sp|O23614|CTPA2_ARATH ----> Carboxyl-terminal-processing peptidase 2, chloroplastic

Intron 1 GTATTTTGAA ... AATCTCCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.03	5.5	2	18
A2	58.93	7.5	3	9
A3	70.84	3.5	1	5
A4	71.11	4	5	8
A5	75	1.5	0	3
A6	72.91	12	2	23
A7	76.78	19.5	4	45
A8	74.84	32	8	66
A9	66.28	26	1	39
A10	73.37	24	1	45

>TRINITY_DN44156_c1_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoform

GTCAAAGATAAGGGACCCCTAAGAGCAGCAGATATCCTATGAAAGCCCATCCAATCTACATTGTTGGTGTTGGTGGTGGGAGATTTAGAATGGAAGGCTGCTACAGCTCTCCCGCTGTATCAAGTCTCTCTTACACTCGCAGCAAAACTCACACCACTACTCATGGGAGCACCGGGACCCGACACAGACAGTTTTTCATT
CCACAGGGGCACTTACTGAGGAAAATCTACTCTTTTTGGAGGCATGGAGGACCATTGACCGGGCATATATTGACAAAACATTCAATGGTCAAAGATGGTTTCGCTATCGTGAAGACGCACTTCGTCAGGAACCTATGAATACACGTGAAGAAACATATGTTGCAATACGGAAGATGCTTGCAACTTTGGATGATCCTTTT
ACGCGTTTTTTGGAGCCAGAAAAGTTTAAGAGCCTGCGGTCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAGCTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGG
TACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTATGATGCTGCAGAACAATTACATTAATTTTGCAGGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCAAGGACAGTCTCTTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTT
CTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACCAGAACGCTTCTGTTTTCGTTTAAGGGACATGCTTTACAATGTAAAGGAAATAATGAAAGAGACTTCACTATGAATGTTATGCATTCAACCATTTGTAGAAGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGG
ATCTTCGGAACAACAGCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGCAAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGAACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTTAGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATT
TTAGCTGCAGCCCTGAAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGATTACCATTAGAAGGCTAGTCACCAGTGTACTAGCTTAATA
GCTTTTCCTCTTTGAGTACCAACATCTGTTATTCTTCTTCCTTCCAGTTACAAGGGTGGGAGTAATTCCAGATTATCCCTTGCCACCAGCTTTTCCCGTCGATGGATATGGCTTT

>TRINITY_DN44156_c1_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTCACATCTCCAATCTTTATCTTTTGGTTGAAGTATTAAATAAGGAACATTTTGATATGCTTAAATGCTTTTGCAGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGGTGCTTATTTTTCATACATTGTGTAAAATG
TCTCATTACTATCTAGTAGTAGTTATATTAATATAGAATGGCATCCTCAACAAGGGATATGCCACTACAATGTCTCACCGTTATTGTAGTTTGTGTAGCATTGAGTTCCATTGACCAAATTTCATCATTTACGGACTTTAACATAATTTCTTTCTTTCTTTCTTCTTTCTAGATTACCATTAGAAGGCTAGTCACCAGTG
TACTAGCTTAATAGCTTTTCCTCTTTGAGTACCAACATCTGTTATTCTTCTTCCTTCCAGTTACAAGGgtattttgaatttccatgaaaattatgttttaatttaattaatagagtaaaccagcagtacacaaggagttttatttatttatttttatttttatctatttactgatcatgtatgtcgtctaatctcctagG
TGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAATTCAACTTGTAACATCAATACTACTACATTTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTT
TTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTATGGTTTCTCCTTTTGTTCTATTCATTGTTGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTATGGTTTAAAAGAA
TTATGGCTTAATATATTTCACATTTTAGTAATGCCCTATACATTTTTCAAGAGCTTTTGTTTTGTTAAGTTTCCAAGGCTTTTATACAAAACAACACTATCTTTGGTAAAAAAAGGGGATCTCATTATATTACACTTCAAAATAACTTTCAGAGCTTTTAATATGGTTTAAGAATATCATTTAGCTTGGAC

Intron 2 GTAAGTTTAA ... TGAATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.97	30.5	15	0
A2	22.29	14	4	1
A3	25	12	4	0
A4	41.43	17	12	2
A5	44.44	5	4	0
A6	33.33	12	6	0
A7	18.82	34.5	8	0
A8	29.63	47.5	20	0
A9	14.04	24.5	4	0
A10	20.41	39	10	0

>TRINITY_DN102662_c0_g1_i15 from sample A4 / Example spliced isoform

ACCTTTCATGCCTCATGGCAAAGAGGGTCTCGTCTGCGTCTAAGTAAACCATTTGATAGACTAAACCCTACATTATTTGGCCATTAACTTTGGAGTGTTTACAAATTTTGTCAAAGATAAGGGACCCCTAAGAGCAGCAGATATCCTATGAAAGCCCATCCAATCTACATTGTTGGTGTTGGTGTTGGTGGTGGGAGATT
TAGAATGGAAGGCTGCTACAGCTCTCCCGCTGTATCAAGTCTCTCTTACACTCGCAGCAAAACTCACACCACTACTCATGGGAGCACCGGGACCCGACACATACAGTTTTTCATTCCACAGATATTGTTGTCAAGGTGTAAGCAATGTGTGGCAAGAAAACATTTGTGGAGCTATTTTTCATTTGAAAAGAAAAAAAAAA
TATTGCAACTAAGAAATGGCAGTGGGTTGAAGATGACAAATGGAGTCTTACGAGAGAACATCTCTCAGTTTCCAGAACTTCAGAAACAATCAAACAGATTTTTTCAGCACTGCTGGCAGTTCTTTCCAATCACTTTAAATTATTTGGAATTTGTTATTCACCCAGAAAAATTTGCACAAGTGGAAAGATGGAGAAAAAAG
TTAAGAAGGAGGGGTTCTATTTTCCTTATTGGATCAGCCATTGCCCTTGTATTCATGATGTCAATCTCTGTAAATATCAACAAAAATGCAGCTTGGGCACTTACTGAGGAAAATCTACTCTTTTTGGAGGCATGGAGGACCATTGACCGGGCATATATTGACAAAACATTCAATGGTCAAAGATGGTTTCGCTATCGTGA
AGACGCACTTCGTCAGGAACCTATGAATACACGTGAAGAAACATATGTTGCAATACGGAAGATGCTTGCAACTTTGGATGATCCTTTTACGCGTTTTTTGGAGCCAGAAAAGTTTAAGAGCCTGCGGGCAGTCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTT
TCAGCTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGGTACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTATGATGCTGCAGAACAATTACATTAATTTTGCAGGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTC
TGAATCAAGGACAGTCTCTTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTTCTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACCAGAACGCTTCTGGAGCTGTTAAGGAAGCT
ATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGGATCTTCGGAACAACAGCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGCAAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGAACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTT
AGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATTTTAGCTGCAGCCCTGAAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACA
AGGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAATTCAACTTGTAACATCAATACTACTACATTTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATAT
TTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTATGGTTTCTCCTTTTGTTCTATTCATTGTTGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTA

>TRINITY_DN102662_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAGCTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGGTACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTATGATGCTGCAGA
ACAATTACATTAATTTTGCAGGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCATGGACAGTCTCTTTGAAgtaagtttaagacatcttgattttgatattctatggtatataagacgtagtttcttattgagaagtcagcgaaagacattttggtatagatattctatggtatatag
gatttcttttcttattgagctcagctaggatgatatctaagaggtaattcctaattgtgtaatataatatgaagagtctttgcaatccttaaaatctttatcctcttttttatttttacttttgaaaaattcttcatatatttacatcagaaaaaaaagcaggaggatatgtacaagggtatttacatcctctccctcgt
agaaaactaaaacaataataaaatcctcttcataattcttttaagaaattttaaaatatgacttaagtttatctgttgtcaataatagtaggtatgatcatgtctagttctgtataacaacttcataatgaattgcagGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAAAAAATTACATTGAAC
CCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTTCTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACCAGAACGCTTCTGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGGATCTTCGGAACAACAGCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAA
GATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGCAAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGAACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTTAGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATTTTAGCTGCAGCCCTGAAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTG
GGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAAT
TCAACTTGTAACATCAATACTACTACATTTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTA
TGGTTTCTCCTTTTGTTCTATTCATTGTTGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTA

Intron 3 GTGCTTATTT ... TTCTTTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.21	9	8.7	1
A2	34.86	16	9.3	1
A3	6.67	4	0.3	0
A4	28.89	8	3.7	2
A5	35.71	3	2	0
A6	30.93	36	18.3	0
A7	35.93	32	19.3	7
A8	32.74	51	28	4
A9	31.33	54.3	28	1
A10	30.42	26	14.3	0

>TRINITY_DN48070_c6_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

ACCTTTCATGCCTCATGGCAAAGAGGGTCTCGTCTGCGTCTAAGTAAACCATTTGATAGACTAAACCCTACATTATTTGGCCATTAACTTTGGAGTGTTTACAAATTTTGTCAAAGATAAGGGACCCCTAAGAGCAGCAGATATCCTATGAAAGCCCATCCAATCTACATTGTTGGTGTTGGTGTTGGTGGTGGGAGATT
TAGAATGGAAGGCTGCTACAGCTCTCCCGCTGTATCAAGTCTCTCTTACACTCGCAGCAAAACTCACACCACTACTCATGGGAGCACCGGGACCCGACACAGACAGTTTTTCATTCCACAGATATTGTTGTCAAGGTGTAAGCAATGTGTGGCAAGAAAACATTTGTGGAGCTATTTTTCATTTGAAAAGAAAAAAAAAA
TATTGCAACTAAGAAATGGCAGTGGGTTGAAGATGACAAATGGAGTCTTACGAGAGAACATCTCTCAGTTTCCAGAACTTCAGAAACAATCAAACAGATTTTTTCAGCACTGCTGGCAGTTCTTTCCAATCACTTTAAATTATTTGGAATTTGTTATTCACCCAGAAAAATTTGCACAAGTGGAAAGATGGAGAAAAAAG
TTAAGAAGGAGGGGTTCTATTTTCCTTATTGGATCAGCCATTGCCCTTGTATTCATGATGTCAATCTCTGTAAATATCAACAAAAATGCAGCTTGGGCACTTACTGAGGAAAATCTACTCTTTTTGGAGGCATGGAGGACCATTGACCGGGCATATATTGACAAAACATTCAATGGTCAAAGATGGTTTCGCTATCGTGA
AGACGCACTTCGTCAGGAACCTATGAATACACGTGAAGAAACATATGTTGCAATACGGAAGATGCTTGCAACTTTGGATGATCCTTTTACGCGTTTTTTGGAGCCAGAAAAGTTTAAGAGCCTGCGGTCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAG
CTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGGTACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTATGATGCTGCAGAACAATTACAGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCAAGGACAGTC
TCTTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTTCTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACCAGAACGCTTCTGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGGATCTTCGGAACAA
CAGCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGCAAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGAACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTTAGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATTTTAGCTGCAGCCC
TGAAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGATTACCATTAGAAGGCTAGTCACCAGTGTACTAGCTTAATAGCTTTTCCTCTTT
GAGTACCAACATCTGTTATTCTTCTTCCTTCCAGTTACAAGGGTATTTTGAATTTCCATGAAAATTATGTTTTAATTTAATTAATAGAGTAAACCAGCAGTACACAAGGAGTTTTATTTATTTATTTTTATTTTTATCTATTTACTGATCATGTATGTCGTCTAATCTCCTAGGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTG
CCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAATTCAACTTGTAACATCAATACTACTACATTTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTC
ACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTATGGTTTCTCCTTTTGTTCTATTCATTGTTGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTATGGTTTAAAAGAATTATGGCTTAATATATTTCACATTTT
AGTAATGCCCTATACATTTTTCAAGAGCAT

>TRINITY_DN48070_c6_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAGACGTCAATTTAAATAAGCCATTAGTGAGTACTGAAGAGTGGTATTTTTATGTTTGGAACTATTGTTTAGGAGATTACCTTTCTAAGGAAGAGAAAGCTTTTTAGGTTCTTGGCTATTTCCTTTCTATCAAATTGAGTATGGATTCAAATAATAGTTTATGGGCTGCATACTATTTTTGTTTTACTGCAAGTAATATG
AATTCTTTTATACTCCGCACCTTGAATGCTAGACATGATGGCCATAACAGCCAATCTCTCTCTGTAGAATTTTATTATTTTTGTGACAATTCACATCTCCAATCTTTATCTTTTGGTTGAAGTATTAAATAAGGAACATTTTGATATGCTTAAATGCTTTTGCAGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGAT
CTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGgtgcttttttttcatacattatgtaaaatgtctcattactatctagtagtagttatattaatatagaatggcatcctcaacaagggatatgccactacaatgtctcaccgctattgtagtttgtgtagcattgagttccat
tgaccaaatttcatcatttacggactttaacataatttctttctttctttcttctttctagATTACCATTAGAAGGCTAGTCACCAGTGTACTAGCTTAATAGCTTTTCCTCTTTGAGTACCAACATCTGTTATTCTTCTTCCTTCCAGTTACAAGGGTATTTTGAATTTCCATGAAAATTATGTTTTAATTTAATTAAT
AGAGTAAACCAGCAGTACACAAGGAGTTTTATTTATTTATTTTTATTTTTATCTATTTACTGATCATGTATGTCGTCTAATCTCCTAGGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAATTCAACTTGTAACATCAATACTACTACAT
TTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTATGGTTTCTCCTTTTGTTCTATTCATTGT
TGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTATGGTTTAAAAGAATTATGGCTTAATATATTTCACATTTTAGTAATGCCCTATACATTTTTCAAGAGCAT

Intron 4 GTGCTTATTT ... TTCTTTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.14	9	12	1
A2	48.48	17	16	1
A3	20	4	1	0
A4	46.67	8	7	2
A5	57.14	3	4	0
A6	49.3	36	35	0
A7	50	32	32	7
A8	50.49	51	52	4
A9	48.6	55	52	1
A10	54.39	26	31	0

>TRINITY_DN44156_c1_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoform

GTCAAAGATAAGGGACCCCTAAGAGCAGCAGATATCCTATGAAAGCCCATCCAATCTACATTGTTGGTGTTGGTGGTGGGAGATTTAGAATGGAAGGCTGCTACAGCTCTCCCGCTGTATCAAGTCTCTCTTACACTCGCAGCAAAACTCACACCACTACTCATGGGAGCACCGGGACCCGACACAGACAGTTTTTCATT
CCACAGGGGCACTTACTGAGGAAAATCTACTCTTTTTGGAGGCATGGAGGACCATTGACCGGGCATATATTGACAAAACATTCAATGGTCAAAGATGGTTTCGCTATCGTGAAGACGCACTTCGTCAGGAACCTATGAATACACGTGAAGAAACATATGTTGCAATACGGAAGATGCTTGCAACTTTGGATGATCCTTTT
ACGCGTTTTTTGGAGCCAGAAAAGTTTAAGAGCCTGCGGTCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAGCTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGG
TACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTATGATGCTGCAGAACAATTACATTAATTTTGCAGGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCAAGGACAGTCTCTTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTT
CTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACCAGAACGCTTCTGTTTTCGTTTAAGGGACATGCTTTACAATGTAAAGGAAATAATGAAAGAGACTTCACTATGAATGTTATGCATTCAACCATTTGTAGAAGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGG
ATCTTCGGAACAACAGCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGCAAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGAACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTTAGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATT
TTAGCTGCAGCCCTGAAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGATTACCATTAGAAGGCTAGTCACCAGTGTACTAGCTTAATA
GCTTTTCCTCTTTGAGTACCAACATCTGTTATTCTTCTTCCTTCCAGTTACAAGGGTGGGAGTAATTCCAGATTATCCCTTGCCACCAGCTTTTCCCGTCGATGGATATGGCTTT

>TRINITY_DN44156_c1_g1_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTCAAAGATAAGGGACCCCTAAGAGCAGCAGATATCCTATGAAAGCCCATCCAATCTACATTGTTGGTGTTGGTGGTGGGAGATTTAGAATGGAAGGCTGCTACAGCTCTCCCGCTGTATCAAGTCTCTCTTACACTCGCAGCAAAACTCACACCACTACTCATGGGAGCACCGGGACCCGACACATACAGTTTTTCATT
CCACAGATATTGTTGTCAAGGTGTAAGCAATGTGTGGCAAGAAAACATTTGTGGAGCTATTTTTCATTTGAAAAGAAAAAAAAAATATTGCAACTAAGAAATGGCAGTGGGTTGAAGATGACAAATGGAGTCTTACGAGAGAACATCTCTCAGTTTCCAGAACTTCAGAAACAATCAAACAGATTTTTTCAGCACTGCTG
GCAGTTCTTTCCAATCACTTTAAATTATTTGGAATTTGTTATTCACCCAGAAAAATTTGCACAAGTGGAAAGATGGAGAAAAAAGTTAAGAAGGAGGGGTTCTATTTTCCTTATTGGATCAGCCATTGCCCTTGTATTCATGATGTCAATCTCTGTAAATATCAACAAAAATGCAGCTTGGGCACTTACTGAGGAAAATC
TACTCTTTTTGGAGGCATGGAGGACCATTGACCGGGCATATATTGACAAAACATTCAATGGTCAAAGATGGTTTCGCTATCGTGAAGACGCACTTCGTCAGGAACCTATGAATACACGTGAAGAAACATATGTTGCAATACGGAAGATGCTTGCAACTTTGGATGATCCTTTTACGCGTTTTTTGGAGCCAGAAAAGTTT
AAGAGCCTGCGGTCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAGCTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGGTACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTA
TGATGCTGCAGAACAATTACAGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCAAGGACAGTCTCTTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTTCTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACC
AGAACGCTTCTGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGGATCTTCGGAACAACAGCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGCAAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGA
ACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTTAGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATTTTAGCTGCAGCCCTGAAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTA
TGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGgtgcttatttttcatacattgtgtaaaatgtctcattactatctagtagtagttatattaatatagaatggcatcctcaacaagggatatgccactacaatgtctcaccgttattgtagtttgtgtagcattgagttccattgaccaaatttcatcatttacggacttt
aacataatttctttctttctttctttctttctagATTACCATTAGAAGGCTAGTCACCAGTGTACTAGCTTAATAGCTTTTCCTCTTTGAGTACCAACATCTGTTATTCCTCTTTTCTTGTTATATAATTTGAAGGTGGGGATCTGAGTTTCCTCTTCTTCCTTCCAGTTACAAGGGTATTTTTGAATTTCCATGAAAAT
TATGTTTTAATTTAATTAATAGAGTAAACCAGCAGTACACAAGGAGTTTTATTTATTTATTTTTATTTTTATCTATTTACTGATCATGTATGTCGTCTAATCTCCTAGGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAATTCAACTTG
TAACATCAATACTACTACATTTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTATGGTTTCT
CCTTTTGTTCTATTCATTGTTGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTATGGTTTAAAAGAATTATGGCTTAATATATTTCACATTTTAGTAATGCCCTATACATTTTTCAAGAGCTTTTGTTTTGTTAAGTTTCCAAGGCTTTTATACAAAA
CAACACTATCTTTGGTAAAAAAAGGGGATCTCATTATATTACACTTCAAAATAACTTTCAGAGCTTTTAATATGGTTTAAGAATATCATTTAGCTTGGAC

Intron 5 GTATTTTTGA ... AATCTCCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	18
A2	75	3	2	9
A3	100	0	2	5
A4	88.89	1	5	8
A5	100	0	1	3
A6	95.83	1	2	23
A7	100	0	1	45
A8	98.51	1	9	66
A9	86.67	6	2	39
A10	97.83	1	1	45

>TRINITY_DN44156_c1_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoform

GTCAAAGATAAGGGACCCCTAAGAGCAGCAGATATCCTATGAAAGCCCATCCAATCTACATTGTTGGTGTTGGTGGTGGGAGATTTAGAATGGAAGGCTGCTACAGCTCTCCCGCTGTATCAAGTCTCTCTTACACTCGCAGCAAAACTCACACCACTACTCATGGGAGCACCGGGACCCGACACAGACAGTTTTTCATT
CCACAGGGGCACTTACTGAGGAAAATCTACTCTTTTTGGAGGCATGGAGGACCATTGACCGGGCATATATTGACAAAACATTCAATGGTCAAAGATGGTTTCGCTATCGTGAAGACGCACTTCGTCAGGAACCTATGAATACACGTGAAGAAACATATGTTGCAATACGGAAGATGCTTGCAACTTTGGATGATCCTTTT
ACGCGTTTTTTGGAGCCAGAAAAGTTTAAGAGCCTGCGGTCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAGCTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGG
TACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTATGATGCTGCAGAACAATTACATTAATTTTGCAGGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCAAGGACAGTCTCTTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTT
CTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACCAGAACGCTTCTGTTTTCGTTTAAGGGACATGCTTTACAATGTAAAGGAAATAATGAAAGAGACTTCACTATGAATGTTATGCATTCAACCATTTGTAGAAGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGG
ATCTTCGGAACAACAGCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGCAAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGAACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTTAGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATT
TTAGCTGCAGCCCTGAAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGATTACCATTAGAAGGCTAGTCACCAGTGTACTAGCTTAATA
GCTTTTCCTCTTTGAGTACCAACATCTGTTATTCTTCTTCCTTCCAGTTACAAGGGTGGGAGTAATTCCAGATTATCCCTTGCCACCAGCTTTTCCCGTCGATGGATATGGCTTT

>TRINITY_DN44156_c1_g1_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTCAAAGATAAGGGACCCCTAAGAGCAGCAGATATCCTATGAAAGCCCATCCAATCTACATTGTTGGTGTTGGTGGTGGGAGATTTAGAATGGAAGGCTGCTACAGCTCTCCCGCTGTATCAAGTCTCTCTTACACTCGCAGCAAAACTCACACCACTACTCATGGGAGCACCGGGACCCGACACATACAGTTTTTCATT
CCACAGATATTGTTGTCAAGGTGTAAGCAATGTGTGGCAAGAAAACATTTGTGGAGCTATTTTTCATTTGAAAAGAAAAAAAAAATATTGCAACTAAGAAATGGCAGTGGGTTGAAGATGACAAATGGAGTCTTACGAGAGAACATCTCTCAGTTTCCAGAACTTCAGAAACAATCAAACAGATTTTTTCAGCACTGCTG
GCAGTTCTTTCCAATCACTTTAAATTATTTGGAATTTGTTATTCACCCAGAAAAATTTGCACAAGTGGAAAGATGGAGAAAAAAGTTAAGAAGGAGGGGTTCTATTTTCCTTATTGGATCAGCCATTGCCCTTGTATTCATGATGTCAATCTCTGTAAATATCAACAAAAATGCAGCTTGGGCACTTACTGAGGAAAATC
TACTCTTTTTGGAGGCATGGAGGACCATTGACCGGGCATATATTGACAAAACATTCAATGGTCAAAGATGGTTTCGCTATCGTGAAGACGCACTTCGTCAGGAACCTATGAATACACGTGAAGAAACATATGTTGCAATACGGAAGATGCTTGCAACTTTGGATGATCCTTTTACGCGTTTTTTGGAGCCAGAAAAGTTT
AAGAGCCTGCGGTCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAGCTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGGTACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTA
TGATGCTGCAGAACAATTACAGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCAAGGACAGTCTCTTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTTCTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACC
AGAACGCTTCTGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGGATCTTCGGAACAACAGCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGCAAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGA
ACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTTAGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATTTTAGCTGCAGCCCTGAAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTA
TGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGGTGCTTATTTTTCATACATTGTGTAAAATGTCTCATTACTATCTAGTAGTAGTTATATTAATATAGAATGGCATCCTCAACAAGGGATATGCCACTACAATGTCTCACCGTTATTGTAGTTTGTGTAGCATTGAGTTCCATTGACCAAATTTCATCATTTACGGACTTT
AACATAATTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTAGATTACCATTAGAAGGCTAGTCACCAGTGTACTAGCTTAATAGCTTTTCCTCTTTGAGTACCAACATCTGTTATTCCTCTTTTCTTGTTATATAATTTGAAGGTGGGGATCTGAGTTTCCTCTTCTTCCTTCCAGTTACAAGGgtatttttgaatttccatgaaaat
tatgttttaatttaattaatagagtaaaccagcagtacacaaggagttttatttatttatttttatttttatctatttactgatcatgtatgtcgtctaatctcctagGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAATTCAACTTG
TAACATCAATACTACTACATTTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTATGGTTTCT
CCTTTTGTTCTATTCATTGTTGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTATGGTTTAAAAGAATTATGGCTTAATATATTTCACATTTTAGTAATGCCCTATACATTTTTCAAGAGCTTTTGTTTTGTTAAGTTTCCAAGGCTTTTATACAAAA
CAACACTATCTTTGGTAAAAAAAGGGGATCTCATTATATTACACTTCAAAATAACTTTCAGAGCTTTTAATATGGTTTAAGAATATCATTTAGCTTGGAC

Intron 6 GTTAATTAGA ... TGTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.55	39.3	5	2
A2	13.85	34.2	5	3
A3	7.59	25.6	2	1
A4	21.82	37.6	9	2
A5	8.11	6.2	0.7	0
A6	0	53.3	0	0
A7	0	120	0	0
A8	0	103.8	0	0
A9	1.01	83.7	0.7	0
A10	1.11	107.8	1.3	0

>TRINITY_DN127773_c1_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTTCATGCCTCATGGCAAAGAGGGTCTCGTCTGCGTCTAAGTAAACCATTTGATAGACTAAACCCTACATTATTTGGCCATTAACTTTGGAGTGTTTACAAATTTTGTCAAAGATAAGGGACCCCTAAGAGCAGCAGATATCCTATGAAAGCCCATCCAATCTACATTGTTGGTGTTGGTGTTGGTGGTGGGAGATTTA
GAATGGAAGGCTGCTACAGCTCTCCCGCTGTATCAAGTCTCTCTTACACTCGCAGCAAAACTCACACCACTACTCATGGGAGCACCGGGACCCGACACAGACAGTTTTTCATTCCACAGATATTGTTGTCAAGGTGTAAGCAATGTGTGGCAAGAAAACATTTGTGGAGCTATTTTTCATTTGAAAAGAAAAAAAATATA
TTGCAACTAAGAAATGGCAGTGGGTTGAAGATGACAAATGGAGTCTTACGAGAGAACATCTCTCAGTTTCCAGAACTTCAGAAACAATCAAACAGATTTTTTCAGCACTGCTGGCAGTTCTTTCCAATCACTTTAAATTATTTGGAATTTGTTATTCACCCAGAAAAATTTGCACAAGTGGAAAGATGGAGAAAAAAGTT
AAGAAGGAGGGGTTCTATTTTCCTTATTGGATCAGCCATTGCCCTTGTATTCATGATGTCAATCTCTGTAAATATCAACAAAAATGCAGCTTGGGCACTTACTGAGGAAAATCTACTCTTTTTGGAGGCATGGAGGACCATTGACCGGGCATATATTGACAAAACATTCAATGGTCAAAGATGGTTTCGCTATCGTGAAG
ACGCACTTCGTCAGGAACCTATGAATACACGTGAAGAAACATATGTTGCAATACGGAAGATGCTTGCAACTTTGGATGATCCTTTTACGCGTTTTTTGGAGCCAGAAAAGTTTAAGAGCCTGCGGTCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAGCT
AATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTGATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGGTACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTATGATGCTGCAGAACAATTACAGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCATGGACAGTCTC
TTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTTCTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACCAGAACGCTTCTGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGGATCTTCGGAACAACA
GCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGCAAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGAACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTTAGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATTTTAGCTGCAGCCCTG
AAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGG
CTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAATTCAACTTGTAACATCAATACTACTACATTTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATATGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTG
AATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTATGGTTTCTCCTTTTGTTCTATTCATTGTTGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTA

>TRINITY_DN127773_c1_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAGCTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGGTACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTATGATGCTGCAGA
ACAATTACATTAATTTTGCAGGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCATGGACAGTCTCTTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTTCTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACC
AGAACGCTTCTGTTTTCGTTTAAGGGACATGCTTTACAATGTAAAGGAAATAATGAAAGAGACTTCACTATGAATGTTATGCATTCAACCATTTGTAGAAGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGGATCTTCGGAACAACAGgttaattagattaggctgctagc
ttctcgtcccttgataatgttaatatgtggaaaataacagttaattattagctttgtttgcagtgtctatatgttaaggcttgtttgtttggtttgttcgctttcctactgatatctatctaatgaaatgttatgcagCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGTATGATTTTATAGTTTGCT
TGTCACATTGTCTCTTCGTATTCTAATTTCTATATACTTTGGATTCATTTCCCCTTCTATCTGGAACATTTATTTTCTTATTTTGCGAAAGCAATTAAACAATTTTCTACCATGAATACTTGTAAAAGCAACTGAGCAACTTGTACAACCCAAATCAGCTTAATATATAGGTTTTAAAGGAAGTCAAGGAAAAGTATGTA
ACCAAGTCTGATAATTTGAGCAATTGTACATAAAGCACCTTGACCTATAGGTGGTATATTCCGTTCTGTGTTCCTTTCAGCTTCACTGGGGTGCTTTCTTGGTCATATTTGAATATTGACTTTCTAGAGCAGTTAAACACCATTGTACATAAAACTAAGAAGTTGAAGGAATCAGAAGATGAGAAGATGAGTTTATTAAA
GTCCAA

Intron 7 GTGCTTATTT ... AATCTCCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.39	52	12	18
A2	24.27	39	16	9
A3	10.71	25	1	5
A4	19.48	31	7	8
A5	17.95	16	4	3
A6	17.68	135	35	23
A7	17.95	176	32	45
A8	19.73	240	52	66
A9	19.83	184	52	39
A10	21.11	142	31	45

>TRINITY_DN44156_c1_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CCTGTTGAGTGTTGTCTAGTCGCGTTTCATTTATAGATTACCGAGAATGCGTTTGATTCTGCAGAACCTCAGGAAAAATGGAGCTGGATTTGCCCGTTTATATGGACCCAATTATACAACGGCAATGCTCCGCCAGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATTTTAGCTGCAGCCCTGAAAGACAATAAGCGAG
CAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTC
GTAGACCAGAATTCAACTTGTAACATCAATACTACTACATTTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTA
TGGAAGAGTGTATGGTTTCTCCTTTTGTTCTATTCATTGTTGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTATGGTTTAAAAGAATTATGGCTTAATATATTTCACATTTTAGTAATGCCCTATACATTTTTCAAGAGCTTTTGTTTTGTTAAGTT
TCCAAGGCTTTTATACAAAACAACACTATCTTTGGTAAAAAAAGGGGATCTCATTATATTACACTTCAAAATAACTTTCAGAGCTTTTAATATGGTTTAAGAATATCATTTAGCTTGGAC

>TRINITY_DN44156_c1_g1_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTCAAAGATAAGGGACCCCTAAGAGCAGCAGATATCCTATGAAAGCCCATCCAATCTACATTGTTGGTGTTGGTGGTGGGAGATTTAGAATGGAAGGCTGCTACAGCTCTCCCGCTGTATCAAGTCTCTCTTACACTCGCAGCAAAACTCACACCACTACTCATGGGAGCACCGGGACCCGACACATACAGTTTTTCATT
CCACAGATATTGTTGTCAAGGTGTAAGCAATGTGTGGCAAGAAAACATTTGTGGAGCTATTTTTCATTTGAAAAGAAAAAAAAAATATTGCAACTAAGAAATGGCAGTGGGTTGAAGATGACAAATGGAGTCTTACGAGAGAACATCTCTCAGTTTCCAGAACTTCAGAAACAATCAAACAGATTTTTTCAGCACTGCTG
GCAGTTCTTTCCAATCACTTTAAATTATTTGGAATTTGTTATTCACCCAGAAAAATTTGCACAAGTGGAAAGATGGAGAAAAAAGTTAAGAAGGAGGGGTTCTATTTTCCTTATTGGATCAGCCATTGCCCTTGTATTCATGATGTCAATCTCTGTAAATATCAACAAAAATGCAGCTTGGGCACTTACTGAGGAAAATC
TACTCTTTTTGGAGGCATGGAGGACCATTGACCGGGCATATATTGACAAAACATTCAATGGTCAAAGATGGTTTCGCTATCGTGAAGACGCACTTCGTCAGGAACCTATGAATACACGTGAAGAAACATATGTTGCAATACGGAAGATGCTTGCAACTTTGGATGATCCTTTTACGCGTTTTTTGGAGCCAGAAAAGTTT
AAGAGCCTGCGGTCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAGCTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGGTACAAGCACACAAGGCATGGGCTTGTA
TGATGCTGCAGAACAATTACAGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCAAGGACAGTCTCTTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTTCTTCAAGAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACC
AGAACGCTTCTGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGGATCTTCGGAACAACAGCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGCAAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGA
ACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTTAGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATTTTAGCTGCAGCCCTGAAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTA
TGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGgtgcttatttttcatacattgtgtaaaatgtctcattactatctagtagtagttatattaatatagaatggcatcctcaacaagggatatgccactacaatgtctcaccgttattgtagtttgtgtagcattgagttccattgaccaaatttcatcatttacggacttt
aacataatttctttctttctttctttctttctagattaccattagaaggctagtcaccagtgtactagcttaatagcttttcctctttgagtaccaacatctgttattcctcttttcttgttatataatttgaaggtggggatctgagtttcctcttcttccttccagttacaagggtatttttgaatttccatgaaaat
tatgttttaatttaattaatagagtaaaccagcagtacacaaggagttttatttatttatttttatttttatctatttactgatcatgtatgtcgtctaatctcctagGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAATTCAACTTG
TAACATCAATACTACTACATTTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTATGGTTTCT
CCTTTTGTTCTATTCATTGTTGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTATGGTTTAAAAGAATTATGGCTTAATATATTTCACATTTTAGTAATGCCCTATACATTTTTCAAGAGCTTTTGTTTTGTTAAGTTTCCAAGGCTTTTATACAAAA
CAACACTATCTTTGGTAAAAAAAGGGGATCTCATTATATTACACTTCAAAATAACTTTCAGAGCTTTTAATATGGTTTAAGAATATCATTTAGCTTGGAC

Intron 8 GTGCTTTTTT ... AATCTCCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.71	52	9	18
A2	18.75	39	10	9
A3	16.67	25	0.4	5
A4	20.51	31	4	8
A5	15.79	16	2.2	3
A6	14.56	135	20	23
A7	20.36	176	20.6	45
A8	21.57	240	30.4	66
A9	17.49	184	30.4	39
A10	24.06	142	16	45

>TRINITY_DN48070_c6_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGCACTTACTGAGGAAAATCTACTCTTTTTGGAGGCATGGAGGACCATTGACCGGGCATATATTGACAAAACATTCAATGGTCAAAGATGGTTTCGCTATCGTGAAGACGCACTTCGTCAGGAACCTATGAATACACGTGAAGAAACATATGTTGCAATACGGAAGATGCTTGCAACTTTGGATGATCCTTTTACGCGT
TTTTTGGAGCCAGAAAAGTTTAAGAGCCTGCGGTCAGGCACTACAGGTGCTCTTACAGGAGTAGGTTTGGAGGTGGGTCTTGATATGGCCAGCAATGGTGTTTCAGCTAATCTTATTGTCATTTCACCTGTGGATGGAGGGCCAGCTGATCGTGCAGGTGTTATGCCTGGAGATAAAATCTTGGCCATCAATGGTACAAG
CACACAAGGCATGGGCTTGTATGATGCTGCAGAACAATTACATTAATTTTGCAGGGGCCCCGAAGATTCAGTTGTCAAGCTGACACTTCATAAAGGAGATTCTGAATCAAGGACAGTCTCTTTGAAGCGTGAAAAAATTACATTGAACCCTGTGAGCTGGCAACTATGTGAAGTCTCAAGGAATGGAAAAAGTTCTTCAA
GAATTGGATATATCAGACTTACCACTTTCAACCAGAACGCTTCTGGAGCTGTTAAGGAAGCTATTGAAACTTTACGGGAGAACAATGTAAATTCTTATGTGCTGGATCTTCGGAACAACAGCGGGGGACTTTTTCCTGAGGGTATCAAGATTGCAAAAATCTGGCTCGACAAAAGTGTGATTGTATATATTTGTGATAGC
AAGGGTATTCGCGACATCTATGAGACAGATGGAACTGAGGCAATTGCAACATCAGAGCCCTTAGTAGTGCTGGTGAATAAGGGTACTGCAAGTGCAAGTGAGATTTTAGCTGCAGCCCTGAAAGACAATAAGCGAGCAGTTCTTCTTGGGGAGCCAACATTTGGAAAGGGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGA
CGGATCTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAATTCAACTTGTAACATCAATACTACTACATTTCTTCCAAAATGAAATTTATATC
CAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTATGGTTTCTCCTTTTGTTCTATTCATTGTTGAGATAGAAACAAGCATGATTTT
GTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTATGGTTTAAAAGAATTATGGCTTAATATATTTCACATTTTAGTAATGCCCTATACATTTTTCAAGAGCAT

>TRINITY_DN48070_c6_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAGACGTCAATTTAAATAAGCCATTAGTGAGTACTGAAGAGTGGTATTTTTATGTTTGGAACTATTGTTTAGGAGATTACCTTTCTAAGGAAGAGAAAGCTTTTTAGGTTCTTGGCTATTTCCTTTCTATCAAATTGAGTATGGATTCAAATAATAGTTTATGGGCTGCATACTATTTTTGTTTTACTGCAAGTAATATG
AATTCTTTTATACTCCGCACCTTGAATGCTAGACATGATGGCCATAACAGCCAATCTCTCTCTGTAGAATTTTATTATTTTTGTGACAATTCACATCTCCAATCTTTATCTTTTGGTTGAAGTATTAAATAAGGAACATTTTGATATGCTTAAATGCTTTTGCAGAAAGATACAGTCAGTCTTTGAGTTGTCTGACGGAT
CTGCAATGGCTGTCACTGTTGCTCGTTATGAGACTCCTGCACATATGGATATTAACAAGgtgcttttttttcatacattatgtaaaatgtctcattactatctagtagtagttatattaatatagaatggcatcctcaacaagggatatgccactacaatgtctcaccgctattgtagtttgtgtagcattgagttccat
tgaccaaatttcatcatttacggactttaacataatttctttctttctttcttctttctagattaccattagaaggctagtcaccagtgtactagcttaatagcttttcctctttgagtaccaacatctgttattcttcttccttccagttacaagggtattttgaatttccatgaaaattatgttttaatttaattaat
agagtaaaccagcagtacacaaggagttttatttatttatttttatttttatctatttactgatcatgtatgtcgtctaatctcctagGTGGGAGTAATTCCAGATCATCCCTTGCCACCAGCTATTCCCGTCGATGGATATGGCTTTTGCAAATGCCTCGTAGACCAGAATTCAACTTGTAACATCAATACTACTACAT
TTCTTCCAAAATGAAATTTATATCCAGGATCTGATATTTCAAGTTTGGAGTCTGGACACTAATTGTTTTACATTGCAGGGGGATATTTTTTCTCTCAGAGTTCAATTTATTTGTCACCTTGCACCATTTAGTGCAGTTTCTCTGAATATTGAGAAACGTATGGAAGAGTGTATGGTTTCTCCTTTTGTTCTATTCATTGT
TGAGATAGAAACAAGCATGATTTTGTACCATGCTACCAATGCTAATCTTCAGTCATTTATTGATGGTAAAAAATTATGGTTTAAAAGAATTATGGCTTAATATATTTCACATTTTAGTAATGCCCTATACATTTTTCAAGAGCAT