NA ----> NA

Intron 1 ATTGTTGTTC ... TATGAGTAAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.7	55	2	8
A2	10.64	42	0	5
A3	3.92	49	1	2
A4	10.26	35	0	4
A5	25	21	1	7
A6	16.67	10	1	2
A7	30	14	2	6
A8	23.08	10	0	3
A9	24	19	0	6
A10	0	14	0	0

>TRINITY_DN104799_c2_g1_i9 from sample A4 / Example spliced isoform

GTGAAATTCTATCACGACTCTGTCGAAATGTAAACCCTAACATAAGTGGAATTTTAGGCTTAATTTTATTTTCAATTTACAAGCCAAATTCATATCTAATGAGTGTAAAATCTTTACAAGCTAAATTCATATCTAATGAGTAATCTTTATACATATATACCAAGAAAAGGCTCATAAAGAGCGATGACCATTGATGGCAA
ACATAGATGACCATCGATCGTTTTTTAAAATCTGTCAAATGGAGATACCTTTAAATGATGAGATTCATTCAACATGTAAATGGAGAAGATAGTAAATTAATTTAAATTTCTTTTTATTTTAATTAAGTTTAAATATAAAATGTAACTGTGTCATAATGTGCTGGTTGGAATTTGAATCTGAATCATCACCTATCAACCGT
AGCTGTGATACTTTTTTTCCTTAAATTTTGATATTTAAAAAGGGAAAAATTAAGCATGTTTTTTTATGATATTATAATTTAATTTATTAAATTATTTTTTCCTTAAATTGTCAGCCGATGTGTACTTGGCGATCTATCTAGCGGACAACACAGGACACTCATTTGGATATATCCATACTTTTTTTTTTTCAATGATCGAT
AATCGATAGCTCTTTCAGTATATTTCAATTACAATTAATTACGTACTTACAAATATCATAAAATCATATGTTATTTTATTATTTCCAACCAACCCAGAGATCGGAGGACAAAGCAGGACAAAGCATGAATGAGTTTATGTTCTTTAATTTTCTTTAATCTCTCGCGTAATCGAAATCTACAGGATTTACAGTGTAATTTC
TTGTTATTTATCCTAGCAACCGTAATCTGGTTTGTATTGCATCTTTATGGTTGTTCAAAACCCCTAAAATGTGTAGTTTCTGATAAAATCTCTTGTGAGTGCCATTTATGATAGCTTCCAATTCTGTTTTCTTTAATTTCTCTTTCTTTGGCATAATCGAAATGTACAGGATTTATAATGTAATTTCTCTTTCTTTTTAT
CGTTTGTATTGTGTAGTCTTTATTGTTGTTGTTCAAAACCCCTCAAGTGTGTAGTTTCTGTTAAAATATTTTATGAGTAAATAGTGTAATTTCTCTTTCTTTTTATGGTTTGTATAGTCTAGTCTTTATGAGTGCCATTTATGACAGTTTCTGATTCAACAAACTCCTCCACTAGGGCCATTAGAGCCATTGTTGTTCAA
AACCGCTCAAGTGTGTAGTTTCTCATAAAATCTTTATGAGTGCCATTTATGACAGTTTCTGATAAAATCTTTATGGAGTGCCATTGTTGTTCAAACTTCAAAGCCCCTAATCTTTTATGAGTGTCATGTGTGTAGTTTCTGATAAAATCTTTTATGAGTGCCATTTATGACAGTTTCCGATTCTGTTTCTCTTTCATTTC
TCTTTTTAGGCATAATCGAAATGTACAGGATTTATAGTGTAATTTCCTGTAATTTCTCTTTCTGATAAAATCTTTATGAGTGCCATTGTTGTTCAAAACCCCTCAAGTGTGTAGTTTCTGATAAAATAGTGTGTAGTTTCTGATAAAATATTTAATGAGTGCCATTTATGAAAGTTTCTGATTCAAATTATTGATTGAAA
AGTCACGGGTTCACTTCTCTTAGTTTATCAAAGGGATGCTGAAATTTCCAAAAGTATCAATGGAATAAGCCATGGGATTGAACATGTAAGTAATAAGCCATCTCGTGAACTATAAAAGCCCATTTGGAAGTCACAGGTTCCATTCCCCTGGAATGCAGTCATTTTAACAATTTGGTTGATCACATTCTTACTACTGCCTT
TGTATTTTGACCGCGTAAAACATGTAGAGAGAGCTGCGTTTAGCCTTTTGTTTCTTTCTTACATAATTGTTGTTGTTGTTCCCGGATTATAAGCTAATCTCATTTTGGATGACTTATTCTTAGACTTTTGTTCTGAAGAGAGCATTCTTTATCCAGGTATTTTCTTTTCCAATATTTCTTGTATTTGTGAAATAATTTAT
TGCATCTTTGTCATATCTAATATCTAAAATCTTTGTCAATTTACAAGCCAAATTCATATCTAATTTATTGCATCTTTGTTATTGTTCAATTACCCTATATTATGTCATGTGTGGTATCTGATAAAATCTTTATGAGTGC

>TRINITY_DN104799_c2_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ATAAAATCTTTATGAGTGCCattgttgttcaaaattataatgtaatttctctttctttttatcgtttgtattgtgtagtctttattgttgttgttcaaaacccctcaagtgtgtagtttctgttaaaatattttatgagtaacATTTATGACAGTTTCTGATTCAACCCCTAATCTTTTATGAGTGTCATGTGTGTAGTT
TCTGATAAAATCTTTTATGAGTGCCATTTATGACAGTTTCCGATTCTGTTTCTCTTTCATCTCTTTTTTAGGCATAATCGAAATGTACAGGATTTATGGTGTAATCTCCTGTAATTTCTCTTTCTGATAAAATCTTTATGAGTGCCATTGTTGTTCAAAACCCCTCGAGTGTTTAGTTTCTGATAAAATAGTGTGTAGTT
TCTGATAAAATATTTAATGAGTGCCATTTATGAAAGTTTCTGATTCAAATTATTGATTGAAAAGTCACGGGCT