sp|Q6AUC6|QSOX1_ORYSJ ----> Sulfhydryl oxidase 1
Intron 1 GTTTGCAGAA ... AAATTATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.95 | 47 | 14 | 14 |
| A2 | 23.6 | 34 | 11 | 10 |
| A3 | 22.22 | 28 | 8 | 8 |
| A4 | 17.24 | 48 | 7 | 13 |
| A5 | 23.33 | 23 | 3 | 11 |
| A6 | 18.6 | 105 | 14 | 34 |
| A7 | 21.78 | 79 | 16 | 28 |
| A8 | 19.79 | 77 | 15 | 23 |
| A9 | 19.28 | 67 | 10 | 22 |
| A10 | 19.17 | 78 | 18 | 19 |
>TRINITY_DN131660_c0_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoformTAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTC
CCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGTTTTAACAGGGACAGAACCTCGCAGGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTT
GAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCAGATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTAT
CAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTT
ATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAG
ATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGT
AGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAA
ATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTT
GTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCA
GTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGATGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAA
TGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCGTATATGATGTTCTATATTGAAGCTTGCTTGTTTATTATCATGTGGGTGTTCATTAAAATGAAGAAACAAATGAGTGTTCCCAAAGTATGAATCGGTATTTATGTTTCTGTTTGTATTGTTTATAGAATACTTGTGCAGTTCAGTGCCAGAA
GAACATAGAAATGTAAAAAGAAAAATGAGTAAAGATTCAATTTTCCATTTTTTTTCTCATCTTATACCTTATGAGGGCGAGCTCGATGCAATACAGGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTAC
AAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGA
GATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGTTGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGATTTTTTTTAATATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGA
TATTAGTCATGAGCTACGAACCTGGAG
>TRINITY_DN131660_c0_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTC
CCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGTTTTAACAGGGACAGAACCTCGCAGGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTT
GAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCAGATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTAT
CAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTT
ATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAG
ATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGT
AGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAA
ATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGgtttgcagaatcctctttacatcacatttcaatg
gctttatcgccgacatgatctaaggaatgcttgctaatgttattgttcttgggctggttggtcacaaattatcagCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTTGTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGA
AAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCAGTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATAT
CTGGGGGATGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAATGCAGCAAAAAAAGCGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTC
ATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTG
GTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGTTGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGATTTTTTTTAA
TATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGATATTAGTCATGAGCTACGAACCTGGAG
Intron 2 GTATGAATCG ... TGCAATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.12 | 10.1 | 8 | 11.1 |
| A2 | 43.48 | 13 | 10 | 9.2 |
| A3 | 43.11 | 27.7 | 21 | 11 |
| A4 | 15.38 | 22 | 4 | 11 |
| A5 | 38.89 | 11 | 7 | 13.2 |
| A6 | 34.14 | 88.7 | 46 | 69.5 |
| A7 | 35.05 | 74.1 | 40 | 38.2 |
| A8 | 30.07 | 107 | 46 | 72 |
| A9 | 36.52 | 73 | 42 | 66.3 |
| A10 | 15.27 | 38.9 | 7 | 24.5 |
>TRINITY_DN131660_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTC
CCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGTTTTAACAGGGACAGAACCTCGCAGGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTT
GAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCAGATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTAT
CAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTT
ATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAG
ATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGT
AGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAA
ATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTT
GTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCA
GTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGATGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAA
TGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCGTATATGATGTTCTATATTGAAGCTTGCTTGTTTATTATCATGTGGGTGTTCATTAAAATGAAGAAACAAATGAGTGTTCCCAAAGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTG
AGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCC
AAGCAATTGGTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGTTGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGAT
TTTTTTTAATATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGATATTAGTCATGAGCTACGAACCTGGAG
>TRINITY_DN131660_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTC
CCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGTCAGTGAATACTCCTGCCATCTCTGTGCTTTGCTGTATATCTCTTTTCGTGGAAGAGTAATTTAGCACCAGGCCTATTTGCCGTTGTAGTAATTGCAATTGAATCTTTTCCTGTCTGCTGAGAATTTTACCCATTGAAGGTTTTAACAGGGACAGAACCTCGCAGGG
TTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTTGAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCA
GATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTATCAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTAC
GCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTTATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTG
TTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAGATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAAT
TCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGTAGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGA
TGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAAATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGA
TTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTTGTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCT
GCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCAGTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCA
GAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGATGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAATGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCGTATATGATGTT
CTATATTGAAGCTTGCTTGTTTATTATCATGTGGGTGTTCATTAAAATGAAGAAACAAATGAGTGTTCCCAAAgtatgaatcggtatttatgtttctgtttgtattgtttatagaatacttgtgcagttcagtgccagaagaacatagaaatgtaaaaagaaaaatgagtaaagattcaattttccattttttttctcat
cttataccttatgagggcgagctcgatgcaatacagGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTT
CCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTT
TTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGTTGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGATTTTTTTTAATATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGATATTAGTCATGAGCTACGAACCTGGAG
Intron 3 GTACTTAAAC ... TGCAATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.6 | 20 | 12 | 12.1 |
| A2 | 34.09 | 29 | 20 | 10 |
| A3 | 46 | 21 | 24 | 11.8 |
| A4 | 39.53 | 26 | 22 | 12 |
| A5 | 39.73 | 22 | 15 | 14 |
| A6 | 34.44 | 150.3 | 82 | 75.9 |
| A7 | 36.02 | 96.7 | 67 | 41.9 |
| A8 | 36.52 | 133.9 | 76 | 78.1 |
| A9 | 43.97 | 94.4 | 76 | 72.1 |
| A10 | 32.17 | 75.9 | 45 | 27 |
>TRINITY_DN131660_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTC
CCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGTTTTAACAGGGACAGAACCTCGCAGGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTT
GAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCAGATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTAT
CAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTT
ATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAG
ATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGT
AGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAA
ATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTT
GTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCA
GTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGATGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAA
TGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGC
AATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTG
ATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGTTGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGATTTTTTTTAATATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGATATTAGTCATGAGCTACGAACCTGGAG
>TRINITY_DN131660_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTC
CCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGTTTTAACAGGGACAGAACCTCGCAGGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTT
GAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCAGATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTAT
CAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTT
ATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAG
ATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGT
AGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAA
ATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTT
GTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCA
GTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGATGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAA
TGCAGCAAAAAAAGCGAAAgtacttaaaccaagtttactccttcaagcgtatatgatgttctatattgaagcttgcttgtttattatcatgtgggtgttcattaaaatgaagaaacaaatgagtgttcccaaagtatgaatcggtatttatgtttctgtttgtattgtttatagaatacttgtgcagttcagtgccagaa
gaacatagaaatgtaaaaagaaaaatgagtaaagattcaattttccattttttttctcatcttataccttatgagggcgagctcgatgcaatacagGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTAC
AAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGA
GATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGTTGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGATTTTTTTTAATATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGA
TATTAGTCATGAGCTACGAACCTGGAG
Intron 4 GTCAGTGAAT ... AACCTCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.89 | 50 | 20 | 41 |
| A2 | 49.04 | 30.7 | 31 | 28 |
| A3 | 39.33 | 54 | 26 | 44 |
| A4 | 43.06 | 40.3 | 23 | 38 |
| A5 | 44.33 | 43.3 | 33 | 36 |
| A6 | 43.45 | 27.3 | 12 | 30 |
| A7 | 41.33 | 22 | 13 | 18 |
| A8 | 35.11 | 8.3 | 3 | 6 |
| A9 | 44.55 | 28 | 10 | 35 |
| A10 | 37.74 | 33 | 13 | 27 |
>TRINITY_DN119595_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformTTTCATAGTAATGTAGTATTGTTCAAGGTGGTGGAAGATAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTAGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAA
AGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTCCCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGC
TCCGGTTTCTTTGAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCATATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGAT
GGCGCGGAGTATCAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATC
CTGGTACTGTTTATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGG
ATTAATAAAAAGATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTT
GCAAATTCTGGTAGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCC
GTGGCAGCAAAAATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACT
CGATATGATTTTGTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAAC
AGAAGTCTACCAGTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGACGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCT
GTATCTGGAGAATGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCGTATATGATGTTCTATATTGAAGCTTGCTTGTTTATTATCATGTGGGTGTTCATTAAAATGAAGAAACAAATGAGTGTTCCCAAAGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGA
ATCGATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCATTTTGCTGTCACTGTAA
TATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTCTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCC
>TRINITY_DN119595_c0_g1_i17 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTTCATAGTAATGTAGTATTGTTCAAGGTGGTGGAAGATAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTAGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAA
AGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTCCCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGgtcagtgaatactcctgccatctctgtgctttgctgtatttctcttttcgtggaagagtaatttagcaccaggcctatttgccgttgtagtaattgcaattgaatcttttcctgtctgctgagaatttta
cccattgaaggttttaacagggacagaacctcgcagGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTTGAGATATTCCGGTGCCGTCTTT
CGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCATATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTATCAACGCCCCTCCCGAAGCCGAT
GCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTTATATGGCTAAGGTGGACTGTGC
ATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAGATTGGAAAATCATATAGTTTGG
ACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGTAGCGCATCATCCATCTAAAAGG
TGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAAATGACACTCGAGGATTCAGCTG
TGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTTGTTCTTTGGCTCTGGCGTGCAC
ACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCAGTTCCTTCTTAATTACTATGGG
CAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGACGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAATGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTA
CTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCGTATATGATGTTCTATATTGAAGCTTGCTTGTTTATTATCATGTGGGTGTTCATTAAAATGAAGAAACAAATGAGTGTTCCCAAAGTATGAATCGGTATTTATGTTTCTGTTTGTATTGTTTATAGAATACTTGTGCAGTTCAGTGCCAGAAGAACATAGAAATGTAAAAAGAA
AAATGAGTAAAGATTCAATTTTCCATTTTTTTTCTCATCTTATACCTTATGAGGGCGAGCTCGATGCAATACAGGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCGATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCG
AGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCATTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTCTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCATTTTTTAAG
GTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCC
Intron 5 GTGGGTGTTC ... TGCAATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.14 | 9 | 13 | 12 |
| A2 | 60 | 10 | 20 | 10 |
| A3 | 56.92 | 14 | 25 | 12 |
| A4 | 42.42 | 19 | 16 | 12 |
| A5 | 53.19 | 11 | 11 | 14 |
| A6 | 50 | 65 | 54 | 76 |
| A7 | 49.73 | 47 | 51 | 42 |
| A8 | 50.37 | 67 | 58 | 78 |
| A9 | 51.67 | 58 | 52 | 72 |
| A10 | 44.23 | 29 | 19 | 27 |
>TRINITY_DN44921_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformGTTGAATAGAGAAATAGTACTTGATGTATTTTATAGGGTAGTATTTTAATTTCTAACTAATATGATTATGGATTGTGCTTTAATTTCAAGGAAACAATAATTCTTCTTGAAGAGATTAAGTGCTATTTTATAATTTCACATTTACAAGATATATTCTGAATTTTTCATTTGTTTCTGGATTTCGCAGCTGTGGTCTCTGG
CTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTTGTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGT
CAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCAGTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTA
AATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGACGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAATGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAA
GTTTACTCCTTCAAGCGTATATGATGTTCTATATTGAAGCTTGCTTGTTTATTATCATGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGT
TCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTT
>TRINITY_DN44921_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGAAGATAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGA
GGGGTCCCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGTCAGTGAATACTCCTGCCATCTCTGTGCTTTGCTGTATATCTCTTTTCGTGGAAGAGTAATTTAGCACCAGGCCTATTTGCCGTTGTAGTAATTGCAATTGAATCTTTTCCTGTCTGCTGAGAATTTTACCCATTGAAGGTTTTAACAGGGACAGAACCTC
GCAGGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTTGAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTG
ATGCCATATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTATCAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAA
CGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTTATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGAT
TTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAGATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCA
GCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGTAGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAA
TTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAAATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAG
TGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTTGTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAA
GAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCAGTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGG
TCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGACGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAATGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCGTATAT
GATGTTCTATATTGAAGCTTGCTTGTTTATTATCATgtgggtgttcattaaaatgaagaaacaaatgagtgttcccaaagtatgaatcggtatttatgtttctgtttgtattgtttatagaatacttgtgcagttcagtgccagaagaacatagaaatgtaaaaagaaaaatgagtaaagattcaattttccattttttt
tctcatcttataccttatgagggcgagctcgatgcaatacagGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCAC
AGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGC
GGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGTTGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGATCTTTTTTAATATTATCAATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGATATTAGTCATGAGCTACGAAC
Intron 6 GTCAGTGAAT ... CCCATTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 39.92 | 39.9 | 20 | 33 |
| A2 | 50.82 | 30 | 31 | 31 |
| A3 | 41.1 | 48 | 26 | 41 |
| A4 | 40.43 | 42 | 23 | 34 |
| A5 | 48.34 | 39 | 33 | 40 |
| A6 | 45.33 | 26 | 12 | 31.1 |
| A7 | 39.22 | 25.6 | 13 | 20 |
| A8 | 33.33 | 7 | 3 | 4 |
| A9 | 47.37 | 25 | 10 | 35 |
| A10 | 43.27 | 33 | 13 | 37.4 |
>TRINITY_DN131660_c0_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoformTAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTC
CCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGTTTTAACAGGGACAGAACCTCGCAGGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTT
GAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCAGATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTAT
CAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTT
ATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAG
ATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGT
AGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAA
ATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTT
GTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCA
GTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGATGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAA
TGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCGTATATGATGTTCTATATTGAAGCTTGCTTGTTTATTATCATGTGGGTGTTCATTAAAATGAAGAAACAAATGAGTGTTCCCAAAGTATGAATCGGTATTTATGTTTCTGTTTGTATTGTTTATAGAATACTTGTGCAGTTCAGTGCCAGAA
GAACATAGAAATGTAAAAAGAAAAATGAGTAAAGATTCAATTTTCCATTTTTTTTCTCATCTTATACCTTATGAGGGCGAGCTCGATGCAATACAGGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTAC
AAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGA
GATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGTTGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGATTTTTTTTAATATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGA
TATTAGTCATGAGCTACGAACCTGGAG
>TRINITY_DN131660_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTC
CCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGgtcagtgaatactcctgccatctctgtgctttgctgtatatctcttttcgtggaagagtaatttagcaccaggcctatttgccgttgtagtaattgcaattgaatcttttcctgtctgctgagaattttacccattgaagGTTTTAACAGGGACAGAACCTCGCAGGG
TTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTTGAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCA
GATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTATCAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTAC
GCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTTATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTG
TTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAGATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAAT
TCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGTAGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGA
TGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAAATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGA
TTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTTGTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCT
GCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCAGTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCA
GAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGATGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAATGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCGTATATGATGTT
CTATATTGAAGCTTGCTTGTTTATTATCATGTGGGTGTTCATTAAAATGAAGAAACAAATGAGTGTTCCCAAAGTATGAATCGGTATTTATGTTTCTGTTTGTATTGTTTATAGAATACTTGTGCAGTTCAGTGCCAGAAGAACATAGAAATGTAAAAAGAAAAATGAGTAAAGATTCAATTTTCCATTTTTTTTCTCAT
CTTATACCTTATGAGGGCGAGCTCGATGCAATACAGGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTT
CCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTT
TTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGTTGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGATTTTTTTTAATATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGATATTAGTCATGAGCTACGAACCTGGAG
Intron 7 GTATATGATG ... TGCAATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60 | 7 | 9 | 12 |
| A2 | 69.23 | 6 | 17 | 10 |
| A3 | 67.86 | 9 | 26 | 12 |
| A4 | 63.64 | 8 | 16 | 12 |
| A5 | 60.98 | 8 | 11 | 14 |
| A6 | 51.59 | 61 | 54 | 76 |
| A7 | 47.57 | 54 | 56 | 42 |
| A8 | 52.31 | 62 | 58 | 78 |
| A9 | 54.36 | 55 | 59 | 72 |
| A10 | 49.15 | 30 | 31 | 27 |
>TRINITY_DN131660_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformTAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTC
CCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGTCAGTGAATACTCCTGCCATCTCTGTGCTTTGCTGTATATCTCTTTTCGTGGAAGAGTAATTTAGCACCAGGCCTATTTGCCGTTGTAGTAATTGCAATTGAATCTTTTCCTGTCTGCTGAGAATTTTACCCATTGAAGGTTTTAACAGGGACAGAACCTCGCAGGG
TTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTTGAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCA
GATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTATCAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTAC
GCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTTATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTG
TTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAGATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAAT
TCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGTAGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGA
TGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAAATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGA
TTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTTGTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCT
GCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCAGTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCA
GAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGATGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAATGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCGTTTGTGAGAGG
GAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAG
CTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGT
TGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGATTTTTTTTAATATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGATATTAGTCATGAGCTACGAACCTGGAG
>TRINITY_DN131660_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTTGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAAAGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTC
CCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGTCAGTGAATACTCCTGCCATCTCTGTGCTTTGCTGTATATCTCTTTTCGTGGAAGAGTAATTTAGCACCAGGCCTATTTGCCGTTGTAGTAATTGCAATTGAATCTTTTCCTGTCTGCTGAGAATTTTACCCATTGAAGGTTTTAACAGGGACAGAACCTCGCAGGG
TTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTTGAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCA
GATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTATCAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTAC
GCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTTATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTG
TTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAGATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAAT
TCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGTAGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGA
TGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAAATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGA
TTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCAGAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTTGTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCT
GCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATGTTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCAGTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCA
GAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGATGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGTTTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAATGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCgtatatgatgtt
ctatattgaagcttgcttgtttattatcatgtgggtgttcattaaaatgaagaaacaaatgagtgttcccaaagtatgaatcggtatttatgtttctgtttgtattgtttatagaatacttgtgcagttcagtgccagaagaacatagaaatgtaaaaagaaaaatgagtaaagattcaattttccattttttttctcat
cttataccttatgagggcgagctcgatgcaatacagGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCAATGTATTGAGGGACGTCATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTT
CCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCGTTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTGGTGGTTTAGACTTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCAATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTT
TTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCAGTTGGTTATGCTGTGAAACAGAATGATTCATAGATGCGTTTGGTATTAATTATCGATTTTTTTTAATATTATGTTAATATTTTTATTGGAAGGATATTAGTCATGAGCTACGAACCTGGAG
Intron 8 GTCAGTGAAT ... GTTTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.96 | 47 | 20 | 40 |
| A2 | 48.87 | 34 | 31 | 34 |
| A3 | 39.53 | 52 | 26 | 42 |
| A4 | 39.73 | 44 | 23 | 35 |
| A5 | 49.04 | 37.4 | 33 | 39 |
| A6 | 42.7 | 31 | 12 | 34.2 |
| A7 | 38.64 | 27 | 13 | 21 |
| A8 | 33.33 | 7 | 3 | 4 |
| A9 | 46.15 | 28 | 10 | 38 |
| A10 | 43.62 | 34 | 13 | 39.6 |
>TRINITY_DN119595_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformTTTCATAGTAATGTAGTATTGTTCAAGGTGGTGGAAGATAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTAGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAA
AGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTCCCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGGGACAGAACCTCGCAGGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTG
AACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTTGAGATATTCCGGTGCCGTCTTTCGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCATATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTG
TAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTATCAACGCCCCTCCCGAAGCCGATGCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGA
CGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTTATATGGCTAAGGTGGACTGTGCATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGA
TCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAGATTGGAAAATCATATAGTTTGGACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGT
CATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGTAGCGCATCATCCATCTAAAAGGTGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGG
TACTGGATCTTTTGCCGTGGCAGCAAAAATGACACTCGAGGATTCAGCTGTGGTCTCTGGCTTCTTTTTCATTCTTTGTCAGTGAGGATTGAGGACGGTGAGACCATGACTACATTCACAGCAATTTGTGATTTTGTTCACAATTTTTTCATCTGCGAAGAGTGCCGTCAACATTTCTTTAAGATGTGTTCCAGCGTTCA
GAAACCTATCAAAACTCGATATGATTTTGTTCTTTGGCTCTGGCGTGCACACAATCAGGTCAATGAGAGGTTGATGATTGAAGAAGCTGCTCTGGGAACTGGTGATCGAAAATTTCCGAAAGTGATATGGCCGCCGAAGCAGCTTTGTGCATCATGTTGGATCTCCTCTAGCAAGAAACATAACAGTACACATGTAGATG
TTGTTTGGAACGAAACAGAAGTCTACCAGTTCCTTCTTAATTACTATGGGCAGATCATTAAATTTCCATTGCAGGATGATGGTCAGCAGAGAAGCAGAACTGTTGAGAAACAATCATATCTGGGGGACGACACAGTTCCTAGTGGTGTCGTTGCTGTACCTATAGGCGCTGCAGTTGCCATTGCCATTGCCAGCTGTGGT
TTTGGGGCAGTTGCCTGTATCTGGAGAATGCAGCAAAAAAAGCGAAAGTACTTAAACCAAGTTTACTCCTTCAAGCGTATATGATGTTCTATATTGAAGCTTGCTTGTTTATTATCATGTGGGTGTTCATTAAAATGAAGAAACAAATGAGTGTTCCCAAAGTATGAATCGGTATTTATGTTTCTGTTTGTATTGTTTAT
AGAATACTTGTGCAGTTCAGTGCCAGAAGAACATAGAAATGTAAAAAGAAAAATGAGTAAAGATTCAATTTTCCATTTTTTTTCTCATCTTATACCTTATGAGGGCGAGCTCGATGCAATACAGGTTTGTGAGAGGGAGTGTTTGACCATTCAATTGTTGCCGCTCTGCTTATGGAAGAATCGATGTATTGAGGGACGTC
ATGCAGCAACTACATTTTTTGTGTTTACAAGACTTCCAAAAGTGTGTCCGAGAGGATATGGTTAGTTCCGATATAGGTTCACAGGCTTCCCCTTTATTCGCTAGCAATATTAACCACATGGGAAGATAGTGCAAAGCTATGCCATTTAATTTTGGCTTTGCATTTTGCTGTCACTGTAATATACTGGTGCCAAGCAATTG
GTGGTTTAGACTTCTAAGGCAATCCATCGAGATTGTAAGCATTTTTTAAGGTGACTTTGTTATGATATTTCCGTGTCAATTGCGGGTTTTTGTCTTGGAAAAATTGATTTGCAAAACATTTTTGATGTGGAAGCC
>TRINITY_DN119595_c0_g1_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTTCATAGTAATGTAGTATTGTTCAAGGTGGTGGAAGATAGTAATGGAGATAGTTTGTGAATAACATGGAGAAAATGGAGAAAGTTTGGAGGTTTTTTTAGTTGCTAATGTCAATGGGGAGGGTTTGTTAAGATATTTTGGCACCCAAATCCTTTGAATCTCATGTCGACTTCTCACGGCCTGCAGCTAAGAAGGATTAA
AGAAAAAAATCAAGCAACAAATCATTTTAAGAGGGGTCCCGAGGTTGGATCTCGTGTCTGTCTTTTCTAGgtcagtgaatactcctgccatctctgtgctttgctgtatttctcttttcgtggaagagtaatttagcaccaggcctatttgccgttgtagtaattgcaattgaatcttttcctgtctgctgagaatttta
cccattgaaggttttaacagGGACAGAACCTCGCAGGGTTTAGAAGGCCTGTTTAAGCTTCTATAAATTTACTCCCTTGGGTGCAAAATTTGGGGGCCCCGAACATTCCCTTCCCGAAACACGGGGAGGATTTATTGAATGCTGACGGTGAACTCAGCTTTTCGGCTCCGGTTTCTTTGAGATATTCCGGTGCCGTCTTT
CGTACTGTCGGATCAAGGAGGGTACGGAATTGATGCCATATACGGATTTGTAAGGACAAGTTGCGAGAGCTCCAATGGCTGCCAATTTGATCGCGCTCCTGATTCTGTTAAGTGTGGTGAAAACCCCTTCCGTCCAAGCACAGACGATTGTAGGACGGACTTTGATGGCGCGGAGTATCAACGCCCCTCCCGAAGCCGAT
GCTGCTGTTGAATTGAAGATGGGCGATTTTAACGCTACGCTATGGGCAACGCCGGCGTCCTGGGCAGTTGTGGAGTTCTTTGCACATTGGTGCCCTGCGTGTCGAAATTACAAGCCTCAGTATGAACGAGTTGCCAGGCTTTTTAATGGACGTGATGCAGTGCATCCTGGTACTGTTTATATGGCTAAGGTGGACTGTGC
ATTGGAGGTAAATACAAAATTGTGTGACAGATTTTCTGTTTCTCACTATCCCTTGTTACTTTGGGGTCCGCCATCCAAGTTTGCCTTTGGTAGCTGGGAACCTAAGGTGGATAGTGGCATAGAACCAATTGAAGATGCTCGTACGGCTGATCGTCTACTGAAATGGATTAATAAAAAGATTGGAAAATCATATAGTTTGG
ACGATGAGAAATTTGAAAATGAAGAATTACCAGCAAATTCATCTGATCCAGCCGAGGTTGCTCGATCTATATACGATATTGAGGAAGCGACAGGGAATATCTTCGAAATCTTCTTGAACAATAAGATAATTAATTCTGATTCTCGAGCGTCATTCATAAGATTTTTGCAAATTCTGGTAGCGCATCATCCATCTAAAAGG
TGCCGAAGCGGGAGTGGGGAGATAATTGTAAATTTTGATGAACTTTGGCCTTCATATGCATGGTCAGCTGATACTCAACAGGCTGGAAAGCTTCTTGTAAAGGATGCATTCCAGAATCTGTACATCTGTGGAAAAGAAGTCCCTCGTGGGTACTGGGTATTTTTCACACCGGATCGATTCTCTTATTTAGTTTTGATGTG
CTGTTCAACTTTATTATAGATGTAGAAGGTGAATGGCTGATACAAATATCTCTGTGAAAATTTGTACGCAAACCCTCTAGGAGCTGTGTTGGATAGTTTGCATTATCAACCTCAAATTTTTGGCATCTTGTTGATGGCTGAATTCTAT