sp|Q9C5X3|KEULE_ARATH ----> SNARE-interacting protein KEULE


Intron 1 GTATTAAAGA ... TGATGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126.1830.2101
A241.415101
A319.9237.880
A431.5715.672
A517.6214.234
A6404.630
A722.9117.450
A817.1510.620
A931.6224.6110
A100900



>TRINITY_DN104771_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform
GGGGAGCGAGGATTGGATTCTGACGTGGAAAGAAATGGAAAAGTAGGAATAACGCGAACGGGAGGAAGGGAGCGTGGGTTGATGGAAGGCAGCGTATAATACCTTCACGAATTCATTTGTAAGAAGAGTGTGTATGTTTAAGACAGTGTGGGTCGGTGCGAGGGTTAGAAGGCTTCATATCCCTTCCTCGACAATTCGGA
GGGAGCCACCAATCAGCGAGACATGGCAGACAATGGAGCTTCCTCCTCCTCCCATGGCTCCTCGAGATCATTCCGCAGCATTACAAGGGACAGATTGCTGCATGAAATGCTCCGATCAACAAGGAAAGGTGGATCAAAGCCAGATTGGAAGGTGCTTATCATGGACAAATTAACTGTCAAAGTGATGTCCTATTCTTGCA
AGATGGCTGATATAACTGATGAAGGCATCTCATTGGTTGAGGACTTGAGTAAGCGGAGGCAGCCCCTTCCTGCTATGGAGGTTGTCTATTTTATTCAACCAACAAGGGAAAGTGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATATGTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGAC
TTACTCCAACTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATATCTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTACCTAGCTATTGATACTCAGGGATTTTCTACAGATAATGAGAGGGCACTTGAGCAACTATTTGCAGAGCAGAGTGAGAAAACTCAAGACTATAAAGTTTGCATTGACAGCATGGCATGTCGACTTGC
CACTGTTTTTGCATCTATGAAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTGTGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCACAGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTG
ATCGATCGATTGATCCGATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACATACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAATGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTCGCAGAAGCA
AGCTTGCGGTTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAACAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGGAGGGGAATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAA
AGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTACCCTCCATTCCAAGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAA
TGGAGGCAGATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATT
CGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACAGTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGAAAAACTCTGCTTTAAGAAAGGAGAGAGATGATGGTGAGAAAGCATGGGAACTCT
CTCGATTCTATCCAGTGATTGAGGAACTGATTGAAAACCTAGCCAAAGGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCATTTGTGACGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGCCCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGT
CAATCAGATGATGGTTATTCTAGTGAATCTAGTTTGAGGCATGCCATAAGTGATCCCAAGATTCTGGGGAAGCGCATTTTTGTATTTATTATTGGAGGAGCTACTCGTTCTGAGCTGCGCACTGTACATAAGCTCACTGAACAATTGAAGAGGGAAGTTGTGTTGGGCTCAACAAGTGTGGATGATCCTCACCAGTTTAT
TACGAAATTGAAATTGCTCGGTGATGTTGAGAATCTTTCTGTGGATGATCTTCATATTTGATTTGACAAGAATATATGAAGGAAGGAACACATCAAGCTTATTTGGCTATCACCATGCTATCAGGGGATCTTTTTTAAAATAGCAACCTCTGTTCTTGTAACCAGAGTTAGTTTCTGTATATTGATGAACTGTGAGTATT
TTACATCTCCAAATGTCCGCTGGAAGATTGAATTATGTCAGTGTAAATTCATTTCATGTTAAACGGTATCCATTTATATTTGCAAAGGTTGTTTGTAATAAGTGATTATGGAGTCTGAAAATGAAGCCTTTGTAAACTACTCAAATCAACAGAGATGGAAATCTCACGGCATGTAGGATATTCAGCTCCTCTTTATTTTC
TGGTCAACGACATGTCAGATGTAGTACATTTTACTTGTTCCATATTGGAGTGATCTTACATTTGAATTTGTTTGGTCCTGTGAGTGAGAAATCCAGAAGAGATAATTTGGAGCCTGATATTGATGGAGATGATCAAAGATGTTGCATTTATGTCAGATGTTTACTACTGCAGCACCAGGACC


>TRINITY_DN104771_c0_g1_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GCTTCCAGAACATCCTTTTTTGCATTAATAGCTGTCCTCTTTTAACCCTGTTGCTTCTTTTGTGCAGTGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATATGTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGACTTACTCCAACTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATA
TCTGCTTTGAGAGAGgtattaaagagtcacatttctcatttatccagggaggactgaatagttgtcagaaaagaatgaccttcttgaggcatgcattgtaaagttgatcatgaatgttgaggatccggagtatgctttattcataaatgatctcattttctattgttcatgatgtgcagATGAATTTGGAGTACCTAGCT
ATTGATACTCAGGTATTGTTTTATGCTTAGTTATAGGAATGCTATTTCGCTTTAGAAAACACGTTTAGTTTACTTTATCATGTAGTTGCTCCAAGAAAAGAATCCTTTTCCTCAAATCCTATTATTATTTTGTGTTTAGGGTAGTATTCTTCATTATCATATTGTCCTCCCTCATGGAAAAATATGGGGGATTTTGCTCC
GGGGGAGGATGATGGGGTGCAGTATTATATCTTGATTCTTTACTTCTGCTTATAAGAGAACATATATTATTGTTATTTTCATGTTTTCTTTCTATATCTATATATTCTG




Intron 2 GTAATGGTCT ... CCTTTCTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A19.56344.63.6
A214.0751.77.28.6
A318.79419.49.8
A415.5152129.8
A523.57223.27
A614.03593.210.8
A712.1910210.815.6
A813.43523.69
A99.1378108.4
A1010.27633.67.8



>TRINITY_DN122225_c3_g3_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
GCGAGGATTGGATTCTGACGTGGAAAGAAATGGAAAAGTAGGAATAACGCGAACGGGAGGAAGGGAGCGTGGGTTGATGGAAGGCAGCGTATAATACCTTCACGAATTCATTTGTAAGAAGAGTGTGTATGTTTAAGACAGTGTGGGTCGGTGCGAGGGTTAGAAGGCTTCATATCCCTTCCTTGACAATTCGGAGGGAG
CCACCAATCAGAGAGACATGGCAGACAATGGAGCTTCCTCCTCCTCCCATGGCTCCTCGAGATCATTCCGCAGCATTACAAGGGACAGATTGCTGCATGAAATGCTCCGATCAACAAGGAAAGGTGGATCAAAGCCAGATTGGAAGGTGCTTATCATGGACAAATTAACTGTCAAAGTGATGTCCTATTCTTGCAAGATG
GCTGATATAACTGATGAAGGCATCTCATTGGTTGAGGACTTGAGTAAGCGGAGGCAGCCCCTTCCTGCTATGGAGGTTGTCTATTTTATTCAACCAACAAGGGAAAGTGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATATGTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGACTTACT
CCAACTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATATCTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTACCTAGCTATTGATACTCAGGGATTTTCTACAGATAATGAGAGGGCACTTGAGCAACTATTTGCAGAGCAGAGTGAGAAAACTCAAGACTATAAAGTTTGCATTGACACCATGGCATGTCGACTTGCCACTG
TTTTTGCATCTATGAAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTGTGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCACAGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTGATCGA
TCGATTGATCCGATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACATACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAATGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTCGCAGAAGCAAGCTT
GCGGTTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAACAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGGAGGGGAATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGA
ATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGATTGCTGCAAAA
CTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTACCCTCCATTCCAAGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATG
CTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACAGTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGAAAAACTCTGCTTTAAGAAAGGAGAGAGATGATGGTGAGAAAGCATGGGAACTCTCTCGA
TTCTATCCAGTGATTGAGGAACTGATTGAAAACCTAGCCAAAGGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCATTTGTGACGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGCCCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGTCAATC
AGATGATGGTTATTCGAGTGAATCTAGTTTGAGGCATGCCATAAGTGATCCCAAGATTCTGGGGAAGCGCATTTTTGTATTTATTATTGGAGGAGCTACTCGTTCTGAGCTGCGCACTGTACATAAGCTCACTGAACAATTGAAGAGGGAAGTTGTGTTGGGCTCAACAAGTGTGGATGATCCTCACCAGTTTATTACGA
AATTGAAATTGCTCGGTGATGTTGAGAATCTTTCTGTGGATGATCTTCATATTTGATTTGACAAGAATATATGAAGGAAGGAACACATCAAGCTTATTTGGCTATCACCATGCTATCAGGGGATCTTTTTTAAAATAGCAACCTCTGTTCTTGTAACCAGAGTTAGTTTCTGTATATTGATGAACTGTGAGTATTTTACA
TCTCCAAATGTCCGCTGGAAGATTGAATTACGTCAGTGTAAATTCATTTCATGTTAAACGGTATCCATTTATATTTGCAAAGGTTGTTTGTAATAAGTGATTATGGAGTCTGAAAATGAAGCCTTTGTAAACTACTCAAATCAACAGAGATGGAAATCTCACGGCATGTAGGATATTCAGCTCCTCTTTATTTTCTGGTC
AACGACATGTCAGATGTAGTACATTTTACTTGTTCCATATTGGAGTGATCTTACATTTGAATTTGTTTGGTCCTGTGAGTGAGAAATCCAGAAGAGATAATTTGGAGCCTGATATTGATGGAGATGATCAAAGATGTTGCATTTATGTCAGATGTTTACTACTGCAGCACCAGGACCGTATTTGCTTAATCTTTATTCCA
ATTTCATACAATGTTGCTGGTTGCTTTAATGTATTTTGTTATTTAGTTTCTATATGAAACCTTAGAAGGTATTAAAATTTTGCAGGACTACTTCAGAAGCCACTTTGTTCAACAAACTTCATCAGGGAGAAAATATTTATAGATCAGAGACCTTGTAGTAATTGATGAGAATAACAGATATCTTAATCACCTACTGATGT
ACGTTTTGCCATATAGCTGCATCACATCCAAGTAATTTTCATTCATTTCTTTGTAGGCTCATCCTTGGGATAGCTTGCAC


>TRINITY_DN122225_c3_g3_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCGAGGATTGGATTCTGACGTGGAAAGAAATGGAAAAGTAGGAATAACGCGAACGGGAGGAAGGGAGCGTGGGTTGATGGAAGGCAGCGTATAATACCTTCACGAATTCATTTGTAAGAAGAGTGTGTATGTTTAAGACAGTGTGGGTCGGTGCGAGGGTTAGAAGGCTTCATATCCCTTCCTTGACAATTCGGAGGGAG
CCACCAATCAGAGAGACATGGCAGACAATGGAGCTTCCTCCTCCTCCCATGGCTCCTCGAGATCATTCCGCAGCATTACAAGGGACAGATTGCTGCATGAAATGCTCCGATCAACAAGGAAAGGTGGATCAAAGCCAGATTGGAAGGTGCTTATCATGGACAAATTAACTGTCAAAGTGATGTCCTATTCTTGCAAGATG
GCTGATATAACTGATGAAGGCATCTCATTGGTTGAGGACTTGAGTAAGCGGAGGCAGCCCCTTCCTGCTATGGAGGTTGTCTATTTTATTCAACCAACAAGGGAAAGTGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATATGTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGACTTACT
CCAACTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATATCTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTACCTAGCTATTGATACTCAGGGATTTTCTACAGATAATGAGAGGGCACTTGAGCAACTATTTGCAGAGCAGAGTGAGAAAACTCAAGACTATAAAGTTTGCATTGACACCATGGCATGTCGACTTGCCACTG
TTTTTGCATCTATGAAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTGTGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCACAGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTGATCGA
TCGATTGATCCGATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACATACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAATGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTCGCAGAAGCAAGCTT
GCGGTTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAACAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGGAGGGGAATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGA
ATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGATTGCTGCAAAA
CTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCA
ATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACAGTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGgtaatggtctgtccttttagttttaacccatttcctgctctgtttgaatgtgctaacctgttttgacattcaggaa
atttgtgtctttaaaggtcacttacatttgtgttgttgcctttcttag
AAAAACTCTGCTTTAAGAAAGGAGAGAGATGATGGTGAGAAAGCATGGGAACTCTCTCGATTCTATCCAGTGATTGAGGTGTGTTTTATGGTTTAATAACAGGATTTCTGGAATGATCATGTAAAGGCTACAAAACATCTCATTTGGATGTA
ATGG




Intron 3 GTAACTCCAT ... TACATTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A17.323830
A210.874150
A315.382240
A420.6946124
A523.081030
A633.33630
A720.592770
A813.792540
A913.042032
A109.682830



>TRINITY_DN104771_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform
GGGGAGCGAGGATTGGATTCTGACGTGGAAAGAAATGGAAAAGTAGGAATAACGCGAACGGGAGGAAGGGAGCGTGGGTTGATGGAAGGCAGCGTATAATACCTTCACGAATTCATTTGTAAGAAGAGTGTGTATGTTTAAGACAGTGTGGGTCGGTGCGAGGGTTAGAAGGCTTCATATCCCTTCCTCGACAATTCGGA
GGGAGCCACCAATCAGCGAGACATGGCAGACAATGGAGCTTCCTCCTCCTCCCATGGCTCCTCGAGATCATTCCGCAGCATTACAAGGGACAGATTGCTGCATGAAATGCTCCGATCAACAAGGAAAGGTGGATCAAAGCCAGATTGGAAGGTGCTTATCATGGACAAATTAACTGTCAAAGTGATGTCCTATTCTTGCA
AGATGGCTGATATAACTGATGAAGGCATCTCATTGGTTGAGGACTTGAGTAAGCGGAGGCAGCCCCTTCCTGCTATGGAGGTTGTCTATTTTATTCAACCAACAAGGGAAAGTGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATATGTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGAC
TTACTCCAACTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATATCTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTACCTAGCTATTGATACTCAGGGATTTTCTACAGATAATGAGAGGGCACTTGAGCAACTATTTGCAGAGCAGAGTGAGAAAACTCAAGACTATAAAGTTTGCATTGACAGCATGGCATGTCGACTTGC
CACTGTTTTTGCATCTATGAAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTGTGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCACAGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTG
ATCGATCGATTGATCCGATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACATACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAATGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTCGCAGAAGCA
AGCTTGCGGTTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAACAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGGAGGGGAATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAA
AGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTACCCTCCATTCCAAGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAA
TGGAGGCAGATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATT
CGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACAGTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGAAAAACTCTGCTTTAAGAAAGGAGAGAGATGATGGTGAGAAAGCATGGGAACTCT
CTCGATTCTATCCAGTGATTGAGGAACTGATTGAAAACCTAGCCAAAGGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCATTTGTGACGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGCCCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGT
CAATCAGATGATGGTTATTCTAGTGAATCTAGTTTGAGGCATGCCATAAGTGATCCCAAGATTCTGGGGAAGCGCATTTTTGTATTTATTATTGGAGGAGCTACTCGTTCTGAGCTGCGCACTGTACATAAGCTCACTGAACAATTGAAGAGGGAAGTTGTGTTGGGCTCAACAAGTGTGGATGATCCTCACCAGTTTAT
TACGAAATTGAAATTGCTCGGTGATGTTGAGAATCTTTCTGTGGATGATCTTCATATTTGATTTGACAAGAATATATGAAGGAAGGAACACATCAAGCTTATTTGGCTATCACCATGCTATCAGGGGATCTTTTTTAAAATAGCAACCTCTGTTCTTGTAACCAGAGTTAGTTTCTGTATATTGATGAACTGTGAGTATT
TTACATCTCCAAATGTCCGCTGGAAGATTGAATTATGTCAGTGTAAATTCATTTCATGTTAAACGGTATCCATTTATATTTGCAAAGGTTGTTTGTAATAAGTGATTATGGAGTCTGAAAATGAAGCCTTTGTAAACTACTCAAATCAACAGAGATGGAAATCTCACGGCATGTAGGATATTCAGCTCCTCTTTATTTTC
TGGTCAACGACATGTCAGATGTAGTACATTTTACTTGTTCCATATTGGAGTGATCTTACATTTGAATTTGTTTGGTCCTGTGAGTGAGAAATCCAGAAGAGATAATTTGGAGCCTGATATTGATGGAGATGATCAAAGATGTTGCATTTATGTCAGATGTTTACTACTGCAGCACCAGGACC


>TRINITY_DN104771_c0_g1_i13 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GCTTCCAGAACATCCTTTTTTGCATTAATAGCTGTCCTCTTTTAACCCTGTTGCTTCTTTTGTGCAGTGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATATGTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGACTTACTCCAACTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATA
TCTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTACCTAGCTATTGATACTCAGGGATTTTCTACAGATAATGAGAGGGCACTTGAGCAACTATTTGCAGAGCAGAGTGAGAAAACTCAAGACTATAAAGTTTGCATTGACAGCATGGCATGTCGACTTGCCACTGTTTTTGCATCTATGAAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTG
TGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCACAGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTGATCGATCGATTGATCCGgtaactccattatgtatcctttgcctac
aaatatgttgtgtttgatcttttaagctatggcattagatcaatcacctcatttgaattcttggacatgtatacattgtag
ATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACATACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGGTAAGGCTTTCATTTTCTTACGAGGCCTAAATGTT
GTATTGCTGTGCAAAGGAAAAATGTACTTTCTTTGATCTTCCTCTGAGCAAGTGATGCTTGTTTATTCCATAGATGACTACTCATAAAGGAA




Intron 4 GTGCTTATCA ... CAAGGGAAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A167.82143326
A272.65165629
A370.73124117
A467.65112917
A562.7981512
A648.579107
A771.4372411
A855.56101015
A97091725
A1078.3841613



>TRINITY_DN45720_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform
GGATTGGATTCTGACGTGGAAAGAAATGGAAAAGTAGGAATAACGCGAACGGGAGGAAGATAGCGTGGGTTGATGGAAGGCAGCGTATAATACCTTCACGAATTCATTTGTAAGAAGAGTGTGTATGTTTAAGACAGTGTGGGTCGGTGCGAGGGTTAGAAGGCTTCATATCCCTTCCTCGACAATTCGGAGGGAGCCAC
CAATCAGCGAGACATGGCAGACAATGGAGCTTCCTCCTCCTCCCATGGCTCCTCGAGATCATTCCGCAGCATTACAAGGGACAGATTGCTGCATGAAATGCTCCGATCAACAAGGAAAGGTGGATCAAAGCCAGATTGGAAGTGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATAT
GTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGACTTACTCCAACTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATATCTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTACCTAGCTATTGATACTCAGGGATTTTCTACAGATAATGAGAGGGCACTTGAGCAACTATTTGCAGAGCAGAGTGAGAAAACTCAAGACTATAAAGT
TTGCATTGACACCATGGCATGTCGACTTGCCACTGTTTTTGCATCTATGAAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTGTGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCAC
AGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTGATCGATCGATTGATCCGATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACATACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAATGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTT
GAATTGCGTGATCTCCATTTTGCAGAAGCAAGCTTGCGGTTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAACAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGGAGGGGAATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGA
TATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTA
CCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACAGTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGAAAAACTCTGCTTTAAGAAAGGAGAGAGATGATGGTGAGAAAGCATGGGAACTCTCTCGATTC
TATCCAGTGATTGAGGAACTGATTGAAAACCTAGCCAAAGGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCATTTGTGACGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGCCCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGTCAATCAGA
TGATGGTTATTCGAGTGAATCTAGTTTGAGGCATGCCATAAGTGATCCCAAGATTCTGGGGAAGCGCATTTTTGTATTTATTATTGGAGGAGCTACTCGTTCTGAGCTGCGCACTGTACATAAGCTCACTGAACAATTGAAGAGGGAAGTTGTGTTGGGCTCAACAAGTGTGGATGATCCTCACCAGTTTATTACGAAAT
TGAAATTGCTCGGTGATGTTGAGAATCTTTCTGTGGATGATCTTCATATTTGATTTGACAAGAATATATGAAGGAAGGAACACATCAAGCTTATTTGGCTATCACCATGCTATCAGGGGATCTTTTTTAAAATAGCAACCTCTGTTCTTGTAACCAGAGTTAGTTTCTGTATATTGATGAACTGTGAGTATTTTACATCT
CCAAATGTCCGCTGGAAGATTGAATTACGTCAGTGTAAATTCATTTCATGTTAAACGGTATCCATTTATATTTGCAAAGGTTGTTTGTAATAAGTGATTATGGAGTCTGAAAATGAAGCCTTTGTAAACTACTCAAATCAACAGAGATGGAAATCTCACGGCATGTAGGATATTCAGCTCCTCTTTATTTTCTGGTCAAC
GACATGTCAGATGTAGTACATTTTACTTGCTCCATATTGGAGTGATCTTACATTTGAATTTGTTTGGTCCTGTGAGTGAGAAATCCAGAAGAGATAATTTGGAGCCTGATATTGATGGAGATGATCAAAGATGTTGCATTTATGTCAGATGTTTACTACTGCAGCACCAGGACCGTATTTGCTTAATCTTTATTCCAATT
TCATACAATGTTGCTGGTTGCTTTAATGTATTTTGTTATTTAGTTTCTATATGAAACCTTAGAAGGC


>TRINITY_DN45720_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:
GGATTGGATTCTGACGTGGAAAGAAATGGAAAAGTAGGAATAACGCGAACGGGAGGAAGATAGCGTGGGTTGATGGAAGGCAGCGTATAATACCTTCACGAATTCATTTGTAAGAAGAGTGTGTATGTTTAAGACAGTGTGGGTCGGTGCGAGGGTTAGAAGGCTTCATATCCCTTCCTCGACAATTCGGAGGGAGCCAC
CAATCAGCGAGACATGGCAGACAATGGAGCTTCCTCCTCCTCCCATGGCTCCTCGAGATCATTCCGCAGCATTACAAGGGACAGATTGCTGCATGAAATGCTCCGATCAACAAGGAAAGGTGGATCAAAGCCAGATTGGAAGgtgcttatcatggacaaattaactgtcaaagtgatgtcctattcttgcaagatggctg
atataactgatgaaggcatctcattggttgaggacttgagtaagcggaggcagccccttcctgctatggaggttgtctattttattcaaccaacaagggaaag
TGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATATGTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGACTTACTCCAA
CTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATATCTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTACCTAGCTATTGATACTCAGGGATTTTCTACAGATAATGAGAGGGCACTTGAGCAACTATTTGCAGAGCAGAGTGAGAAAACTCAAGACTATAAAGTTTGCATTGACACCATGGCATGTCGACTTGCCACTGTTTT
TGCATCTATGAAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTGTGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCACAGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTGATCGATCGA
TTGATCCGATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACATACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAATGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTTGCAGAAGCAAGCTTGCGG
TTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAACAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGGAGGGGAATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGAATGG
ATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACAG
TGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGAAAAACTCTGCTTTAAGAAAGGAGAGAGATGATGGTGAGAAAGCATGGGAACTCTCTCGATTCTATCCAGTGATTGAGGAACTGATTGAAAACCTAGCCAAA
GGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCATTTGTGACGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGCCCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGTCAATCAGATGATGGTTATTCGAGTGAATCTAGTTTGAGGCATGCCAT
AAGTGATCCCAAGATTCTGGGGAAGCGCATTTTTGTATTTATTATTGGAGGAGCTACTCGTTCTGAGCTGCGCACTGTACATAAGCTCACTGAACAATTGAAGAGGGAAGTTGTGTTGGGCTCAACAAGTGTGGATGATCCTCACCAGTTTATTACGAAATTGAAATTGCTCGGTGATGTTGAGAATCTTTCTGTGGATG
ATCTTCATATTTGATTTGACAAGAATATATGAAGGAAGGAACACATCAAGCTTATTTGGCTATCACCATGCTATCAGGGGATCTTTTTTAAAATAGCAACCTCTGTTCTTGTAACCAGAGTTAGTTTCTGTATATTGATGAACTGTGAGTATTTTACATCTCCAAATGTCCGCTGGAAGATTGAATTACGTCAGTGTAAA
TTCATTTCATGTTAAACGGTATCCATTTATATTTGCAAAGGTTGTTTGTAATAAGTGATTATGGAGTCTGAAAATGAAGCCTTTGTAAACTACTCAAATCAACAGAGATGGAAATCTCACGGCATGTAGGATATTCAGCTCCTCTTTATTTTCTGGTCAACGACATGTCAGATGTAGTACATTTTACTTGCTCCATATTG
GAGTGATCTTACATTTGAATTTGTTTGGTCCTGTGAGTGAGAAATCCAGAAGAGATAATTTGGAGCCTGATATTGATGGAGATGATCAAAGATGTTGCATTTATGTCAGATGTTTACTACTGCAGCACCAGGACCGTATTTGCTTAATCTTTATTCCAATTTCATACAATGTTGCTGGTTGCTTTAATGTATTTTGTTAT
TTAGTTTCTATATGAAACCTTAGAAGGC




Intron 5 GTAAGGCTTT ... TATTCCATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A81618.440
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A108.3320.820



>TRINITY_DN122225_c3_g3_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
GCGAGGATTGGATTCTGACGTGGAAAGAAATGGAAAAGTAGGAATAACGCGAACGGGAGGAAGGGAGCGTGGGTTGATGGAAGGCAGCGTATAATACCTTCACGAATTCATTTGTAAGAAGAGTGTGTATGTTTAAGACAGTGTGGGTCGGTGCGAGGGTTAGAAGGCTTCATATCCCTTCCTTGACAATTCGGAGGGAG
CCACCAATCAGAGAGACATGGCAGACAATGGAGCTTCCTCCTCCTCCCATGGCTCCTCGAGATCATTCCGCAGCATTACAAGGGACAGATTGCTGCATGAAATGCTCCGATCAACAAGGAAAGGTGGATCAAAGCCAGATTGGAAGGTGCTTATCATGGACAAATTAACTGTCAAAGTGATGTCCTATTCTTGCAAGATG
GCTGATATAACTGATGAAGGCATCTCATTGGTTGAGGACTTGAGTAAGCGGAGGCAGCCCCTTCCTGCTATGGAGGTTGTCTATTTTATTCAACCAACAAGGGAAAGTGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATATGTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGACTTACT
CCAACTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATATCTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTACCTAGCTATTGATACTCAGGGATTTTCTACAGATAATGAGAGGGCACTTGAGCAACTATTTGCAGAGCAGAGTGAGAAAACTCAAGACTATAAAGTTTGCATTGACACCATGGCATGTCGACTTGCCACTG
TTTTTGCATCTATGAAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTGTGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCACAGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTGATCGA
TCGATTGATCCGATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACATACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAATGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTCGCAGAAGCAAGCTT
GCGGTTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAACAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGGAGGGGAATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGA
ATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGATTGCTGCAAAA
CTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTACCCTCCATTCCAAGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATG
CTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACAGTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGAAAAACTCTGCTTTAAGAAAGGAGAGAGATGATGGTGAGAAAGCATGGGAACTCTCTCGA
TTCTATCCAGTGATTGAGGAACTGATTGAAAACCTAGCCAAAGGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCATTTGTGACGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGCCCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGTCAATC
AGATGATGGTTATTCGAGTGAATCTAGTTTGAGGCATGCCATAAGTGATCCCAAGATTCTGGGGAAGCGCATTTTTGTATTTATTATTGGAGGAGCTACTCGTTCTGAGCTGCGCACTGTACATAAGCTCACTGAACAATTGAAGAGGGAAGTTGTGTTGGGCTCAACAAGTGTGGATGATCCTCACCAGTTTATTACGA
AATTGAAATTGCTCGGTGATGTTGAGAATCTTTCTGTGGATGATCTTCATATTTGATTTGACAAGAATATATGAAGGAAGGAACACATCAAGCTTATTTGGCTATCACCATGCTATCAGGGGATCTTTTTTAAAATAGCAACCTCTGTTCTTGTAACCAGAGTTAGTTTCTGTATATTGATGAACTGTGAGTATTTTACA
TCTCCAAATGTCCGCTGGAAGATTGAATTACGTCAGTGTAAATTCATTTCATGTTAAACGGTATCCATTTATATTTGCAAAGGTTGTTTGTAATAAGTGATTATGGAGTCTGAAAATGAAGCCTTTGTAAACTACTCAAATCAACAGAGATGGAAATCTCACGGCATGTAGGATATTCAGCTCCTCTTTATTTTCTGGTC
AACGACATGTCAGATGTAGTACATTTTACTTGTTCCATATTGGAGTGATCTTACATTTGAATTTGTTTGGTCCTGTGAGTGAGAAATCCAGAAGAGATAATTTGGAGCCTGATATTGATGGAGATGATCAAAGATGTTGCATTTATGTCAGATGTTTACTACTGCAGCACCAGGACCGTATTTGCTTAATCTTTATTCCA
ATTTCATACAATGTTGCTGGTTGCTTTAATGTATTTTGTTATTTAGTTTCTATATGAAACCTTAGAAGGTATTAAAATTTTGCAGGACTACTTCAGAAGCCACTTTGTTCAACAAACTTCATCAGGGAGAAAATATTTATAGATCAGAGACCTTGTAGTAATTGATGAGAATAACAGATATCTTAATCACCTACTGATGT
ACGTTTTGCCATATAGCTGCATCACATCCAAGTAATTTTCATTCATTTCTTTGTAGGCTCATCCTTGGGATAGCTTGCAC


>TRINITY_DN122225_c3_g3_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TTTTATTTAAGCACCTACCGTGTTAACCATTTTAGCTATACTATGTTGCCTCACTGGCCATGATTCAACAACAAACATAGATGGTTTATTATGCCATGTGGTTTTATGAGGTCGATTGGTTTATATTGAAATTCTTTTTTTCATTTTCTATTTAATAAGTACCATGGCGATAAAGTAGCTCATCTTTTCTCTGTCATTGT
TGTAGATTTTATCTTTTGTAGCCTTGCCTGGTCATTTTGTTTATTATGATTATGATGATTTTTTTTTTAATTGTGATTGTGGCCATGGCCATTACAATTTTCTTCCTTTTTACTGAAAATAATTGTGAACCTTCTAGTCTAGTTCCCTTTCTTGCTTATAAAGTTTTATTGTTTCAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTG
TGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCACAGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTGATCGATCGATTGATCCGATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACAT
ACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGgtaaggctttcattttcttacgaggcctaaatgttgtattgctgtgcaaaggaaaaatgtactttgtttgatcttcctctgagcaagtgatgcttgtttattccatagATGACTACTCATAAAGGAAGAATGGAAAAAAAAGAG
GTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTTGCAGAAGTAAGACTTTTGATAATTTACAGAATTTATCTAGGAATTTGTAGTGATTTACAAATGAATGTAATATGCTTACTGTAACGATTGGCATGACAGGCAAGCTTGCGGTTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAA
CAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGTGTGGTAAGGATAGATTTTGGTCGAACATCCGGTTCAATTTTGTTGTAAGAGCTGGGTTGATCAATTGGTAGAGTTAATAAATGTACCAAGGTTTTAAAACTCGGACTCGGACTCCGAATCGGTTGAGGGTCAACTCGGACTCGGACTCGGAATCGGCAATGACTCGGA
CGATTTGATTTTAATGACTCGGTTTACTAAAAACCACATAAAATATTT




Intron 6 GTAATGGTCT ... AGTGATTGAG

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A1063.8317430



>TRINITY_DN117630_c1_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTAC
CAAACAGCTTCAATGGAGGCAGACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACAGTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGC
AATCGAAAGGAACTGATTGAAAACCTAGCCAAAGGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCAGTTTTGAAGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGCCCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGTCAATCAGATGATGG
TTATTCGAGTGAATCTAGTTTGAGGCATGCCATAAGTGATCCCAAGATTCTGGGGAAGCGCATTTTTGTATTTATTATTGGAGGAGCTACTCGTTCTGAG


>TRINITY_DN117630_c1_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAACGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTTGCAGAAGCAAGCTTGCGGTTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAACAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGGAGGGG
AATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTT
TATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACA
GTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGgtaatggtctgtccttttagttttaacccatttcctgctctgtttgaatgtgctaacctgttttgacattcaggaaatttgtgtctttaaaggtcacttac
atttgtgttgttgcctttcttagaaaaactctgctttaagaaaggagagagatgatggtgagaaagcatgggaactctctcgattctatccagtgattgag
GAACTGATTGAAAACCTAGCCAAAGGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCATTTGTGACGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGC
CCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGTCAATCAGATGATGGTTATTCGAGTGAATCTAGTTTGAGGCATGCCATAAGTGATCCCAAGATTCTGGGGAAGCGCATTTTTGTATTTATTATTGGAGGAGCTACTCGTTCTGAGCTGCGCAC
TGTACATAAGCTCACTGAACAATTGAAGAGGGAAGTTGTGTTGGGCTCAACAAGTGTGGATGATCCTCACCAGTTTATTACGAAATTGAAATTGCTCGGTGATGTTGAGAATCTTTCTGTGGATGACCTTCATATTTGATTTGACAAGAATATATGAAGGAAGGAACACATCAAGCTTATTTGGCTATCACCATGCTATC
AGGGGATCTTTTTTAAAATAGCAACCTCTGTTCTTGTAACCAGAGTTAGTTTCTGTATATTGATGAACTGTGAGTATTTTACATCTCCAAATGTCCGCTGGAAGATTGAATTACGTCAGTGTAAATTCATTTCATGTTAAACGGTATCCATTTATATTTGCAAAGGTTGTTTGTAATAAGTGATTATGGAGTCTGAAAAT
GAAGCCTTTGTAAACTACTCAAATCAACAGAGATGGAAATCTCACGGCATGTAGGATATTCAGCTCCTCTTTATTTTCTGGTCAACGACATGTCAGATGTAGTACATTTTACTTGCTCCATATTGGAGTGATCTTACATTTGAATTTGTTTGGTCCTGTGAGTGAGAAATCCAGAAGAGATAATTTGGAGCCTGATATTG
ATGGAGATGATCAAAGATGTTGCATTTATGTCAGATGTTTACTACTGCAGCACCAGGACCGTATTTGCTTAATCTTTATTCCAATTTCATACAATGTTGCTGGTTGCTTTAATGTATTTTGTTATTTAGTTTCTATATGAAACCTTAGAAGGTATTAAAATTTTGCAGGACTACTTCAGAAGCCACTTTGTTCAACAAAC
TTCATCAGGGAGAAAATATTTATAGATCAGAGACCTTGTAGTAATTGATGAGAATAACAGATGTCTTAATCACCTACTGATGTACGTTTTGCCATATAGCTGCATCACATCCAAGTAATTTTCATTCATTTCTTTATAGGGTCATCCTTCGGATGGCTTGCACAGCACTCTGATGCATTAAAAATTAAAATTTGATAATT
TTTCAGTCCCA




Intron 7 GTATATTATA ... TTTTAATCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A917.4361.8130
A1019.0446.8110



>TRINITY_DN117630_c1_g1_i15 from sample A2 / Example spliced isoform
GAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAACGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTTGCAGAAGCAAGCTTGCGGTTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAACAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGGAGGGG
AATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTT
TATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACA
GTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGAAAAACTCTGCTTTAAGAAAGGAGAGAGATGATGGTGAGAAAGCATGGGAACTCTCTCGATTCTATCCAGTGATTGAGGAACTGATTGAAAACCTAGCCAA
AGGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCATTTGTGACGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGCCCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGTCAATCAGATGATGGTTATTCGAGTGAATCTAGTTTGAGGCATGCCA
TAAGTGATCCCAAGATTCTGGGGAAGCGCATTTTTGTATTTATTATTGGAGGAGCTACTCGTTCTGAGCTGCGCACTGTACATAAGCTCACTGAACAATTGAAGAGGGAAGTTGTGTTGGGCTCAACAAGTGTGGATGATCCTCACCAGTTTATTACGGTAATGTCTTAGAACTGATAAGACCCTAATAATTAATAGTAT
CCAACAGTTATCATCACACACTTACCCTGGTAATGAGTAGTTTCCAAGAGTTTTCTTTGTGAGCTTCCCAATAATTAAGAATAATATCAAGAACTTATCTCATGCCTTACTTAAATCATCATATCTGAGAGTTGTCATTGCAGGCTTACCCTGGTAATTAAGAAATAAAAATAATAAAGATAGAGGCAATGTATTTTATG
ATCACCTGTTCCAAGGTTGGAACAAGGGCTAGTGATAATGTTGATGATAATTCACTTTTTGCAAATGATTATGTTTGTTACAAAGAAAGTAAAAATATGCTGTGTAAAGTACAAAGATGATGAGTAATAAGTGTGTTGCCAGCTACTCGTCCCCCAGCCCAGGAGATGTGTTCCTTTTATCAGGGGCACATTTCTTGTAA
TCAGGATACATATAGAAACATCCCCACACTAGAAAACCCAA


>TRINITY_DN117630_c1_g1_i16 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAACGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTTGCAGAAGCAAGCTTGCGGTTGCATGAAAATATGACTCAATTTGGGTCAATGAACAAAGCTGCACAAATTCGGCTTGGTTTAAGGGAGGGG
AATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTT
TATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACA
GTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGAAAAACTCTGCTTTAAGAAAGGAGAGAGATGATGGTGAGAAAGCATGGGAACTCTCTCGATTCTATCCAGTGATTGAGGAACTGATTGAAAACCTAGCCAA
AGGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCATTTGTGACGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGCCCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGTCAATCAGATGATGGTTATTCGAGTGAATCTAGTTTGAGGCATGCCA
TAAGTGATCCCAAGATTCTGGGGAAGCGCATTTTTGTATTTATTATTGGAGGAGCTACTCGTTCTGAGgtatattatacttatgattggtgaatttaggtttccattgctgattttatgtttccattaaatcaaggaatgatggatcatattttggaaaatttgaatctacaatatagtgttaagttttattttaacttt
ggtcttctccatccttttaatcag
CTGCGCACTGTACATAAGCTCACTGAACAATTGAAGAGGGAAGTTGTGTTGGGCTCAACAAGTGTGGATGATCCTCACCAGTTTATTACG




Intron 8 GCAAGCTTGC ... TTGGTTTAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A173.5392723
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A68031212
A780.5672929
A879.1751919
A966.2122918
A1083.8752230



>TRINITY_DN104771_c0_g1_i10 from sample A4 / Example spliced isoform
GGGGAGCGAGGATTGGATTCTGACGTGGAAAGAAATGGAAAAGTAGGAATAACGCGAACGGGAGGAAGGGAGCGTGGGTTGATGGAAGGCAGCGTATAATACCTTCACGAATTCATTTGTAAGAAGAGTGTGTATGTTTAAGACAGTGTGGGTCGGTGCGAGGGTTAGAAGGCTTCATATCCCTTCCTCGACAATTCGGA
GGGAGCCACCAATCAGCGAGACATGGCAGACAATGGAGCTTCCTCCTCCTCCCATGGCTCCTCGAGATCATTCCGCAGCATTACAAGGGACAGATTGCTGCATGAAATGCTCCGATCAACAAGGAAAGGTGGATCAAAGCCAGATTGGAAGGTGCTTATCATGGACAAATTAACTGTCAAAGTGATGTCCTATTCTTGCA
AGATGGCTGATATAACTGATGAAGGCATCTCATTGGTTGAGGACTTGAGTAAGCGGAGGCAGCCCCTTCCTGCTATGGAGGTTGTCTATTTTATTCAACCAACAAGGGAAAGTGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATATGTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGAC
TTACTCCAACTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATATCTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTACCTAGCTATTGATACTCAGGGATTTTCTACAGATAATGAGAGGGCACTTGAGCAACTATTTGCAGAGCAGAGTGAGAAAACTCAAGACTATAAAGTTTGCATTGACAGCATGGCATGTCGACTTGC
CACTGTTTTTGCATCTATGAAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTGTGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCACAGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTG
ATCGATCGATTGATCCGATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACATACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAATGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTCGCAGAAGGA
GGG
GAATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTA
GTTTTATGAAGACAAAGGAGGTACCCTCCATTCCAAGTTATAAGTACAGAAAATAAGTT


>TRINITY_DN104771_c0_g1_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GGGGAGCGAGGATTGGATTCTGACGTGGAAAGAAATGGAAAAGTAGGAATAACGCGAACGGGAGGAAGGGAGCGTGGGTTGATGGAAGGCAGCGTATAATACCTTCACGAATTCATTTGTAAGAAGAGTGTGTATGTTTAAGACAGTGTGGGTCGGTGCGAGGGTTAGAAGGCTTCATATCCCTTCCTCGACAATTCGGA
GGGAGCCACCAATCAGCGAGACATGGCAGACAATGGAGCTTCCTCCTCCTCCCATGGCTCCTCGAGATCATTCCGCAGCATTACAAGGGACAGATTGCTGCATGAAATGCTCCGATCAACAAGGAAAGGTGGATCAAAGCCAGATTGGAAGGTGCTTATCATGGACAAATTAACTGTCAAAGTGATGTCCTATTCTTGCA
AGATGGCTGATATAACTGATGAAGGCATCTCATTGGTTGAGGACTTGAGTAAGCGGAGGCAGCCCCTTCCTGCTATGGAGGTTGTCTATTTTATTCAACCAACAAGGGAAAGTGTTTCTATGTTCATTTCTGACATGACAGGAAGGTCTCCATTATACAAAAAGGCATATGTGTTCTTCAGTTCACCTATTTCAAGAGAC
TTACTCCAACTCATCAAAAAGGACACAAGTCTATTATCCAGAATATCTGCTTTGAGAGAGATGAATTTGGAGTACCTAGCTATTGATACTCAGGGATTTTCTACAGATAATGAGAGGGCACTTGAGCAACTATTTGCAGAGCAGAGTGAGAAAACTCAAGACTATAAAGTTTGCATTGACAGCATGGCATGTCGACTTGC
CACTGTTTTTGCATCTATGAAGGAATTCCCAACAGTCAGATATTGTGCCCCCAAATCAGCTAAAGATATGACAATGCCAACCACTTTCCGTGAGTTGGTTTCTACCAAACTTGCAGCAGAACTGTGGGATCGCCTTGTCAAATACAAATCAACAATACCAAATTATCCACAGACGGAAACTTGTGAATTGCTCATTGTTG
ATCGATCGATTGATCCGATTGCTCCAGTGATACATGAATGGACATACGATGCTATGTGTCATGATCTATTGAATATGGAAGGAAATAAGTATGTTTATGAGATGACTACTCATAAAGGAAGAATGGAAAAAAAAGAGGTTCTTTTAGAGGAGCATGACCCAGTTTGGCTTGAATTGCGTGATCTCCATTTCGCAGAAgca
agcttgcggttgcatgaaaatatgactcaatttgggtcaatgaacaaagctgcacaaattcggcttggtttaag
GGAGGGGAATGACTTGTCAACTAGGGACTTACAGAAGATGGTTCAAGCTTTGCCACAATACAGCGATCAACTTGACAAGCTTAGTCTGCACATTGATATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAA
AGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTACCCTCCATTCCAAGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATTCGATGCTACCAAACAGCTTCAA
TGGAGGCAGATTGCTGCAAAACTTAATGATATAATTAAAGTGAATGGATTAAGGGACATTGGCCACCTAGAGCAGGATTTTGTCTTCGGGGATGCTGGGACAAAGGAGTTGATTAGTTTTATGAAGACAAAGGAGGTTATAAGTACAGAAAATAAGTTACGTTTATTGATGATTTATGCGGTGACCCATCCAGAGAAATT
CGATGCTACCAAACAGCTTCAATGGAGGCAGTTGGCACAAGTTACAGTGGATGACATGAGTGCTGTGACGAATATGGAGTACTTAGGCATTTCTGTTAGTAAAAAGCATGGTAGTGGTTTCTCTCTCAAATTTGGCAATCGAAAGAAAAACTCTGCTTTAAGAAAGGAGAGAGATGATGGTGAGAAAGCATGGGAACTCT
CTCGATTCTATCCAGTGATTGAGGAACTGATTGAAAACCTAGCCAAAGGGGAATTATCTAGGGACGAATATCCATTTGTGACGGATCCAAGTTCAACTTTTCAAGGAAGCTGGGCAGACAGCCCATCTTCGACAAACAACTCTCGACCAGCCCATTCAAGGAGAACATCAAGGGCAACTTCTACATGGGCCAGACCTCGT
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