NA ----> NA
Intron 1 GTATATTTTT ... CGAATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.52 | 5 | 12 | 1 |
| A2 | 60.49 | 6.5 | 11 | 8.8 |
| A3 | 66.4 | 2.8 | 4 | 6.5 |
| A4 | 45.36 | 4.3 | 4 | 3.2 |
| A5 | 75 | 1 | 4 | 2 |
| A6 | 57.17 | 23.2 | 33 | 28.7 |
| A7 | 60.62 | 23.2 | 42 | 29.1 |
| A8 | 56.96 | 18.8 | 29 | 20.9 |
| A9 | 62.63 | 20.2 | 33.2 | 34.4 |
| A10 | 64.85 | 10.3 | 22.3 | 15.1 |
>TRINITY_DN81533_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoformTGGGGGAGGGTTGTGCTCTAGATGGAATTGTATACTCTGGTTTTATTGGACTATGTCACATGGTTTAGAAGATTATTTGGTTCTTGGATCAAATGTTAATTGAAGGTGGCAGAGTACAGTTCAAGAACATTTTTGTTCAAGTAAATCAAGCTCTTCAAGAATTTATATCAGAAGCGTTTGTCTAGATTCAAATTCTAGAT
TTGATGGGAGAGGGCTCTGTCAGATTAATCAACGAAAATTCAAATCTGCTCCAAGCTACTACATGAAAATATGCAGCACCTCTTGTACAAGGAATTTTACCTGCGCTGCAAAATGTGCAGAGAAATAATAATTTTATTATTTTGAATATTTTAAATACCCAGCGCAACAAGGAGGATGATGCTCATGTTTTGGGTGAATT
TTTGGCTTTCAAATGGAACGGATTCTGACCGAACAGTAAGGAATCACTCGAAACAATTAAAAACCCACTTCAGGTATGGGGTTATTTATTCCACACAATGGCGGTTTTCAAAATTTCGCATATGTTTAGGAGAAAATAATGTGTGTTTATGACGACATTTTCCAGAAAATCACGGTGGCCGATTTTAAAATTCCCAGTCA
ACATTCAAACGTCTCCATATCATGGATCTGGAAGGATTTGACCTAACTGCTCCTGATTTCTTGCATATTTGATTTATTGTTGAAATCTTTTTTTCAAAAAAACTAGAGGAACTCTCATTTTATAATTTCTATAAATTGGATCATTGGAAAGAAAAGAGGGTTATTCCTGGGGGGAAGGAGAGAGAGTTTGGAAAATCGAG
AAAATGTGCTCTGTAATTTCTATGAATTGCTACATTTTTCATGCTCAACGAATGTTGCTGACGAATTGTTAGTTTGTATATTTCTTTTGTTATTCATTTACTTCAGCCTTTTTCTTCTTATATGATGTTAAATGTAATTGATGTACTACACTAATCA
>TRINITY_DN81533_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TGGGGGAGGGTTGTGCTCTAGATGGAATTGTATACTCTGGTTTTATTGGACTATGTCACATGGTTTAGAAGATTATTTGGTTCTTGGATCAAATGTTAATTGAAGGTGGCAGAGTACAGTTCAAGAACATTTTTGTTCAAGTAAATCAAGCTCTTCAAGAATTTATATCAGAAGCGTTTGTCTAGATTCAAATTCTAGAT
TTGATGGGAGAGGGCTCTGTCAGATTAATCAACGAAAATTCAAATCTGCTCCAAGCTACTACATGAAAATATGCAGCACCTCTTGTACAAGGAATTTTACCTGCGCTGCAAAATGTGCAGAGAAATAATAATTTTATTATTTTGAATATTTTAAATACCCAGCGCAACAAGGAGGATGATGCTCATGTTTTGGGTGAATT
TTTGGCTTTCAAATGgtatatttttagctcttacatcatcgagattcttcaagattaaaatagttttccagtaaaaaacacgtggacagattcccgtaattttctgggtgtcgaatttcagGAACGGATTCTGACCGAACAGTAAGGAATCACTCGAAACAATTAAAAACCCACTTCAGGTATGGGGTTATTTATTCCAC
ACAATGGCGGTTTTCAAAATTTCGCATATGTTTAGGAGAAAATAATGTGTGTTTATGACGACATTTTCCAGAAAATCACGGTGGCCGATTTTAAAATTCCCAGTCAACATTCAAACGTCTCCATATCATGGATCTGGAAGGATTTGACCTAACTGCTCCTGATTTCTTGCATATTTGATTTATTGTTGAAATCTTTTTTT
CAAAAAAACTAGAGGAACTCTCATTTTATAATTTCTATAAATTGGATCATTGGAAAGAAAAGAGGGTTATTCCTGGGGGGAAGGAGAGAGAGTTTGGAAAATCGAGAAAATGTGCTCTGTAATTTCTATGAATTGCTACATTTTTCATGCTCAACGAATGTTGCTGACGAATTGTTAGTTTGTATATTTCTTTTGTTATT
CATTTACTTCAGCCTTTTTCTTCTTATATGATGTTAAATGTAATTGATGTACTACACTAATCA
Intron 2 GTATGGGGTT ... CATTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 74.08 | 1.4 | 3 | 5 |
| A2 | 71.5 | 2.9 | 9 | 5 |
| A3 | 66.67 | 2 | 7 | 1 |
| A4 | 75.77 | 1.9 | 7 | 4 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 58.94 | 26.2 | 33 | 42 |
| A7 | 54.9 | 27.7 | 28 | 39 |
| A8 | 52.51 | 24.9 | 27 | 28 |
| A9 | 43.87 | 42.2 | 27 | 38 |
| A10 | 57.94 | 11.3 | 17 | 14 |
>TRINITY_DN40400_c0_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoformATGGTGTCAATGTTATTGGCACAAACAATGGGAAAAAGGAAATTCCATGCTTCAATCATTACACAATTATCCCTTCCTAGTTCCTATTTATAGTTTATTAATTGCTCATAAAAAGACGTGGCTCCAAAGTTAACAAATATAACACAACCTTGGCAATGGGAATCTCTTGTATAGGCTCAACATTGCAGGGCTTTATGCAA
TTGTTTCTGATCTTTGGAGCTATATATTTTCTTACTAGCTCTTTACACCAAAGAAATATTTATGCATGCACATATATATATTGATGCTTGTATCTCGAATGTTGGGGGGTTGTGCTCTAGATGGAATTGTATACTCTGGTTTTATTGGACTATGTCACATGGTTTAGAAGATTATTTGGTTCTTGGATCAAATGTTAATT
GAAGGTGGCAGAGTACAGTTCAAGAACATTTTTGTTCAAGTAAATCAAGCTCTTCAAGAATTTATATCAGAAGCGTTTGTCTAGATTCAAATTCTAGATTTGATGGGAGAGGGCTCTGTCAGATTAATCAACGAAAATTCAAATCTGCTCCAAGCTACTACATGAAAATATGCAGCACCTCTTGTACAAGGAATTTTACC
TGCGCTGCAAAATGTGCAGAGAAATAATAATTTTATTATTTTGAATATTTTAAATACCCAGCGCAACAAGGAGGATGATGCTCATGTTTTGGGTGAATTTTTGGCTTTCAAATGGAACGGATTCTGACCGAACAGTAAGGAATCACTCGAAACAATTAAAAACCCACTTCAGAAAATCACGGTGGCCGATTTTAAAATTC
CCAGTCAACATTCAAACGTCTCCATATCATGGATCTGGAAGGATTTGACCTAACTGCTCCTGATTTCTTGCATATTTGATTTATTGTTGAAATCTTAAAAAAAAAACTAGAGGAACTTTCATTTTATAATTTCTATAAATTGGATCATTGCAAAGAAAACAGGGTTCTTCCTGGGGGAAAGCAGAGAGAGTTTGGCAAAT
CAAGAAAATGTGCTCTGTAATTTCTATGAATTGCTACATTTTTCATGCTCAACGAATGTTGCTGACGAATTGTTAGTTTGTATATTTCTTTTGTTATTCATTTACTTCAGCCTTTTTCTTCTTATATGATGTTAAATGTAATTGATGTACTACACTAATCATCACATAGTTACATATCTGATGGCAGCAGAGATTCTGTT
GTCCATTGCCTGTAAGTTTGTGGATTGATTTCAGATATATGGTTTTGATTCGAAATATTATTCCGGATTAAAATATCTTCTTGATGAATGTATAAGGAGGAGCAGATTTTGAGGGATTTATGTTCATGTAAATGTCATTTCCTTCTATTTCACCCTATACTTCAAT
>TRINITY_DN40400_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATGGTGTCAATGTTATTGGCACAAACAATGGGAAAAAGGAAATTCCATGCTTCAATCATTACACAATTATCCCTTCCTAGTTCCTATTTATAGTTTATTAATTGCTCATAAAAAGACGTGGCTCCAAAGTTAACAAATATAACACAACCTTGGCAATGGGAATCTCTTGTATAGGCTCAACATTGCAGGGCTTTATGCAA
TTGTTTCTGATCTTTGGAGCTATATATTTTCTTACTAGCTCTTTACACCAAAGAAATATTTATGCATGCACATATATATATTGATGCTTGTATCTCGAATGTTGGGGGGTTGTGCTCTAGATGGAATTGTATACTCTGGTTTTATTGGACTATGTCACATGGTTTAGAAGATTATTTGGTTCTTGGATCAAATGTTAATT
GAAGGTGGCAGAGTACAGTTCAAGAACATTTTTGTTCAAGTAAATCAAGCTCTTCAAGAATTTATATCAGAAGCGTTTGTCTAGATTCAAATTCTAGATTTGATGGGAGAGGGCTCTGTCAGATTAATCAACGAAAATTCAAATCTGCTCCAAGCTACTACATGAAAATATGCAGCACCTCTTGTACAAGGAATTTTACC
TGCGCTGCAAAATGTGCAGAGAAATAATAATTTTATTATTTTGAATATTTTAAATACCCAGCGCAACAAGGAGGATGATGCTCATGTTTTGGGTGAATTTTTGGCTTTCAAATGGTATATTTTTAGCTCTTACATCATCGAGATTCTTCAAGATTAAAATAGTTTTCCAGTAAAAAACACGTGGACAGATTCCCGTAATT
TTCTGGGTGTCGAATTTCAGGAACGGATTCTGACCGAACAGTAAGGAATCACTCGAAACAATTAAAAACCCACTTCAGgtatggggttatttattccacacaatggcggttttcaaaatttcgcatatgtttaggagaaaataatgtgtgtttatgacgacattttccagAAAATCACGGTGGCCGATTTTAAAATTCCC
AGTCAACATTCAAACGTCTCCATATCATGGATCTGGAAGGATTTGACCTAACTGCTCCTGATTTCTTGCATATTTGATTTATTGTTGAAATCTTAAAAAAAAAACTAGAGGAACTTTCATTTTATAATTTCTATAAATTGGATCATTGCAAAGAAAACAGGGTTCTTCCTGGGGGAAAGCAGAGAGAGTTTGGCAAATCA
AGAAAATGTGCTCTGTAATTTCTATGAATTGCTACATTTTTCATGCTCAACGAATGTTGCTGACGAATTGTTAGTTTGTATATTTCTTTTGTTATTCATTTACTTCAGCCTTTTTCTTCTTATATGATGTTAAATGTAATTGATGTACTACACTAATCATCACATAGTTACATATCTGATGGCAGCAGAGATTCTGTTGT
CCATTGCCTGTAAGTTTGTGGATTGATTTCAGATATATGGTTTTGATTCGAAATATTATTCCGGATTAAAATATCTTCTTGATGAATGTATAAGGAGGAGCAGATTTTGAGGGATTTATGTTCATGTAAATGTCATTTCCTTCTATTTCACCCTATACTTCAAT