sp|Q6L4S3|HIRL1_ORYSJ ----> Hypersensitive-induced response protein-like protein 1
Intron 1 GCAAGAATTC ... TTGATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.1 | 172 | 15 | 33 |
| A2 | 18.53 | 189 | 0 | 43 |
| A3 | 20 | 164 | 4 | 41 |
| A4 | 21.52 | 124 | 6 | 34 |
| A5 | 20.54 | 89 | 2 | 23 |
| A6 | 17.36 | 600 | 11 | 126 |
| A7 | 16.7 | 773 | 9 | 155 |
| A8 | 19.16 | 844 | 17 | 200 |
| A9 | 18.07 | 807 | 22 | 178 |
| A10 | 14.75 | 676 | 21 | 117 |
>TRINITY_DN43224_c1_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoformGGTACAGGAATCGATAGAAATGGGGCAATTACTCTGCTGTATACAAGTGGATCAGTCAAAAGTGGCTATGAAGGAGACATTTGGACGCTTTAGTGAGGTTCTTGAACCAGGATGCCACTGTCTGCCATGGTGTTTTGGGCAACAAGTTGGTGGTTATCTTTCATTACGGGTACAAAAGCTGGATGTGCGATGTGAGACAA
AGACAAAGGATAATGTATTTGTAACAGTTGTTGCATCTGTGCAATATCGTGCCATTTTAGAGAAAGCAGTGGATGCTTTTTATACGCTTAGCAATACAAGGGAGCAGATCCAAGCTTATGTCTTTGATGTCATTCGTTCAAGTGTCCCAAAGATGAACTTGGATGATTTTTTTGAGCAAAAGAATGATGTTGCTAAATCT
GTTGAAGAGCAACTTGAAAAGGTTATGACAAACTACGGATTTGAGATAGTGCAAACTCTCATTGTTGATATAGAGCCTGTTGAAACTGTGAAGAGAGCAATGAATGAAATAAATGCAGCTGCGAGAATGAGGGTAGCAACAAAAGACAAAGCTGAGGCAGAGAAAATCTTGCAAATTAAACGAGCGGAAGGTGAAGCAGA
AGCTAAGTATTTATCTGGATTGGGAATTGCTCGTCAACGGCAAGCAATTGTGGATGGCCTTAGGGACAGTGTACTTGCTTTCTCAGACAATGTGCCCGGGACAACTGCAAGAGAGGTGATGGACATGGTCTTGGTGACACAATATTTTGACACAATGAAAGAGATAGGAGCATCTTCAAAGGCAACGGCAGTATTCATCC
CCCATGGACCTGGTGCAGTTCGTGATGTTGCTGAACAGATCAGAAATGGATTACTTCAGGCACAGGCCCATTAAACATCATAAAAGCACATCATGGAATGCGGAATTTCAGAATAGAGGCACATCGTGTACACCAATGTTTATGCATTACCTTTTGCCTTTGAAGATTGTTTGCTTTTTGTTTTGTTTTTCTTTTTGCAA
TTTATTATATTAGTCTATTTTTCAAAATGTCATACATTACTATATATACACAAAGTAAGGCACTCAACCTTGTATATGAAATGTTAATAAAGAAATATGCACATAAGTGTGACGGTTGCTTAGCCATTTTTTCCAGTTCTATTGACAAAGAAAAAAGTTCTGCATGGATGTGAAGACGGATAAGTATTAATTATAAATGC
ATTGCATTTATATCTTGTGAAAAGCTCAGCAAACTTAGGGAATAGAATCACAGGTTGAAGTTCTCAGAGATTCATTGAAGTTGCAATAACAGAGATGAAGTTGCCTCGATAGAATTTGGGTTCTATTTGTTTATGCTTTATAGTATGTTGATAGTACATGAAAGGGCTTGAGTATAATGTTTTTTTGATCCGTGGAAAAA
TAATATGTTTTGGACTTAAATATCAGCATTATGTGCTCGATCTCAAACTGCAAATGTCAAGTTTCTTACAAGGTCTTGATGTTTGATCACGTCCTTGCATGAAAGACTGTCATGGCCCTTTCTTTGCATGAAGATTCAATGTGGAAAGCTTGCCTCAGTGTATTTGTCAAAGTAACTCACTTGAATTGATGTCCCAGAGT
GTACCCAAATTGAGAATGTTTTAACTCACTTGAATTGATGTCTAAGAGTGTACCCAGATTGAGAATGCTT
>TRINITY_DN43224_c1_g1_i11 from sample A7 / Example unspliced isoform:TATTAACAACATAGTCCCAAAATTATGCTGCTGGCCACAAACCATGGCAATTTGTATCTACTAATTTGTATTTTGTGAACATTCATACTTACATTCTGTTTTGGATTAGTTACATGCTGCCATTTTTCTAATTCACTAAAGCAAATGGAATGGAGTGACCATTGTTAAGAAGGATTAGTAATCAATATTAACAACATAGT
CCCAAAATTATGCTGCTGGCCACAAACCATGGCAATTTGTATCTACTAATTTGTATTTTGTGAACATTCATACTTACATTCTGTTTTGGATTAGTTACATGCTGCCATTTTTCTAATTCACTAAAGCAAATGGAATGGAGTGACCATTGTTAAGAAGGATTAGTAATCAATATTTGAACTTGTTTGTTATGGTTCATGTT
TTTTGCATAGGCAGATCCTAAACAAAGAACAGAAGCAATGGTTTCTAAGCATCGATTGATAGCAGAAAGCTTGTTAATTTAGGCTAAATCAGAAGTTTAATATGATGCCTTTCTTTATTCATAGTAATATTATAATATATAGTTTGGTTCTGTGTTGGTGCAAGATCTCCTTTCTTGTTTTATGCAACCGGTGCACTATT
ATTTGAGCTCATGTACATGTTCTCATGTGCAGTCATTCGTTCAAGTGTCCCAAAGATGAACTTGGATGATTTTTTTGAGCAAAAGAATGATGTTGCTAAATCTGTTGAAGAGCAACTTGAAAAGGTAAATGAGTGAAAATCATTTTGTGTTTGGCCTATGCTTTTTTTTGGAGGATAAATACTAACTCAAAAAATACTTG
CATATTTATTGCTTCATATTCAGTGGGGAAAATGCCTGTAATTTCTTTGCATCTTCCAGCATCATTGCATTGTTTATATTGCTTTTGTTCTGGTTTTGGTACAATAATATTAGATTGTTCTCCACAATCATCTCTTCTATTTGGATATAGGTTATGACAAACTACGGATTTGAGATAGTGCAAACTCTCATTGTTGATAT
AGAGCCTGTTGAAACTGTGAAGAGAGCAATGAATGAAATAAATGCAGgcaagaattctttgccatattgaagtcacaatagaattatgtagatgcaagtacatcaaagctaatttcttgctgttaactattttttaaataaatggatagttgatctttgaggaacgttgcctctttaatttaagaggttctctggtatgt
ttgtgtatttctggatggttcgctggcacaggcttatcatcatttaaagttaaccttatgaaaacatgttatgaacttgcatttttgctgcagttttggggaactgtgcctcttttatttcaagaggttctttgacatatttgtgtttttatgggtaggtgtctggcacagactaatcatcgtttgatagcagggatcaa
aacttcatgagctttactaatgtagctttgctttataaatgcaattcttcttaaaacttaacctacaaaacaacacataacatacatttttcctgcagtttttgtgtatttttaatttaattctgttattttgtttactttttttgacattatcttccatcttattctcattattagtcatttgagttttgatttcagCT
GCGAGAATGAGGGTAGCAACAAAAGACAAAGCTGAGGCAGAGAAAATCTTGCAAATTAAACGAGCGGAAGGTGAAGCAGAAGCTAAGTATTTATCTGGATTGGGAATTGCTCGTCAACGGCAAGCAATTGTGGATGGCCTTAGGGACAGTGTACTTGCTTTCTCAGACAATGTGCCTGGGACAACTGCAAGAGAGGTAAT
GGACATGGTCTTGGTTACACAATATTTCGATACAATGAAAGAGATAGGAGCATCATCAAAGTCATCAGCAGTATTCATCCCCCATGGACCTGGTGCAGTTCGTGATGTTGCTGAACAGATCAGAAATGGATTACTTCAGGCACAGGCCCATTAAACATCATAAAAGCACATCATGGAATGCGGAATTTCAGAATAGAGGC
ACATCGTGTACACCAATGTTTATGCATTACCTTTTGCCTTTGAAGATTGTTTGCTTTTTGTTTTGTTTTTCTTTTTGCAATTTATTATATTAGTCTATTTTTCAAAATGTCATACATTACTATATATACACAAAGTAAGGCACTCAACCTTGTATATGAAATGTTAATAAAGAAATATGCACATAAGTGTGACGGTTGCT
TAGCCATTTTTTCCAGTTCTATTGACAAAGAAAAAAGTTCTGCATGGATGTGAAGACGGATAAGTATTAATTATAAATGCATTGCATTTATATCTTGTGAAAAGCTCAGCAAACTTAGGGAATAGAATCACAGGTTGAAGTTCTCAGAGATTCATTGAAGTTGCAATAACAGAGATGAAGTTGCCTCGATAGAATTTGGG
TTCTATTTGTTTATGCTTTATAGTATGTTGATAGTACATGAAAGGGCTTGAGTATAATGTTTTTTTGATCCGTGGAAAAATAATATGTTTTGGACTTAAATATCAGCATTATGTGCTCGATCTCAAACTGCAAATGTCAAGTTTCTTACAAGGTCTTGATGTTTGATCACGTCCTTGCATGAAAGACTGTCATGGCCCTT
TCTTTGCATGAAGATTCAATGTGGAAAGCTTGCCTCAGTGTATTTGTCAAAGTAACTCACTTGAATTGATGTCCCAGAGTGTACCCAAATTGAGAATGTTTTAACTCACTTGAATTGATGTCTAAGAGTGTACCCAGATTGAGAATGCTT
Intron 2 GTAAATGAGT ... TTGGATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.07 | 171 | 8 | 18 |
| A2 | 1.99 | 197 | 2 | 6 |
| A3 | 2.86 | 153 | 6 | 3 |
| A4 | 3.39 | 114 | 1 | 7 |
| A5 | 1.2 | 82 | 0 | 2 |
| A6 | 1.39 | 461 | 6 | 7 |
| A7 | 1.24 | 677 | 7 | 10 |
| A8 | 1.68 | 645 | 5 | 17 |
| A9 | 0.96 | 720 | 5 | 9 |
| A10 | 1.86 | 608 | 5 | 18 |
>TRINITY_DN43224_c1_g1_i13 from sample A7 / Example spliced isoformGGTACAGGAATCGATAGAAATGGGGCAATTACTCTGCTGTATACAAGTGGATCAGTCAAAAGTGGCTATGAAGGAGACATTTGGACGCTTTAGTGAGGTTCTTGAACCAGGATGCCACTGTCTGCCATGGTGTTTTGGGCAACAAGTTGGTGGTTATCTTTCATTACGGGTACAAAAGCTGGATGTGCGATGTGAGACAA
AGACAAAGGATAATGTATTTGTAACAGTTGTTGCATCTGTGCAATATCGTGCCATTTTAGAGAAAGCAGTGGATGCTTTTTATACGCTTAGCAATACAAGGGAGCAGATCCAAGCTTATGTCTTTGATGTCATTCGTTCAAGTGTCCCAAAGATGAACTTGGATGATTTTTTTGAGCAAAAGAATGATGTTGCTAAATCT
GTTGAAGAGCAACTTGAAAAGGTTATGACAAACTACGGATTTGAGATAGTGCAAACTCTCATTGTTGATATAGAGCCTGTTGAAACTGTGAAGAGAGCAATGAATGAAATAAATGCAGCTGCGAGAATGAGGGTAGCAACAAAAGACAAAGCTGAGGCAGAGAAAATCTTGCAAATTAAACGAGCGGAAGGTGAAGCAGA
AGCTAAGTATTTATCTGGATTGGGAATTGCTCGTCAACGGCAAGCAATTGTGGATGGCCTTAGGGACAGTGTACTTGCTTTCTCAGACAATGTGCCTGGGACAACTGCAAGAGAGGTAATGGACATGGTCTTGGTTACACAATATTTCGATACAATGAAAGAGATAGGAGCATCATCAAAGTCATCAGCAGTATTCATCC
CCCATGGACCTGGTGCAGTTCGTGAAGTTGCTGCGCAGATCAGAGATGGATTACTTCAGGCACAGGCTCATGAAACATCATAATGGTTTCTGGCTACAGAACAAAAGTGTTTCATGTAACATATGTATCTTGGATTGCCATTTGCCTTTGTCTGATATTCTGATAGACCTGTAGCAGTTTTCATGAAGTGTTGAATTTTA
GAATAAAAGCACATCATGTGCAACAATGTTTATAGTTTGCTTTTTGCCTTTTGAGGAATCCTTACAGAGCTGTAGTATTATTTTATAAGTGCTTATTAGTAAATACTTCAACCTTGTATATGAAGTTTGATTAGAAAATATGCATAAATGCACGACAGTCATTAGCCGTTTTTTTCAGTTTTTTAAACAAAAAAAATGTT
CTGCATGGATGTGAAAATGGCTAATTACTAATTATAAATGTGCTAACTTTGTGTCTTGTGGAAAGTTTGGCAAATGTGGGGCACATGTACAGGGCATAGGTAAGGATATAGATATAGGGCACCATGTATTGATTCCCTTGGCTCTGCGGGATCAATGCAGCTTGATGGACTCAATTTTCAACGACACTTAACCATAGACA
CAATGAAGAATGGACATTTTACTAGACCTCTTGGAAGGGATATGTTTGGTGTGTAGGTCAATATGATCACTAAGGGGTGTTTGTTAGGTCATTACTATTAGAGTAGGAGTCCATTTGTAAATATTGTATAAAGATCAGTGTGTGTCTTATGGGTCCACAAAATCATTAAATGATAAGTGACCGCAGTCTACATGTATGTG
AATGAATTAGAAGATCAGGTGTCAAAAAATGGACTATATATGTGTGTTATCAAAAATTTGTTTATGCTTCCATAAATATTGTATAAAGATCAGTG
>TRINITY_DN43224_c1_g1_i14 from sample A7 / Example unspliced isoform:TATTAACAACATAGTCCCAAAATTATGCTGCTGGCCACAAACCATGGCAATTTGTATCTACTAATTTGTATTTTGTGAACATTCATACTTACATTCTGTTTTGGATTAGTTACATGCTGCCATTTTTCTAATTCACTAAAGCAAATGGAATGGAGTGACCATTGTTAAGAAGGATTAGTAATCAATATTAACAACATAGT
CCCAAAATTATGCTGCTGGCCACAAACCATGGCAATTTGTATCTACTAATTTGTATTTTGTGAACATTCATACTTACATTCTGTTTTGGATTAGTTACATGCTGCCATTTTTCTAATTCACTAAAGCAAATGGAATGGAGTGACCATTGTTAAGAAGGATTAGTAATCAATATTTGAACTTGTTTGTTATGGTTCATGTT
TTTTGCATAGGCAGATCCTAAACAAAGAACAGAAGCAATGGTTTCTAAGCATCGATTGATAGCAGAAAGCTTGTTAATTTAGGCTAAATCAGAAGTTTAATATGATGCCTTTCTTTATTCATAGTAATATTATAATATATAGTTTGGTTCTGTGTTGGTGCAAGATCTCCTTTCTTGTTTTATGCAACCGGTGCACTATT
ATTTGAGCTCATGTACATGTTCTCATGTGCAGTCATTCGTTCAAGTGTCCCAAAGATGAACTTGGATGATTTTTTTGAGCAAAAGAATGATGTTGCTAAATCTGTTGAAGAGCAACTTGAAAAGgtaaatgagtgaaaatcattttgtgtttggcctatgcttttttttggaggataaatactaactcaaaaaatacttg
catatttattgcttcatattcagtggggaaaatgcctgtaatttctttgcatcttccagcatcattgcattgtttatattgcttttgttctggttttggtacaataatattagattgttctccacaatcatctcttctatttggatatagGTTATGACAAACTACGGATTTGAGATAGTGCAAACTCTCATTGTTGATAT
AGAGCCTGTTGAAACTGTGAAGAGAGCAATGAATGAAATAAATGCAGGCAAGAATTCTTTGCCATATTGAAGTCACAATAGAATTATGTAGATGCAAGTACATCAAAGCTAATTTCTTGCTGTTAACTATTTTTTAAATAAATGGATAGTTGATCTTTGAGGAACGTTGCCTCTTTAATTTAAGAGGTTCTCTGGTATGT
TTGTGTATTTCTGGATGGTTCGCTGGCACAGGCTTATCATCATTTAAAGTTAACCTTATGAAAACATGTTATGAACTTGCATTTTTGCTGCAGTTTTGGGGAACTGTGCCTCTTTTATTTCAAGAGGTTCTTTGACATATTTGTGTTTTTATGGGTAGGTGTCTGGCACAGACTAATCATCGTTTGATAGCAGGGATCAA
AACTTCATGAGCTTTACTAATGTAGCTTTGCTTTATAAATGCAATTCTTCTTAAAACTTAACCTACAAAACAACACATAACATACATTTTTCCTGCAGTTTTTGTGTATTTTTAATTTAATTCTGTTATTTTGTTTACTTTTTTTGACATTATCTTCCATCTTATTCTCATTATTAGTCATTTGAGTTTTGATTTCAGCT
GCGAGAATGAGGGTAGCAACAAAAGACAAAGCTGAGGCAGAGAAAATCTTGCAAATTAAACGAGCGGAAGGTGAAGCAGAAGCTAAGTATTTATCTGGATTGGGAATTGCTCGTCAACGGCAAGCAATTGTGGATGGCCTTAGGGACAGTGTACTTGCTTTCTCAGACAATGTGCCTGGGACAACTGCAAGAGAGGTAAT
GGACATGGTCTTGGTTACACAATATTTCGATACAATGAAAGAGATAGGAGCATCATCAAAGTCATCAGCAGTATTCATCCCCCATGGACCTGGTGCAGTTCGTGAAGTTGCTGCGCAGATCAGAGATGGATTACTTCAGGCACAGGCTCATGAAACATCATAATGGTTTCTGGCTACAGAACAAAAGTGTTTCATGTAAC
ATATGTATCTTGGATTGCCATTTGCCTTTGTCTGATATTCTGATAGACCTGTAGCAGTTTTCATGAAGTGTTGAATTTTAGAATAAAAGCACATCATGTGCAACAATGTTTATAGTTTGCTTTTTGCCTTTTGAGGAATCCTTACAGAGCTGTAGTATTATTTTATAAGTGCTTATTAGTAAATACTTCAACCTTGTATA
TGAAGTTTGATTAGAAAATATGCATAAATGCACGACAGTCATTAGCCGTTTTTTTCAGTTTTTTAAACAAAAAAAATGTTCTGCATGGATGTGAAAATGGCTAATTACTAATTATAAATGTGCTAACTTTGTGTCTTGTGGAAAGTTTGGCAAATGTGGGGCACATGTACAGGGCATAGGTAAGGATATAGATATAGGGC
ACCATGTATTGATTCCCTTGGCTCTGCGGGATCAATGCAGCTTGATGGACTCAATTTTCAACGACACTTAACCATAGACACAATGAAGAATGGACATTTTACTAGACCTCTTGGAAGGGATATGTTTGGTGTGTAGGTCAATATGATCACTAAGGGGTGTTTGTTAGGTCATTACTATTAGAGTAGGAGTCCATTTGTAA
ATATTGTATAAAGATCAGTGTGTGTCTTATGGGTCCACAAAATCATTAAATGATAAGTGACCGCAGTCTACATGTATGTGAATGAATTAGAAGATCAGGTGTCAAAAAATGGACTATATATGTGTGTTATCAAAAATTTGTTTATGCTTCCATAAATATTGTATAAAGATCAGTG
Intron 3 GTTATGACAA ... ATAAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 71.31 | 69 | 171 | 172 |
| A2 | 69.42 | 85 | 197 | 189 |
| A3 | 67.88 | 75 | 153 | 164 |
| A4 | 67.61 | 57 | 114 | 124 |
| A5 | 67.06 | 42 | 82 | 89 |
| A6 | 68.76 | 241 | 461 | 600 |
| A7 | 69.98 | 311 | 677 | 773 |
| A8 | 69.22 | 331 | 645 | 844 |
| A9 | 69.57 | 334 | 720 | 807 |
| A10 | 68.37 | 297 | 608 | 676 |
>TRINITY_DN43224_c1_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoformGGTACAGGAATCGATAGAAATGGGGCAATTACTCTGCTGTATACAAGTGGATCAGTCAAAAGTGGCTATGAAGGAGACATTTGGACGCTTTAGTGAGGTTCTTGAACCAGGATGCCACTGTCTGCCATGGTGTTTTGGGCAACAAGTTGGTGGTTATCTTTCATTACGGGTACAAAAGCTGGATGTGCGATGTGAGACAA
AGACAAAGGATAATGTATTTGTAACAGTTGTTGCATCTGTGCAATATCGTGCCATTTTAGAGAAAGCAGTGGATGCTTTTTATACGCTTAGCAATACAAGGGAGCAGATCCAAGCTTATGTCTTTGATGTCATTCGTTCAAGTGTCCCAAAGATGAACTTGGATGATTTTTTTGAGCAAAAGAATGATGTTGCTAAATCT
GTTGAAGAGCAACTTGAAAAGCTGCGAGAATGAGGGTAGCAACAAAAGACAAAGCTGAGGCAGAGAAAATCTTGCAAATTAAACGAGCGGAAGGTGAAGCAGAAGCTAAGTATTTATCTGGATTGGGAATTGCTCGTCAACGGCAAGCAATTGTGGATGGCCTTAGGGACAGTGTACTTGCTTTCTCAGACAATGTGCCT
GGGACAACTGCAAGAGAGGTAATGGACATGGTCTTGGTTACACAATATTTCGATACAATGAAAGAGATAGGAGCATCATCAAAGTCATCAGCAGTATTCATCCCCCATGGACCTGGTGCAGTTCGTGAAGTTGCTGCGCAGATCAGAGATGGATTACTTCAGGCACAGGCTCATGAAACATCATAATGGTTTCTGGCTAC
AGAACAAAAGTGTTTCATGTAACATATGTATCTTGGATTGCCATTTGCCTTTGTCTGATATTCTGATAGACCTGTAGCAGTTTTCATGAAGTGTTGAATTTTAGAATAAAAGCACATCATGTGCAACAATGTTTATAGTTTGCTTTTTGCCTTTTGAGGAATCCTTACAGAGCTGTAGTATTATTTTATAAGTGCTTATT
AGTAAATACTTCAACCTTGTATATGAAGTTTGATTAGAAAATATGCATAAATGCACGACAGTCATTAGCCGTTTTTTTCAGTTTTTTAAACAAAAAAAATGTTCTGCATGGATGTGAAAATGGCTAATTACTAATTATAAATGTGCTAACTTTGTGTCTTGTGGAAAGTTTGGCAAATGTGGGGCACATGTACAGGGCAT
AGGTAAGGATATAGATATAGGGCACCATGTATTGATTCCCTTGGCTCTGCGGGATCAATGCAGCTTGATGGACTCAATTTTCAACGACACTTAACCATAGACACAATGAAGAATGGACATTTTACTAGACCTCTTGGAAGGGATATGTTTGGTGTGTAGGTCAATATGATCACTAAGGGGTGTTTGTTAGGTCATTACTA
TTAGAGTAGGAGTCCATTTGTAAATATTGTATAAAGATCAGTGTGTGTCTTATGGGTCCACAAAATCATTAAATGATAAGTGACCGCAGTCTACATGTATGTGAATGAATTAGAAGATCAGGTGTCAAAAAATGGACTATATATGTGTGTTATCAAAAATTTGTTTATGCTTCCATAAATATTGTATAAAGATCAGTG
>TRINITY_DN43224_c1_g1_i13 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGTACAGGAATCGATAGAAATGGGGCAATTACTCTGCTGTATACAAGTGGATCAGTCAAAAGTGGCTATGAAGGAGACATTTGGACGCTTTAGTGAGGTTCTTGAACCAGGATGCCACTGTCTGCCATGGTGTTTTGGGCAACAAGTTGGTGGTTATCTTTCATTACGGGTACAAAAGCTGGATGTGCGATGTGAGACAA
AGACAAAGGATAATGTATTTGTAACAGTTGTTGCATCTGTGCAATATCGTGCCATTTTAGAGAAAGCAGTGGATGCTTTTTATACGCTTAGCAATACAAGGGAGCAGATCCAAGCTTATGTCTTTGATGTCATTCGTTCAAGTGTCCCAAAGATGAACTTGGATGATTTTTTTGAGCAAAAGAATGATGTTGCTAAATCT
GTTGAAGAGCAACTTGAAAAGgttatgacaaactacggatttgagatagtgcaaactctcattgttgatatagagcctgttgaaactgtgaagagagcaatgaatgaaataaatgcagCTGCGAGAATGAGGGTAGCAACAAAAGACAAAGCTGAGGCAGAGAAAATCTTGCAAATTAAACGAGCGGAAGGTGAAGCAGA
AGCTAAGTATTTATCTGGATTGGGAATTGCTCGTCAACGGCAAGCAATTGTGGATGGCCTTAGGGACAGTGTACTTGCTTTCTCAGACAATGTGCCTGGGACAACTGCAAGAGAGGTAATGGACATGGTCTTGGTTACACAATATTTCGATACAATGAAAGAGATAGGAGCATCATCAAAGTCATCAGCAGTATTCATCC
CCCATGGACCTGGTGCAGTTCGTGAAGTTGCTGCGCAGATCAGAGATGGATTACTTCAGGCACAGGCTCATGAAACATCATAATGGTTTCTGGCTACAGAACAAAAGTGTTTCATGTAACATATGTATCTTGGATTGCCATTTGCCTTTGTCTGATATTCTGATAGACCTGTAGCAGTTTTCATGAAGTGTTGAATTTTA
GAATAAAAGCACATCATGTGCAACAATGTTTATAGTTTGCTTTTTGCCTTTTGAGGAATCCTTACAGAGCTGTAGTATTATTTTATAAGTGCTTATTAGTAAATACTTCAACCTTGTATATGAAGTTTGATTAGAAAATATGCATAAATGCACGACAGTCATTAGCCGTTTTTTTCAGTTTTTTAAACAAAAAAAATGTT
CTGCATGGATGTGAAAATGGCTAATTACTAATTATAAATGTGCTAACTTTGTGTCTTGTGGAAAGTTTGGCAAATGTGGGGCACATGTACAGGGCATAGGTAAGGATATAGATATAGGGCACCATGTATTGATTCCCTTGGCTCTGCGGGATCAATGCAGCTTGATGGACTCAATTTTCAACGACACTTAACCATAGACA
CAATGAAGAATGGACATTTTACTAGACCTCTTGGAAGGGATATGTTTGGTGTGTAGGTCAATATGATCACTAAGGGGTGTTTGTTAGGTCATTACTATTAGAGTAGGAGTCCATTTGTAAATATTGTATAAAGATCAGTGTGTGTCTTATGGGTCCACAAAATCATTAAATGATAAGTGACCGCAGTCTACATGTATGTG
AATGAATTAGAAGATCAGGTGTCAAAAAATGGACTATATATGTGTGTTATCAAAAATTTGTTTATGCTTCCATAAATATTGTATAAAGATCAGTG
Intron 4 GTAAATGAGT ... TTGATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.35 | 69 | 8 | 33 |
| A2 | 33.59 | 85 | 2 | 43 |
| A3 | 35.34 | 75 | 6 | 41 |
| A4 | 37.36 | 57 | 1 | 34 |
| A5 | 35.38 | 42 | 0 | 23 |
| A6 | 34.33 | 241 | 6 | 126 |
| A7 | 33.26 | 311 | 7 | 155 |
| A8 | 37.66 | 331 | 5 | 200 |
| A9 | 34.77 | 334 | 5 | 178 |
| A10 | 28.26 | 297 | 5 | 117 |
>TRINITY_DN43224_c1_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoformGGTACAGGAATCGATAGAAATGGGGCAATTACTCTGCTGTATACAAGTGGATCAGTCAAAAGTGGCTATGAAGGAGACATTTGGACGCTTTAGTGAGGTTCTTGAACCAGGATGCCACTGTCTGCCATGGTGTTTTGGGCAACAAGTTGGTGGTTATCTTTCATTACGGGTACAAAAGCTGGATGTGCGATGTGAGACAA
AGACAAAGGATAATGTATTTGTAACAGTTGTTGCATCTGTGCAATATCGTGCCATTTTAGAGAAAGCAGTGGATGCTTTTTATACGCTTAGCAATACAAGGGAGCAGATCCAAGCTTATGTCTTTGATGTCATTCGTTCAAGTGTCCCAAAGATGAACTTGGATGATTTTTTTGAGCAAAAGAATGATGTTGCTAAATCT
GTTGAAGAGCAACTTGAAAAGCTGCGAGAATGAGGGTAGCAACAAAAGACAAAGCTGAGGCAGAGAAAATCTTGCAAATTAAACGAGCGGAAGGTGAAGCAGAAGCTAAGTATTTATCTGGATTGGGAATTGCTCGTCAACGGCAAGCAATTGTGGATGGCCTTAGGGACAGTGTACTTGCTTTCTCAGACAATGTGCCT
GGGACAACTGCAAGAGAGGTAATGGACATGGTCTTGGTTACACAATATTTCGATACAATGAAAGAGATAGGAGCATCATCAAAGTCATCAGCAGTATTCATCCCCCATGGACCTGGTGCAGTTCGTGAAGTTGCTGCGCAGATCAGAGATGGATTACTTCAGGCACAGGCTCATGAAACATCATAATGGTTTCTGGCTAC
AGAACAAAAGTGTTTCATGTAACATATGTATCTTGGATTGCCATTTGCCTTTGTCTGATATTCTGATAGACCTGTAGCAGTTTTCATGAAGTGTTGAATTTTAGAATAAAAGCACATCATGTGCAACAATGTTTATAGTTTGCTTTTTGCCTTTTGAGGAATCCTTACAGAGCTGTAGTATTATTTTATAAGTGCTTATT
AGTAAATACTTCAACCTTGTATATGAAGTTTGATTAGAAAATATGCATAAATGCACGACAGTCATTAGCCGTTTTTTTCAGTTTTTTAAACAAAAAAAATGTTCTGCATGGATGTGAAAATGGCTAATTACTAATTATAAATGTGCTAACTTTGTGTCTTGTGGAAAGTTTGGCAAATGTGGGGCACATGTACAGGGCAT
AGGTAAGGATATAGATATAGGGCACCATGTATTGATTCCCTTGGCTCTGCGGGATCAATGCAGCTTGATGGACTCAATTTTCAACGACACTTAACCATAGACACAATGAAGAATGGACATTTTACTAGACCTCTTGGAAGGGATATGTTTGGTGTGTAGGTCAATATGATCACTAAGGGGTGTTTGTTAGGTCATTACTA
TTAGAGTAGGAGTCCATTTGTAAATATTGTATAAAGATCAGTGTGTGTCTTATGGGTCCACAAAATCATTAAATGATAAGTGACCGCAGTCTACATGTATGTGAATGAATTAGAAGATCAGGTGTCAAAAAATGGACTATATATGTGTGTTATCAAAAATTTGTTTATGCTTCCATAAATATTGTATAAAGATCAGTG
>TRINITY_DN43224_c1_g1_i14 from sample A7 / Example unspliced isoform:TATTAACAACATAGTCCCAAAATTATGCTGCTGGCCACAAACCATGGCAATTTGTATCTACTAATTTGTATTTTGTGAACATTCATACTTACATTCTGTTTTGGATTAGTTACATGCTGCCATTTTTCTAATTCACTAAAGCAAATGGAATGGAGTGACCATTGTTAAGAAGGATTAGTAATCAATATTAACAACATAGT
CCCAAAATTATGCTGCTGGCCACAAACCATGGCAATTTGTATCTACTAATTTGTATTTTGTGAACATTCATACTTACATTCTGTTTTGGATTAGTTACATGCTGCCATTTTTCTAATTCACTAAAGCAAATGGAATGGAGTGACCATTGTTAAGAAGGATTAGTAATCAATATTTGAACTTGTTTGTTATGGTTCATGTT
TTTTGCATAGGCAGATCCTAAACAAAGAACAGAAGCAATGGTTTCTAAGCATCGATTGATAGCAGAAAGCTTGTTAATTTAGGCTAAATCAGAAGTTTAATATGATGCCTTTCTTTATTCATAGTAATATTATAATATATAGTTTGGTTCTGTGTTGGTGCAAGATCTCCTTTCTTGTTTTATGCAACCGGTGCACTATT
ATTTGAGCTCATGTACATGTTCTCATGTGCAGTCATTCGTTCAAGTGTCCCAAAGATGAACTTGGATGATTTTTTTGAGCAAAAGAATGATGTTGCTAAATCTGTTGAAGAGCAACTTGAAAAGgtaaatgagtgaaaatcattttgtgtttggcctatgcttttttttggaggataaatactaactcaaaaaatacttg
catatttattgcttcatattcagtggggaaaatgcctgtaatttctttgcatcttccagcatcattgcattgtttatattgcttttgttctggttttggtacaataatattagattgttctccacaatcatctcttctatttggatataggttatgacaaactacggatttgagatagtgcaaactctcattgttgatat
agagcctgttgaaactgtgaagagagcaatgaatgaaataaatgcaggcaagaattctttgccatattgaagtcacaatagaattatgtagatgcaagtacatcaaagctaatttcttgctgttaactattttttaaataaatggatagttgatctttgaggaacgttgcctctttaatttaagaggttctctggtatgt
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