NA ----> NA

Intron 1 GTAGGTGTTT ... CTTTGCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.73	79	8	11
A2	7.69	90	10	5
A3	12.58	66	11	8
A4	6.12	46	6	0
A5	1.82	27	1	0
A6	10.78	505	62	60
A7	10.16	491	62	49
A8	10.65	583	71	68
A9	10.22	492	63	49
A10	9.23	349	47	24

>TRINITY_DN45698_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGCTTTTATACAAGGGAGAAGAGGCCCACTGAAGCCTTCGGGTTTTTTTTTTCTTTCATCAATACATGGTCACGTATATGAGATTTTCGAACTTGAGTGACATATAATTGATGTCACTAAAGCCAACGCGTTCTCCGTCAAGGTTGTGTAACATATAGACATGAAATGGAGCTGCAGCCTGCAGTCTTAGTTAGCCTCT
GCGATTGATTTTTTTATAACGTGGATTAGCTGGGTGTGCGGATCTGAATGACAAACCACGAGATCTACAGAACAGGACATCGAATCGGTCAAGGCCATGGTGGTCTGTAAGTGCCGAAAGGCAACTAAGCTTTATTGTTTCGTGCATAAAGTTCCAGTCTGTGGTGAATGCATATGCTTTCCGGAACATCAATTATGTGT
GGTTTAATCCAAGCCTTTCATGAGTTGGTAGTTAGGGTTGGTTATTAAAAGTGAAGTATAAAAGAACATGAAGGGACAAAGAGAAAATATACCAGCAGAAGGAGAGGGGGAGAATTGGAGAGTAAAGAGCAGTTTCCAGCAGGGAGAGAAAGGGCACAATTCCCATGACAAAGAAGTGGCTCGATTTCCAAGAATGCTAG
GGCAGAATCCTGGCATGATTTCCAAGAAGACTGACAGCAATAAATGTTCAGATCGTACAGTATTAAATTGCTGTTACAGTGACACGATTTCCAAGGAAGGACTGACAGTACTGTACAGCAATTAATTCTGGCATGTGTGGGTGAAGTTCTGAGCAGTTTGGCATGAATTTCTAGGTATTCTGAGCATTTAATTCAGTCTG
AACTGGACCATACAACAGCAGACTGTTTGGCATGTGTGGGGGCCATACTGCTGCACAGAAATCGAGGCGTACTGCTGCAAATGAAAAGGTCAGGACTTACTCAGAGTGGGTGATAGATGGAGATTATGATTGGCCTACTGCCTGCAATATATGTCAATTAGGCTTTGATGATGGAGCCGCTACTACTCGACTGGGCTGCT
TACATGTTGTGCATACACACTGTTTGGTGTCACATCTCCAAAGTTTTCCTCCCCACACAGCTCCAGCAGGATATGTTTGCCCTGCTTGTTCCTCACCGATATGGCCTCCAAAGAGCATTAAAGATTCAGGATCTGCTCTTCACGCCAAACTGAAGGAAGCCATTTCTCAGAGTGAATTGGTAAAGAATTTGTTAGGAGAT
GACTTGATTACTGGGAAGTCACTTGAACCTCGTCTTATGCCACCAGCCTTTGCATCTGACCCACCTGTTTCTTTGGTTGCTACCCACTCACAAGGAACTTCCAGTGCCAATCTACCATCAGCAATAGCAAAGGAGACGGATGCATCAGCAAATTCAACATCAACAGCTTTTTCATATACTTCTGGAACCAGGTCAGGCAC
TTCTACTATCTCAAGCTCAGACATTGTTGGCACGGATGGAGCTGTTTCTGTCAGTCTCCAACCTGCATTGACTATTGATCCTCATTTCATGCAGTCTCAGAATACAGCTGGTCCTGGAGCAACAACAAGAAAAGGTTCATATCGTGGTGACAAATACAGTCCAACTTTCTCCCCTCATGATGATGATGTTGACGATGATG
ATGAAAGCAAACGGAAGTATATTCGTCGGGGTAGTTTCCATAGAAGGTTCTTGAGGTTTTTGCTACCGTTTTGGTCTCCTGCTTTACCTACATTGCCAGTAACTGCTCCACGAAAAGAAGATCGAGACGGTGGATCAGCAACTGATGATTTAATTGAGGGTCACTCTCGACGGCGACGATCTTCTGTAGATCCCAGGAAG
ATCCTCCTTTTCCTTGCCATTATGTCTTGTATGGCAACTATGATGCTTCTGTATTACAGGCTCTCCCAGAACAGTCCCAAGGATGAAATACTAGAAATGGATCAGGAATAATTGTCGCGATTGCTATGGCCTTATCAGTCCATTTATGTTTCTTCTAAATGCCATTCTTTAGAAAGACAAATCAATCACAGCTGCTCGAT
TTTACAGTGACTATGGGGACTTTCTCAGAGGAATATTTTCTGTTTGCTTTTATGAAATTACCTACGGTTTATGTTAATCAAATTTGCTGCTATCAGATTTTCCCAGATTAAAAGCCAAAGTGGTTATGTAATTTTTGTCAGAGGCACATTTCCATCAATTCTTAGCAATGCAAACAAATAAAAAATTATTCTCAGCAATC
TAGTTTTGCTGGTTTGCCATAAGAAATCATCTCAAATTGCAAATCTCCAAATTTGTTCCACTTAAAATGCTTTATACAAGCATGTGTAACTATTGTTATGAACAATTAATATTGTCATTTATCAAGTTAAAAACAGTTGGAAAACTAGAAGTTATTATTAATAATAATCAGTGTAGTTAAACCTTTAAGTCATTGGAATA
GTTAAATTAGCTGTACATTTCTTTCCATTTTGTAAATCTCGAGGGAAAGCAAGGATGGCTGTATTTAATTTTGGGACCATCATTTTCTATTGCTGTTCTGTCTCTCCAAATATGCTTATTAATCTGATACTGTTATAGTAATGTCAGGTCTGCTAGAC

>TRINITY_DN45698_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGCTTTTATACAAGGGAGAAGAGGCCCACTGAAGCCTTCGGGTTTTTTTTTTCTTTCATCAATACATGGTCACGTATATGAGATTTTCGAACTTGAGTGACATATAATTGATGTCACTAAAGCCAACGCGTTCTCCGTCAAGGTTGTGTAACATATAGACATGAAATGGAGCTGCAGCCTGCAGTCTTAGTTAGCCTCT
GCGATTGATTTTTTTATAACGTGGATTAGCTGGGTGTGCGGATCTGAATGACAAACCACGAGATCTACAGAACAGGACATCGAATCGGTCAAGGCCATGGTGGTCTGTAAGTGCCGAAAGGCAACTAAGCTTTATTGTTTCGTGCATAAAGTTCCAGTCTGTGGTGAATGCATATGCTTTCCGGAACATCAATTATGTGT
GGTCAGGACTTACTCAGAGTGGGTGATAGATGGAGATTATGATTGGCCTACTGCCTGCAATATATGTCAATTAGGCTTTGATGATGGAGCCGCTACTACTCGACTGGGCTGCTTACATGTTGTGCATACACACTGTTTGGTGTCACATCTCCAAAGTTTTCCTCCCCACACAGCTCCAGCAGGATATGTTTGCCCTGCTT
GTTCCTCACCGATATGGCCTCCAAAGAGCATTAAAGATTCAGGATCTGCTCTTCACGCCAAACTGAAGGAAGCCATTTCTCAGAGTGAATTGGTAAAGAATTTGTTAGGAGATGACTTGATTACTGGGAAGTCACTTGAACCTCGTCTTATGCCACCAGCCTTTGCATCTGACCCACCTGTTTCTTTGGTTGCTACCCAC
TCACAAGGAACTTCCAGTGCCAATCTACCATCAGCAATAGCAAAGGAGACGGATGCATCAGCAAATTCAACATCAACAGCTTTTTCATATACTTCTGGAACCAGGTCAGGCACTTCTACTATCTCAAGCTCAGACATTGTTGGCACGGATGGAGCTGTTTCTGTCAGTCTCCAACCTGCATTGACTATTGATCCTCATTT
CATGCAGTCTCAGAATACAGCTGGTCCTGGAGCAACAACAAGAAAAGGTTCATATCGTGGTGACAAATACAGTCCAACTTTCTCCCCTCATGATGATGATGTTGACGATGATGATGAAAGCAAACGGAAGTATATTCGTCGGGGTAGTTTCCATAGAAGGTTCTTGAGGTTTTTGCTACCGTTTTGGTCTCCTGCTTTAC
CTACATTGCCAGTAACTGCTCCACGAAAAGAAGATCGAGACGGTGGATCAGCAACTGATGATTTAATTGAGGGTCACTCTCGACGGCGACGATCTTCTGTAGATCCCAGGAAGATCCTCCTTTTCCTTGCCATTATgtaggtgtttcaactttttttgaactttttataagttgttttagtgttaatatatattagtttc
cacgtgaattttaccttcagtgccttcttttgataccgactttctttcgcggctttcatatcctaaatggttgtgtaatagtttttatgttcaagctggagaccgtaaacctttatactgatagaaatgacttgataagggtttccagcactgaccccacgataacttccatggtcctgtgcacttagaatctcaaacct
agtgatcatctaatcaaatttgttggtggtttctttgctcagGTCTTGTATGGCAACTATGATGCTTCTGTATTACAGGCTCTCCCAGAACAGTCCCAAGGATGAAATACTAGAAATGGATCAGGAATAATTGTCGCGATTGCTATGGCCTTATCAGTCCATTTATGTTTCTTCTAAATGCCATTCTTTAGAAAGACAAA
TCAATCACAGCTGCTCGATTTTACAGTGACTATGGGGACTTTCTCAGAGGAATATTTTCTGTTTGCTTTTATGAAATTACCTACGGTTTATGTTAATCAAATTTGCTGCTATCAGATTTTCCCAGATTAAAAGCCAAAGTGGTTATGTAATTTTTGTCAGAGGCACATTTCCATCAATTCTTAGCAATGCAAACAAATAA
AAAATTATTCTCAGCAATCTAGTTTTGCTGGTTTGCCATAAGAAATCATCTCAAATTGCAAATCTCCAAATTTGTTCCACTTAAAATGCTTTATACAAGCATGTGTAACTATTGTTATGAACAATTAATATTGTCATTTATCAAGTTAAAAACAGTTGGAAAACTAGAAGTTATTATTAATAATAATCAGTGTAGTTAAA
CCTTTAAGTCATTGGAATAGTTAAATTAGCTGTACATTTCTTTCCATTTTGTAAATCTCGAGGGAAAGCAAGGATGGCTGTATTTAATTTTGGGACCATCATTTTCTATTGCTGTTCTGTCTCTCCAAATATGCTTATTAATCTGATACTGTTATAGTAATGTCAGGTCTGCTAGAC

Intron 2 GTTTAATCCA ... AAATGAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.35	218	95	22
A2	29.81	186	79	28
A3	30.68	174	77	17
A4	27.06	159	59	28
A5	30.95	87	39	4
A6	31.62	320	148	46
A7	31.35	497	227	58
A8	28.27	203	80	33
A9	27.76	432	166	59
A10	26.6	389	141	54

>TRINITY_DN34740_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCCACTGAAGCCTTCGGGTTTTTTTTTTCTTTCATCAATACATGGTCACGTATATGAGATTTTCGAACTTGAGTGACATATAATTGATGTCACTAAAGCCAACGCGTTCTCCGTCAAGGTTGTGTAACATATAGACATGAAATGGAGCTGCAGCCTGCAGTCTTAGTTAGCCTCTGCGATTGATTTTTTTATAACGTGG
ATTAGCTGGGTGTGCGGATCTGAATGACAAACCACGAGATCTACAGAACAGGACATCGAATCGGTCAAGGCCATGGTGGTCTGTAAGTGCCGAAAGGCAACTAAGCTTTATTGTTTCGTGCATAAAGTTCCAGTCTGTGGTGAATGCATATGCTTTCCGGAACATCAATTATGTGTGGTCAGGACTTACTCAGAGTGGGT
GATAGATGGAGATTATGATTGGCCTACTGCCTGCAATATATGTCAATTAGGCTTTGATGATGGAGCCGCTACTACTCGACTGGGCTGCTTACATGTTGTGCATACACACTGTTTGGTGTCACATCTCCAAAGTTTTCCTCCCCACACAGCTCCAGCAGGATATGTTTGCCCTGCTTGTTCCTCACCGATATGGCCTCCAA
AGAGCATTAAAGATTCAGGATCTGCTCTTCACGCCAAACTGAAGGAAGCCATTTCTCAGAGTGAATTGGTAAAGAATTTGTTAGGAGATGACTTGATTACTGGGAAGTCACTTGAACCTCGTCTTATGCCACCAGCCTTTGCATCTGACCCACCTGTTTCTTTGGTTGCTACCCACTCACAAGGAACTTCCAGTGCCAAT
CTACCATCAGCAATAGCAAAGGAGACGGATGCATCAGCAAATTCAACATCAACAGCTTTTTCATATACTTCTGGAACCAGGTCAGGCACTTCTACTATCTCAAGCTCAGACATTGTTGGCACGGATGGAGCTGTTTCTGTCAGTCTCCAACCTGCATTGACTATTGATCCTCATTTCATGCAGTCTCAGAATACAGCTGG
TCCTGGAGCAACAACAAGAAAAGGTTCATATCGTGGTGACAAATACAGTCCAACTTTCTCCCCTCATGATGATGATGTTGACGATGATGATGAAAGCAAACGGAAGTATATTCGTCGGGGTAGTTTCCATAGAAGGTTCTTGAGGTTTTTGCTACCGTTTTGGTCTCCTGCTTTACCTACATTGCCAGTAACTGCTCCAC
GAAAAGAAGATCGAGACGGTGGATCAGCAACTGATGATTTAATTGAGGGTCACTCTCGACGGCGACGATCTTCTGTAGATCCCAGGAAGATCCTCCTTTTCCTTGCCATTATGTCTTGTATGGCAACTATGATGCTTCTGTATTACAGGCTCTCCCAGAACAGTCCCAAGGATGAAATACTAGAAATGGATCAGGAATAA
TTGTCGCGATTGCTATGGCCTTATCAGTCCATTTATGTTTCTTCTAAATGCCATTCTTTAGAAAGACAAATCAATCACAGCTGCTCGATTTTACAGTGACTATGGGGACTTTCTCAGAGGAATATTTTCTGTTTGCTTTTATGAAATTACCTACGGTTTATGTTAATCAAATTTGCTGCTATCAGATTTTCCCAGATTAA
AAGCCAAAGTGGTTATGTAATTTTTGTCAGAGGCACATTTCCATCAATTCTTAGCAATGCAAACAAATAAAAAATTATTCTCAGCAATCTAGTTTTGCTGGTTTGCCATAAGAAATCATCTCAAATTGCAAATCTCCAAATTTGTTCCACTTAAAATGCTTTATACAAGCATGTGTAACTATTGTTATGAACAATTAATA
TTGTCATTTATCAAGTTAAAAACAGTTGGAAAACTAGAAGTTATTATTAATAATAATCAGTGTAGTTAAACCTTTAAGTCATTGGAATAGTTAAATTAGCTGTACATTTCTTTCCATTTTGTAAATCTCGAGGGAAAGCAAGGATGGCTGTATTTAATTTTGGGACCATCATTTTCTATTGCTGTTCTGTCTCTCC

>TRINITY_DN34740_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCCCACTGAAGCCTTCGGGTTTTTTTTTTCTTTCATCAATACATGGTCACGTATATGAGATTTTCGAACTTGAGTGACATATAATTGATGTCACTAAAGCCAACGCGTTCTCCGTCAAGGTTGTGTAACATATAGACATGAAATGGAGCTGCAGCCTGCAGTCTTAGTTAGCCTCTGCGATTGATTTTTTTATAACGTGG
ATTAGCTGGGTGTGCGGATCTGAATGACAAACCACGAGATCTACAGAACAGGACATCGAATCGGTCAAGGCCATGGTGGTCTGTAAGTGCCGAAAGGCAACTAAGCTTTATTGTTTCGTGCATAAAGTTCCAGTCTGTGGTGAATGCATATGCTTTCCGGAACATCAATTATGTGTGgtttaatccaagcctttcatgag
ttggtagttagggttggttattaaaagtgaagtataaaagaacatgaagggacaaagagaaaatataccagcagaaggagagggggagaattggagagtaaagagcagtttccagcagggagagaaagggcacaattcccatgacaaagaagtggctcgatttccaagaatgctagggcagaatcctggcatgatttcca
agaagactgacagcaataaatgttcagatcgtacagtattaaattgctgttacagtgacacgatttccaaggaaggactgacagtactgtacagcaattaattctggcatgtgtgggtgaagttctgagcagtttggcatgaatttctaggtattctgagcatttaattcagtctgaactggaccatacaacagcagact
gtttggcatgtgtgggggccatactgctgcacagaaatcgaggcgtactgctgcaaatgaaaagGTCAGGACTTACTCAGAGTGGGTGATAGATGGAGATTATGATTGGCCTACTGCCTGCAATATATGTCAATTAGGCTTTGATGATGGAGCCGCTACTACTCGACTGGGCTGCTTACATGTTGTGCATACACACTGTT
TGGTGTCACATCTCCAAAGTTTTCCTCCCCACACAGCTCCAGCAGGATATGTTTGCCCTGCTTGTTCCTCACCGATATGGCCTCCAAAGAGCATTAAAGATTCAGGATCTGCTCTTCACGCCAAACTGAAGGAAGCCATTTCTCAGAGTGAATTGGTAAAGAATTTGTTAGGAGATGACTTGATTACTGGGAAGTCACTT
GAACCTCGTCTTATGCCACCAGCCTTTGCATCTGACCCACCTGTTTCTTTGGTTGCTACCCACTCACAAGGAACTTCCAGTGCCAATCTACCATCAGCAATAGCAAAGGAGACGGATGCATCAGCAAATTCAACATCAACAGCTTTTTCATATACTTCTGGAACCAGGTCAGGCACTTCTACTATCTCAAGCTCAGACAT
TGTTGGCACGGATGGAGCTGTTTCTGTCAGTCTCCAACCTGCATTGACTATTGATCCTCATTTCATGCAGTCTCAGAATACAGCTGGTCCTGGAGCAACAACAAGAAAAGGTTCATATCGTGGTGACAAATACAGTCCAACTTTCTCCCCTCATGATGATGATGTTGACGATGATGATGAAAGCAAACGGAAGTATATTC
GTCGGGGTAGTTTCCATAGAAGGTTCTTGAGGTTTTTGCTACCGTTTTGGTCTCCTGCTTTACCTACATTGCCAGTAACTGCTCCACGAAAAGAAGATCGAGACGGTGGATCAGCAACTGATGATTTAATTGAGGGTCACTCTCGACGGCGACGATCTTCTGTAGATCCCAGGAAGATCCTCCTTTTCCTTGCCATTATG
TCTTGTATGGCAACTATGATGCTTCTGTATTACAGGCTCTCCCAGAACAGTCCCAAGGATGAAATACTAGAAATGGATCAGGAATAATTGTCGCGATTGCTATGGCCTTATCAGTCCATTTATGTTTCTTCTAAATGCCATTCTTTAGAAAGACAAATCAATCACAGCTGCTCGATTTTACAGTGACTATGGGGACTTTC
TCAGAGGAATATTTTCTGTTTGCTTTTATGAAATTACCTACGGTTTATGTTAATCAAATTTGCTGCTATCAGATTTTCCCAGATTAAAAGCCAAAGTGGTTATGTAATTTTTGTCAGAGGCACATTTCCATCAATTCTTAGCAATGCAAACAAATAAAAAATTATTCTCAGCAATCTAGTTTTGCTGGTTTGCCATAAGA
AATCATCTCAAATTGCAAATCTCCAAATTTGTTCCACTTAAAATGCTTTATACAAGCATGTGTAACTATTGTTATGAACAATTAATATTGTCATTTATCAAGTTAAAAACAGTTGGAAAACTAGAAGTTATTATTAATAATAATCAGTGTAGTTAAACCTTTAAGTCATTGGAATAGTTAAATTAGCTGTACATTTCTTT
CCATTTTGTAAATCTCGAGGGAAAGCAAGGATGGCTGTATTTAATTTTGGGACCATCATTTTCTATTGCTGTTCTGTCTCTCC

Intron 3 GTAAGACTAA ... TTGAATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	1.02	131	9.7	1.3
A2	0	152.3	18.7	0
A3	1.25	136.7	10.7	1.7
A4	0	133.7	13.7	0
A5	1.31	51.7	4	0.7
A6	0	272.3	23.3	0
A7	0.15	493	36.7	0.7
A8	0.29	248	19.3	0.7
A9	0	433.3	34	0
A10	0.09	419	29.3	0.3

>TRINITY_DN135401_c2_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCCATTCCATATGCTTTTATACAAGGGAGAAGAGGCCCACTGAAGCCTTCGGGTTTTTTTTTTCTTTCATCAATACATGGTCACGTATATGAGATTTTCGAACTTGAGTGACATATAATTGATGTCACTAAAGCCAACGCGTTCTCCGTCAAGGTTGTGTAACATATAGACATGAAATGGAGCTGCAGCCTGCAGTCTT
AGTTAGCCTCTGCGATTGATTTTTTTATAACGTGGATTAGCTGGGTGTGCGGATCTGAATGACAAACCACGAGATCTACAGAACAGGACATCGAATCGGTCAAGGCCATGGTGGTCTGTAAGTGCCGAAAGGCAACTAAGCTTTATTGTTTCGTGCATAAAGTTCCAGTCTGTGGTGAATGCATATGCTTTCCGGAACAT
CAATTATGTGTGGTCAGGACTTACTCAGAGTGGGTGATAGATGGAGATTATGATTGGCCTACTGCCTGCAATATATGTCAATTAGGCTTTGATGATGGAGCCGCTACTACTCGACTGGGCTGCTTACATGTTGTGCATACACACTGTTTGGTGTCACATCTCCAAAGTTTTCCTCCCCACACAGCTCCAGCAGGATATGT
TTGCCCTGCTTGTTCCTCACCGATATGGCCTCCAAAGAGCATTAAAGATTCAGGATCTGCTCTTCACGCCAAACTGAAGGAAGCCATTTCTCAGAGTGAATTGGTAAAGAATTTGTTAGGAGATGACTTGATTACTGGGAAGTCACTTGAACCTCGTCTTATGCCACCAGCCTTTGCATCTGACCCACCTGTTTCTTTGG
TTGCTACCCACTCACAAGGAACTTCCAGTGCCAATCTACCATCAGCAATAGCAAAGGAGACGGATGCATCAGCAAATTCAACATCAACAGCTTTTTCATATACTTCTGGAACCAGGTCAGGCACTTCTACTATCTCAAGCTCAGACATTGTTGGCACGGATGGAGCTGTTTCTGTCAGTCTCCAACCTGCATTGACTATT
GATCCTCATTTCATGCAGTCTCAGAATACAGCTGGTCCTGGAGCAACAACAAGAAAAGGTTCATATCGTGGTGACAAATACAGTCCAACTTTCTCCCCTCATGATGATGATGTTGACGATGATGATGAAAGCAAACGGAAGTATATTCGTCGGGGTAGTTTCCATAGAAGGTTCTTGAGGTTTTTGCTACCGTTTTGGTC
TCCTGCTTTACCTACATTGCCAGTAACTGCTCCACGAAAAGAAGATCGAGACGGTGGATCAGCAACTGATGATTTAATTGAGGGTCACTCTCGACGGCGACGATCTTCTGTAGATCCCAGGAAGATCCTCCTTTTCCTTGCCATTATGTCTTGTATGGCAACTATGATGCTTCTGTATTACAGGCTCTCCCAGAACAGTC
CCAAGGATGAAATACTAGAAATGGATCAGGAATAATTGTCGCGATTGCTATGGCCTTATCAGTCCATTTATGTTTCTTCTAAATGCCATTCTTTAGAAAGACAAATCAATCACAGCTGCTCGATTTTACAGTGACTATGGGGACTTTCTCAGAGGAATATTTTCTGTTTGCTTTTATGAAATTACCTACGGTTTATGTTA
ATCAAATTTGCTGCTATCAGATTTTCCCAGATTAAAAGCCAAAGTGGTTATGTAATTTTTGTCAGAGGCACATTTCCATCAATTCTTAGCAATGCAAACAAATAAAAAATTATTCTCAGCAATCTAGTTTTGCTGGTTTGCCATAAGAAATCATCTCAAATTGCAAATCTCCAAATTTGTTCCACTTAAAATGCTTTATA
CAAGCATGTGTAACTATTGTTATGAACAATTAATATTGTCATTTATCAAGTTAAAAACAGTTGGAAAACTAGAAGTTATTATTAATAATAATCAGTGTAGTTAAACCTTAA

>TRINITY_DN135401_c2_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGCCATTCCATATGCTTTTATACAAGGGAGAAGAGGCCCACTGAAGCCTTCGGGTTTTTTTTTTCTTTCATCAATACATGGTCACGTATATGAGATTTTCGAACTTGAGTGACATATAATTGATGTCACTAAAGCCAACGCGTTCTCCGTCAAGGTTGTGTAACATATAGACATGAAATGGAGCTGCAGCCTGCAGTCTT
AGTTAGCCTCTGCGATTGATTTTTTTATAACGTGGATTAGCTGGGTGTGCGGATCTGAATGACAAACCACGAGATCTACAGAACAGGACATCGAATCGGTCAAGGCCATGGTGGTCTGTAAGTGCCGAAAGGCAACTAAGCTTTATTGTTTCGTGCATAAAGTTCCAGTCTGTGGTGAATGCATATGCTTTCCGGAACAT
CAATTATGTGTGGTCAGGACTTACTCAGAGTGGGTGATAGATGGAGATTATGATTGGCCTACTGCCTGCAATATATGTCAATTAGGCTTTGATGATGGAGCCGCTACTACTCGACTGGGCTGCTTACgtaagactaaccttccttggaataggatatggaatattgccaatatctttatgattaatttaatggcacatat
ggatcttcattgcttttattcggttttattgattgtggaaattatttctgactattggatttgcaattgaatttagATGTTGTGCATACACACTGTTTG

Intron 4 GTAAGTCCTC ... CCAACTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.55	47	8	1
A2	14.55	47	8	2
A3	23.33	46	14	0
A4	33.33	42	21	2
A5	16.67	20	4	0
A6	21.4	169	46	2
A7	15.68	199	37	7
A8	17.56	230	49	6
A9	18.56	215	49	1
A10	12.39	205	29	8

>TRINITY_DN104777_c8_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

TATAGAGCAGCTTATTCTTTTGTCATGGAAATAGATGGTGATGGTTGTTATTTGTTATTCCTGCAGAGTGAATTGGTAAAGAATTTGTTAGGAGATGACTTGATTACTGGGAAGTCACTTGAACCTCGTCTTATGCCACCAGCCTTTGCATCTGACCCACCTGTTTCTTTGGTTGCTACCCACTCACAAGGAACTTCCAG
TGCCAATCTACCATCAGCAATAGCAAAGGAGACGGATGCATCAGCAAATTCAACATCAACAGCTTTTTCATATACTTCTGGAACCAGGTCAGGCACTTCTACTATCTCAAGCTCAGACATTGTTGGCACGGATGGAGCTGTTTCTGTCAGTCTCCAACCTGCATTGACTATTGATCCTCATTTCATGCAGTCTCAGAATA
CAGCTGGTCCTGGAGCAACAACAAGAAAAGGTTCATATCGTGGTGACAAATACAGTCCAACTTTCTCCCCTCATGATGATGATGTTGACAAATACAGTCCAACTTTCTCCCCTCATGATGATGATGTTGACGATGATGATGAAAGCAAACGGAAGTATATTCGTCGGGGT

>TRINITY_DN104777_c8_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ATTAAATTGCGCCATTCCATATGCTTTTATACAAGGGAGAAGAGGCCCACTGAAGCCTTCGGGTTTTTTTTTTCTTTCATCAATACATGGTCACGTATGAGATTTTCGAACTTGAGTGACATATAATTGATGTCACTAAAGCCAACGCGTTCTCCGTCAAGGTTGTGTAACATATAGACATGAAATGGAGCTGCAGCCTG
CAGTCTTAGTTAGCCTCTGCGATTGATTTTTTTATAACGTGGATTAGCTGGGTGTGCGGATCTGAATGACAAACCACGAGATCTACAGAACAGGACATCGAATCGGTCAAGGCCATGGTGGTCTGTAAGTGCCGAAAGGCAACTAAGCTTTATTGTTTCGTGCATAAAGTTCCAGTCTGTGGTGAATGCATATGCTTTCC
GGAACATCAATTATGTGTGGTCAGGACTTACTCAGAGTGGGTGATAGATGGAGATTATGATTGGCCTACTGCCTGCAATATATGTCAATTAGGCTTTGATGATGGAGCCGCTACTACTCGACTGGGCTGCTTACATGTTGTGCATACACACTGTTTGGTGTCACATCTCCAAAGTTTTCCTCCCCACACAGCTCCAGCAG
GATATGTTTGCCCTGCTTGTTCCTCACCGATATGGCCTCCAAAGAGCATTAAAGATTCAGGATCTGCTCTTCACGCCAAACTGAAGGAAGCCATTTCTCAGAGTGAATTGGTAAAGAATTTGTTAGGAGATGACTTGATTACTGGGAAGTCACTTGAACCTCGTCTTATGCCACCAGCCTTTGCATCTGACCCACCTGTT
TCTTTGGTTGCTACCCACTCACAAGGAACTTCCAGTGCCAATCTACCATCAGCAATAGCAAAGGAGACGGATGCATCAGCAAATTCAACATCAACAGCTTTTTCATATACTTCTGGAACCAGGTCAGGCACTTCTACTATCTCAAGCTCAGACATTGTTGGCACGGATGGAGCTGTTTCTGTCAGTCTCCAACCTGCATT
GACTATTGATCCTCATTTCATGCAGTCTCAGAATACAGCTGGTgtaagtcctcacaactttagagtaacttttccattcgatacttttaatcaggaagcagcttatgccaatgatcatataaacctaaatttagagaacatagattatggagtgcttatagatgaaattgattttagctttatttttagttgaattttaa
tagtgtttggatggttatgagaactgccaacttcagCCTGGAGCAACAACAAGAAAAGGTTCATATCGTGGTGACAAATACAGTCCAACTTTCTCCCCTCATGATGATGATGTTGACAAATACAGTCCAACTTTCTCCCCTCATGATGATGATGTTGACGATGATGATGAAAGCAAACGGAAGTATATTCGTCGGGGTGA
GTTTTCTTTTACGTGTTATTCTGTGAACTGCGTGCTTCGTGTTCTGTGGTTGAGTTTTATAACTGATCCAATAGATTAGTTTCATTCATGCTTTGCAACTTTTTAAATGTAAAGTTGGACATAGGCATGGAATAACAATGTGT