sp|Q8L774|SLP1_ARATH ----> Shewanella-like protein phosphatase 1

Intron 1 GTCTGTGTTT ... GGAAATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.67	74	25	23.5
A2	33.16	40	18	22
A3	22.41	56	21	11.5
A4	28.51	35	15	13
A5	19	17	6	2
A6	14.01	15	3	2
A7	22.96	26	13	2.5
A8	25.34	29	14	6
A9	12.98	25	6	1.5
A10	20.8	19	5	5

>TRINITY_DN123109_c1_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTCACTGATTGAAATATCTATGCGAGAGATTGTAGTGCAGTGGTGGTTCACTGATTGAAATATCTATGCGAGAGATTGTAGTGCAGTGGTGGTTCACTGATTGAAATATCTATGTGAGTTATTGTAGTATACTGTACAGATTAAGAGCCAAAGGGTATCCTTGCTTGGCTATGGATGCTTTTTGGCATTGCAAAACAAA


GTTGGCCTTGAAGAATCCATACTGTGGGGTTAGGGTCGATGCAGATTCCACAACTGTATTTTGAAAAGGTGAATGAGGCACAGATAATGCTTGCATGGTGTCTCCACAAATTGGTACTTTGAATTTTCTCAGGCACAGATAATGCTTGGCATGGTGTCTCCACAAATGGTTAAATTTAGTATCATTGACTATGGAATTTC
ATTCAAATGGAGTATATAGTTGCCCAATTTCCACCCAGATTCTCTGATATAGTCTAGTGGACAGAGTCAGATATGGTCAGACTTGTTTAGCACAATTTCAGATTCGTTTAGCACAAAATCAGATTCAACCTGGGAAGCAAGCCCAGATGCAGGTTGGGTAGCACGGTCAGACCCACTGTTATAGCAATCTCAACCCCAAA
ACATTCCAATGTGGCAGTTAATGCAACGGTTACCTCCACTGCAGCCTTAAGTTCAGGCACATATAATGCTTGGCATGGTTTCTCCACAATTGGCACAGATAATGCTTGGCATGGCGTCTCCACAAATGTTTCCCAATTTCCACCCAGATTTTGTGAGATAGTTTGGTGGACAGGGTCAGATATGTTTAGCACAAAATCAG
ATTCAACCTGGGAAGCAAGCCCAGATGCAGGTTGGG

>TRINITY_DN123109_c1_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTCACTGATTGAAATATCTATGCGAGAGATTGTAGTGCAGTGGTGGTTCACTGATTGAAATATCTATGCGAGAGATTGTAGTGCAGTGGTGGTTCACTGATTGAAATATCTATGTGAGTTATTGTAGTATACTGTACAGATTAAGAGCCAAAGGGTATCCTTGCTTGGCTATGGATGCTTTTTGGCATTGCAAAACAAA


gtctgtgtttgttatttttgttggtttttgctatttgttgtttgtatcctttgctattggtgttttctgtttttctactatggtgttatatttttggtttgatattttgtttttcttatctttgtgaataatttttgttttggattcaattggtgggaaattaagGTTGGCCTTGAAGAATCCATACTGTGGGGTTAGGG
TCGATGCAGATTCCACAACTGTATTTTGAAAAGGTGAATGAGGTATGTATGGGGAATTTACTCATTTGCTACTACATAATTTTATGCTTCCATGTTGTTTTCATTTGACTCATATGTTGCTCCATAATTATATAATTATATCATGTGTGTTTGTTTATATTTATTAGAGGCATTGTGGGTAAAGTAAGGTAATCGGAATT
TCCATGCATCAACAAAACATGTTGTCTGTAATTGAGAAGAGTTTGTGGATATTCAATCTTGACATATTTGGCCTTTCAGCTCCATGTTATCTATAACGTGCTCCATGGATGTCTTTTCCAACTCCTACTTCAAATTTTGCCTCTACATCTTGCATGAAGGAGCCAAGTGCCTTTTGGGACTTGTCCTAGTAAGGCAATAT
ATAGCAATGAGT

Intron 2 GTATTTTCAA ... ACATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.71	131	48	29
A2	20.68	117	40	21
A3	13.16	132	24	16
A4	23.93	89	31	25
A5	21.47	64	18	17
A6	5.78	106	5	8
A7	15.68	285	73	33
A8	12.57	313	60	30
A9	7.4	294	22	25
A10	15.37	223	43	38

>TRINITY_DN123109_c1_g1_i14 from sample A3 / Example spliced isoform

CAATATATATCCCTTTTGGTCAGTTCATTATTATTCATATTCTTTTTGTTATAATGCATTTTCCAAGGAAATAATCTCATCCCAATGCGAGCTCTAGTACTAGGCCAGTCCTGGAAGAGTGCCCCCCCTTCTTCCTCGGAATTTTCGGATGGAAGGTGGATTTGACCGCCAGACTCAAAAGCGGCTGGTAACCCCAAAGG
ACCTGATGGGAATTGATCTAGAGACCTCTGTAAATTTCACATGAGTATCTATAAATCGAGCTTAGCTCTTGGAGCTAATTGTTATATAATGTTGTGGACCATGGTTCATTTAATGGTTTATATTTCATGACCTAGAGCAGTGGCCTATTATTGCATTCCGATATACATCCCTTCTGATCAGTTCATGATTATTCCTATTC
TTTTTGTTATAATGCATTTTCCAAGGAAATAATATCATCCCAATGGGGGCGCTAATACTAGGCCAGCCTTGGCAGAGTGCTCCCCCTTCTTCCTCGGAATTTTCGGATGGAAGGTGGAATGACCGCCAGCCTCAAAAGCGGCTGGTAACCCCAAAGGACCTGATGGGAATTGATCTAGAGACCTCTGTAAATGTCACGAG
TATCTACAAATCGAACTTAGCTCTTGGGGCTAATTGCTGTATAATGTTATGGACCATGGTTCATTTAATGGTTTATATTTCATGACCTAGGCTATGATTTTTCACATGATGGTGATTGTGACATTTATTCTTGGTAGCATTAGCGATTATGTTGCAGTTTTATGGTTGCATGTAAATTGTGTCATCGTGTTCCATTGTTG
AAATGTTGTAGGGTGATTTATTTATTTATTTTGGAATGCATTGTGGACGTGGAGACCTAGCTAGTGGAAACTGGTACGCACTTGTATCTATATCTGCTCTCCATTGTAATGATATAAGCCATGCCTTTAGTGTGCCTATGGTTTACCTGGGCTTAGCACATAGGAGTTTCGTGAAATTACAGTGAGGCTGAAGGAGTTGT
GTTGCTAGATAATAGTCTCTGAGGCGCCAATGTTAGTTATCCTGCTATATGATGGCGTGTTGATTCATAGTCTCTTTGATGGGGTAGAGATGAAGACATGGCGCTCACCTTTGGACTAGGGTCTCCATTGGGAGGTTTGCAAGCTGGCCATATAACTTCCCATGAATGCCCATTACATAGACAATCCATTGGCTTGGTAG
TTGCATGCTCTTACTTTCTTGAGCAAGCAGGCATTGCGAACTACCGATGTATTAATTCTTCATTTGTGATAATATGTTTCAGGTGAAGGGAAATTAATCTCTAACAATTACTACCAACATGAGACTATATTGCCAATTCCTCCTATGGACGCTGTCGTGTAGAGGCTAGTGTTCAAGAGCAGGGTTCCTTCCAACTCAAT
GAGGTCTTTTTAACTGTTGTCAATATTCCATCCAGGGACTGAAGAATGCGAGTGGTATTTCTCTGGTCTAGTTTCTTAACTATGGATTTTCATCCAGGCTGCATTCCAATTCCTTTATTCAATCCCCCAGCAAGCAGTCTTTCTTCCGAAATCCTTTCCACAATCAACCAATAAAAAATGTATCTCCTTGTCAACTGGGG
GTGACTTGCATATTGAGTACATTTTTCATACCCGTTTGTCACGTTTCATCCCCATGTGTGAACTCATACCCGTTCCCATTACCTATTGAAAAGCGATTGAGATTGGCCTCATGGTCGTGTGTCAAACTGGTTTCTAGGTGTACTCGGTGTTTATTTTCCAAGTGTTGTTCATTTCTGAATCTTGATATCTCAACTGCATC
GTTTTGTGTCTCTGAATGTTTCAGGCACAGATAATGCTTGGCATGGCGTCTCCACAAAAGGCACAGATAATGCTTGGCATGGTGTCTCCACAAATGGTGCCCAATTTCCACCCAGATTCTCTGATATAGTCTAGTGGACAGGGTCAGACTTGTTTAGCACAATTTCAGATTCTCAACCTGGGAAGCAAGCCCAGATGCAG
GTTGGGCAGCACTGTCAGGCCCACTGTTACAGCAATCTCAACCCCAAAACATTCCAATGTGGCAGTTAACGCAACCACCTCCAGTGCAGCCTTCAGTTCAGGTTATCCAAACATCTCAATCTCAAGTGCCACAGAGTATTGCGGTCTCTACAATAGGCATCTCAAAGTT

>TRINITY_DN123109_c1_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAATATATATCCCTTTTGGTCAGTTCATTATTATTCATATTCTTTTTGTTATAATGCATTTTCCAAGGAAATAATCTCATCCCAATGCGAGCTCTAGTACTAGGCCAGTCCTGGAAGAGTGCCCCCCCTTCTTCCTCGGAATTTTCGGATGGAAGGTGGATTTGACCGCCAGACTCAAAAGCGGCTGGTAACCCCAAAGG
ACCTGATGGGAATTGATCTAGAGACCTCTGTAAATTTCACATGAGTATCTATAAATCGAGCTTAGCTCTTGGAGCTAATTGTTATATAATGTTGTGGACCATGGTTCATTTAATGGTTTATATTTCATGACCTAGAGCAGTGGCCTATTATTGCATTCCGATATACATCCCTTCTGATCAGTTCATGATTATTCCTATTC
TTTTTGTTATAATGCATTTTCCAAGGAAATAATATCATCCCAATGGGGGCGCTAATACTAGGCCAGCCTTGGCAGAGTGCTCCCCCTTCTTCCTCGGAATTTTCGGATGGAAGGTGGAATGACCGCCAGCCTCAAAAGCGGCTGGTAACCCCAAAGGACCTGATGGGAATTGATCTAGAGACCTCTGTAAATGTCACGAG
TATCTACAAATCGAACTTAGCTCTTGGGGCTAATTGCTGTATAATGTTATGGACCATGGTTCATTTAATGGTTTATATTTCATGACCTAGGCTATGATTTTTCACATGATGGTGATTGTGACATTTATTCTTGGTAGCATTAGCGATTATGTTGCAGTTTTATGGTTGCATGTAAATTGTGTCATCGTGTTCCATTGTTG
AAATGTTGTAGGGTGATTTATTTATTTATTTTGGAATGCATTGTGGACGTGGAGACCTAGCTAGTGGAAACTGGTACGCACTTGTATCTATATCTGCTCTCCATTGTAATGATATAAGCCATGCCTTTAGTGTGCCTATGGTTTACCTGGGCTTAGCACATAGGAGTTTCGTGAAATTACAGTGAGGCTGAAGGAGTTGT
GTTGCTAGATAATAGTCTCTGAGGCGCCAATGTTAGTTATCCTGCTATATGATGGCGTGTTGATTCATAGTCTCTTTGATGGGGTAGAGATGAAGACATGGCGCTCACCTTTGGACTAGGGTCTCCATTGGGAGGTTTGCAAGCTGGCCATATAACTTCCCATGAATGCCCATTACATAGACAATCCATTGGCTTGGTAG
TTGCATGCTCTTACTTTCTTGAGCAAGCAGGCATTGCGAACTACCGATGTATTAATTCTTCATTTGTGATAATATGTTTCAGGTGAAGGGAAATTAATCTCTAACAATTACTACCAACATGAGACTATATTGCCAATTCCTCCTATGGACGCTGTCGTGTAGAGGCTAGTGTTCAAGAGCAGGGTTCCTTCCAACTCAAT
GAGGTCTTTTTAACTGTTGTCAATATTCCATCCAGGGACTGAAGAATGCGAGTGGTATTTCTCTGGTCTAGTTTCTTAACTATGGATTTTCATCCAGGCTGCATTCCAATTCCTTTATTCAATCCCCCAGCAAGCAGTCTTTCTTCCGAAATCCTTTCCACAATCAACCAATAAAAAATGTATCTCCTTGTCAACTGGGG
GTGACTTGCATATTGAGTACATTTTTCATACCCGTTTGTCACGTTTCATCCCCATGTGTGAACTCATACCCGTTCCCATTACCTATTGAAAAGCGATTGAGATTGGCCTCATGGTCGTGTGTCAAACTGGTTTCTAGGTGTACTCGGTGTTTATTTTCCAAGTGTTGTTCATTTCTGAATCTTGATATCTCAACTGCATC
GTTTTGTGTCTCTGAATGTTTCAGGCACAGATAATGCTTGGCATGGCGTCTCCACAAAAGGTATTTTCAATTTTCTCTTAAATTTAGTATCATTGACTATGGATTTTTTTTTCAAATGGAGTATACACTATACAGTTCATAATAGTTATTAAATGTTATTTATGACACATTTTTCTGAATCCCGATATCTCAAATGCATT
GTTTTGTATCTCTGTATGTTTCAGGCACAGATAATGCTTGGCATGGTGTCTCCACAAATGgtattttcaattttctattaaatttagtatcattgactatggaatttcattcaaatggagtatatagttcataatagttaataaatgttatttatgacacatttgcagGTGCCCAATTTCCACCCAGATTCTCTGATATA
GTCTAGTGGACAGGGTCAGACTTGTTTAGCACAATTTCAGATTCTCAACCTGGGAAGCAAGCCCAGATGCAGGTTGGG

Intron 3 GTATTTTCAA ... TATGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.24	113	49	27.5
A2	29.55	93	39	20.5
A3	17.46	104	22	16
A4	30.89	66	29.5	14.5
A5	22.86	54	16	11.5
A6	18.56	79	18	5.5
A7	26.35	246	88	44
A8	24.4	254	82	29.5
A9	10.23	215	24.5	10.5
A10	18.8	190	44	34

>TRINITY_DN123109_c1_g1_i14 from sample A3 / Example spliced isoform

CAATATATATCCCTTTTGGTCAGTTCATTATTATTCATATTCTTTTTGTTATAATGCATTTTCCAAGGAAATAATCTCATCCCAATGCGAGCTCTAGTACTAGGCCAGTCCTGGAAGAGTGCCCCCCCTTCTTCCTCGGAATTTTCGGATGGAAGGTGGATTTGACCGCCAGACTCAAAAGCGGCTGGTAACCCCAAAGG
ACCTGATGGGAATTGATCTAGAGACCTCTGTAAATTTCACATGAGTATCTATAAATCGAGCTTAGCTCTTGGAGCTAATTGTTATATAATGTTGTGGACCATGGTTCATTTAATGGTTTATATTTCATGACCTAGAGCAGTGGCCTATTATTGCATTCCGATATACATCCCTTCTGATCAGTTCATGATTATTCCTATTC
TTTTTGTTATAATGCATTTTCCAAGGAAATAATATCATCCCAATGGGGGCGCTAATACTAGGCCAGCCTTGGCAGAGTGCTCCCCCTTCTTCCTCGGAATTTTCGGATGGAAGGTGGAATGACCGCCAGCCTCAAAAGCGGCTGGTAACCCCAAAGGACCTGATGGGAATTGATCTAGAGACCTCTGTAAATGTCACGAG
TATCTACAAATCGAACTTAGCTCTTGGGGCTAATTGCTGTATAATGTTATGGACCATGGTTCATTTAATGGTTTATATTTCATGACCTAGGCTATGATTTTTCACATGATGGTGATTGTGACATTTATTCTTGGTAGCATTAGCGATTATGTTGCAGTTTTATGGTTGCATGTAAATTGTGTCATCGTGTTCCATTGTTG
AAATGTTGTAGGGTGATTTATTTATTTATTTTGGAATGCATTGTGGACGTGGAGACCTAGCTAGTGGAAACTGGTACGCACTTGTATCTATATCTGCTCTCCATTGTAATGATATAAGCCATGCCTTTAGTGTGCCTATGGTTTACCTGGGCTTAGCACATAGGAGTTTCGTGAAATTACAGTGAGGCTGAAGGAGTTGT
GTTGCTAGATAATAGTCTCTGAGGCGCCAATGTTAGTTATCCTGCTATATGATGGCGTGTTGATTCATAGTCTCTTTGATGGGGTAGAGATGAAGACATGGCGCTCACCTTTGGACTAGGGTCTCCATTGGGAGGTTTGCAAGCTGGCCATATAACTTCCCATGAATGCCCATTACATAGACAATCCATTGGCTTGGTAG
TTGCATGCTCTTACTTTCTTGAGCAAGCAGGCATTGCGAACTACCGATGTATTAATTCTTCATTTGTGATAATATGTTTCAGGTGAAGGGAAATTAATCTCTAACAATTACTACCAACATGAGACTATATTGCCAATTCCTCCTATGGACGCTGTCGTGTAGAGGCTAGTGTTCAAGAGCAGGGTTCCTTCCAACTCAAT
GAGGTCTTTTTAACTGTTGTCAATATTCCATCCAGGGACTGAAGAATGCGAGTGGTATTTCTCTGGTCTAGTTTCTTAACTATGGATTTTCATCCAGGCTGCATTCCAATTCCTTTATTCAATCCCCCAGCAAGCAGTCTTTCTTCCGAAATCCTTTCCACAATCAACCAATAAAAAATGTATCTCCTTGTCAACTGGGG
GTGACTTGCATATTGAGTACATTTTTCATACCCGTTTGTCACGTTTCATCCCCATGTGTGAACTCATACCCGTTCCCATTACCTATTGAAAAGCGATTGAGATTGGCCTCATGGTCGTGTGTCAAACTGGTTTCTAGGTGTACTCGGTGTTTATTTTCCAAGTGTTGTTCATTTCTGAATCTTGATATCTCAACTGCATC
GTTTTGTGTCTCTGAATGTTTCAGGCACAGATAATGCTTGGCATGGCGTCTCCACAAAAGGCACAGATAATGCTTGGCATGGTGTCTCCACAAATGGTGCCCAATTTCCACCCAGATTCTCTGATATAGTCTAGTGGACAGGGTCAGACTTGTTTAGCACAATTTCAGATTCTCAACCTGGGAAGCAAGCCCAGATGCAG
GTTGGGCAGCACTGTCAGGCCCACTGTTACAGCAATCTCAACCCCAAAACATTCCAATGTGGCAGTTAACGCAACCACCTCCAGTGCAGCCTTCAGTTCAGGTTATCCAAACATCTCAATCTCAAGTGCCACAGAGTATTGCGGTCTCTACAATAGGCATCTCAAAGTT

>TRINITY_DN123109_c1_g1_i13 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAATATATATCCCTTTTGGTCAGTTCATTATTATTCATATTCTTTTTGTTATAATGCATTTTCCAAGGAAATAATCTCATCCCAATGCGAGCTCTAGTACTAGGCCAGTCCTGGAAGAGTGCCCCCCCTTCTTCCTCGGAATTTTCGGATGGAAGGTGGATTTGACCGCCAGACTCAAAAGCGGCTGGTAACCCCAAAGG
ACCTGATGGGAATTGATCTAGAGACCTCTGTAAATTTCACATGAGTATCTATAAATCGAGCTTAGCTCTTGGAGCTAATTGTTATATAATGTTGTGGACCATGGTTCATTTAATGGTTTATATTTCATGACCTAGAGCAGTGGCCTATTATTGCATTCCGATATACATCCCTTCTGATCAGTTCATGATTATTCCTATTC
TTTTTGTTATAATGCATTTTCCAAGGAAATAATATCATCCCAATGGGGGCGCTAATACTAGGCCAGCCTTGGCAGAGTGCTCCCCCTTCTTCCTCGGAATTTTCGGATGGAAGGTGGAATGACCGCCAGCCTCAAAAGCGGCTGGTAACCCCAAAGGACCTGATGGGAATTGATCTAGAGACCTCTGTAAATGTCACGAG
TATCTACAAATCGAACTTAGCTCTTGGGGCTAATTGCTGTATAATGTTATGGACCATGGTTCATTTAATGGTTTATATTTCATGACCTAGGCTATGATTTTTCACATGATGGTGATTGTGACATTTATTCTTGGTAGCATTAGCGATTATGTTGCAGTTTTATGGTTGCATGTAAATTGTGTCATCGTGTTCCATTGTTG
AAATGTTGTAGGGTGATTTATTTATTTATTTTGGAATGCATTGTGGACGTGGAGACCTAGCTAGTGGAAACTGGTACGCACTTGTATCTATATCTGCTCTCCATTGTAATGATATAAGCCATGCCTTTAGTGTGCCTATGGTTTACCTGGGCTTAGCACATAGGAGTTTCGTGAAATTACAGTGAGGCTGAAGGAGTTGT
GTTGCTAGATAATAGTCTCTGAGGCGCCAATGTTAGTTATCCTGCTATATGATGGCGTGTTGATTCATAGTCTCTTTGATGGGGTAGAGATGAAGACATGGCGCTCACCTTTGGACTAGGGTCTCCATTGGGAGGTTTGCAAGCTGGCCATATAACTTCCCATGAATGCCCATTACATAGACAATCCATTGGCTTGGTAG
TTGCATGCTCTTACTTTCTTGAGCAAGCAGGCATTGCGAACTACCGATGTATTAATTCTTCATTTGTGATAATATGTTTCAGGTGAAGGGAAATTAATCTCTAACAATTACTACCAACATGAGACTATATTGCCAATTCCTCCTATGGACGCTGTCGTGTAGAGGCTAGTGTTCAAGAGCAGGGTTCCTTCCAACTCAAT
GAGGTCTTTTTAACTGTTGTCAATATTCCATCCAGGGACTGAAGAATGCGAGTGGTATTTCTCTGGTCTAGTTTCTTAACTATGGATTTTCATCCAGGCTGCATTCCAATTCCTTTATTCAATCCCCCAGCAAGCAGTCTTTCTTCCGAAATCCTTTCCACAATCAACCAATAAAAAATGTATCTCCTTGTCAACTGGGG
GTGACTTGCATATTGAGTACATTTTTCATACCCGTTTGTCACGTTTCATCCCCATGTGTGAACTCATACCCGTTCCCATTACCTATTGAAAAGCGATTGAGATTGGCCTCATGGTCGTGTGTCAAACTGGTTTCTAGGTGTACTCGGTGTTTATTTTCCAAGTGTTGTTCATTTCTGAATCTTGATATCTCAACTGCATC
GTTTTGTGTCTCTGAATGTTTCAGGCACAGATAATGCTTGGCATGGCGTCTCCACAAAAGgtattttcaattttctcttaaatttagtatcattgactatggatttttttttcaaatggagtatacactatacagttcataatagttattaaatgttatttatgacacatttttctgaatcccgatatctcaaatgcatt
gttttgtatctctgtatgtttcagGCACAGATAATGCTTGGCATGGTGTCTCCACAAATGGTTAAATTTAGTATCATTGACTATGGAATTTCATTCAAATGGAGTATATAGTTGCCCAATTTCCACCCAGATTCTCTGATATAGTCTAGTGGACAG