sp|O22928|PUSH_ARATH ----> Putative tRNA pseudouridine synthase

Intron 1 GTGCTCTTCT ... CCTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.52	8	7	10
A2	36.84	6	4	3
A3	70	3	9	5
A4	62.5	6	11	9
A5	33.33	1	0	1
A6	60.98	8	6	19
A7	51.35	27	29	28
A8	47.25	24	22	21
A9	62.5	15	28	22
A10	56.36	12	13	18

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

AGCGCTTCTTATTTGCTTCAGAAGTAGTTATTTTACTTGTTTGCTTCAGAAGTAATTATTTTAAGGGTGTAGAGCTTCATCAAAGTTTAATCTCCTAAATGGAGGGAGGCGAAGAACTACATGTAGCTTACAAGCTTATCACGGACCTGCAAAATCAAGTGGATTCCCTCAAGAAACGGATTCAGGTCCTGGAGCTTGAG
AATGCAAGACTCCTGAGTTTGAGCAACACCCAAAAGATATATGATGAGAGTGAAAGCAACCAAGGTCATCAGGATGGAACGATTCTATCATATAGAGTGGGACAGCCTCATAAATTAACACAAGCAGAAAATAGTACAGGAATGCATGTGTTTGATCGTACTGAACACAATCTCTCCATGTTAAATATAGGTGATAATGA
ATATGTAACCATCCAAGGCAGTTCTATAAAAGGCATTTCAAACTCATCTTCACCGAATATGCACAGCATTGTGGTTGATAATGCGGCTACAAAGGTAACAAGTTATGTGAACAGAGACCATCAAATGCACAAGGAAAATGCTTTGGAAGAAGTCAATATTGAAAATGAACATCTGACAGATCCAGCCATTGTATTTCGAC
AAACAAAGTCAGATAACTTTCAGCTAGATTGCACTAATGGATTTAATGAAGCATCTGATAAATGCATTGGTCACAAGAGTAAGAAGCAAAAGGCAAAATTGAAAAGAGATGGCCTCTTGCAAGATCTATCTCACTGTAGAAGGAGATATGTTGCTCTCAAAATCATGTATTTTGGACAAAGGTTTTATGGCTTTGCGTCA
GAGGCCCAACTGGAGCCCACTGTTGAGTCTGAAATTTTTGCAGCTTTGAAGAAAACAAGACTTTTAATAGGAGAACGAAAAGAGGCTCATTACTCTCGATGTGGTCGTACAGACAAAGGTGTTTCTGCCTTTGGGCAGGTGATTGCCCTCTATTTACGGTCAAAGTATACAGATAAAGATGAAATGGAAATAGATTATGT
TAGAGTGTTGAACAGAGCTCTTCCCAAGGACATTCGTGTTATTGGTTGGTGTCCTATTCCTTGTGAATTCCATGCAAGGTTTAGCTGTTTGAGTCGAGAATACAAGTACTTCTTTTTCCGTGAGAACCTTGATATAAATGGAATGGAAATCGCCTGTAAAAAATTTTTGGGAGATCATGACTTCAGGAACTTCTGTAAGA
TGGATGCCCTAAATGTCCACAATTACAGGCGCCGAATAACAACATTTGAAATTGTACCTTGCAGTGAGAGGTGGGCTGGTACAGAAATAATGGCAATGCGAATCAAAGGAAGTGCATTTCTTTGGCACCAAGTTCGATGCATGGCTGCTGTGCTGTTCATGGTTGGACATGGAGTCGAATCACCAGATGTGATTGATGAA
TTGCTTGACACCAATAAGACATTTAGGAAACCGCAGTACAATATAGCATCAGAGCTACCTCTTGTTCTCGATTCATGTGAATTTGAAGGGCTCAGTTTCAGGCTGTATTGTTTCATGAAGCTTCATCTCAACTTACTGATACTGCAATCATAGGTAACACTTCGATGTCAAAACGAGGCAAAAAGAAGGCATCGCATATT
CCTCTTTCTGGTCGTCCAACTGAACCTACCTATGAGGAACGCCACAATAAAATGAGTGCAAAAGGAGGTTACAAGAACGCCACTGCAGATTTTTAGAAGACGATTCTGTCCTCTAGAATGGTTAACCGGTATTGTTGTACCATTTTGTGTATGGGTTTTTTGCCCATATTTTTTGCTTCAGAGATCAGGCTGAGGTGGTT
CAGTGTTGACAGCATGCAAATTTGATCAGTGATGAGATGCCAGCAATTGTTGTTTCTTTAACTAATTGTAAAAAATTTGCAAAAAATTATTAAACAATTTAATTAATGTTAAATGTGTACTAAGTGTTTCTTGAGCGTTAAAACACATTGGTGCATAGCATCTTTAGTAATACCTTCTTTTAATAATAATAAATTTTTTA
TTCAATAAATAAATGCTCGCCGA

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGCGCTTCTTATTTGCTTCAGAAGTAGTTATTTTACTTGTTTGCTTCAGAAGTAATTATTTTAAGGGTGTAGAGCTTCATCAAAGTTTAATCTCCTAAATGGAGGGAGGCGAAGAACTACATGTAGCTTACAAGCTTATCACGGACCTGCAAAATCAAGTGGATTCCCTCAAGAAACGGATTCAGGTCCTGGAGCTTGAG
AATGCAAGACTCCTGAGTTTGAGCAACACCCAAAAGATGGCCTCTTGCAAGATCTATCTCACTGTAGAAGGAGATATGTTGCTCTCAAAATCATGTATTTTGGACAAAGGTTTTATGGCTTTGCGTCAGAGGCCCAATTGGAGCCCACTGTTGAGTCTGAAATTTTTGCAGCTTTGAAGAAAACAAGACTTTTAATAGGA
GAACGAAAAGAGGCTCATTACTCTCGATGTGGTCGTACAGACAAAGGTGTTTCTGCCTTTGGGCAGGTGATTGCCCTCTATTTACGGTCAAAGTATACAGATAAAGATGAAATGGAAATAGATTATGTTAGAGTGTTGAACAGAGCTCTTCCCAAGGACATTCGTGTTATTGGTTGGTGTCCTATTCCTTGTGAATTCCA
TGCAAGGTTTAGCTGTTTGAGTCGAGAATACAAGTACTTCTTTTTCCGTGAGAACCTTGATATAAATGGAATGGAAATCGCCTGTAAAAAATTTTTGGGAGATCATGACTTCAGGAACTTCTGTAAGATGGATGCCCTAAATGTCCACAATTACAGGCGCCGAATAACAACATTTGAAATTGTACCTTGCAGTGAGAGGT
GGGCTGGTACAGAAATAATGGCAATGCGAATCAAAGGAAGTGCATTTCTTTGGCACCAAGTTCGATGCATGGCTGCTGTGCTGTTCATGGTTGGACATGGAGTCGAATCACCAGATGTGATTGATGAATTGCTTGACACCAATAAGACATTTAGGAAACCGCAGTACAATATAGCATCAGAGCTACCTCTTGTTCTCGAT
TCATGTGAATTTGAAGGGCTCAGTTTCAGgtgctcttctgatgcagctaggggcatacatatggatatatcacagcaacttcatgcctaccttctgcagGCTGTATTGTTTCATGAAGCTTCATCTCAACTTACTGATACTGCAATCATAGGTAACACTTCGATGTCAAAACGAGGCAAAAAGAAGGCATCGCATATTCC
TCTTTCTGGTCGTCCAACTGAACCTACCTATGAGGAACGCCACAATAAAATGAGTGCAAAAGGAGGTTACAAGAACGCCACTGCAGATTTTTAGAAGACGATTCTGTCCTCTAGAATGGTTAACCGGTATTGTTGTACCATTTTGTGTATGGGTTTTTTGCCCATATTTTTTGCTTCAGAGATCAGGCTGAGGTGGTTCA
GTGTTGACAGCATGCAAATTTGATCAGTGATGAGATGCCAGCAATTGTTGTTTCTTTAACTAATTGTAAAAAATTTGCAAAAAATTATTAAACAATTTAATTAATGTTAAATGTGTACTAAGTGTTTCTTGAGCGTTAAAACACATTGGTGCATAGCATCTTTAGTAATACCTTCTTTTAATAATAATAAATTTTTTATT
CAATAAATAAATGCTCGCCGA

Intron 2 ATGCAGCTAG ... CCAACTGAAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.29	6.8	7	5
A2	58.59	3.2	4	5
A3	69.67	2.6	8.8	3
A4	77.45	2.2	11	4
A5	100	0	0	2
A6	94.29	0.8	7.8	18
A7	61.34	19.4	31.6	29
A8	62.96	19	21.2	41
A9	72.57	9.6	28.2	22
A10	60.99	6.6	14.6	6

>TRINITY_DN130973_c6_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTACATTAATGTTCACAAGTGACGAAAGTAGGTCAATGGGACTAGCAAGAACAACATTTGACAAGAAGTATGAGTGCCTAGAACATCTCTGATGCACTTTTAAACCCTATCTTAAAGCAAGCAAGAAAGAAGAGTAGTCAATTTAATGTGTCAAACTTTGTGTAAGCTTTTTTTCCAAGATATCGCCTTTCATGATTAT
AATCGTATTCTTTTTGCAGGTGGGCTGGTACAGAAATAATGGCAATGCGAATCAAAGGAAGTGCATTTCTTTGGCACCAAGTTCGATGCATGGCTGCTGTGCTGTTCATGGTTGGACATGGAGTCGAATCACCAGATGTGATTGATGAATTGCTTGACACCAATAAGACATTTAGGAAACCGCAGTACAATATAGCATCA
GAGCTACCTCTTGTTCTCGATTCATGTGAATTTGAAGGGCTCAGTTTCAGCTACCTATGAGGAACGCCACAATAAAATGAGTGCAAAAGGAGGTTACAAGAACGCCACTGCAGATTTTTAGAAGACGATTCTGTCCTCTAGAATGGTTAACCGGTATTGTTGTACCATTTTGTGTATGGGTTTTTTGCCCATATTTTTTG
CTTCAGAGATCAGGCTGAGGTGGTTCAGTGTTGACAGCATGCAAATTTGATCAGTGATGAGATGCCAGGTATTGTTGTTTCTTTAACTAATTGTAAAAAATTTGCAAAAAATTATTAAACAATTTAATTAATGTTAAATGTGTACTAAGTGT

>TRINITY_DN130973_c6_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTATGGCTTTGCGTCAGAGGCCCAACTGGAGCCCACTGTTGAGTCTGAAATTTTTGCAGCTTTGAAGAAAACAAGACTTTTAATAGGAGAACGAAAAGAGGCTCATTACTCTCGATGTGGTCGTACAGACAAAGGTGTTTCTGCCTTTGGGCAGGTGATTGCCCTCTATTTACGGTCAAAGTATACAGATAAAGATGAA
ATGGAAATAGATTATGTTAGAGTGTTGAACAGAGCTCTTCCCAAGGACATTCGTGTTATTGGTTGGTGTCCTATTCCTTGTGAATTCCATGCAAGGTTTAGCTGTTTGAGTCGAGAATACAAGTACTTCTTTTTCCGTGAGAACCTTGATATAAATGGAATGGAAATCGCCTGTAAAAAATTTTTGGGAGATCATGACTT
CAGGAACTTCTGTAAGATGGATGCCCTAAATGTCCACAATTACAGGCGCCGAATAACAACATTTGAAATTGTACCTTGCAGTGAGAGGTGGGCTGGTACAGAAATAATGGCAATGCGAATCAAAGGAAGTGCATTTCTTTGGCACCAAGTTCGATGCATGGCTGCTGTGCTGTTCATGGTTGGACATGGAGTCGAATCAC
CAGATGTGATTGATGAATTGCTTGACACCAATAAGACATTTAGGAAACCGCAGTACAATATAGCATCAGAGCTACCTCTTGTTCTCGATTCATGTGAATTTGAAGGGCTCAGTTTCAGatgcagctaggggcatacatatggatatatcacagcaacttcatgcctaccttctgcaggctgtattgtttcatgaagcttc
atctcaacttactgatactgcaatcataggtaacacttcgatgtcaaaacgaggcaaaaagaaggcatcgcatattcctctttctggtcgtccaactgaacCTACCTATGAGGAACGCCACAATAAAATGAGTGCAAAAGGAGGTTACAAGAACGCCACTGCAGATTTTTAGAAGACGATTCTGTCCTCTAGAATGGTTA
ACCGGTATTGTTGTACCATTTTGTGTATGGGTTTTTTGCCCATATTTTTTGCTTCAGAGATCAGGCTGAGGTGGTTCAGTGTTGACAGCATGCAAATTTGATCAGTGATGAGATGCCAGGTATTGTTGTTTCTTTAACTAATTGTAAAAAATTTGCAAAAAATTATTAAACAATTTAATTAATGTTAAATGTGTACTAAG
TGT

Intron 3 GTGAGTATAA ... TGGATATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.92	19	1	7
A2	13.33	13	0	2
A3	40	15	0	10
A4	41.18	10	0	7
A5	35.71	9	0	5
A6	23.08	10	0	3
A7	13.64	19	0	3
A8	38.89	11	0	7
A9	13.64	19	0	3
A10	25	21	0	7

>TRINITY_DN130973_c6_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTATGGCTTTGCGTCAGAGGCCCAACTGGAGCCCACTGTTGAGTCTGAAATTTTTGCAGCTTTGAAGAAAACAAGACTTTTAATAGGAGAACGAAAAGAGGCTCATTACTCTCGATGTGGTCGTACAGACAAAGGTGTTTCTGCCTTTGGGCAGGTGATTGCCCTCTATTTACGGTCAAAGTATACAGATAAAGATGAA
ATGGAAATAGATTATGTTAGAGTGTTGAACAGAGCTCTTCCCAAGGACATTCGTGTTATTGGTTGGTGTCCTATTCCTTGTGAATTCCATGCAAGGTTTAGCTGTTTGAGTCGAGAATACAAGTACTTCTTTTTCCGTGAGAACCTTGATATAAATGGAATGGAAATCGCCTGTAAAAAATTTTTGGGAGATCATGACTT
CAGGAACTTCTGTAAGATGGATGCCCTAAATGTCCACAATTACAGGCGCCGAATAACAACATTTGAAATTGTACCTTGCAGTGAGAGGTGGGCTGGTACAGAAATAATGGCAATGCGAATCAAAGGAAGTGCATTTCTTTGGCACCAAGTTCGATGCATGGCTGCTGTGCTGTTCATGGTTGGACATGGAGTCGAATCAC
CAGATGTGATTGATGAATTGCTTGACACCAATAAGACATTTAGGAAACCGCAGTACAATATAGCATCAGAGCTACCTCTTGTTCTCGATTCATGTGAATTTGAAGGGCTCAGTTTCAGCTACCTATGAGGAACGCCACAATAAAATGAGTGCAAAAGGAGGTTACAAGAACGCCACTGCAGATTTTTAGAAGACGATTCT
GTCCTCTAGAATGGTTAACCGGTATTGTTGTACCATTTTGTGTATGGGTTTTTTGCCCATATTTTTTGCTTCAGAGATCAGGCTGAGGTGGTTCAGTGTTGACAGCATGCAAATTTGATCAGTGATGAGATGCCAGGTATTGTTGTTTCTTTAACTAATTGTAAAAAATTTGCAAAAAATTATTAAACAATTTAATTAAT
GTTAAATGTGTACTAAGTGT

>TRINITY_DN130973_c6_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAACCTTGATATAAATgtgagtataattagatgtttaaattttgttgtgggatggacatacatagtacattacatttcaatattttctggctgaaatggagaatgcaagaaatgattagctttaaattgtgcttgtccatggatatcagGGAATGGAAATCGCCTGTAAAAAATTTTTGGGAGATCATGACTTCAGGAA
CTTCTGTAAGATGGATGCCCTAAATGTCCACAATTACAGGCGCCGAATAACAACATTTGAAATTGTACCTTGCAGTGAGAGGTGGGCTGGTACAGAAATAATGGCAATGCGAATCAAAGGAAGTGCATTTCTTTGGCACCAAGTTCGATGCATGGCTGCTGTGCTGTTCATGGTTGGACATGGAGTCGAATCACCAGATG
TGATTGATGAATTGCTTGACACCAATAAGACATTTAGGAAACCGCAGTACAATATAGCATCAGAGCTACCTCTTGTTCTCGATTCATGTGAATTTGAAGGGCTCAGTTTCAGCTACCTATGAGGAACGCCACAATAAAATGAGTGCAAAAGGAGGTTACAAGAACGCCACTGCAGATTTTTAGAAGACGATTCTGTCCTC
TAGAATGGTTAACCGGTATTGTTGTACCATTTTGTGTATGGGTTTTTTGCCCATATTTTTTGCTTCAGAGATCAGGCTGAGGTGGTTCAGTGTTGACAGCATGCAAATTTGATCAGTGATGAGATGCCAGGTATTGTTGTTTCTTTAACTAATTGTAAAAAATTTGCAAAAAATTATTAAACAATTTAATTAATGTTAAA
TGTGTACTAAGTGT

Intron 4 GTGTTTCTGC ... TATGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.85	6	7	1
A2	83.33	3	15	5
A3	56.52	10	13	5
A4	55.17	13	16	2
A5	-1	0	0	2
A6	57.14	3	4	2
A7	35.29	11	6	1
A8	48	13	12	0
A9	50	9	9	0
A10	45.45	6	5	0

>TRINITY_DN113898_c10_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

GAAGTAATTATTTTAAGGGTGTAGAGCTTCATCAAAGTTTAATCTCCTAAATGGAGGGAGGCGAAGAACTACATGTAGCTTACAAGCTTATCACGGACCTGCAAAATCAAGTGGATTCCCTCAAGAAACGGATTCAGGTCCTGGAGCTTGAGAATGCAAGACTCCTGAGTTTGAGCAACACCCAAAAGATGGCCTCTTGC
AAGATCTATCTCACTGTAGAAGGAGATATGTTGCTCTCAAAATCATGTATTTTGGACAAAGGTTTTATGGCTTTGCGTCAGAGGCCCAATTGGAGCCCACTGTTGAGTCTGAAATTTTTGCAGCTTTGAAGAAAACAAGACTTTTAATAGGAGAACGAAAAGAGGCTCATTACTCTCGATGTGGTCGTACAGACAAAGGT
GATTGCCCTCTATTTACGGTCAAAGTATACAGATAAAGGTTTAGCTGTTTGAGTCGAG

>TRINITY_DN113898_c10_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAAGTAATTATTTTAAGGGTGTAGAGCTTCATCAAAGTTTAATCTCCTAAATGGAGGGAGGCGAAGAACTACATGTAGCTTACAAGCTTATCACGGACCTGCAAAATCAAGTGGATTCCCTCAAGAAACGGATTCAGGTCCTGGAGCTTGAGAATGCAAGACTCCTGAGTTTGAGCAACACCCAAAAGATGGCCTCTTGC
AAGATCTATCTCACTGTAGAAGGAGATATGTTGCTCTCAAAATCATGTATTTTGGACAAAGGTTTTATGGCTTTGCGTCAGAGGCCCAATTGGAGCCCACTGTTGAGTCTGAAATTTTTGCAGCTTTGAAGAAAACAAGACTTTTAATAGGAGAACGAAAAGAGGCTCATTACTCTCGATGTGGTCGTACAGACAAAGgt
gtttctgcctttgggcaggtttgggcttgttttacacttttgcactaagtttaagattgaaattctttctttcctcacaatgacttagttcattggttggcataataagtaagagagtgctttatgaaatgctataggtaattgcattcacatactggaggaatattatgtgtttagtatgattggttggtatttaaaaa
aaatatgccatatatttacagaacaatatttacatcagcaaatcaaaaagtggaagggtttatacaatggaacttatttcctcttcccctacactactaaagcagaaacaaaatcagaatattagtcggtagcgttgcagagaatatgtgtttttttctttattttaatgctaggttttattatgcttatgtggtgttat
gtgtatgatacagGTGATTGCCCTCTATTTACGGTCAAAGTATACAGATAAAGGTGATGACACAATATCTGTTCATAAACCTTCTGAGAGCATCTCTGGTTTGTGTTTGTTATGAAAAATCATGCTTCTTGTGCAACGATATACCAATGGAATTCTGCCTGTTATTCTTATTTAGAACTTATTCATCCTTTGGTTTTAAC
TCTTTTGCTAGAGATGAAAAACAATGAATATGCACACAGCAGTGAAAGTGTTTTGTGGTTTTTAGTTTTTGGTTTTGTGTGGATGTTTGTCTTAGAATTGTTCTCAACAAGGCCATTTTTCGGGTTGACATTAAAATAACACGAGGTAATTTGCTCTAATAAGGGATCCATCAAATGTCTATTCTTGTAGACAATGATCT
AATGATGGAATTGAAATGTTTCTAAGTGTCATTAAGCATAGTATACTTTGCAAGGAATTATTCTACATATATATCACCCACCAAGTGCCAACATGCACTCCACGCTTTTACTTTTTAAATAATATCTAGGATGATAGAAACATTGAGTGATACTATCGGTCCTCAATCTGTTATATTATATTAATACAACCAACATCATC
ATAATTAATATAACTAATATATATTCTCTCATTTTTACGATTTTCTATTATATATGAAATGAAATTATAGTAATGTCCATGAGTGGCAAAAGTAGCTTGATGGAACTCTAAAGTAAAACAAGTAATAATGGCACTGATAGATGGCCTAGAGCGAACAATTACATATAACACAGAATTACGAATTCTTGGGACTAGAGTTC
AACAGAAAATTAAACTGGGACACATGCACAAGGATGAGACTACAGGTTGGATGGAAGGTGATCTTCATGCTTCGAAACAGG

Intron 5 GTAACAAGTT ... TTGGACAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.86	3	15	14
A2	88.24	1	3	12
A3	89.19	2	19	14
A4	81.82	2	11	7
A5	100	0	0	6
A6	60	5	8	7
A7	84.21	3	10	22
A8	90	1	4	14
A9	71.43	6	17	13
A10	81.25	3	10	16

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

AGCGCTTCTTATTTGCTTCAGAAGTAGTTATTTTACTTGTTTGCTTCAGAAGTAATTATTTTAAGGGTGTAGAGCTTCATCAAAGTTTAATCTCCTAAATGGAGGGAGGCGAAGAACTACATGTAGCTTACAAGCTTATCACGGACCTGCAAAATCAAGTGGATTCCCTCAAGAAACGGATTCAGGTCCTGGAGCTTGAG
AATGCAAGACTCCTGAGTTTGAGCAACACCCAAAAGATATATGATGAGAGTGAAAGCAACCAAGGTCATCAGGATGGAACGATTCTATCATATAGAGTGGGACAGCCTCATAAATTAACACAAGCAGAAAATAGTACAGGAATGCATGTGTTTGATCGTACTGAACACAATCTCTCCATGTTAAATATAGGTGATAATGA
ATATGTAACCATCCAAGGCAGTTCTATAAAAGGCATTTCAAACTCATCTTCACCGAATATGCACAGCATTGTGGTTGATAATGCGGCTACAAAGGTTTTATGGCTTTGCGTCAGAGGCCCAA

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGCGCTTCTTATTTGCTTCAGAAGTAGTTATTTTACTTGTTTGCTTCAGAAGTAATTATTTTAAGGGTGTAGAGCTTCATCAAAGTTTAATCTCCTAAATGGAGGGAGGCGAAGAACTACATGTAGCTTACAAGCTTATCACGGACCTGCAAAATCAAGTGGATTCCCTCAAGAAACGGATTCAGGTCCTGGAGCTTGAG
AATGCAAGACTCCTGAGTTTGAGCAACACCCAAAAGATATATGATGAGAGTGAAAGCAACCAAGGTCATCAGGATGGAACGATTCTATCATATAGAGTGGGACAGCCTCATAAATTAACACAAGCAGAAAATAGTACAGGAATGCATGTGTTTGATCGTACTGAACACAATCTCTCCATGTTAAATATAGGTGATAATGA
ATATGTAACCATCCAAGGCAGTTCTATAAAAGGCATTTCAAACTCATCTTCACCGAATATGCACAGCATTGTGGTTGATAATGCGGCTACAAAGgtaacaagttatgtgaacagagaccatcaaatgcacaaggaaaatgctttggaagaagtcaatattgaaaatgaacatctgacagatccagccattgtatttcgac
aaacaaagtcagataactttcagctagattgcactaatggatttaatgaagcatctgataaatgcattggtcacaagagtaagaagcaaaaggcaaaattgaaaagagatggcctcttgcaagatctatctcactgtagaaggagatatgttgctctcaaaatcatgtattttggacaaagGTTTTATGGCTTTGCGTCA
GAGGCCCAACTGGAGCCCACTGTTGAGTCTGAAATTTTTGCAGCTTTGAAGAAAACAAGACTTTTAATAGGAGAACGAAAAGAGGCTCATTACTCTCGATGTGGTCGTACAGACAAAGGTGTTTCTGCCTTTGGGCAGGTGATTGCCCTCTATTTACGGTCAAAGTATACAGATAAAGATGAAATGGAAATAGATTATGT
TAGAGTGTTGAACAGAGCTCTTCCCAAGGACATTCGTGTTATTGGTTGGTGTCCTATTCCTTGTGAATTCCATGCAAGGTTTAGCTGTTTGAGTCGAGAATACAAGTACTTCTTTTTCCGTGAGAACCTTGATATAAATGGAATGGAAATCGCCTGTAAAAAATTTTTGGGAGATCATGACTTCAGGAACTTCTGTAAGA
TGGATGCCCTAAATGTCCACAATTACAGGCGCCGAATAACAACATTTGAAATTGTACCTTGCAGTGAGAGGTGGGCTGGTACAGAAATAATGGCAATGCGAATCAAAGGAAGTGCATTTCTTTGGCACCAAGTTCGATGCATGGCTGCTGTGCTGTTCATGGTTGGACATGGAGTCGAATCACCAGATGTGATTGATGAA
TTGCTTGACACCAATAAGACATTTAGGAAACCGCAGTACAATATAGCATCAGAGCTACCTCTTGTTCTCGATTCATGTGAATTTGAAGGGCTCAGTTTCAGGCTGTATTGTTTCATGAAGCTTCATCTCAACTTACTGATACTGCAATCATAGGTAACACTTCGATGTCAAAACGAGGCAAAAAGAAGGCATCGCATATT
CCTCTTTCTGGTCGTCCAACTGAACCTACCTATGAGGAACGCCACAATAAAATGAGTGCAAAAGGAGGTTACAAGAACGCCACTGCAGATTTTTAGAAGACGATTCTGTCCTCTAGAATGGTTAACCGGTATTGTTGTACCATTTTGTGTATGGGTTTTTTGCCCATATTTTTTGCTTCAGAGATCAGGCTGAGGTGGTT
CAGTGTTGACAGCATGCAAATTTGATCAGTGATGAGATGCCAGCAATTGTTGTTTCTTTAACTAATTGTAAAAAATTTGCAAAAAATTATTAAACAATTTAATTAATGTTAAATGTGTACTAAGTGTTTCTTGAGCGTTAAAACACATTGGTGCATAGCATCTTTAGTAATACCTTCTTTTAATAATAATAAATTTTTTA
TTCAATAAATAAATGCTCGCCGA

Intron 6 GTTTGGGCTT ... TATGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.08	10	3	1
A2	62.5	9	15	5
A3	53.33	7	8	5
A4	40	18	12	2
A5	-1	0	0	2
A6	15.79	16	3	2
A7	16.67	30	6	1
A8	33.33	22	11	0
A9	31.03	20	9	0
A10	36.36	7	4	0

>TRINITY_DN113898_c10_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform

GAAGTAATTATTTTAAGGGTGTAGAGCTTCATCAAAGTTTAATCTCCTAAATGGAGGGAGGCGAAGAACTACATGTAGCTTACAAGCTTATCACGGACCTGCAAAATCAAGTGGATTCCCTCAAGAAACGGATTCAGGTCCTGGAGCTTGAGAATGCAAGACTCCTGAGTTTGAGCAACACCCAAAAGATGGCCTCTTGC
AAGATCTATCTCACTGTAGAAGGAGATATGTTGCTCTCAAAATCATGTATTTTGGACAAAGGTTTTATGGCTTTGCGTCAGAGGCCCAATTGGAGCCCACTGTTGAGTCTGAAATTTTTGCAGCTTTGAAGAAAACAAGACTTTTAATAGGAGAACGAAAAGAGGCTCATTACTCTCGATGTGGTCGTACAGACAAAGGT
GTTTCTGCCTTTGGGCAGGTGATTGCCCTCTATTTACGGTCAAAGTATACAGATAAAGATGAAATGGAAATAGATTATGTTAGAGTGTTGAACAGAGCTCTTCCCAAGGACATTCGTGTTATTGGTTGGTGTCCTATTCCTTGTGAATTCCATGCAAGGTTTAGCTGTTTGAGTCGAGAATACAAGTACTTCTTTTTCCG
TGAGAACCTTGATATAAATGGAATGGAAATCGCCTGTAAAAAATTTTTGGGAGATCATGACTTCAGGAACTTCTGTAAGATGGATGCCCTAAATGTCCACAATTACAGGCGCCGAATAACAACATTTGAAATTGTACCTTGCAGTGAGAGGTGGGCTGGTACAGAAATAATGGCAATGCGAATCAAAGGAAGTGCATTTC
TTTGGCACCAAGTTCGATGCATGGCTGCTGTGCTGTTCATGGTTGGACATGGAGTCGAATCACCAGATGTGATTGATGAATTGCTTGACACCAATAAGACATTTAGGAAACCGCAGTACAATATAGCATCAGAGCTACCTCTTGTTCTCGATTCATGTGAATTTGAAGGGCTCAGTTTCAGGTGCTCTTCTGATGCAGCT
AGGGGCATACATATGGATATATCACAGCAACTTCATGCCTACCTTCTGCAGGCTGTATTGTTTCATGAAGCTTCATCTCAACTTACTGATACTGCAATCATAGGTAACACTTCGATGTCAAAACGAGGCAAAAAGAAGGCATCGCATATTCCTCTTTCTGGTCGTCCAACTGAACCTACCTATGAGGAACGCCACAATAA
AATGAGTGCAAAAGGAGGTTACAAGAACGCCACTGCAGATTTTTAGAAGACGATTCTGTCCTCTAGAATGGTTAACCGGTATTGTTGTACCATTTTGTGTATGGGTTTTTTGCCCATATTTTTTGCTTCAGAGATCAGGCTGAGGTGGTTCAGTGTTGACAGCATGCAAATTTGATCAGTGATGAGATGCCAGCAATTGT
TGTTTCTTTAACTAATTGTAAAAAATTTGCAAAAAATTATTAAACAATTTAATTAATGTTAAATGTGTACTAAGTGTTTCTTGAGCGTTAAAACACATTGGTGCATAGCATCTTT

>TRINITY_DN113898_c10_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAAGTAATTATTTTAAGGGTGTAGAGCTTCATCAAAGTTTAATCTCCTAAATGGAGGGAGGCGAAGAACTACATGTAGCTTACAAGCTTATCACGGACCTGCAAAATCAAGTGGATTCCCTCAAGAAACGGATTCAGGTCCTGGAGCTTGAGAATGCAAGACTCCTGAGTTTGAGCAACACCCAAAAGATGGCCTCTTGC
AAGATCTATCTCACTGTAGAAGGAGATATGTTGCTCTCAAAATCATGTATTTTGGACAAAGGTTTTATGGCTTTGCGTCAGAGGCCCAATTGGAGCCCACTGTTGAGTCTGAAATTTTTGCAGCTTTGAAGAAAACAAGACTTTTAATAGGAGAACGAAAAGAGGCTCATTACTCTCGATGTGGTCGTACAGACAAAGGT
GTTTCTGCCTTTGGGCAGgtttgggcttgttttacacttttgcactaagtttaagattgaaattctttctttcctcacaatgacttagttcattggttggcataataagtaagagagtgctttatgaaatgctataggtaattgcattcacatactggaggaatattatgtgtttagtatgattggttggtatttaaaaa
aaatatgccatatatttacagaacaatatttacatcagcaaatcaaaaagtggaagggtttatacaatggaacttatttcctcttcccctacactactaaagcagaaacaaaatcagaatattagtcggtagcgttgcagagaatatgtgtttttttctttattttaatgctaggttttattatgcttatgtggtgttat
gtgtatgatacagGTGATTGCCCTCTATTTACGGTCAAAGTATACAGATAAAGGTGATGACACAATATCTGTTCATAAACCTTCTGAGAGCATCTCTGGTTTGTGTTTGTTATGAAAAATCATGCTTCTTGTGCAACGATATACCAATGGAATTCTGCCTGTTATTCTTATTTAGAACTTATTCATCCTTTGGTTTTAAC
TCTTTTGCTAGAGATGAAAAACAATGAATATGCACACAGCAGTGAAAGTGTTTTGTGGTTTTTAGTTTTTGGTTTTGTGTGGATGTTTGTCTTAGAATTGTTCTCAACAAGGCCATTTTTCGGGTTGACATTAAAATAACACGAGGTAATTTGCTCTAATAAGGGATCCATCAAATGTCTATTCTTGTAGACAATGATCT
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