sp|P42751|CCD11_ARATH ----> Cyclin-D1-1


Intron 1 GCAAACATCG ... GAATCTGCAG

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A774.248588.3245
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A974.9280124239
A1071.73108124.3274



>TRINITY_DN112042_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform
GAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATATCGCAGGCATCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCCTGGGATTCTGATCCTTAAATGACAAACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATC
CGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTCAAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATTCTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGTTGGATAGTCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAA
CATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACTCAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCA
GCCGTAAACTATATGGATCGCTTCTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATAC
ACTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTT


>TRINITY_DN112042_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATATCGCAGGCATCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCCTGGGATTCTGATCCTTAAATGACAAACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATC
CGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTCAAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATTCTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGgcaaacatcgagctttgctttatcattgaattgaaacgctgctgtccagttctttcccagtgcaaatgttttaagacatttg
taggcggctgatatgatattgacaattaaaatggatagctccactgaaagccttttgtgcgaagagaatctgcag
TTGGATAGTCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAA
AATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACTCAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTCTTGTCGAAGAAGATTGATG
AGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACACTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGG
CGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTTTGCTCGGAAGTCTATCTGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCC
GTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAGATATGTCAATGCAGAGAAGGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTATGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGGAAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAA
AAAGCTCAACCGAAATACCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGACAGAAAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATGGAAGAATGGTGTTCTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTT
GGTTATTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCAGAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACAGGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTG
ATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATTATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATTATTCATTCTTTTCCAAATTATGTA
ACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGA




Intron 2 GTAATTTCTG ... GTTTTGACAG

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>TRINITY_DN41912_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform
GAAGGATTAAAGGTGATGTCGCCAAAGGATTAAAGGTGATGTCGCCAGCCTGGTACAGTCATGGCACACGTGTGCTGAATAAGAGGGTTCCTTATTTCTCATAACTCTCGGGGCGCCCAACGTGTGACTTTGGTTACGGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAACCCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGC
AGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATATCGCAGGCGTCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCCTGGGATTCTGATCCTTAAATGACAA
ACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATCCGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTAAAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATTCTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCAAACATCGAGCTTTGCTTTATCATTG
AATTGAAACGCTGTTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTAAAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTGCGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAGTCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTG
TTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACTCAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGA
CAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTCTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTC
GACTCAGATACACTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCG
ACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAAGGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTATGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGGAAACC
CCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATTCCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGACAGAAAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATCCTGAATACATTGATACAA
TTAGAGTTGTTGGGATTTTGAACATTGATGGAAGAATGGTGTTCTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCAGAGCATTCGAAGAGA
GTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACAGGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATTATTCATTCTTTTCCA
AATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGA


>TRINITY_DN41912_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:
TTAAATGACAAACGCGATATGAGgtaatttctgcgtctctaattttccgtcgtttacggcttcatcggcgacttttctgattcttagatttttaatcctggatttagttttagatttttgtgaaaatccgggtaaattttcagttctggaaagtctggagagcccactctggcttttatttacctttagctttttatcgc
ctggagtcgattgagcctaaaacctagcaggattgagaattctttaatttgcgcgtgaaggatttgccgtttgttctaaatcagtaaatgttttgacag
ATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATCCGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTAAAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAA
TTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATTCTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCAAACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGTTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTAAAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTG
CGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAGTCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTC
TTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACTCAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTCTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCG
AAGATGGACGAAGTAAAGATTCCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACACTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATT
TGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAAGGTGG
ATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTATGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGGAAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATTCCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTC
AGCACAAGAGGCAATACAGACAGAAAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATCCTGAATACATTGATACAATTAGAGTTGTTGGGATTTTGAACATTGATGGAAGAATGGTGTTCTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCA
GAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCAGAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACAGGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGT
GCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATTATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTC




Intron 3 GTAGGTTAGG ... TTTGTGACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A119.25651912
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A621.741264228
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A1021.812428253



>TRINITY_DN40282_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform
GGGGTTAAAACGCATGCATTGAGTTGAAGGATTAAAGGTGATGTCGCCAAAGGATTAAAGGTGATGTCGCCAGCCTGGTACAGTCATGGCACACGTGTGCTGAATAAGAGGGTTCCTTATTTCTCATAACTCTCGGGGCGCCCAACGTGTGACTTTGGTTACGGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAAC
CCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGCAGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATATCGCAGGCGTCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCC
TGGGATTCTGATCCTTAAATGACAAACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATCCGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTAAAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATTCTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCA
AACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGCTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTAAAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTGCGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAGTCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATT
TTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACTCAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGC

AGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTCTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCAT
GTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACACTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTTTGCTCGGAAGTCTAT
CTGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAAGGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTATGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTG
TCTTCCAACCATCTTACTGGAAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATTCCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGACAGAAAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTG
AGTTATGGAAGAATGGTGTTCTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCAGAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATT
GGGTTATGTGTGAGTTTACAGGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGTCATTGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATTATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTT
TCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTCTAAATTATGTAACGATTTTATATTT


>TRINITY_DN40282_c0_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:
GGGGTTAAAACGCATGCATTGAGTTGAAGGATTAAAGGTGATGTCGCCAAAGGATTAAAGGTGATGTCGCCAGCCTGGTACAGTCATGGCACACGTGTGCTGAATAAGAGGGTTCCTTATTTCTCATAACTCTCGGGGCGCCCAACGTGTGACTTTGGTTACGGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAAC
CCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGCAGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATATCGCAGGCGTCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCC
TGGGATTCTGATCCTTAAATGACAAACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATCCGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTAAAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATTCTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCA
AACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGCTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTAAAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTGCGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAGTCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATT
TTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACTCAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGgtaggt
taggaaaaaaattaaaattcttaattgtctgtcgatgatctttaacgtatcattgaaattgtaaaattattgaacgctttgtgctataatttgtgacag
GTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTCTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTG
GATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCCGTTCTCATGGATTTTCAGGT




Intron 4 GTAATTTCTG ... TTCTCTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A175.689028
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A767.12722147
A875.2525076
A975.65560174
A1072.81620166



>TRINITY_DN41912_c0_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoform
GAAGGATTAAAGGTGATGTCGCCAAAGGATTAAAGGTGATGTCGCCAGCCTGGTACAGTCATGGCACACGTGTGCTGAATAAGAGGGTTCCTTATTTCTCATAACTCTCGGGGCGCCCAACGTGTGACTTTGGTTACGGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAACCCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGC
AGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATATCGCAGGCGTCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCCTGGGATTCTGATCCTTAAATGACAA
ACGCGATATGAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCAAACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGTTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTAAAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTGCGAAGAGAATCTGCAGTTGG
ATAGTCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGT
GACTCAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTCTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGAT
TCCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACACTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCT
CCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAAGGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGG
TTTATGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGGAAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATTCCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGA
CAGAAAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTAT


>TRINITY_DN41912_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:
TTAAATGACAAACGCGATATGAGgtaatttctgcgtctctaattttccgtcgtttacggcttcatcggcgacttttctgattcttagatttttaatcctggatttagttttagatttttgtgaaaatccgggtaaattttcagttctggaaagtctggagagcccactctggcttttatttacctttagctttttatcgc
ctggagtcgattgagcctaaaacctagcaggattgagaattctttaatttgcgcgtgaaggatttgccgtttgttctaaatcagtaaatgttttgacagattgtagagtcaattgcaagaactgaaggtttcagttgtatccgcttggatttctaaactttgaagcttaaaaagactccatcaggctaaatattctttaa
ttttgagcaaaagcttgtcctattctctccag
CAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCAAACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGTTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTAAAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTG
CGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAGTCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTC
TTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACTCAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTCTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCG
AAGATGGACGAAGTAAAGATTCCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACACTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATT
TGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAAGGTGG
ATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTATGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGGAAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATTCCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTC
AGCACAAGAGGCAATACAGACAGAAAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATCCTGAATACATTGATACAATTAGAGTTGTTGGGATTTTGAACATTGATGGAAGAATGGTGTTCTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCA
GAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCAGAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACAGGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGT
GCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATTATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTC




Intron 5 GTAAACATTG ... CCCTCCGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A152.94897
A260230
A341.6721150
A450990
A555.56451
A649.336358
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A850383813
A948.8265622
A1049.5455546



>TRINITY_DN42059_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform
GCGGGTTCCTTATTTCTCATAACTCTCGGGGCGCCCAACGTGTGACTTTGGTTACGGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAACCCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGCAGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGC
AATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATATCGCAGGCGTCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCCTGGGATTCTGATCCTTAAATGACAAACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATCCGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTC
AAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATTCTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCAAACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGCTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTA
AAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTGCGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAGTCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCC
ATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACTCAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTTTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATT
GGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACACTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTT
ACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCA


>TRINITY_DN42059_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:
GCGGGTTCCTTATTTCTCATAACTCTCGGGGCGCCCAACGTGTGACTTTGGTTACGGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAACCCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGCAGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGC
AATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATATCGCAGGCGTCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCCTGGGATTCTGATCCTTAAATGACAAACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATCCGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTC
AAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATTCTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCAAACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGCTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTA
AAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTGCGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAGTCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCC
ATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACTCAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTTTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATT
GGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACACTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTT
ACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTTTGCTCGGAAGTCTATCTGgtaaacattgattttttttgttgtataagattgatctattttagttttatgcattattttttaggggttgaatgttatgcgatgttgattgactttccagaagt
tgaatttgtggaatttcgaccctccgtag
TTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCA




Intron 6 GTAGTTGTAA ... TATTATTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A132.5745.62321
A218.0927.85.37
A322.5650.318.111
A421.8328.7133
A528.128.943
A624.55178.266.849
A721.54262.653.191
A821.97199.356.156
A920.42217.246.565
A1022.19259.358.889



>TRINITY_DN123620_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
GGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAACCCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGCAGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATA
TCGCAGGCGTCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCCTGGGATTCTGATCCTTAAATGACAAACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATCCGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTAAAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATT
CTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCAAACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGCTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTAAAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTGCGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAG
TCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACT
CAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTTTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCC
GTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACATTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCAT
AGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAAGGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTA
TGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGGAAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATACCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGACAGA
AAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATGGAAGAATGGTGTTCTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCA
GAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACAGGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATT
ATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGA


>TRINITY_DN123620_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTACCTTCGCTAAGTAAAATCCATCTATTATTTTCATTATGGATGTCATGGAATAGACACCAGCAACGATTTTTGTACTTTTATTTTTAAAATCTGGTTGTCGAAGTTAAATTATTCTAGTGACAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGA
TACATTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGGTAAACATTGATTTCTTTTGTTGTATAAGA
TTGATCTATTTTAGTTTTATGCATTATTTTTTAGGGGTTGAATGTAATGCGATATTGATTGACTTTCCAGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAA
G
gtagttgcaatttaaataatctctttaataacattctatgatatcatatcttataatataattggttaaaggctcttttacatgaaaactaatgagcttcgtttattatttagGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTATGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGG
AAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATACCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGACAGAAAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATGGAAGAATGGTGTT
CTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCAGAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACA
GGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATTATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATT
GTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGA




Intron 7 GTACCTTCGC ... CTAGTGACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A13873.58.745
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A1028.94256.629.3104.5



>TRINITY_DN123620_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
GGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAACCCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGCAGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATA
TCGCAGGCGTCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCCTGGGATTCTGATCCTTAAATGACAAACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATCCGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTAAAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATT
CTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCAAACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGCTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTAAAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTGCGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAG
TCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACT
CAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTTTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCC
GTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACATTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCAT
AGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAAGGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTA
TGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGGAAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATACCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGACAGA
AAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATGGAAGAATGGTGTTCTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCA
GAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACAGGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATT
ATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGA


>TRINITY_DN123620_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCCGTTCTCATGGATTTTCAGgtaccttcgctaagtaaaatccatctattattttcattatggatgtcatggaatagacaccagcaacgatttttgtacttttatttttaaaatctggttgtcgaagttaaattattctagtgacagGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGA
TACATTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGGTAAACATTGATTTCTTTTGTTGTATAAGA
TTGATCTATTTTAGTTTTATGCATTATTTTTTAGGGGTTGAATGTAATGCGATATTGATTGACTTTCCAGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAA
GGTAGTTGCAATTTAAATAATCTCTTTAATAACATTCTATGATATCATATCTTATAATATAATTGGTTAAAGGCTCTTTTACATGAAAACTAATGAGCTTCGTTTATTATTTAGGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTATGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGG
AAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATACCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGACAGAAAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATGGAAGAATGGTGTT
CTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCAGAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACA
GGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATTATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATT
GTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGA




Intron 8 GTAAACATTG ... GACTTTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A117.8144.39.614.2
A29.42232.44.2
A326.024616.211.4
A4252795.4
A527.781351.6
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A723.9721467.641.8
A819.4816740.435.2
A928.3116063.219.4
A1024.561755730.1



>TRINITY_DN123620_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
GGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAACCCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGCAGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATA
TCGCAGGCGTCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCCTGGGATTCTGATCCTTAAATGACAAACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATCCGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTAAAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATT
CTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCAAACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGCTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTAAAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTGCGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAG
TCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACT
CAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTTTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCC
GTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACATTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCAT
AGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAAGGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTA
TGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGGAAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATACCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGACAGA
AAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATGGAAGAATGGTGTTCTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCA
GAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACAGGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATT
ATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGA


>TRINITY_DN123620_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCCGTTCTCATGGATTTTCAGGTACCTTCGCTAAGTAAAATCCATCTATTATTTTCATTATGGATGTCATGGAATAGACACCAGCAACGATTTTTGTACTTTTATTTTTAAAATCTGGTTGTCGAAGTTAAATTATTCTAGTGACAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGA
TACATTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCATAGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGgtaaacattgatttcttttgttgtataaga
ttgatctattttagttttatgcattattttttaggggttgaatgtaatgcgatattgattgactttccag
AAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAA
GGTAGTTGCAATTTAAATAATCTCTTTAATAACATTCTATGATATCATATCTTATAATATAATTGGTTAAAGGCTCTTTTACATGAAAACTAATGAGCTTCGTTTATTATTTAGGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTATGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGG
AAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATACCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGACAGAAAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATGGAAGAATGGTGTT
CTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCAGAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACA
GGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATTATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATT
GTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGA




Intron 9 GTATAGTCTT ... TATCTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A119.286710.616
A219.61417.110
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A519.0929.73.67
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A926.352322483
A1019.5823032.256



>TRINITY_DN123620_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
GGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAACCCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGCAGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATA
TCGCAGGCGTCTCTTCATTCGGTAGCAAATATTCACCCTGGGATTCTGATCCTTAAATGACAAACGCGATATGAGATTGTAGAGTCAATTGCAAGAACTGAAGGTTTCAGTTGTATCCGCTTGGATTTCTAAACTTTGAAGCTTAAAAAGACTCCATCAGGCTAAATATTCTTTAATTTTGAGCAAAAGCTTGTCCTATT
CTCTCCAGCAAGAAGGCACAGGAGGCTCAAGGCAGGCAAACATCGAGCTTTGCTTTATCATTGAATTGAAACGCTGCTGTCCAGTTCTTTCCCAGTGCAAATGTTTTAAGACATTTGTAGGCGGCTGATATGATATTGACAATTAAAATGGATAGCTCCACTGAAAGCCTTTTGTGCGAAGAGAATCTGCAGTTGGATAG
TCCGTGGTCAAAAGATTTGAATACTGACTGCATCGATTTTACGGACGACACCAGCGACGCCTGTTCTTGTTCAACATTGCCCTTTGCTGCACCTGAAGATTACGATGAAACAGTTAAAATCTGTCTAGAGAAGGAATCGACCTCCATGCCGAGTGCGGATTATTTTTTGTCACTTCTTCAGGCCAGTGAGTTATGTGACT
CAAGGCGTAGGGCTGTTTCTTGGATGAAAAAGGTTTGCAGGCATTTTAACTTCAGGGCTTCGACAATTTCTTCAGCCGTAAACTATATGGATCGCTTTTTGTCGAAGAAGATTGATGAGACCTGGAAATCTTGGATGATGCAATTGGCATCAATCGGATGTTTGACAATCGCAGCGAAGATGGACGAAGTAAAGATTCCC
GTTCTCATGGATTTTCAGGTTGAAGCCATCGATCCCATGTTCGACTCTACACTACGCCTGTTCGACTCAGATACATTACGCCGGACAGAGCTTACTATAATGAAAGCACTTGGATGGCGGATGAACTCTGTGACTGCCTTTTCTTACACAGAGGCAATGGCTCAACACCTACGATTTGACTGCATTGTCAAAACCTCCAT
AGTCTCCCGTGCAACAGAGCTTCTGCTCGGAAGTCTATCTGAAGTTGAATTTGTGGAATTTCGACCCTCCGTAGTTGCTTTAGCGACCATGTCCTGTGCGCTGGAAGAGTTGGTTCCGTTGGAGGCCAAGTCCCATATTACTGAGCTCTCCAAATATGTCAATGCAGAGAAGGTGGATTTTCAAAGATGCTACCGGTTTA
TGGAAGAGATGATCGTAGACCCCTTGCCTCCAGCCCTGTCTTCCAACCATCTTACTGGAAACCCCAAGACTCCGCCTAGCCCTGTAACAGTGATCCAAAAACTACCAGAAATTGGAAAAAGCTCAACCGAAATACCTTCACTCGACCGCGTGGTTGGTAAAAGAAGGAAGATCCTCAGCACAAGAGGCAATACAGACAGA
AAGAAGCAATGCTGTTGTGAAGATGCAGAATATCTGTGAGTTATGGAAGAATGGTGTTCTAATGTCCAACACATTCCAAGCAATTACAGTTCAACAAGTCTCTGTCCTAGAGATCTTGGTTATTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATTTTTCAGAGCATTCGAAGAGGGTGTCGAAGATCTCGGTTGTTTTCA
GAGCATTCGAAGAGAGTGTATGGACATGATAATAGATTGGGTTATGTGTGAGTTTACAGGAGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGCCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTGATTTGTGCTTTCATGGCCGTCAATGAAACTGAATCGATTGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAACTTCAAGTTTCATT
ATTCATTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGAAATTCAAAGTTTCATAACTCAGTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGA


>TRINITY_DN123620_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GGCCTTAACCCCAGTCACGATCTAATGGCGTACACAACCCGCTTCCCTCGTTTTCATGACAGCAGTTAACATTAAATGCTGCTGTTAGTCTTAGAGCTATGTGGATCTAGACTGCGAGAGTACTAAAGGATGTCATTCGCACTGCAATTCTGTACAGTTCGATAGGCAAATCTTTCATTCTCTGTTCCTACCGTGCGATA
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CTCAGTCTTTTCCAAATTATGTAACGATTTAATATTTTCAATGATGTGATATCGATTGTTGATTTTGAGTTTATGA