sp|A3AVP1|CKX8_ORYSJ ----> Cytokinin dehydrogenase 8

Intron 1 GTACATGCTT ... TGGTCATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70	3	2	7
A2	66.67	3	1	6
A3	0	2	1	0
A4	50	2	0	2
A5	0	1	0	0
A6	100	0	0	3
A7	52.63	9	1	10
A8	33.33	8	5	4
A9	75	4	0	12
A10	100	0	5	7

>TRINITY_DN42089_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCAGATTATACCAAGAAACGGTTTCATCGATGAGGTCGAGATCCATGTGCACCCTGAGCGATGAAGAGTCCTTCCATCACAGGCGAGGGAAATACTGAACGAGAGTCACCAGAGATCAGAACTCCGTCTTGAAACTTGGTGCATTGGCGCTGTCCATAGATGGACCGCAGCACACCAGCCCAGGTACTTGGCTCACACA
GAATGCGTGCAGGCAGGCCTCCATGGTCAATTAAAGCATTGACGTTTAGCCCGTTTTTGGCACTCGTGGTATTCTCCTCCGGTTTTTTCACCTGTCGCAACAAGATTCCTTCCGGGGGTCCTCTCACCCGAATCGCAAAGGTATTCATAGCTGCAATTAGGAATCGAAAGCTGCCTCTACGGACAGATTCAAAGATGCTA
TACGACGTCTGAGATTCAAGAAATAAACTTTTTCATGTCAAGGACGTGGACATTGGTTTACAATTGTGACGAAGCGGTCAAGATTGGATTGTTTAAGAGGTTAAGCATGAAATTGAAGATCAATGGTCCAGGTTGACACCGCATTGCAAAAGTGCTCGGTGGATAAGAGATAAGGCCGGTGCGATGGGAAAACTACCATC
CAACGTGTCAATTTTTGATAAGTTCACATGTCCATTTTTTATAAGTTCACATATGTAAAAAATTGTATTGCAAACCACTCCAAAGGCCATGCGGAACCACCCTCTTTGAAATATTAAAAGATTAAAAAGTTGATTTAGAGTGATTTTTCAAAAGGTTTTTTCTTCATTTAACTCCAACGTCATGGCTAATCGGCCATTTA
TGTCAGTGCTCGGTTGGTTTGCAGTGGGAGAAGAATAAAAAATGGAGGATCCATCTTTTTCTTAATTATTTGATACAGCCTCCTCAGCCTCTGCACCTCGATTTACGGTAGAGGGTGATACATTGTCATTTTCTCTTTTTGAAAATTCAAGGATGAATTCTAGCCAGTAATTAAAAAGCGTTTCAATGGTTTCAGTTTTA
CATTGGATTGGAGCCGCTATGGCGAGCCTTCATGGGCTATGCGGATGGGATAAAGAAGAAGATAAAATTCATCTAAAGGCAAAGGTCTAGGAGGTTGTTACGTTTCAGCAGCTGTCACAAGTGTCAAAGGTAACCCAAATTCTATTCAACTGTAGTTAATTTATTTCTAAAAATGTTGTTTGCCAAGAATTATGTGCAGC
AAATCGTGTTGAGACTGCACCTAAACTAAGAAAAACGCAAACGGATGGCAATGAAGACTTTTGCAGGAGTTTCAGTTACAAATATACTGCCATAGCTGCCAACTCGCATTGCCACTGACCATTCCCATCAATGACCGTGGGAAAGCTTTCAATGCCACTGGTAATTAATTTGAAGAGGAATCGCTAATTAATTTAATGAG
AAATCTATAATTGTTTTTGTATTGTTTTGGTAAAATGACACCGTCTTCAACGACGCAGGATCCTAGATTTTCTTTTGTATTGAAATAGCAAAGTACTTTACACAGCAAGTCGACGACGAGACAACCGATGTCGACAAGGTCATGGAGCGGATTATCTCCAGATTGAGTTTCATTCCTCGGTTGATTTACAGTGTAGAGGT
ACCCTACGTCGATTTCCTGAACCGAGTACGAGTGGAGGAATCGAACCTGCGTTCTTGCGGCCTCTGGGACGTCCCGCATCCATGGCTCAACATGTTCGTAATTGTTCGGATAAAGATATAGCAAC

>TRINITY_DN42089_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCAGATTATACCAAGAAACGGTTTCATCGATGAGGTCGAGATCCATGTGCACCCTGAGCGATGAAGAGTCCTTCCATCACAGGCGAGGGAAATACTGAACGAGAGTCACCAGAGATCAGAACTCCGTCTTGAAACTTGGTGCATTGGCGCTGTCCATAGATGGACCGCAGCACACCAGCCCAGGTACTTGGCTCACACA
GAATGCGTGCAGGCAGGCCTCCATGGTCAATTAAAGCATTGACGTTTAGCCCGTTTTTGGCACTCGTGGTATTCTCCTCCGGTTTTTTCACCTGTCGCAACAAGATTCCTTCCGGGGGTCCTCTCACCCGAATCGCAAAGGTATTCATAGCTGCAATTAGGAATCGAAAGCTGCCTCTACGGACAGATTCAAAGATGCTA
TACGACGTCTGAGATTCAAGAAATAAACTTTTTCATGTCAAGGACGTGGACATTGGTTTACAATTGTGACGAAGCGGTCAAGATTGGATTGTTTAAGAGGTTAAGCATGAAATTGAAGATCAATGGTCCAGGTTGACACCGCATTGCAAAAGTGCTCGGTGGATAAGAGATAAGGCCGGTGCGATGGGAAAACTACCATC
CAACGTGTCAATTTTTGATAAGTTCACATGTCCATTTTTTATAAGTTCACATATGTAAAAAATTGTATTGCAAACCACTCCAAAGGCCATGCGGAACCACCCTCTTTGAAATATTAAAAGATTAAAAAGTTGATTTAGAGTGATTTTTCAAAAGGTTTTTTCTTCATTTAACTCCAACGTCATGGCTAATCGGCCATTTA
TGTCAGTGCTCGGTTGGTTTGCAGTGGGAGAAGAATAAAAAATGGAGGATCCATCTTTTTCTTAATTATTTGATACAGCCTCCTCAGCCTCTGCACCTCGATTTACGTTTTACATTGGATTGGAGCCGCTATGGCGAGCCTTCATGGGCTATGCGGATGGGATAAAGAAGAAGATAAAATTCATCTAAAGGCAAAGGTCT
AGGAGGTTGTTACGTTTCAGCAGCTGTCACAAGTGTCAAAGACTTTTGCAGGAGTTTCAGgtacatgcttccgttgcagtagtgttgatgaacaattgcttctatttgcgcagcaatttgtctgtgaagtccacatgattatgtggatatgtgcaaagaaacaatgggcttaacaaatgttgataatatgccacaccaaa
tggcatgctatcaacataaattcttctctgcaactccgcaatgttaaaaatatgaatatctcaacatgttatatttcatatataattaacgcaacagctgtgttgtgcccttcaaacaacaactgaaaacagtttttcttttaccttcttagttgcaagatagtgttgcactaaattattttgtaatatagccttaccat
aatatagtgtaaacaagatgtagcgcaattagggtttcaggtaaataagaggttgcgcaattagggtttcatttattgtagtctttatagatttgtgtactatggacattgcagggttgttgatcatcactatatttcatgaaattttacaatgatgtcatatctacatataattatgtcattttatatttttttattgt
gaatagtaggtttcgtgaattacaaaacaaacaactttcaaaacaagatctgaaaaaataattatgtcattggtcattagTTACAAATATACTGCCATAGCTGCCAACTCGCATTGCCACTGACCATTCCCATCAATGACCGTGGGAAAGCTTTCAATGCCACTGGTAATTAATTTGAAGAGGAATCGCTAATTAATTTA
ATGAGAAATCTATAATTGTTTTTGTATTGTTTTGGTAAAATGACACCGTCTTCAACGACGCAGGATCCTAGATTTTCTTTTGTATTGAAATAGCAAAGTACTTTACACAGCAAGTCGACGACGAGACAACCGATGTCGACAAGGTCATGGAGCGGATTATCTCCAGATTGAGTTTCATTCCTCGGTTGATTTACAGTGTA
GAGGTACCCTACGTCGATTTCCTGAACCGAGTACGAGTGGAGGAATCGAACCTGCGTTCTTGCGGCCTCTGGGACGTCCCGCATCCATGGCTCAACATGTTCGTAATTGTTCGGATAAAGATATAGCAAC

Intron 2 GTAGAGGGTG ... ATGGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	2	2	3
A2	0	1	0	0
A3	46.67	4	4	3
A4	0	2	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	20	4	0	2
A7	14.81	23	2	6
A8	13.21	23	2	5
A9	29.41	6	2	3
A10	39.29	17	14	8

>TRINITY_DN42089_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCAGATTATACCAAGAAACGGTTTCATCGATGAGGTCGAGATCCATGTGCACCCTGAGCGATGAAGAGTCCTTCCATCACAGGCGAGGGAAATACTGAACGAGAGTCACCAGAGATCAGAACTCCGTCTTGAAACTTGGTGCATTGGCGCTGTCCATAGATGGACCGCAGCACACCAGCCCAGGTACTTGGCTCACACA
GAATGCGTGCAGGCAGGCCTCCATGGTCAATTAAAGCATTGACGTTTAGCCCGTTTTTGGCACTCGTGGTATTCTCCTCCGGTTTTTTCACCTGTCGCAACAAGATTCCTTCCGGGGGTCCTCTCACCCGAATCGCAAAGGTATTCATAGCTGCAATTAGGAATCGAAAGCTGCCTCTACGGACAGATTCAAAGATGCTA
TACGACGTCTGAGATTCAAGAAATAAACTTTTTCATGTCAAGGACGTGGACATTGGTTTACAATTGTGACGAAGCGGTCAAGATTGGATTGTTTAAGAGGTTAAGCATGAAATTGAAGATCAATGGTCCAGGTTGACACCGCATTGCAAAAGTGCTCGGTGGATAAGAGATAAGGCCGGTGCGATGGGAAAACTACCATC
CAACGTGTCAATTTTTGATAAGTTCACATGTCCATTTTTTATAAGTTCACATATGTAAAAAATTGTATTGCAAACCACTCCAAAGGCCATGCGGAACCACCCTCTTTGAAATATTAAAAGATTAAAAAGTTGATTTAGAGTGATTTTTCAAAAGGTTTTTTCTTCATTTAACTCCAACGTCATGGCTAATCGGCCATTTA
TGTCAGTGCTCGGTTGGTTTGCAGTGGGAGAAGAATAAAAAATGGAGGATCCATCTTTTTCTTAATTATTTGATACAGCCTCCTCAGCCTCTGCACCTCGATTTACGTTTTACATTGGATTGGAGCCGCTATGGCGAGCCTTCATGGGCTATGCGGATGGGATAAAGAAGAAGATAAAATTCATCTAAAGGCAAAGGTCT
AGGAGGTTGTTACGTTTCAGCAGCTGTCACAAGTGTCAAAGACTTTTGCAGGAGTTTCAGGTACATGCTTCCGTTGCAGTAGTGTTGATGAACAATTGCTTCTATTTGCGCAGCAATTTGTCTGTGAAGTCCACATGATTATGTGGATATGTGCAAAGAAACAATGGGCTTAACAAATGTTGATAATATGCCACACCAAA
TGGCATGCTATCAACATAAATTCTTCTCTGCAACTCCGCAATGTTAAAAATATGAATATCTCAACATGTTATATTTCATATATAATTAACGCAACAGCTGTGTTGTGCCCTTCAAACAACAACTGAAAACAGTTTTTCTTTTACCTTCTTAGTTGCAAGATAGTGTTGCACTAAATTATTTTGTAATATAGCCTTACCAT
AATATAGTGTAAACAAGATGTAGCGCAATTAGGGTTTCAGGTAAATAAGAGGTTGCGCAATTAGGGTTTCATTTATTGTAGTCTTTATAGATTTGTGTACTATGGACATTGCAGGGTTGTTGATCATCACTATATTTCATGAAATTTTACAATGATGTCATATCTACATATAATTATGTCATTTTATATTTTTTTATTGT
GAATAGTAGGTTTCGTGAATTACAAAACAAACAACTTTCAAAACAAGATCTGAAAAAATAATTATGTCATTGGTCATTAGTTACAAATATACTGCCATAGCTGCCAACTCGCATTGCCACTGACCATTCCCATCAATGACCGTGGGAAAGCTTTCAATGCCACTGGTAATTAATTTGAAGAGGAATCGCTAATTAATTTA
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GAGGTACCCTACGTCGATTTCCTGAACCGAGTACGAGTGGAGGAATCGAACCTGCGTTCTTGCGGCCTCTGGGACGTCCCGCATCCATGGCTCAACATGTTCGTAATTGTTCGGATAAAGATATAGCAAC

>TRINITY_DN42089_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCAGATTATACCAAGAAACGGTTTCATCGATGAGGTCGAGATCCATGTGCACCCTGAGCGATGAAGAGTCCTTCCATCACAGGCGAGGGAAATACTGAACGAGAGTCACCAGAGATCAGAACTCCGTCTTGAAACTTGGTGCATTGGCGCTGTCCATAGATGGACCGCAGCACACCAGCCCAGGTACTTGGCTCACACA
GAATGCGTGCAGGCAGGCCTCCATGGTCAATTAAAGCATTGACGTTTAGCCCGTTTTTGGCACTCGTGGTATTCTCCTCCGGTTTTTTCACCTGTCGCAACAAGATTCCTTCCGGGGGTCCTCTCACCCGAATCGCAAAGGTATTCATAGCTGCAATTAGGAATCGAAAGCTGCCTCTACGGACAGATTCAAAGATGCTA
TACGACGTCTGAGATTCAAGAAATAAACTTTTTCATGTCAAGGACGTGGACATTGGTTTACAATTGTGACGAAGCGGTCAAGATTGGATTGTTTAAGAGGTTAAGCATGAAATTGAAGATCAATGGTCCAGGTTGACACCGCATTGCAAAAGTGCTCGGTGGATAAGAGATAAGGCCGGTGCGATGGGAAAACTACCATC
CAACGTGTCAATTTTTGATAAGTTCACATGTCCATTTTTTATAAGTTCACATATGTAAAAAATTGTATTGCAAACCACTCCAAAGGCCATGCGGAACCACCCTCTTTGAAATATTAAAAGATTAAAAAGTTGATTTAGAGTGATTTTTCAAAAGGTTTTTTCTTCATTTAACTCCAACGTCATGGCTAATCGGCCATTTA
TGTCAGTGCTCGGTTGGTTTGCAGTGGGAGAAGAATAAAAAATGGAGGATCCATCTTTTTCTTAATTATTTGATACAGCCTCCTCAGCCTCTGCACCTCGATTTACGgtagagggtgatacattgtcattttctctttttgaaaattcaaggatgaattctagccagtaattaaaaagcgtttcaatggtttcagTTTTA
CATTGGATTGGAGCCGCTATGGCGAGCCTTCATGGGCTATGCGGATGGGATAAAGAAGAAGATAAAATTCATCTAAAGGCAAAGGTCTAGGAGGTTGTTACGTTTCAGCAGCTGTCACAAGTGTCAAAGGTAACCCAAATTCTATTCAACTGTAGTTAATTTATTTCTAAAAATGTTGTTTGCCAAGAATTATGTGCAGC
AAATCGTGTTGAGACTGCACCTAAACTAAGAAAAACGCAAACGGATGGCAATGAAGACTTTTGCAGGAGTTTCAGTTACAAATATACTGCCATAGCTGCCAACTCGCATTGCCACTGACCATTCCCATCAATGACCGTGGGAAAGCTTTCAATGCCACTGGTAATTAATTTGAAGAGGAATCGCTAATTAATTTAATGAG
AAATCTATAATTGTTTTTGTATTGTTTTGGTAAAATGACACCGTCTTCAACGACGCAGGATCCTAGATTTTCTTTTGTATTGAAATAGCAAAGTACTTTACACAGCAAGTCGACGACGAGACAACCGATGTCGACAAGGTCATGGAGCGGATTATCTCCAGATTGAGTTTCATTCCTCGGTTGATTTACAGTGTAGAGGT
ACCCTACGTCGATTTCCTGAACCGAGTACGAGTGGAGGAATCGAACCTGCGTTCTTGCGGCCTCTGGGACGTCCCGCATCCATGGCTCAACATGTTCGTAATTGTTCGGATAAAGATATAGCAAC