sp|Q67VS7|CSLA9_ORYSJ ----> Probable glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9

Intron 1 GTGAGTAAAA ... CTATTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	74.46	5.5	17	15
A2	76.59	6.5	25	17
A3	71.84	5.5	14	14
A4	46.88	8	7	7
A5	62.31	4.5	8	5
A6	30.36	12	5	5
A7	62.5	9	20	10
A8	43.75	12.5	12	7
A9	38.63	11	3	9
A10	13.92	22	4	3

>TRINITY_DN44299_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CCTGCACTATCAGGTTTATTTTCGCGGGGTGTGCGTTCTTTTCTCTACTGGATCTTGGTTTCAGTCTTCAACTATGGATGAACCCTAACCCGTTTCCGAGCTAAATGATCGTTTTAAAACCATGGATGTAAGGGTTCTGGAGGACATGGTATCCTTTTAACAAGGGGACAACGTCCGACTACAAACCCGCAAACTTTGGT
ACAATGGTTTACGTGTACGGGTTGTTTCCATGACGAAGAGTATATGTTCGTTGATAATTGTTCTTGCTTCTCTGTCAAGTAAACAATATCTATCTTCTACCCTACAGGAGAGAGGATTCGGGAGAAGGTAATGGTCATATCAACTGTCTCTATATTTTGATGGGTATTGCAACGCACATGTGATTGTCATTGGATTTATA
ACTGTTAGTGTGTGCGTGTAGTAATTCATAAGTGTTGTTGTGTGCGTGCAGTAATTCATTGTCCAATATGTATAAGAATTTTAGGGTTTGCCTGTAGTTTGAAATTCAATGTAACCTGTTATTGTTACTGCTTTTCTCATTCAGATTTGATGTTATATATTGTTTTTAAAAAGCCTGGATTTCAGAAATGGTATTTGGTT
TGTTGATTTTGTACAGTAATTAATCGCTATTTTTTT

>TRINITY_DN44299_c0_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CCTGCACTATCAGGTTTATTTTCGCGGGGTGTGCGTTCTTTTCTCTACTGGATCTTGGTTTCAGTCTTCAACTATGGATGAACCCTAACCCGTTTCCGAGCTAAATGATCGTTTTAAAACCATGGATGACGACATGGTATCCTTTTAACATGTTACTTAGCTGGCTTATTACCCTCTAGACTGAATTTTTGAGTTATTAC
CTGGCTTATTTTTGAATTTTTGATAGGTTCTCATGTTATTTAGGGGGACAACGTCCGACTACAAACCCGCAAACTTTGGTACAATGGTTTACGTGTACGGGTTGTTTCCATGACGAAGAGTATATGTTCGTTGATAATTGTTgtgagtaaaagagaaatttgattgaataaaggttctatatggtcgttttagcataata
ataatttatgcacattttcactatttccagCTTGCTTCTCTGTCAAGTAAACAATATCTATCTTCTACCCTACAGGAGAGAGGATTCGGGAGAAGGTAATGGTCATATCAACTGTCTCTATATTTTGATGGGTATTGCAACGCACATGTGATTGTCATTGGATTTATAACTGTTAGTGTGTGCGTGTAGTAATTCATAAG
TGTTGTTGTGTGCGTGCAGTAATTCATTGTCCAATATGTATAAGAATTTTAGGGTTTGCCTGTAGTTTGAAATTCAATGTAACCTGTTATTGTTACTGCTTTTCTCATTCAGATTTGATGTTATATATTGTTTTTAAAAAGCCTGGATTTCAGAAATGGTATTTGGTTTGTTGATTTTGTACAGTAATTAATCGCTATTT
TTTT

Intron 2 GTAAAGTTTA ... ATAATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	87.3	2.7	17.7	16.3
A2	59.92	10	19	10
A3	67.95	5.7	11.7	11.3
A4	61.23	10.3	17	15
A5	79.39	2.7	12.3	8
A6	66.67	1.3	4	0
A7	62.92	4.3	8.7	6
A8	70.64	3.7	10.7	4.7
A9	61.67	3.7	6	5
A10	57.64	9.7	21	6

>TRINITY_DN48111_c2_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

CTGAGATCTGATTTAACCGTCCAGAAGCCGAACGACGTTGGTGATCAGGTTTATTTTCACGGGGTCCGCGTTCTTTTCTCTGCTGGATCTTGGTTTCAGTCTTCAACTATGGATGAACCCTAACCCGTTTCCGAGCTAAATGATCGTTTTAAAACCATGGATGACGACATGGTATCCTTTTAACATGTTACTTAGCTGGC
TTATTACCCTCTAGACTGAATTTTTGAGTTATTACCTGGCTTATTTTTGAATTTTTGATAGGTTCTCATGTTATTTAGGGGGACAACGTCCGACAACAAACCCGCAAACTTTGGTACAATGGTTTACGTGTACGGGTTGTTTCCATGACGAAGAGTATATGTTCGTTGATAATTGTTGTGAGTAAAATAGAAATTTGATT
GAATAAAGGTTCTATATGGTCGTTTTAGCATAATAAT

>TRINITY_DN48111_c2_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGCGGGGTCTGCGTTCTTTTCTCTGCTGGATCTTGGTTTCAGTCTTCAACTATGGATGAACCCTAACCCGTTTCCGAGCTAAATGATCGTTTTAAAACCATGgtaaagtttacctacacacatttgttttacggcgttcttttccaatttggcctttatattccaactatacttaattacttataataattgcagGATGA
CGACATGGTATCCTTTTAACATGTTACTTAGCTGGCTTATTACCCTCTAGACTGAATTTTTGAGTTATTACCTGGCG

Intron 3 GTTCGTTGAT ... CTATTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	94.12	1	17	15
A2	91.3	2	25	17
A3	70.73	6	15	14
A4	84.62	1	4	7
A5	75	2	7	5
A6	71.43	2	5	5
A7	65.22	8	20	10
A8	60	6	11	7
A9	66.67	3	3	9
A10	30.43	8	4	3

>TRINITY_DN44299_c0_g1_i13 from sample A8 / Example spliced isoform

CCTGCACTATCAGGTTTATTTTCGCGGGGTGTGCGTTCTTTTCTCTACTGGATCTTGGTTTCAGTCTTCAACTATGGATGAACCCTAACCCGTTTCCGAGCTAAATGATCGTTTTAAAACCATGGATGACGACATGGTATCCTTTTAACATGTTACTTAGCTGGCTTATTACCCTCTAGACTGAATTTTTGAGTTATTAC
CTGGCTTATTTTTGAATTTTTGATAGGTTCTCATGTTATTTAGGGGGACAACGTCCGACTACAAACCCGCAAACTTTGGTACAATGGTTTACGTGTACGGGTTGTTTCCATGACGAAGAGTATATCTTGCTTCTCTGTCAAGTAAACAATATCTATCTTCTACCCTACAGGAGAGAGGATTCGGGA

>TRINITY_DN44299_c0_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CCTGCACTATCAGGTTTATTTTCGCGGGGTGTGCGTTCTTTTCTCTACTGGATCTTGGTTTCAGTCTTCAACTATGGATGAACCCTAACCCGTTTCCGAGCTAAATGATCGTTTTAAAACCATGGATGACGACATGGTATCCTTTTAACATGTTACTTAGCTGGCTTATTACCCTCTAGACTGAATTTTTGAGTTATTAC
CTGGCTTATTTTTGAATTTTTGATAGGTTCTCATGTTATTTAGGGGGACAACGTCCGACTACAAACCCGCAAACTTTGGTACAATGGTTTACGTGTACGGGTTGTTTCCATGACGAAGAGTATATgttcgttgataattgttgtgagtaaaagagaaatttgattgaataaaggttctatatggtcgttttagcataata
ataatttatgcacattttcactatttccagCTTGCTTCTCTGTCAAGTAAACAATATCTATCTTCTACCCTACAGGAGAGAGGATTCGGGAGAAGGTAATGGTCATATCAACTGTCTCTATATTTTGATGGGTATTGCAACGCACATGTGATTGTCATTGGATTTATAACTGTTAGTGTGTGCGTGTAGTAATTCATAAG
TGTTGTTGTGTGCGTGCAGTAATTCATTGTCCAATATGTATAAGAATTTTAGGGTTTGCCTGTAGTTTGAAATTCAATGTAACCTGTTATTGTTACTGCTTTTCTCATTCAGATTTGATGTTATATATTGTTTTTAAAAAGCCTGGATTTCAGAAATGGTATTTGGTTTGTTGATTTTGTACAGTAATTAATCGCTATTT
TTTT

Intron 4 GTAAAGTTTA ... TTTTTGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.98	8	18	7
A2	66.67	6	19	5
A3	76.47	4	12	14
A4	87.23	3	18	23
A5	90.48	1	13	6
A6	25	6	4	0
A7	56.25	7	9	9
A8	57.14	6	12	4
A9	26.32	14	8	2
A10	52.54	14	25	6

>TRINITY_DN48111_c2_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CGTCCCGAAGCCGAACAACGTTTGTGATCAGGTTTATTTTCGCGGGGTGTGCGTTCTTTTCTCTACTGGATCTTGGTTTCAGTCTTCAACTATGGATGAACCCTAACCCGTTTCCGAGCTAAATGATCGTTTTAAAACCATGGTTCTCATCTTATTTAGGGGGACAACGTCCGACAACAAACCCGCAAACTTTGGTACAA
TGGTTTACGTGTACGGGTTGTTTCCATGACGAAGAGTATATGTTCGTTGATAATTGTTCTTGCTTCTCTGTCAAGTAAACAATATCTATCTTCTACCCTACAGGAGAGAGGATTCGGGAGAAGGTAATGGTCATATCAACTGTCTCTATATTTTGAT

>TRINITY_DN48111_c2_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCGAACGACGTTGGTGATCAGTTACCTCGATGCTTCATGATTTAAGCTTCCTGCACTATCAGGTTTATTTTCGCGGGGTCTGCGTTCTTTTCTCTACTGGATCTTGGTTTCAGTCTTCAACTATGGATGAACCCTAACCCGTTTCCGAGCTAAATGATCGTTTTAAAACCATGgtaaagtttacctacacacatttgttt
tacggcattattttccaatttggccttcatattcgaactatacttaattacttataataattgcaggatgtaagggttctggacgacatggtatccttttaacaagttacttagctggcttattatcctctagattgaatttttgagttattacctggcttattttttaatttttgatagGTTCTCATCTTATTTAGGGG
GACAACGTCCGACAACAAACCCGCAAACTTTGGTACAATGGTTTACGTGTACGGGTTGTTTCCATGACGAAGAGTATATGTTCGTTGATAATTGTTCTTGCTTCTCTGTCAAGTAAACAATATCTATCTTCTACCCTACAGGAGAGAGGATTCGGGAGAAGGTAATGGTCATATCAACTGTCTCTATATTTTGAT