sp|Q9M041|BH140_ARATH ----> Transcription factor bHLH140
Intron 1 GTATGGCCCT ... TGGGCAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.75 | 5 | 11 | 4 |
| A2 | 70 | 3 | 7 | 0 |
| A3 | 75 | 3 | 9 | 6 |
| A4 | 37.5 | 10 | 6 | 3 |
| A5 | 71.43 | 2 | 5 | 1 |
| A6 | 58.44 | 42.7 | 60 | 9 |
| A7 | 58.21 | 28 | 39 | 8 |
| A8 | 71.25 | 23 | 57 | 9 |
| A9 | 67.69 | 21 | 44 | 5 |
| A10 | 76 | 12 | 38 | 3 |
>TRINITY_DN38729_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformAGTGGGGTGTTATTTTTACTGTAACATTCTTCTCTTGTAGTTTTCTCATAGTGGGGTGTTATTTTTACTGTAACATTCTTCTCTTGTAGTTTTCTCATAGTGGGGTGTTATTTTTACTGTAGCATTCTTCTCTCGTAGTTTTTCATCTTGAGCGCTGGAAAACACACCATGAACTCTCTATGATCCTTGCGCGCTCTCGC
AATGCATAAAGTAACAGCCTTCCACCGTTGGGGTTATCGATCTTATTTCCAAACGCCCAAATTTGGCCTTCTTGTTAGTTCTTTTAGACCGTTTGGTACCGAAACGCCCAAATTTGGCTTCGTTAATTCTGGTAGACCGGTTGGCCCCGAAACCGAGAATATTGGCCAGTCTACCCTGTGGGTCCGCCCAAAAGCGATAG
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TAGCATTGTCGACACTTCAGAATTATGTTGGAGATTTAGAAGAGGTACACTTTGTTCTATTTAATCTGGCCGTATGGAAACCCTGGTTGGAAAAAGCAGATGAATTACTTGAAAAAAAGAATTGATGATGAATTTGAAGATGGCTGCAGCAGGTAAAGGTATGAAGACAGGTTGGAAGATGCTTCCGACTAGAATCCCTG
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>TRINITY_DN38729_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:AGTGGGGTGTTATTTTTACTGTAACATTCTTCTCTTGTAGTTTTCTCATAGTGGGGTGTTATTTTTACTGTAACATTCTTCTCTTGTAGTTTTCTCATAGTGGGGTGTTATTTTTACTGTAGCATTCTTCTCTCGTAGTTTTTCATCTTGAGCGCTGGAAAACACACCATGAACTCTCTATGATCCTTGCGCGCTCTCGC
AATGCATAAAGTAACAGCCTTCCACCGTTGGGGTTATCGATCTTATTTCCAAACGCCCAAATTTGGCCTTCTTGTTAGTTCTTTTAGACCGTTTGGTACCGAAACGCCCAAATTTGGCTTCGTTAATTCTGGTAGACCGGTTGGCCCCGAAACCGAGAATATTGGCCAGTCTACCCTGTGGGTCCGCCCAAAAGCGATAG
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Intron 2 GTAATTGGGT ... TGGGCAGCAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 2 | 0 | 4 |
| A2 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A3 | 77.78 | 1 | 1 | 6 |
| A4 | 50 | 2 | 1 | 3 |
| A5 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A6 | 40.74 | 8 | 2 | 9 |
| A7 | 52 | 6 | 5 | 8 |
| A8 | 51.72 | 7 | 6 | 9 |
| A9 | 60 | 2 | 1 | 5 |
| A10 | 60 | 1 | 0 | 3 |
>TRINITY_DN38729_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoformTTCTTATCTGTTCAGAGCTTCCCATTTCCATTGAAAAAGGATAACAGAAGGATCTATTTTCAGTTCAGCCATACATAGGGCTGCTGGACCAGAACTTTTAGAAGCCTGCCATAATGTTCCAGAGGTTCAACCTGGTGTTCGATGCCCGGCAGGCAGTGCCAGGATTACAGAAGCTTTCAACCTCCCTGTATCGCGTATTA
TCCATACAGTTGGGCCTATTTATGATGACGAGGGAGACTCGGCAAGTGTCCTCTCTAGTGCATATAAGAGCTCTTTAGAAGTTGCAGCAGAGAATCAAATTAAATATGTTGCTTTTCCAGCTATATCCTGTGGTGTATATGGGTACCCTTTTGAAGATGCAGCTGAGGTAGCATTGTCGACACTTCAGAATTATGTTGGA
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TACTGCATGAGTGGTATGTTGTAAGAAGAATATGCAGATTGTGAAAACAAGGACACTGGGCTTTTATGTTTGAATTTGCTGCATGATTGAAACTAGACCATAATCTATGTGCATTGAAGCTTGTTGAGAGTTCAAGACTTAGTTGAAGATGGCTGCAGCAGGTAAAGGTATGAAGACAGGTTGGAAGATGCTTCCGACTA
GAATCCCTGGAAGGCGAGGGCCACCTTGGTTCTCATGGAGAATAGGTTGTGGGAGTTTGAAAACTCCACGGTAACCCCACCAATAGATCCTAGGGACCTGGCAGCACACAACTTGAAGGACGTGAATGTAATGTCCTTGGGCAAGATGATGATAGATTTGGTGCCAACTATTGGTGTATTGTGGTTTGGAAATTTAATCA
AACACTTGGTAATGAGGTTTGGTGCCATTGTGACAACTCCCCCTACTGCTGTTGTGGTTCCTGTGACTGACTGCTAGTGTATTTGGTTGAGACTTTTTGTCAAACAGTTCTTTACTGTCAAACTGTAGGTACTCTTTACTGCTGCTATGTTTTATTTGATTTGGTATTACATTTGAAATGCTTTGTTGGAGAAGATAATT
GGTCAT
>TRINITY_DN38729_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:TTCTTATCTGTTCAGAGCTTCCCATTTCCATTGAAAAAGGATAACAGAAGGATCTATTTTCAGTTCAGCCATACATAGGGCTGCTGGACCAGAACTTTTAGAAGCCTGCCATAATGTTCCAGAGGTTCAACCTGGTGTTCGATGCCCGGCAGGCAGTGCCAGGATTACAGAAGCTTTCAACCTCCCTGTATCGCGTATTA
TCCATACAGTTGGGCCTATTTATGATGACGAGGGAGACTCGGCAAGTGTCCTCTCTAGTGCATATAAGAGCTCTTTAGAAGTTGCAGCAGAGAATCAAATTAAATATGTTGCTTTTCCAGCTATATCCTGTGGTGTATATGGGTACCCTTTTGAAGATGCAGCTGAGGTAGCATTGTCGACACTTCAGAATTATGTTGGA
GATTTAGAAGAGGTACACTTTGTTCTATTTAATCTGGCCGTATGGAAACCCTGGTTGGAAAAAGCAGATGAATTACTTGAAAAAAAGAATTGATGATGAATGTATGGCCCTGGTAATTTGTATGTTATTGGGACTTCCCATTAACAAAAGTTGATTTTAAACTCTATATTTTCTTTAATGTTTAAAATGTTGTATGATTG
CTATTTGCTGAATAATGCCGCTACAGAATGAACAAGTTGCAGAACCAATGTACACTTTTCTGCTTAATAATTTCAGAATGTAATAAAATATCGCTTCACACTGGAGTCTGGACATTGATGAGGCTTTGAGTTTAGAACATGCTAGAAAGGATTAAATATGAATTTCTAAAACTAGCCCTCAAACCATATGAAAGACATAC
TACTGCATGAGTGGTATGTTGTAAGAAGAATATGCAGATTGTGAAAACAAGGACACTGGGCTTTTATGTTTGAATTTGCTGCATGATTGAAACTAGACCATAATCTATGTGCATTGAAGCTTGTTGAGAGTTCAAGACTTAGgtaattgggttttgaaattagcaggtggtcttgcttaaagatgcaattaaaagctgga
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GCTGTTGTGGTTCCTGTGACTGACTGCTAGTGTATTTGGTTGAGACTTTTTGTCAAACAGTTCTTTACTGTCAAACTGTAGGTACTCTTTACTGCTGCTATGTTTTATTTGATTTGGTATTACATTTGAAATGCTTTGTTGGAGAAGATAATTGGTCAT
Intron 3 GTATGGCCCT ... CAAGACTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.75 | 5 | 11 | 2 |
| A2 | 70 | 3 | 7 | 0 |
| A3 | 75 | 3 | 9 | 1 |
| A4 | 37.5 | 10 | 6 | 2 |
| A5 | 71.43 | 2 | 5 | 1 |
| A6 | 58.25 | 43 | 60 | 8 |
| A7 | 58.21 | 28 | 39 | 6 |
| A8 | 71.25 | 23 | 57 | 7 |
| A9 | 67.69 | 21 | 44 | 2 |
| A10 | 76 | 12 | 38 | 1 |
>TRINITY_DN38729_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformAGTGGGGTGTTATTTTTACTGTAACATTCTTCTCTTGTAGTTTTCTCATAGTGGGGTGTTATTTTTACTGTAACATTCTTCTCTTGTAGTTTTCTCATAGTGGGGTGTTATTTTTACTGTAGCATTCTTCTCTCGTAGTTTTTCATCTTGAGCGCTGGAAAACACACCATGAACTCTCTATGATCCTTGCGCGCTCTCGC
AATGCATAAAGTAACAGCCTTCCACCGTTGGGGTTATCGATCTTATTTCCAAACGCCCAAATTTGGCCTTCTTGTTAGTTCTTTTAGACCGTTTGGTACCGAAACGCCCAAATTTGGCTTCGTTAATTCTGGTAGACCGGTTGGCCCCGAAACCGAGAATATTGGCCAGTCTACCCTGTGGGTCCGCCCAAAAGCGATAG
TAGCATATTCATCTACGCCTCCGATCTGTTCTCATCCCTGCAATTCTTATAAGGATCTGACAGTTTCATCAAATTGGCGGATACCCAATAGCCAGCTTCATTCTTCTGCTATTGTACAGGCTGTCAAAATGGCAGGGGGGTCTAGCGGGGATACAGAGACTGTCTCCTACAAATTGAGCGACTCCTGTACACTGTTTATC
CACGAAGGGGACATCACCAAATGGTTTATTAATGGCGAAAATGATGCAATTGTTAATGCAGCCAATGAATTAATGCTTGGAGGTGGTGGAGTAGATGGAGCCATACATAGGGCTGCTGGACCAGAACTTTTAGAAGCCTGCCATAATGTTCCAGAGGTTCAACCTGGTGTTCGATGCCCGGCAGGCAGTGCCAGGATTAC
AGAAGCTTTCAACCTCCCTGTATCGCGTATTATCCATACAGTTGGGCCTATTTATGATGACGAGGGAGACTCGGCAAGTGTCCTCTCTAGTGCATATAAGAGCTCTTTAGAAGTTGCAGCAGAGAATCAAATTAAATATGTTGCTTTTCCAGCTATATCCTGTGGTGTATATGGGTACCCTTTTGAAGATGCAGCTGAGG
TAGCATTGTCGACACTTCAGAATTATGTTGGAGATTTAGAAGAGGTACACTTTGTTCTATTTAATCTGGCCGTATGGAAACCCTGGTTGGAAAAAGCAGATGAATTACTTGAAAAAAAGAATTGATGATGAATTTGAAGATGGCTGCAGCAGGTAAAGGTATGAAGACAGGTTGGAAGATGCTTCCGACTAGAATCCCTG
GAAGGCGAGGGCCACCTTGGTTCTCATGGAGAATAGGTTGTGGGAGTTTGAAAACTCCACGGTAACCCCACCAATAGATCCTAGGGACCTGGCAGCACACAACTTGAAGGACGTGAATGTAATGTCCTTGGGCAAGATGATGATAGATTTGGTGCCAACTATTGGTGTATTGTGGTTTGGAAATTTAATCAAACACTTGG
TAATGAGGTTTGGTGCCATTGTGACAACTCCCCCTACTGCTGTTGTGGTTCCTGTGACTGACTGCTAGTGTATTTGGTTGAGACTTTTTGTCAAACAGTTCTTTACTGTCAAACTGTAGGTACTCTTTACTGCTGCTATGTTTTATTTGATTTGGTATTACATTTGAAATGCTTTGTTGGAGAAGATAATTGGTCAT
>TRINITY_DN38729_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:TTCTTATCTGTTCAGAGCTTCCCATTTCCATTGAAAAAGGATAACAGAAGGATCTATTTTCAGTTCAGCCATACATAGGGCTGCTGGACCAGAACTTTTAGAAGCCTGCCATAATGTTCCAGAGGTTCAACCTGGTGTTCGATGCCCGGCAGGCAGTGCCAGGATTACAGAAGCTTTCAACCTCCCTGTATCGCGTATTA
TCCATACAGTTGGGCCTATTTATGATGACGAGGGAGACTCGGCAAGTGTCCTCTCTAGTGCATATAAGAGCTCTTTAGAAGTTGCAGCAGAGAATCAAATTAAATATGTTGCTTTTCCAGCTATATCCTGTGGTGTATATGGGTACCCTTTTGAAGATGCAGCTGAGGTAGCATTGTCGACACTTCAGAATTATGTTGGA
GATTTAGAAGAGGTACACTTTGTTCTATTTAATCTGGCCGTATGGAAACCCTGGTTGGAAAAAGCAGATGAATTACTTGAAAAAAAGAATTGATGATGAATgtatggccctggtaatttgtatgttattgggacttcccattaacaaaagttgattttaaactctatattttctttaatgtttaaaatgttgtatgattg
ctatttgctgaataatgccgctacagaatgaacaagttgcagaaccaatgtacacttttctgcttaataatttcagaatgtaataaaatatcgcttcacactggagtctggacattgatgaggctttgagtttagaacatgctagaaaggattaaatatgaatttctaaaactagccctcaaaccatatgaaagacatac
tactgcatgagtggtatgttgtaagaagaatatgcagattgtgaaaacaaggacactgggcttttatgtttgaatttgctgcatgattgaaactagaccataatctatgtgcattgaagcttgttgagagttcaagacttagTTGAAGATGGCTGCAGCAGGTAAAGGTATGAAGACAGGTTGGAAGATGCTTCCGACTA
GAATCCCTGGAAGGCGAGGGCCACCTTGGTTCTCATGGAGAATAGGTTGTGGGAGTTTGAAAACTCCACGGTAACCCCACCAATAGATCCTAGGGACCTGGCAGCACACAACTTGAAGGACGTGAATGTAATGTCCTTGGGCAAGATGATGATAGATTTGGTGCCAACTATTGGTGTATTGTGGTTTGGAAATTTAATCA
AACACTTGGTAATGAGGTTTGGTGCCATTGTGACAACTCCCCCTACTGCTGTTGTGGTTCCTGTGACTGACTGCTAGTGTATTTGGTTGAGACTTTTTGTCAAACAGTTCTTTACTGTCAAACTGTAGGTACTCTTTACTGCTGCTATGTTTTATTTGATTTGGTATTACATTTGAAATGCTTTGTTGGAGAAGATAATT
GGTCAT