sp|Q8L4P8|CKB11_ORYSJ ----> Cyclin-dependent kinase B1-1

Intron 1 GTGAGAGCCC ... ATGCATCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.81	16.4	5.6	4
A2	7.86	35.7	2.1	3
A3	15.84	42.8	3	8
A4	9.66	37.8	1.5	4
A5	8.92	11.2	0.6	1
A6	10.19	106.8	4.2	12
A7	21.73	86.9	13.2	24
A8	21.73	86.9	8.1	24
A9	10.22	70.9	4.2	8
A10	17.21	67.6	7.5	14

>TRINITY_DN34147_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GAAAACTGATGTGAAGCGAACGTAGTGTAAGATCGTAGTTATATATAGGAAACACCCTCCCGGACGTATAAGGAAGGATGGTCGAGAGCGTCGGAGGCGGCAAAACTCGGCTTATGTTTATATCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTG
CCATCATTGTCTGCATTACCAAACTAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATGGCAAAGTGTACAAGGGAAGAGACAAATGCACCGGAAGATTGGTGGCCCTCAAGAAGACCCCCTTTCACCAGGAAGAGGGCATTCCTCCCACAGCCATTCGGGAGATTTCACTTCTCAGAAGCCTC
TCTCAATGCATATATGTTGTCAAGTTGTTGGATGTAAAGGCTTCATTCAATGGCAAAGGAAAGCATGTACTGTTTATTGTATTTGAATATGCAGATTCCGATCTTAAAAAACACATTGATGCACACCGTCAATGTAACACCAAGATGTCTCCAAGGACTATTCAGAGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTA
TTGTCATAGCCACGGGGTGCTCCACAGGGATTTGAAGCCACAGAATATTTTGGTAGATCAGAAAATGGGGTTGCTGAAAATTGCAGACCTAGGACTTGGAAGAGCTTTCACAGTTCCCATCAAGAGCTATACTTTTGAGGTTGTTACTCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTGCTGTTGGGTGCAAAGCGCTATTCTTTGG
CATTAGACATATGGTCTCTTGGTTGCATCTTTGGTATGATATTATTCAATCTGCAAACTTGTATATCTAAAACTTGTTACAGTGTTTGATAGCATGCGCATTATTAGAGATTGTTTTTTGTTCCAGCTGAACTATGTAATCAGCAAGCACTTTTTCCCGGAGATTCTCAAATACAGCAGCTTATAAGCATATTCAGGTTG
CTGGGAACTCCTAATGAAAAACTATGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATGAATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAATTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAATGGTGTGGATCTTCTTTCTAAAATGTTGCAGTATGATCCTGCAAAGAGAATTTCAGCCAAAGAAGCACTAGACCATCCGTACTT
TGACAGTTTAGACAAATCCCAATTTTGAAATCAGTTTTTGATGCATGGAGTTGATTGAAAGCGATTACAAGCCATGCATCTAAATAGTCAGCATATGCACATAATAAAAGAGAACAATAGGCAACTTTCTGTACTATTCATGTCTTTTAATGGGAGAAAAGACTTTCAAAGTGTTTTCTGACATTTTGATTTCAGCACTG
AATTGTGGCATTACAGACATTTCAGGGAAGTCCATAAAGTTGCTTTTTTGCATCTCTTAAGGCTGTTTTTAGAAAGTAGTCATTCCTATTAAAGGTTCACCCTTTAATTTTGGTCAACAGGATGTATAGGCTTATATGCATTCAGGGTGACAAATAATTGTTGTAAATTCACAATGTAAACAGTTATTTTTTATGGTTAC
TGTAGCTGTGGACCTGCTAGATATGCTTGAGATGAGGGACAAAAAACTTACCATAAGATTTCGTTTTTGTTAAGATTCTGGAATTGTTTAGCGGTCACTAGCTGGGGAGATGAGCCTTAATTCTGTTGCCTTTGGTTGCAACTGTGAACAAGCATACAGAGGTAGTTTTCTTATTGTATTCTCATATGTATCTTTCAAAT
CCCATTTGGTGTAATGTTATCTGGTAATTTCCTTGCGTAAACTACTCTTTTGGTGATCTTATACCCACCAGTTACGAGTGATATAAAAGTCAATAGGCTAACGCTGGAGTGTATATTTGTTTCCATCTTAAACTGTTACTTTATGCTGTTCGATATTCCTATAAGCAGGAGAGGC

>TRINITY_DN34147_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCAGCTTATAAGCATATTCAGgtgagagcccaaagagtggcaggggcatttcttcccacgtctatatagagctcccaaatattcatatgatgatttatgcttgaaggattatcatggaaatagttttggccgattaacacttcctttgtattgggagttgggacataagaacatttctactcaataacatttttcctctg
gtctgtacatgcaaatgcatctagGTTGCTGGGAACTCCTAATGAAAAACTATGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATGAATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAATTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAATGGTGTGGATCTTCTTTCTAAAATGTTGCAGTATGATCCTGCAAAGAGAATTTCAG
CCAAAGAAGCACTAGACCATCCGTACTTTGACAGTTTAGACAAATCCCAATTTTGAAATCAGTTTTTGATGCATGGAGTTGATTGAAAGCGATTACAAGCCATGCATCTAAATAGTCAGCATATGCACATAATAAAAGAGAACAATAGGCAACTTTCTGTACTATTCATGTCTTTTAATGGGAGAAAAGACTTTCAAAGT
GTTTTCTGACATTTTGATTTCAGCACTGAATTGTGGCATTACAGACATTTCAGGGAAGTCCATAAAGTTGCTTTTTTGCATCTCTTAAGGCTGTTTTTAGAAAGTAGTCATTCCTATTAAAGGTTCACCCTTTAATTTTGGTCAACAGGATGTATAGGCTTATATGCATTCAGGGTGACAAATAATTGTTGTAAATTCAC
AATGTAAACAGTTATTTTTTATGGTTACTGTAGCTGTGGACCTGCTAGATATGCTTGAGATGAGGGACAAAAAACTTACCATAAGATTTCGTTTTTGTTAAGATTCTGGAATTGTTTAGCGGTCACTAGCTGGGGAGATGAGCCTTAATTCTGTTGCCTTTGGTTGCAACTGTGAACAAGCATACAGAGGTAGTTTTCTT
ATTGTATTCTCATATGTATCTTTCAAATCCCATTTGGTGTAATGTTATCTGGTAATTTCCTTGCGTAAACTACTCTTTTGGTGATCTTATACCCACCAGTTACGAGTGATATAAAAGTCAATAGGCTAACGCTGGAGTGTATATTTGTTTCCATCTTAAACTGTTACTTTATGCTGTTCGATATTCCTATAAGCAGGAGA
GGC

Intron 2 GTATGATATT ... TTTGTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.19	17.7	3.3	4.7
A2	8.47	32.4	2.3	3.8
A3	12.54	34.1	5.3	4.4
A4	6.93	35.2	2.3	3.2
A5	5.69	13.9	1.3	0.3
A6	13.42	89.4	16.7	10.8
A7	16.51	63.4	10.3	14.4
A8	10.14	57.6	5	8
A9	7.02	55.1	6	2.6
A10	14.54	49.3	11.7	5

>TRINITY_DN34147_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GAAAACTGATGTGAAGCGAACGTAGTGTAAGATCGTAGTTATATATAGGAAACACCCTCCCGGACGTATAAGGAAGGATGGTCGAGAGCGTCGGAGGCGGCAAAACTCGGCTTATGTTTATATCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTG
CCATCATTGTCTGCATTACCAAACTAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATGGCAAAGTGTACAAGGGAAGAGACAAATGCACCGGAAGATTGGTGGCCCTCAAGAAGACCCCCTTTCACCAGGAAGAGGGCATTCCTCCCACAGCCATTCGGGAGATTTCACTTCTCAGAAGCCTC
TCTCAATGCATATATGTTGTCAAGTTGTTGGATGTAAAGGCTTCATTCAATGGCAAAGGAAAGCATGTACTGTTTATTGTATTTGAATATGCAGATTCCGATCTTAAAAAACACATTGATGCACACCGTCAATGTAACACCAAGATGTCTCCAAGGACTATTCAGAGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTA
TTGTCATAGCCACGGGGTGCTCCACAGGGATTTGAAGCCACAGAATATTTTGGTAGATCAGAAAATGGGGTTGCTGAAAATTGCAGACCTAGGACTTGGAAGAGCTTTCACAGTTCCCATCAAGAGCTATACTTTTGAGGTTGTTACTCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTGCTGTTGGGTGCAAAGCGCTATTCTTTGG
CATTAGACATATGGTCTCTTGGTTGCATCTTTGCTGAACTATGTAATCAGCAAGCACTTTTTCCCGGAGATTCTCAAATACAGCAGCTTATAAGCATATTCAGGTTGCTGGGAACTCCTAATGAAAAACTATGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATGAATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAA
TTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAATGGTGTGGATCTTCTTTCTAAAATGTTGCAGTATGATCCTGCAAAGAGAATTTCAGCCAAAGAAGCACTAGACCATCCGTACTTTGACAGTTTAGACAAATCCCAATTTTGAAATCAGTTTTTGATGCATGGAGTTGATTGAAAGCGATTACAAGCCATGCATCTAAATAGTCAGCA
TATGCACATAATAAAAGAGAACAATAGGCAACTTTCTGTACTATTCATGTCTTTTAATGGGAGAAAAGACTTTCAAAGTGTTTTCTGACATTTTGATTTCAGCACTGAATTGTGGCATTACAGACATTTCAGGGAAGTCCATAAAGTTGCTTTTTTGCATCTCTTAAGGCTGTTTTTAGAAAGTAGTCATTCCTATTAAA
GGTTCACCCTTTAATTTTGGTCAACAGGATGTATAGGCTTATATGCATTCAGGGTGACAAATAATTGTTGTAAATTCACAATGTAAACAGTTATTTTTTATGGTTACTGTAGCTGTGGACCTGCTAGATATGCTTGAGATGAGGGACAAAAAACTTACCATAAGATTTCGTTTTTGTTAAGATTCTGGAATTGTTTAGCG
GTCACTAGCTGGGGAGATGAGCCTTAATTCTGTTGCCTTTGGTTGCAACTGTGAACAAGCATACAGAGGTAGTTTTCTTATTGTATTCTCATATGTATCTTTCAAATCCCATTTGGTGTAATGTTATCTGGTAATTTCCTTGCGTAAACTACTCTTTTGGTGATCTTATACCCACCAGTTACGAGTGATATAAAAGTCAA
TAGGCTAACGCTGGAGTGTATATTTGTTTCCATCTTAAACTGTTACTTTATGCTGTTCGATATTCCTATAAGCAGGAGAGGC

>TRINITY_DN34147_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAAAACTGATGTGAAGCGAACGTAGTGTAAGATCGTAGTTATATATAGGAAACACCCTCCCGGACGTATAAGGAAGGATGGTCGAGAGCGTCGGAGGCGGCAAAACTCGGCTTATGTTTATATCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTG
CCATCATTGTCTGCATTACCAAACTAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATGGCAAAGTGTACAAGGGAAGAGACAAATGCACCGGAAGATTGGTGGCCCTCAAGAAGACCCCCTTTCACCAGGAAGAGGGCATTCCTCCCACAGCCATTCGGGAGATTTCACTTCTCAGAAGCCTC
TCTCAATGCATATATGTTGTCAAGTTGTTGGATGTAAAGGCTTCATTCAATGGCAAAGGAAAGCATGTACTGTTTATTGTATTTGAATATGCAGATTCCGATCTTAAAAAACACATTGATGCACACCGTCAATGTAACACCAAGATGTCTCCAAGGACTATTCAGAGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTA
TTGTCATAGCCACGGGGTGCTCCACAGGGATTTGAAGCCACAGAATATTTTGGTAGATCAGAAAATGGGGTTGCTGAAAATTGCAGACCTAGGACTTGGAAGAGCTTTCACAGTTCCCATCAAGAGCTATACTTTTGAGGTTGTTACTCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTGCTGTTGGGTGCAAAGCGCTATTCTTTGG
CATTAGACATATGGTCTCTTGGTTGCATCTTTGgtatgatattattcaatctgcaaacttgtatatctaaaacttgttacagtgtttgatagcatgcgcattattagagattgttttttgttccagCTGAACTATGTAATCAGCAAGCACTTTTTCCCGGAGATTCTCAAATACAGCAGCTTATAAGCATATTCAGGTTG
CTGGGAACTCCTAATGAAAAACTATGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATGAATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAATTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAATGGTGTGGATCTTCTTTCTAAAATGTTGCAGTATGATCCTGCAAAGAGAATTTCAGCCAAAGAAGCACTAGACCATCCGTACTT
TGACAGTTTAGACAAATCCCAATTTTGAAATCAGTTTTTGATGCATGGAGTTGATTGAAAGCGATTACAAGCCATGCATCTAAATAGTCAGCATATGCACATAATAAAAGAGAACAATAGGCAACTTTCTGTACTATTCATGTCTTTTAATGGGAGAAAAGACTTTCAAAGTGTTTTCTGACATTTTGATTTCAGCACTG
AATTGTGGCATTACAGACATTTCAGGGAAGTCCATAAAGTTGCTTTTTTGCATCTCTTAAGGCTGTTTTTAGAAAGTAGTCATTCCTATTAAAGGTTCACCCTTTAATTTTGGTCAACAGGATGTATAGGCTTATATGCATTCAGGGTGACAAATAATTGTTGTAAATTCACAATGTAAACAGTTATTTTTTATGGTTAC
TGTAGCTGTGGACCTGCTAGATATGCTTGAGATGAGGGACAAAAAACTTACCATAAGATTTCGTTTTTGTTAAGATTCTGGAATTGTTTAGCGGTCACTAGCTGGGGAGATGAGCCTTAATTCTGTTGCCTTTGGTTGCAACTGTGAACAAGCATACAGAGGTAGTTTTCTTATTGTATTCTCATATGTATCTTTCAAAT
CCCATTTGGTGTAATGTTATCTGGTAATTTCCTTGCGTAAACTACTCTTTTGGTGATCTTATACCCACCAGTTACGAGTGATATAAAAGTCAATAGGCTAACGCTGGAGTGTATATTTGTTTCCATCTTAAACTGTTACTTTATGCTGTTCGATATTCCTATAAGCAGGAGAGGC

Intron 3 GTGAGTCTCA ... GCATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.38	44	7.8	3
A2	13.04	20	3.2	3
A3	11.76	45	2.4	6
A4	2.22	44	10.2	1
A5	2.78	35	2.4	1
A6	6.7	167	13.8	12
A7	9.44	163	13.2	17
A8	17.54	141	9.8	30
A9	13	174	17.8	26
A10	11.63	114	10	15

>TRINITY_DN45070_c1_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GTGTAAGATCGTAGTTATATATAGGAAACACCCTCCCGGACGTATAAGGAAGGATGGTCGAGAGCGTCGGAGGCGGCAAAACTCGGCTTATGTTTATATCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTGCCATCATTGTCTGCATTACCAAAC
TAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATGGCAAAGTGTACAAGGGAAGAGACAAATGCACCGGAAGATTGGTGGCCCTCAAGAAGACCCCCTTTCACCAGGAAGAGGGCATTCCTCCCACAGCCATTCGGGAGATTTCACTTCTCAGAAGCCTCTCTCAATGCATATATGTTGTCAAG
TTGTTGGATGTAAAGGCTTCATTCAATGGCAAAGGAAAGCATGTACTGTTTATTGTATTTGAATATGCAGATTCCGATCTTAAAAAACACATTGATGCACACCGTCAATGTAACACCAAGATGTCTCCAAGGACTATTCAGAGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTATTGTCATAGCCACGGGGTGCTCCA
CAGGGATTTGAAGCCACAGAATATTTTGGTAGATCAGAAAATGGGGTTGCTGAAAATTGCAGACCTAGGACTTGGAAGAGCTTTCACAGTTCCCATCAAGAGCTATACTTTTGAGGTTGTTACTCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTGCTGTTGGGTGCAAAGCGCTATTCTTTGGCATTAGACATATGGTCTCTTGGTT
GCATCTTTGCTGAACTATGTAATCAGCAAGCACTTTTTCCCGGAGATTCTCAAATACAGCAGCTTATAAGCATATTCAGGTTGCTGGGAACTCCTAATGAAAAACTATGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATGAATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAATTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAAT
GGTGTGGATCTTCTTTCTAAAATGTTGCAGTATGATCCTGCAAAGAGAATTTCAGCCAAAGAAGCACTAGACCATCCGTACTTTGACAGTTTAGACAAATCCCAATTTTGAAATCAGTTTTTGATGCATGGAGTTGATTGAAAGCGATTACAAGCCATGCATCTAAATAGTCAGCATATGCACATAATAAAAGAGAACAA
TAGGCAACTTTCTGTACTATTCATGTCTTTTAATGGGAGAAAAGACTTTCAAAGTGTTTTCTGACATTTTGATTTCAGCACTGAATTGTGGCATTACAGACATTTCAGGGAAGTCCATAAAGTTGCTTTTTTGCATCTCTTAAGGCTGTTTTTAGAAAGTAGTCATTCCTATTAAAGGTTCACCCTTTAATTTTGGTCAA
CAGGATGTATAGGCTTATATGCATTCAGGGTGACAAATAATTGTTGTAAATTCACAATGTAAACAGTTATTTTTTATGGTTACTGTAGCTGTGGACCTGCTAGATATGCTTGAGATGAGGGACAAAAAACTTACCATAAGATTTCGTTTTTGTTAAGATTCTGGAATTGTTTAGCGGTCACTAGCTGGGGAGATGAGCCT
TAATTCTGTTGCCTTTGGTTGCAACTGTGAACAAGCATACAGAGGTAGTTTTCTTATTGTATTCTCATATGTATCTTTCAAATCCCATTTGGTGTAATGTTATCTGGTAATTTCCTTGCGTAAACTACTCTTTTGGTGATCTTATACCCACCAGTTACGAGTGATATAAAAGTCAATAGGCTAACGCTGG

>TRINITY_DN45070_c1_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AGATGTCTCCAAGGACTATTCAGGTTTGATTTCAAGCCTACAGGCAACCCTATTTAGGTTTCATAAAGTTCATAAGTGATGAGAGACAGAATTGAAGTGACATAGTTTTCTCTCACGTTTTATGTTGAGTGAGTGCAGAGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTATTGTCATAGCCACGGGGTGCTCCACAG
GGATTTGAAGCCACAGAATATTTTGGTAGATCAGAAAATGGGGTTGCTGAAAATTGCAGACCTAGGACTTGGAAGAGCTTTCACAGTTCCCATCAAGAGCTATACTTTTGAGGTTGTTACTCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTGCTGTTGGGTGCAAAGCGCTATTCTTTGGCATTAGACATATGGTCTCTTGGTTGCA
TCTTTGGTATGATATTATTCAATCTGCAAACTTGTATATCTAAAACTTGTTACAGTGTTTGATAGCATGCGCATTATTAGAGATTGTTTTTTGTTCCAGCTGAACTATGTAATCAGCAAGCACTTTTTCCCGGAGATTCTCAAATACAGCAGCTTATAAGCATATTCAGGTGAGAGCCCAAAGAGTGGCAGGGGCATTTC
TTCCCACGTCTATATAGAGCTCCCAAATATTCATATGATGATTTATGCTTGAAGGATTATCATGGAAATAGTTTTGGCCGATTAACACTTCCTTTGTATTGGGAGTTGGGACATAAGAACATTTCTACTCAATAACATTTTTCCTCTGGTCTGTACATGCAAATGCATCTAGGTTGCTGGGAACTCCTAATGAAAAACTA
TGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATGAATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAATTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAATGGTGTGGATCTTCTTTCTgtgagtctcaattgccttggataatccatttatttattctcaatttttttggtcaaaaatggttttatcatcaaaacataccatttata
tttcccttttgaatttctctttgttatatatattaatgcctttaacacttatgtattcatccctaacagattttggataaggtagctcttgaaatttagcagaaaattcatgatgtaaaaatattgcatgtgcagAAAATGTTGCAGTATGATCCTGCAAAGAGAATTTCAGCCAAAGAAGCACTAGACCATCCGTACTT
TGACAGTTTAGACAAATCCCAATTTTGAAATCAGTTTTTGATGCATGGAGTTGATTGAAAGCGATTACAAGCCATGCATCTAAATAGTCAGCATATGCACATAATAAAAGAGAACAATAGGCAACTTTCTGTACTATTCATGTCTTTTAATGGGAGAAAAGACTTTCAAAGTGTTTTCTGACATTTTGATTTCAGCACTG
AATTGTGGCATTACAGACATTTCAGGGAAGTCCATAAAGTTGCTTTTTTGCATCTCTTAAGGCTGTTTTTAGAAAGTAGTCATTCCTATTAAAGGTTCACCCTTTAATTTTGGTCAACAGGATGTATAGGCTTATATGCATTCAGGGTGACAAATAATTGTTGTAAATTCACAATGTAAACAGTTATTTTTTATGGTTAC
TGTAGCTGTGGACCTGCTAGATATGCTTGAGATGAGGGACAAAAAACTTACCATAAGATTTCGTTTTTGTTAAGATTCTGGAATTGTTTAGCGGTCACTAGCTGGGGAGATGAGCCTTAATTCTGTTGCCTTTGGTTGCAACTGTGAACAAGCATACAGAGGTAGTTTTCTTATTGTATTCTCATATGTATCTTTCAAAT
CCCATTTGGTGTAATGTTATCTGGTAATTTCCTTGCGTAAACTACTCTTTTGGTGATCTTATACCCACCAGTTACGAGTGATATAAAAGTCAATAGGCTAACGCTGG

Intron 4 GTTCGCTCTT ... TGTCTGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10	18	2	0
A2	0	31	0	0
A3	25	15	5	4
A4	10.26	35	4	0
A5	0	8	0	0
A6	1.92	51	1	0
A7	5.56	51	3	0
A8	0	22	0	0
A9	5.26	54	3	0
A10	0	61	0	0

>TRINITY_DN106465_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GGATGGTCGAGAGCGTCGGAGGCGGCAAAACTCGGCTTATGTTTATATCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTGCCATCATTGTCTGCATTACCAAACTAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATG
GCAAAGTGTACAAGGGAAGAGACAAATGCACCGGAAGATTGGTGGCCCTCAAGAAGACCCCCTTTCACCAGGAAGAGGGCATTCCTCCCACAGCCATTCGGGAGATTTCACTTCTCAGAAGCCTCTCTCAATGCATATATGTTGTCAAGTTGTTGGATGTAAAGGCTTCATTCAATGGCAAAGGAAAGCATGTACTGTTT
ATTGTATTTGAATATGCAGATTCCGATCTTAAAAAACACATTGATGCACACCGTCAATGTAACACCAAGATGTCTCCAAGGACTATTCAGAGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTATTGTCATAGCCACGGGGTGCTCCACAGGGATTTGAAGCCACAGAATATTTTGGTAGATCAGAAAATGGGGTTGCT
GAAAATTGCAGACCTAGGACTTGGAAGAGCTTTCACAGTTCCCATCAAGAGCTATACTTTTGAGGTTGTTACTCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTGCTGTTGGGTGCAAAGCGCTATTCTTTGGCATTAGACATATGGTCTCTTGGTTGCATCTTTGCTGAACTATGTAATCAGCAAGCACTTTTTCCCGGAGATTCTC
AAATACAGCAGCTTATAAGCATATTCAGGTTGCTGGGAACTCCTAATGAAAAACTATGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATGAATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAATTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAATGGTGTGGATCTTCTTTCTAAAATGTTGCAGTATGATCCTGCAAAGAGAATT
TCAGCCAAAGAAGCACTAGACCATCCGTACTTTGACAGTTTAGACAAATCCCAATTTTGAAATCAGTTTTTGATGCATGGAGTTGATTGAAAGCGATTACAAGCCATGCATCTAAATAGTCAGCATATGCACATAATAAAAGAGAACAATAGGCAACTTTCTGTACTATTCATGTCTTTTAATGGGAGAAAAGACTTTCA
AAGTGTTTTCTGACATTTTGATTTCAGCACTGAATTGTGGCATTACAGACATTTCAGGGAAGTCCATAAAGTTGCTTTTTTGCATCTCTTAAGGCTGTTTTTAGAAAGTAGTCATTCCTATTAAAGGTTCACCCTTTAATTTTGGTCAACAGGATGTATAGGCTTATATGCATTCAGGGTGACAAATAATTGTTGTAAAT
TCACAATGTAAACAGTTATTTTTTATGGTTACTGTAGCTGTGGACCTGCTAGATATGCTTGAGATGAGGGACAAAAAACTTACCATAAGATTTCGTTTTTGTTAAGATTCTGGAATTGTTTAGCGGTCACTAGCTGGGGAGATGAGCCTTAATTCTGTTGCCTTTGGTTGCAACTGTGAACAAGCATACAGAGGTAGTTT
TCTTATTGTATTCTCATATGTATCTTTCAAATCCCATTTGGTGTAATGTTATCTGGTAATTTCCTTGCGTAAACTACTCTTTTGGTGATCTTATACCCACCAGTTACGAGTGATATAAAAGTCAATAGGCTAACGCTGG

>TRINITY_DN106465_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TATGATATTGGAGTATTAGTTCATATCGTGATTGGTATTGATAAAGAAAAATGACTTTCTATTTATCTTGGAGCTAAAGGCCTAAATAAGCCATTTGTTATTCAGGTTGTTGGATGTAAAGGCTTCATTCAATGGCAAAGGAAAGCATGTACTGTTTATTGTATTTGAATATGCAGATTCCGATCTTAAAAAACACATTG
ATGCACACCGTCAATGTAACACCAAGATGTCTCCAAGGACTATTCAGGTTTGATTTCAAGCCTACAGGCAACCCTATTTAGGTTTCATAAAGTTCATAAGTGATGAGAGACAGAATTGAAGTGACATAGTTTTCTCTCACGTTTTATGTTGAGTGAGTGCAGAGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTATTG
TCATAGCCACGGGGTGCTCCACAGgttcgctctttagctcaatttcaatttcatcctctagttgttcaacttaaaaaatgcatgactttcttattcgacatgtacatgtgtctgctagGGATTTGAAGC

Intron 5 GTTTGATTTC ... GTGAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.32	24	13.4	6.1
A2	18.45	42	6.6	9.8
A3	15.41	26	9.4	4.8
A4	7.08	41	6.3	3.1
A5	11.41	20	8.8	2.6
A6	16.34	75	10	15
A7	17.41	75	13.1	16.1
A8	8.57	46	8.8	4.4
A9	17.56	75	15	16.3
A10	17.5	76	10	16.6

>TRINITY_DN113835_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GTCGAGAGCGTCGGAGGCGGCAAAACTCGGCTTATGTTTATATCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTGCCATCATTGTCTGCATTACCAAACTAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATGGCAAA
GTGTACAAGGGAAGAGACAAATGCACCGGAAGATTGGTGGCCCTCAAGAAGACCCCCTTTCACCAGGAAGAGGGCATTCCTCCCACAGCCATTCGGGAGATTTCACTTCTCAGAAGCCTCTCTCAATGCATATATGTTGTCAAGTTGTTGGATGTAAAGGCTTCATTCAATGGCAAAGGAAAGCATGTACTGTTTATTGT
ATTTGAATATGCAGATTCCGATCTTAAAAAACACATTGATGCACACCGTCAATGTAACACCAAGATGTCTCCAAGGACTATTCAGAGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTATTGTCATAGCCACGGGGTGCTCCACAGGGATTTGAAGCCACAGAATATTTTGGTAGATCAGAAAATGGGGTTGCTGAAAA
TTGCAGACCTAGGACTTGGAAGAGCTTTCACAGTTCCCATCAAGAGCTATACTTTTGAGGTTGTTACTCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTGCTGTTGGGTGCAAAGCGCTATTCTTTGGCATTAGACATATGGTCTCTTGGTTGCATCTTTGCTGAACTATGTAATCAGCAAGCACTTTTTCCCGGAGATTCTCAAATA
CAGCAGCTTATAAGCATATTCAGGTTGCTGGGAACTCCTAATGAAAAACTATGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATGAATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAATTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAATGGTGTGGATCTTCTTTCTAAAATGTTGCAGTATGATCCTGCAAAGAGAATTTCAGC
CAAAGAAGCACTAGACCATCCGTACTTTGACAGTTTAGACAAATCCCAATTTTGAAATCAGTTTTTGATGCATGGAGTTGATTGAAAGCGATTACAAGCCATGCATCTAAATAGTCAGCATATGCACATAATAAAAGAGAACAATAGGCAACTTTCTGTACTATTCATGTCTTTTAATGGGAGAAAAGACTTTCAAAGTG
TTTTCTGACATTTTGATTTCAGCACTGAATTGTGGCATTACAGACATTTCAGGGAAGTCCATAAAGTTGCTTTTTTGCATCTCTTAAGGCTGTTTTTAGAAAGTAGTCATTCCTATTAAAGGTTCACCCTTTAATTTTGGTCAACAGGATGTATAGGCTTATATGCATTCAGGGTGACAAATAATTGTTGTAAATTCACA
ATGTAAACAGTTATTTTTTATGGTTACTGTAGCTGTGGACCTGCTAGATATGCTTGAGATGAGGGACAAAAAACTTACCATAAGATTTCGTTTTTGTTAAGATTCTGGAATTGTTTAGCGGTCACTAGCTGGGGAGATGAGCCTTAATTCTGTTGCCTTTGGTTGCAACTGTGAACAAGCATACAGAGGTAGTTTTCTTA
TTGTATTCTCATATGTATCTTTCAAATCCCATTTGGTGTAATGTTATCTGGTAATTTCC

>TRINITY_DN113835_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTCGAGAGCGTCGGAGGCGGCAAAACTCGGCTTATGTTTATATCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTGCCATCATTGTCTGCATTACCAAACTAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATGGCAAA
GTGTACAAGGGAAGAGACAAATGCACCGGAAGATTGGTGGCCCTCAAGAAGACCCCCTTTCACCAGGAAGAGGGCATTCCTCCCACAGCCATTCGGGAGATTTCACTTCTCAGAAGCCTCTCTCAATGCATATATGTTGTCAAGTTGTTGGATGTAAAGGCTTCATTCAATGGCAAAGGAAAGCATGTACTGTTTATTGT
ATTTGAATATGCAGATTCCGATCTTAAAAAACACATTGATGCACACCGTCAATGTAACACCAAGATGTCTCCAAGGACTATTCAGgtttgatttcaagcctacaggcaaccctatttaggtttcataaagttcataagtgatgagagacagaattgaagtgacatagttttctctcacgttttatgttgagtgagtgcag


AGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTATTGTCATAGCCACGGGGTGCTCCACAGGGATTTGAAGCCACAGAATATTTTGGTAGATCAGAAAATGGGGTTGCTGAAAATTGCAGACCTAGGACTTGGAAGAGCTTTCACAGTTCCCATCAAGAGCTATACTTTTGAGGTTGTTACTCTTTGGTACAGAGCTCC
TGAAGTGCTGTTGGGTGCAAAGCGCTATTCTTTGGCATTAGACATATGGTCTCTTGGTTGCATCTTTGCTGAACTATGTAATCAGCAAGCACTTTTTCCCGGAGATTCTCAAATACAGCAGCTTATAAGCATATTCAGGTTGCTGGGAACTCCTAATGAAAAACTATGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATG
AATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAATTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAATGGTGTGGATCTTCTTTCTAAAATGTTGCAGTATGATCCTGCAAAGAGAATTTCAGCCAAAGAAGCACTAGACCATCCGTACTTTGACAGTTTAGACAAATCCCAATTTTGAAATCAGTTTTTGATGCATGGAGTTGATTGA
AAGCGATTACAAGCCATGCATCTAAATAGTCAGCATATGCACATAATAAAAGAGAACAATAGGCAACTTTCTGTACTATTCATGTCTTTTAATGGGAGAAAAGACTTTCAAAGTGTTTTCTGACATTTTGATTTCAGCACTGAATTGTGGCATTACAGACATTTCAGGGAAGTCCATAAAGTTGCTTTTTTGCATCTCTT
AAGGCTGTTTTTAGAAAGTAGTCATTCCTATTAAAGGTTCACCCTTTAATTTTGGTCAACAGGATGTATAGGCTTATATGCATTCAGGGTGACAAATAATTGTTGTAAATTCACAATGTAAACAGTTATTTTTTATGGTTACTGTAGCTGTGGACCTGCTAGATATGCTTGAGATGAGGGACAAAAAACTTACCATAAGA
TTTCGTTTTTGTTAAGATTCTGGAATTGTTTAGCGGTCACTAGCTGGGGAGATGAGCCTTAATTCTGTTGCCTTTGGTTGCAACTGTGAACAAGCATACAGAGGTAGTTTTCTTATTGTATTCTCATATGTATCTTTCAAATCCCATTTGGTGTAATGTTATCTGGTAATTTCC

Intron 6 GTGTTTTTCC ... TCATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A5	18.63	8.8	2	3.5
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A7	17.61	47	10	8.5
A8	0	26.5	0	6
A9	19.66	45	11	6
A10	16.59	40.3	8	9.5

>TRINITY_DN105707_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

GGCAAAACTCGGCTTATGTTTATATCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTGCCATCATTGTCTGCATTACCAAACTAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATGGCAAAACTCGGCTTATGTTTATA
TCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTGCCATCATTGTCTGCATTACCAAACTAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATGGCAAAGTGTACAAGGGAAGAGACAAATGCACCGGAAGATTGGTGGCC
CTCAAGAAGACCCCCTTTCACCAGGAAGAGGGCATTCCTCCCACAGCCATTCGGGAGATTTCACTTCTCAGAAGCCTCTCTCAATGCATATATGTTGTCAAGTTGTTGGATGTAAAGGCTTCATTCAATGGCAAAGGAAAGCATGTACTGTTTATTGTATTTGAATATGCAGATTCCGATCTTAAAAAACACATTGATGC
ACACCGTCAATGTAACACCAAGATGTCTCCAAGGACTATTCAGAGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTATTGTCATAGCCACGGGGTGCTCCACAGGGATTTGAAGCCACAGAATATTTTGGTAGATCAGAAAATGGGGTTGCTGAAAATTGCAGACCTAGGACTTGGAAGAGCTTTCACAGTTCCCATCA
AGAGCTATACTTTTGAGGTTGTTACTCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTGCTGTTGGGTGCAAAGCGCTATTCTTTGGCATTAGACATATGGTCTCTTGGTTGCATCTTTGCTGAACTATGTAATCAGCAAGCACTTTTTCCCGGAGATTCTCAAATACAGCAGCTTATAAGCATATTCAGGTTGCTGGGAACTCCTAAT
GAAAAACTATGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATGAATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAATTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAATGGTGTGGATCTTCTTTCTGTGAGTCTCAATTGCCTTGGATAATCCATTTATTTATTCTCAATTTTTTTGGTCAAAAATGGTTTTATCATCAAAACATA
CCATTTATATTTCCC

>TRINITY_DN105707_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGCAAAACTCGGCTTATGTTTATATCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTGCCATCATTGTCTGCATTACCAAACTAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATGGCAAAACTCGGCTTATGTTTATA
TCAGCGCTATTCAGATTCACAACTGCACCAGCCTATGATAACTGAACTCTTGATTTCTCTGCTCAGCTTATGTTCTTGCCATCATTGTCTGCATTACCAAACTAAACATGGACAAATATGAGAAGTTAGAGAAGGTGGGGGAGGGAACCTATGGCAAAGTGTACAAGGGAAGAGACAAATGCACCGGAAGATTGGTGGCC
CTCAAGAAGACCCCCTTTCACCAGGAAGAGGGCATTCCTCCCACAGCCATTCGGGAGATTTCACTTCTCAGAAGCCTCTCTCAATGCATATATGTTGTCAAGTTGTTGGATGTAAAGGCTTCATTCAATGGCAAAGGAAAGCATGTACTGTTTATTGTATTTGAATATGCAGATTCCGATCTTAAAAAACACATTGATGC
ACACCGTCAATGTAACACCAAGATGTCTCCAAGGACTATTCAGAGCTATATGTACCAACTATGTAAGGGTATTGCCTATTGTCATAGCCACGGGGTGCTCCACAGGGATTTGAAGCCACAGAATATTTTGGTAGATCAGAAAATGGGGTTGCTGAAAATTGCAGACCTAGGACTTGGAAGAGCTTTCACAGTTCCCATCA
AGAGCTATACTTTTGAGgtgtttttcctttatgctattgtctgcatatttttcatgatatagttgtaaaaagttctattacaaatcatgaacatatacagaactctgtaggcactagggtgatgcccaccttatgcataatgtgagcccttgacctatgcactctatgctcctccatctgaatagtccaatataaaatag
aacatatgttttaggtttcatcagtcagcataagagaagcaggtgtttgaactctctgaacctgtcatttgcagGTTGTTACTCTTTGGTACAGAGCTCCTGAAGTGCTGTTGGGTGCAAAGCGCTATTCTTTGGCATTAGACATATGGTCTCTTGGTTGCATCTTTGCTGAACTATGTAATCAGCAAGCACTTTTTCCC
GGAGATTCTCAAATACAGCAGCTTATAAGCATATTCAGGTTGCTGGGAACTCCTAATGAAAAACTATGGCCGGGAGTGACACAGCTTCGTGACTGGCATGAATTTCCTCAATGGAGGCCTCAAGATCTTTCCAAATTCGTGTTCAGTTTGGATCCAAATGGTGTGGATCTTCTTTCT