sp|O81445|CNBL1_ARATH ----> Calcineurin B-like protein 1

Intron 1 GTGAGTCTCC ... ACCTTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.48	26	101.4	15
A2	72.29	34	89.4	41
A3	66.73	58	118.3	40
A4	61.86	44	72.8	42
A5	66.9	25	51.2	15
A6	70.01	354	837.3	245
A7	67.77	285	609	213
A8	68.36	361	788.8	270
A9	69.4	321	737.7	268
A10	68.47	216	474.6	147

>TRINITY_DN111680_c2_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CGTCTATATCTGTTGAACAGTGGCGCACGCGGGGTTCACACGGGTTTCATTTGGGAAGAGGAAAATTTCAAATCGGTTGCCATCAGTGACATGAAACGCCCAAAGTCGCAGGACACAACAAGAAAGTTGATTAACGTACTGATCTACATCGCGCCATGTTTCTATTAAAAGCTACTGAACCGATTCGAGGCATGCTTTTC
TGAACTCATGTGGGATTTCAACGGCCACTGCACAATAGAGATCACATGTTATTCTTCTGCAATGCTGACAATTCGCACAGCTTTTCAAGGGCTGCCATGAAACGAGCTAACAAGCCAGTGTGGTCTACAGAGTTGGAAAAGCTCCAAAGTCTTCTACCCCAAAGTCACTCTAATTTGCCAGATCTTGTGGCTTAGTGTGA
GCTATTTGTCAATAAATGGGCTGCTTCAATTCAAAGTTTACTAAGCATTCTCCAGGGCATGAAGACCCTGTAAAGCTTGCAGCAGAGACGGCATTTAGTGTGAGTGAGGTTGAAGCGTTGTATGAGCTTTTTAAAAAGATTAGCAGCTCTGTTATTGATGATGGTCTCATAAACAAGGAGGAGTTTCAGCTGGCGTTATT
TAAGAATAGCAAAAAGGAGAACCTCTTTGCTGATCGGGTCTTTGACTTATTTGATGTAAAGCGGAGGGGAGTTATTGATTTTGGTGATTTTGTTCGATCTCTCAGTGTTTTCCATCCAAATGCACCTCAAGAAGATAAGATCGACTTTGCATTCAAGCTGTATGATTTGCATTGCACTGGCTATATTGAACGGGGAGAGG
TGAAACAAATGTTAATTGCCCTTTTATGCGAGTCAGAAATGAAATTAGCTGATGAGGTCATTGAGACGATTCTTGACAAGACATTTCAAGAAGCTGACGCAGATCAAGATGGGCGAATTGATCGAGATGAATGGCAAAAATTTGTATCTCATAATCCTTCGCTAATGAAGATAATGACTCTTCCTTATTTGAAGGATATC
ACCACAACATTTCCAAGTTTTGTATTTAATTCAGAAGTGGATGACATTGCCACGATTCATGCTGATGTCTATTAAAATGTAAGGTGGCAGATATTGCTTTATGTCCAGTAGTTTCTATTTAACATACTCTGCTGATTGGTGTTAAGGGTACTTATTATCCCTTTTTCATAAAGGGGTTGTTATACCCGCTGGAAGTGAAC
TAAGACAAAGAAAGGTAGACATAACTGGTTTTTCATCCTACTCTAATTCCCAATAAAGTGTGTTGTCTACCTACTGTTCGGGTAGTTTTGCTTGTTTATTCATTATTCTGTGAAGGTGTGTATCCTTGAACCTTTTACTGTCTCATCCAGTCTTATTTAATGGATGAGATTTTGGGTGAAACGTACAACAAATCTATGTG
TGATATCTACCACCTATTGGTCCCAAGGATGAGCACAAAATCTGGTGGAAGTAATATTTGTACACGTAGACCAAATTCAGTACTTCAATTTCAAATTTTCACCTATAACGAGCTTGTGCAGTTGTTCTCTTCACTACCATAGGTCCCATGGATGAGTATAAAATTTGGCAGAAGGAATACTTAAGAGTCATTTTAGATTC
TGGAAT

>TRINITY_DN111680_c2_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CGTCTATATCTGTTGAACAGTGGCGCACGCGGGGTTCACACGGGTTTCATTTGGGAAGAGGAAAATTTCAAATCGGTTGCCATCAGTGACATGAAACGCCCAAAGTCGCAGGACACAACAAGAAAGTTGATTAACGTACTGATCTACATCGCGCCATGTTTCTATTAAAAGCTACTGAACCGATTCGAGGCATGCTTTTC
TGAACTCATGTGGGATTTCAACGGCCACTGCACAATAGAGATCACATGTTATTCTTCTGCAATGCTGACAATTCGCACAGCTTTTCAAGGGCTGCCATGAAACGAGCTAACAAGCCAGTGTGGTCTACAGAGTTGGAAAAGCTCCAAAGTCTTCTACCCCAAAGTCACTCTAATTTGCCAGATCTTGTGGCTTAGTGTGA
GCTATTTGTCAATAAATGGGCTGCTTCAATTCAAAGTTTACTAAGCATTCTCCAGGGCATGAAGACCCTGTAAAGCTTGCAGCAGAGACGGCATTTAGTGTGAGTGAGGTTGAAGCGTTGTATGAGCTTTTTAAAAAGATTAGCAGCTCTGTTATTGATGATGGTCTCATAAACAAGGAGGAGTTTCAGCTGGCGTTATT
TAAGAATAGCAAAAAGGAGAACCTCTTTGCTGATCGGGTCTTTGACTTATTTGATGTAAAGCGGAGGGGAGTTATTGATTTTGGTGATTTTGTTCGATCTCTCAGTGTTTTCCATCCAAATGCACCTCAAGAAGATAAGATCGACTTTGCATTCAAGCTGTATGATTTGCATTGCACTGGCTATATTGAACGGGGAGAGG
TGAAACAAATGTTAATTGCCCTTTTATGCGAGTCAGAAATGAAATTAGCTGATGAGGTCATTGAGACGATTCTTGACAAGACATTTCAAGAAGCTGACGCAGATCAAGATGGGCGAATTGATCGAGATGAATGGCAAAAATTTGTATCTCATAATCCTTCGCTAATGAAGATAATGACTCTTCCTTATTTGAAGGATATC
ACCACAACATTTCCAAGTTTTGTATTTAATTCAGAAGTGGATGACATTGCCACgtgagtctccgatgtgcatttggcattaatcttaatgaaataagcagtcgaagtggtgaactgtttttattgtttgtttgttttagttatgagcaacagttgctagatggccaaaggtaaagggcactttcctaagatccttgggat
tattcagtgaatagtgtgtacatgtcaggttcttaaaattttaaaatatattaggtgtaaattaatataattttactgtttttgtattattttcatcctactgatccttgccacggaaagaaattgtgcaccttcacagGATTCATGCTGATGTCTATTAAAATGTAAGGTGGCAGATATTGCTTTATGTCCAGTAGTTT
CTATTTAACATACTCTGCTGATTGGTGTTAAGGGTACTTATTATCCCTTTTTCATAAAGGGGTTGTTATACCCGCTGGAAGTGAACTAAGACAAAGAAAGGTAGACATAACTGGTTTTTCATCCTACTCTAATTCCCAATAAAGTGTGTTGTCTACCTACTGTTCGGGTAGTTTTGCTTGTTTATTCATTATTCTGTGAA
GGTGTGTATCCTTGAACCTTTTACTGTCTCATCCAGTCTTATTTAATGGATGAGATTTTGGGTGAAACGTACAACAAATCTATGTGTGATATCTACCACCTATTGGTCCCAAGGATGAGCACAAAATCTGGTGGAAGTAATATTTGTACACGTAGACCAAATTCAGTACTTCAATTTCAAATTTTCACCTATAACGAGCT
TGTGCAGTTGTTCTCTTCACTACCATAGGTCCCATGGATGAGTATAAAATTTGGCAGAAGGAATACTTAAGAGTCATTTTAGATTCTGGAATTCAATACTTTAGTTTCAACTATAAATCAACTTGTACAGTTGCTTTTCTATGTCATAAAAGAATGGAGCTTTCTATAGACACAAACATCTGTGCATGTGTTACTTTTAA
TTTTTCGCTTATCTTGAGTAGTGTACGAGTGAGGACAGAGTTGCTCCTAATACCGCATTGCATGGTAATTGGCATTCATTATACAGTGGCTGAATTTTATTCATAAACCATTAAGTCCTTCCCATCAAGTCAAAATATAGTGGTATGTAAATATATAGTCCATTTATTGCAGGAACATTTTCTTTTATGATAATCTGTCT
TTAGCCATATCAAGGAACTCGGCCACTAGTTGTTGTTTACCTTTTGATTGATACCCATCCATGTTTGATTCCATTCAAATGCTTTTTTCCTTTTTGTTAGTGCGCTCCATTTTATGAAAGTTGTAAAAGCCTACTTGTCCTTTTGAAATGTCTCATGCAGACGTGTTTTAAGTTGTATAATCTAAAGTTTTAAATTTACA
GTATTACATTACTGTATAGTGTATTAGTAATTAGTAATTAGTAATAAAATAAGTTAATAAGTAATAAGTAATACTAATAAC

Intron 2 GTAAGTAACT ... ACCTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.3	155	12.3	17
A2	4.69	199.7	10.2	2
A3	7.65	165.5	14.4	3
A4	16.96	135.9	28.4	7
A5	19.51	72.5	18.1	14
A6	3.85	696.9	29	0
A7	3.78	688.2	28	1
A8	4.95	530.8	29.4	0
A9	3.81	771.9	32	1
A10	2.87	672.6	20.7	1

>TRINITY_DN117222_c1_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CAGTGGCGCACGCGGGGTTCACACGGGTTTCATTTGGGAAGAGGAAAATTTCAAATCGGTTGCCATCAGTGACATGAAACGCCCAAAGTCGCAGGACATAACAAGAAAGTTGATTAACGTACTGATCTACATCGCGCCATGTTTCTATTAAAAGCTACTGAACCGATTCGAGGCATGCTTTTCTGAACTCATGTGGGATT
TGAACGGCCACTGCACAATAGAGATCACATGTTATTCTTCTGCAATGCTGACAATTCGCACAGCTTTTCAAGGGCTGCCATGAAACGAGCTAACAAGCCAGTGTGGTCTACAGAGTTGGAAAAGCTCCAAAGTCTTCTACCCCAAAGTCACTCTAATTTGCCAGATCTTGTGGCTTAGTGTGAGCTATTTGTCAATAAAT
GGGCTGCTTCAATTCAAAGTTTACTAAGCATTCTCCAGGGCATGAAGACCCTGTAAAGCTTGCAGCAGAGACGGCATTTAGTGTGAGTGAGGTTGAAGCGTTGTATGAGCTTTTTAAAAAGATTAGCAGCTCTGTTATTGATGATGGTCTCATAAACAAGGAGGAGTTTCAGCTGGCGTTATTTAAGAATAGCAAAAAGG
AGAACCTCTTTGCTGATCGGGTCTTTGACTTATTTGATGTAAAGCGGAGGGGAGTTATTGATTTTGGTGATTTTGTTCGATCTCTCAGTGTTTTCCATCCAAATGCACCTCAAGAAGATAAGATCGACTTTGCATTCAAGCTGTATGATTTGCATTGCACTGGCTATATTGAACGGGGAGAGGTAAGAGAAAACTCACTT
TGTAACTTGTCAGTGAATATGTGCCTTTTATAGTGTACTTCCTAGTACTTGTGGTAGTTGTTGGAATGAAGTATCATTGTTTCTAGGTCAAATGGCACACGTTTCCTTGTAATGGCTGTATATGTATTTTCAATTTTGTTACTGACTCTAACTTTTCCCCAAGGATGAAAATACACAAATTATTCAGGTGCTTTTTTATG
CTACATATTCAACTTGTGTTTAGCATATAATACTTTATGTTTCATGTATATTCCGTCTGAAGAATGAGCATTTTGTTTGACAAAGTTTCAAAATCATGCCAAGCTGAATGGCTGCTTGTGTAAATCCCATGAGTTACATGATATATAGGGAAATATAATATTAGTAATATTCAGCAGTGTAGAATACAATGCAAGTCAGC
TTGGTACGTATACATGGGAAAAAGTTGTGGATGACAACATCGTTTTCTCTTTTTGAGCTGTTTGTAAAAGGGAATTGATTTGTATTATGCTGAACCTATGACAAATCCTGATTTATATTTCCCTTGATGAACCATTGTGAATGTCCAACGTGGAACACCCTGTTTCTTCTATTTTGATCTTCAGCAGCATATTTAAATAT
TGTTCCATGAATTTTTTTCATGCATTTTCTTTGTTACATGGTGTGCCTTTGTTGTTTCCTTCTGTGAAAGCAGTTAGAATTCCAAGTTATCCTTGTGTTTATGTTTTATTAATTTGGAATTATCTTCTAGCTTACATATATTCCTTTCTTGAAACTATACTTGAATGGCCATTCTAGTCTCGTCAACAGAGATAAATGCT
GATGCAAGGCTTTGCAAACATGTTTTGCATCACTGGTGCATGCCCATACATGGTGCAAATTT

>TRINITY_DN117222_c1_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTTATCCACTAGAAACCATGCAAATTAAGACTCTATGTAGGAGATGGTTGACCACTCCAATTGTTTTTGGGTTAAATCCACTAGAACCCATGCAAATTAAGAGTTTGAGTTTTGTGTTGCAATGCTGCTTCATAGAAATATTTTGATAAGTATCTTTTGTTGACACTGGAATAGGGATGAAATGTTTGATAGTTATAA
GGAAACAAATGTTCTGAGGATTGACTTTGATAGTTACAAGGAAGCAAATGATTTGAGGATTGACTTTTTCTTAGCTGGATGAACAGGTCTTTGACTTATTTGATGTAAAGCGGAGGGGAGTTATTGATTTTGGTGATTTTGTTCGATCTCTCAGTGTTTTCCATCCAAATGCACCTCAAGAAGATAAGATCGACTgtaag
taactaacacttatcttataacttcttgtctatattagcgcacacatatcttttcagaaatatctctctatcttactctttgagtagttctttaccctgaactacaggaaagttatgacatttcacctagtgcagattctgagattctgtgaatgataggcatgttttaatcatgcgttgttctgttccttaatgcatac
ctgtgcagTTGCATTCAAGCTGTATGATTTGCATTGCACTGGCTATATTGAACGGGGAGAGGTAAGAGAAAACTCACTTTGTAACTTGTCAGTGAATATGTGCCTTTTATAGTGTACTTCCTAGTACTTGTGGTAGTTGTTGGAATGAAGTATCATTGTTTCTAGGTCAAATGGCACACGTTTCCTTGTAATGGCTGTAT
ATGTATTTTCAATTTTGTTACTGACTCTAACTTTTCCCCAAGGATGAAAATACACAAATTATTCAGGTGCTTTTTTATGCTACATATTCAACTTGTGTTTAGCATATAATACTTTATGTTTCATGTATATTCCGTCTGAAGAATGAGCATTTTGTTTGACAAAGTTTCAAAATCATGCCAAGCTGAATGGCTGCTTGTGT
AAATCCCATGAGTTACATGATATATAGGGAAATATAATATTAGTAATATTCAGCAGTGTAGAATACAATGCAAGTCAGCTTGGTACGTATACATGGGAAAAAGTTGTGGATGACAACATCGTTTTCTCTTTTTGAGCTGTTTGTAAAAGGGAATTGATTTGTATTATGCTGAACCTATGACAAATCCTGATTTATATTTC
CCTTGATGAACCATTGTGAATGTCCAACGTGGAACACCCTGTTTCTTCTATTTTGATCTTCAGCAGCATATTTAAATATTGTTCCATGAATTTTTTTCATGCATTTTCTTTGTTACATGGTGTGCCTTTGTTGTTTCCTTCTGTGAAAGCAGTTAGAATTCCAAGTTATCCTTGTGTTTATGTTTTATTAATTTGGAATT
ATCTTCTAGCTTACATATATTCCTTTCTTGAAACTATACTTGAATGGCCATTCTAGTCTCGTCAACAGAGATAAATGCTGATGCAAGGCTTTGCAAACATGTTTTGCATCACTGGTGCATGCCCATACATGGTGCAAATTT

Intron 3 GTCTAGATTA ... TGGATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	66	9	66
A2	50.27	92	0	93
A3	48.97	74	5	71
A4	51.59	76	2	81
A5	47.71	57	1	52
A6	49.43	396	3	387
A7	49.86	367	1	365
A8	50.44	397	8	404
A9	49.52	365	1	358
A10	49	382	5	367

>TRINITY_DN45045_c3_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CTCCGAGTCATTTTACAAATGTATTATTATTATTTTTGAAAATGTGCATATTTCTTCATGGAACAAATGCGTAGATCATAGGTCAAGAGTTACATGATGTGAACAAAGGTATTTGTTGATTATGTAGATACCATTTCTCACACATAATAACAATACCTTTTCCCTCCTTGTTGTGCATGGTTTCAGGTTCATTAGTACCT
GCAATATGGTCATAGCTTGAGTCGCATAAGGGAAAGAAACTGATATAAATTTGAACTTTAACTTACATAGGTGAAACAAATGTTAATTGCCCTTTTATGCGAGTCAGAAATGAAATTAGCTGATGAGGTCATTGAGACGATTCTTGACAAGACATTTCAAGAAGCTGACGCAGATCAAGATGGGCGAATTGATCGAGATG
AATGGCAAAAATTTGTATCTCATAATCCTTCGCTAATGAAGATAATGACTCTTCCTTATTTGAAGGATATCACCACAACATTTCCAAGTTTTGTATTTAATTCAGAAGTGGATGACATTGCCACG

>TRINITY_DN45045_c3_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTCCGAGTCATTTTACAAATGTATTATTATTATTTTTGAAAATGTGCATATTTCTTCATGGAACAAATGCGTAGATCATAGGTCAAGAGTTACATGATGTGAACAAAGGTATTTGTTGATTATGTAGATACCATTTCTCACACATAATAACAATACCTTTTCCCTCCTTGTTGTGCATGGTTTCAGGTTCATTAGTACCT
GCAATATGGTCATAGCTTGAGTCGCATAAGGGAAAGAAACTGATATAAATTTGAACTTTAACTTACATAGgtctagattacattgtgcttttaaagggaatctgtaatcctactctctttttaaatttaaatgatggtaaatctagtttctcttacattgccattgtggatttcagGTGAAACAAATGTTAATTGCCCTT
TTATGCGAGTCAGAAATGAAATTAGCTGATGAGGTCATTGAGACGATTCTTGACAAGACATTTCAAGAAGCTGACGCAGATCAAGATGGGCGAATTGATCGAGATGAATGGCAAAAATTTGTATCTCATAATCCTTCGCTAATGAAGATAATGACTCTTCCTTATTTGAAGGATATCACCACAACATTTCCAAGTTTTGT
ATTTAATTCAGAAGTGGATGACATTGCCACGTGAGTCTCCGATGTGCATTTGGCATTAATCTTAATGAAATAAGCAGTCGAAGTGGTGAACTGTTTTTATTGTTTGTTTGTTTTAGTTATGAGCAACAGTTGCTAGATGGCCAAAGGTAAAGGGCACTTTCCTAAGATCCTTGGGATTATTCAGTGAATAGTGTGTACAT
GTCAGGTTCTTAAAATTTTAAAATATATTAGGTGTAAATTAATATAATTTTACTGTTTTTGTATTATTTTCATCCTACTGATCCTTGCCACGGAAAGAAATTGTGCACCTTCACAGGATTCATGCTGATGTCTATTAAAATGTAAGGTGGCAGATATTGCTTTATGTCCAGTAGTTTCTATTTAACATACTCTGCTGATT
GGTGTTAAGGGTACTTATTATCCCTTTTTCATAAAGGGGTTGTTATACCCGCTGGAAGTGAACTAAGACAAAGAAAGGTAGACATAACTGGTTTTTCATCCTACTCTAATTCCCAATAAAGTGTGTTGTCTACCTACTGTTCGGGTAGTTTTGCTTGTTTATTCATTATTCTGTGAAGGTGTGTATCCTTGAACCTTTTA
CTGTCTCATCTAGTCTTATTTAATGGATGAGATTTTGGGTGAAACGTACAGCAAATCCATGTGTGATATCTACCACCTATTGGTCCCAAGGATGAGCACAAAATCTGGTGGAAGTAATACTTGTACACGTGGACCAAATTCAGTACTTCAATTTCAAATTTTCACCTATAACGAGCTTGTACAGTTGTTCTCTTCACTAC
CATAGGTCCCATGGATGAGTATAAAATTTGGCAGAAGGAATACTTAAGAGTCATTTTAGATTCTGGAATTCAATACTTTAGTTTCAACTATAAATCAACTTGTACAGTTGCTTTTCTATGTCATAAAAGAATGGAGCTTTCTATAGACACAAACATCTGTGCATGTGTTACTTTTAATTTTTCGCTTATCTTGAGTAGTG
TACGAGTGAGAACAGAGTTGCTCCTAATACCTCATTGCATGGTAATTGGCATTCATTATACAGTGGCTGAATTTTATTCATAAACCATTAAGTCCTTCCCATCAAGTCAAAATATAGTGG