sp|P51567|AFC2_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase AFC2

Intron 1 GTATGAAATA ... TTTGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.54	52	59	18
A2	48.21	29	32	22
A3	43.75	36	43	13
A4	38.89	44	38	18
A5	44.9	27	29	15
A6	29.31	41	29	5
A7	36.72	56	49	16
A8	46.34	22	21	17
A9	34.67	49	36	16
A10	27.78	52	34	6

>TRINITY_DN42982_c1_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

CTATTTTATCCTGCTAATTTGTCTAATATTTCTTCTGCTATCTGCCTTACAGATAAAATTCTCAGTAAGATGGGCGAAGGGACATTTGGCCAAGTTTTAGAATGTTGGGACCGAAAATCAAAGGATCTTGTGGCTATTAAAATTGTTCGCGGCCTACAAAAGTACCGGGAGGCAGCCATGATTGAAATTGATGTGCTTCG
TGAAGTTGCCAAGTATGATAAAACTGGCACACGTTGTGTGCAAATGCTCAACTGGTTTGACTATAGGAATCACACTTGCATAGTTTTTGAGAAACTTGGGCCAAGTTTGTATGACTTTTTTCGGAAAAATAATTATCGCCCATTTCCCGTTGATCTTGTCAAGGAGGTTGGCAGGCAACTCCTGGAGTCTGTAGCATGTG
TGTAAATAATACCTCCTTTTTCCTCATATTTTTTTAAGTGAGGTCTTTATTAGAGAGCTTCATTAGCTGATTAGTATTACACCATTTATCAGTTGCATATATGGTATTTATTAGGTTCTGCTTAAATAAATGTCTATCCATTTGAATGCTTATTCATTTGAGTTTAATAACAATCTGGATAATCATTTGAGTTAAATAAT
GATCTGGGTACACTTCTATAATACGCTTATAATCTTATTTTGGATTAAATAATGATCTGGGTACACTTCTATAATACGCTTATAATCTTATTTTGGATTAAATAATGATCTGGGTACACT

>TRINITY_DN42982_c1_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTATTTTATCCTGCTAATTTGTCTAATATTTCTTCTGCTATCTGCCTTACAGATAAAATTCTCAGTAAGATGGGCGAAGGGACATTTGGCCAAGTTTTAGAATGTTGGGACCGAAAATCAAAGGATCTTGTGGCTATTAAAATTGTTCGCGGCCTACAAAAGTACCGGGAGGCAGCCATGATTGAAATTGATGTGCTTCG
TGAAGTTGCCAAGTATGATAAAACTGGCACACGgtatgaaataatatctatcgtcagagttcatttagttaatcgttgacattctttaatcgatatcagccagtcagtctgattagttactctagacttcctctattacagtagctcattggtggttgatgtttatggtttgtttgatacagTTGTGTGCAAATGCTCAA
CTGGTTTGACTATAGGAATCACACTTGCATAGTGAGTTTTCAGCATAAGTTTATTTTCCCATTTGTTGAATGTTAGCCATCCTAAAGATGGTTTTCCCAAGATTTGGTTGGATGCATAGTATTTTTTATATTTTTGCTAGATTGGTTTTAAGCTTGTGAATGAATGCAAATGATCTTAACAGGTTTTTGAGAAACTTGGG
CCAAGTTTGTATGACTTTTTTCGGAAAAATAATTATCGCCCATTTCCCGTTGATCTTGTCAAGGAGGTTGGCAGGCAACTCCTGGAGTCTGTAGCATGTGTGTAAATAATACCTCCTTTTTCCTCATATTTTTTTAAGTGAGGTCTTTATTAGAGAGCTTCATTAGCTGATTAGTATTACACCATTTATCAGTTGCATAT
ATGGTATTTATTAGGTTCTGCTTAAATAAATGTCTATCCATTTGAATGCTTATTCATTTGAGTTTAATAACAATCTGGATAATCATTTGAGTTAAATAATGATCTGGGTACACTTCTATAATACGCTTATAATCTTATTTTGGATTAAATAATGATCTGGGTACACTTCTATAATACGCTTATAATCTTATTTTGGATTA
AATAATGATCTGGGTACACT

Intron 2 GTGAGTTTTC ... ATCTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.07	20	29.3	55.7
A2	57.06	24	16.3	46.3
A3	58.88	27.5	29.7	44.3
A4	57.63	29	26.3	32
A5	59.61	24	23.7	44
A6	54.04	19.5	20	20.7
A7	53.76	27.5	18.3	42
A8	57.88	19	12	36.3
A9	53.13	25.5	22	27.7
A10	60.19	22	9.3	48.7

>TRINITY_DN42982_c1_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

CTATTTTATCCTGCTAATTTGTCTAATATTTCTTCTGCTATCTGCCTTACAGATAAAATTCTCAGTAAGATGGGCGAAGGGACATTTGGCCAAGTTTTAGAATGTTGGGACCGAAAATCAAAGGATCTTGTGGCTATTAAAATTGTTCGCGGCCTACAAAAGTACCGGGAGGCAGCCATGATTGAAATTGATGTGCTTCG
TGAAGTTGCCAAGTATGATAAAACTGGCACACGTTGTGTGCAAATGCTCAACTGGTTTGACTATAGGAATCACACTTGCATAGTTTTTGAGAAACTTGGGCCAAGTTTGTATGACTTTTTTCGGAAAAATAATTATCGCCCATTTCCCGTTGATCTTGTCAAGGAGGTTGGCAGGCAACTCCTGGAGTCTGTAGCATGTG
TGTAAATAATACCTCCTTTTTCCTCATATTTTTTTAAGTGAGGTCTTTATTAGAGAGCTTCATTAGCTGATTAGTATTACACCATTTATCAGTTGCATATATGGTATTTATTAGGTTCTGCTTAAATAAATGTCTATCCATTTGAATGCTTATTCATTTGAGTTTAATAACAATCTGGATAATCATTTGAGTTAAATAAT
GATCTGGGTACACTTCTATAATACGCTTATAATCTTATTTTGGATTAAATAATGATCTGGGTACACTTCTATAATACGCTTATAATCTTATTTTGGATTAAATAATGATCTGGGTACACT

>TRINITY_DN42982_c1_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTATTTTATCCTGCTAATTTGTCTAATATTTCTTCTGCTATCTGCCTTACAGATAAAATTCTCAGTAAGATGGGCGAAGGGACATTTGGCCAAGTTTTAGAATGTTGGGACCGAAAATCAAAGGATCTTGTGGCTATTAAAATTGTTCGCGGCCTACAAAAGTACCGGGAGGCAGCCATGATTGAAATTGATGTGCTTCG
TGAAGTTGCCAAGTATGATAAAACTGGCACACGGTATGAAATAATATCTATCGTCAGAGTTCATTTAGTTAATCGTTGACATTCTTTAATCGATATCAGCCAGTCAGTCTGATTAGTTACTCTAGACTTCCTCTATTACAGTAGCTCATTGGTGGTTGATGTTTATGGTTTGTTTGATACAGTTGTGTGCAAATGCTCAA
CTGGTTTGACTATAGGAATCACACTTGCATAgtgagttttcagcataagtttattttcccatttgttgaatgttagccatcctaaagatggttttcccaagatttggttggatgcatagtattttttatatttttgctagattggttttaagcttgtgaatgaatgcaaatgatcttaacagGTTTTTGAGAAACTTGGG
CCAAGTTTGTATGACTTTTTTCGGAAAAATAATTATCGCCCATTTCCCGTTGATCTTGTCAAGGAGGTTGGCAGGCAACTCCTGGAGTCTGTAGCATGTGTGTAAATAATACCTCCTTTTTCCTCATATTTTTTTAAGTGAGGTCTTTATTAGAGAGCTTCATTAGCTGATTAGTATTACACCATTTATCAGTTGCATAT
ATGGTATTTATTAGGTTCTGCTTAAATAAATGTCTATCCATTTGAATGCTTATTCATTTGAGTTTAATAACAATCTGGATAATCATTTGAGTTAAATAATGATCTGGGTACACTTCTATAATACGCTTATAATCTTATTTTGGATTAAATAATGATCTGGGTACACTTCTATAATACGCTTATAATCTTATTTTGGATTA
AATAATGATCTGGGTACACT

Intron 3 GTATGAAAGA ... TATGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.59	39	71	15.3
A2	54.68	25	30	8.7
A3	57.33	29.3	39	13
A4	46.26	36.3	31	10.7
A5	44.34	25.3	20	7.3
A6	40.79	42.7	29	9
A7	52.69	50.7	56	15.3
A8	62.45	22.7	37.3	16.7
A9	55.45	37.7	46	19
A10	43.19	47.7	36	11.3

>TRINITY_DN42982_c1_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

CTATTTTATCCTGCTAATTTGTCTAATATTTCTTCTGCTATCTGCCTTACAGATAAAATTCTCAGTAAGATGGGTGAAGGGACATTTGGCCAAGTTTTAGAATGTTGGGACCGAAAATCAAAGGACTTTGTAGCTATTAAAATCGTTCGTGGCCTACAAAAGTACCGAGAGGCAGCAATGATTGAAATTGATGTGCTTCG
TGAAGTTGCCAAGTATGATAAAACTGGCACACGTTGCGTGCAACTGCGCGACTGGTTTGAGTATAGGAATCACACTTGCATCGTGAGTTTTCAGCAGAACATTTTTTTTCCATTTTTCCACTTATAGAATGTTAGGCATCCTAAAGATGTCCTTTTCAAGATCTGGTTGGATACATATCATTTTATATATGTTTGCTAGA
ATGTTTCTAAGCTTGTGAATTAATGCAAATGATCTTAACAGGTTTTTGAGAAACTTGGGCCAAGTTTGTATGACTTTTTTCGGAAAAATAATTATCGCCCATTTCCCGTTGATCTTGTCAAGGAGGTTGGCAGGCAACTCCTGGAGTCTGTAGCAT

>TRINITY_DN42982_c1_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATTTTATTTGATTGGAATATGGTCTACGTTTATAGGGACATTTGGCCAAGTTTTAGAATGTTGGGACCGAAAATCAAAGGACTTTGTAGCTATTAAAATCGTTCGTGGCCTACAAAAGTACCGAGAGGCAGCAATGATTGAAATTGATGTGCTTCGTGAAGTTGCCAAGTATGATAAAACTGGCACACGgtatgaaagaa
tatctgtagtgactattcatttcgttaatcatcgacattctttaatagatactacccagtcaggttgattagttgctttagacttcctctatcacagtatctcattggtggttgatgtttatggtttgtatgatacagTTGCGTGCAACTGCGCGACTGGTTTGAGTATAGGAATCACACTTGCATCGTGAGTTTTCAGC
AGAACATTTTTTTTCCATTTTTCCACTTATAGAATGTTAGGCATCCTAAAGATGTCCTTTTCAAGATCTGGTTGGATACATATCATTTTATATATGTTTGCTAGAATGTTTCTAAGCTTGTGAATTAATGCAAATGATCTTAACAGGTTTTTGAGAAACTTGGGCCAAGTTTGTATGACTTTTTTCGGAAAAATAATTAT
CGCCCATTTCCCGTTGATCTTGTCAAGGAGGTTGGCAGGCAACTCCTGGAGTCTGTAGCATATATGCATGAGTTGAAACTCATTCACACGGATTTAAAGCCAGAAAATGTACTTTTTGTTTCTTCCGACATTGTGAAGATTCCAGATAAGGGTTTGAAG