NA ----> NA

Intron 1 GTATGTTTGA ... TCATGGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.67	7	6	4
A2	25	15	3	7
A3	8.2	28	2	3
A4	18.18	9	1	3
A5	20	4	1	1
A6	12	22	4	2
A7	14.29	33	7	4
A8	8.77	52	6	4
A9	25.49	19	8	5
A10	44.19	12	10	9

>TRINITY_DN110270_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CAACTTTGAGAAAACATGGGCTTCAGAAAATATATGAAGCTCATATTCTTATTATTGTATATTAATTGAATGTTGGTGTCAAATGACACTGCAATCTGATGGTGATGGTATTGCAAGCTTCCTTAAACATTCAACTCTAAGAAATATTCTTCTCCCACCTCCAAAAAGATAATTATTTAGAACTTTTATTAAATGTGGTA
GATACTTCATTGTTCTTGTTGAAATGCTGCAGAACACAGACATGATTGTTGCAGAAATCATAAATGTGAATGATGTTTTGCTAATTCATAGGAGACAACAGAACTTTAAGGTAAAGTAGGGAAACACTAATGTGTAGTGACAATATGTTAATTGCGTCATTGCTATTTTTATATGTTCAATCAGTGTTTTGTGGTGCTAA
ATAGTGTGTCTCTTATTTGGAAATATATGTTCGTAATTTGCACATACTGTTTGTATATGCTGCTGCTTTTATCATTCTTTCAATGCTATATTCATGTGTGGCAAATGATCTCGTTCTTTCCTTTAGAATGAAGTTTAAGTTCAAGATTTTTATATTAACTGTTATTATTTTAGGTTACCCTTTATAACCCTCCAAGTTCG
TAGTTATATTCCAGTCATCTGAGCTTGGTGGCAAACAATTGGTTTTTTTGGAGGAAATGGTAACCCTCCAGTATCCAATAACTTTATATTAATTGTCTTAGGAGGCCAGAGGTCTTGATGCTGGACCTAGACTTGTACAAAAATTGGTTGGCCTTGGCGATAACAGGACATCCAATATTGTAAAACGCATTGCAGAAGAA
GAAATTGCACATGTTGCAGTGGGTGTGTCTTGGTTTCTGACAGTATGCAGAAAGATGGGTTGCATGCCTGGCAAGACATTTACAGGTCTGTATGGAAATATGAACCCTGATAGATACATATGGAACGTGAACTTCATAATACTTTCGATGCCATGCCCCAAGCATGCCTTTTCATTGATCTACCCTTGTTCATCAACTTG
CTTTTGTGACATACATAATTGTGGTGTAGTATTGCACATTACATGTTTATTACAGAGCTGTTAGAGGAGCTTGATGTGGAGCTAAAAGGGCCATTTAACTATGCAGCAAGAGCAGAAGCTGGAATGCCTCGTGAATGCCTATATTTTGACAAGCCAAATTGCCTTACTGTTCTTGAAATGCACTACAAAATTCCAGATCA
GCACTATGATTACCATCTATGCATTGTACAAGAGCAGTCATAGTCAATGTATGACACATCAAATTTGGGTCTGGCAAGATGTGACAACCACCTTGACTTGAAAAATGAGAAAGAGAGAATGATATTGCAGGATGTCTGTACCGAGCAGGCTCATTGCAATCTTCATAAGTTTCCAGTTTCTGATGAAGGTATCAAAACCA
CCAATCCCGATCTCTCTAAGGTTTATGAAAGGCTTGCTTGCATTGTTGCCATGGAGAAAGAAAATTCTGAGCTATGATAGTGACAGATATTGTTCTTTGCATGCCTACTTGGGTTTTTTTCAACATTGGTAACACTGGTAAGCCTTAGTCTGTCTTCTTGGATGGATGGTTAATTTATAATATATATCTTAAAATCAATC
CTAATGCCT

>TRINITY_DN110270_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAACTTTGAGAAAACATGGGCTTCAGAAAATATATGAAGCTCATATTCTTATTATTGTATATTAATTGAATGTTGGTGTCAAATGACACTGCAATCTGATGGTGATGGTATTGCAAGCTTCCTTAAACATTCAACTCTAAGAAATATTCTTCTCCCACCTCCAAAAAGATAATTATTTAGAACTTTTATTAAATGTGGTA
GATACTTCATTGTTCTTGTTGAAATGCTGCAGAACACAGACATGATTGTTGCAGAAATCATAAATGTGAATGATGTTTTGCTAATTCATAGGAGACAACAGAACTTTAAGGTAAAGTAGGGAAACACTAATGTGTAGTGACAATATGTTAATTGCGTCATTGCTATTTTTATATGTTCAATCAGTGTTTTGTGGTGCTAA
ATAGTGTGTCTCTTATTTGGAAATATATGTTCGTAATTTGCACATACTGTTTGTATATGCTGCTGCTTTTATCATTCTTTCAATGCTATATTCATGTGTGGCAAATGATCTCGTTCTTTCCTTTAGAATGAAGTTTAAGTTCAAGATTTTTATATTAACTGTTATTATTTTAGGTTACCCTTTATAACCCTCCAAGTTCG
TAGTTATATTCCAGTCATCTGAGCTTGGTGGCAAACAATTGGTTTTTTTGGAGGAAATGGTAACCCTCCAGTATCCAATAACTTTATATTAATTGTCTTAGGAGGCCAGAGGTCTTGATGCTGGACCTAGACTTGTACAAAAATTGGTTGGCCTTGGCGATAACAGGACATCCAATATTGTAAAACGCATTGCAGAAGAA
GAAATTGCACATGTTGCAGTGGGTGTGTCTTGGTTTCTGACAGTATGCAGAAAGATGGGTTGCATGCCTGGCAAGACATTTACAGAGCTGTTAGAGGAGCTTGATGTGGAGCTAAAAGGGCCATTTAACTATGCAGCAAGAGCAGAAGCTGGAATGCCTCGTGAATGGTATGACACATCAAATTTGGGTCTGGCAAGATG
TGACAACCACCTTGACTTGAAAAATGAGAAAGAGAGAATGATATTGCAGgtatgtttgaccccttgtttgtttgcttgttttagactttatgggtatgctataatttagcacatgtgatgattttgatagaaactttgttgtccgtgaaatttggcttggataattacttcctgtcatggaaagGATGTCTGTACCGAGC
AGGCTCATTGCAATCTTCATAAGTTTCCAGTTTCTGATGAAGGTATCAAAACCACCAATCCCGATCTCTCTAAGGTGAGAATCAGATCCTTCAAAAGAATTCTGGTCATTGTAACATGTTCTTGACCATGGGTGATTAGTGGAATTGTTAAAACTGTAACAGGTTTATGAAAGGCTTGCTTGCATTGTTGCCATGGAGAA
AGAAAATTCTGAGCTATGATAGTGACAGATATTGTTCTTTGCATGCCTACTTGGGTTTTTTTCAACATTGGTAACACTGGTAAGCCTTAGTCTGTCTTCTTGGATGGATGGTTAATTTATAATATATATCTTAAAATCAATCCTAATGCCT

Intron 2 GTGAGAATCA ... ACTGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.37	5	4	5
A2	42.86	6	6	3
A3	7.69	24	0	4
A4	52.94	4	5	4
A5	0	2	0	0
A6	17.86	23	2	8
A7	15	51	3	15
A8	13.1	63	2	17
A9	24.44	34	4	18
A10	21.21	13	2	5

>TRINITY_DN110270_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CAACTTTGAGAAAACATGGGCTTCAGAAAATATATGAAGCTCATATTCTTATTATTGTATATTAATTGAATGTTGGTGTCAAATGACACTGCAATCTGATGGTGATGGTATTGCAAGCTTCCTTAAACATTCAACTCTAAGAAATATTCTTCTCCCACCTCCAAAAAGATAATTATTTAGAACTTTTATTAAATGTGGTA
GATACTTCATTGTTCTTGTTGAAATGCTGCAGAACACAGACATGATTGTTGCAGAAATCATAAATGTGAATGATGTTTTGCTAATTCATAGGAGACAACAGAACTTTAAGGTAAAGTAGGGAAACACTAATGTGTAGTGACAATATGTTAATTGCGTCATTGCTATTTTTATATGTTCAATCAGTGTTTTGTGGTGCTAA
ATAGTGTGTCTCTTATTTGGAAATATATGTTCGTAATTTGCACATACTGTTTGTATATGCTGCTGCTTTTATCATTCTTTCAATGCTATATTCATGTGTGGCAAATGATCTCGTTCTTTCCTTTAGAATGAAGTTTAAGTTCAAGATTTTTATATTAACTGTTATTATTTTAGGTTACCCTTTATAACCCTCCAAGTTCG
TAGTTATATTCCAGTCATCTGAGCTTGGTGGCAAACAATTGGTTTTTTTGGAGGAAATGGTAACCCTCCAGTATCCAATAACTTTATATTAATTGTCTTAGGAGGCCAGAGGTCTTGATGCTGGACCTAGACTTGTACAAAAATTGGTTGGCCTTGGCGATAACAGGACATCCAATATTGTAAAACGCATTGCAGAAGAA
GAAATTGCACATGTTGCAGTGGGTGTGTCTTGGTTTCTGACAGTATGCAGAAAGATGGGTTGCATGCCTGGCAAGACATTTACAGGTCTGTATGGAAATATGAACCCTGATAGATACATATGGAACGTGAACTTCATAATACTTTCGATGCCATGCCCCAAGCATGCCTTTTCATTGATCTACCCTTGTTCATCAACTTG
CTTTTGTGACATACATAATTGTGGTGTAGTATTGCACATTACATGTTTATTACAGAGCTGTTAGAGGAGCTTGATGTGGAGCTAAAAGGGCCATTTAACTATGCAGCAAGAGCAGAAGCTGGAATGCCTCGTGAATGCCTATATTTTGACAAGCCAAATTGCCTTACTGTTCTTGAAATGCACTACAAAATTCCAGATCA
GCACTATGATTACCATCTATGCATTGTACAAGAGCAGTCATAGTCAATGTATGACACATCAAATTTGGGTCTGGCAAGATGTGACAACCACCTTGACTTGAAAAATGAGAAAGAGAGAATGATATTGCAGGATGTCTGTACCGAGCAGGCTCATTGCAATCTTCATAAGTTTCCAGTTTCTGATGAAGGTATCAAAACCA
CCAATCCCGATCTCTCTAAGGTTTATGAAAGGCTTGCTTGCATTGTTGCCATGGAGAAAGAAAATTCTGAGCTATGATAGTGACAGATATTGTTCTTTGCATGCCTACTTGGGTTTTTTTCAACATTGGTAACACTGGTAAGCCTTAGTCTGTCTTCTTGGATGGATGGTTAATTTATAATATATATCTTAAAATCAATC
CTAATGCCT

>TRINITY_DN110270_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAACTTTGAGAAAACATGGGCTTCAGAAAATATATGAAGCTCATATTCTTATTATTGTATATTAATTGAATGTTGGTGTCAAATGACACTGCAATCTGATGGTGATGGTATTGCAAGCTTCCTTAAACATTCAACTCTAAGAAATATTCTTCTCCCACCTCCAAAAAGATAATTATTTAGAACTTTTATTAAATGTGGTA
GATACTTCATTGTTCTTGTTGAAATGCTGCAGAACACAGACATGATTGTTGCAGAAATCATAAATGTGAATGATGTTTTGCTAATTCATAGGAGACAACAGAACTTTAAGGTAAAGTAGGGAAACACTAATGTGTAGTGACAATATGTTAATTGCGTCATTGCTATTTTTATATGTTCAATCAGTGTTTTGTGGTGCTAA
ATAGTGTGTCTCTTATTTGGAAATATATGTTCGTAATTTGCACATACTGTTTGTATATGCTGCTGCTTTTATCATTCTTTCAATGCTATATTCATGTGTGGCAAATGATCTCGTTCTTTCCTTTAGAATGAAGTTTAAGTTCAAGATTTTTATATTAACTGTTATTATTTTAGGTTACCCTTTATAACCCTCCAAGTTCG
TAGTTATATTCCAGTCATCTGAGCTTGGTGGCAAACAATTGGTTTTTTTGGAGGAAATGGTAACCCTCCAGTATCCAATAACTTTATATTAATTGTCTTAGGAGGCCAGAGGTCTTGATGCTGGACCTAGACTTGTACAAAAATTGGTTGGCCTTGGCGATAACAGGACATCCAATATTGTAAAACGCATTGCAGAAGAA
GAAATTGCACATGTTGCAGTGGGTGTGTCTTGGTTTCTGACAGTATGCAGAAAGATGGGTTGCATGCCTGGCAAGACATTTACAGAGCTGTTAGAGGAGCTTGATGTGGAGCTAAAAGGGCCATTTAACTATGCAGCAAGAGCAGAAGCTGGAATGCCTCGTGAATGGTATGACACATCAAATTTGGGTCTGGCAAGATG
TGACAACCACCTTGACTTGAAAAATGAGAAAGAGAGAATGATATTGCAGGTATGTTTGACCCCTTGTTTGTTTGCTTGTTTTAGACTTTATGGGTATGCTATAATTTAGCACATGTGATGATTTTGATAGAAACTTTGTTGTCCGTGAAATTTGGCTTGGATAATTACTTCCTGTCATGGAAAGGATGTCTGTACCGAGC
AGGCTCATTGCAATCTTCATAAGTTTCCAGTTTCTGATGAAGGTATCAAAACCACCAATCCCGATCTCTCTAAGgtgagaatcagatccttcaaaagaattctggtcattgtaacatgttcttgaccatgggtgattagtggaattgttaaaactgtaacagGTTTATGAAAGGCTTGCTTGCATTGTTGCCATGGAGAA
AGAAAATTCTGAGCTATGATAGTGACAGATATTGTTCTTTGCATGCCTACTTGGGTTTTTTTCAACATTGGTAACACTGGTAAGCCTTAGTCTGTCTTCTTGGATGGATGGTTAATTTATAATATATATCTTAAAATCAATCCTAATGCCT

Intron 3 GTCTGTATGG ... TTTATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.22	8	17	13
A2	64.91	10	28	9
A3	39.39	10	9	4
A4	100	0	8	19
A5	50	2	4	0
A6	37.5	30	23	13
A7	78.08	8	36	21
A8	73.17	11	29	31
A9	72.41	8	25	17
A10	48.98	25	26	22

>TRINITY_DN110270_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CAACTTTGAGAAAACATGGGCTTCAGAAAATATATGAAGCTCATATTCTTATTATTGTATATTAATTGAATGTTGGTGTCAAATGACACTGCAATCTGATGGTGATGGTATTGCAAGCTTCCTTAAACATTCAACTCTAAGAAATATTCTTCTCCCACCTCCAAAAAGATAATTATTTAGAACTTTTATTAAATGTGGTA
GATACTTCATTGTTCTTGTTGAAATGCTGCAGAACACAGACATGATTGTTGCAGAAATCATAAATGTGAATGATGTTTTGCTAATTCATAGGAGACAACAGAACTTTAAGGTAAAGTAGGGAAACACTAATGTGTAGTGACAATATGTTAATTGCGTCATTGCTATTTTTATATGTTCAATCAGTGTTTTGTGGTGCTAA
ATAGTGTGTCTCTTATTTGGAAATATATGTTCGTAATTTGCACATACTGTTTGTATATGCTGCTGCTTTTATCATTCTTTCAATGCTATATTCATGTGTGGCAAATGATCTCGTTCTTTCCTTTAGAATGAAGTTTAAGTTCAAGATTTTTATATTAACTGTTATTATTTTAGGTTACCCTTTATAACCCTCCAAGTTCG
TAGTTATATTCCAGTCATCTGAGCTTGGTGGCAAACAATTGGTTTTTTTGGAGGAAATGGTAACCCTCCAGTATCCAATAACTTTATATTAATTGTCTTAGGAGGCCAGAGGTCTTGATGCTGGACCTAGACTTGTACAAAAATTGGTTGGCCTTGGCGATAACAGGACATCCAATATTGTAAAACGCATTGCAGAAGAA
GAAATTGCACATGTTGCAGTGGGTGTGTCTTGGTTTCTGACAGTATGCAGAAAGATGGGTTGCATGCCTGGCAAGACATTTACAGAGCTGTTAGAGGAGCTTGATGTGGAGCTAAAAGGGCCATTTAACTATGCAGCAAGAGCAGAAGCTGGAATGCCTCGTGAATGGTATGACACATCAAATTTGGGTCTGGCAAGATG
TGACAACCACCTTGACTTGAAAAATGAGAAAGAGAGAATGATATTGCAGGTATGTTTGACCCCTTGTTTGTTTGCTTGTTTTAGACTTTATGGGTATGCTATAATTTAGCACATGTGATGATTTTGATAGAAACTTTGTTGTCCGTGAAATTTGGCTTGGATAATTACTTCCTGTCATGGAAAGGATGTCTGTACCGAGC
AGGCTCATTGCAATCTTCATAAGTTTCCAGTTTCTGATGAAGGTATCAAAACCACCAATCCCGATCTCTCTAAGGTGAGAATCAGATCCTTCAAAAGAATTCTGGTCATTGTAACATGTTCTTGACCATGGGTGATTAGTGGAATTGTTAAAACTGTAACAGGTTTATGAAAGGCTTGCTTGCATTGTTGCCATGGAGAA
AGAAAATTCTGAGCTATGATAGTGACAGATATTGTTCTTTGCATGCCTACTTGGGTTTTTTTCAACATTGGTAACACTGGTAAGCCTTAGTCTGTCTTCTTGGATGGATGGTTAATTTATAATATATATCTTAAAATCAATCCTAATGCCT

>TRINITY_DN110270_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAACTTTGAGAAAACATGGGCTTCAGAAAATATATGAAGCTCATATTCTTATTATTGTATATTAATTGAATGTTGGTGTCAAATGACACTGCAATCTGATGGTGATGGTATTGCAAGCTTCCTTAAACATTCAACTCTAAGAAATATTCTTCTCCCACCTCCAAAAAGATAATTATTTAGAACTTTTATTAAATGTGGTA
GATACTTCATTGTTCTTGTTGAAATGCTGCAGAACACAGACATGATTGTTGCAGAAATCATAAATGTGAATGATGTTTTGCTAATTCATAGGAGACAACAGAACTTTAAGGTAAAGTAGGGAAACACTAATGTGTAGTGACAATATGTTAATTGCGTCATTGCTATTTTTATATGTTCAATCAGTGTTTTGTGGTGCTAA
ATAGTGTGTCTCTTATTTGGAAATATATGTTCGTAATTTGCACATACTGTTTGTATATGCTGCTGCTTTTATCATTCTTTCAATGCTATATTCATGTGTGGCAAATGATCTCGTTCTTTCCTTTAGAATGAAGTTTAAGTTCAAGATTTTTATATTAACTGTTATTATTTTAGGTTACCCTTTATAACCCTCCAAGTTCG
TAGTTATATTCCAGTCATCTGAGCTTGGTGGCAAACAATTGGTTTTTTTGGAGGAAATGGTAACCCTCCAGTATCCAATAACTTTATATTAATTGTCTTAGGAGGCCAGAGGTCTTGATGCTGGACCTAGACTTGTACAAAAATTGGTTGGCCTTGGCGATAACAGGACATCCAATATTGTAAAACGCATTGCAGAAGAA
GAAATTGCACATGTTGCAGTGGGTGTGTCTTGGTTTCTGACAGTATGCAGAAAGATGGGTTGCATGCCTGGCAAGACATTTACAGgtctgtatggaaatatgaaccctgatagatacatatggaacgtgaacttcataatactttcgatgccatgccccaagcatgccttttcattgatctacccttgttcatcaacttg
cttttgtgacatacataattgtggtgtagtattgcacattacatgtttattacagAGCTGTTAGAGGAGCTTGATGTGGAGCTAAAAGGGCCATTTAACTATGCAGCAAGAGCAGAAGCTGGAATGCCTCGTGAATGCCTATATTTTGACAAGCCAAATTGCCTTACTGTTCTTGAAATGCACTACAAAATTCCAGATCA
GCACTATGATTACCATCTATGCATTGTACAAGAGCAGTCATAGTCAATGTATGACACATCAAATTTGGGTCTGGCAAGATGTGACAACCACCTTGACTTGAAAAATGAGAAAGAGAGAATGATATTGCAGGATGTCTGTACCGAGCAGGCTCATTGCAATCTTCATAAGTTTCCAGTTTCTGATGAAGGTATCAAAACCA
CCAATCCCGATCTCTCTAAGGTTTATGAAAGGCTTGCTTGCATTGTTGCCATGGAGAAAGAAAATTCTGAGCTATGATAGTGACAGATATTGTTCTTTGCATGCCTACTTGGGTTTTTTTCAACATTGGTAACACTGGTAAGCCTTAGTCTGTCTTCTTGGATGGATGGTTAATTTATAATATATATCTTAAAATCAATC
CTAATGCCT