sp|O22975|LPAAT_ARATH ----> 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase

Intron 1 GTAAGGATTT ... GAGATTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	2	0	2
A2	100	0	1	3
A3	50	2	2	2
A4	100	0	0	5
A5	14.29	3	0	1
A6	0	2	0	0
A7	100	0	1	0
A8	29.73	13	11	0
A9	20	2	0	1
A10	33.33	4	2	2

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

CTTGACTACTACCACCCATCTCTATATCTATATTTAGTGGCTCAAATCTATCCGTTCTAGGCGTATCGCCTAACTAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCAGCGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTT
CTTTCTAAATTTCCCCCAACTTTTACTTCTGCCTCATTCAAAAGGACGAAGGCCAAGCAGCTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCA
AGGGAAGTTTATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAGGGCAAAGGATCCTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGTATGGTCAAACATAAACCAAGATACTTTTGCAGTTTAAAGTACATAGTTTCGCCTATGGAGTTTCTATTTCTATTCAAATGTATGTTG
CCATTCTATTGGCTTATGTAATTCTTTCTCTCAAACTACTTTAAATTCTTATTCCAACTCTTTAATGATGGCATGATCATGCAACTGAAAACAAGATTTTCTAGAAATCAAAGTTATTTGTCTTTGTAATTGACATATTGGGTGGATGCTCATTCTTCTGCTTCTTTTAGATGGTTTTATGTGGAAGCTGGAAATACTAG
CAATCCTTCAATTGTTTTAATTCACGGCCTTCCTTCGCAGGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATG
TTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGTAAGG
AGGATGTTTAATCAGTACTTCACACATTAGAAACTACAGTCACCTGTACTTTCTAAATTGCCTTCTAGAATTAACTTATTAAGAGCTAGCTTACAAGCTAAGGAGAAAACAAAGTAGGATATAAAATATAACCTAAAACTAAGAATACATTGGGTATCATGTTGTAAATGCAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTA
CTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGG
TATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGGAGGAAATTACTTAAATAATAATTAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGA
AGTATGAAGATTTTAGTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAATAATAAAAAGAAAATGTTAATTTCTCATTTCATCTTGTTAATCAAAACATTAATTTTTT

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTGACTACTACCACCCATCTCTATATCTATATTTAGTGGCTCAAATCTATCCGTTCTAGGCGTATCGCCTAACTAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCACGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTC
TTTCTAAATTTCCCTCAACTTTTACTTCTGCCTTATTGAAAACGACGAAGGCCAAGCAGGTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAA
GGGAAGTTTGTGAGTGTTTATCATAAAAATATGATTGCATTGTTGCATTTCATGGACATAAAAAATGAATGAGTTTAAAGATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCAAAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGCTTATTCATTTCGGACGG
TGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCT
GCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGgtaaggatttgactactgttctttcatttcataaaaagctttattttgtggtagtggtaaatatgattgttttattgcatattggggtttgtaccaataaattatagaactctattaatgacattgattaggtgattctgagg
attttttttcccttctaatactgcgacactttggggttcatctgtttgcttatggtaagaaaaaagggaaccgaattagctcaagagaaagacgaagcatgagatgttggaaaataaaaataataactaaattgtatacaggctatctgaatacattatggaagtttattctacccctattaaatgctccttgattgttt
gactgttgagattgaagTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGTAAGGAGGATGTTTAATCAGTACTTCACACATTAGAAACTACAGTCACCTGTACTTTCTAAATTGCCTTCTAGAATTAACTTATTAAGAGCTAGCTTACAAGCT
AAGGAGAAAACAAAGTAGGATATAAAATATAACCTAAAACTAAGAATACATTGGGTATCATGTTGTAAATGCAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCA
ATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCA
AGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGGAGGAAATTACTTAAATAATAATTAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTAGTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAATAATAAAAAGAAAATGTTAATTTCTCATTTCATCTTGTTAATC
AAAACATTAATTTTTT

Intron 2 GTAAGGATTT ... GACTGTTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	2
A2	100	0	1	3
A3	40	3	2	2
A4	100	0	0	5
A5	14.29	3	0	1
A6	0	3	0	0
A7	100	0	1	0
A8	29.73	13	11	0
A9	11.11	4	0	1
A10	40	3	2	2

>TRINITY_DN42039_c0_g1_i11 from sample A9 / Example spliced isoform

CGTTGCTCCGTTTCTATCGGATGAAGATAGTTGTTTGTCTTAACCGCCAAGAACGCATGAAGACCGTTGATCAAGTGCTATCGGGTAAAACCACAGTCGTCTGTCTCAACCCACTCTTCCTTTGCTCAATCCACTAAAATCGAGTATTTTGTCCCCACAGAACCCGGCACCCGTCGCATGGGGGGTGTTCCTCTCACCTA
GATCATGCCAATGTTCTTTGGAGTCACGCAAAATGATGCACGGTTCAGCTTGTGCAGGAGAAAACGTTGGTTGCAAATTTCATTTTTTCATTGCAGGAGCTACGATGAATTTCGGACCATCAAATTTCAGACAAAGATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCAAAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGA
TGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTC
TTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGA
TCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGGTGAGATTATGGAGATTGATGTAGACAATCCCATTATTAGGATCA
ACGAAAATTTTAATGTGGAAAAATATTCACGGTCATAATTTGTGCAGAAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCC
TCAGGTATTAGCTGCTTCACTTTTTGAGTCTTTTGTGTTTGTCTTTGGCTTTAGATATTTTGAGAGTTTTTGTTGTTGAGAAAATTGACACTTTGGTGACTGGCAATCAATGCTTTCGATTTCCGTGC

>TRINITY_DN42039_c0_g1_i12 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATCCGTTCTAGGCGTATCGTCTAATCAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCAGCGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTCTTTCTAAATTTCCCCCAACTTTTACTTCTGCCTCATTCAAAAGGACGA
AGGCCAAGCAGCTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAAGGGAAGTTTATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCA
AAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAATGGTTTTATGTGGAAGCTGGAAATACTAGCAATCCTTCAATTGTTTTAATTCACGGCCTTCCTTCGCAGGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCT
AGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCA
ATCCTCCGgtaaggatttgactactgttctttcatttcataaaaagctttattttgtggtagtggtaaatatgattgttttattgcatattggggtttgtaccaataaattatagaactctattaatgacattgattaggtgattctgaggattttttttcccttctaatactgcgacactttggggttcatctgtttgc
ttatggtaagaaaaaagggaaccgaattagctcaagagaaagacgaagcatgagatgttggaaaataaaaataataactaaattgtatacaggctatctgaatacattatggaagtttattctacccctattaaatgctccttgattgtttgactgttgagATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAAT
TTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGTAAGGAGGATGTTTAATCAGTACTTCACACATTAGAAACTACAGTCACCTGTACTTTCTAAATTGCCTTCTAGAATTAACTTATTAAGAGCTAGCTTACAAGCTAAGGAGAAAACAAAGTAGGATATAAAATATAACCTAAAACTAAGAATAC
ATTGGGTATCATGTTGTAAATGCAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGA
GATCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGG
AGGAAATTACTTAAATAATAATTAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTATTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAA

Intron 3 GTAAGGAGGA ... GTAAATGCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.89	4	3	8
A2	20	2	0	1
A3	38.46	4	3	2
A4	60	1	2	1
A5	20	2	1	0
A6	25	3	0	2
A7	100	0	2	1
A8	52.94	4	2	7
A9	22.22	7	0	4
A10	41.67	7	4	6

>TRINITY_DN42039_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

ATCCGTTCTAGGCGTATCGTCTAATCAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCAGCGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTCTTTCTAAATTTCCCCCAACTTTTACTTCTGCCTCATTCAAAAGGACGA
AGGCCAAGCAGCTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAAGGGAAGTTTATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCA
AAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCC
TCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTT
TGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGA
TCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGGAG
GAAATTACTTAAATAATAATTAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTATTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAA

>TRINITY_DN42039_c0_g1_i12 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATCCGTTCTAGGCGTATCGTCTAATCAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCAGCGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTCTTTCTAAATTTCCCCCAACTTTTACTTCTGCCTCATTCAAAAGGACGA
AGGCCAAGCAGCTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAAGGGAAGTTTATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCA
AAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAATGGTTTTATGTGGAAGCTGGAAATACTAGCAATCCTTCAATTGTTTTAATTCACGGCCTTCCTTCGCAGGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCT
AGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCA
ATCCTCCGGTAAGGATTTGACTACTGTTCTTTCATTTCATAAAAAGCTTTATTTTGTGGTAGTGGTAAATATGATTGTTTTATTGCATATTGGGGTTTGTACCAATAAATTATAGAACTCTATTAATGACATTGATTAGGTGATTCTGAGGATTTTTTTTCCCTTCTAATACTGCGACACTTTGGGGTTCATCTGTTTGC
TTATGGTAAGAAAAAAGGGAACCGAATTAGCTCAAGAGAAAGACGAAGCATGAGATGTTGGAAAATAAAAATAATAACTAAATTGTATACAGGCTATCTGAATACATTATGGAAGTTTATTCTACCCCTATTAAATGCTCCTTGATTGTTTGACTGTTGAGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAAT
TTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGgtaaggaggatgtttaatcagtacttcacacattagaaactacagtcacctgtactttctaaattgccttctagaattaacttattaagagctagcttacaagctaaggagaaaacaaagtaggatataaaatataacctaaaactaagaatac
attgggtatcatgttgtaaatgcagGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGA
GATCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGG
AGGAAATTACTTAAATAATAATTAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTATTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAA

Intron 4 GTATGTTGCC ... CTTCTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	1	2	2
A2	100	0	1	1
A3	50	1	1	1
A4	0	1	0	0
A5	100	0	0	4
A6	50	7	10	4
A7	77.78	1	6	1
A8	91.67	1	18	4
A9	62.96	5	14	3
A10	66.67	3	11	1

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

CACGAGTCATGCATTAGTATAAGGACCTTAATGGAAATTGTTAAAATTCATGCACAATTGCTGGAATTTAATGTCACTCGTGGGGACTTATCACATTTGTTGTCATTGTCAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATG
AATGGTTCAAGCAAGGGAAGTTTATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAGGGCAAAGGATCCTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGTATGGTCAAACATAAACCAAGATACTTTTGCAGTTTAAAGTACATAGTTTCGCCTATGGAGTTTCTATTTCTATT
CAAATATGGTTTTATGTGGAAGCTGGAAATACTAGCAATCCTTCAATTGTTTTAATTCACGGCCTTCCTTCGCAGGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGCATTGGTGGCCATTTGAAAAAGGGCGCTATACTTGGAGCGGGAGCTCCGCTTTAG
CTGTTTTCTTCGAAGTTATTCACAAGGGAGTACCTAGGTCGCCATTGGCATCCAGTCGCTCCTCATGCTCAAGGGAACA

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CACGAGTCATGCATTAGTATAAGGACCTTAATGGAAATTGTTAAAATTCATGCACAATTGCTGGAATTTAATGTCACTCGTGGGGACTTATCACATTTGTTGTCATTGTCAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATG
AATGGTTCAAGCAAGGGAAGTTTATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAGGGCAAAGGATCCTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGTATGGTCAAACATAAACCAAGATACTTTTGCAGTTTAAAGTACATAGTTTCGCCTATGGAGTTTCTATTTCTATT
CAAATgtatgttgccattctattggcttatgtaattctttctctcaaactactttaaattcttattccaactctttaatgatggcatgatcatgcaactgaaaacaagattttctagaaatcaaagttatttgtctttgtaattgacatattgggtggatgctcattcttctgcttcttttagATGGTTTTATGTGGAAG
CTGGAAATACTAGCAATCCTTCAATTGTTTTAATTCACGGCCTTCCTTCGCAGGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAA
TCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTGATCCTTATCAATCCTCCGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTT
TTCTCAGGTAAGGAGGATGTTTAATCAGTACTTCACACATTAGAAACTACAGTCACCTGTACTTTCTAAATTGCCTTCTAGAATTAACTTATTAAGAGCTAGCTTACAAGCTAAGGAGAAAACAAAGTAGGATATAAAATATAACCTAAAACTAAGAATACATTGGGTATCATGTTGTAAATGCAGGATCCTCTAAGAGC
AAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGA
GCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGGAGGAAATTACTTAAATAATAATTAAGATTGACAATATGA
ATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTAGTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAATAATAAAAAGAAAATGTTAATTTCTCATTTCATCTTGTTAATCAAAACATTAATTTTTT

Intron 5 GTATGGTCAA ... CTTCTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.17	3	3.7	2
A2	100	0	2	1
A3	0	1	0	0
A4	100	0	3	0
A5	-1	0	0	4
A6	77.78	4	14	3
A7	84.47	3	16.3	1
A8	64.17	5	9	4
A9	59.61	7	10.7	2
A10	55.81	5	6.3	1

>TRINITY_DN42039_c0_g1_i12 from sample A9 / Example spliced isoform

ATCCGTTCTAGGCGTATCGTCTAATCAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCAGCGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTCTTTCTAAATTTCCCCCAACTTTTACTTCTGCCTCATTCAAAAGGACGA
AGGCCAAGCAGCTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAAGGGAAGTTTATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCA
AAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAATGGTTTTATGTGGAAGCTGGAAATACTAGCAATCCTTCAATTGTTTTAATTCACGGCCTTCCTTCGCAGGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCT
AGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCA
ATCCTCCGGTAAGGATTTGACTACTGTTCTTTCATTTCATAAAAAGCTTTATTTTGTGGTAGTGGTAAATATGATTGTTTTATTGCATATTGGGGTTTGTACCAATAAATTATAGAACTCTATTAATGACATTGATTAGGTGATTCTGAGGATTTTTTTTCCCTTCTAATACTGCGACACTTTGGGGTTCATCTGTTTGC
TTATGGTAAGAAAAAAGGGAACCGAATTAGCTCAAGAGAAAGACGAAGCATGAGATGTTGGAAAATAAAAATAATAACTAAATTGTATACAGGCTATCTGAATACATTATGGAAGTTTATTCTACCCCTATTAAATGCTCCTTGATTGTTTGACTGTTGAGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAAT
TTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGTAAGGAGGATGTTTAATCAGTACTTCACACATTAGAAACTACAGTCACCTGTACTTTCTAAATTGCCTTCTAGAATTAACTTATTAAGAGCTAGCTTACAAGCTAAGGAGAAAACAAAGTAGGATATAAAATATAACCTAAAACTAAGAATAC
ATTGGGTATCATGTTGTAAATGCAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGA
GATCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGG
AGGAAATTACTTAAATAATAATTAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTATTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAA

>TRINITY_DN42039_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATCCGTTCTAGGCGTATCGTCTAATCAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCAGCGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTCTTTCTAAATTTCCCCCAACTTTTACTTCTGCCTCATTCAAAAGGACGA
AGGCCAAGCAGCTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAAGGGAAGTTTGTGAGTGTTTATCATAAAAATATGATTGCATTGTTGCAT
TTCATGGACATAAAAAATGAATGAGTTTAAAGATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAGGGCAAAGGATCCTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAgtatggtcaaacataaaccaagatacttttgcagtttaaagtacatagtttcgcctatggagtttct
atttctattcaaatgtatgttgccattctattggcttatgtaattctttctctcaaactactttaaattcttattccaactctttaatgatggcatgatcatgcaaatgaaaacaagattttctagaaatcaaagttatttgtctttgtaattgacatattgggtggatgctcattcttctgcttcttttagATGGTTTT
ATGTGGAAGCTGGAAATACTAGCAATCCTTCAATTGTTTTAATTCACGGCCTTCCTTCGCAGGCTTATTCATTTCGGA

Intron 6 GTGAGTGTTT ... GAGTTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.16	8.3	1	1.1
A2	4.37	4.6	0.5	0
A3	70	0.7	1.8	1
A4	100	0	2	0
A5	50	2	2	2
A6	39.66	7.4	2	7.6
A7	29.18	6.1	2	2.9
A8	26.7	8.9	2.8	3.5
A9	28.43	18	10.5	3.8
A10	4.72	9.5	0	0.9

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

CTTGACTACTACCACCCATCTCTATATCTATATTTAGTGGCTCAAATCTATCCGTTCTAGGCGTATCGCCTAACTAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCACGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTC
TTTCTAAATTTCCCTCAACTTTTACTTCTGCCTTATTGAAAACGACGAAGGCCAAGCAGGTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAA
GGGAAGTTTATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCAAAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAA
CCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGGTAAGGATTTGACT
ACTGTTCTTTCATTTCATAAAAAGCTTTATTTTGTGGTAGTGGTAAATATGATTGTTTTATTGCATATTGGGGTTTGTACCAATAAATTATAGAACTCTATTAATGACATTGATTAGGTGATTCTGAGGATTTTTTTTCCCTTCTAATACTGCGACACTTTGGGGTTCATCTGTTTGCTTATGGTAAGAAAAAAGGGAAC
CGAATTAGCTCAAGAGAAAGACGAAGCATGAGATGTTGGAAAATAAAAATAATAACTAAATTGTATACAGGCTATCTGAATACATTATGGAAGTTTATTCTACCCCTATTAAATGCTCCTTGATTGTTTGACTGTTGAGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTT
TTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGTAAGGAGGATGTTTAATCAGTACTTCACACATTAGAAACTACAGTCACCTGTACTTTCTAAATTGCCTTCTAGAATTAACTTATTAAGAGCTAGCTTACAAGCTAAGGAGAAAACAAAGTAGGATATAAAATATAACCTAAAACTAAGAATACATTGGGTATCATGTTGTAAATG
CAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAAAGA
ATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGGAGGAAATTACTTAAATAATAAT
TAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTAGTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAATAATAAAAAGAAAATGTTAATTTCTCATTTCATCTTGTTAATCAAAACATTAATTTTTT

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTGACTACTACCACCCATCTCTATATCTATATTTAGTGGCTCAAATCTATCCGTTCTAGGCGTATCGCCTAACTAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCACGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTC
TTTCTAAATTTCCCTCAACTTTTACTTCTGCCTTATTGAAAACGACGAAGGCCAAGCAGGTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAA
GGGAAGTTTgtgagtgtttatcataaaaatatgattgcattgttgcatttcatggacataaaaaatgaatgagtttaaagATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCAAAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGCTTATTCATTTCGGACGG
TGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCT
GCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGGTAAGGATTTGACTACTGTTCTTTCATTTCATAAAAAGCTTTATTTTGTGGTAGTGGTAAATATGATTGTTTTATTGCATATTGGGGTTTGTACCAATAAATTATAGAACTCTATTAATGACATTGATTAGGTGATTCTGAGG
ATTTTTTTTCCCTTCTAATACTGCGACACTTTGGGGTTCATCTGTTTGCTTATGGTAAGAAAAAAGGGAACCGAATTAGCTCAAGAGAAAGACGAAGCATGAGATGTTGGAAAATAAAAATAATAACTAAATTGTATACAGGCTATCTGAATACATTATGGAAGTTTATTCTACCCCTATTAAATGCTCCTTGATTGTTT
GACTGTTGAGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGTAAGGAGGATGTTTAATCAGTACTTCACACATTAGAAACTACAGTCACCTGTACTTTCTAAATTGCCTTCTAGAATTAACTTATTAAGAGCTAGCTTACAAGCT
AAGGAGAAAACAAAGTAGGATATAAAATATAACCTAAAACTAAGAATACATTGGGTATCATGTTGTAAATGCAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCA
ATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCA
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AAAACATTAATTTTTT

Intron 7 GTATGGTCAA ... TCCTTCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.08	4	3.3	2
A2	40	3	2	0.7
A3	-1	0	0	0.3
A4	100	0	3	0.7
A5	-1	0	0	0
A6	88.23	2	14	2.3
A7	66.61	8.2	16.2	0.3
A8	53.3	7.7	8.5	4.3
A9	60.98	6.3	9.3	2.3
A10	90.77	0.7	6.2	0

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

CTTGACTACTACCACCCATCTCTATATCTATATTTAGTGGCTCAAATCTATCCGTTCTAGGCGTATCGCCTAACTAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCACGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTC
TTTCTAAATTTCCCTCAACTTTTACTTCTGCCTTATTGAAAACGACGAAGGCCAAGCAGGTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAA
GGGAAGTTTGTGAGTGTTTATCATAAAAATATGATTGCATTGTTGCATTTCATGGACATAAAAAATGAATGAGTTTAAAGATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCAAAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGCTTATTCATTTCGGACGG
TGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCT
GCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGGTAAGGATTTGACTACTGTTCTTTCATTTCATAAAAAGCTTTATTTTGTGGTAGTGGTAAATATGATTGTTTTATTGCATATTGGGGTTTGTACCAATAAATTATAGAACTCTATTAATGACATTGATTAGGTGATTCTGAGG
ATTTTTTTTCCCTTCTAATACTGCGACACTTTGGGGTTCATCTGTTTGCTTATGGTAAGAAAAAAGGGAACCGAATTAGCTCAAGAGAAAGACGAAGCATGAGATGTTGGAAAATAAAAATAATAACTAAATTGTATACAGGCTATCTGAATACATTATGGAAGTTTATTCTACCCCTATTAAATGCTCCTTGATTGTTT
GACTGTTGAGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGTAAGGAGGATGTTTAATCAGTACTTCACACATTAGAAACTACAGTCACCTGTACTTTCTAAATTGCCTTCTAGAATTAACTTATTAAGAGCTAGCTTACAAGCT
AAGGAGAAAACAAAGTAGGATATAAAATATAACCTAAAACTAAGAATACATTGGGTATCATGTTGTAAATGCAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCA
ATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCA
AGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGGAGGAAATTACTTAAATAATAATTAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTAGTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAATAATAAAAAGAAAATGTTAATTTCTCATTTCATCTTGTTAATC
AAAACATTAATTTTTT

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i13 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTGACTACTACCACCCATCTCTATATCTATATTTAGTGGCTCAAATCTATCCGTTCTAGGCGTATCGCCTAACTAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCACGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTC
TTTCTAAATTTCCCTCAACTTTTACTTCTGCCTTATTGAAAACGACGAAGGCCAAGCAGGTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAA
GGGAAGTTTGTGAGTGTTTATCATAAAAATATGATTGCATTGTTGCATTTCATGGACATAAAAAATGAATGAGTTTAAAGATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCAAAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAgtatggtcaaacataaacc
aagatacttttgcagtttaaagtacatagtttcgcctatggagtttctatttctattcaaatgtatgttgccattctattggcttatgtaattctttctctcaaactactttaaattcttattccaactctttaatgatggcatgatcatgcaactgaaaacaagattttctagaaatcaaagttatttgtctttgtaat
tgacatattgggtggatgctcattcttctgcttcttttagatggttttatgtggaagctggaaatactagcaatccttcaattgttttaattcacggccttccttcgcagGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAA
CCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGGTAAGGATTTGACT
ACTGTTCTTTCATTTCATAAAAAGCTTTATTTTGTGGTAGTGGTAAATATGATTGTTTTATTGCATATTGGGGTTTGTACCAATAAATTATAGAACTCTATTAATGACATTGATTAGGTGATTCTGAGGATTTTTTTTCCCTTCTAATACTGCGACACTTTGGGGTTCATCTGTTTGCTTATGGTAAGAAAAAAGGGAAC
CGAATTAGCTCAAGAGAAAGACGAAGCATGAGATGTTGGAAAATAAAAATAATAACTAAATTGTATACAGGCTATCTGAATACATTATGGAAGTTTATTCTACCCCTATTAAATGCTCCTTGATTGTTTGACTGTTGAGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTT
TTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGTAAGGAGGATGTTTAATCAGTACTTCACACATTAGAAACTACAGTCACCTGTACTTTCTAAATTGCCTTCTAGAATTAACTTATTAAGAGCTAGCTTACAAGCTAAGGAGAAAACAAAGTAGGATATAAAATATAACCTAAAACTAAGAATACATTGGGTATCATGTTGTAAATG
CAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAAAGA
ATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGGAGGAAATTACTTAAATAATAAT
TAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTAGTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAATAATAAAAAGAAAATGTTAATTTCTCATTTCATCTTGTTAATCAAAACATTAATTTTTT

Intron 8 GTATGGTCAA ... TCCTTCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.44	5	4	0
A2	25	3	1	0
A3	-1	0	0	1
A4	100	0	3	3
A5	-1	0	0	0
A6	80	3	12	2
A7	59.09	9	13	0
A8	50	9	9	0
A9	61.9	8	13	2
A10	85.71	1	6	0

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

CTTGACTACTACCACCCATCTCTATATCTATATTTAGTGGCTCAAATCTATCCGTTCTAGGCGTATCGCCTAACTAGCCTACCAATGCCTCTCATTTTCTCACGGAAACAGTTGAGTTCCAGACATGGCCTTAATTCACCATGCATTTCAATGCCCTGCATGTCTACTGCCTGCCTCCGGTTTCCATAATTCACAATTTC
TTTCTAAATTTCCCTCAACTTTTACTTCTGCCTTATTGAAAACGACGAAGGCCAAGCAGGTCAAATGCAGATCACTCTATGTAGACGATGACGATGAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATGAATGGTTCAAGCAA
GGGAAGTTTATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCAAAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAA
CCCCAGCCAAACTATGGCTTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGGTAAGGATTTGACT
ACTGTTCTTTCATTTCATAAAAAGCTTTATTTTGTGGTAGTGGTAAATATGATTGTTTTATTGCATATTGGGGTTTGTACCAATAAATTATAGAACTCTATTAATGACATTGATTAGGTGATTCTGAGGATTTTTTTTCCCTTCTAATACTGCGACACTTTGGGGTTCATCTGTTTGCTTATGGTAAGAAAAAAGGGAAC
CGAATTAGCTCAAGAGAAAGACGAAGCATGAGATGTTGGAAAATAAAAATAATAACTAAATTGTATACAGGCTATCTGAATACATTATGGAAGTTTATTCTACCCCTATTAAATGCTCCTTGATTGTTTGACTGTTGAGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTT
TTGTTGGGTGAGATTTTTTCTCAGGTAAGGAGGATGTTTAATCAGTACTTCACACATTAGAAACTACAGTCACCTGTACTTTCTAAATTGCCTTCTAGAATTAACTTATTAAGAGCTAGCTTACAAGCTAAGGAGAAAACAAAGTAGGATATAAAATATAACCTAAAACTAAGAATACATTGGGTATCATGTTGTAAATG
CAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAAAGA
ATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGGAGGAAATTACTTAAATAATAAT
TAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTAGTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAATAATAAAAAGAAAATGTTAATTTCTCATTTCATCTTGTTAATCAAAACATTAATTTTTT

>TRINITY_DN40255_c0_g1_i12 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CACGAGTCATGCATTAGTATAAGGACCTTAATGGAAATTGTTAAAATTCATGCACAATTGCTGGAATTTAATGTCACTCGTGGGGACTTATCACATTTGTTGTCATTGTCAGGGATATTTAATTGACGCCCCTGTTCAAGTAGGAGATGGCTTCTCTTTCTATGGAGGGAATTATTCAGATATGCCGACCAGGGCCGATG
AATGGTTCAAGCAAGGGAAGTTTATAAAAACTAACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAGGGCAAAGGATCCTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAgtatggtcaaacataaaccaagatacttttgcagtttaaagtacatagtttcgcctatggagtttctatttctatt
caaatatggttttatgtggaagctggaaatactagcaatccttcaattgttttaattcacggccttccttcgcagGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGCATTGGTGGCCATTTGAAAAAGGGCGCTATACTTGGAGCGGGAGCTCCGCTTTAG
CTGTTTTCTTCGAAGTTATTCACAAGGGAGTACCTAGGTCGCCATTGGCATCCAGTCGCTCCTCATGCTCAAGGGAACA