sp|Q84K35|PUMY_ARATH ----> Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

Intron 1 GTATCCTTTT ... ACAAATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	3	0	2
A2	47.37	5	7	2
A3	33.33	1	1	0
A4	33.33	3	1	2
A5	100	0	0	1
A6	22.22	28	8	8
A7	28.3	19	8	7
A8	24.14	22	8	6
A9	21.05	30	5	11
A10	23.08	10	0	6

>TRINITY_DN42951_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

TCTAAATTCCCATTAGTCAACAGAACTGTAACTTAATGGAAATTTCAAAGTGGAGCGGGAGGAAGATTGGAGATGTGTTTGTTCGATATATACCAGTTTATCTCAGTAATGTGTAACGACTGCAAGAGTTGACGCTGAACACTTTACAAGTAAAAGCCAAGGTGTTTGACAATGAAAGATTGTTGTCGAGGAGACTAGAC
AGAATTGGGATTGTAGTTCACCAGAGCATATTGATTGTTATAGCAAAGGAAAGGGCTCGGAACAATCGCAGCTCAGCTTAAAATTCACAATACAATATGAGCCAACAGGATGGGAGGGCGAGGAGGATGTGGGGTGCAGCCTCAAGAGTGGCCAACATTCGCAGCCATTTCTCACGCTCACCTGGTGATGCTGACAAGGT
TTATACATCGAGTTTCAAGGTTGCACCTTTGGTGCAGCGTGCTCTTTTGGATGGACTTCCTATAGTTGCTCTTGAGTCTACCATAATTTCACACGGTATGCCATACCCACAGAATTTGGAGACTGCAAAGCAGGTTGAGATGATTGTGAAGGAGAATGGAGCTGTTCCTGCAACAATAGCAATCTTGAATGGCATTCCTC
ATATAGGTTTGACCACAATGGAATTAGAGGAACTTGCTAAATTGGGTCCTAAAGCTTTGAAGACCGCACGAAGAGACATAGCATATGTTGTTGCGATAGGAGGAAATGGTGCTACCACGGTTTCTGCAACCATGTTTTTTGCTGCCAAGGTTGGAATCCACATCTTTGTGACTGGAGGTATTGGAGGAGTTCATCGACAT
GGAGAGAGCACAATGGATGTTTCCTCTGATTTGACTGAGCTTGGAAGGACTCCAGTGGCTGTTGTCTGTGCTGGTGTCAAGTCAATCTTGGACATTCCAAGAACTCTTGAATACCTGGAGACACAAGGAGTGACTGTTGCGGCATATAATAGTGAAGAGTTTCCAGCATTTTTTACCCGAAGAAGTGGCGCCAAGGCGCC
TTATCATGTCAGTACTCCAGAGGAGTGTGCTAAACTAATTGATTCAAGTGTTAAACTGGGCCTTGAAAGTGGACTGTTAATTGGAGTACCAGTTCCAGAGGCCAGTGAAGCTGCTGGGAATTTAATAGAGTCTTCCATACAGGCTGCTCTTAAAGAAACTGTGGCCAAGAATATTACTGGTAATGCTGTGACCCCTTACA
TTCTTATGCGAGTAAATGAGCTGACTGGTGGAGCTTCACTGGCTGCAAATATTGCATTGATCAAGAATAATGCTTGTATTGGAGCAAAAGTTGCAGTTTCTTTGATGAAGCTCCAAGATTATTCATTACATTCTGCAAATTGACAATTGCTCTGTTAGCAGTTTGGAGCTCCAGAAGAAACAGTTATACCTGCTTCTTGC
AACTGCCTTTATGTTGCATTATTTTGCTGGGTTGCATTGTAGAAATATAAATGCAATATGATGTCAAGAAACTAGAACTGGGCATAAGTGATTAGTAACTAAGATTGTCAGTTCCATTCCATATTGTTCTTGCTTCTGCTGGTCGTGTAGGTTTAGGAAGCCTCATTTGTGAGGCGCAGATGCTAATAAATAGTTATGCA
AGGCAGCATTCTAGATGTTTATACATTTCCTTCATATCTATACTTTAAAGACCAAAACTGTGAATTGTTTACAATGCTGAAGTTTCAATGTTGACAGATTCCTCCTTATAATGAAAATCTTTTCCTCAGATTGGTATAAATTATAAAGCTTATCCATCAATATTTAACATTTTTGC

>TRINITY_DN42951_c0_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TCTAAATTCCCATTAGTCAACAGAACTGTAACTTAATGGAAATTTCAAAGTGGAGCGGGAGGAAGATTGGAGATGTGTTTGTTCGATATATACCAGTTTATCTCAGTAATGTGTAACGACTGCAAGAGTTGACGCTGAACACTTTACAAGTAAAAGCCAAGGTGTTTGACAATGAAAGATTGTTGTCGAGGAGACTAGAC
AGAATTGGGATTGTAGTTCACCAGAGCATATTGATTGTTATAGCAAAGGAAAGGGCTCGGAACAATCGCAGCTCAGCTTAAAATTCACAATACAATATGAGCCAACAGGATGGGAGGGCGAGGAGGATGTGGGGTGCAGCCTCAAGAGTGGCCAACATTCGCAGCCATTTCTCACGCTCACCTGGTGATGCTGACAAGGT
TTATACATCGAGTTTCAAGGTTGCACCTTTGGTGCAGCGTGCTCTTTTGGATGGACTTCCTATAGTTGCTCTTGAGTCTACCATAATTTCACACGGTATGCCATACCCACAGAATTTGGAGACTGCAAAGCAGGTTGAGATGATTGTGAAGGAGAATGGAGCTGTTCCTGCAACAATAGCAATCTTGAATGGCATTCCTC
ATATAGGTTTGACCACAATGGAATTAGAGGAACTTGCTAAATTGGGTCCTAAAGCTTTGAAGACCGCACGAAGAGACATAGCATATGTTGTTGCGATAGGAGGAAATGGTGCTACCACGGTTTCTGCAACCATGTTTTTTGCTGCCAAGGTTGGAATCCACATCTTTGTGACTGGAGGTATTGGAGGAGTTCATCGACAT
GGAGAGAGCACAATGGATGTTTCCTCTGATTTGACTGAGCTTGGAAGGACTCCAGTGGCTGTTGTCTGTGCTGGTGTCAAGTCAATCTTGGACATTCCAAGAACTCTTGAATACCTGGAGACACAAGGAGTGACTGTTGCGGCATATAATAGTGAAGAGTTTCCAGCATTTTTTACCCGAAGAAGTGGCGCCAAGGCGCC
TTATCATGTCAGTACTCCAGAGGAGTGTGCTAAACTAATTGATTCAAGTGTTAAACTGGGCCTTGAAAGTGGACTGTTAATTGGAGTACCAGTTCCAGAGGCCAGTGAAGCTGCTGGGAATTTAATAGAGTCTTCCATACAGGCTGCTCTTAAAGAAACTGTGGCCAAGAATATTACTGGTAATGCTGTGACCCCTTACA
TTCTTATGCGAGTAAATGAGCTGACTGGTGGAGCTTCACTGGCTGCAAgtatccttttcattatgttagttctctgatgtagatttgtttcttgcaattatagtatttgtgtgcaagtgcattgtttttttttctttactatgcttttatggtttttgagctgaagaaagaggtagtaggatgtgtccacaaacatctta
acatcaatgtgcatgtcatgtctcctgaaactgtagatattgttttttattaacaaatgtagATATTGCATTGATCAAGAATAATGCTTGTATTGGAGCAAAAGTTGCAGTTTCTTTGATGAAGCTCCAAGATTATTCATTACATTCTGCAAATTGACAATTGCTCTGTTAGCAGTTTGGAGCTCCAGAAGAAACAGTTA
TACCTGCTTCTTGCAACTGCCTTTATGTTGCATTATTTTGCTGGGTTGCATTGTAGAAATATAAATGCAATATGATGTCAAGAAACTAGAACTGGGCATAAGTGATTAGTAACTAAGATTGTCAGTTCCATTCCATATTGTTCTTGCTTCTGCTGGTCGTGTAGGTTTAGGAAGCCTCATTTGTGAGGCGCAGATGCTAA
TAAATAGTTATGCAAGGCAGCATTCTAGATGTTTATACATTTCCTTCATATCTATACTTTAAAGACCAAAACTGTGAATTGTTTACAATGCTGAAGTTTCAATGTTGACAGATTCCTCCTTATAATGAAAATCTTTTCCTCAGATTGGTATAAATTATAAAGCTTATCCATCAATATTTAACATTTTTGC