sp|Q9M2B4|ALFL3_ARATH ----> PHD finger protein ALFIN-LIKE 3

Intron 1 GTCCGTAAGC ... TTTTGCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.56	28	57	29
A2	56.38	8	12.7	8
A3	56.7	28.3	46	28
A4	44.68	13	11	10
A5	71.43	4	11	9
A6	62.55	47	79	78
A7	56.38	53	83	54
A8	66.29	45	100	77
A9	47.11	64	59	55
A10	55.56	50	65	60

>TRINITY_DN119836_c1_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

GTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGAAGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTCGTGGGTGACAACGAGAACAGTCCTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCGGGG
AGTAAGGCCAGGGCCGAGTTGCTCTGCTGGGTAAAATTGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTGTTTAGTGGAAACCGACTGGGCTGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAAC
GCATCCTACCACAGGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGCGAAAACATGGCATCTCTCCTCATTGTCACCGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGATTCTGTCATGGCTTAAGTTAAGTGGAGGATGGGGACTGAAGAATATGGAATTTTTCAATTTGGCCATGAGAACTAAAAGCTTGTGG
AGGGATTTGGTTGCTGGGGTCTTTGGAGACGTTCAAAATATTTAAAAACGCCCTCGGTGCTTCAGTGGGAGGGCTCAGTTTCTGGTAATTCCCTATAAGTTTAATTTCGTTTAGCTCTAGTCAGCAACAACAACAGAGCCCATGGAAGGCGGTTCAGGAGCATACAATCCGCGCACGATGGAGGAAGTGTTCAGAGACTT
CAACAGCCGCAGAAATGGATTGATAAAAGCCATCACGCCAGACATGGAAGAGTTTTAACAACAATGCGACTTGGACAAAGGCCCAGTGAGACCAGAGGGATTCCCGAGACACGG

>TRINITY_DN119836_c1_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CATACCATTTGGAATATATATATATATATATATATTATATGGTGGAAAGATGCCCATTGAACCCGATGCAGTGAACGTGTTCCTCGTCAATGTCGTTAGCAGGGGGTCAGACAAGGTTTCCTGCTCTAGCCATTGTTATTTATTCTGGCCATAAGGTTTAAGTAGGCTTATAAATAATGCTGCTAAATCCTAGAGAAAAC
TCAAAGGTATCAACTTATCCTGTGGTTTGTCTATCACACACTTGTTGTTCATTGACGATGTGTTAATTTTTGGGGCTGTTTCTCTAAATGAATGGTTGGTATACAAAAACATATTTGATGAATTATTTCTAGCTTCCTCGCAGATTCTGTCATGGCTTAAGTTAAGTGGAGGATGGGGACTGAAGAATATGGAATTTTTC
AATTTGGCCATGAGAACTAAAAGCTTGTGGAGGGATTTGGTTGCTGGGGTCTTTGGAGACGTTCAAAATATTTAAAAACGCCCTCGGTGCTTCAGTGGgtccgtaagcctgttttttccttttaccaggcctctattgtctggtgcagtctcattagcactttcaaatatattgatacttggaaaaaatggaagatgggt
tgtggcaaggaatttttcattggtattgaatcttatatcgacgatgatgattgtaattttctacctaatatcatggtaaaggagcttcatgatcgtaaaatggtggattttgctcagGAGGGCTCAGTTTCTGGTAATTCCCTATAAGTTTAATTTCGTTTAGCTCTAGTCAGCAACAACAACAGAGCCCATGGAAGGCG
GTTCAGGAGCATACAATCCGCGCACGATGGAGGAAGTGTTCAGAGACTTCAACAGCCGCAGAAATGGATTGATAAAAGCCATCACGCCAGACATGGAAGAGTTTTAACAACAATGCGACTTGGGTGAGTTGATGTTTTAAATGTTTGGAGATGTTGCTGAACTTTTTTTTATATTAATCAATTGAAAAAATATAGTATAC
AACGTTCAGCTCAGTTGCAGAAATGAAATTTTAATTATTATGATTTTGAAATAGAGATTTTGCTGAATTTTTTTTATATTAATCAATTGAAAAAATATAGAATACAACGTTCAGCTTAGCTGCAGAAATGAAATTTTAATTATTATGATTTTGAAATAGGTGAGTGGAAAGGGATATGATGTTGTGTTTAAGTAATAATA
ATATTTTTTTCAATTTATCTGGTCCATTTGCTGGAGTGATTTTGGTGTCGTTTAGAAAGCTG

Intron 2 GTGTTCTTAG ... GTATAAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.29	18.7	41	17
A2	56.65	7.7	13	7
A3	48.44	20.3	23	15
A4	54.95	10.7	15	11
A5	56.67	7	13	5
A6	49.04	37	51	20
A7	61.05	30.7	58	38
A8	66.97	16.3	34	32
A9	54.16	20	30	16
A10	51.52	18	25	13

>TRINITY_DN42144_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

GCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGGTATTCTTTCACCAGGGTTCTTAGCATCATCCTAAGGAGAAGGAATGTAATGTCAAAAAACCAAGTACAA
GTATAAAAAGGTGAAGGTGACAGCTAGGATGTGCAGATGCACGGGCTAATTCTAAGGTTTGCAAATCGAGGTTGGCACAAGGGCCTATCCGTCCACACCCAGCTGTAAGGCAATTAAAAGGCCGGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAG
CCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGAAGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAGAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTCGTGGGTGACAACGAGAACAGTCCTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCGGGGAGTAAGGCCAGGGCCGAGTTGCTCTGCAGGGTA
AAATTGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTGTTTAGTGGAAACCGACTGGGCTGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGGTGAAGGTGACAGCTAGGA
TGATGCTGTC

>TRINITY_DN42144_c0_g1_i12 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGgtgttcttagcatcatcctaaggagaaggaatgtaatgtcaaaaaaccaagtacaagtataaaaagGTGA
AGGTGACAGCTAGGATGTGCAGATGCACGGGCTAATTCTAAGGTTTGCAAATCGAGGTTGGCACAAGGGCCTATCCGTCCACACCCAGCTGTAAGGCAATTAAAAGGCCGGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGC
AATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGAAGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAGAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTCGTGGGTGACAACGAGAACAGTCCTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCGGGGAGTAAGGCCAGGGCCGAGTTGCTCTGCAGGGTAAAATTGAATAAGAA
GGGCGTGAACCCTGTTTAGTGGAAACCGACTGGGCTGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGGTGAAGGTGACAGCTAGGATG

Intron 3 GTGTTTACTT ... TTGGCTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.26	13	1	8
A2	31.85	4.4	2	1
A3	16.11	13.4	0	5
A4	44.39	7.1	4	6
A5	21.88	3.8	2	0
A6	4.34	13.5	0	1
A7	23.34	29.3	9	6
A8	5.49	20.9	0	2
A9	14.5	14.8	0	5
A10	33.14	9.6	8	1

>TRINITY_DN119836_c1_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGAAGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTCGTGGGTGACAACGAGAACAGTCCTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCGGGG
AGTAAGGCCAGGGCCGAGTTGCTCTGCTGGGTAAAATTGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTGTTTAGTGGAAACCGACTGGGCTGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAAC
GCATCCTACCACAGGTATTCTTTCACCAGGGTTCTTAGCATCATCCTAAGGAGAAGGAATGTAATGTCAAAAAACCAAGTACAAGTATAAAAAGGTGAAGGTGACAGCTAGGATGTGCAGATGCACGGGCTAATTCTAAGGTTTGCAAATCGAGGTTGGCACAAGGGCCTATCCGTCCACACCCAGCTGTAAGGCAATTA
AAAGGCCGGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGA
AGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTGGGTGACAACGAGAACGATCTTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCCGGGAGTAAGGCCAGGGACGAGTTGCTCTGTAGGGTAAAATCGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTCTTTAGTGGAAACTGACTGGGCTAGCTAGG
GTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGGTAAGTCTGCGGGTTAAGAACTCTTCCCACAAATTGATTTTTTTCTATTTTCTTACTTGCAGCTTGAAATGATGATGCATAGAGATAAGCTAAAAAAAATCTTCTGTTGCGTTTATGTGTAGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGCGAAAACATGGCATCTCTCCTCAT
TGTCACCGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGGTATGCTGTCAAACGTGGCTTAAAAGATGCTGCCCACTAGGTCGAGGTGGAAAGTGGGTGCAAGACCCAAGCCATGCAGGCGTTTTCTGGATTTAGTATTGTGTCAAGACAAACGATTTGTCATGCCGCATGGTAAAAGAACCAAGGTTTTTCT
TACTGCTCGTGAGCTAATTTATGACCGGACTCTTGGTCCTCTTCGTCCCTTAAGGGCAAGATATGTAATAGATTAGAATTTCCTTTCTCTGAAAGATAGGCACGAGTCGGTCCAGATCTCATGCTGAGGCTCTGAATAACGGTTCCCCGATAGGGTGACATTTTCGAAGTAAATGTTTCTGAAGCTGTTTATAATTTCAG
GGCTTTTGCTAAAAGAAATCGCTGCTGTGTTGAATTCTAGACTGGTTACTAAACCCCACCCTTGTTTTTGAGTTTAAACCCTTCTCAGTTTAGATGTTAATTACAACTATTTTGGTTAGACTGTAATATTGCAAATTTTAATGCACCAATCTTATCGGATGCAACCCTAAATCGATTTTTATTTCTATTTAAAGTCATGC
AATTTTCGTTTTCTATTCACTCAAGCCTGGGTACACAAACC

>TRINITY_DN119836_c1_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGAAAAATAATCGACGAGCTAACGAGAGTAAGGGGGTTAAAACAAGGGTTCGATAGCCCAGTCTTCAGAACAATTTATTGTCCAAAGAGAATATTGTTCTAACATTGTTGCAGGTATTCTTTCACCAGGGTTCTTAGCATCATCCTAAGGAGAAGGAATGTAATGTCAAAAAACCAAGTACAAGTATAAAAAGgtgttta
cttcttccctaagaaaacttataacaacttcggactttcgtagcataaccatattaaattcgtatatattaacactacgcttagtcatatgcttcggacattagctgggccaggcataaatctacatttaattgttttgatttggctctagGTGAAGGTGACAGCTAGGATGTGCAGATGCACGGGCTAATTCTAAGGTT
TGCAAATCGAGGTTGGCACAAGGGCCTATCCGTCCACACCCAGCTGTAAGGCAATTAAAAGGCCGGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGC
AAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGAAGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTGGGTGACAACGAGAACGATCTTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCCGGGAGTAAGGCCAGGGACGAGTTGCTCTGTAGGGTA
AAATCGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTCTTTAGTGGAAACTGACTGGGCTAGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTG

Intron 4 GTAAGTCTGC ... CTATGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.91	77.8	19.4	13
A2	9.82	46.6	11.2	5.6
A3	5.57	59.2	8.8	4
A4	8.8	52	13.6	5.2
A5	17.55	40.2	8.4	8.8
A6	11.66	164.8	26.8	23.4
A7	9.19	173.2	20	17.8
A8	6.97	85.2	12.8	7.2
A9	9.22	114.8	14.6	13
A10	9.21	109.2	8	11.4

>TRINITY_DN119836_c1_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGAAGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTCGTGGGTGACAACGAGAACAGTCCTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCGGGG
AGTAAGGCCAGGGCCGAGTTGCTCTGCTGGGTAAAATTGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTGTTTAGTGGAAACCGACTGGGCTGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAAC
GCATCCTACCACAGGTATTCTTTCACCAGGGTTCTTAGCATCATCCTAAGGAGAAGGAATGTAATGTCAAAAAACCAAGTACAAGTATAAAAAGGTGAAGGTGACAGCTAGGATGTGCAGATGCACGGGCTAATTCTAAGGTTTGCAAATCGAGGTTGGCACAAGGGCCTATCCGTCCACACCCAGCTGTAAGGCAATTA
AAAGGCCGGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGA
AGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTGGGTGACAACGAGAACGATCTTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCCGGGAGTAAGGCCAGGGACGAGTTGCTCTGTAGGGTAAAATCGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTCTTTAGTGGAAACTGACTGGGCTAGCTAGG
GTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGCGAAAACATGGCATCTCTCCTCATTGTCACCGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGATTCTGTCATGGCTTAAGTTAAGTGGAGGATGGGGACTGAAGAATATGGAATTTTTCAATTTGGCCATGAGAACTA
AAAGCTTGTGGAGGGATTTGGTTGCTGGGGTCTTTGGAGACGTTCAAAATATTTAAAAACGCCCTCGGTGCTTCAGTGGGGTATGCTGTCAAACGTGGCTTAAAAGATGCTGCCCACTAGGTCGAGGTGGAAAGTGGGTGCAAGACCCAAGCCATGCAGGCGTTTTCTGGATTTAGTATTGTGTCAAGACAAACGATTTG
TCATGCCGCATGGTAAAAGAACCAAGGTTTTTCTTACTGCTCGTGAGCTAATTTATGACCGGACTCTTGGTCCTCTTCGTCCCTTAAGGGCAAGATATGTAATAGATTAGAATTTCCTTTCTCTGAAAGATAGGCACGAGTCGGTCCAGATCTCATGCTGAGGCTCTGAATAACGGTTCCCCGATAGGGTGACATTTTCG
AAGTAAATGTTTCTGAAGCTGTTTATAATTTCAGGGCTTTTGCTAAAAGAAATCGCTGCTGTGTTGAATTCTAGACTGGTTACTAAACCCCACCCTTGTTTTTGAGTTTAAACCCTTCTCAGTTTAGATGTTAATTACAACTATTTTGGTTAGACTGTAATATTGCAAATTTTAATGCACCAATCTTATCGGATGCAACC
CTAAATCGATTTTTATTTCTATTTAAAGTCATGCAATTTTCGTTTTCTATTCACTCAAGCCTGGGTACACAAACCTCCGTAAGCCTGTTTTTTCCTTTTACCAGGCCTCTATTGTCTGGTGCAGTCTCATTAGCACTTTCAAATATATTGATACTTGGAAAAAATGGAAGATGGGTTGTGGCAAGGAATTTTTCATTGGT
ATTGAATCTTATATCGACGATGATGATTGTAATTTTCTACCTAATATCATGGTAAAGGAGCTTCATGATCGTAAAATGGTGGATTTTGCTCAGGAGGGCTCAGTTTCTGGTAATTCCCTATAAGTTTAATTTCGTTTAGCTCTAGTCAGCAACAACAACAGAGCCCATGGAAGGCGGTTCAGGAGCATACAATCCGCGCA
CGATGGAGGAAGTGTTCAGAGACTTCAACAGCCGCAGAAATGGATTGATAAAAGCCATCACGCCAGACATGGAAGAGTTTTAACAACAATGCGACTTGGGTGAGTTGATGTTTTAAATGTTTGGAGATGTTGCTGAACTTTTTTTTATATTAATCAATTGAAAAAATATAGTATACAACGTTCAGCTCAGTTGCAGAAAT
GAAATTTTAATTATTATGATTTTGAAATAGAGATTTTGCTGAATTTTTTTTATATTAATCAATTGAAAAAATATAGAATACAACGTTCAGCTTAGCTGCAGAAATGAAATTTTAATTATTATGATTTTGAAATAGGTGAGTGGAAAGGGATATGATGTTGTGTTTAAGTAATAATAATATTTTTTTCAATTTATCTGGTC
CATTTGCTGGAGTGATTTTGGTGTCGTTTAGAAAGCTG

>TRINITY_DN119836_c1_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGAAGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTCGTGGGTGACAACGAGAACAGTCCTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCGGGG
AGTAAGGCCAGGGCCGAGTTGCTCTGCTGGGTAAAATTGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTGTTTAGTGGAAACCGACTGGGCTGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAAC
GCATCCTACCACAGGTATTCTTTCACCAGGGTTCTTAGCATCATCCTAAGGAGAAGGAATGTAATGTCAAAAAACCAAGTACAAGTATAAAAAGGTGAAGGTGACAGCTAGGATGTGCAGATGCACGGGCTAATTCTAAGGTTTGCAAATCGAGGTTGGCACAAGGGCCTATCCGTCCACACCCAGCTGTAAGGCAATTA
AAAGGCCGGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGA
AGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTGGGTGACAACGAGAACGATCTTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCCGGGAGTAAGGCCAGGGACGAGTTGCTCTGTAGGGTAAAATCGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTCTTTAGTGGAAACTGACTGGGCTAGCTAGG
GTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGgtaagtctgcgggttaagaactcttcccacaaattgatttttttctattttcttacttgcagcttgaaatgatgatgcatagagataagctaaaaaaaatcttctgttgcgtttatgtgtagAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGCGAAAACATGGCATCTCTCCTCAT
TGTCACCGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGGTATGCTGTCAAACGTGGCTTAAAAGATGCTGCCCACTAGGTCGAGGTGGAAAGTGGGTGCAAGACCCAAGCCATGCAGGCGTTTTCTGGATTTAGTATTGTGTCAAGACAAACGATTTGTCATGCCGCATGGTAAAAGAACCAAGGTTTTTCT
TACTGCTCGTGAGCTAATTTATGACCGGACTCTTGGTCCTCTTCGTCCCTTAAGGGCAAGATATGTAATAGATTAGAATTTCCTTTCTCTGAAAGATAGGCACGAGTCGGTCCAGATCTCATGCTGAGGCTCTGAATAACGGTTCCCCGATAGGGTGACATTTTCGAAGTAAATGTTTCTGAAGCTGTTTATAATTTCAG
GGCTTTTGCTAAAAGAAATCGCTGCTGTGTTGAATTCTAGACTGGTTACTAAACCCCACCCTTGTTTTTGAGTTTAAACCCTTCTCAGTTTAGATGTTAATTACAACTATTTTGGTTAGACTGTAATATTGCAAATTTTAATGCACCAATCTTATCGGATGCAACCCTAAATCGATTTTTATTTCTATTTAAAGTCATGC
AATTTTCGTTTTCTATTCACTCAAGCCTGGGTACACAAACC

Intron 5 GTATTCTTTC ... GTATAAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.8	20.3	42.2	17.2
A2	55.05	7.8	12	7
A3	47.25	21.6	22.6	15.8
A4	54.69	11.2	15.8	11
A5	54.62	7.6	13	5
A6	48.66	38.2	51.8	20.5
A7	59.12	32.2	53.7	39
A8	65.25	18.1	35.1	32
A9	49.99	22.4	28.2	15.2
A10	50.39	18.9	25.2	13

>TRINITY_DN119836_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGAAGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTCGTGGGTGACAACGAGAACAGTCCTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCGGGG
AGTAAGGCCAGGGCCGAGTTGCTCTGCTGGGTAAAATTGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTGTTTAGTGGAAACCGACTGGGCTGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAAC
GCATCCTACCACAGGTGAAGGTGACAGCTAGGATGTGCAGATGCACGGGCTAATTCTAAGGTTTGCAAATCGAGGTTGGCACAAGGGCCTATCCGTCCACACCCAGCTGTAAGGCAATTAAAAGGCCGGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGTACATA
GTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGAAGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTGGGTGACAACGAGAACGATCTTTGCTGCTT
TCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCCGGGAGTAAGGCCAGGGACGAGTTGCTCTGTAGGGTAAAATCGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTCTTTAGTGGAAACTGACTGGGCTAGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGCGAAAACATGGCATCTCTCCTCATTG
TCACCGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGATTCTGTCATGGCTTAAGTTAAGTGGAGGATGGGGACTGAAGAATATGGAATTTTTCAATTTGGCCATGAGAACTAAAAGCTTGTGGAGGGATTTGGTTGCTGGGGTCTTTGGAGACGTTCAAAATATTTAAAAACGCCCTCGGTGCTTCAGTGGG
GTATGCTGTCAAACGTGGCTTAAAAGATGCTGCCCACTAGGTCGAGGTGGAAAGTGGGTGCAAGACCCAAGCCATGCAGGCGTTTTCTGGATTTAGTATTGTGTCAAGACAAACGATTTGTCATGCCGCATGGTAAAAGAACCAAGGTTTTTCTTACTGCTCGTGAGCTAATTTATGACCGGACTCTTGGTCCTCTTCGT
CCCTTAAGGGCAAGATATGTAATAGATTAGAATTTCCTTTCTCTGAAAGATAGGCACGAGTCGGTCCAGATCTCATGCTGAGGCTCTGAATAACGGTTCCCCGATAGGGTGACATTTTCGAAGTAAATGTTTCTGAAGCTGTTTATAATTTCAGGGCTTTTGCTAAAAGAAATCGCTGCTGTGTTGAATTCTAGACTGGT
TACTAAACCCCACCCTTGTTTTTGAGTTTAAACCCTTCTCAGTTTAGATGTTAATTACAACTATTTTGGTTAGACTGTAATATTGCAAATTTTAATGCACCAATCTTATCGGATGCAACCCTAAATCGATTTTTATTTCTATTTAAAGTCATGCAATTTTCGTTTTCTATTCACTCAAGCCTGGGTACACAAACCTCCGT
AAGCCTGTTTTTTCCTTTTACCAGGCCTCTATTGTCTGGTGCAGTCTCATTAGCACTTTCAAATATATTGATACTTGGAAAAAATGGAAGATGGGTTGTGGCAAGGAATTTTTCATTGGTATTGAATCTTATATCGACGATGATGATTGTAATTTTCTACCTAATATCATGGTAAAGGAGCTTCATGATCGTAAAATGGT
GGATTTTGCTCAGGAGGGCTCAGTTTCTGGTAATTCCCTATAAGTTTAATTTCGTTTAGCTCTAGTCAGCAACAACAACAGAGCCCATGGAAGGCGGTTCAGGAGCATACAATCCGCGCACGATGGAGGAAGTGTTCAGAGACTTCAACAGCCGCAGAAATGGATTGATAAAAGCCATCACGCCAGACATGGAAGAGTTT
TAACAACAATGCGACTTGGGTGAGTTGATGTTTTAAATGTTTGGAGATGTTGCTGAACTTTTTTTTATATTAATCAATTGAAAAAATATAGTATACAACGTTCAGCTCAGTTGCAGAAATGAAATTTTAATTATTATGATTTTGAAATAGAGATTTTGCTGAATTTTTTTTATATTAATCAATTGAAAAAATATAGAATA
CAACGTTCAGCTTAGCTGCAGAAATGAAATTTTAATTATTATGATTTTGAAATAGGTGAGTGGAAAGGGATATGATGTTGTGTTTAAGTAATAATAATATTTTTTTCAATTTATCTGGTCCATTTGCTGGAGTGATTTTGGTGTCGTTTAGAAAGCTG

>TRINITY_DN119836_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGAAGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTCGTGGGTGACAACGAGAACAGTCCTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCGGGG
AGTAAGGCCAGGGCCGAGTTGCTCTGCTGGGTAAAATTGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTGTTTAGTGGAAACCGACTGGGCTGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAAC
GCATCCTACCACAGgtattctttcaccagggttcttagcatcatcctaaggagaaggaatgtaatgtcaaaaaaccaagtacaagtataaaaagGTGAAGGTGACAGCTAGGATGTGCAGATGCACGGGCTAATTCTAAGGTTTGCAAATCGAGGTTGGCACAAGGGCCTATCCGTCCACACCCAGCTGTAAGGCAATTA
AAAGGCCGGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGTACATAGTACTGTACGCACCTACTGGACACTACAGCACCGTCGATCGGGAATCTAGCCGCTGGAGGAGCAAGCCATCTTTGGTCGCAATTTACAGCATAATTAAAGCTTCCCAAACCGGGCTCAGA
AGTTAGACCACCGGCCTACACGGTAAAGAACCACCTCACAAAAAAATCGTGGGTGACAACGAGAACGATCTTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCCGGGAGTAAGGCCAGGGACGAGTTGCTCTGTAGGGTAAAATCGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTCTTTAGTGGAAACTGACTGGGCTAGCTAGG
GTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGCGAAAACATGGCATCTCTCCTCATTGTCACCGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGATTCTGTCATGGCTTAAGTTAAGTGGAGGATGGGGACTGAAGAATATGGAATTTTTCAATTTGGCCATGAGAACTA
AAAGCTTGTGGAGGGATTTGGTTGCTGGGGTCTTTGGAGACGTTCAAAATATTTAAAAACGCCCTCGGTGCTTCAGTGGGGTATGCTGTCAAACGTGGCTTAAAAGATGCTGCCCACTAGGTCGAGGTGGAAAGTGGGTGCAAGACCCAAGCCATGCAGGCGTTTTCTGGATTTAGTATTGTGTCAAGACAAACGATTTG
TCATGCCGCATGGTAAAAGAACCAAGGTTTTTCTTACTGCTCGTGAGCTAATTTATGACCGGACTCTTGGTCCTCTTCGTCCCTTAAGGGCAAGATATGTAATAGATTAGAATTTCCTTTCTCTGAAAGATAGGCACGAGTCGGTCCAGATCTCATGCTGAGGCTCTGAATAACGGTTCCCCGATAGGGTGACATTTTCG
AAGTAAATGTTTCTGAAGCTGTTTATAATTTCAGGGCTTTTGCTAAAAGAAATCGCTGCTGTGTTGAATTCTAGACTGGTTACTAAACCCCACCCTTGTTTTTGAGTTTAAACCCTTCTCAGTTTAGATGTTAATTACAACTATTTTGGTTAGACTGTAATATTGCAAATTTTAATGCACCAATCTTATCGGATGCAACC
CTAAATCGATTTTTATTTCTATTTAAAGTCATGCAATTTTCGTTTTCTATTCACTCAAGCCTGGGTACACAAACCTCCGTAAGCCTGTTTTTTCCTTTTACCAGGCCTCTATTGTCTGGTGCAGTCTCATTAGCACTTTCAAATATATTGATACTTGGAAAAAATGGAAGATGGGTTGTGGCAAGGAATTTTTCATTGGT
ATTGAATCTTATATCGACGATGATGATTGTAATTTTCTACCTAATATCATGGTAAAGGAGCTTCATGATCGTAAAATGGTGGATTTTGCTCAGGAGGGCTCAGTTTCTGGTAATTCCCTATAAGTTTAATTTCGTTTAGCTCTAGTCAGCAACAACAACAGAGCCCATGGAAGGCGGTTCAGGAGCATACAATCCGCGCA
CGATGGAGGAAGTGTTCAGAGACTTCAACAGCCGCAGAAATGGATTGATAAAAGCCATCACGCCAGACATGGAAGAGTTTTAACAACAATGCGACTTGGGTGAGTTGATGTTTTAAATGTTTGGAGATGTTGCTGAACTTTTTTTTATATTAATCAATTGAAAAAATATAGTATACAACGTTCAGCTCAGTTGCAGAAAT
GAAATTTTAATTATTATGATTTTGAAATAGAGATTTTGCTGAATTTTTTTTATATTAATCAATTGAAAAAATATAGAATACAACGTTCAGCTTAGCTGCAGAAATGAAATTTTAATTATTATGATTTTGAAATAGGTGAGTGGAAAGGGATATGATGTTGTGTTTAAGTAATAATAATATTTTTTTCAATTTATCTGGTC
CATTTGCTGGAGTGATTTTGGTGTCGTTTAGAAAGCTG

Intron 6 GTTCTTAGCA ... ACTGGGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.31	29	41	84
A2	73.33	12	14	52
A3	50.86	43	27	62
A4	59.35	25	19	54
A5	72.97	10	14	40
A6	65.09	59	61	159
A7	72.25	48	59	191
A8	75.69	22	40	97
A9	72.2	31	31	130
A10	68.78	32	25	116

>TRINITY_DN46870_c2_g1_i9 from sample A10 / Example spliced isoform

GAACCACCTCACAAAAAAATCGTCGTGGGTGACAACGAGAACAGTCCTTGCTGCTTTCATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCGGGGAGTAAGGCCAGGGCCGAGTTGCTCTGCAGGGTAAAATTGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTGTTTAGTGGAAACCGACTGGGCTGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTG
TGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTCATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGCGAAAACATGGCATCTCTCCTCATTGTCACCGGTCCGATG
CTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGATTCTGTCATGGCTTAAGTTAAGTGGAGGATGGGGACTGAAGAATATGGAATTTTTCAATTTGGCCATGAGAACTAAAAGCTTGTGGAGGGATTTGGTTGCTGGGGTCTTTGGAGACGTTCAAAATATTTAAAAACGCCCTCGGTGCTTCAGTGGGTCCGTAAGCCTGTT
TTTTCCTTTTACCAGGCCTCTATTGTCTGGTGCAGTCTCATTAGCACTTTCAAATATATTGATACTTGGAAAAAATGGAAGATGGGTTGTGGCAAGGAATTTTTCATTGGTATTGAATCTTATATCGACGATGATGATTGTAATTTTCTACCTAATATCATGGTAAAGGAGCTTCATGATCGTAAAATGGTGGATTTTGC
TCAGGAGGGCTCAGTTTCTGGTAATTCCCTATAAGTTTAATTTCGTTTAGCTCTAGTCAGCAACAACAACAGAGCCCATGGAAGGCGGTTCAGGAGCATACAATCCGCGCACGATGGAGGAAGTGTTCAGAGACTTCAACAGCCGCAGAAATGGATTGATAAAAGCCATCACGCCAGACATGGAAGAGTTTTAACAACAA
TGCGACTTGGGTGAGTTGATGTTTTAAATGTTTGGAGATGTTGCTGAACTTTTTTTTATATTAATCAATTGAAAAAATATAGTATACAACGTTCAGCTCAGTTGCAGAAATGAAATTTTAATTATTATGATTTTGAAATAGAGATTTTGCTGAATTTTTTTTATATTAATCAATTGAAAAAATATAGAATACAACGTTCA
GCTTAGCTGCAGAAATGAAATTTTAATTATTATGATTTTGAAATAGAGATTTTGCTGAATTTTTTTTATATTAATCAATTGA

>TRINITY_DN46870_c2_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GCCGGGATTGAGTGGAAGCGTGAGCTTTGCGGGGAGTAAGGCCAGGGCCGAGTTGCTCTGCAGGGTAAAATTGAATAAGAAGGGCGTGAACCCTGTTTAGTGGAAACCGACTGGGCTGGCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGTGGTTTCTCGTGGGCAAACATGGCAGCTCTCCTC
ATTGTCACTGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGGgttcttagcatcatcctaaggagaaggaatgtaatgtcaaaaaaccaagtacaagtataaaaaggtgaaggtgacagctaggatgtgcagatgcacgggctaattctaaggtttgcaaatcgaggttggcacaagggcctatccgtccaca
cccagctgtaaggcaattaaaaggccggctgtacatagtactgtacgcacctactggacactacagcaccgtcgatcgggaatctagccgctggaggagcaagccatctttggtcgcaatttacagcataattaaagcttcccaaaccgggctcagaagttagaccaccggcctacacggtaaagaaccacctcacaaaa
aaatcgtgggtgacaacgagaacgatctttgctgctttcattgagtggaagcgtgagctttgccgggagtaaggccagggacgagttgctctgtagggtaaaatcgaataagaagggcgtgaaccctctttagtggaaactgactgggctagCTAGGGTTGCTCAGCGATGGTCCAGCTTGTGAGGTAGGGTTTGGACGT
GGTTTCTCGTGCGAAAACATGGCATCTCTCCTCATTGTCACCGGTCCGATGCTGGAGGAAGAACAACGCATCCTACCACAGGTATGCTGTCAAACGTGGCTTAAAAGATGCTACCCACTAGGTCGAGGTGGAAAGTGGGTGCAAGACCCAAGCCATGCAGGCGTTTTCTGGATTTAATTCTGTCATGGCTTAAGTTAAGT
GGAGGATGGGGACTGAAGAATATGGAATTTTTCAATTTGGCCATGAGAACTAAAAGCTTGTGGAGGGATTTGGTTGCTGGGGTCTTTGGAGACGTTCAAAATATTTAAAAACGCCCTCGGTGCTTCAGTGGGAGGGCTCAGTTTCTGGTAATTCCCTATAAGTTTAATTTCGTTTAGCTCTAGTCAGCAACAACAACAGA
GCCCATGGAAGGCGGTTCAGGAGCATACAATCCGCGCACGATGGAGGAAGTGTTCAGAGACTTCAACAGCCGCAGAAATGGATTGATAAAAGCCATCACGCCAGACATGGAAGAGTTTTAACAACAATGCGACTTGGGTGTTCTGCGGTGGCCATCCGGTTGACAACTCCACCATGTAAAAACTCCCAAAGTGGGACCAC
CCTTTGTGCAAAATATGAAGAGGTTGAGATCTTTGTCCTAGTGATAATTAACCAAGTGTTTTGACCTACACGACTTTACTATATAGTTTTCCTTCGCATTAGAGTCCTATCGTGGTAGTTGGATTTATTAATGGTGCACATGGCTGTCAGGTGGCCTTTGGCTACCTGGGCTAAG