sp|Q94BP7|AUG6_ARATH ----> AUGMIN subunit 6
Intron 1 GTTTGAATTG ... ATTTCAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.36 | 49 | 14 | 28 |
| A2 | 40.28 | 43 | 6 | 29 |
| A3 | 36.49 | 47 | 3 | 27 |
| A4 | 43.64 | 31 | 0 | 24 |
| A5 | 26.67 | 11 | 11 | 4 |
| A6 | 41.14 | 93 | 19 | 65 |
| A7 | 41.89 | 129 | 25 | 93 |
| A8 | 41.99 | 181 | 43 | 131 |
| A9 | 40.46 | 103 | 23 | 70 |
| A10 | 39.82 | 68 | 15 | 45 |
>TRINITY_DN44433_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoformCTGTGAGAGATCTGCCATTTCCACTGAGGAACAGCTTGAGAGGGCCATGGGTTGGGCTTGTGCAGGACCCAATACTGGTGGTGGCTCAAACTATTCGGGTAGAGGGATGGGAATTCCCCCTGAATTTCACGAGCATCTTCGTCACAGACGACAGTTGTTATGGGCAGGCCAAGAACAGGCTACGGGTATACTGAAGCTCT
GTTCTGCTGCTCTGGATTTTGAGGATTCTAGGGATGGTTTCCTAAGGTCTCTTTCAGATGCATCTACTGGTGGAGCTCTAAGTGAAGGCAGAGCTTGGCAGCAAGCATACATGAATATCATTTCAAGATTGGACATTTCTTATCACTCGTTTACTTGTGCAGACCGTGAATGGCATTTAGCACAGAAAAGCATGGAAGCA
GCTGGTGCAAGTCTTTCTACTGCAACTAATGATTTGTGCCTCGTATCTATAAAATTGAAGTCCACGTCAGGTGAACTTCAAGCTACACTTTCAAGCATGAGGGATTGGACAGTTAAAGCAAGTACAGATCTGTCAGCATTTTGCCGTGTGGCAAGGGGAAATTCTGCTCTAACAACTGAGAGTGGATCAATGCTTGAAGA
GGTTTTGGCAATAACGGAAGGAGCAGAAGGTGCACATGATGTTTATAGATTGGCAAAAGAAGCCACAGCACAACATAGTAATCTAATGTCTGAACTTAACAAAGTTAACATGCTTCTTCTTCCTCTGGAGTCCATGCTGGCTTCTGCATCAAATACAGTAATTGGTATTATTAACAGGGATGGTGAACAGAAATTGGAAA
TCTCTGTGGGTCAAGGCCAAGCATTAATCCAATCACTTCATATAAAGCTTGGAGAGGTTTGTCCTGTTTTGACAAGCACAGTTCCAGTTCTCCTGAACACTGTCAAAGAGCTACATATTGCTTTAACCAGACTTGCACGCACTGCAAGCTTTGATGCTGGTGTTCTCCATAAAGCTCTTGAAGGTGTTGGGGAAAGTCAA
GAAGCACGGTCTCAAGAATTAGATTTAGTCAGGACAGAACTTCCAGAAGATGAAGTGTTGTCTGCAGAACAAAATAGAAATATCATGGAAGCAGTTGTTGACAATGATGAACATGGTGGAGAGTCGATAACAGATGAAGAGCTCCTGCTACAAGGTGATGAAGACTCCTGGATCTCACCTCCTGATAGTTTTTATACTAA
TGATTCTGAGTCAGACAATACTTCCCCAGACTCACAACATCAAGATGACTCTTTGACCATCTCCAATGACTGGGAATCTCATATAAATGGAACTGACAAGGCTAAGTTTAGTGAGGGAGTGGTATCAGATGCTTCAAGGTTTACAGTGAATGAGGATACTGGATATACTTCTCCATCCTTTTTGGCCCATAGCCAAGAAG
ATCCTTTGCTAGTTGGGCATATTCAAACAGACATGAAATTTGAAGGTACAGAGGATAGTGAGAATGGGATTATTTCTATGGGAAATAGTCAAATTCATTCTGTCAAGGACACAAGTCAGAGGCCAGAAGGCTCACAGGCATCAATAAGTTCAAATAAGGTCAGTTCTGACAGTCAGAATGCTACACACATGAACTTGTCA
GACATGGGACTTGGATCTATGAATGTTTTTGAAAGACATCAGACAGGAGGAGAGATACAAATGAGGATGAAGGAAAAAGAACCTCATATATCTCGAGCTAAAGGAAGGGTTGAAAGTTATAGTGACCTATGCACACTATTTTCTTCTATGAACACGGAACAAAGAAGTCATGGTTTTAGGGGGAAAAATGCTTATGCAGT
CTCGGTGCTGAAACGAGTTGAAGCAAAGCTGGATGGCCGAGACATTGATGGGAAAAGACAATTTTCTGTTTCAGAACAAGTGGATCATCTTCTTCGTCAGGCTACAAGCATTGATAATTTATGTAATATGTATGAAGGTTGGACACCTTGGATATGATGCCCTACAAATAGCCTCTTCAAGTTCCTGCTACTTCTCCTGG
AAAGGCAGTGTTATTTTTGAGCTGGCTGGTATTCCCATTGTGTCACTTGTCAGTGATCTCAATCATCGCAGAACAGTTTAGGGTCCACCTTTTGTCTATCTTGGGTTAGACTCGTCACAAATCATTAGGATAGAAGAAATCCATTTTGGTCAATGGTGAGAATAGAAGAATGCTAAGGAAAATTCATCCATCATGGAAGT
TGAGGCTTGAAGAATTGTTACAATCCTCTACTTTCTTTAAGCAAGGTCACTTGCGCTTTGTAGTGGAAGTGCAGGATAAGTCACAAAACCGTGCTTTGCCATTGCTTGGGCAGGGCACTGTCCAGTCCATGTAGAGGTGCTGCTGGCAGTATATTGCAGTGATCACGAAGAATCTGTTTTAGAGCATTCAGCAAAGTATT
GCAAAGTGAATAGTGGAGAATTGGTGAAAGGAAATGCAAAAGAGCATTCAATGCAGGTAGTATGGTGAAATGGTAGCATCAGACTATTCTCAGTATTGGGATGCGATTGAGTTTTGCCAGTACTTCGAAAACAAATGCTATAAATCAAACTGCATGAAATTATATCTTGAAGCAATGGTAATGAAAATAATGGTTGAATT
GAGAGGGTTCCTGTAGAAGAAGATCTTGATCACTAGGTACTTCAACGACAGATTATTTTAGCATGGCAGTTTGTTATTTTGGAGAATTTTCTTGTGGCAGTGAATTATTTATCATTGCAGCAGGTAGGTATGGTGAAATGATAGCCAGATCAAAATCAAATGATATATGTTAAACTGTGTGAGACTCTATATCGAAGTAA
AAGTTTTGAAAAATATGTTTGAGTTGAGAGGGTTACCTGTGAAAAGAAGTACTTCGTTACTGGGTACTTCAGCAATAGATAATATTAGCATGGTGATCAGTAGACAATCGTTTAGGAAAGAGGAGGGTATAGGTAGATCTTCCCTGTATTTATACCCTCTTATCAAGGG
>TRINITY_DN44433_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTGTGAGAGATCTGCCATTTCCACTGAGGAACAGCTTGAGAGGGCCATGGGTTGGGCTTGTGCAGGACCCAATACTGGTGGTGGCTCAAACTATTCGGGTAGAGGGATGGGAATTCCCCCTGAATTTCACGAGCATCTTCGTCACAGACGACAGTTGTTATGGGCAGGCCAAGAACAGGCTACGGGTATACTGAAGCTCT
GTTCTGCTGCTCTGGATTTTGAGGATTCTAGGGATGGTTTCCTAAGGTCTCTTTCAGATGCATCTACTGGTGGAGCTCTAAGTGAAGGCAGAGCTTGGCAGCAAGCATACATGAATATCATTTCAAGATTGGACATTTCTTATCACTCGTTTACTTGTGCAGACCGTGAATGGCATTTAGCACAGAAAAGCATGGAAGCA
GCTGGTGCAAGTCTTTCTACTGCAACTAATGATTTGTGCCTCGTATCTATAAAATTGAAGTCCACGTCAGGTGAACTTCAAGCTACACTTTCAAGCATGAGGGATTGGACAGTTAAAGCAAGTACAGATCTGTCAGCATTTTGCCGTGTGGCAAGGGGAAATTCTGCTCTAACAACTGAGAGTGGATCAATGCTTGAAGA
GGTTTTGGCAATAACGGAAGGAGCAGAAGGTGCACATGATGTTTATAGATTGGCAAAAGAAGCCACAGCACAACATAGTAATCTAATGTCTGAACTTAACAAAGTTAACATGCTTCTTCTTCCTCTGGAGTCCATGCTGGCTTCTGCATCAAATACAGTAATTGGTATTATTAACAGGGATGGTGAACAGAAATTGGAAA
TCTCTGTGGGTCAAGGCCAAGCATTAATCCAATCACTTCATATAAAGCTTGGAGAGGTTTGTCCTGTTTTGACAAGCACAGTTCCAGTTCTCCTGAACACTGTCAAAGAGCTACATATTGCTTTAACCAGACTTGCACGCACTGCAAGCTTTGATGCTGGTGTTCTCCATAAAATTCTGTTAAGGAAACACACAGAGACA
CCTTGAATTAGGATGTGATTTTACTCACAAAGGTCAGATCAGAGCACCTCCATTGTCAATATTTTAATGGAACTGCATTGTCAGGTGCAAACTTGAGCTAGAAAAAAATGTGGACTTGTTTGATTGAGAGATAACAAACTGTCAACAACCATCCCGCCAGAGAAATGCTTTAATACTAGGTCACTTGCGCTTTGTAGTGG
AAGTGCAGGATAAGTCACAAAACCGTGCTTTGCCATTGCTTGGGCAGGGCACTGTCCAGTCCATGTAGAGGTGCTGCTGGCAGTATATTGCAGTGAGTCCAATTTCACAGCTTAACATACCCAAGTGACTTATATCAGAATTTTGGTATGCAAATCTAGAATCCAGATGTGGTGGTTATGACTGCTAATTTTTATTTCCT
AGAGCTTTTGTGATTTTGATTGCAGGTATTTGTCTAGTTGAACCTACTACTTTGATCTGAGAGCAAATGAACACTCTTACTAAAATTGCTGTTATTCTTCTTTGTAATGGTGTCAAAAAGGTGATCACGAAGAATCTGTTTTAGAGCATTCAGCAAAGTATTGCAAAGTGAATAGTGGAGAATTGGTGAAAGGAAATGCA
AAAGAGCATTCAATGCAGgtttgaattgcttgttatttttattatagatatagatatccttcctgatacgaagactaaaataaaatgcagtctcatttttccttggagggacaaaaggtgtaaattgtaattaatattgggcaaagttacagctttttcaagacactgcatagtttcatatttcatgttttagctcaatg
agtggtcatttaattagtctaaataatcaatctggagagaaattgattacggatatgcatttcagcagGTAGTATGGTGAAATGGTAGCATCAGACTATTCTCAGTATTGGGATGCGATTGAGTTTTGCCAGTACTTCGAAAACAAATGCTATAAATCAAACTGCATGAAATTATATCTTGAAGCAATGGTAATGAAAAT
AATGGTTGAATTGAGAGGGTTCCTGTAGAAGAAGATCTTGATCACTAGGTACTTCAACGACAGATTATTTTAGCATGGCAGTTTGTTATTTTGGAGAATTTTCTTGTGGCAGTGAATTATTTATCATTGCAGCAGGTAGGTATGGTGAAATGATAGCCAGATCAAAATCAAATGATATATGTTAAACTGTGTGAGACTCT
ATATCGAAGTAAAAGTTTTGAAAAATATGTTTGAGTTGAGAGGGTTACCTGTGAAAAGAAGTACTTCGTTACTGGGTACTTCAGCAATAGATAATATTAGCATGGTGATCAGTAGACAATCGTTTAGGAAAGAGGAGGGTATAGGTAGATCTTCCCTGTATTTATACCCTCTTATCAAGGG
Intron 2 GTATGCAAAT ... TGTCAAAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.81 | 56 | 21 | 14 |
| A2 | 12.2 | 36 | 4 | 6 |
| A3 | 21.9 | 41 | 11 | 12 |
| A4 | 13.68 | 41 | 10 | 3 |
| A5 | 21.74 | 18 | 4 | 6 |
| A6 | 18.11 | 52 | 15 | 8 |
| A7 | 25.49 | 76 | 31 | 21 |
| A8 | 24.92 | 113 | 41 | 34 |
| A9 | 19.02 | 66 | 21 | 10 |
| A10 | 38.46 | 28 | 16 | 19 |
>TRINITY_DN44433_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformCTGTGAGAGATCTGCCATTTCCACTGAGGAACAGCTTGAGAGGGCCATGGGTTGGGCTTGTGCAGGACCCAATACTGGTGGTGGCTCAAACTATTCGGGTAGAGGGATGGGAATTCCCCCTGAATTTCACGAGCATCTTCGTCACAGACGACAGTTGTTATGGGCAGGCCAAGAACAGGCTACGGGTATACTGAAGCTCT
GTTCTGCTGCTCTGGATTTTGAGGATTCTAGGGATGGTTTCCTAAGGTCTCTTTCAGATGCATCTACTGGTGGAGCTCTAAGTGAAGGCAGAGCTTGGCAGCAAGCATACATGAATATCATTTCAAGATTGGACATTTCTTATCACTCGTTTACTTGTGCAGACCGTGAATGGCATTTAGCACAGAAAAGCATGGAAGCA
GCTGGTGCAAGTCTTTCTACTGCAACTAATGATTTGTGCCTCGTATCTATAAAATTGAAGTCCACGTCAGGTGAACTTCAAGCTACACTTTCAAGCATGAGGGATTGGACAGTTAAAGCAAGTACAGATCTGTCAGCATTTTGCCGTGTGGCAAGGGGAAATTCTGCTCTAACAACTGAGAGTGGATCAATGCTTGAAGA
GGTTTTGGCAATAACGGAAGGAGCAGAAGGTGCACATGATGTTTATAGATTGGCAAAAGAAGCCACAGCACAACATAGTAATCTAATGTCTGAACTTAACAAAGTTAACATGCTTCTTCTTCCTCTGGAGTCCATGCTGGCTTCTGCATCAAATACAGTAATTGGTATTATTAACAGGGATGGTGAACAGAAATTGGAAA
TCTCTGTGGGTCAAGGCCAAGCATTAATCCAATCACTTCATATAAAGCTTGGAGAGGTTTGTCCTGTTTTGACAAGCACAGTTCCAGTTCTCCTGAACACTGTCAAAGAGCTACATATTGCTTTAACCAGACTTGCACGCACTGCAAGCTTTGATGCTGGTGTTCTCCATAAAGCTCTTGAAGGTGTTGGGGAAAGTCAA
GAAGCACGGTCTCAAGAATTAGATTTAGTCAGGACAGAACTTCCAGAAGATGAAGTGTTGTCTGCAGAACAAAATAGAAATATCATGGAAGCAGTTGTTGACAATGATGAACATGGTGGAGAGTCGATAACAGATGAAGAGCTCCTGCTACAAGGTGATGAAGACTCCTGGATCTCACCTCCTGATAGTTTTTATACTAA
TGATTCTGAGTCAGACAATACTTCCCCAGACTCACAACATCAAGATGACTCTTTGACCATCTCCAATGACTGGGAATCTCATATAAATGGAACTGACAAGGCTAAGTTTAGTGAGGGAGTGGTATCAGATGCTTCAAGGTTTACAGTGAATGAGGATACTGGATATACTTCTCCATCCTTTTTGGCCCATAGCCAAGAAG
ATCCTTTGCTAGTTGGGCATATTCAAACAGACATGAAATTTGAAGGTACAGAGGATAGTGAGAATGGGATTATTTCTATGGGAAATAGTCAAATTCATTCTGTCAAGGACACAAGTCAGAGGCCAGAAGGCTCACAGGCATCAATAAGTTCAAATAAGGTCAGTTCTGACAGTCAGAATGCTACACACATGAACTTGTCA
GACATGGGACTTGGATCTATGAATGTTTTTGAAAGACATCAGACAGGAGGAGAGATACAAATGAGGATGAAGGAAAAAGAACCTCATATATCTCGAGCTAAAGGAAGGGTTGAAAGTTATAGTGACCTATGCACACTATTTTCTTCTATGAACACGGAACAAAGAAGTCATGGTTTTAGGGGGAAAAATGCTTATGCAGT
CTCGGTGCTGAAACGAGTTGAAGCAAAGCTGGATGGCCGAGACATTGATGGGAAAAGACAATTTTCTGTTTCAGAACAAGTGGATCATCTTCTTCGTCAGGCTACAAGCATTGATAATTTATGTAATATGTATGAAGGTTGGACACCTTGGATATGATGCCCTACAAATAGCCTCTTCAAGTTCCTGCTACTTCTCCTGG
AAAGGCAGTGTTATTTTTGAGCTGGCTGGTATTCCCATTGTGTCACTTGTCAGTGATCTCAATCATCGCAGAACAGTTTAGGGTCCACCTTTTGTCTATCTTGGGTTAGACTCGTCACAAATCATTAGGATAGAAGAAATCCATTTTGGTCAATGGTGAGAATAGAAGAATGCTAAGGAAAATTCATCCATCATGGAAGT
TGAGGCTTGAAGAATTGTTACAATCCTCTACTTTCTTTAAGCAAGATTCTGTTAAGGAAACACACAGAGACACCTTGAATTAGGATGTGATTTTACTCACAAAGGTCAGATCAGAGCACCTCCATTGTCAATATTTTAATGGAACTGCATTGTCAGGTGCAAACTTGAGCTAGAAAAAAATGTGGACTTGTTTGATTGAG
AGATAACAAACTGTCAACAACCATCCCGCCAGAGAAATGCTTTAATACTAGGTCACTTGCGCTTTGTAGTGGAAGTGCAGGATAAGTCACAAAACCGTGCTTTGCCATTGCTTGGGCAGGGCACTGTCCAGTCCATGTAGAGGTGCTGCTGGCAGTATATTGCAGTGAGTCCAATTTCACAGCTTAACATACCCAAGTGA
CTTATATCAGAATTTTGGTGATCACGAAGAATCTGTTTTAGAGCATTCAGCAAAGTATTGCAAAGTGAATAGTGGAGAATTGGTGAAAGGAAATGCAAAAGAGCATTCAATGCAGCAGGTAGTATGGTGAAATGGTAGCATCAGACTATTCTCAGTATTGGGATGCGATTGAGTTTTGCCAGTACTTCGAAAACAAATGC
TATAAATCAAACTGCATGAAATTATATCTTGAAGCAATGGTAATGAAAATAATGGTTGAATTGAGAGGGTTCCTGTAGAAGAAGATCTTGATCACTAGGTACTTCAACGACAGATTATTTTAGCATGGCAGTTTGTTATTTTGGAGAATTTTCTTGTGGCAGTGAATTATTTATCATTGCAGCAGGTAGGTATGGTGAAA
TGATAGCCAGATCAAAATCAAATGATATATGTTAAACTGTGTGAGACTCTATATCGAAGTAAAAGTTTTGAAAAATATGTTTGAGTTGAGAGGGTTACCTGTGAAAAGAAGTACTTCGTTACTGGGTACTTCAGCAATAGATAATATTAGCATGGTGATCAGTAGACAATCGTTTAGGAAAGAGGAGGGTATAGGTAGAT
CTTCCCTGTATTTATACCCTCTTATCAAGGG
>TRINITY_DN44433_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTGTGAGAGATCTGCCATTTCCACTGAGGAACAGCTTGAGAGGGCCATGGGTTGGGCTTGTGCAGGACCCAATACTGGTGGTGGCTCAAACTATTCGGGTAGAGGGATGGGAATTCCCCCTGAATTTCACGAGCATCTTCGTCACAGACGACAGTTGTTATGGGCAGGCCAAGAACAGGCTACGGGTATACTGAAGCTCT
GTTCTGCTGCTCTGGATTTTGAGGATTCTAGGGATGGTTTCCTAAGGTCTCTTTCAGATGCATCTACTGGTGGAGCTCTAAGTGAAGGCAGAGCTTGGCAGCAAGCATACATGAATATCATTTCAAGATTGGACATTTCTTATCACTCGTTTACTTGTGCAGACCGTGAATGGCATTTAGCACAGAAAAGCATGGAAGCA
GCTGGTGCAAGTCTTTCTACTGCAACTAATGATTTGTGCCTCGTATCTATAAAATTGAAGTCCACGTCAGGTGAACTTCAAGCTACACTTTCAAGCATGAGGGATTGGACAGTTAAAGCAAGTACAGATCTGTCAGCATTTTGCCGTGTGGCAAGGGGAAATTCTGCTCTAACAACTGAGAGTGGATCAATGCTTGAAGA
GGTTTTGGCAATAACGGAAGGAGCAGAAGGTGCACATGATGTTTATAGATTGGCAAAAGAAGCCACAGCACAACATAGTAATCTAATGTCTGAACTTAACAAAGTTAACATGCTTCTTCTTCCTCTGGAGTCCATGCTGGCTTCTGCATCAAATACAGTAATTGGTATTATTAACAGGGATGGTGAACAGAAATTGGAAA
TCTCTGTGGGTCAAGGCCAAGCATTAATCCAATCACTTCATATAAAGCTTGGAGAGGTTTGTCCTGTTTTGACAAGCACAGTTCCAGTTCTCCTGAACACTGTCAAAGAGCTACATATTGCTTTAACCAGACTTGCACGCACTGCAAGCTTTGATGCTGGTGTTCTCCATAAAATTCTGTTAAGGAAACACACAGAGACA
CCTTGAATTAGGATGTGATTTTACTCACAAAGGTCAGATCAGAGCACCTCCATTGTCAATATTTTAATGGAACTGCATTGTCAGGTGCAAACTTGAGCTAGAAAAAAATGTGGACTTGTTTGATTGAGAGATAACAAACTGTCAACAACCATCCCGCCAGAGAAATGCTTTAATACTAGGTCACTTGCGCTTTGTAGTGG
AAGTGCAGGATAAGTCACAAAACCGTGCTTTGCCATTGCTTGGGCAGGGCACTGTCCAGTCCATGTAGAGGTGCTGCTGGCAGTATATTGCAGTGAGTCCAATTTCACAGCTTAACATACCCAAGTGACTTATATCAGAATTTTGgtatgcaaatctagaatccagatgtggtggttatgactgctaatttttatttcct
agagcttttgtgattttgattgcaggtatttgtctagttgaacctactactttgatctgagagcaaatgaacactcttactaaaattgctgttattcttctttgtaatggtgtcaaaaagGTGATCACGAAGAATCTGTTTTAGAGCATTCAGCAAAGTATTGCAAAGTGAATAGTGGAGAATTGGTGAAAGGAAATGCA
AAAGAGCATTCAATGCAGGTTTGAATTGCTTGTTATTTTTATTATAGATATAGATATCCTTCCTGATACGAAGACTAAAATAAAATGCAGTCTCATTTTTCCTTGGAGGGACAAAAGGTGTAAATTGTAATTAATATTGGGCAAAGTTACAGCTTTTTCAAGACACTGCATAGTTTCATATTTCATGTTTTAGCTCAATG
AGTGGTCATTTAATTAGTCTAAATAATCAATCTGGAGAGAAATTGATTACGGATATGCATTTCAGCAGGTAGTATGGTGAAATGGTAGCATCAGACTATTCTCAGTATTGGGATGCGATTGAGTTTTGCCAGTACTTCGAAAACAAATGCTATAAATCAAACTGCATGAAATTATATCTTGAAGCAATGGTAATGAAAAT
AATGGTTGAATTGAGAGGGTTCCTGTAGAAGAAGATCTTGATCACTAGGTACTTCAACGACAGATTATTTTAGCATGGCAGTTTGTTATTTTGGAGAATTTTCTTGTGGCAGTGAATTATTTATCATTGCAGCAGGTAGGTATGGTGAAATGATAGCCAGATCAAAATCAAATGATATATGTTAAACTGTGTGAGACTCT
ATATCGAAGTAAAAGTTTTGAAAAATATGTTTGAGTTGAGAGGGTTACCTGTGAAAAGAAGTACTTCGTTACTGGGTACTTCAGCAATAGATAATATTAGCATGGTGATCAGTAGACAATCGTTTAGGAAAGAGGAGGGTATAGGTAGATCTTCCCTGTATTTATACCCTCTTATCAAGGG
Intron 3 GCTCTTGAAG ... TTTAAGCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.38 | 39 | 81 | 73 |
| A2 | 49.46 | 47 | 55 | 37 |
| A3 | 64.63 | 29 | 64 | 42 |
| A4 | 65.17 | 31 | 50 | 66 |
| A5 | 57.89 | 16 | 15 | 29 |
| A6 | 66.1 | 10 | 9 | 30 |
| A7 | 64.64 | 32 | 43 | 74 |
| A8 | 71.59 | 25 | 27 | 99 |
| A9 | 67.88 | 22 | 36 | 57 |
| A10 | 64.8 | 22 | 25 | 56 |
>TRINITY_DN44433_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformCTGTGAGAGATCTGCCATTTCCACTGAGGAACAGCTTGAGAGGGCCATGGGTTGGGCTTGTGCAGGACCCAATACTGGTGGTGGCTCAAACTATTCGGGTAGAGGGATGGGAATTCCCCCTGAATTTCACGAGCATCTTCGTCACAGACGACAGTTGTTATGGGCAGGCCAAGAACAGGCTACGGGTATACTGAAGCTCT
GTTCTGCTGCTCTGGATTTTGAGGATTCTAGGGATGGTTTCCTAAGGTCTCTTTCAGATGCATCTACTGGTGGAGCTCTAAGTGAAGGCAGAGCTTGGCAGCAAGCATACATGAATATCATTTCAAGATTGGACATTTCTTATCACTCGTTTACTTGTGCAGACCGTGAATGGCATTTAGCACAGAAAAGCATGGAAGCA
GCTGGTGCAAGTCTTTCTACTGCAACTAATGATTTGTGCCTCGTATCTATAAAATTGAAGTCCACGTCAGGTGAACTTCAAGCTACACTTTCAAGCATGAGGGATTGGACAGTTAAAGCAAGTACAGATCTGTCAGCATTTTGCCGTGTGGCAAGGGGAAATTCTGCTCTAACAACTGAGAGTGGATCAATGCTTGAAGA
GGTTTTGGCAATAACGGAAGGAGCAGAAGGTGCACATGATGTTTATAGATTGGCAAAAGAAGCCACAGCACAACATAGTAATCTAATGTCTGAACTTAACAAAGTTAACATGCTTCTTCTTCCTCTGGAGTCCATGCTGGCTTCTGCATCAAATACAGTAATTGGTATTATTAACAGGGATGGTGAACAGAAATTGGAAA
TCTCTGTGGGTCAAGGCCAAGCATTAATCCAATCACTTCATATAAAGCTTGGAGAGGTTTGTCCTGTTTTGACAAGCACAGTTCCAGTTCTCCTGAACACTGTCAAAGAGCTACATATTGCTTTAACCAGACTTGCACGCACTGCAAGCTTTGATGCTGGTGTTCTCCATAAAATTCTGTTAAGGAAACACACAGAGACA
CCTTGAATTAGGATGTGATTTTACTCACAAAGGTCAGATCAGAGCACCTCCATTGTCAATATTTTAATGGAACTGCATTGTCAGGTGCAAACTTGAGCTAGAAAAAAATGTGGACTTGTTTGATTGAGAGATAACAAACTGTCAACAACCATCCCGCCAGAGAAATGCTTTAATACTAGGTCACTTGCGCTTTGTAGTGG
AAGTGCAGGATAAGTCACAAAACCGTGCTTTGCCATTGCTTGGGCAGGGCACTGTCCAGTCCATGTAGAGGTGCTGCTGGCAGTATATTGCAGTGAGTCCAATTTCACAGCTTAACATACCCAAGTGACTTATATCAGAATTTTGGTATGCAAATCTAGAATCCAGATGTGGTGGTTATGACTGCTAATTTTTATTTCCT
AGAGCTTTTGTGATTTTGATTGCAGGTATTTGTCTAGTTGAACCTACTACTTTGATCTGAGAGCAAATGAACACTCTTACTAAAATTGCTGTTATTCTTCTTTGTAATGGTGTCAAAAAGGTGATCACGAAGAATCTGTTTTAGAGCATTCAGCAAAGTATTGCAAAGTGAATAGTGGAGAATTGGTGAAAGGAAATGCA
AAAGAGCATTCAATGCAGGTTTGAATTGCTTGTTATTTTTATTATAGATATAGATATCCTTCCTGATACGAAGACTAAAATAAAATGCAGTCTCATTTTTCCTTGGAGGGACAAAAGGTGTAAATTGTAATTAATATTGGGCAAAGTTACAGCTTTTTCAAGACACTGCATAGTTTCATATTTCATGTTTTAGCTCAATG
AGTGGTCATTTAATTAGTCTAAATAATCAATCTGGAGAGAAATTGATTACGGATATGCATTTCAGCAGGTAGTATGGTGAAATGGTAGCATCAGACTATTCTCAGTATTGGGATGCGATTGAGTTTTGCCAGTACTTCGAAAACAAATGCTATAAATCAAACTGCATGAAATTATATCTTGAAGCAATGGTAATGAAAAT
AATGGTTGAATTGAGAGGGTTCCTGTAGAAGAAGATCTTGATCACTAGGTACTTCAACGACAGATTATTTTAGCATGGCAGTTTGTTATTTTGGAGAATTTTCTTGTGGCAGTGAATTATTTATCATTGCAGCAGGTAGGTATGGTGAAATGATAGCCAGATCAAAATCAAATGATATATGTTAAACTGTGTGAGACTCT
ATATCGAAGTAAAAGTTTTGAAAAATATGTTTGAGTTGAGAGGGTTACCTGTGAAAAGAAGTACTTCGTTACTGGGTACTTCAGCAATAGATAATATTAGCATGGTGATCAGTAGACAATCGTTTAGGAAAGAGGAGGGTATAGGTAGATCTTCCCTGTATTTATACCCTCTTATCAAGGG
>TRINITY_DN44433_c0_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTGTGAGAGATCTGCCATTTCCACTGAGGAACAGCTTGAGAGGGCCATGGGTTGGGCTTGTGCAGGACCCAATACTGGTGGTGGCTCAAACTATTCGGGTAGAGGGATGGGAATTCCCCCTGAATTTCACGAGCATCTTCGTCACAGACGACAGTTGTTATGGGCAGGCCAAGAACAGGCTACGGGTATACTGAAGCTCT
GTTCTGCTGCTCTGGATTTTGAGGATTCTAGGGATGGTTTCCTAAGGTCTCTTTCAGATGCATCTACTGGTGGAGCTCTAAGTGAAGGCAGAGCTTGGCAGCAAGCATACATGAATATCATTTCAAGATTGGACATTTCTTATCACTCGTTTACTTGTGCAGACCGTGAATGGCATTTAGCACAGAAAAGCATGGAAGCA
GCTGGTGCAAGTCTTTCTACTGCAACTAATGATTTGTGCCTCGTATCTATAAAATTGAAGTCCACGTCAGGTGAACTTCAAGCTACACTTTCAAGCATGAGGGATTGGACAGTTAAAGCAAGTACAGATCTGTCAGCATTTTGCCGTGTGGCAAGGGGAAATTCTGCTCTAACAACTGAGAGTGGATCAATGCTTGAAGA
GGTTTTGGCAATAACGGAAGGAGCAGAAGGTGCACATGATGTTTATAGATTGGCAAAAGAAGCCACAGCACAACATAGTAATCTAATGTCTGAACTTAACAAAGTTAACATGCTTCTTCTTCCTCTGGAGTCCATGCTGGCTTCTGCATCAAATACAGTAATTGGTATTATTAACAGGGATGGTGAACAGAAATTGGAAA
TCTCTGTGGGTCAAGGCCAAGCATTAATCCAATCACTTCATATAAAGCTTGGAGAGGTTTGTCCTGTTTTGACAAGCACAGTTCCAGTTCTCCTGAACACTGTCAAAGAGCTACATATTGCTTTAACCAGACTTGCACGCACTGCAAGCTTTGATGCTGGTGTTCTCCATAAAgctcttgaaggtgttggggaaagtcaa
gaagcacggtctcaagaattagatttagtcaggacagaacttccagaagatgaagtgttgtctgcagaacaaaatagaaatatcatggaagcagttgttgacaatgatgaacatggtggagagtcgataacagatgaagagctcctgctacaaggtgatgaagactcctggatctcacctcctgatagtttttatactaa
tgattctgagtcagacaatacttccccagactcacaacatcaagatgactctttgaccatctccaatgactgggaatctcatataaatggaactgacaaggctaagtttagtgagggagtggtatcagatgcttcaaggtttacagtgaatgaggatactggatatacttctccatcctttttggcccatagccaagaag
atcctttgctagttgggcatattcaaacagacatgaaatttgaaggtacagaggatagtgagaatgggattatttctatgggaaatagtcaaattcattctgtcaaggacacaagtcagaggccagaaggctcacaggcatcaataagttcaaataaggtcagttctgacagtcagaatgctacacacatgaacttgtca
gacatgggacttggatctatgaatgtttttgaaagacatcagacaggaggagagatacaaatgaggatgaaggaaaaagaacctcatatatctcgagctaaaggaagggttgaaagttatagtgacctatgcacactattttcttctatgaacacggaacaaagaagtcatggttttagggggaaaaatgcttatgcagt
ctcggtgctgaaacgagttgaagcaaagctggatggccgagacattgatgggaaaagacaattttctgtttcagaacaagtggatcatcttcttcgtcaggctacaagcattgataatttatgtaatatgtatgaaggttggacaccttggatatgatgccctacaaatagcctcttcaagttcctgctacttctcctgg
aaaggcagtgttatttttgagctggctggtattcccattgtgtcacttgtcagtgatctcaatcatcgcagaacagtttagggtccaccttttgtctatcttgggttagactcgtcacaaatcattaggatagaagaaatccattttggtcaatggtgagaatagaagaatgctaaggaaaattcatccatcatggaagt
tgaggcttgaagaattgttacaatcctctactttctttaagcaagATTCTGTTAAGGAAACACACAGAGACACCTTGAATTAGGATGTGATTTTACTCACAAAGGTCAGATCAGAGCACCTCCATTGTCAATATTTTAATGGAACTGCATTGTCAGGTGCAAACTTGAGCTAGAAAAAAATGTGGACTTGTTTGATTGAG
AGATAACAAACTGTCAACAACCATCCCGCCAGAGAAATGCTTTAATACTAGGTCACTTGCGCTTTGTAGTGGAAGTGCAGGATAAGTCACAAAACCGTGCTTTGCCATTGCTTGGGCAGGGCACTGTCCAGTCCATGTAGAGGTGCTGCTGGCAGTATATTGCAGTGAGTCCAATTTCACAGCTTAACATACCCAAGTGA
CTTATATCAGAATTTTGGTATGCAAATCTAGAATCCAGATGTGGTGGTTATGACTGCTAATTTTTATTTCCTAGAGCTTTTGTGATTTTGATTGCAGGTATTTGTCTAGTTGAACCTACTACTTTGATCTGAGAGCAAATGAACACTCTTACTAAAATTGCTGTTATTCTTCTTTGTAATGGTGTCAAAAAGGTGATCAC
GAAGAATCTGTTTTAGAGCATTCAGCAAAGTATTGCAAAGTGAATAGTGGAGAATTGGTGAAAGGAAATGCAAAAGAGCATTCAATGCAGGTTTGAATTGCTTGTTATTTTTATTATAGATATAGATATCCTTCCTGATACGAAGACTAAAATAAAATGCAGTCTCATTTTTCCTTGGAGGGACAAAAGGTGTAAATTGT
AATTAATATTGGGCAAAGTTACAGCTTTTTCAAGACACTGCATAGTTTCATATTTCATGTTTTAGCTCAATGAGTGGTCATTTAATTAGTCTAAATAATCAATCTGGAGAGAAATTGATTACGGATATGCATTTCAGCAGGTAGTATGGTGAAATGGTAGCATCAGACTATTCTCAGTATTGGGATGCGATTGAGTTTTG
CCAGTACTTCGAAAACAAATGCTATAAATCAAACTGCATGAAATTATATCTTGAAGCAATGGTAATGAAAATAATGGTTGAATTGAGAGGGTTCCTGTAGAAGAAGATCTTGATCACTAGGTACTTCAACGACAGATTATTTTAGCATGGCAGTTTGTTATTTTGGAGAATTTTCTTGTGGCAGTGAATTATTTATCATT
GCAGCAGGTAGGTATGGTGAAATGATAGCCAGATCAAAATCAAATGATATATGTTAAACTGTGTGAGACTCTATATCGAAGTAAAAGTTTTGAAAAATATGTTTGAGTTGAGAGGGTTACCTGTGAAAAGAAGTACTTCGTTACTGGGTACTTCAGCAATAGATAATATTAGCATGGTGATCAGTAGACAATCGTTTAGG
AAAGAGGAGGGTATAGGTAGATCTTCCCTGTATTTATACCCTCTTATCAAGGG
Intron 4 GTGAGTCCAA ... TGTCAAAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.67 | 35 | 54 | 14 |
| A2 | 44.74 | 21 | 17 | 6 |
| A3 | 57.63 | 25 | 34 | 12 |
| A4 | 60 | 16 | 24 | 3 |
| A5 | 68.75 | 5 | 11 | 6 |
| A6 | 55.74 | 27 | 34 | 8 |
| A7 | 65.14 | 38 | 71 | 21 |
| A8 | 60.61 | 52 | 80 | 34 |
| A9 | 58.2 | 51 | 71 | 10 |
| A10 | 54.24 | 27 | 32 | 19 |
>TRINITY_DN44433_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoformCTGTGAGAGATCTGCCATTTCCACTGAGGAACAGCTTGAGAGGGCCATGGGTTGGGCTTGTGCAGGACCCAATACTGGTGGTGGCTCAAACTATTCGGGTAGAGGGATGGGAATTCCCCCTGAATTTCACGAGCATCTTCGTCACAGACGACAGTTGTTATGGGCAGGCCAAGAACAGGCTACGGGTATACTGAAGCTCT
GTTCTGCTGCTCTGGATTTTGAGGATTCTAGGGATGGTTTCCTAAGGTCTCTTTCAGATGCATCTACTGGTGGAGCTCTAAGTGAAGGCAGAGCTTGGCAGCAAGCATACATGAATATCATTTCAAGATTGGACATTTCTTATCACTCGTTTACTTGTGCAGACCGTGAATGGCATTTAGCACAGAAAAGCATGGAAGCA
GCTGGTGCAAGTCTTTCTACTGCAACTAATGATTTGTGCCTCGTATCTATAAAATTGAAGTCCACGTCAGGTGAACTTCAAGCTACACTTTCAAGCATGAGGGATTGGACAGTTAAAGCAAGTACAGATCTGTCAGCATTTTGCCGTGTGGCAAGGGGAAATTCTGCTCTAACAACTGAGAGTGGATCAATGCTTGAAGA
GGTTTTGGCAATAACGGAAGGAGCAGAAGGTGCACATGATGTTTATAGATTGGCAAAAGAAGCCACAGCACAACATAGTAATCTAATGTCTGAACTTAACAAAGTTAACATGCTTCTTCTTCCTCTGGAGTCCATGCTGGCTTCTGCATCAAATACAGTAATTGGTATTATTAACAGGGATGGTGAACAGAAATTGGAAA
TCTCTGTGGGTCAAGGCCAAGCATTAATCCAATCACTTCATATAAAGCTTGGAGAGGTTTGTCCTGTTTTGACAAGCACAGTTCCAGTTCTCCTGAACACTGTCAAAGAGCTACATATTGCTTTAACCAGACTTGCACGCACTGCAAGCTTTGATGCTGGTGTTCTCCATAAAGCTCTTGAAGGTGTTGGGGAAAGTCAA
GAAGCACGGTCTCAAGAATTAGATTTAGTCAGGACAGAACTTCCAGAAGATGAAGTGTTGTCTGCAGAACAAAATAGAAATATCATGGAAGCAGTTGTTGACAATGATGAACATGGTGGAGAGTCGATAACAGATGAAGAGCTCCTGCTACAAGGTGATGAAGACTCCTGGATCTCACCTCCTGATAGTTTTTATACTAA
TGATTCTGAGTCAGACAATACTTCCCCAGACTCACAACATCAAGATGACTCTTTGACCATCTCCAATGACTGGGAATCTCATATAAATGGAACTGACAAGGCTAAGTTTAGTGAGGGAGTGGTATCAGATGCTTCAAGGTTTACAGTGAATGAGGATACTGGATATACTTCTCCATCCTTTTTGGCCCATAGCCAAGAAG
ATCCTTTGCTAGTTGGGCATATTCAAACAGACATGAAATTTGAAGGTACAGAGGATAGTGAGAATGGGATTATTTCTATGGGAAATAGTCAAATTCATTCTGTCAAGGACACAAGTCAGAGGCCAGAAGGCTCACAGGCATCAATAAGTTCAAATAAGGTCAGTTCTGACAGTCAGAATGCTACACACATGAACTTGTCA
GACATGGGACTTGGATCTATGAATGTTTTTGAAAGACATCAGACAGGAGGAGAGATACAAATGAGGATGAAGGAAAAAGAACCTCATATATCTCGAGCTAAAGGAAGGGTTGAAAGTTATAGTGACCTATGCACACTATTTTCTTCTATGAACACGGAACAAAGAAGTCATGGTTTTAGGGGGAAAAATGCTTATGCAGT
CTCGGTGCTGAAACGAGTTGAAGCAAAGCTGGATGGCCGAGACATTGATGGGAAAAGACAATTTTCTGTTTCAGAACAAGTGGATCATCTTCTTCGTCAGGCTACAAGCATTGATAATTTATGTAATATGTATGAAGGTTGGACACCTTGGATATGATGCCCTACAAATAGCCTCTTCAAGTTCCTGCTACTTCTCCTGG
AAAGGCAGTGTTATTTTTGAGCTGGCTGGTATTCCCATTGTGTCACTTGTCAGTGATCTCAATCATCGCAGAACAGTTTAGGGTCCACCTTTTGTCTATCTTGGGTTAGACTCGTCACAAATCATTAGGATAGAAGAAATCCATTTTGGTCAATGGTGAGAATAGAAGAATGCTAAGGAAAATTCATCCATCATGGAAGT
TGAGGCTTGAAGAATTGTTACAATCCTCTACTTTCTTTAAGCAAGGTCACTTGCGCTTTGTAGTGGAAGTGCAGGATAAGTCACAAAACCGTGCTTTGCCATTGCTTGGGCAGGGCACTGTCCAGTCCATGTAGAGGTGCTGCTGGCAGTATATTGCAGTGATCACGAAGAATCTGTTTTAGAGCATTCAGCAAAGTATT
GCAAAGTGAATAGTGGAGAATTGGTGAAAGGAAATGCAAAAGAGCATTCAATGCAGGTAGTATGGTGAAATGGTAGCATCAGACTATTCTCAGTATTGGGATGCGATTGAGTTTTGCCAGTACTTCGAAAACAAATGCTATAAATCAAACTGCATGAAATTATATCTTGAAGCAATGGTAATGAAAATAATGGTTGAATT
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AAGTTTTGAAAAATATGTTTGAGTTGAGAGGGTTACCTGTGAAAAGAAGTACTTCGTTACTGGGTACTTCAGCAATAGATAATATTAGCATGGTGATCAGTAGACAATCGTTTAGGAAAGAGGAGGGTATAGGTAGATCTTCCCTGTATTTATACCCTCTTATCAAGGG
>TRINITY_DN44433_c0_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTGTGAGAGATCTGCCATTTCCACTGAGGAACAGCTTGAGAGGGCCATGGGTTGGGCTTGTGCAGGACCCAATACTGGTGGTGGCTCAAACTATTCGGGTAGAGGGATGGGAATTCCCCCTGAATTTCACGAGCATCTTCGTCACAGACGACAGTTGTTATGGGCAGGCCAAGAACAGGCTACGGGTATACTGAAGCTCT
GTTCTGCTGCTCTGGATTTTGAGGATTCTAGGGATGGTTTCCTAAGGTCTCTTTCAGATGCATCTACTGGTGGAGCTCTAAGTGAAGGCAGAGCTTGGCAGCAAGCATACATGAATATCATTTCAAGATTGGACATTTCTTATCACTCGTTTACTTGTGCAGACCGTGAATGGCATTTAGCACAGAAAAGCATGGAAGCA
GCTGGTGCAAGTCTTTCTACTGCAACTAATGATTTGTGCCTCGTATCTATAAAATTGAAGTCCACGTCAGGTGAACTTCAAGCTACACTTTCAAGCATGAGGGATTGGACAGTTAAAGCAAGTACAGATCTGTCAGCATTTTGCCGTGTGGCAAGGGGAAATTCTGCTCTAACAACTGAGAGTGGATCAATGCTTGAAGA
GGTTTTGGCAATAACGGAAGGAGCAGAAGGTGCACATGATGTTTATAGATTGGCAAAAGAAGCCACAGCACAACATAGTAATCTAATGTCTGAACTTAACAAAGTTAACATGCTTCTTCTTCCTCTGGAGTCCATGCTGGCTTCTGCATCAAATACAGTAATTGGTATTATTAACAGGGATGGTGAACAGAAATTGGAAA
TCTCTGTGGGTCAAGGCCAAGCATTAATCCAATCACTTCATATAAAGCTTGGAGAGGTTTGTCCTGTTTTGACAAGCACAGTTCCAGTTCTCCTGAACACTGTCAAAGAGCTACATATTGCTTTAACCAGACTTGCACGCACTGCAAGCTTTGATGCTGGTGTTCTCCATAAAGCTCTTGAAGGTGTTGGGGAAAGTCAA
GAAGCACGGTCTCAAGAATTAGATTTAGTCAGGACAGAACTTCCAGAAGATGAAGTGTTGTCTGCAGAACAAAATAGAAATATCATGGAAGCAGTTGTTGACAATGATGAACATGGTGGAGAGTCGATAACAGATGAAGAGCTCCTGCTACAAGGTGATGAAGACTCCTGGATCTCACCTCCTGATAGTTTTTATACTAA
TGATTCTGAGTCAGACAATACTTCCCCAGACTCACAACATCAAGATGACTCTTTGACCATCTCCAATGACTGGGAATCTCATATAAATGGAACTGACAAGGCTAAGTTTAGTGAGGGAGTGGTATCAGATGCTTCAAGGTTTACAGTGAATGAGGATACTGGATATACTTCTCCATCCTTTTTGGCCCATAGCCAAGAAG
ATCCTTTGCTAGTTGGGCATATTCAAACAGACATGAAATTTGAAGGTACAGAGGATAGTGAGAATGGGATTATTTCTATGGGAAATAGTCAAATTCATTCTGTCAAGGACACAAGTCAGAGGCCAGAAGGCTCACAGGCATCAATAAGTTCAAATAAGGTCAGTTCTGACAGTCAGAATGCTACACACATGAACTTGTCA
GACATGGGACTTGGATCTATGAATGTTTTTGAAAGACATCAGACAGGAGGAGAGATACAAATGAGGATGAAGGAAAAAGAACCTCATATATCTCGAGCTAAAGGAAGGGTTGAAAGTTATAGTGACCTATGCACACTATTTTCTTCTATGAACACGGAACAAAGAAGTCATGGTTTTAGGGGGAAAAATGCTTATGCAGT
CTCGGTGCTGAAACGAGTTGAAGCAAAGCTGGATGGCCGAGACATTGATGGGAAAAGACAATTTTCTGTTTCAGAACAAGTGGATCATCTTCTTCGTCAGGCTACAAGCATTGATAATTTATGTAATATGTATGAAGGTTGGACACCTTGGATATGATGCCCTACAAATAGCCTCTTCAAGTTCCTGCTACTTCTCCTGG
AAAGGCAGTGTTATTTTTGAGCTGGCTGGTATTCCCATTGTGTCACTTGTCAGTGATCTCAATCATCGCAGAACAGTTTAGGGTCCACCTTTTGTCTATCTTGGGTTAGACTCGTCACAAATCATTAGGATAGAAGAAATCCATTTTGGTCAATGGTGAGAATAGAAGAATGCTAAGGAAAATTCATCCATCATGGAAGT
TGAGGCTTGAAGAATTGTTACAATCCTCTACTTTCTTTAAGCAAGATTCTGTTAAGGAAACACACAGAGACACCTTGAATTAGGATGTGATTTTACTCACAAAGGTCAGATCAGAGCACCTCCATTGTCAATATTTTAATGGAACTGCATTGTCAGGTGCAAACTTGAGCTAGAAAAAAATGTGGACTTGTTTGATTGAG
AGATAACAAACTGTCAACAACCATCCCGCCAGAGAAATGCTTTAATACTAGGTCACTTGCGCTTTGTAGTGGAAGTGCAGGATAAGTCACAAAACCGTGCTTTGCCATTGCTTGGGCAGGGCACTGTCCAGTCCATGTAGAGGTGCTGCTGGCAGTATATTGCAgtgagtccaatttcacagcttaacatacccaagtga
cttatatcagaattttggtatgcaaatctagaatccagatgtggtggttatgactgctaatttttatttcctagagcttttgtgattttgattgcaggtatttgtctagttgaacctactactttgatctgagagcaaatgaacactcttactaaaattgctgttattcttctttgtaatggtgtcaaaaagGTGATCAC
GAAGAATCTGTTTTAGAGCATTCAGCAAAGTATTGCAAAGTGAATAGTGGAGAATTGGTGAAAGGAAATGCAAAAGAGCATTCAATGCAGGTTTGAATTGCTTGTTATTTTTATTATAGATATAGATATCCTTCCTGATACGAAGACTAAAATAAAATGCAGTCTCATTTTTCCTTGGAGGGACAAAAGGTGTAAATTGT
AATTAATATTGGGCAAAGTTACAGCTTTTTCAAGACACTGCATAGTTTCATATTTCATGTTTTAGCTCAATGAGTGGTCATTTAATTAGTCTAAATAATCAATCTGGAGAGAAATTGATTACGGATATGCATTTCAGCAGGTAGTATGGTGAAATGGTAGCATCAGACTATTCTCAGTATTGGGATGCGATTGAGTTTTG
CCAGTACTTCGAAAACAAATGCTATAAATCAAACTGCATGAAATTATATCTTGAAGCAATGGTAATGAAAATAATGGTTGAATTGAGAGGGTTCCTGTAGAAGAAGATCTTGATCACTAGGTACTTCAACGACAGATTATTTTAGCATGGCAGTTTGTTATTTTGGAGAATTTTCTTGTGGCAGTGAATTATTTATCATT
GCAGCAGGTAGGTATGGTGAAATGATAGCCAGATCAAAATCAAATGATATATGTTAAACTGTGTGAGACTCTATATCGAAGTAAAAGTTTTGAAAAATATGTTTGAGTTGAGAGGGTTACCTGTGAAAAGAAGTACTTCGTTACTGGGTACTTCAGCAATAGATAATATTAGCATGGTGATCAGTAGACAATCGTTTAGG
AAAGAGGAGGGTATAGGTAGATCTTCCCTGTATTTATACCCTCTTATCAAGGG
Intron 5 GTTTGAATTG ... TGCATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.67 | 55 | 14 | 26 |
| A2 | 24.24 | 50 | 6 | 26 |
| A3 | 22.95 | 47 | 3 | 25 |
| A4 | 24 | 38 | 0 | 24 |
| A5 | 33.33 | 14 | 11 | 3 |
| A6 | 27.76 | 95 | 19 | 54 |
| A7 | 29.86 | 128 | 25 | 84 |
| A8 | 31.65 | 176 | 43 | 120 |
| A9 | 28.99 | 109 | 23 | 66 |
| A10 | 30.16 | 66 | 15 | 42 |
>TRINITY_DN44433_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformCTGTGAGAGATCTGCCATTTCCACTGAGGAACAGCTTGAGAGGGCCATGGGTTGGGCTTGTGCAGGACCCAATACTGGTGGTGGCTCAAACTATTCGGGTAGAGGGATGGGAATTCCCCCTGAATTTCACGAGCATCTTCGTCACAGACGACAGTTGTTATGGGCAGGCCAAGAACAGGCTACGGGTATACTGAAGCTCT
GTTCTGCTGCTCTGGATTTTGAGGATTCTAGGGATGGTTTCCTAAGGTCTCTTTCAGATGCATCTACTGGTGGAGCTCTAAGTGAAGGCAGAGCTTGGCAGCAAGCATACATGAATATCATTTCAAGATTGGACATTTCTTATCACTCGTTTACTTGTGCAGACCGTGAATGGCATTTAGCACAGAAAAGCATGGAAGCA
GCTGGTGCAAGTCTTTCTACTGCAACTAATGATTTGTGCCTCGTATCTATAAAATTGAAGTCCACGTCAGGTGAACTTCAAGCTACACTTTCAAGCATGAGGGATTGGACAGTTAAAGCAAGTACAGATCTGTCAGCATTTTGCCGTGTGGCAAGGGGAAATTCTGCTCTAACAACTGAGAGTGGATCAATGCTTGAAGA
GGTTTTGGCAATAACGGAAGGAGCAGAAGGTGCACATGATGTTTATAGATTGGCAAAAGAAGCCACAGCACAACATAGTAATCTAATGTCTGAACTTAACAAAGTTAACATGCTTCTTCTTCCTCTGGAGTCCATGCTGGCTTCTGCATCAAATACAGTAATTGGTATTATTAACAGGGATGGTGAACAGAAATTGGAAA
TCTCTGTGGGTCAAGGCCAAGCATTAATCCAATCACTTCATATAAAGCTTGGAGAGGTTTGTCCTGTTTTGACAAGCACAGTTCCAGTTCTCCTGAACACTGTCAAAGAGCTACATATTGCTTTAACCAGACTTGCACGCACTGCAAGCTTTGATGCTGGTGTTCTCCATAAAGCTCTTGAAGGTGTTGGGGAAAGTCAA
GAAGCACGGTCTCAAGAATTAGATTTAGTCAGGACAGAACTTCCAGAAGATGAAGTGTTGTCTGCAGAACAAAATAGAAATATCATGGAAGCAGTTGTTGACAATGATGAACATGGTGGAGAGTCGATAACAGATGAAGAGCTCCTGCTACAAGGTGATGAAGACTCCTGGATCTCACCTCCTGATAGTTTTTATACTAA
TGATTCTGAGTCAGACAATACTTCCCCAGACTCACAACATCAAGATGACTCTTTGACCATCTCCAATGACTGGGAATCTCATATAAATGGAACTGACAAGGCTAAGTTTAGTGAGGGAGTGGTATCAGATGCTTCAAGGTTTACAGTGAATGAGGATACTGGATATACTTCTCCATCCTTTTTGGCCCATAGCCAAGAAG
ATCCTTTGCTAGTTGGGCATATTCAAACAGACATGAAATTTGAAGGTACAGAGGATAGTGAGAATGGGATTATTTCTATGGGAAATAGTCAAATTCATTCTGTCAAGGACACAAGTCAGAGGCCAGAAGGCTCACAGGCATCAATAAGTTCAAATAAGGTCAGTTCTGACAGTCAGAATGCTACACACATGAACTTGTCA
GACATGGGACTTGGATCTATGAATGTTTTTGAAAGACATCAGACAGGAGGAGAGATACAAATGAGGATGAAGGAAAAAGAACCTCATATATCTCGAGCTAAAGGAAGGGTTGAAAGTTATAGTGACCTATGCACACTATTTTCTTCTATGAACACGGAACAAAGAAGTCATGGTTTTAGGGGGAAAAATGCTTATGCAGT
CTCGGTGCTGAAACGAGTTGAAGCAAAGCTGGATGGCCGAGACATTGATGGGAAAAGACAATTTTCTGTTTCAGAACAAGTGGATCATCTTCTTCGTCAGGCTACAAGCATTGATAATTTATGTAATATGTATGAAGGTTGGACACCTTGGATATGATGCCCTACAAATAGCCTCTTCAAGTTCCTGCTACTTCTCCTGG
AAAGGCAGTGTTATTTTTGAGCTGGCTGGTATTCCCATTGTGTCACTTGTCAGTGATCTCAATCATCGCAGAACAGTTTAGGGTCCACCTTTTGTCTATCTTGGGTTAGACTCGTCACAAATCATTAGGATAGAAGAAATCCATTTTGGTCAATGGTGAGAATAGAAGAATGCTAAGGAAAATTCATCCATCATGGAAGT
TGAGGCTTGAAGAATTGTTACAATCCTCTACTTTCTTTAAGCAAGATTCTGTTAAGGAAACACACAGAGACACCTTGAATTAGGATGTGATTTTACTCACAAAGGTCAGATCAGAGCACCTCCATTGTCAATATTTTAATGGAACTGCATTGTCAGGTGCAAACTTGAGCTAGAAAAAAATGTGGACTTGTTTGATTGAG
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CTTATATCAGAATTTTGGTGATCACGAAGAATCTGTTTTAGAGCATTCAGCAAAGTATTGCAAAGTGAATAGTGGAGAATTGGTGAAAGGAAATGCAAAAGAGCATTCAATGCAGCAGGTAGTATGGTGAAATGGTAGCATCAGACTATTCTCAGTATTGGGATGCGATTGAGTTTTGCCAGTACTTCGAAAACAAATGC
TATAAATCAAACTGCATGAAATTATATCTTGAAGCAATGGTAATGAAAATAATGGTTGAATTGAGAGGGTTCCTGTAGAAGAAGATCTTGATCACTAGGTACTTCAACGACAGATTATTTTAGCATGGCAGTTTGTTATTTTGGAGAATTTTCTTGTGGCAGTGAATTATTTATCATTGCAGCAGGTAGGTATGGTGAAA
TGATAGCCAGATCAAAATCAAATGATATATGTTAAACTGTGTGAGACTCTATATCGAAGTAAAAGTTTTGAAAAATATGTTTGAGTTGAGAGGGTTACCTGTGAAAAGAAGTACTTCGTTACTGGGTACTTCAGCAATAGATAATATTAGCATGGTGATCAGTAGACAATCGTTTAGGAAAGAGGAGGGTATAGGTAGAT
CTTCCCTGTATTTATACCCTCTTATCAAGGG
>TRINITY_DN44433_c0_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTGTGAGAGATCTGCCATTTCCACTGAGGAACAGCTTGAGAGGGCCATGGGTTGGGCTTGTGCAGGACCCAATACTGGTGGTGGCTCAAACTATTCGGGTAGAGGGATGGGAATTCCCCCTGAATTTCACGAGCATCTTCGTCACAGACGACAGTTGTTATGGGCAGGCCAAGAACAGGCTACGGGTATACTGAAGCTCT
GTTCTGCTGCTCTGGATTTTGAGGATTCTAGGGATGGTTTCCTAAGGTCTCTTTCAGATGCATCTACTGGTGGAGCTCTAAGTGAAGGCAGAGCTTGGCAGCAAGCATACATGAATATCATTTCAAGATTGGACATTTCTTATCACTCGTTTACTTGTGCAGACCGTGAATGGCATTTAGCACAGAAAAGCATGGAAGCA
GCTGGTGCAAGTCTTTCTACTGCAACTAATGATTTGTGCCTCGTATCTATAAAATTGAAGTCCACGTCAGGTGAACTTCAAGCTACACTTTCAAGCATGAGGGATTGGACAGTTAAAGCAAGTACAGATCTGTCAGCATTTTGCCGTGTGGCAAGGGGAAATTCTGCTCTAACAACTGAGAGTGGATCAATGCTTGAAGA
GGTTTTGGCAATAACGGAAGGAGCAGAAGGTGCACATGATGTTTATAGATTGGCAAAAGAAGCCACAGCACAACATAGTAATCTAATGTCTGAACTTAACAAAGTTAACATGCTTCTTCTTCCTCTGGAGTCCATGCTGGCTTCTGCATCAAATACAGTAATTGGTATTATTAACAGGGATGGTGAACAGAAATTGGAAA
TCTCTGTGGGTCAAGGCCAAGCATTAATCCAATCACTTCATATAAAGCTTGGAGAGGTTTGTCCTGTTTTGACAAGCACAGTTCCAGTTCTCCTGAACACTGTCAAAGAGCTACATATTGCTTTAACCAGACTTGCACGCACTGCAAGCTTTGATGCTGGTGTTCTCCATAAAGCTCTTGAAGGTGTTGGGGAAAGTCAA
GAAGCACGGTCTCAAGAATTAGATTTAGTCAGGACAGAACTTCCAGAAGATGAAGTGTTGTCTGCAGAACAAAATAGAAATATCATGGAAGCAGTTGTTGACAATGATGAACATGGTGGAGAGTCGATAACAGATGAAGAGCTCCTGCTACAAGGTGATGAAGACTCCTGGATCTCACCTCCTGATAGTTTTTATACTAA
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ATCCTTTGCTAGTTGGGCATATTCAAACAGACATGAAATTTGAAGGTACAGAGGATAGTGAGAATGGGATTATTTCTATGGGAAATAGTCAAATTCATTCTGTCAAGGACACAAGTCAGAGGCCAGAAGGCTCACAGGCATCAATAAGTTCAAATAAGGTCAGTTCTGACAGTCAGAATGCTACACACATGAACTTGTCA
GACATGGGACTTGGATCTATGAATGTTTTTGAAAGACATCAGACAGGAGGAGAGATACAAATGAGGATGAAGGAAAAAGAACCTCATATATCTCGAGCTAAAGGAAGGGTTGAAAGTTATAGTGACCTATGCACACTATTTTCTTCTATGAACACGGAACAAAGAAGTCATGGTTTTAGGGGGAAAAATGCTTATGCAGT
CTCGGTGCTGAAACGAGTTGAAGCAAAGCTGGATGGCCGAGACATTGATGGGAAAAGACAATTTTCTGTTTCAGAACAAGTGGATCATCTTCTTCGTCAGGCTACAAGCATTGATAATTTATGTAATATGTATGAAGGTTGGACACCTTGGATATGATGCCCTACAAATAGCCTCTTCAAGTTCCTGCTACTTCTCCTGG
AAAGGCAGTGTTATTTTTGAGCTGGCTGGTATTCCCATTGTGTCACTTGTCAGTGATCTCAATCATCGCAGAACAGTTTAGGGTCCACCTTTTGTCTATCTTGGGTTAGACTCGTCACAAATCATTAGGATAGAAGAAATCCATTTTGGTCAATGGTGAGAATAGAAGAATGCTAAGGAAAATTCATCCATCATGGAAGT
TGAGGCTTGAAGAATTGTTACAATCCTCTACTTTCTTTAAGCAAGATTCTGTTAAGGAAACACACAGAGACACCTTGAATTAGGATGTGATTTTACTCACAAAGGTCAGATCAGAGCACCTCCATTGTCAATATTTTAATGGAACTGCATTGTCAGGTGCAAACTTGAGCTAGAAAAAAATGTGGACTTGTTTGATTGAG
AGATAACAAACTGTCAACAACCATCCCGCCAGAGAAATGCTTTAATACTAGGTCACTTGCGCTTTGTAGTGGAAGTGCAGGATAAGTCACAAAACCGTGCTTTGCCATTGCTTGGGCAGGGCACTGTCCAGTCCATGTAGAGGTGCTGCTGGCAGTATATTGCAGTGAGTCCAATTTCACAGCTTAACATACCCAAGTGA
CTTATATCAGAATTTTGGTATGCAAATCTAGAATCCAGATGTGGTGGTTATGACTGCTAATTTTTATTTCCTAGAGCTTTTGTGATTTTGATTGCAGGTATTTGTCTAGTTGAACCTACTACTTTGATCTGAGAGCAAATGAACACTCTTACTAAAATTGCTGTTATTCTTCTTTGTAATGGTGTCAAAAAGGTGATCAC
GAAGAATCTGTTTTAGAGCATTCAGCAAAGTATTGCAAAGTGAATAGTGGAGAATTGGTGAAAGGAAATGCAAAAGAGCATTCAATGCAGgtttgaattgcttgttatttttattatagatatagatatccttcctgatacgaagactaaaataaaatgcagtctcatttttccttggagggacaaaaggtgtaaattgt
aattaatattgggcaaagttacagctttttcaagacactgcatagtttcatatttcatgttttagctcaatgagtggtcatttaattagtctaaataatcaatctggagagaaattgattacggatatgcatttcagCAGGTAGTATGGTGAAATGGTAGCATCAGACTATTCTCAGTATTGGGATGCGATTGAGTTTTG
CCAGTACTTCGAAAACAAATGCTATAAATCAAACTGCATGAAATTATATCTTGAAGCAATGGTAATGAAAATAATGGTTGAATTGAGAGGGTTCCTGTAGAAGAAGATCTTGATCACTAGGTACTTCAACGACAGATTATTTTAGCATGGCAGTTTGTTATTTTGGAGAATTTTCTTGTGGCAGTGAATTATTTATCATT
GCAGCAGGTAGGTATGGTGAAATGATAGCCAGATCAAAATCAAATGATATATGTTAAACTGTGTGAGACTCTATATCGAAGTAAAAGTTTTGAAAAATATGTTTGAGTTGAGAGGGTTACCTGTGAAAAGAAGTACTTCGTTACTGGGTACTTCAGCAATAGATAATATTAGCATGGTGATCAGTAGACAATCGTTTAGG
AAAGAGGAGGGTATAGGTAGATCTTCCCTGTATTTATACCCTCTTATCAAGGG