sp|P82874|TO203_ARATH ----> Mitochondrial import receptor subunit TOM20-3

Intron 1 GTGAATGAGA ... TCTAGATGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.74	5	17	16
A2	68.42	6	12	14
A3	79.17	5	17	21
A4	83.87	5	26	26
A5	70	3	9	5
A6	70.46	48	105	124
A7	71.61	44	109	113
A8	72.86	27	72	73
A9	65.49	44	72	95
A10	70.79	26	62	64

>TRINITY_DN94732_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

GATGAACGTAAAAACATTGATTAAATTTGGGAATACATCCAAAACATTGATTAAATTTGGGACTACATCCAAATTTGGGAGCTTTCTCAGTGAGATATTTGGGAGTAATCCCAAATTTGGAAGCCATTGATGTGAAAAATTGAGTGCGTTATTGAAATATTCGGACGGGGGGAGAAGTGGCATGGAGGTGGAAAGAATTA
CATTGTTCGAATCCGCTAGAGACAAAGCGGCCGAGGAGTATCTGCGTTCGCCCCTCGACGCTGATAATTTAATACGATGGGGTGGAGTACTGCTCGAACTTGCCCACTTTTATCAGGGACAAGAATCGGTTAACATGCTTCAAGATGCTGTGTCCAAGTTTGAGGAAGCTCTAAAAATTAATCCAAAAAAACATTATGGT
TTATGGTGTTTGGGAAATGCTCTTACATCTCAGAGCTTTCTTTTCTCTGACATGGGGAAGGACCCTCACAATGAACATTATTTGAAAGCTTTGGAGATGGCAAAGAAGGCACCTTCTCTTCACAGGGAGATATTGAAACAGCTCACTTCTGAACAGGTTGAAGTGAATGAAGTAATGAATATTGAAGGAAGTTCCTCACA
GGCTATAAGGAAAAAGAAAAACAGTGATTTCAAGTATGATATGCTTGGTTGGGTCACGCTTACAATTGGAATAATTGCATGGGTTGGATTGGCCAGGTCTGCACTACAGTTGCATTTACCATCCCCAACATATGCATGAGGGCAGTTTGTGCATACCAGCACTTAATATATAGTAATTGTATATATGAATCTGTGGAATT
TTCTAACATTGTAGATACCCTGTACATAATTAGAAAATAGAATTATTATGGATTTGGATGCTGAAACATTATAAGGCTTTAGGGTCATTAATATTAGTCGCTAATATTCTGCCAGCTTTTATTAAACTTGTGCAATTGTGTACAGTGTAGCATGTGAATTCTAATATACTCTTATGATGAAAAGGTGTTTACCTTTAGCT
TGTAGTTCTGCACATTGGGAGCCTAGTAAATTAAAGTTTTCAAG

>TRINITY_DN94732_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GATGAACGTAAAAACATTGATTAAATTTGGGAATACATCCAAAACATTGATTAAATTTGGGACTACATCCAAATTTGGGAGCTTTCTCAGTGAGATATTTGGGAGTAATCCCAAATTTGGAAGCCATTGATGTGAAAAATTGAGTGCGTTATTGAAATATTCGGACGGGGGGAGAAGTGGCATGGAGGTGGAAAGAATTA
CATTGTTCGAATCCGCTAGAGACAAAGCGGCCGAGGAGTATCTGCGTTCGCCCCTCGACGCTGATAATTTAATACGATGGGGTGGAGTACTGCTCGAACTTGCCCACTTTTATCAGGGACAAGAATCGGTTAACATGCTTCAAGATGCTGTGTCCAAGTTTGAGGAAGCTCTAAAAATTAATCCAAAAAAACATTATGGT
TTATGGTGTTTGGGAAATGCTCTTACATCTCAGAGCTTTCTTTTCTCTGACATGGGGAAGgtgaatgagaagttcaagaaagctgaagagtgttatcagaaagctctagatgagGACCCTCACAATGAACATTATTTGAAAGCTTTGGAGATGGCAAAGAAGGCACCTTCTCTTCACAGGGAGATATTGAAACAGCTCAC
TTCTGAACAGGTTGAAGTGAATGAAGTAATGAATATTGAAGGAAGTTCCTCACAGGCTATAAGGAAAAAGAAAAACAGTGATTTCAAGTATGATATGCTTGGTTGGGTCACGCTTACAATTGGAATAATTGCATGGGTTGGATTGGCCAGGTCTGCACTACAGTTGCATTTACCATCCCCAACATATGCATGAGGGCAGT
TTGTGCATACCAGCACTTAATATATAGTAATTGTATATATGAATCTGTGGAATTTTCTAACATTGTAGATACCCTGTACATAATTAGAAAATAGAATTATTATGGATTTGGATGCTGAAACATTATAAGGCTTTAGGGTCATTAATATTAGTCGCTAATATTCTGCCAGCTTTTATTAAACTTGTGCAATTGTGTACAGT
GTAGCATGTGAATTCTAATATACTCTTATGATGAAAAGGTGTTTACCTTTAGCTTGTAGTTCTGCACATTGGGAGCCTAGTAAATTAAAGTTTTCAAG

Intron 2 GCAATGGGGT ... TGTCATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.92	57	0	16
A2	5.56	34	0	2
A3	16.33	41	0	8
A4	25.45	41	0	14
A5	0	13	0	0
A6	14.38	131	0	22
A7	10.24	114	0	13
A8	13.11	106	2	16
A9	11.68	121	0	16
A10	8	115	0	10

>TRINITY_DN33208_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CATTATAATAGCAAAACAGAGAAGAGATGAACGTAAAAACATTGATTAAATTTGGGAATACATCCAAAACATTGATTAAATTTGGGACTACATCCAAATTTGGGAGCTTTCTCAGTGAGATATTTGGGAGTAATCCCAAATTTGGAAGCCATTGATGTGAAAAATTGAGTGCGTTATTGAAATATTCGGACGGGGGGAGA
AGTGGCATGGAGGTGGAAAGAATTACATTGTTCGAATCCGCTAGAGACAAAGCGGCCGAGGAGTATCTGCGTTCGCCCCTCGACGCTGATAATTTAATACGATGGGGTGGAGTACTGCTCGAACTTGCCCACTTTTATCAGGGACAAGAATCGGTTAACATGCTTCAAGATGCTGTGTCCAAGTTTGAGGAAGCTCTAAA
AATTAATCCAAAAAAACATTATGGTTTATGGTGTTTGGGAAATGCTCTTACATCTCAGAGCTTTCTTTTCTCTGACATGGGGAAGGTGAATGAGAAGTTCAAGAAAGCTGAAGAGTGTTATCAGAAAGCTCTAGATGAGGCACCTTCTCTTCACAGGGAGATATTGAAACAGCTCACTTCTGAACAGGTTGAAGTGAATG
AAGTAATGAATATTGAAGGAAGTTCCTCACAGGCTATAAGGAAAAAGAAAAACAGTGATTTCAAGTATGATATGCTTGGTTGGGTCACGCTTACAATTGGAATAATTGCATGGGTTGGATTGGCCAGGTCTGCACTACAGTTGCATTTACCATCCCCAACATATGCATGAGGGCAGTTTGTGCATACCAGCACTTAATAT
ATAGTAATTGTATATATGAATCTGTGGAATTTTCTAACATTGTAGATACCCTGTACATAATTAGAAAATAGAATTATTATGGATTTGGATGCTGAAACATTATAAGGCTTTAGGGTCATTAATATTAGTCGCTAATATTCTGCCAGCTTTTATTAAACTTGTGCAATTGTGTACAGTGTAGCATGTGAATTCTAATATAC
TCTTATGATGAAAAGGTGTTTACCTTTAGCTTGTAGTTCTGCACATTGGGAGCCTAGTAAATTAAAGTTTTCAAGGAAAGCACCTTACTGGTTTGCATTGTTTTCAACATAACCTAATTATTTTTAGGTAAACCTTGCTTTTTGCTGTTACTGCTGACAGTGCAAGTAAATATATATTGATCATCAATTTGCAATGATAT
TACTTATTTATTCCTGAGAATTCCAAGAGATGCATCAATTATTTTTTCAACCATTCATGTGTTTGTCAATAGAAAACTGGTGC

>TRINITY_DN33208_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGCGTTCGCCCCTCGACGCTGATgcaatggggtgattatcttgcatgagcatggatcctacacctgttcctaaagcgtcgcatttaaggataaatgtttttgtgaaatctggggctgccaagacaggagtggatgtcattaagAATTTAATACGATGGGGTGGAGTACTGCTCGAACTTGCCCACTTTTATCAGGGACAA
GAATCGGTTAACATGCTTCAAGATGCTGTGTCCAAGTTTGAGGAAGCTCTAAAAATTAATCCAAAAAAACATTATGGTTTATGGTGTTTGGGAAATGCTCTTACATCTCAGAGCTTTCTTTTCTCTGACATGGGGAAGGTGAATGAGAAGTTCAAGAAAGCTGAAGAGTGTTATCAGAAAGCTCTAGATGAGGACCCTCA
CAATGAACATTATTTGAAAGCTTTGGAGATGGCAAAGAAGGCACCTTCTCTTCACAGGGAGATATTGAAACAGCTCACTTCTGAACAGGTTGAAGTGAATGAAGTAATGAATATTGAAGGAAGTTCCTCACAGGCTATAAGGAAAAAGAAAAACAGTGATTTCAAGTATGATATGCTTGGTTGGGTCACGCTTACAATTG
GAATAATTGCATGGGTTGGATTGGCCAGGTCTGCACTACAGTTGCATTTACCATCCCCAACATATGCATGAGGGCAGTTTGTGCATACCAGCACTTAATATATAGTAATTGTATATATGAATCTGTGGAATTTTCTAACATTGTAGATACCCTGTACATAATTAGAAAATAGAATTATTATGGATTTGGATGCTGAAACA
TTATAAGGCTTTAGGGTCATTAATATTAGTCGCTAATATTCTGCCAGCTTTTATTAAACTTGTGCAATTGTGTACAGTGTAGCATGTGAATTCTAATATACTCTTATGATGAAAAGGTGTTTACCTTTAGCTTGTAGTTCTGCACATTGGGAGCCTAGTAAATTAAAGTTTTCAAGGAAAGCACCTTACTGGTTTGCATT
GTTTTCAACATAACCTAATTATTTTTAGGTAAACCTTGCTTTTTGCTGTTACTGCTGACAGTGCAAGTAAATATATATTGATCATCAATTTGCAATGATATTACTTATTTATTCCTGAGAATTCCAAGAGATGCATCAATTATTTTTTCAACCATTCATGTGTTTGTCAATAGAAAACTGGTGC