sp|O81097|RPB8A_ARATH ----> DNA-directed RNA polymerases II and V subunit 8A

Intron 1 GTTTTGCTGC ... TTTGACAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	96.77	3	20	90
A2	98.47	2	38	129
A3	84.78	21	38	117
A4	91.6	11	58	120
A5	95.31	3	19	61
A6	95.48	52	153	1099
A7	95.38	34	125	702
A8	93.21	33	81	453
A9	94.72	37	191	664
A10	90.77	50	130	492

>TRINITY_DN40884_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CCAAAATTAAAAAAACTAAGCGACCGAAAATCATGCACAAGGATTCCTTTATATCAGGAAGGAGGTTTTAAGATCAAAAGTCTCCGATAATCTCGGCCGTGTTTCTCGTTATTTCGTTTCCTGGTACCGGGTTTCTCGTATTTTCATTTCCTGTCTCTCGAATTGAAGCCCGCAGTGAGCAGTTTGACATGTATATGCTT
CTAGATGTGAATATTGACGTATATCCTGTTTCTGTGGGAGAAAAGTTTGCTGTTGCATTGGCACCTACTCTTAATCTAGATGGTACACCAGACAATGGTTATTTTATTCAAGGTGGACGAAAATCACTCGCTGACAAATATGAATATGTGATGTATGGCAAACTCTACAAGCTTTCCGAAGAAGGTTCTGGAGCCAATGT
GAAAGTGGAGATTAATGCATCATTTGGAGGGCTTCTGATGTTGTTAAAGGGAGATCCTTCAAATGCTGGCAATTTTGAGCTGGACCAGAGGTTGTTTCTTTTGATGAGGAAGGTTTGATTTTGAGGGCAACTTTGGAAATATGGGTTCTTGACATACGCATCCATGTGAAATGGTAACAGAGATGGGACGAATAACATGG
AGTATAAGTGGCACAATTCTGTAAAGGTGTTTGAACTTGGATTATTAAGGTTATGTACTCTAAGATTATGATATAATTCTCAATCTCTGTGTCTGTTTATTGCTGTCTCTCGCTGGCTGATATAAAAGTTTTAAGATTAAGAAATATTCATGGATCTCTCTTGGTTTCTATTAATATATCTGCTCATAAAACTGAGTTTT
ATTGTAAAAAAACTCGATTATGTGTTTTTCACGTGGACTATTTGGTATAGCTTTGCAACATCCTTTGTTTGTAGGGACATCTCTTGTTAAATAGTTGATCATGTCTTCTTGTATGTCGATGCTCTGGTTATGTAAGTACCACAATTTATTTCCGAGCATTCGATGCTAGTTATGGTTATGCAGTAGTTTTGGCAAAACTG
TTGGTGTTGAACATGGACCCAGCTAAAATTATGAGTCTGTATATGATAACGAGACAGTTATATTCAGAATATCGTGTTTACACGACTTAGTTAAAAAAATGACTTAAAATGAGTTAAAGAAATAACAAACAATCCTGACATCATTCAGAAATAAAGGAATTGTTATTGGAG

>TRINITY_DN40884_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCAAAATTAAAAAAACTAAGCGACCGAAAATCATGCACAAGGATTCCTTTATATCAGGAAGGAGGTTTTAAGATCAAAAGTCTCCGATAATCTCGGCCGTGTTTCTCGTTATTTCGTTTCCTGGTACCGGGTTTCTCGTATTTTCATTTCCTGgttttgctgcttgggaagacatacagggaaaggatttcttgggattt
acgttcaagatggttgagcttttgtttgaggatattttcactgtgacaaggattgacccagatggaaagaaatttgacaaagTCTCTCGAATTGAAGCCCGCAGTGAGCAGTTTGACATGTATATGCTTCTAGATGTGAATATTGACGTATATCCTGTTTCTGTGGGAGAAAAGTTTGCTGTTGCATTGGCACCTACTCT
TAATCTAGATGGTACACCAGACAATGGTTATTTTATTCAAGGTGGACGAAAATCACTCGCTGACAAATATGAATATGTGATGTATGGCAAACTCTACAAGCTTTCCGAAGAAGGTTCTGGAGCCAATGTGAAAGTGGAGATTAATGCATCATTTGGAGGGCTTCTGATGTTGTTAAAGGGAGATCCTTCAAATGCTGGCA
ATTTTGAGCTGGACCAGAGGTTGTTTCTTTTGATGAGGAAGGTTTGATTTTGAGGGCAACTTTGGAAATATGGGTTCTTGACATACGCATCCATGTGAAATGGTAACAGAGATGGGACGAATAACATGGAGTATAAGTGGCACAATTCTGTAAAGGTGTTTGAACTTGGATTATTAAGGTTATGTACTCTAAGATTATGA
TATAATTCTCAATCTCTGTGTCTGTTTATTGCTGTCTCTCGCTGGCTGATATAAAAGTTTTAAGATTAAGAAATATTCATGGATCTCTCTTGGTTTCTATTAATATATCTGCTCATAAAACTGAGTTTTATTGTAAAAAAACTCGATTATGTGTTTTTCACGTGGACTATTTGGTATAGCTTTGCAACATCCTTTGTTTG
TAGGGACATCTCTTGTTAAATAGTTGATCATGTCTTCTTGTATGTCGATGCTCTGGTTATGTAAGTACCACAATTTATTTCCGAGCATTCGATGCTAGTTATGGTTATGCAGTAGTTTTGGCAAAACTGTTGGTGTTGAACATGGACCCAGCTAAAATTATGAGTCTGTATATGATAACGAGACAGTTATATTCAGAATA
TCGTGTTTACACGACTTAGTTAAAAAAATGACTTAAAATGAGTTAAAGAAATAACAAACAATCCTGACATCATTCAGAAATAAAGGAATTGTTATTGGAG