sp|Q1PDV2|SRC28_ARATH ----> Serine/arginine-rich SC35-like splicing factor SCL28


Intron 1 GTGATTGTTA ... TTTTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A712.772809.541
A816.9934213.270
A916.44274.313.254
A1014.791444.525



>TRINITY_DN121168_c2_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform
CGGTGAGAATAACGTACATGGCAAGGCAAATAGTTTTGGCGGGGTGGAAGTTGTTCTAGTTTTGTAGTCGACGGTGGTTATGATACGCAAAGGAAATGGAAAGAAACAAAACAAGGCCATCACATATTCGTATTTAAAGGCTCAGGGCAAAGAAATTGAATAATAAAATTAGAGGAGAAGAAAGAGCGGGGTTGTTCTCT
ATAGCCACAGTGAGCGAGAGAGCAAAGCTATCTGTTTAAAATTTTGTTCAGATAAACACATATTTAATTGGTATCAGGTAGCTCTTACGGTGTCGGGAAGGAGGCGAAATGGGAAGAAACCGGAGCCGCAGCAGAAGCTACAGCCCCAGAAGGAGCCGAAGCCCTCCTCGTAGAAAGCGTTATGACGATTACAGGGAGAG
GGATCAATATAGGGAGCGAGATAGGTTCAGAGATAGGCGCTCCACTCTGCCCACCGGTCTTTTGGTCCGAAATATTTCTCTAGACGCGAGGCCTGAAGATCTTCGCATACCATTTGAAAGGTTTGGAGCGGTAAAAGATGTTTACCTCCCCAAAAATTACTATACAGGTGAGCCTCGTGGTTTTGGCTTTGTGAAGTACA
GAAATCATGATGATGCCACTGAAGCTAAGCGCCATATGAACCACCAGGTAATTGGTGGGCGGGAGATTTCTATTGTCTTTGCAGAAGAGAACAGAAAAAATCCACAAGAGATGAGAGCAACAGCAAGAGTCAGGACCAGTAGACATCCTGGAGGTGGCTTCCGAAGGCGCACGCCACCACGGTCTCCAAGGCGTCGTTAT
CGTTCCTATTCACGCTCGCCGTCTCCACCCAGACGTGGCTCAAGAGGTCATACGCCTCAAGAAGACTACTATTCAGATGGAAGGTCTGTTTCACCCATCCCTCGCAGTGAATCTAGGTCTCCTCAAGGGTTTCGGTCTAGAGCTGTGGCGAGTCCACCAAGGGCTACAAGTCCAAGAGAGAATGGAAGAAGTGTATTAAG
GAGGCACAGTCCTGGCACAGGCCACAGGCTAGCAGTCCATGATTTTTGATCCATCATTTCCAGACTGTTTGTCAAGCCTTGAACAATTTGATAAAGCTTGTACAGTTGCTGTACGTTGATCTTGGACTATCCAAATGTTCAGGAAGTTTTGGACAGGACGTAGCTTGCACTTGTTTGATGGTGTAGTATTGTCCTAGGAT
TGCCAGTGTCGTTACTCTGCAAAGTAGAAGTTGAGTTTTTCCTTCGTTTTTGGGATGACATATTTGGGTCATGTAGCCTCAGTTCTCGGACTAAATCGGTTTACCTTGTTTAATTTACAGTTTCTCTCTATGAGTGTTAAGGGTCTTGCCCATGAAGTATTTATAAATTCCGATGTTGATTTAGGCGTGTAGATAAAAGC
TACAAGTATAACAGTTGTTCTTAAAAACAGTGCTTTTATTCTTTTTATGTGTTTATGTGTTCTAATTTTAAACCCTGCAATGAGTTAGCCAGTTCCTTCACTTCGGGAAAGGTTCTTTACTTAGCTTGTCTTTAGATCGGAACCAAAAGTTGTATAACACCAGGTCCAGTTCTTTTAAGTCTTATTGTTATATTTGTGTT
GAATCTAGGTTCCCTTGAGCCCAGTATGGTGGAGATGCTGTCACTTGTCACCTGAGCCCAGTATGGTGATGCTGTCACTTGTCACCTCATGATGTGACAACAAATAAAAAGTAATTAAGAGGCTCATAAAATAAAAAATAAAAAATTAAAATTAAATTAAAAATAAATAAATAATGTTGCAGAAGATAAGCTGTAAGTTG
GAGCTATCACAATGGTAGCAAATTTATGTGTAGTTCCTTGTGTATTTGTGCTCCCATAAGTCTTTACAGTAGATATGAATTGGCGGTCACTGGGCTGCCATTTCCACCCCATCCCCATCCCCAGAAATGCATTTGAAGCACAGAGTATGTCCAGCAGGTACGAAGACATAAAAAATATTGGGGATTCTCGGAGTGTTATA
CTTAGCTCTTGCAATGTTGTCCCTGAGAGTCGTACATAAAATGCTTGACCAGTTTAATATAGTTGCATATTTCACAAAATAAAAAATTAAAATTAAATTAAAAATAAATAAATAATGTAGTGTTTTGTGAAATTCACATAGGTTTAAATTCAAATAAAGTAATTAAAAAATATCTTTATATATTGAAGAAAAAAATTAAA
ATCAAATTAAAAATAAATAACAA


>TRINITY_DN121168_c2_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:
CGGTGAGAATAACGTACATGGCAAGGCAAATAGTTTTGGCGGGGTGGAAGTTGTTCTAGTTTTGTAGTCGACGGTGGTTATGATACGCAAAGGAAATGGAAAGAAACAAAACAAGGCCATCACATATTCGTATTTAAAGGCTCAGGGCAAAGAAATTGAATAATAAAATTAGAGGAGAAGAAAGAGCGGGGTTGTTCTCT
ATAGCCACAGTGAGCGAGAGAGCAAAGCTATCTGTTTAAAATTTTGTTCAGATAAACACATATTTAATTGGTATCAGGTAGCTCTTACGGTGTCGGGAAGGAGGCGAAATGGGAAGAAACCGGAGCCGCAGCAGAAGCTACAGCCCCAGAAGGAGCCGAAGCCCTCCTCGTAGAAAGCGTTATGACGATTACAGGGAGAG
GGATCAATATAGGGAGCGAGATAGGTTCAGAGATAGGCGCTCCACTCTGCCCACCGGTCTTTTGGTCCGAAATATTTCTCTAGACGCGAGGCCTGAAGATCTTCGCATACCATTTGAAAGGTTTGGAGCGGTAAAAGATGTTTACCTCCCCAAAAATTACTATACAGGTGAGCCTCGTGGTTTTGGCTTTGTGAAGTACA
GAAATCATGATGATGCCACTGAAGCTAAGCGCCATATGAACCACCAGGTAATTGGTGGGCGGGAGATTTCTATTGTCTTTGCAGAAGAGAACAGAAAAAATCCACAAGAGATGAGAGCAACAGCAAGAGTCAGGACCAGTAGACATCCTGGAGGTGGCTTCCGAAGGCGCACGCCACCACGGTCTCCAAGGCGTCGTTAT
CGTTCCTATTCACGCTCGCCGTCTCCACCCAGACGTGGCTCAAGAGGTCATACGCCTCAAGAAGACTACTATTCAGATGGAAGGTCTGTTTCACCCATCCCTCGCAGTGAATCTAGGTCTCCTCAAGGGTTTCGGTCTAGAGCTGTGGCGAGTCCACCAAGGGCTACAAGTCCAAGAGAGAATGGAAGAAGTGTATTAAG
GAGGCACAGTCCTGGCACAGGCCACAGGCTAGCAGgtgattgttataaaataaatatttatcttttcaagtcaattcttgctgtgttgtatgtggcaatgaatttttaacatttcaacttcagtgttaatggcgatctgtgttttttttgcagTCCATGATTTTTGATCCATCATTTCCAGACTGTTTGTCAAGCCTTGA
ACAATTTGATAAAGCTTGTACAGTTGCTGTACGTTGATCTTGGACTATCCAAATGTTCAGGAAGTTTTGGACAGGACGTAGCTTGCACTTGTTTGATGGTGTAGTATTGTCCTAGGATTGCCAGTGTCGTTACTCTGCAAAGTAGAAGTTGAGTTTTTCCTTCGTTTTTGGGATGACATATTTGGGTCATGTAGCCTCAG
TTCTCGGACTAAATCGGTTTACCTTGTTTAATTTACAGTTTCTCTCTATGAGTGTTAAGGGTCTTGCCCATGAAGTATTTATAAATTCCGATGTTGATTTAGGCGTGTAGATAAAAGCTACAAGTATAACAGTTGTTCTTAAAAACAGTGCTTTTATTCTTTTTATGTGTTTATGTGTTCTAATTTTAAACCCTGCAATG
AGTTAGCCAGTTCCTTCACTTCGGGAAAGGTTCTTTACTTAGCTTGTCTTTAGATCGGAACCAAAAGTTGTATAACACCAGGTCCAGTTCTTTTAAGTCTTATTGTTATATTTGTGTTGAATCTAGGTTCCCTTGAGCCCAGTATGGTGGAGATGCTGTCACTTGTCACCTGAGCCCAGTATGGTGATGCTGTCACTTGT
CACCTCATGATGTGACAACAAATAAAAAGTAATTAAGAGGCTCATAAAATAAAAAATAAAAAATTAAAATTAAATTAAAAATAAATAAATAATGTTGCAGAAGATAAGCTGTAAGTTGGAGCTATCACAATGGTAGCAAATTTATGTGTAGTTCCTTGTGTATTTGTGCTCCCATAAGTCTTTACAGTAGATATGAATTG
GCGGTCACTGGGCTGCCATTTCCACCCCATCCCCATCCCCAGAAATGCATTTGAAGCACAGAGTATGTCCAGCAGGTACGAAGACATAAAAAATATTGGGGATTCTCGGAGTGTTATACTTAGCTCTTGCAATGTTGTCCCTGAGAGTCGTACATAAAATGCTTGACCAGTTTAATATAGTTGCATATTTCACAAAATAA
AAAATTAAAATTAAATTAAAAATAAATAAATAATGTAGTGTTTTGTGAAATTCACATAGGTTTAAATTCAAATAAAGTAATTAAAAAATATCTTTATATATTGAAGAAAAAAATTAAAATCAAATTAAAAATAAATAACAA




Intron 2 GTAAGCATGC ... TTTTGGACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A128.8922.795
A227.535.3130
A323.3626.385
A429.1737155
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A826.77190.3660
A930.22201.3821
A1028.72139.3540



>TRINITY_DN98493_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform
GGGGTGGAAGTTGTTCTAGTTTTGTAGTCGACGGTGGTTATGATACGCAAAGGAAATGGAAAGAAACAAAACAAGGCCATCACATATTCGTATTTAAAGGCTCAGGGCAAAGAAATTGAATAATAAAATTAGAGGAGAAGAAAGAGCGGGGTTGTTCTCTATAGCCACAGTGAGCGAGAGAGCAAAGCTATCTGTTTAAA
ATTTTGTTCAGATAAACACATATTTAATTGGTATCAGGTAGCTCTTACGGTGTCGGGAAGGAGGCGAAATGGGAAGAAACCGGAGCCGCAGCAGAAGCTACAGCCCCAGAAGGAGCCGAAGCCCTCCTCGTAGAAAGCGTTATGACGATTACAGGGAGAGGGATCAATATAGGGAGCGAGATAGGTTCAGAGATAGGCGC
TCCACTCTGCCCACCGGTCTTTTGGTCCGAAATATTTCTCTAGACGCGAGGCCTGAAGATCTTCGCATACCATTTGAAAGGTTTGGAGCGGTAAAAGATGTTTACCTCCCCAAAAATTACTATACAGGTGAGCCTCGTGGTTTTGGCTTTGTGAAGTACAGAAATCATGATGATGCCACTGAAGCTAAGCGCCATATGAA
CCACCAGGTAATTGGTGGGCGGGAGATTTCTATTGTCTTTGCAGAAGAGAACAGAAAAAATCCACAAGAGATGAGAGCAACAGCAAGAGTCAGGACCAGTAGACATCCTGGAGGTGGCTTCCGAAGGCGCACGCCACCACGGTCTCCAAGGCGTCGTTATCGTTCCTATTCACGCTCGCCGTCTCCACCCAGACGTGGCT
CAAGATTACCAGAAAGAAAAGAGCTACCCTGCTTACTGAAGTCTGAAAGTCCAGAGTTGTGAGACTTTATAAGATGGCAGGCAAAAGTTATTCGAGAAGTATTCATTAAGGTCATACGCCTCAAGAAGACTACTATTCAGATGGAAGGTCTGTTTCACCCATCCCTCGCAGTGAATCTAGGTCTCCTCAAGGGTTTCGGT
CTAGAGCTGTGGCGAGTCCACCAAGGGCTACAAGTCCAAGAGAGAATGGAAGAAGTGTATTAAGGAGGCACAGTCCTGGCACAGGCCACAGGCTAGCAGTCCATGATTTTTGATCCATCATTTCCAGACTGTTTGTCAAGCCTTGAACAATTTGATAAAGCTTGTACAGTTGCTGTACGTTGATCTTGGACTATCCAAAT
GTTCAGGAAGTTTTGGACAGGACGTAGCTTGCACTTGTTTGATGGTGTAGTATTGTCCTAGGATTGCCAGTGTCGTTACTCTGCAAAGTAGAAGTTGAGTTTTTCCTTCGTTTTTGGGATGACATATTTGGGTCATGTAGCCTCAGTTCTCGGACTAAATCGGTTTACCTTGTTTAATTTACAGTTTCTCTCTATGAGTG
TTAAGGGTCTTGCCCATGAAGTATTTATAAATTCCGATGTTGATTTAGGCGTGTAGATAAAAGCTACAAGTATAACAGTTGTTCTTAAAAACAGTGCTTTTATTCTTTTTATGTGTTTATGTGTTCTAATTTTAAACCCTGCAATGAGTTAGCCAGTTCCTTCACTTCGGGAAAGGTTCTTTACTTAGCTTGTCTTTAGA
TCGGAACCAAAAGTTGTATAACACCAGGTCCAGTTCTTTTAAAA


>TRINITY_DN98493_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GGGGTGGAAGTTGTTCTAGTTTTGTAGTCGACGGTGGTTATGATACGCAAAGGAAATGGAAAGAAACAAAACAAGGCCATCACATATTCGTATTTAAAGGCTCAGGGCAAAGAAATTGAATAATAAAATTAGAGGAGAAGAAAGAGCGGGGTTGTTCTCTATAGCCACAGTGAGCGAGAGAGCAAAGCTATCTGTTTAAA
ATTTTGTTCAGATAAACACATATTTAATTGGTATCAGGTAGCTCTTACGGTGTCGGGAAGGAGGCGAAATGGGAAGAAACCGGAGCCGCAGCAGAAGCTACAGCCCCAGAAGGAGCCGAAGCCCTCCTCGTAGAAAGCGTTATGACGATTACAGGGAGAGGGATCAATATAGGGAGCGAGATAGGTTCAGAGATAGGCGC
TCCACTCTGCCCACCGGTCTTTTGGTCCGAAATATTTCTCTAGACGCGAGGCCTGAAGATCTTCGCATACCATTTGAAAGGTTTGGAGCGGTAAAAGATGTTTACCTCCCCAAAAATTACTATACAGGTGAGCCTCGTGGTTTTGGCTTTGTGAAGTACAGAAATCATGATGATGCCACTGAAGCTAAGCGCCATATGAA
CCACCAGGTAATTGGTGGGCGGGAGATTTCTATTGTCTTTGCAGAAGAGAACAGAAAAAATCCACAAGAGATGAGAGCAACAGCAAGAGTCAGGACCAGTAGACATCCTGGAGGTGGCTTCCGAAGGCGCACGCCACCACGGTCTCCAAGGCGTCGTTATCGTTgtaagcatgcttacgagattattgttctaggtttgc
ttagatacatttaaagttgtaaatttagcttcaattcaattcacgttgaggtgtttctttagagcagacatgggaactagcatcctacatcaatgaaacaaaaatcaaagtgttcttctgaagcataattatttcttgcaatttctaatatactactctttttggacag
CCTATTCACGCTCGCCGTCTCCACCCAGACG
TGGCTCAAGGTGGGAGTATTTGTTACAGAGTTTTTGCTAGGGCAAATTTACTTCTTTATTTGTTGAAAGTTTGGTAATTTCTCAAAGCGGCCTATGTGATATTTTGTTAATTTGTGTAATTTGGTTTTAATTTTTCTTTCAAATTTCTTAATTTGTGTAATTTGAGGTACTTGTGTAGTCTTTTATTTCTGTGAGTGATA
GCTTTTCTTTTGTGTTTTCTTGGTTAAGTTTTTTAATCAGTAAACTAAGCTGTCATGCTTATCATTTGTTTAAACTCCCCTTGGACATGTTCACCTCAAGTTGAACAAATGTTTCAGAAACTTATCTATCGCTTTTATGTAGTACATCATTCACATTATGTTGCTGTTTAGTTCTGTAGTACTTCCTAAATTTGTAGTCT
GTTTATGATTCAAGCTCATTCCAAAATTACATGTTGGTCTGTTTTCTGAGTGATAACACCTTCTGTTCAATACATCAAGGAATTGTGTTACTCTTGGTTCTTATTTTCCCTCTACTTAAACTTGTCTTTCCTTGAGCCAAAATCTGTTATTGGATCCTGTTTAGTCCTTTGGACTTTTTAGACAGAACTTGTTTCTGCCT
ACTGATCAAATGGTCAGAAGAACCATGCAGCATATTTTCTTAATGATCTTTCCTCTATTTATAAGAGCCATCTTTAATGCATCCCCACGCATTTTCTAGCCAATACCTGTCTTAGTGTGTTTCATTCTATCAGGTATTTTCTAATTCTAGTCCAGCCTGTTGCCTTATTTTTGTTTTTAATTTTTCACTCAAGCTGGCTG
CTGAATACTTTTAGATTTGACACGCTTTTGTTTCTTCTTGAATCTTGGAACTACCAGTTGGAAGGTGTTGATTCTGGGTTCTCCTATGTTTTTGTAAAGAAACATAAAAATGCAATAGTTGAGAATGATGCAAGGGTCATGCTGTCTTATTGATTGAAGAATTGTTATTGCAAGTCCTCTACTTTTACCCCCGGACCAGT
GTACCTGAAGGCATACATTACAGTCCATTTCCAACAGGATGACCTGTTGGACATTACAGTCCATTTCCAACAGGATGACCAATATTCTCTTAGGCAGGACCATTCTCTTGCTTCAATTTTCAATGGTTCAGTCAGATCATTATTTTTTTTTGCTTCAGATGCTCATGCATTGCTGTTGACTACTCCTTTAAATAAGTGTA
GTATTTGATTGTGGCACAATTAAGGATTTGAATCAGCAAGTAGGCAATGAGTTACCATGCATTGTCAAATTTGAAAATTTCATCGTACAAAGTTGATCTTGTTGTTGATTTTTGCATCAAATTTACCTATTCCAAAGGTTGCTAGTATGTGAAGACGTGCAGATAAGAGAAATTTCTACTCATTGTTAGAGAAATTTCTC
ACATCAAACCTAATATATGATATTGTGCCATTTGTGTTTGGATGGGTTTGATGGTTAGTTTGATTGCCTCTAGAAGCTTAATTTGGATATACCATACACCAACATTCAGTTTGGGATTTTTCAGGAAGCTTGCTTAAAATTGATACTTGTTGGGAAAACTAAATCATGGTTGATATGTATAATATTTTAAACATTTGATA
CAATACAAGATCTAGGGACAATTAGCAGTCATGTTAGGCTTGTGTAGCCTTCCCCAGAATCAGC




Intron 3 GTCAGTCCTC ... CATTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A138.8911107
A264.716511
A329.4112105
A461.54538
A540654
A65076876
A745.79581849
A849.37401539
A954.72481558
A1048.5335733



>TRINITY_DN40844_c1_g3_i7 from sample A8 / Example spliced isoform
GTCCAGTTATTGCTCCCTAGAAATCTATATAAACAGGATATATTGTTTTTTCTGTTTAATGATTCTAGGTGACTAACTATGTTGACAATTTAAATTTTGGAGTTGATTGCAACTCACAGGACAATAATGATTATTTGTGAGTGATATTGATCTAAATAAGGCAGTTCATTTTGTGGGAATGCCTCAGTATTTGTCATGCT
GGGATTTTTTTCTGTCACCACTTCTGTCCACAATCATTAACTTGTTTTAAACTGCAATTTTTTTATTTATATTGTGGAGTGGCCTTTGTAGTTTTTTTCTTGACTTTAACAATCTAAGATTCTAAACCAGTATCCTCAAAGTTTCTCATTCAGTGTTGAACCCATACATCATTTGTTTTTATATCCTTATTGCTGCACGG
TCTTTGTTTATTTTCCTTTTAATGAATAAAACCAGTGTCCACAGTTTCTAATTCTTTGTCCACCCCATACACCATTTGGGAAGTGTCCGCCAGTACCTTGTTCAAACCAATTCTTTATCCACTCCGACATGTGTTGGAATCAAGGCTACCTCCTTTTGGATACGGTGATGTTTGAAAGTGGACATTGTGCTTTCTTCATC
AATCCTGTAGTGTTATCAAATTTTCTCCCATTTCACAAAAAAGGAATGTGGCTCCATATGTGATCACCCAAGCTATCCATCGTTTCAGACTATCTATTGGTCATGTTCACGCCAATTCTTTTGAGTAACATGTTTTATTCTTGTTCATGCAGATTACCAAAGACAAAAGAGACATCTTGCTTATTGAAATTCCAGATTTG
TGACACTTTCTAAGAGGGCAAGCACTTGTTCTTGTTCACGCAGATTACCAGAAAGAAAAGAGCTACCCTGCTTACTGAAGTCTGAAAGTCCAGAGTTGTGAGACTTTATAAGATGGCAGGCAAAAGTTATTCGAGAAGTATTCATTAGTAATGATCTTCAACAACTATAATCTTTTGAATTGTGAGATGGCTCCTAAAGT
TTTGCGTGTTGACTTCTAAGAATTTCTTGGTTTTTGAGAGGTCATACGCCTCAAGAAGACTACTATTCAGATGGAAGGTCTGTTTCACCCATCCCTCGCAGTGAATCTAGGTCTCCTCAAGGGTTTCGGTCTAGAGCTGTGGCGAGTCCACCAAGGGCTACAAGTCCAAGAGAGAATGGAAGAAGTGTATTAAGGAGGCA
CAGTCCTGGCACAGGCCACAGGCTAGCAGTCCATGATTTTTGATCCATCATTTCCAGACTGTTTGTCAAGCCTTGAACAATTTGATAAAGCTTGTACAGTTGCTGTACGTTGATCTTGGACTATCCAAATGTTCAGGAAGTTTTGGACAGGACGTAGCTTGCACTTGTTTGATGGTGTAGTATTGTCCTAGGATTGCCAG
TGTCGTTACTCTGCAAAGTAGAAGTTGAGTTTTTCCTTCGTTTTTGGGATGACATATTTGGGTCATGTAGCCTCAGTTCTCGGACTAAATCGGTTTACCTTGTTTAATTTACAGTTTCTCTCTATGAGTGTTAAGGGTCTTGCCCATGAAGTATTTATAAATTCCGATGTTGATTTAGGCGTGTAGATAAAAGCTACAAG
TATAACAGTTGTTCTTAAAAACAGTGCTTTTATTCTTTTTATGTGTTTATGTGTTCTAATTTTAAACCCTGCAATGAGTTAGCCAGTTCCTTCACTTCGGGAAAGGTTCTTTACTTAGCTTGTCTTTAGATCGGAACCAAAAGTTGTATAACACCAGGTCCAGTTCTTTTAAGTCTTATTGTTATATTTGTGTTGAATCT
AGGTTCCCTTGAGCCCAGTATGGTGGAGATGCTGTCACTTGTCACCTGAGCCCAGTATGGTGATGCTGTCACTTGTCACCTCATGATGTGACAACAAATAAAAAGTAATTAAGAGGCTCATAAAATAAAAAATAAAAAATTAAAATTAAATTAAAAATAAATAAATAATGTTGCAGAAGATAAGCTGTAAGTTGGAGCTA
TCACAATGGTAGCAAATTTATGTGTAGTT


>TRINITY_DN40844_c1_g3_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CCGGAAGCTAATGTAAAAATAACTACTCCTAGAGATTTGGAGAAGGCATCGGTGAGAATAACGTACATGGCAAGGCAAATAGTTTTGGCGGGGTGGAAGTTGTTCTAGTTTTGTAGTCGACGGTGGTTATGATACGCAAAGGAAATGGAAAGAAACAAAACAAGGCCATCACATATTCGTATTTAAAGGCTCAGGGCAAA
GAAATTGAATAATAAAATTAGAGGAGAAGAAAGAGCGGGGTTGTTCTCTATAGCCACAGTGAGCGAGAGAGCAAAGCTATCTGTTTAAAATTTTGTTCAGATAAACACATATTTAATTGGTATCAGGTAGCTCTTACGGTGTCGGGAAGGAGGCGAAATGGGAAGAAACCGGAGCCGCAGCAGAAGCTACAGCCCCAGAA
GGAGCCGAAGCCCTCCTCGTAGAAAGCGTTATGACGATTACAGGGAGAGGGATCAATATAGGGAGCGAGATAGGTTCAGAGATAGGCGCTCCACTCTGCCCACCGGTCTTTTGGTCCGAAATATTTCTCTAGACGCGAGGCCTGAAGATCTTCGCATACCATTTGAAAGGTTTGGAGCGGTAAAAGATGTTTACCTCCCC
AAAAATTACTATACAGGTGAGCCTCGTGGTTTTGGCTTTGTGAAGTACAGAAATCATGATGATGCCACTGAAGCTAAGCGCCATATGAACCACCAGGTAATTGGTGGGCGGGAGATTTCTATTGTCTTTGCAGAAGAGAACAGAAAAAATCCACAAGAGATGAGAGCAACAGCAAGAGTCAGGACCAGTAGACATCCTGG
AGGTGGCTTCCGAAGGCGCACGCCACCACGGTCTCCAAGGCGTCGTTATCGTTCCTATTCACGCTCGCCGTCTCCACCCAGACGTGGCTCAAGATTACCAAAGACAAAAGAGACATCTTGCTTATTGAAATTCCAGATTTGTGACACTTTCTAAGAGGGCAAGCACTTGTTCTTGTTCACGCAGATTACCAGAAAGAAAA
GAGCTACCCTGCTTACTGAAGTCTGAAAGTCCAGAGTTGTGAGACTTTATAAGATGGCAGGCAAAAGTTATTCGAGAAGTATTCATTAGTAATGATCTTCAACAACTATAATCTTTTGAATTGTGAGATGGCTCCTAAAGTTTTGCGTGTTGACTTCTAAGAATTTCTTGGTTTTTGAGgtcagtcctctgttgtagcca
gctttctaccgtatgaaagagacttcaattttggttgtaaaatcttctcaaatagatattcttcattcccacgctgatcgtcatttcttgttctgataagtttgaatgatcccaactgataagcttactatagcaaagaattaccagtggaaccaaaggtaaaacaattgatagaaaggtgaaaatacttgctgccatcg
tcccaataaaactggattctatgccaaatatcctcctccattgaattctgaaatatcttcttcaaaaacatttttgaattgtttcctacattatgggaaatcgccagcagattcattagcaacacataatatttgttgaaaattggtcctatgctttgtttcttacgaatattttgcccttaagtttttcagtttttaaa
taattcaaaagtttgaaatctgaagctgagaatttttaggaaagatgtcccactgttgtttcctctgtgccatgtttttatggccaatatcaacttcagtcttggacctgtcctcaatttcatgcacccatggttacagtttaagttgtgcagaacctgagatacagtgccaaggtatgcttcccatttttcaaaacaac
ggatccaatgtaaagctagtatcctctcagtcattaaagatggtctttcttctaatggtcagccaactctaactggagccaagttgccaacaaactagttaacttccaggtgccggtaacccttatttcacatccctcaagttcatagaatgtggttgcaatgaatcaccatataattttcttctaggtatgaaattata
taaatttgcgtatatccacaataaatatcaaattggaccatttcaatatgatgttaggaaacattgctatgggcatgccctaatttgtagaacttaaaacactttcaagctagcttattcaacaataatttatttggacatttagtccctataatctgaatttaattgtacgattgtttagcatcataaaatttgttcat
tcattctgaagtatgctgattgcattttgcag
AGGTCATACGCCTCAAGAAGACTACTATTCAGATGGAAGGTCTGTTTCACCCATCCCTCGCAGTGAATCTAGGTCTCCTCAAGGGTTTCGGTCTAGAGCTGTGGCGAGTCCACCAAGGGCTACAAGTCCAAGAGAGAATGGAAGAAGTGTATTAAGGAGGCACAGTCC
TGGCACAGGCCACAGGCTAGCAGTCCATGATTTTTGATCCATCATTTCCAGACTGTTTGTCAAGCCTTGAACAATTTGATAAAGCTTGTACAGTTGCTGTACGTTGATCTTGGACTATCCAAATGTTCAGGAAGTTTTGGACAGGACGTAGCTTGCACTTGTTTGATGGTGTAGTATTGTCCTAGGATTGCCAGTGTCGT
TACTCTGCAAAGTAGAAGTTGAGTTTTTCCTTCGTTTTTGGGATGACATATTTGGGTCATGTAGCCTCAGTTCTCGGACTAAATCGGTTTACCTTGTTTAATTTACAGTTTCTCTCTATGAGTGTTAAGGGTCTTGCCCATGAAGTATTTATAAATTCCGATGTTGATTTAGGCGTGTAGATAAAAGCTACAAGTATAAC
AGTTGTTCTTAAAAACAGTGCTTTTATTCTTTTTATGTGTTTATGTGTTCTAATTTTAAACCCTGCAATGAGTTAGCCAGTTCCTTCACTTCGGGAAAGGTTCTTTACTTAGCTTGTCTTTAGATCGGAACCAAAAGTTGTATAACACCAGGTCCAGTTCTTTTAAGTCTTATTGTTATATTTGTGTTGAATCTAGGTTC
CCTTGAGCCCAGTATGGTGGAGATGCTGTCACTTGTCACCTGAGCCCAGTATGGTGATGCTGTCACTTGTCACCTCATGATGTGACAACAAATAAAAAGTAATTAAGAGGCTCATAAAATAAAAAATAAAAAATTAAAATTAAATTAAAAATAAATAAATAATGTTGCAGAAGATAAGCTGTAAGTTGGAGCTATCACAA
TGGTAGCAAATTTATGTGTAGTT




Intron 4 GTAATGATCT ... GGTTTTTGAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A162.016.81111
A241.115.826
A361.946.5912
A436.36955
A574.382.586
A639.47691476
A747.6246.82758
A842.0736.51340
A941.2243.51348
A1044.64311535



>TRINITY_DN42465_c3_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform
TGATGGCATAATGTCGCATCCTTTTCATACATAATCGATTATAATTTTGGACTTATACTTGCCAAGGAAACTTTGCATTGGTCTATGCTCTCTGAACATGGTCCAGTTATTGCTCCCTAGAAATCTATATAAACAGGATATATTGTTTTTTCTGTTTAATGATTCTAGGTGACTAACTATGTTGACAATTTAAATTTTGG
AGTTGATTGCAACTCACAGGACAATAATGATTATTTGTGAGTGATATTGATCTAAATAAGGCAGTTCATTTTGTGGGAATGCCTCAGTATTTGTCATGCTGGGATTTTTTTCTGTCACCACTTCTGTCCACAATCATTAACTTGTTTTAAACTGCAATTTTTTTATTTATATTGTGGAGTGGCCTTTGTAGTTTTTTTCT
TGACTTTAACAATCTAAGATTCTAAACCAGTATCCTCAAAGTTTCTCATTCAGTGTTGAACCCATACATCATTTGTTTTTATATCCTTATTGCTGCACGGTCTTTGTTTATTTTCCTTTTAATGAATAAAACCAGTGTCCACAGTTTCTAATTCTTTGTCCACCCCATACACCATTTGGGAAGTGTCCGCCAGTACCTTG
TTCAAACCAATTCTTTATCCACTCCGACATGTGTTGGAATCAAGGCTACCTCCTTTTGGATACGGTGATGTTTGAAAGTGGACATTGTGCTTTCTTCATCAATCCTGTAGTGTTATCAAATTTTCTCCCATTTCACAAAAAAGGAATGTGGCTCCATATGTGATCACCCAAGCTATCCATCGTTTCAGACTATCTATTGG
TCATGTTCACGCCAATTCTTTTGAGTAACATGTTTTATTCTTGTTCATGCAGATTACCAAAGACAAAAGAGACATCTTGCTTATTGAAATTCCAGATTTGTGACACTTTCTAAGAGGGCAAGCACTTGTTCTTGTTCACGCAGATTACCAGAAAGAAAAGAGCTACCCTGCTTACTGAAGTCTGAAAGTCCAGAGTTGTG
AGACTTTATAAGATGGCAGGCAAAAGTTATTCGAGAAGTATTCATTAAGGTCATACGCCTCAAGAAGACTACTATTCAGATGGAAGGTCTGTTTCACCCATCCCTCGCAGTGAATCTAGGTCTCCTCAAGGGTTTCGGTCTAGAGCTGTGGCGAGTCCACCAAGGGCTACAAGTCCAAGAGAGAATGGAAGAAGTGTATT
AAGGAGGCACAGTCCTGGCACAGGCCACAGGCTAGCAGTCCATGATTTTTGATCCATCATTTCCAGACTGTTTGTCAAGCCTTGAACAATTTGATAAAGCTTGTACAGTTGCTGTACGTTGATCTTGGACTATCCAAATGTTCAGGAAGTTTTGGACAGGACGTAGCTTGCACTTGTTTGATGGTGTAGTATTGTCCTAG
GATTGCCAGTGTCGTTACTCTGCAAAGTAGAAGTTGAGTTTTTCCTTCGTTTTTGGGATGACATATTTGGGTCATGTAGCCTCAGTTCTCGGACTAAATCGGTTTACCTTGTTTAATTTACAGTTTCTCTCTATGAGTGTTAAGGGTCTTGCCCATGAAGTATTTATAAATTCCGATGTTGATTTAGGCGTGTAGATAAA
AGCTACAAGTATAACAGTTGTTCTTAAAAACAGTGCTTTTATTCTTTTTATGTGTTTATGTGTTCTAATTTTAAACCCTGCAATGAGTTAGCCAGTTCCTTCACTTCGGGAAAGGTTCTTTAC


>TRINITY_DN42465_c3_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:
TGATGGCATAATGTCGCATCCTTTTCATACATAATCGATTATAATTTTGGACTTATACTTGCCAAGGAAACTTTGCATTGGTCTATGCTCTCTGAACATGGTCCAGTTATTGCTCCCTAGAAATCTATATAAACAGGATATATTGTTTTTTCTGTTTAATGATTCTAGGTGACTAACTATGTTGACAATTTAAATTTTGG
AGTTGATTGCAACTCACAGGACAATAATGATTATTTGTGAGTGATATTGATCTAAATAAGGCAGTTCATTTTGTGGGAATGCCTCAGTATTTGTCATGCTGGGATTTTTTTCTGTCACCACTTCTGTCCACAATCATTAACTTGTTTTAAACTGCAATTTTTTTATTTATATTGTGGAGTGGCCTTTGTAGTTTTTTTCT
TGACTTTAACAATCTAAGATTCTAAACCAGTATCCTCAAAGTTTCTCATTCAGTGTTGAACCCATACATCATTTGTTTTTATATCCTTATTGCTGCACGGTCTTTGTTTATTTTCCTTTTAATGAATAAAACCAGTGTCCACAGTTTCTAATTCTTTGTCCACCCCATACACCATTTGGGAAGTGTCCGCCAGTACCTTG
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TCATGTTCACGCCAATTCTTTTGAGTAACATGTTTTATTCTTGTTCATGCAGATTACCAAAGACAAAAGAGACATCTTGCTTATTGAAATTCCAGATTTGTGACACTTTCTAAGAGGGCAAGCACTTGTTCTTGTTCACGCAGATTACCAGAAAGAAAAGAGCTACCCTGCTTACTGAAGTCTGAAAGTCCAGAGTTGTG
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TGCTGTACGTTGATCTTGGACTATCCAAATGTTCAGGAAGTTTTGGACAGGACGTAGCTTGCACTTGTTTGATGGTGTAGTATTGTCCTAGGATTGCCAGTGTCGTTACTCTGCAAAGTAGAAGTTGAGTTTTTCCTTCGTTTTTGGGATGACATATTTGGGTCATGTAGCCTCAGTTCTCGGACTAAATCGGTTTACCT
TGTTTAATTTACAGTTTCTCTCTATGAGTGTTAAGGGTCTTGCCCATGAAGTATTTATAAATTCCGATGTTGATTTAGGCGTGTAGATAAAAGCTACAAGTATAACAGTTGTTCTTAAAAACAGTGCTTTTATTCTTTTTATGTGTTTATGTGTTCTAATTTTAAACCCTGCAATGAGTTAGCCAGTTCCTTCACTTCGG
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Intron 5 GTAATGATCT ... CATTTTGCAG

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>TRINITY_DN40844_c1_g3_i3 from sample A8 / Example spliced isoform
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GAGCTACCCTGCTTACTGAAGTCTGAAAGTCCAGAGTTGTGAGACTTTATAAGATGGCAGGCAAAAGTTATTCGAGAAGTATTCATTAAGGTCATACGCCTCAAGAAGACTACTATTCAGATGGAAGGTCTGTTTCACCCATCCCTCGCAGTGAATCTAGGTCTCCTCAAGGGTTTCGGTCTAGAGCTGTGGCGAGTCCA
CCAAGGGCTACAAGTCCAAGAGAGAATGGAAGAAGTGTATTAAGGAGGCACAGTCCTGGCACAGGCCACAGGCTAGCAGTCCATGATTTTTGATCCATCATTTCCAGACTGTTTGTCAAGCCTTGAACAATTTGATAAAGCTTGTACAGTTGCTGTACGTTGATCTTGGACTATCCAAATGTTCAGGAAGTTTTGGACAG
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TTAAAAATAAATAAATAATGTTGCAGAAGATAAGCTGTAAGTTGGAGCTATCACAATGGTAGCAAATTTATGTGTAGTT


>TRINITY_DN40844_c1_g3_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:
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