sp|F4J7T3|EAF1A_ARATH ----> Chromatin modification-related protein EAF1 A

Intron 1 GTAAGCATCG ... GGTTTAACAG

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A2	24.55	24.2	8	12.1
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>TRINITY_DN123264_c1_g3_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

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AAGAGAACTGCAGCTAAAGCAAAAAAGGGCTGCCCACATGTTATCAACAGCTGTCATGAAGTTTTGGCAGTCTGTAGAGGAGATTATTTGCAGGGATAAGCATGTAGCCAATTTACAGCCACAGAGTAGCATAGCATCCAGAACACAGAAGAACCGAAGTGACAGTGAAGCAGTTCCAATGGAGATTGATCCATCAATAA
CCATAGAGGTGCACAAGAAGGGACCATCAGCTGATAACATGGCTAGTTCAAGGCACACACCTATACAGGAATATGCCATTCGTTTTTTAACGGACACAAATGGGAGCAGTGGGTTAATTCAACCTTCAGCCGCTTCAGCTGCCAAGAGAGTATTGGATAGTGAATTGTCATCAGTATGGGAAGATAACTTTCCGGAGGAA
AGCCTATTCTATTTAGTTCCTGATGGTGCGATGGAGGCATACAGGATTTCAATGGAATCAGATTGGGCATCAGTTCAAAATAGAGAGCATACACCAGCCATGGTCGAAATAGGTGCTCAAGTTTGCAGTGAAGGCAGCGATGAAGCAAGAGGACTTCTGGAATACAGAATGTCTGGCTTTGAGGATTATCCCCACGGTGA
ACTTTCTCCTAAAGGGAGAGGCTTATATGGAGATGAAGACGACATGAGAATGCAGTATTTACCGGGTGCTTTTGAGGGTAGTAAAGGTGCTATATTTGCTCGTAAGGAAAGGAAAAACATAATGAAGGCATATGTGCCCAAGAATTTTGACAGGAGATCTTCACAAGCAATAAACCATCGGTTTTCTGTGGGAAACAATG
CTGAAAATGATTCAGTTAGCCCATCACCTCCAGTGCCTGGGAAGAGATCTTCCAGCAATTTGAATGTTGGTGTCATTCCAACAAAGCGCATCCGGAGTTCCACTGTCGCTGCAAGACGTCCAGCAGGAGTTCCCAATGCAGCGACACTTGCTGCTTCAGGAATTGGAAATAATACAGAGGCTTCAAGTGGAGATACTAGT
TCACAGCAAGAGGCCTTCAGTACATCAGGGTTTGTATCTCAGCTTCGGAAAACTACAGAGGTTGATTCGACAGGTACTTGTGGAAGTCATCTGATTTATGATGCCACAGATACATCATTCAAGTTCAAAAAGAAGAAAAAGTCCAAACCATTTGGTGCAGTAATCTCTTCTATCACCAGAGATGCTGGAGGGATTTCTGG
CCCACCTGGAAAAGGTTCTGAACCAAGATACATGTGGCATCAAGATACTATTTCTCAGCAAGAGCAGAGAGAGCAAGCAAAATGGAAAGGGGATTCACACAATCGCATATGTGATACAAGCCTAGGTGCCTTAGAGGCTGCATCAGAACAACAATTGTCCAGTTCATATGGACCTATAGGGCAGTATGCTTCTAAGAAAC
CTAAACTTTCAATTTCAAAGCATCTGTCAGATACTTCTGAAGTTGCTACACCTGCAACTAATGCCACGTTATCCCCAGGGGCATCTCAATTGAGTACCATGTCCAATGCTAATAAACTTAATAGACAGATTGCTAGTCGAGACAGGGGTAGGAAAAATAAAACCGTTAAGGCAGCTTCAACTTCAAGTCACATAGGAACA
GGCATTCCATGGTCAACAATTGAAGATCAGGCACTTGTTGTTCTTGTGCATGATGTGGGTACTAATTGGGAGCTTGTTAGTGATATTATCAATTCAAGCTTGCAATTAAAGGGTATTTTTCGAAAACCTATAGATTGCAAAGAGCGGCATAAGTGTCTCATGGAGAGGACAGCTGGAGATGGCTGTGATAGTCCAGAGGA
TTCTGTCTCTTCACAACCTTTCCCTGCAACTTTACATGGTGTTCGAAAGGTATGCCATCTAGTGTCCTTGGCAAGCAGTTTATGTTTCTTATGGATGTAAGTTGTTATTTTCTAACTGAATGCCTTTGCATGATCTGACCTATGTTGAATGTGGATTTCGCCTGAAGTTCGG

>TRINITY_DN123264_c1_g3_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTACTGAAGCGGAATGCAGAGCTGGCTAGGAGGAGGCCTTTTCTGGAGCCCCCACGGAGGAAATCTCATTGGGATTTTGTCCTTGAGGAAATGGCTTGGATGGCAAATGATTTCATGCAAGAGAGGTTATGGAAGATGACAGCTGCTGCACAGTTATGCCGTTGGGTAGCTCAGGAGAGAGGACATCCAGATTTTCAGGT
AAGAGAACTGCAGCTAAAGCAAAAAAGGGCTGCCCACATGTTATCAACAGCTGTCATGAAGTTTTGGCAGTCTGTAGAGGAGATTATTTGCAGGGATAAGCATGTAGCCAATTTACAGCCACAGAGTAGCATAGCATCCAGAACACAGAAGAACCGAAGTGACAGTGAAGCAGTTCCAATGGAGATTGATCCATCAATAA
CCATAGAGGTGCACAAGAAGGGACCATCAGCTGATAACATGGCTAGTTCAAGGCACACACCTATACAGGAATATGCCATTCGTTTTTTAACGGACACAAATGGGAGCAGTGGGTTAATTCAACCTTCAGCCGCTTCAGCTGCCAAGAGAGTATTGGATAGTGAATTGTCATCAGTATGGGAAGATAACTTTCCGGAGGAA
AGCCTATTCTATTTAGTTCCTGATGGTGCGATGGAGGCATACAGGATTTCAATGGAATCAGATTGGGCATCAGTTCAAAATAGAGAGCATACACCAGCCATGGTCGAAATAGGTGCTCAAGTTTGCAGTGAAGGCAGCGATGAAGCAAGAGGACTTCTGGAATACAGAATGTCTGGCTTTGAGGATTATCCCCACGGTGA
ACTTTCTCCTAAAGGGAGAGGCTTATATGGAGATGAAGACGACATGAGAATGCAGTATTTACCGGGTGCTTTTGAGGGTAGTAAAGGTGCTATATTTGCTCGTAAGGAAAGGAAAAACATAATGAAGGCATATGTGCCCAAGAATTTTGACAGGAGATCTTCACAAGCAATAAACCATCGGTTTTCTGTGGGAAACAATG
CTGAAAATGATTCAGTTAGCCCATCACCTCCAGTGCCTGGGAAGAGATCTTCCAGCAATTTGAATGTTGGTGTCATTCCAACAAAGCGCATCCGGAGTTCCACTGTCGCTGCAAGACGTCCAGCAGGAGTTCCCAATGCAGCGACACTTGCTGCTTCAGGAATTGGAAATAATACAGAGGCTTCAAGTGGAGATACTAGT
TCACAGCAAGAGGCCTTCAGTACATCAGGGTTTGTATCTCAGCTTCGGAAAACTACAGAGGTTGATTCGACAGGTACTTGTGGAAGTCATCTGATTTATGATGCCACAGATACATCATTCAAGTTCAAAAAGAAGAAAAAGTCCAAACCATTTGGTGCAGTAATCTCTTCTATCACCAGAGATGCTGGAGGGATTTCTGG
CCCACCTGGAAAAGGTTCTGAACCAAGATACATGTGGCATCAAGATACTATTTCTCAGCAAGAGCAGTAATGGGATCATTTGCAGAGAGAGCAAGCAAAATGGAAAGGGGATTCACACAATCGCATATGTGATACAAGCCTAGGTGCCTTAGgtaagcatcggatttcgtttagctattttaaatttatggcatatggaa
gttggatgttttgaaatttaacaataccatcttttgttatttgtggtttaacagAGGCTGCATCAGAACAACAATTGTCCAGTTCATATGGACCTATAGGGCAGTATGCTTCTAAGAAACCTAAACTTTCAATTTCAAAGCATCTGTCAGATACTTCTGAAGTTGCTACACCTGCAACTAATGCCACGTTATCCCCAGGG
GCATCTCAATTGAGTACCATGTCCAATGCTAATAAACTTAATAGACAGATTGCTAGTCGAGACAGGGGTAGGAAAAATAAAACCGTTAAGGTGAGTTTCACACCTAAATTTACACATTGTACAAAGGTCTTTATCTTGTCAAAGTAGTAGAATCACTTTTGGGAGCAACCAATCAATTGTATTTTGGCTGCATAAAATGC
TATCATGCATATTCCTCTATCTAGAATTAGACACTGATAAAATTCTGACATTCTAAAAGACTATACCACACAGCTATGGTGTGTAGGATATAGATTTCGTAAAAAGACAACATTTACAGTTTGTGATCC

Intron 2 GTTAGGTTAT ... TCACTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.92	19	8	6
A2	14.29	21	1	6
A3	18.18	18	2	6
A4	8	23	0	4
A5	40	6	4	4
A6	0	6	0	0
A7	0	9	0	0
A8	-1	0	0	0
A9	0	2	0	0
A10	9.09	5	0	1

>TRINITY_DN129172_c6_g3_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GCGGAATGCAGAGCTGGCTAGGAGGAGGCCTTTTCTGGAGCCCCCACGGAGGAAATCTCATTGGGATTTTGTCCTTGAGGAAATGGCTTGGATGGCAAATGATTTCATGCAAGAGAGGTTATGGAAGATGACAGCTGCTGCACAGTTATGCCGTTGGGTAGCTCAGGAGAGAGGACATCCAGATTTTCAGGTAAGAGAAC
TGCAGCTAAAGCAAAAAAGGGCTGCCCACATGTTATCAACAGCTGTCATGAAGTTTTGGCAGTCTGTAGAGGAGATTATTTGCAGGGATAAGCATGTAGCCAATTTACAGCCACAGAGTAGCATAGCATCCAGAACACAGAAGAACCGAAGTGACAGTGAAGCAGTTCCAATGGAGATTGATCCATCAATAACCATAGAG
GTGCACAAGAAGGGACCATCAGCTGATAACATGGCTAGTTCAAGGCACACACCTATACAGGAATATGCCATTCGTTTTTTAACGGACACAAATGGGAGCAGTGGGTTAATTCAACCTTCAGCCGCTTCAGCTGCCAAGAGAGTATTGGATAGTGAATTGTCATCAGTATGGGAAGATAACTTTCCGGAGGAAAGCCTATT
CTATTTAGTTCCTGATGGTGCGATGGAGGCATACAGGATTTCAATGGAATCAGATTGGGCATCAGTTCAAAATAGAGAGCATACACCAGCCATGGTCGAAATAGGTGCTCAAGTTTGCAGTGAAGGCAGCGATGAAGCAAGAGGACTTCTGGAATACAGAATGTCTGGCTTTGAGGATTATCCCCACGGTGAACTTTCTC
CTAAAGGGAGAGGCTTATATGGAGATGAAGACGACATGAGAATGCAGTATTTACCGGGTGCTTTTGAGGGTAGTAAAGGTGCTATATTTGCTCGTAAGGAAAGGAAAAACATAATGAAGGCATATGTGCCCAAGAATTTTGACAGGAGATCTTCACAAGCAATAAACCATCGGTTTTCTGTGGGAAACAATGCTGAAAAT
GATTCAGTTAGCCCATCACCTCCAGTGCCTGGGAAGAGATCTTCCAGCAATTTGAATGTTGGTGTCATTCCAACAAAGCGCATCCGGAGTTCCACTGTCGCTGCAAGACGTCCAGCAGGAGTTCCCAATGCAGCGACACTTGCTGCTTCAGGAATTGGAAATAATACAGAGGCTTCAAGTGGAGATACTAGTTCACAGCA
AGAGGCCTTCAGTACATCAGGGTTTGTATCTCAGCTTCGGAAAACTACAGAGGTTGATTCGACAGGTACTTGTGGAAGTCATCTGATTTATGATGCCACAGATACATCATTCAAGTTCAAAAAGAAGAAAAAGTCCAAACCATTTGGTGCAGTAATCTCTTCTATCACCAGAGATGCTGGAGGGATTTCTGGCCCACCTG
GAAAAGGTTCTGAACCAAGATACATGTGGCATCAAGATACTATTTCTCAGCAAGAGCAGAGAGAGCAAGCAAAATGGAAAGGGGATTCACACAATCGCATATGTGATACAAGCCTAGGTGCCTTAGAGGCTGCATCAGAACAACAATTGTCCAGTTCATATGGACCTATAGGGCAGTATGCTTCTAAGAAACCTAAACTT
TCAATTTCAAAGCATCTGTCAGATACTTCTGAAGTTGCTACACCTGCAACTAATGCCACGTTATCCCCAGGGGCATCTCAATTGAGTACCATGTCCAATGCTAATAAACTTAATAGACAGATTGCTAGTCGAGACAGGGGTAGGAAAAATAAAACCGTTAAGGCAGCTTCAACTTCAAGTCACATAGGAACAGGCATTCC
ATGGTCAACAATTGAAGATCAGGCACTTGTTGTTCTTGTGCATGATGTGGGTACTAATTGGGAGCTTGTTAGTGATATTATCAATTCAAGCTTGCAATTAAAGGGTATTTTTCGAAAACCTATAGATTGCAAAGAGCGGCATAAGTGTCTCATGGAGAGGACAGCTGGAGATGGCTGTGATAGTCCAGAGGATTCTGTCT
CTTCACAACCTTTCCCTGCAACTTTACATGGTTTTCGAAAGGGTAGCGCTAGGCTGCTACTTCAACGTTTACGGGGTCCAATGGAAGAGGATACACTTAAAATTCATTTTGAGAAAATCATGCAGGTTGTACAGCAGCACCGCAGCCAAGAGATTCAGAGTGATTCGAAAGAGCAGAAGCGTTGTACACAGGTCCATTCT
TCACATGTCGTTTCCATTTCCCAGAAGAGTTCAAATAGCTCCAGTGGGGGAGTTTTGACGCCTTTGGATCTATGTGATGAAACCCCATCAAATTCAGAGATATTGACCAATCCTTATCAGTTACATGCTCCACATGCTAGTGGCCTGGCAATGGCAAACATTCTAGGAGCAGCTTCAGGGATACAGCCTATGTCAGCTGG
AGTTACTCTGTTGCAGGGGACAAACAGTGTGCAACTGGGTACTGGGTTGGTAGCTTCATCTGTAGGTCTGAACGTAGGTGCCCCAGCAGGGGACAAACAGTGTGCAACTGGGTACTGGGTTGGTAGCTTCATCTGTAGGTCTGAACGTAGGTGCCCCAGCAAGGGATGTGCAGAGATTTGCTTCAGTAAGGCCTCTATCT
GCCTCCATTGATGAGCAACAGCATCGTTCGCAACAGTATAATCGAATGGTGGCAGGAAGAAGCCTGCAGCAATCTGCCGTCACTGTTTCTGTCGGTATTCCAATGATTGGCTTACCCAATTCAAATGATTGTGCAGTTTCATTGCCAACTGGAGGAAATGGCACTGGGATGATGTGTGCACTTGGAAGAGGAATGCCATT
GCCAAGGCCAGGATTTCCAGGAATAGGATCACCGGGAATTCCTGGGATGGTTTCTTCAGGAATTAGTAACATGCTCTCTTCTAATGGTATTGGATTGCCTATCAGTGGTCCAGTTCCTTCTGGGACTATGCATGTTCCAGGAAGTATGATTCGCAGGCCAAGAGATATGCAGATGTTGCAGCCCAGTCAAGAGCAGCGCC
AGATGCTTATGCAAGAGCTTCCACTTCCAGCTAGCCAGAATAATGGTGTGAACGCTGCCTACTCAAATCAGATGGTTTCTTCAACAAATCAGAATTTTTCTGGTCAACATCAACTTCAGAAGCCTCAACAGCAGCAAGGGCATAGTAACCAGTATTCTCAACCCCAAAGTCAAAACCATAATCAAACCTATATACAACTG
GCACGCCAACTGCAGCAGCAGCAGCAGCACCAACAACATCAACAGCAACAGAACCGGTATCTGCAATCACACCAGCAATTTCCTGCCAACAGTTCTCTTTTATCTCCATTGCCACAGTCACAGCCGTATCCTCTTTCTCATATACAGCATGGTATATCATCTCAGCCACATGTTCTCTCACAGGAGCATCAACAGCAACC
TGTTTTGTCACAGCATGGGCTTCATCAACAGACATCTTCACAACAGCAGTCATTGTCACCTTCACCTCCAAGTTTAGCACTTCAGCAGTGTGGTGCTTCACCTATAAATCCAGCTTTGCAAAGTCCTCAACAGCAGCAACTAAATCCTCCTCAGGTACCTGGACAAAGTTTACATGTTGCTGGTCAGTCAAAATCACAGC
CCCAAAACCAGATACAAAAACAGCAGCAGCAACAGGCTAAAGTGTCCAAAAGCTTGGGAAGGGAAGGCATTCTGTCACAGAACACATCTCCACAGCCTGGTCAAGGTAATGGCCTTAGCTCACTGCCTGGAAATGCACTCCCGATACAATTGCAAGCACAACAGGCAATGCATCCTGTTTCTGGACAAAGGACATTGTCT
GGTTCAGGTTTTCTTCAGTTGGGAAAGCAAATGCCACAATCGGCAGGGAAACAAGGGCAATTTCATGGACAAGGATTTTCACAGCAGCCATTGTCAAAGCAGCAAGCTTCTCAAGTGGTTCCTCAGCAACAAATACCTTCTGCTTCGGGAACAAACCATCCTCCTTCCTCTCTCCAGCAACTATCGTTGTCAACATCTGA
ACAACAAACATCATCTGTCTCTACCTTGTTAGCTTCATCATCACAGCAACAACAGAGGTCAGTTCAACCCCAACAGACTTCCCAACGAAGACTACTGCAACGTCAAACAGGGTCTAATGTAGGATTACAGGTTTCCCCACACCTTGGTAAAGAATCTCTCCAACAGCAAACTCTGGCCATTTCTCAACCAGGAAATGCAA
CGTTTCAGACTGTGTCTAATGTGAGCTGTCCAAGTATGGTGTCCACTGGTCCTGTTGTACCGCTTTCATCTAATCTTACTTCAAGTACAATGACTGTCCAGTCTTCAGTGTGGAAGGCAGGGCAGAACATTCCTCAAACTTCAGGTGGTCTTTATAATTTGTCAAGAAGTAATGCTGCTTCAACCTCTCAGATATTACCT
TCATCTAGCTCTTTGGGAACGTCTATGAACTCAGTGAATGGGAACACAGCAGCATCAATGACCACAAACACTGGCTTGGTGTCTCATGGATTAGAAATAACAGGTCTTTCTCAGCAACAGTGTGCAAATCCTGTTGGACCTGTTCATGAACAGAAGGTTGGAACCATTCCAGCGATAGCCACAAGAGCAGTGCAACAGAT
GGGTGCTAAAAATTCACCTCAGCAGCTGCAATTACAACATCAACAACAAATCATATCCAATGATACACAATCAGCCATTGCAAATAGTCCGGGAAGCTCACATTCTAGACCTGCAACTTCTGGATCATTGCCATTGACAATGGGAGCAGGTGCTGGCATACGGTCTTCATATCAAGGGCATACATCATCTATGCCAGGCC
TTTCAGCCTCTGGCCCAACACCCGTGTATAATACTGTGCAGTTGAGGCAGGTGCATGCTGGACATTCTTATGCACAAGGTTCTAATTCCAATTCTCCCATCAGTTCATCTATGCCAAGTTTGAGTTCTTCAGATGCTGCAGGAACTAGCTCTGGATTGGATAGTGTTCCCGTGATCACTTCTGTTGCTGCAGTTTCCACA
CCAAGTACATCTTCACAACAATGAAGTTGATTTTTTTCTGCCATCCTTTGTATCTTATGGTAGAACATAAATCTGGGCACATGAGAATTTTGTAAGACGTTCTGAGCTGCATATAGATTTGGATTCAGCCAAGTGAGGTAGAATCATTTCAATTTGTTGAAGGATTCTGCCCCACCTGTCTGATTTATTTTTGTAACATC
ATTACCTGTCAAGCCAGATTGTAAATCTTCTACAACAGAAATCTTAATCGACAACAAGCTCAAATATTTTCTTTGGGCCTTTCCTTTGTAACAAAGCTTCATGTAAGAGAAACATTTGGGATGTTGTCTCGATTGCTTACCTTCAAGTATATCAAGAGAGCTGAGGAGAAATTGTTGCTAGGTGTTGCTTTTATAATCTC
TTTGGAAATTTAATGTCTTCATGTTGCCAAATTGTATGTGTTTGTTTTTTTCATGGTGAAAATTCTACCTCTATAATACTATATGCATGGACCAGAGGTGCTTCAACAAAATC

>TRINITY_DN129172_c6_g3_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCGGAATGCAGAGCTGGCTAGGAGGAGGCCTTTTCTGGAGCCCCCACGGAGGAAATCTCATTGGGATTTTGTCCTTGAGGAAATGGCTTGGATGGCAAATGATTTCATGCAAGAGAGGTTATGGAAGATGACAGCTGCTGCACAGTTATGCCGTTGGGTAGCTCAGGAGAGAGGACATCCAGATTTTCAGGTAAGAGAAC
TGCAGCTAAAGCAAAAAAGGGCTGCCCACATGTTATCAACAGCTGTCATGAAGTTTTGGCAGTCTGTAGAGGAGATTATTTGCAGGGATAAGCATGTAGCCAATTTACAGCCACAGAGTAGCATAGCATCCAGAACACAGAAGAACCGAAGTGACAGTGAAGCAGTTCCAATGGAGATTGATCCATCAATAACCATAGAG
GTGCACAAGAAGGGACCATCAGCTGATAACATGGCTAGTTCAAGGCACACACCTATACAGGAATATGCCATTCGTTTTTTAACGGACACAAATGGGAGCAGTGGGTTAATTCAACCTTCAGCCGCTTCAGCTGCCAAGAGAGTATTGGATAGTGAATTGTCATCAGTATGGGAAGATAACTTTCCGGAGGAAAGCCTATT
CTATTTAGTTCCTGATGGTGCGATGGAGGCATACAGGATTTCAATGGAATCAGATTGGGCATCAGTTCAAAATAGAGAGCATACACCAGCCATGGTCGAAATAGGTGCTCAAGTTTGCAGTGAAGGCAGCGATGAAGCAAGAGGACTTCTGGAATACAGAATGTCTGGCTTTGAGGATTATCCCCACGGTGAACTTTCTC
CTAAAGGGAGAGGCTTATATGGAGATGAAGACGACATGAGAATGCAGTATTTACCGGGTGCTTTTGAGGGTAGTAAAGGTGCTATATTTGCTCGTAAGGAAAGGAAAAACATAATGAAGGCATATGTGCCCAAGAATTTTGACAGGAGATCTTCACAAGCAATAAACCATCGGTTTTCTGTGGGAAACAATGCTGAAAAT
GATTCAGTTAGCCCATCACCTCCAGTGCCTGGGAAGAGATCTTCCAGCAATTTGAATGTTGGTGTCATTCCAACAAAGCGCATCCGGAGTTCCACTGTCGCTGCAAGACGTCCAGCAGGAGTTCCCAATGCAGCGACACTTGCTGCTTCAGGAATTGGAAATAATACAGAGGCTTCAAGTGGAGATACTAGTTCACAGCA
AGAGGCCTTCAGTACATCAGGGTTTGTATCTCAGCTTCGGAAAACTACAGAGGTTGATTCGACAGGTACTTGTGGAAGTCATCTGATTTATGATGCCACAGATACATCATTCAAGTTCAAAAAGAAGAAAAAGTCCAAACCATTTGGTGCAGTAATCTCTTCTATCACCAGAGATGCTGGAGGGATTTCTGGCCCACCTG
GAAAAGGTTCTGAACCAAGATACATGTGGCATCAAGATACTATTTCTCAGCAAGAGCAGAGAGAGCAAGCAAAATGGAAAGGGGATTCACACAATCGCATATGTGATACAAGCCTAGGTGCCTTAGAGGCTGCATCAGAACAACAATTGTCCAGTTCATATGGACCTATAGGGCAGTATGCTTCTAAGAAACCTAAACTT
TCAATTTCAAAGCATCTGTCAGATACTTCTGAAGTTGCTACACCTGCAACTAATGCCACGTTATCCCCAGGGGCATCTCAATTGAGTACCATGTCCAATGCTAATAAACTTAATAGACAGATTGCTAGTCGAGACAGGGGTAGGAAAAATAAAACCGTTAAGGTGAGTTTCACACCTAAATTTACACATTGTACAAAGGT
CTTTATCTTGTCAAAGTAGTAGAATCACTTTTGGGAGCAACCAATCAATTGTATTTTGGCTGCATAAAATGCTATCATGCATATTCCTCTATCTAGAATTAGACACTGATAAAATTCTGACATTCTAAAAGACTATACCACACAGCTATGGTGTGTAGGATATAGATTTCGTAAAAAGACAACATTTACAGTTTGTGATT
CAAAATATCAAAACTAAGTTACACACAACTGAATAAAGAAAATGACTGAAGCCAGTTGCTTAATTAAATTAATTGGTTCTACAGGCAGCTTCAACTTCAAGTCACATAGGAACAGGCATTCCATGGTCAACAATTGAAGATCAGgttaggttatccttcagggccgctcctttatatatatatatatatatatattttca
tttgatggtttgttctcttctctgatgtttttatatgattagtattactttctaataattggtcactttcagGCACTTGTTGTTCTTGTGCATGATGTGGGTACTAATTGGGAGCTTGTTAGTGATATTATCAATTCAAGCTTGCAATTAAAGGGTATTTTTCGAAAACCTATAGATTGCAAAGAGCGGCATAAGTGTCT
CATGGAGAGGACAGCTGGAGATGGCTGTGATAGTCCAGAGGATTCTGTCTCTTCACAACCTTTCCCTGCAACTTTACATGGTTTTCGAAAGGGTAGCGCTAGGCTGCTACTTCAACGTTTACGGGGTCCAATGGAAGAGGATACACTTAAAATTCATTTTGAGAAAATCATGCAGGTTGTACAGCAGCACCGCAGCCAAG
AGATTCAGAGTGATTCGAAAGAGCAGAAGCGTTGTACACAGGTCCATTCTTCACATGTCGTTTCCATTTCCCAGAAGAGTTCAAATAGCTCCAGTGGGGGAGTTTTGACGCCTTTGGATCTATGTGATGAAACCCCATCAAATTCAGAGATATTGACCAATCCTTATCAGTTACATGCTCCACATGCTAGTGGCCTGGCA
ATGGCAAACATTCTAGGAGCAGCTTCAGGGATACAGCCTATGTCAGCTGGAGTTACTCTGTTGCAGGGGACAAACAGTGTGCAACTGGGTACTGGGTTGGTAGCTTCATCTGTAGGTCTGAACGTAGGTGCCCCAGCAGGGGACAAACAGTGTGCAACTGGGTACTGGGTTGGTAGCTTCATCTGTAGGTCTGAACGTAG
GTGCCCCAGCAAGGGATGTGCAGAGATTTGCTTCAGTAAGGCCTCTATCTGCCTCCATTGATGAGCAACAGCATCGTTCGCAACAGTATAATCGAATGGTGGCAGGAAGAAGCCTGCAGCAATCTGCCGTCACTGTTTCTGTCGGTATTCCAATGATTGGCTTACCCAATTCAAATGATTGTGCAGTTTCATTGCCAACT
GGAGGAAATGGCACTGGGATGATGTGTGCACTTGGAAGAGGAATGCCATTGCCAAGGCCAGGATTTCCAGGAATAGGATCACCGGGAATTCCTGGGATGGTTTCTTCAGGAATTAGTAACATGCTCTCTTCTAATGGTATTGGATTGCCTATCAGTGGTCCAGTTCCTTCTGGGACTATGCATGTTCCAGGAAGTATGAT
TCGCAGGCCAAGAGATATGCAGATGTTGCAGCCCAGTCAAGAGCAGCGCCAGATGCTTATGCAAGAGCTTCCACTTCCAGCTAGCCAGAATAATGGTGTGAACGCTGCCTACTCAAATCAGATGGTTTCTTCAACAAATCAGAATTTTTCTGGTCAACATCAACTTCAGAAGCCTCAACAGCAGCAAGGGCATAGTAACC
AGTATTCTCAACCCCAAAGTCAAAACCATAATCAAACCTATATACAACTGGCACGCCAACTGCAGCAGCAGCAGCAGCACCAACAACATCAACAGCAACAGAACCGGTATCTGCAATCACACCAGCAATTTCCTGCCAACAGTTCTCTTTTATCTCCATTGCCACAGTCACAGCCGTATCCTCTTTCTCATATACAGCAT
GGTATATCATCTCAGCCACATGTTCTCTCACAGGAGCATCAACAGCAACCTGTTTTGTCACAGCATGGGCTTCATCAACAGACATCTTCACAACAGCAGTCATTGTCACCTTCACCTCCAAGTTTAGCACTTCAGCAGTGTGGTGCTTCACCTATAAATCCAGCTTTGCAAAGTCCTCAACAGCAGCAACTAAATCCTCC
TCAGGTACCTGGACAAAGTTTACATGTTGCTGGTCAGTCAAAATCACAGCCCCAAAACCAGATACAAAAACAGCAGCAGCAACAGGCTAAAGTGTCCAAAAGCTTGGGAAGGGAAGGCATTCTGTCACAGAACACATCTCCACAGCCTGGTCAAGGTAATGGCCTTAGCTCACTGCCTGGAAATGCACTCCCGATACAAT
TGCAAGCACAACAGGCAATGCATCCTGTTTCTGGACAAAGGACATTGTCTGGTTCAGGTTTTCTTCAGTTGGGAAAGCAAATGCCACAATCGGCAGGGAAACAAGGGCAATTTCATGGACAAGGATTTTCACAGCAGCCATTGTCAAAGCAGCAAGCTTCTCAAGTGGTTCCTCAGCAACAAATACCTTCTGCTTCGGGA
ACAAACCATCCTCCTTCCTCTCTCCAGCAACTATCGTTGTCAACATCTGAACAACAAACATCATCTGTCTCTACCTTGTTAGCTTCATCATCACAGCAACAACAGAGGTCAGTTCAACCCCAACAGACTTCCCAACGAAGACTACTGCAACGTCAAACAGGGTCTAATGTAGGATTACAGGTTTCCCCACACCTTGGTAA
AGAATCTCTCCAACAGCAAACTCTGGCCATTTCTCAACCAGGAAATGCAACGTTTCAGACTGTGTCTAATGTGAGCTGTCCAAGTATGGTGTCCACTGGTCCTGTTGTACCGCTTTCATCTAATCTTACTTCAAGTACAATGACTGTCCAGTCTTCAGTGTGGAAGGCAGGGCAGAACATTCCTCAAACTTCAGGTGGTC
TTTATAATTTGTCAAGAAGTAATGCTGCTTCAACCTCTCAGATATTACCTTCATCTAGCTCTTTGGGAACGTCTATGAACTCAGTGAATGGGAACACAGCAGCATCAATGACCACAAACACTGGCTTGGTGTCTCATGGATTAGAAATAACAGGTCTTTCTCAGCAACAGTGTGCAAATCCTGTTGGACCTGTTCATGAA
CAGAAGGTTGGAACCATTCCAGCGATAGCCACAAGAGCAGTGCAACAGATGGGTGCTAAAAATTCACCTCAGCAGCTGCAATTACAACATCAACAACAAATCATATCCAATGATACACAATCAGCCATTGCAAATAGTCCGGGAAGCTCACATTCTAGACCTGCAACTTCTGGATCATTGCCATTGACAATGGGAGCAGG
TGCTGGCATACGGTCTTCATATCAAGGGCATACATCATCTATGCCAGGCCTTTCAGCCTCTGGCCCAACACCCGTGTATAATACTGTGCAGTTGAGGCAGGTGCATGCTGGACATTCTTATGCACAAGGTTCTAATTCCAATTCTCCCATCAGTTCATCTATGCCAAGTTTGAGTTCTTCAGATGCTGCAGGAACTAGCT
CTGGATTGGATAGTGTTCCCGTGATCACTTCTGTTGCTGCAGTTTCCACACCAAGTACATCTTCACAACAATGAAGTTGATTTTTTTCTGCCATCCTTTGTATCTTATGGTAGAACATAAATCTGGGCACATGAGAATTTTGTAAGACGTTCTGAGCTGCATATAGATTTGGATTCAGCCAAGTGAGGTAGAATCATTTC
AATTTGTTGAAGGATTCTGCCCCACCTGTCTGATTTATTTTTGTAACATCATTACCTGTCAAGCCAGATTGTAAATCTTCTACAACAGAAATCTTAATCGACAACAAGCTCAAATATTTTCTTTGGGCCTTTCCTTTGTAACAAAGCTTCATGTAAGAGAAACATTTGGGATGTTGTCTCGATTGCTTACCTTCAAGTAT
ATCAAGAGAGCTGAGGAGAAATTGTTGCTAGGTGTTGCTTTTATAATCTCTTTGGAAATTTAATGTCTTCATGTTGCCAAATTGTATGTGTTTGTTTTTTTCATGGTGAAAATTCTACCTCTATAATACTATATGCATGGACCAGAGGTGCTTCAACAAAATC

Intron 3 GTGAGTTTCA ... GGTTCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.54	22	13	8.3
A2	23.85	22	5	9
A3	31.86	19	10	8
A4	26.26	26	9	9.8
A5	59.28	3	2	6.8
A6	22.86	8	4	0.8
A7	26.37	12	3	5.8
A8	-1	0	0	0
A9	0	2	0	0
A10	6.82	5	0	0.8

>TRINITY_DN129172_c6_g3_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GCGGAATGCAGAGCTGGCTAGGAGGAGGCCTTTTCTGGAGCCCCCACGGAGGAAATCTCATTGGGATTTTGTCCTTGAGGAAATGGCTTGGATGGCAAATGATTTCATGCAAGAGAGGTTATGGAAGATGACAGCTGCTGCACAGTTATGCCGTTGGGTAGCTCAGGAGAGAGGACATCCAGATTTTCAGGTAAGAGAAC
TGCAGCTAAAGCAAAAAAGGGCTGCCCACATGTTATCAACAGCTGTCATGAAGTTTTGGCAGTCTGTAGAGGAGATTATTTGCAGGGATAAGCATGTAGCCAATTTACAGCCACAGAGTAGCATAGCATCCAGAACACAGAAGAACCGAAGTGACAGTGAAGCAGTTCCAATGGAGATTGATCCATCAATAACCATAGAG
GTGCACAAGAAGGGACCATCAGCTGATAACATGGCTAGTTCAAGGCACACACCTATACAGGAATATGCCATTCGTTTTTTAACGGACACAAATGGGAGCAGTGGGTTAATTCAACCTTCAGCCGCTTCAGCTGCCAAGAGAGTATTGGATAGTGAATTGTCATCAGTATGGGAAGATAACTTTCCGGAGGAAAGCCTATT
CTATTTAGTTCCTGATGGTGCGATGGAGGCATACAGGATTTCAATGGAATCAGATTGGGCATCAGTTCAAAATAGAGAGCATACACCAGCCATGGTCGAAATAGGTGCTCAAGTTTGCAGTGAAGGCAGCGATGAAGCAAGAGGACTTCTGGAATACAGAATGTCTGGCTTTGAGGATTATCCCCACGGTGAACTTTCTC
CTAAAGGGAGAGGCTTATATGGAGATGAAGACGACATGAGAATGCAGTATTTACCGGGTGCTTTTGAGGGTAGTAAAGGTGCTATATTTGCTCGTAAGGAAAGGAAAAACATAATGAAGGCATATGTGCCCAAGAATTTTGACAGGAGATCTTCACAAGCAATAAACCATCGGTTTTCTGTGGGAAACAATGCTGAAAAT
GATTCAGTTAGCCCATCACCTCCAGTGCCTGGGAAGAGATCTTCCAGCAATTTGAATGTTGGTGTCATTCCAACAAAGCGCATCCGGAGTTCCACTGTCGCTGCAAGACGTCCAGCAGGAGTTCCCAATGCAGCGACACTTGCTGCTTCAGGAATTGGAAATAATACAGAGGCTTCAAGTGGAGATACTAGTTCACAGCA
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GCCAAGGCCAGGATTTCCAGGAATAGGATCACCGGGAATTCCTGGGATGGTTTCTTCAGGAATTAGTAACATGCTCTCTTCTAATGGTATTGGATTGCCTATCAGTGGTCCAGTTCCTTCTGGGACTATGCATGTTCCAGGAAGTATGATTCGCAGGCCAAGAGATATGCAGATGTTGCAGCCCAGTCAAGAGCAGCGCC
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GCACGCCAACTGCAGCAGCAGCAGCAGCACCAACAACATCAACAGCAACAGAACCGGTATCTGCAATCACACCAGCAATTTCCTGCCAACAGTTCTCTTTTATCTCCATTGCCACAGTCACAGCCGTATCCTCTTTCTCATATACAGCATGGTATATCATCTCAGCCACATGTTCTCTCACAGGAGCATCAACAGCAACC
TGTTTTGTCACAGCATGGGCTTCATCAACAGACATCTTCACAACAGCAGTCATTGTCACCTTCACCTCCAAGTTTAGCACTTCAGCAGTGTGGTGCTTCACCTATAAATCCAGCTTTGCAAAGTCCTCAACAGCAGCAACTAAATCCTCCTCAGGTACCTGGACAAAGTTTACATGTTGCTGGTCAGTCAAAATCACAGC
CCCAAAACCAGATACAAAAACAGCAGCAGCAACAGGCTAAAGTGTCCAAAAGCTTGGGAAGGGAAGGCATTCTGTCACAGAACACATCTCCACAGCCTGGTCAAGGTAATGGCCTTAGCTCACTGCCTGGAAATGCACTCCCGATACAATTGCAAGCACAACAGGCAATGCATCCTGTTTCTGGACAAAGGACATTGTCT
GGTTCAGGTTTTCTTCAGTTGGGAAAGCAAATGCCACAATCGGCAGGGAAACAAGGGCAATTTCATGGACAAGGATTTTCACAGCAGCCATTGTCAAAGCAGCAAGCTTCTCAAGTGGTTCCTCAGCAACAAATACCTTCTGCTTCGGGAACAAACCATCCTCCTTCCTCTCTCCAGCAACTATCGTTGTCAACATCTGA
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>TRINITY_DN129172_c6_g3_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

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TGCAGCTAAAGCAAAAAAGGGCTGCCCACATGTTATCAACAGCTGTCATGAAGTTTTGGCAGTCTGTAGAGGAGATTATTTGCAGGGATAAGCATGTAGCCAATTTACAGCCACAGAGTAGCATAGCATCCAGAACACAGAAGAACCGAAGTGACAGTGAAGCAGTTCCAATGGAGATTGATCCATCAATAACCATAGAG
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CTATTTAGTTCCTGATGGTGCGATGGAGGCATACAGGATTTCAATGGAATCAGATTGGGCATCAGTTCAAAATAGAGAGCATACACCAGCCATGGTCGAAATAGGTGCTCAAGTTTGCAGTGAAGGCAGCGATGAAGCAAGAGGACTTCTGGAATACAGAATGTCTGGCTTTGAGGATTATCCCCACGGTGAACTTTCTC
CTAAAGGGAGAGGCTTATATGGAGATGAAGACGACATGAGAATGCAGTATTTACCGGGTGCTTTTGAGGGTAGTAAAGGTGCTATATTTGCTCGTAAGGAAAGGAAAAACATAATGAAGGCATATGTGCCCAAGAATTTTGACAGGAGATCTTCACAAGCAATAAACCATCGGTTTTCTGTGGGAAACAATGCTGAAAAT
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GAAAAGGTTCTGAACCAAGATACATGTGGCATCAAGATACTATTTCTCAGCAAGAGCAGAGAGAGCAAGCAAAATGGAAAGGGGATTCACACAATCGCATATGTGATACAAGCCTAGGTGCCTTAGAGGCTGCATCAGAACAACAATTGTCCAGTTCATATGGACCTATAGGGCAGTATGCTTCTAAGAAACCTAAACTT
TCAATTTCAAAGCATCTGTCAGATACTTCTGAAGTTGCTACACCTGCAACTAATGCCACGTTATCCCCAGGGGCATCTCAATTGAGTACCATGTCCAATGCTAATAAACTTAATAGACAGATTGCTAGTCGAGACAGGGGTAGGAAAAATAAAACCGTTAAGgtgagtttcacacctaaatttacacattgtacaaaggt
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TCAGGTACCTGGACAAAGTTTACATGTTGCTGGTCAGTCAAAATCACAGCCCCAAAACCAGATACAAAAACAGCAGCAGCAACAGGCTAAAGTGTCCAAAAGCTTGGGAAGGGAAGGCATTCTGTCACAGAACACATCTCCACAGCCTGGTCAAGGTAATGGCCTTAGCTCACTGCCTGGAAATGCACTCCCGATACAAT
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TGCTGGCATACGGTCTTCATATCAAGGGCATACATCATCTATGCCAGGCCTTTCAGCCTCTGGCCCAACACCCGTGTATAATACTGTGCAGTTGAGGCAGGTGCATGCTGGACATTCTTATGCACAAGGTTCTAATTCCAATTCTCCCATCAGTTCATCTATGCCAAGTTTGAGTTCTTCAGATGCTGCAGGAACTAGCT
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ATCAAGAGAGCTGAGGAGAAATTGTTGCTAGGTGTTGCTTTTATAATCTCTTTGGAAATTTAATGTCTTCATGTTGCCAAATTGTATGTGTTTGTTTTTTTCATGGTGAAAATTCTACCTCTATAATACTATATGCATGGACCAGAGGTGCTTCAACAAAATC