sp|Q8GRL7|TBCE_ARATH ----> Tubulin-folding cofactor E

Intron 1 GTACGGTTAA ... TCTTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.4	46	19	14
A2	13.64	19	2	4
A3	17.83	53	7	16
A4	12.4	53	3	12
A5	12.2	18	1	4
A6	8.64	37	4	3
A7	14.14	85	9	19
A8	11.11	48	6	6
A9	14.89	60	10	11
A10	18.37	60	10	17

>TRINITY_DN132155_c2_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

TGTGGAAAAAATAAAAAAGGGCCTAGAAGGCCTGAAGGACTTCTAAACTCTGATCATGAACAAGTATCCTTGGTCAAACTTTGTTGGCTCACTTGAAATCCAACTAAGTACAACTTAGTAGGCAACACCGAGTATTACAGTAATGTTAATAAATGATCAAGGTATGGCTTTAGCAATGATTACAAATACATTAATGATAC
ATATGAGTGTGTCGTGGCAACATTTGAAGAATACACCCTTAATTATAATAAATCTTTGTTTTTGAATTAACATCAGTAGTTGCTTGTGCTGATGTTATATCTGTAGAATGATGAATGAATCATAAGTGTGTGGTAAAGTATCTGCTATCCTTATTAACATTTCCACATTTTTTATAGTCGATTTATTTGCAGTTGTGTCT
AGTTGGTTGCACACAGGAAAGTAAATAAATCCAGAAATTCTTGTTTCTAACTTGAATCACAGATTGCCATGTTATAACAGGCAGTGGGTCTTATTTATGAAGAGCTTCCAGCCCTTAAATTTCTTGATCTGAGTAACAATCGTCTGAGGACCGGGACAGATTCTTTGCCTATATTTTACAATCTCCGGACGTTGGTTCTT
AATAATTGTGGCATAGCTTGGAAGCAGGTGGAGAGGCTAAAAGGATCCCTTCCCGCTATTGAAGAACTCCATCTTGGTGGGAATAGGTTAAGAACTATTGAGCCTTTAGGTGAAGATGCATATCTGAGCTCTGATTCATCACCAAGTATGTTTGTTCAAGGATTCAATTCCTTGCGGCTTTTGAGTCTGGAAGGAAATGA
AATAGAGAGCTGGGAAGAAACTGTGAAACTTTCGCAGCTTACCAGATTGGAACAACTTCATCTGAGTAATAACATGCTGAAACACATAATTTATCTTCAACCTCAGAAGTCAGATCATTGTTTATCAAATGGACACGAGCCACAGAATGGTCAGCAAAAACCATTTCAAAATTTGCGTTGTCTTCTTCTTGGTGGAAATA
AAATTGAGGATTGGACTTCTATAGATGCACTGAATCTATTTCCTAGCTTGACGGTATGTACGGTTTGTTATGACCACAGTGCAAGGAAAAAGTGAAGAAGAGATTGCACGAGAACACCCAAGGTAATGTAGAGTGAAATTTTTTAGATTATACAGTTAGTCATACCTTGAAATTGAAAAAGGATTCCTAAGATACTAATA
TTCAAGCCAACCTAATATCTGGACAGGTTTGCTGAGCTCAAAGCTCAGCATGATATTTCTGATGAAAGATGCCCAGTTGGAGTAACTGGACCTCAGAAAATGGCAGCTGGACTTCTTTCAATCACATTGACATATGTAGGAGCAAGTGCTGGTGAAAAGGCTCCAATAACAAAGAAGCTACCAGCTACAACAACAGTTGG
AAAGCTGAAACTGCTTTGTCAAGGTTTCTTTAAATTGACACCTATCAAACAAAGATTGTTTCTTCAAGAACAGGACTCTCCAATTCCAACTCCATTGAATGATGACATGGAAACACTAGGAGATTTGGGGATTGGGCCGAGTGGAGGGAATATTCTGGTTGATGAAGTAGAAAATTGCTAATTGGCTATAGTATTCTCGT
GGAATGTTAGTTCGTTTCATCATCGTTTTTATAAGAAGTCTCCATGGACATTCTTACTAGACTCTATATAATTGCTTAAAAATGTCTTT

>TRINITY_DN132155_c2_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTCTATAGATGCACTGAATCTATTTCCTAGCTTGACGCCTTTAGGTGAAGATGCATATCTGAGCTCTGATTCATCACCAAGTATGTTTGTTCAAGGATTCAATTCCTTGCGGCTTTTGAGTCTGGAAGGAAATGAAATAGAGAGCTGGGAAGAAACTGTGAAACTTTCGCAGCTTACCAGgtacggttaaaaaaattac
gtattggttagtgagtaaatttgaaaacattttgaatatctgtctaatattctcttcttcagATTGGAACAACTTCATCTGAGTAATAACATGCTGAAACACATAATTTATCTTCAACCTCAGAAGTCAGATCATTGTTTATCAAATGGACACGAGCCACAGAATGGTCAGCAAAAACCATTTCAAAATTTGCGTTGTCT
TCTTCTTGGTGGAAATAAAATTGAGGATTGGACTTCTATAGATGCACTGAATCTATTTCCTAGCTTGACGGTAAGCATTTTTTTAATTGTTTTCTGAGTTTGATATGAACATCAAAGTAGATGTAGTTTTCTGCAGCTGGATTTTGGATTAACAAAGAAGTTTGAGAAGGTTCAAGAATCATATTTGCTTCCTTTTGCAT
CATAGCTAATTTCCATTGTTGTCTAACTTGTCCGAGTTACTTGGAATCGACCGAGTTTGACTCTGTTAGAGCTGAAAAATGATAAATCAGTTGAGTCAGGATGTGACTCCGTTGATTCAGCATTT

Intron 2 GTAATGTAGA ... ATCTGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.46	41.5	8	28
A2	32.81	26.8	5	13
A3	36.06	35.8	1	20
A4	30.39	25.3	5	11
A5	19.83	12.3	1	3
A6	28.51	93	7	37
A7	30.14	130.8	4	56
A8	31.57	154.5	10	71
A9	34.1	136.3	4	70
A10	31.85	86	4	40

>TRINITY_DN132155_c2_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

AATTTGTTCCATGTATCTCTTGAGTATGCGGGAGTCAGTGAACCTGGACCAGTGCATGAGATTCATGGCATTCTACCAAATTGCCATGTTATAACAGGCAGTGGGTCTTATTTATGAAGAGCTTCCAGCCCTTAAATTTCTTGATCTGAGTAACAATCGTCTGAGGACCGGGACAGATTCTTTGCCTATATTTTACAATC
TCCGGACGTTGGTTCTTAATAATTGTGGCATAGCTTGGAAGCAGGTGGAGAGGCTAAAAGGATCCCTTCCCGCTATTGAAGAACTCCATCTTGGTGGGAATAGGTTAAGAACTATTGAGCCTTTAGGTGAAGATGCATATCTGAGCTCTGATTCATCACCAAGTATGTTTGTTCAAGGATTCAATTCCTTGCGGCTTTTG
AGTCTGGAAGGAAATGAAATAGAGAGCTGGGAAGAAATTGTGAAACTTTCTCAGCTTACCAGATTGGAACAACTTCATCTGAGTAATAACATGCTGAAACACATAATTTATCTTCAACCTCAGAAGTCAGATCATTGTTTATCAAATGGACACGAGCCACAGAATGGTCAGCAAAAACCATTTCAAAATTTGCGTTGTCT
TCTTCTTGGTGGAAATAAAATTGAGGATTGGACTTCTATAGATGCACTGAATCTATTTCCTAGCTTGACGGACGTACGACTTTCCGATAATCCAATTAGTAATCCCACTAAAGGAGGTGCATTGCGTTACATTTTGATTGCACGCTTGTCAAAGATTACAATCTTGAATGGAAGTGAGGTAAAACAACGTGAAAGAAAAG
ATTCTGAGATCAGGTATGTACGGTTTGTTATGACCACAGTGCAAGGAAAAAGTGAAGAAGAGATTGCACGAGAACACCCAAGGTTTGCTGAGCTCAAAGCTCAGCATGATATTTCTGATGAAAGATGCCCAGTTGGAGTAACTGGACCTCAGAAAATGGCAGCTGGACTTCTTTCAATCACATTGACATATGTAGGAGCA
AGTGCTGGTGAAAAGGCTCCAATAACAAAGAAGCTACCAGCTACAACAACAGTTGGAAAGCTGAAACTGCTTTGTCAAGGTTTCTTTAAATTGACACCTATCAAACAAAGATTGTTTCTTCAAGAACAGGACTCTCCAATTCCAACTCCATTGAATGATGACATGGAAACACTAGGAGATTTGGGGATTGGGCCGAGTGG
AGGGAATATTCTGGTTGATGAAGTAGAAAATTGCTAATTGGCTATAGTATTCTCGTGGAATGTTAGTTCGTTTCATCATCGTTTTTATAAGAAGTCTCCATGGACATTCTTACTAGACTCTATATAATTGCTTAAAAATGTCTTTGTGCCTGGTAACACTATTTACACAATGTTAATAATATTGCGTTCTCCATGTTAGG
AACAGTTATCTGAGCATAACAAAAGCAAATGAACACTGTAGTCGAGAGATGCTGGGACCTCTCGCTCTAAATAGTTAATGCGGATAAATTGACTGCCAAGTGCAGAATTGCCTATTCCGAAACGACATTGGTCAGAAGTGGGCTTTTGGTGTTGCACCGGAAGATAGATTATCTAATGAAAACAAACAAAGAGAAAATAT
GCCGAATAGGGTATCTATGACTTGCTTGATTTGATAAGAGACACTCATTAATATGGGGAGCTTTCTCTATTGGATGTCTTAGTTGTTGAATCTTACTAAATATAAATTTAAATGAAATTTTGGCATATGACTTGATTGATTGAACCTTTTTGTAGGTGTTGCTACTAACAATTGTGGAGAGGCTTAATTTTGTAACTGCA
TCGAGAAAAGAGTGATTTAGTTCCCAGTACCGGAAGATAGATTATCTAATGAAAACAAACAAAGAGAAAATATGCCGA

>TRINITY_DN132155_c2_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGTGGAAAAAATAAAAAAGGGCCTAGAAGGCCTGAAGGACTTCTAAACTCTGATCATGAACAAGTATCCTTGGTCAAACTTTGTTGGCTCACTTGAAATCCAACTAAGTACAACTTAGTAGGCAACACCGAGTATTACAGTAATGTTAATAAATGATCAAGGTATGGCTTTAGCAATGATTACAAATACATTAATGATAC
ATATGAGTGTGTCGTGGCAACATTTGAAGAATACACCCTTAATTATAATAAATCTTTGTTTTTGAATTAACATCAGTAGTTGCTTGTGCTGATGTTATATCTGTAGAATGATGAATGAATCATAAGTGTGTGGTAAAGTATCTGCTATCCTTATTAACATTTCCACATTTTTTATAGTCGATTTATTTGCAGTTGTGTCT
AGTTGGTTGCACACAGGAAAGTAAATAAATCCAGAAATTCTTGTTTCTAACTTGAATCACAGATTGCCATGTTATAACAGGCAGTGGGTCTTATTTATGAAGAGCTTCCAGCCCTTAAATTTCTTGATCTGAGTAACAATCGTCTGAGGACCGGGACAGATTCTTTGCCTATATTTTACAATCTCCGGACGTTGGTTCTT
AATAATTGTGGCATAGCTTGGAAGCAGGTGGAGAGGCTAAAAGGATCCCTTCCCGCTATTGAAGAACTCCATCTTGGTGGGAATAGGTTAAGAACTATTGAGCCTTTAGGTGAAGATGCATATCTGAGCTCTGATTCATCACCAAGTATGTTTGTTCAAGGATTCAATTCCTTGCGGCTTTTGAGTCTGGAAGGAAATGA
AATAGAGAGCTGGGAAGAAACTGTGAAACTTTCGCAGCTTACCAGATTGGAACAACTTCATCTGAGTAATAACATGCTGAAACACATAATTTATCTTCAACCTCAGAAGTCAGATCATTGTTTATCAAATGGACACGAGCCACAGAATGGTCAGCAAAAACCATTTCAAAATTTGCGTTGTCTTCTTCTTGGTGGAAATA
AAATTGAGGATTGGACTTCTATAGATGCACTGAATCTATTTCCTAGCTTGACGGTATGTACGGTTTGTTATGACCACAGTGCAAGGAAAAAGTGAAGAAGAGATTGCACGAGAACACCCAAGgtaatgtagagtgaaattttttagattatacagttagtcataccttgaaattgaaaaaggattcctaagatactaata
ttcaagccaacctaatatctggacagGTTTGCTGAGCTCAAAGCTCAGCATGATATTTCTGATGAAAGATGCCCAGTTGGAGTAACTGGACCTCAGAAAATGGCAGCTGGACTTCTTTCAATCACATTGACATATGTAGGAGCAAGTGCTGGTGAAAAGGCTCCAATAACAAAGAAGCTACCAGCTACAACAACAGTTGG
AAAGCTGAAACTGCTTTGTCAAGGTTTCTTTAAATTGACACCTATCAAACAAAGATTGTTTCTTCAAGAACAGGACTCTCCAATTCCAACTCCATTGAATGATGACATGGAAACACTAGGAGATTTGGGGATTGGGCCGAGTGGAGGGAATATTCTGGTTGATGAAGTAGAAAATTGCTAATTGGCTATAGTATTCTCGT
GGAATGTTAGTTCGTTTCATCATCGTTTTTATAAGAAGTCTCCATGGACATTCTTACTAGACTCTATATAATTGCTTAAAAATGTCTTT

Intron 3 GTGAGGACCA ... TCTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.07	33	20	7
A2	30.7	19.3	10	7
A3	27.88	32.5	17	8
A4	31.85	18.3	12	5
A5	37.5	8.8	6	4
A6	35.54	71.3	49	28
A7	26.11	108.8	57	19
A8	32.92	116.3	74	39
A9	28.39	127.3	68	32
A10	27.3	56.3	30	12

>TRINITY_DN132155_c2_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

AATTTGTTCCATGTATCTCTTGAGTATGCGGGAGTCAGTGAACCTGGACCAGTGCATGAGATTCATGGCATTCTACCAAATTGCCATGTTATAACAGGCAGTGGGTCTTATTTATGAAGAGCTTCCAGCCCTTAAATTTCTTGATCTGAGTAACAATCGTCTGAGGACCGGGACAGATTCTTTGCCTATATTTTACAATC
TCCGGACGTTGGTTCTTAATAATTGTGGCATAGCTTGGAAGCAGGTGGAGAGGCTAAAAGGATCCCTTCCCGCTATTGAAGAACTCCATCTTGGTGGGAATAGGTTAAGAACTATTGAGCCTTTAGGTGAAGATGCATATCTGAGCTCTGATTCATCACCAAGTATGTTTGTTCAAGGATTCAATTCCTTGCGGCTTTTG
AGTCTGGAAGGAAATGAAATAGAGAGCTGGGAAGAAATTGTGAAACTTTCTCAGCTTACCAGATTGGAACAACTTCATCTGAGTAATAACATGCTGAAACACATAATTTATCTTCAACCTCAGAAGTCAGATCATTGTTTATCAAATGGACACGAGCCACAGAATGGTCAGCAAAAACCATTTCAAAATTTGCGTTGTCT
TCTTCTTGGTGGAAATAAAATTGAGGATTGGACTTCTATAGATGCACTGAATCTATTTCCTAGCTTGACGGACGTACGACTTTCCGATAATCCAATTAGTAATCCCACTAAAGGAGGTGCATTGCGTTACATTTTGATTGCACGCTTGTCAAAGATTACAATCTTGAATGGAAGTGAGGTAAAACAACGTGAAAGAAAAG
ATTCTGAGATCAGGTATGTACGGTTTGTTATGACCACAGTGCAAGGAAAAAGTGAAGAAGAGATTGCACGAGAACACCCAAGGTTTGCTGAGCTCAAAGCTCAGCATGATATTTCTGATGAAAGATGCCCAGTTGGAGTAACTGGACCTCAGAAAATGGCAGCTGGACTTCTTTCAATCACATTGACATATGTAGGAGCA
AGTGCTGGTGAAAAGGCTCCAATAACAAAGAAGCTACCAGCTACAACAACAGTTGGAAAGCTGAAACTGCTTTGTCAAGGTTTCTTTAAATTGACACCTATCAAACAAAGATTGTTTCTTCAAGAACAGGACTCTCCAATTCCAACTCCATTGAATGATGACATGGAAACACTAGGAGATTTGGGGATTGGGCCGAGTGG
AGGGAATATTCTGGTTGATGAAGTAGAAAATTGCTAATTGGCTATAGTATTCTCGTGGAATGTTAGTTCGTTTCATCATCGTTTTTATAAGAAGTCTCCATGGACATTCTTACTAGACTCTATATAATTGCTTAAAAATGTCTTTGTGCCTGGTAACACTATTTACACAATGTTAATAATATTGCGTTCTCCATGTTAGG
AACAGTTATCTGAGCATAACAAAAGCAAATGAACACTGTAGTCGAGAGATGCTGGGACCTCTCGCTCTAAATAGTTAATGCGGATAAATTGACTGCCAAGTGCAGAATTGCCTATTCCGAAACGACATTGGTCAGAAGTGGGCTTTTGGTGTTGCACCGGAAGATAGATTATCTAATGAAAACAAACAAAGAGAAAATAT
GCCGAATAGGGTATCTATGACTTGCTTGATTTGATAAGAGACACTCATTAATATGGGGAGCTTTCTCTATTGGATGTCTTAGTTGTTGAATCTTACTAAATATAAATTTAAATGAAATTTTGGCATATGACTTGATTGATTGAACCTTTTTGTAGGTGTTGCTACTAACAATTGTGGAGAGGCTTAATTTTGTAACTGCA
TCGAGAAAAGAGTGATTTAGTTCCCAGTACCGGAAGATAGATTATCTAATGAAAACAAACAAAGAGAAAATATGCCGA

>TRINITY_DN132155_c2_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGTGGAAAAAATAAAAAAGGGCCTAGAAGGCCTGAAGGACTTCTAAACTCTGATCATGAACAAGTATCCTTGGTCAAACTTTGTTGGCTCACTTGAAATCCAACTAAGTACAACTTAGTAGGCAACACCGAGTATTACAGTAATGTTAATAAATGATCAAGGTATGGCTTTAGCAATGATTACAAATACATTAATGATAC
ATATGAGTGTGTCGTGGCAACATTTGAAGAATACACCCTTAATTATAATAAATCTTTGTTTTTGAATTAACATCAGTAGTTGCTTGTGCTGATGTTATATCTGTAGAATGATGAATGAATCATAAGTGTGTGGTAAAGTATCTGCTATCCTTATTAACATTTCCACATTTTTTATAGTCGATTTATTTGCAGTTGTGTCT
AGTTGGTTGCACACAGGAAAGTAAATAAATCCAGAAATTCTTGTTTCTAACTTGAATCACAGATTGCCATGTTATAACAGGCAGTGGGTCTTATTTATGAAGAGCTTCCAGCCCTTAAATTTCTTGATCTGAGTAACAATCGTCTGAGGACCGGGACAGATTCTTTGCCTATATTTTACAATCTCCGGACGTTGGTTCTT
AATAATTGTGGCATAGCTTGGAAGCAGGTGGAGAGGCTAAAAGGATCCCTTCCCGCTATTGAAGAACTCCATCTTGGTGGGAATAGGTTAAGAACTATTGAGCCTTTAGGTGAAGATGCATATCTGAGCTCTGATTCATCACCAAGTATGTTTGTTCAAGGATTCAATTCCTTGCGGCTTTTGAGTCTGGAAGGAAATGA
AATAGAGAGCTGGGAAGAAATTGTGAAACTTTCTCAGCTTACCAGATTGGAACAACTTCATCTGAGTAATAACATGCTGAAACACATAATTTATCTTCAACCTCAGAAGTCAGATCATTGTTTATCAAATGGACACGAGCCACAGAATGGTCAGCAAAAACCATTTCAAAATTTGCGTTGTCTTCTTCTTGGTGGAAATA
AAATTGAGGATTGGACTTCTATAGATGCACTGAATCTATTTCCTAGCTTGACGGACGTACGACTTTCCGATAATCCAATTAGTAATCCCACTAAAGGAGGTGCATTGCGTTACATTTTGATTGCACGCTTGTCAAAGATTACAATCTTGAATGGAAGTGAGGTAAAACAACGTGAAAGAAAAGATTCTGAGATCAGGTAT
GTACGGTTTGTTATGACCACAGTGCAAGGAAAAAGTGAAGAAGAGATTGCACGAGAACACCCAAGGTTTGCTGAGCTCAAAGCTCAGCATGATATTTCTGATGAAAGATGCCCAGTTGGAGTAACTGGACCTCAGAAAATGGCAGCTGGACTTCTTTgtgaggaccaagttttacagccttatacatgaatactatgcct
tgtgcagtctgagtggtttgcagtgttaacaatatgttagtttgttaatatttttattacattcattcgtcttttgcagCAATCACATTGACATATGTAGGAGCAAGTGCTGGTGAAAAGGCTCCAATAACAAAGAAGCTACCAGCTACAACAACAGTTGGAAAGCTGAAACTGCTTTGTCAAGGTTTCTTTAAATTGAC
ACCTATCAAACAAAGATTGTTTCTTCAAGAACAGGACTCTCCAATTCCAACTCCATTGAATGATGACATGGAAACACTAGGAGATTTGGGGATTGGGCCGAGTGGAGGGAATATTCTGGTTGATGAAGTAGAAAATTGCTAATTGGCTATAGTATTCTCGTGGAATGTTAGTTCGTTTCATCATCGTTTTTATAAGAAGT
CTCCATGGACATTCTTACTAGACTCTATATAATTGCTTAAAAATGTCTTT