NA ----> NA

Intron 1 GTGAGTTTTA ... TGTTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.19	61.5	57	72
A2	47.03	53.5	40	55
A3	56.02	58.5	67	82
A4	45.47	39	33	32
A5	42.59	44.5	34	32
A6	23.51	96	27	32
A7	19.88	254	62	64
A8	19.05	353	87	79
A9	17.74	236.5	43	59
A10	18.2	209	44	49

>TRINITY_DN44579_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

ATTGCAGGTGAATTTCAGCCACTACGGAGTTGCAGGTTTGTATTGAGGAGTTTTTATTTGTGTTGAAGTGCATGGCAAAAATGAAGACAATTAGAAATGGTAGATGAATAGAGGATTTTTTTGACCTATGCAAACATGGTTATGCCATAGGGGATTTCTTAGTTGCGTTGAATTGCATGGTAAATGAAGACTTAGAAAGG


GTAAATGAGTGGAAGATTTTTTTGACCAAAAGTAAGATGCAAGGGAAGATGAAAAATATGCTTTAACAAACAGCATTATGTGAAAATGAAGATGAAGATTACTAAGTATTAACTTATGTTAACTTATGAGAATGCAATCTTCTATTTTAAACTGTAAATTCTATTATTTGTATGTAACACTAAACTCTCTATATTAATAA
AATTATTAATTTTCTTTTTGAGAAAGGGCAAATCCCTTTCTCAAAACTCTCAAAGGATAGCTATTATGGCCAAAGCTATCTTTGAGAGGTCTATTCTTTGACTGTGTTTCCAGTTTTAAATTTTTAATTTTTTTGTTGTTTCTTATTGTTATTTGGTAATTTAATATATGTTGTAATTTTTATTTGAAAG

>TRINITY_DN44579_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATTGCAGGTGAATTTCAGCCACTACGGAGTTGCAGGTTTGTATTGAGGAGTTTTTATTTGTGTTGAAGTGCATGGCAAAAATGAAGACAATTAGAAATGGTAGATGAATAGAGGATTTTTTTGACCTATGCAAACATGGTTATGCCATAGGGGATTTCTTAGTTGCGTTGAATTGCATGGTAAATGAAGACTTAGAAAGG


gtgagttttatttttactctttatcatatattatttttaaaaacattattagtttattaattaataattttgttttgttgaacagGTAAATGAGTGGAAGATTTTTTTGACCAAAAGTAAGATGCAAGGGAAGATGAAAAATATGCTTTAACAAACAGCATTATGTGAAAATGAAGATGAAGATTACTAAGTATTAACTT
ATGTTAACTTATGAGAATGCAATCTTCTATTTTAAACTGTAAATTCTATTATTTGTATGTAACACTAAACTCTCTATATTAATAAAATTATTAATTTTCTTTTTGAGAAAGGGCAAATCCCTTTCTCAAAACTCTCAAAGGATAGCTATTATGGCCAAAGCTATCTTTGAGAGGTCTATTCTTTGACTGTGTTTCCAGTT
TTAAATTTTTAATTTTTTTGTTGTTTCTTATTGTTATTTGGTAATTTAATATATGTTGTAATTTTTATTTGAAAG

Intron 2 GTGAATTTCA ... GGAGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.14	27	26	49
A2	64.29	20	28	44
A3	62.59	26	34	53
A4	56.82	19	17	33
A5	60	19	20	37
A6	70.25	36	73	97
A7	57.75	124	123	216
A8	58.79	136	143	245
A9	66.06	75	119	173
A10	57.11	83	81	140

>TRINITY_DN44579_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

AGATAAGGCAAAGACGTATATGTAGAAGAATTTCAACTACCGCAGAATTTCCAGATTGCAGGGAGATGAATAGAGGATTTTTTGACCTATGCAAACATGGTTATGCCATAGGGGATTTCTTAGTTGCGTTGAATTGCATGGTAAATGAAGACTTAGAAAGGGTAGATGAGTGGAAGATTTTTTTGACCAAAAGTAAGATG
CAAGGGAAGATGAAAAATATGCTTTAACAAACAGCATTATGTGAAAATGAAGATGAAGATTACTAAGTATTAACTTATGTTAACTTATGAGAATGCAATCTTCTATTTTAAACTGTAAATTCTATTATTTGTATGTAACACTAAACTCTCTATATTAATAAAATTATTAATTTTCTTTTTGAGAAAGGGCAAATCCCTTT
CTCAAAACTCTCAAAGGATAGCTATTATGGCCAAAGCTATCTTTGAGAGGTCTATTCTTTGACTGTGTTTCCAGTTTTAAATTTTTAATTTTTTTGTTGTTTCTTATTGTTATTTGGTAATTTAATATATGTTGTAATTTTTATTTGAAAG

>TRINITY_DN44579_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AGATAAGGCAAAGACGTATATGTAGAAGAATTTCAACTACCGCAGAATTTCCAGATTGCAGgtgaatttcagccactgcggagttgcagGGAGATGAATAGAGGATTTTTTGACCTATGCAAACATGGTTATGCCATAGGGGATTTCTTAGTTGCGTTGAATTGCATGGTAAATGAAGACTTAGAAAGGGTAGATGAGTG
GAAGATTTTTTTGACCAAAAGTAAGATGCAAGGGAAGATGAAAAATATGCTTTAACAAACAGCATTATGTGAAAATGAAGATGAAGATTACTAAGTATTAACTTATGTTAACTTATGAGAATGCAATCTTCTATTTTAAACTGTAAATTCTATTATTTGTATGTAACACTAAACTCTCTATATTAATAAAATTATTAATT
TTCTTTTTGAGAAAGGGCAAATCCCTTTCTCAAAACTCTCAAAGGATAGCTATTATGGCCAAAGCTATCTTTGAGAGGTCTATTCTTTGACTGTGTTTCCAGTTTTAAATTTTTAATTTTTTTGTTGTTTCTTATTGTTATTTGGTAATTTAATATATGTTGTAATTTTTATTTGAAAG

Intron 3 GTGAGTGTTA ... TGTTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.34	39.5	19.5	45
A2	58.91	23	14.5	33
A3	56.64	24.5	12.5	32
A4	55.76	28.5	14.5	36
A5	52.68	22	5	24.5
A6	43.87	32	0	25
A7	44.14	128.5	10.5	101.5
A8	39.64	145.5	8.5	95.5
A9	46.95	77	11	68
A10	40.13	95.5	6	64

>TRINITY_DN133633_c2_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

AATTATTTTGGGTTCAAATCTGTGTTACATTTTTATAATGGGTAGTGAAGTTTATTGTTTATTTGTTTTGCTTGTTTATAACAATTATTTTTGTATTTTAGAGTTTTCTTTTTAGTGTGATTTTTTGACGAGTTTTTTTCTTTTTGTTTAATTGGAATAGAGAAAGGGTGTAGACAAGATATAGATTTATGGATGATAAA
AAAACAAAGAAGCTACTTTCAAAGCAAAGCAAGATGAGGAGAACATGGATAATTTTGAATTTTTTTTTCTTGTATTATGTTGAATAGTATGGTTGCAATGTTAATGAAGTTGTGTTATATCCAGGTGTGTATTGAGGAGTTTTTATTTGTGTTGAAGTGCATGGCAAAAATGAAGACAATTAGAAATGGTAGATGAATAG
AGGATTTTTTTGACCTATGCAAACATGGTTATGCCATAGGGGATTTCTTAGTTGCGTTGAATTGCATGGTAAATGAAGACTTAGAACAGGTAAATGAGTGGAAGATTTTTTTGACCAAAAGTAAGATGCAAGGGAAGATGAAAAATATGCTTTAACAAACAGCATTATGTGAAAATGAAGATGAAGATTACTAAG

>TRINITY_DN133633_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGAGTTTGCAATGTTCTAATGAAGTTGTGTTATATGCAGGTTTGTATTGAGGAGTTTTTATTTGTGTTGAAGTGCATGGCAAAAATGAAGACAATTAGAAATGgtgagtgttattttattcatatattattttaaaaaaaacataagtttattaatggattattttgttctgtttaacagGTAGATGAATAGAGGATTTT
TTTGACCTATGCAAACATGGTTATGCCATAGGGGATTTCTTAGTTGCGTTGAATTGCATGGTAAATGAAGACTTAGAACAGGTAAATGAGTGGAAGATTTTTTTGACCAAAAGTAAGATGCAAGGGAAGATGAAAAATATGCTTTAACAAACAGCATTATGTGAAAATGAAGATGAAGATTACTAAG