTTTGTTCATGGTTCTAAACTTTTAAATGTGTAGTTACCAATCTATGCATTTTGAAAACGATTT
TTTCTAGTTTCCTCTTTATACACATATTCTTCTGTATGATATGGGCACATCCTCAAATATGTAGTCCTCATTTGCAGTACCCAACGCCAAGTCAAATAGTTCACATTATATTACCTTTTAAGAATGTTCTAGTATATCCTTGTGTTGATCTTTGTGCCTTGAAGCTTGTAAGGTGTCAAATTGTGCAAGCTTTTTGTGCC
ATGCAAGTGTACATGTTTCCTTGGATGAACAATTGTAGGCATAGATGAGCCCAAATGTAAGGATAAATGATCCCACATCACTCTTTAGAATTCCTGCACTGCATGAACATAGCAAGAAATAAAATTATTAAAATTTAGGTTTTGTATGATTGTAGTAGGCATAGGCATCTCCAGTAGTATAATTTTATACTAGGATATTT
AAACATATAGCTCTAAACTTGTGAACCTCATACTAGCAAGGGAAATTTCGTGGCTTCTTTATCACCTTGTGTTTTAACTGGATAATTATTTGACTTCAATGTCGAATCACTATTCTGTATATTCCCACACACTCTATCTGTATGCTATCTGATCTCTCAGTCTCTGTGCA

Intron 4 GTAGGCTTTT ... GTTTTTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.11	7	11	2
A2	50	5	5	0
A3	50	2	2	4
A4	62.91	6.5	11	1
A5	58.34	1.5	2	2
A6	56.63	10	13	1
A7	50	14	14	1.5
A8	39.72	20	13	12
A9	55.34	10.5	13	3
A10	50.86	5.5	5.5	2

>TRINITY_DN45528_c1_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

CTGAGAGTTCGTCAGGACTTGAAACATGAATTCTCCTCTGCACTAATTTTCTTTTTCAAGTTATTCTTTTCAGCCAGATATCATTAAGAATCCAGCTTATGACAGTTCTATGGCTTCCTTGGCACAAGAAAACTCCAAAAGAACTGTTGTATTGTCGAAGCCATACAGCTACCAGCTAGCATTTGAGCATATTTAAACAC
AGTGGTATTGGGTTTGCCATATGGCAACTAATTCAAACTGGATGATGATGATGCTGCTTCAAACTGGCAACTAAATATCAACGAGTGCTTTGAATTATTATTTGTAGATGTTCCTCAACATTATCAAGTATTGATATAGTAGAGTTGACTCAAATCACTCTGATAAGTAAATATGAGTTTCAAAATGAATATGTTTGTAG
TTCACTTTAAATCTTTTTGCAGCTGAGACTAAATTTCCCAAGGTTGTGGACAGTATATATGGAAATTATTTGTTAATAATTATGCTTTATTTGGATGAGTGATGTGTACTTATTTCAAAATTTTAGTTTCGGGGTCCAGAAGAAAAGGGGAAGGGGTTGTGTTCTATATCTTGTTGATTTTGAGGCATGTCAAAGGGCC

>TRINITY_DN45528_c1_g1_i10 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTGAGAGTTCGTCAGGACTTGAAACATGAATTCTCCTCTGCACTAATTTTCTTTTTCAAGTTATTCTTTTCAGCCAGATATCATTAAGAATCCAGCTTATGACAGTTCTATGGCTTCCTTGGCACAAGAAAACTCCAAAAGAACTGTTGTATTGTCGAAGCCATACAGCTACCAGCTAGCATTTGAGCATATTTAAACAC
AGgtaggcttttaacactgttctcaacgctgcaaatgatgtctttaatgggatcttccgtggagcgatagcaaaattaagatctttctccaaaagttttgtagtggctttatccaaatttatacctgcattgatgacgcagttatttttcttagcggaaaagggttgctgttttctagtcaaacgatcaaacttcgtgtt
ctgctttcctgtagctgtaatatatgttcgctcggctttgatagcagtgccaacttccacatttatccaaaattctatgcgtaaaactctctcgagagacaaatgaagatcgaatgtgtgcttagaaagaccatccagcacacgtctgacgtgttttatttctccttggatcagcttgagactgagattgaaaaacgcgt
gggaatatatcttttaaacaatggtcaagagctgcgaagcaagggacagcacagttgtcatgacatctttttagaaacgccagatccgccgatctgcgagcgatcttaatccttaggctttcaaatttccggattctatgaagcatctcccttccacgaaagttgccagagttcctctagttgagagcatcctaatagat
ttgctcttgagtcttcccaatgcccaagcttaccaaaaccttcagggactttaccaaatgtttgcattccaacaggttcaacttaaacagctgagtttgccaaagattttaggtaaccttgacaagttcttgcatccgaacatattcaacttttaaatctctcaatgctaccagagaatcaaaatcagttggccgttgct
ctaacttatacacctccaaagaaccagagaatcaaaaccagttggcagttgctctaacttatacaccttcaaagaagaaagtttaccaaaaaatttgggcaaccttggcaaacccccacatctggacattttgcactcaatgcttttgaagaatgaaagttgcgagaaatttgatgtctccgaacaattaagttatccaa
attctggaattgtcgaggactggtaagatttggcatttcctttttcaggaatggagattgttcttatctagtttcttagcacatggcacatgatgggatttgcagtggcttaagtgcacttgggaacattttgttttgttttattgatttgtataattttgcacggaagaactttggagttggggcactcactcaactct
tgtagttatcgtacctaggaaatacatttttaaaaattaaaataatttcaacaaccaaaggaatgcctctcatcctgaaattttttaaatttaagattattgaaaaatgttgttgtaaaagaacataaatttatactagaacgttgctatttgactctataaaaagggttgtctcgttattagtagcgctgttcccaaga
ttgatacttaataaaatatgtttccttctaacaccaaagttacgtttcatgagtttttacttaactggacctttgtttttatagtggtattgggtttgccatatggcaactaattgaacctttgtttttatagTGGTATTGGGTTTGCCATATGGCAACTAATTCAAACTGGATGATGATGATGCTGCTTCAAACTGGCA
ACTAAATATCAACGAGTGCTTTGAATTATTATTTGTAGATGTTCCTCAACATTATCAAGTATTGATATAGTAGAGTTGACTCAAATCACTCTGATAAGTAAATATGAGTTTCAAAATGAATATGTTTGTAGTTCACTTTAAATCTTTTTGCAGCTGAGACTAAATTTCCCAAGGTTGTGGACAGTATATATGGAAATTAT
TTGTTAATAATTATGCTTTATTTGGATGAGTGATGTGTACTTATTTCAAAATTTTAGTTTCGGGGTCCAGAAGAAAAGGGGAAGGGGTTGTGTTCTATATCTTGTTGATTTTGAGGCATGTCAAAGGGCC

Intron 5 GTAGGTTTTT ... ATTCCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	2
A2	100	0	7	6
A3	76.39	1	6.5	0
A4	76.39	2	9	4
A5	66.67	1	0	4
A6	67.33	6	18.8	6
A7	100	0	5	7
A8	74.45	3	8.5	9
A9	80.47	2	9.5	7
A10	83.56	3	19.5	11

>TRINITY_DN44047_c0_g2_i10 from sample A6 / Example spliced isoform

GTTAAACCCTACTCGGTGATTCAGCCTTCCAACCAGCGCCCAGCTTTGAGTACTAGTCGATTCCGCTCGTGCACTTCAGGATATTTACCATGGTGGGAAAGCTGGAAAGTTGATGATTGACAAGGAGACACGCAGTGATTGATTACATCAAGGAGATTCACAGAGTTCGTCAGGACTTGAAACATGATTTTTCCTCTGCA
ATAATTTTCTTTTTGAAGTTATTCTTTTCAGCCAGATATCTTTAAGACTCCAGCTTATGACGGTTCTATGGCTTCCTTGGCACAAGAAAACTCCAAAAGAACTGTTGTAATGTCGAAGTCATACAGCTACCAGCTAGCATTTAAGCATATTTCAACACAGATATATTTCGTCTTGGGGACCGGGTGTTCTTGAGAATGAC
GGCGCATTCCTGGCGGATATCTTCTGCTGTGTTATCAGCTGTAATATATGTTCCCTCGGCTTTCATCGCAGTGCCGATTTCCACATTTATCCAAAAGTCTATGAGTAAAACCCTAGATAGAGACAAATGAAGATCGAATGCGTGCTTCGAAAGACCATCCAGCACATGTCTGATGCGTTTTATTTCTCCTCGGATCCGCT
TGAGACTGAGATCGAAAAACACATGGGAATACTCATCTTTTGAAGAAGGGTTAAGAGTTGCGAAGCAAGGAATAACACAGTTCTTAGTGTGGAGATTTTAAGTGGTAAGACATTGTGTTAAAGATTCTGGATTTCCATTGTGATGGAGTTTAAAAAACTAAATGGACACTCCACCCATCTTCCACCCATCTTTGAGGAAT
CATAATGAAGTTGTAAGAAACATTGATTATAATCTTCCGAGGATGGGTGGAGTGTAAGAAATATTGTCGATGACTTTTATGTTAATGAGCGAGAAAACATATATTTGTAAAAATAATTTATAAGTAAAAGTTTGGAACAATTCCCTATACATGTACTTTTGGTATTTTTGATTAGTTGGTTATGGCAAGCAACTTAGATT
GGTGTACATATTAATAGAGATCTCTTCAATTCCCTATACATGTACTTTT

>TRINITY_DN44047_c0_g2_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTTAAACCCTACTCGGTGATTCAGCCTTCCAACCAGCGCCCAGCTTTGAGTACTAGTCGATTCCGCTCGTGCACTTCAGGATATTTACCATGGTGGGAAAGCTGGAAAGTTGATGATTGACAAGGAGACACGCAGTGATTGATTACATCAAGGAGATTCACAGAGTTCGTCAGGACTTGAAACATGATTTTTCCTCTGCA
ATAATTTTCTTTTTGAAGTTATTCTTTTCAGCCAGATATCTTTAAGACTCCAGCTTATGACGGTTCTATGGCTTCCTTGGCACAAGAAAACTCCAAAAGAACTGTTGTAATGTCGAAGTCATACAGCTACCAGCTAGCATTTAAGCATATTTCAACACAGATATATTTCGTCTTGGGGACCGGGTGTTCTTGAGAATGAC
GGCGCATTCCTGGCGGATATCTTCTGCTGTGTTATCAGgtaggtttttaacactgttctcaacgctgcaaatgatgtcttcgaatgggatcttccgtggagcgatagcaaaattaagaccttcctccaaaagttttttagtggctttatccaaatttatacctgcaagattgatgacgcacttattttgcttagcggaaa
tgggtcgttgttttctcgtcaaatgatcaaactttgtggtttgcattcctgtagCTGTAATATATGTTCCCTCGGCTTTCATCGCAGTGCCGATTTCCACATTTATCCAAAAGTCTATGAGTAAAACCCTAGATAGAGACAAATGAAGATCGAATGCGTGCTTCGAAAGACCATCCAGCACATGTCTGATGCGTTTTATT
TCTCCTCGGATCCGCTTGAGACTGAGATCGAAAAACACATGGGAATACTCATCTTTTGAAGAAGGGTTAAGAGTTGCGAAGCAAGGAATAACACAGTTCTTAGTGTGGAGATTTTAAGTGGTAAGACATTGTGTTAAAGATTCTGGATTTCCATTGTGATGGAGTTTAAAAAACTAAATGGACACTCCACCCATCTTCCA
CCCATCTTTGAGGAATCATAATGAAGTTGTAAGAAACATTGATTATAATCTTCCGAGGATGGGTGGAGTGTAAGAAATATTGTCGATGACTTTTATGTTAATGAGCGAGAAAACATATATTTGTAAAAATAATTTATAAGTAAAAGTTTGGAACAATTCCCTATACATGTACTTTTGGTATTTTTGATTAGTTGGTTATG
GCAAGCAACTTAGATTGGTGTACATATTAATAGAGATCTCTTCAATTCCCTATACATGTACTTTT