NA ----> NA

Intron 1 GTCTTTTCAG ... TCCATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.93	13	15	18
A2	58.33	5	12	2
A3	75	2	10	2
A4	52.94	4	7	2
A5	61.9	4	7	6
A6	71.43	1	4	1
A7	71.43	3	11	4
A8	55.93	13	18	15
A9	71.43	1	4	1
A10	54.55	5	9	3

>TRINITY_DN43387_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

AATTTGAAGTTGGGAATTCTGATGGGCCTTTAATCTTAGCGTTGCTACCAAATAAAATGACAATTTCGTGTCTTATTTTATACATCCATTTCAGGTCTTTTCATGCAGAAACTACATATATCTGAAATGCATTCATTTCAGGTCTTTTCATGCAGAAACTACATATATCTGAAATGCAGTTCGTTACCCAATTGCTTAAT
TGCTTTGGCTAGATCTCTCAACATTTGCCCCTTTTTAACTTTACTATGATGGTTGCCTTGTAAATTTATGTGATTGCCTTGTGATAATATTCACATTTCAGTTGCAGAACTCCGAAGATCTTCACTATGTGTTTCTTTCTTTCATAAGGTAAACTTGTAAATCGTGGATTATGACAGCGACTTAAAGGGTAATTATTATT
GTCTTTGTTGCGCTTTCTCATTATGCTATCTCTGCCATCTTAAGTATCATGACGAGCACCTCCACGGCACAATCGGTAAGCGGAGGAACTTAGTAGCAGGAAATTTGATCATGAGGAACTTCAATAATTTTCATCGTTGAAGTTGTACGAATGACATTATCTCGTATTGATGCACAACTAGCATTAAAAGAACGATGAGA
AAAATAAGCTATCATCGGTAAATAAATGCACAACTAGCATTGAAAGAACGATGAGAAAAATATGCTATCCTTGATAAATAAATGGTAGCCTTTTCTATAAATTAAATTTTCTTTTATAATTGGAGACTATTTTTGTTAAAGTTATAACATTATGAGTCATTCTTAC

>TRINITY_DN43387_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTGGAAGCCATTCATGACAAGTGGGGAACGTTAAATTCTCGATTTTACATGAATAGAGATAGGTCTAAATTAACATTTCCGTGTACATATGTAACTTTATTTATTGATTTAGAAGCATCTAAGTCTATTAATTTGAAGTTGGGAATTCTGATGGGCCTTTAATCTTAGCGTTGCTACCAAATAAAATGACAATTTCGTGT
CTTATTTTATACATCCATTTCAGgtcttttcaggcagaaactacatatatccgaaatgcatccatttcagGTCTTTTCATGCAGAAACTACATATATCTGAAATGCATTCATTTCAGGTCTTTTCATGCAGAAACTACATATATCTGAAATGCAGTTCGTTACCCAATTGCTTAATCGCTTTGGCTAGAGCTCTCAACAT
TTGCCCTTTTTTAACTTTACTATGATGGTTGCCTTGTAAATTTATGTGATTGCCTTGTGATAATATTCACATTTCAGTTGCAGAACTCCGAAGATCTTCACTATGTGTTTCTTTCTTTCATAAGGTAAACTTGTAAATCGTGGATTATGACAGCGACTTAAAGGGTAATTATTATTGTCTTTGTTGCGCTTTCTCATTAT
GCTATCTCTGCCATCTTAAGTATCATGACGAGCACCTCCACGGCACAATCGGTAAGCGGAGGAACTTAGTAGCAGGAAATTTGATCATGAGGAACTTCAATAATTTTCATCGTTGAAGTTGTACGAATGACATTATCTCGTATTGATGCACAACTAGCATTAAAAGAACGATGAGAAAAATAAGCTATCATCGGTAAATA
AATGCACAACTAGCATTGAAAGAACGATGAGAAAAATATGCTATCCTTGATAAATAAATGGTAGCCTTTTCTATAAATTAAATTTTCTTTTATAATTGGAGACTATTTTTGTTAAAGTTATAACATTATGAGTCATTCTTAC

Intron 2 GTCAAGTCTG ... TTCATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.74	51	51	35
A2	31.17	106	63	33
A3	18.99	96	24	21
A4	30.54	58	31	20
A5	29.17	34	21	7
A6	12.4	749	85	127
A7	13.4	698	89	127
A8	16.15	662	114	141
A9	12.48	575	53	111
A10	12.48	477	78	58

>TRINITY_DN124118_c5_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGATTTCGATGGAAAGGGATGGACGAATTGTATCGATAAATGTTACAGTGGAGGATTTCGATGGAAAGGGATGGACGAATTGTATCGATAAATGTTACAGTGGAGGATTTCGATGGAAAGGGATGGATGAATTGTATCGATAAATGCACCGTGAATATGATGCAGACCGAGAGTAGCAAACAAAGGTCTTTTCATGCAGA
AACTACAGATATCTGAAATGCAGTTCGTTACCCAATTGCTTAATTGCTTTGGCTAGAGCTCTCAACATTTGCCCTTTTTTAACTTTACTATGATGGTTGCCTTGTAAATTTATGTGATTGCCTTGTGATAATATTCACATTTTAGTTGCAGAACTCCGAAGATCTGCACTAAGCGTTTCTTTCTTTCTTAAGGTAAACTT
GTAAATCGTGGATTATGACAGCGACTTAAAGGGTAATTATTATTGTCTTTGTTGTGCTTTCTCATTATTCTATCTCTGCCATCTTGAGTATCATGACGAGCACCTCCACGGAACAATCGGTAAGCGGAGGAACTTAGTAGCAGGAAATTTGATCATGAGGAACTTCAATAATTTTCATCGTTGAAGTTGTACGAATGACA
TTATCTCGTATTGATGCACAACTAGCATTAAAAGAACGATGAGAAAAATAAGCTATCATCGGTAAATAAATGCACAACTAGCATTGAAAGAACGATGAGAAAAATATGCTATCCTTGATAAATAAATGGTAGCCTTTTCTATAAATTAAATTTTCTTTTATAATTGGAGACTATTTTTGTTAAAGTTATAACATTATGAG
TCATTCTTACAGTCAATTTTGTGTGTTAATATTGAGTCTCGTGTGTCGAGGTAGTGTCTTATAGGAGCTTCAATTGGACTTAGGAAACTTGGAG

>TRINITY_DN124118_c5_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGATTTCGATGGAAAGGGATGGACGAATTGTATCGATAAATGTTACAGTGGAGGATTTCGATGGAAAGGGATGGACGAATTGTATCGATAAATGTTACAGTGGAGGATTTCGATGGAAAGGGATGGATGAATTGTATCGATAAATGCACCGTGAATATGATGCAGACCGAGAGTAGCAAACAAAGgtcaagtctggaagg
ggaacgttaaattctcgattttacataatagagataggtctaaattaacatttccgtgtacatatgtaactttatttattgatttagaagcatctaagtctattgatttgaagttgggaattctgatgggcctttaatcttagggttgctaccaaataaaatgacaatttcgtgtcttattttatacatccatttcaggt
cttttcatgcagaaactacatatatctgaaatgcattcatttcagGTCTTTTCATGCAGAAACTACATATATCTGAAATGCAGTTCGTTACCCAATTGCTTAATTGCTTTGGCTAGAGCTCTCAACATTTGCCCTTTTTTAACTTTACTATGATGGTTGCCTTGTAAATTTATGTGATTGCCTTGTGATAATATTCACAT
TTTAGTTGCAGAACTCCGAAGATCTGCACTAAGCGTTTCTTTCTTTCTTAAGGTAAACTTGTAAATCGTGGATTATGACAGCGACTTAAAGGGTAATTATTATTGTCTTTGTTGTGCTTTCTCATTATTCTATCTCTGCCATCTTGAGTATCATGACGAGCACCTCCACGGAACAATCGGTAAGCGGAGGAACTTAGTAG
CAGGAAATTTGATCATGAGGAACTTCAATAATTTTCATCGTTGAAGTTGTACGAATGACATTATCTCGTATTGATGCACAACTAGCATTAAAAGAACGATGAGAAAAATAAGCTATCATCGGTAAATAAATGCACAACTAGCATTGAAAGAACGATGAGAAAAATATGCTATCCTTGATAAATAAATGGTAGCCTTTTCT
ATAAATTAAATTTTCTTTTATAATTGGAGACTATTTTTGTTAAAGTTATAACATTATGAGTCATTCTTACAGTCAATTTTGTGTGTTAATATTGAGTCTCGTGTGTCGAGGTAGTGTCTTATAGGAGCTTCAATTGGACTTAGGAAACTTGGAG